3R8EA

Crystal structure of a putative sugar kinase (chu_1875) from cytophaga hutchinsonii atcc 33406 at 1.65 a resolution
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
301
structure length
301
Chain Sequence
GMILGIDVGGTSVKFGLVTPEGEIQNATRFMTADWVNGIGFVESMKLEIGNFLKQYPIVKGVGIGWPGLVSLDRTKVILLPNIPSVVNVPIVEILRSEFPHIHFKIENDAKCAALGEYYFGENKRMQTFILLALGTGVGSGVMMNGKLFIGGRGNGTEVGHMLTTRGKSLENQVGINHLIAYTHEQLALDVAKKSSLHTIAELSPKVIADHAAQGDALALAVWADIGTIIGESLVNIVRVMDLNNILLGGGISGAFDYFVPNLKKAMLEHLPTYYTDDMYIGKATLENDAGLLGAAGLIME
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of a Hypothetical sugar kinase (CHU_1875) from CYTOPHAGA HUTCHINSONII ATCC 33406 at 1.65 A resolution
rcsb
molecule tags Transferase
source organism Cytophaga hutchinsonii
molecule keywords Hypothetical sugar kinase
total genus 91
structure length 301
sequence length 301
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-03-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00480 ROK ROK family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r8eA02
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r8eA01
4GNIA 4WQ4A 3IMXA 3P4IA 4CJ7A 1ZBSA 2V7ZA 4BRIA 3W0LA 3OHRA 4MLHA 5CE3A 5I9EB 3IFRA 5AR0A 2YJEA 4CZMA 4EHTA 4BGAA 5EVZA 4FSVA 3HI0A 4YDUC 5F0XA 1XC3A 3H1VX 4XH5A 3VEXA 3LM2A 1ESVA 1K8KB 2P9LB 1HLUA 1Q18A 5BN9A 2CGJA 4B1XB 5FPDA 4YDUA 5FPEA 5BPLA 5BRHA 3VGKA 4BG8A 4JAXA 4JN4A 3LDQA 4BRAA 2QWRA 2PBDA 3WXKA 1BO5O 3FZLA 2D0OA 3MN6A 4IJNA 1D4XA 4A2AA 4H5WA 4MO4A 2YHYA 1HKGA 3VENA 1T6DA 4B9QA 4BR9A 2IVOA 1H1VA 1NGFA 3AAQA 3U4LA 3KVGA 4B1YB 3VEZA 3MN7A 4FWNA 2HF4A 3FFKB 4FL9A 1NGJA 2P9SA 3AAPA 3WQUA 4BRKA 4EHUA 4EAHD 4C23A 3ATVA 5LJVA 2A5XA 4JHDA 2A41A 4H5VA 4FWSA 4KBOA 3VERA 4FWQA 3ENHA 3O80A 3ZETB 4B1VA 4BVPA 4CBWA 5AZJA 1X3NA 3D2EB 3W3DA 3ZETA 1J6ZA 1U6ZA 3HM8A 2KHOA 1SAZA 2GWKA 4ISGA 3ULEB 1GLJO 4CBXA 3D2EA 3VF2A 1Z6RA 3HZ6A 1P8ZA 3DXKB 3UKRB 5TKYA 1NMDA 4H0OA 3MDQA 3I33A 1OKJA 5ADXH 3HBTA 3ULEA 4XH4A 4JD2B 3SMPA 3GBTA 3GDQA 5AQYA 1HKBA 3DXKA 1U2VB 3UKRA 1GLEG 2P9UB 2A3ZA 3QB0A 4MLEA 1BA1A 5AQGA 1WUAA 1V4TA 2Q0RA 4JD2A 2J4RA 4BC4A 5B8HA 1MWKA 1U2VA 3U8XA 4BRPA 4BREA 5KPZA 1NGEA 2P9UA 1ATSA 2A6AA 3O8MA 1NLVA 3H45C 4CBUA 4H03B 4FOEA 4H0PA 1DGKN 3ZEUB 1YAGA 2ASPA 4CZFA 3R8EA 1BWFO 1IG8A 1BUPA 3A8YA 4RCHA 3DAWA 2Q97A 3UKUB 5AQXA 3H6EA 3EL2A 2H3GX 3L4IA 2EWSA 3H1QA 2GEMA 4F9OA 2AA4A 4O5FA 1GLAG 3GL1A 3O1BA 4BVOA 3MMVA 3HTVA 4QS9A 4B1WB 5FPNA 2AP1A 3LDPA 2VWBA 4IXCA 3QDKA 2YI1A 3WXIA 4BRHA 5BN8A 3U9DA 1NGDA 5AZIB 3A5LC 3FZMA 5AQLA 1NGGA 4BQLA 5JICA 3WEEB 2P9PB 1LOTB 1RGIA 3JS6A 1T44A 2UYTA 2FF6A 5EX5A 1JCEA 4B1ZA 5AQKA 1HKCA 5LY3A 3A5NC 4L3QA 4PL7A 3TU5A 1K8KA 2P9LA 3LDLA 3WEEA 2W40A 4ISEA 1ATRA 2IVNA 4WYBA 3A5MC 1GLLO 4FO0A 3H3OB 1DEJA 3EZWA 3JXUA 2YCHA 1Z05A 3DXMB 4EIAA 2QWQA 2CH5A 3O6WA 1NGBA 2YHXA 4B1UB 3CIPA 3VOVA 1NM1A 4DCHA 5AQFA 5F1XA 1QQOA 1C0FA 1ZC6A 3BP8A 4BC3A 3QICA 3VEVA 1SZ2A 4WQ5C 2NRHA 2A40A 1C0GA 4BR7A 5BPMA 4H5NA 4A2BA 5AQVA 1Y64A 4K43A 3CJCA 3DWLA 2QWOA 1E4FT 3S41A 1MDUB 1GLFO 3AY9A 3EO3A 3CJ9A 5KQ8A 4WQ5A 4BC2A 3O4WA 1BOTO 3CQYA 4CZEA 4BG9A 1T6CA 2D4WA 2V51B 2CGLA 3CJBA 1RDWX 2ASMA 2E2NA 4QS8A 4BRLA 3TPQA 2HOEA 3I8BA 4IWVA 5JLHA 1HJOA 2D0PA 2ITMA 2Q31A 1HUXA 2ZGZA 5BREA 3M1FA 3D2FB 4QS7A 3WT0A 4DHYA 5FPMA 5AQJA 4HWIA 4CD1A 1CZAN 2QWMA 2FSKA 5EY4A 1KAZA 3O08A 3RSEB 3IDHA 1MA9B 1NGHA 2I7NA 3LDNA 3LM9A 3EN9A 3UB5A 4BRFA 3QFPA 1XUPO 1QZ6A 3RSEA 3VEYA 1QQMA 4RWTA 1YXQA 5AQHA 4M7XA 3B8AX 3FZFA 4RTFD 2IVPA 3FE1A 2ZF5O 5F2RA 4BRMA 4CZJA 2P9IB 5BRFA 4K41A 5AQUA 4PKIA 1QZ5A 3M3ZA 1TUYA 4CI6A 2P9IA 5ELZA 1QHAA 2QWLA 4BGBA 5LJWA 4PKGA 4K42A 3MN5A 1S22A 2P9NB 2QWNA 4FPBA 2FSJA 2Q0UA 1EQYA 2BUPA 2WUSA 3GE1A 4FPAA 2ZWHA 1KXPA 2E2PA 2P9KB 1SQKA 3FR0A 2P9NA 1TUUA 3CI5A 2W41A 5JMVA 3SK3A 4MO5A 3ZEUA 4DQ8A 5AQQA 1ATNA 1V4SA 3ATUA 3VF4A 2NZTA 2P9KA 4AM6A 3BEXA 2FSNA 1R59O 3MCPA 3M6GA 4XH1A 4EFHA 3UKUA 4BRGA 5AQMA 2QWPA 1QQNA 3VESA 5JLFA 4CZLA 1S3XA 4PKHA 5EOYA 4M7YA 1JCGA 4A62A 1X3MA 3CERA 2CH6A 2NLXA 3DJCA 1G99A 4BQZA 5EXWA 1WOQA 2OANA 3VF6A 1MWMA 5AZIA 3A0IX 4BRCA 5AQZA 2P9PA 5BPNA 2HMPA 4FWOA 4BR2A 4PL8A 3SLCA 1KAXA 3A5OC 4BC5A 2V7YA 3AARA 3WUHA 1BDGA 5BR9A 3GG4A 3D7EO 4JNEA 3R9PA 3ZX2A 2ZGYA 3CHWA 3CJAA 1HPMA 3UE5A 3H3NO 2Q1NA 3LL3A 2HF3A 2YHWA 3DXMA 4FWRA 3EKUA 4BR4A 1BG3A 4DB3A 4IO8A 1HX1A 2QXLA 2VYPA 4IZ9A 3MK6A 4Y0WA 4H0XB 5E26A 4HTLA 3BUZB 2E1ZA 3QBXA 4CZIA 4NO7A 1TYQB 5ADXA 1GLBG 1LCUA 4BRQA 2A42A 3QFUA 4IJAA 1NGAA 1BA0A 2E8AA 1NWKA 3ZX0A 4CZGA 1X9JA 3ID8A 3CJ1A 4BR0A 5AFUA 1TYQA 2GELA 1NBWA 2P9SB 1ZXOA 1GLCG 3FLCO 4CZHA 2VCPA 3VETA 3F9MA 4K25A 3R6MA 4JHDB 2F9TA 3C7NB 4E1JA 3G25A 2I7PA 3EKSA 1YUWA 4FWMA 5AQNA 2Q2RA 3FGUA 5AZJB 3VGLA 4AM7A 4BRNA 3C7NA 3LDOA 2D1KA 2E2QA 4CZKA 2DPNA 3D2FA 5AQPA 2YJFA 2CGKA 1NGIA 2ASOA 3WXJA 2F9WA 2FLOA 3L6QA 1XQSC 4FWLA 4XEIA 2QM1A 2E88A 3O1WA 2GUPA 1JCFA 3O5BA 1E4GT 5AQIA 3HSCA 4BROA 3FZHA 2E20A 2QW9A 3CETA 3SJHA 3KZBA 5BRDA 4H5RA 1RFQA 4A61A 3CQXA 3ENOA 1IJJA 4BRDA 1NGCA 3WXLA 1DKGD 4CD3A 4ISFA 2Q36A 3J8AA 4H0YB 3VEOA 3WQTA 4O8KA 5KPTA 4H0VB 2IIRA 3BF3A 2E1YA 1GLDG 2GTDA 4GY2B 4FWPA 2GWJA 5AFUH 4J8FA 3ZX3A 5AQSA 3KHYA 3U9ZA 3GOIA 4FWKA 1BU6O 4M63C 1YVNA 4I6MB 4FOIA 3VEWA 5AQWA 3QMLA 4Z94A 5KPRA 2PAVA 3CJ7A 4BR5A 2FF3B 5E84A 4H0TB 3IUCA 4I6MA 4NB4A 3L0QA 3VPZA 2E2OA 3BF1A 5KQDA 3VGMA 4WQ4C 5AQRA 3C0BA 4H5TA 3FZKA 4LC9B 3SMSA 3QBWA 5AQTA 3MN9A 5AQOA 1KAYA 2FXUA 2BTFA 2V52B 3H46O
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QEWA 4GNIA 4BRIA 5KRSA 4Z0UA 1HNWK 5CE3A 3IFRA 3LWMA 1FKPA 3OYDA 4E7IA 3HI0A 3I0SA 3H1VX 1HJRA 2EHGA 3ENBA 4YOVA 4DU3A 3EE9A 4CFDA 5D3GA 5BRHA 3S3MA 4BG8A 4JN4A 2QWRA 1BO5O 3F9KA 3RRGA 4DSKA 4FLWA 1U04A 4MO4A 2YHYA 3VENA 4BR9A 1JLAA 4DTRA 3KVGA 3VEZA 3RR8A 2X6NA 2IDOA 4FL9A 4ID1A 3AAPA 4EHUA 4EAHD 1WBBA 3AVKA 4C23A 1WSEA 4O55A 1ITGA 4M45A 3SI6A 4HUEA 3O80A 4B1VA 2HNDA 2HVIA 4ELTA 5AZJA 1U47A 4DR3K 2E6LA 4DTUA 3MX5A 3CMAN 1ZBLA 4PWDA 4BDZA 3ZETA 4CJTA 4Z4EA 3L2WA 1Q7YO 2GX9A 4FVUA 2HNZA 1JLFA 3ULEB 4CBXA 1GLJO 4MQ3A 3D2EA 4IEEA 3R1XA 1Z6RA 1EWQA 2HMIA 2HSTA 4HUGA 4FLXA 2F8TA 1SL0A 4IOAL 4CHZA 3I33A 3HBTA 4JI5K 4XH4A 3GDQA 2UXCK 1GOAA 4O4GA 3UKRA 1W9HA 3QB0A 5CYQA 1BA1A 1L3VA 4J2DA 1YHQN 4I2QA 1U2VA 1SL2A 4E1MA 2P9UA 1NLVA 4YNQA 4H03B 3CFRA 1WSHA 2O8FA 4CGIA 3KLEA 1TKXA 3SJJA 1UA0A 4BE0A 3V9XA 1L3TA 4RCHA 1YF5L 3J7ZO 1VQPN 3L2RA 2Q97A 1YIJN 1BIZA 4LF9K 3T19A 1Q9YA 1ILYA 3EL2A 2H3GX 1VSFA 1LWCA 4LFAK 1GLAG 1S5JA 3K0SA 1RDAA 3DYAA 5FPNA 2VWBA 3ITHA 4CW7B 4IXCA 2YI1A 3WXIA 4BRHA 3F2KA 3FZMA 5M1OA 5M1KA 1NGGA 1RT7A 4BQLA 4DU1A 4DR6K 1BCOA 1RGIA 2YHBA 2RF2A 3JS6A 1NK4A 2FF6A 3ZSZA 5AQKA 1HKCA 5LY3A 3A5NC 4L3QA 4PL7A 4CGDA 4WYBA 4KREA 2O8CA 1GLLO 4FO0A 3LP1A 4JKEA 5CR4A 2ZQBA 1QSSA 4J2AA 2OA8A 3MX2A 3CYMA 4DV2K 2OPSA 2PZSA 2ZJRL 1BGXT 1QE1A 1C0GA 2NRRA 4A2BA 3K58A 3I0RA 4JKHA 1Y64A 2I5JA 3THVA 2QWOA 4B3TK 3SQ4A 1MDUB 2A1SA 1GLFO 3AY9A 4IKFA 3EO3A 3EZ5A 5J2QA 4WQ5A 1HQEA 4BC2A 2WBNA 4DQSA 4BG9A 4K0KK 3CJBA 1RDWX 2ASMA 2E2NA 4CVNE 4KO0A 1OH7A 5JLHA 4O0JA 1HJOA 2E6MA 3SNNA 2ITMA 1HUXA 3VQ4A 1IKWA 3THWB 1W97L 3BY5A 3OYMA 4G1QA 3LDSA 4CD1A 3TAGA 4KHQA 1TL3A 3IDHA 3AO5A 2VWKA 2OYQA 3ZSYA 4JLHA 2I7NA 4E7JA 1LWEA 3QFPA 1VAZA 3CCJN 3RSEA 3VEYA 1QQMA 4RWTA 3K5MA 1BCMA 1JL2A 3SBGA 4RTFD 5F2RA 3O9UA 3QETA 4KH5A 1QQCA 1I94K 3O3FA 4J2EA 3DLGA 1QZ5A 4Z4CA 2QWLA 3KD1E 5KGWA 4K42A 3MN5A 2P9NB 1NNEA 5HRRA 2FSJA 2XY8A 1EETA 3K5NA 3OYLA 3O9QA 2WUSA 4DR5K 4FPAA 1KXPA 1B92A 2E2PA 3NAEA 5DK5A 3FR0A 3P83D 3CI5A 2W41A 1UOCA 2O8EB 4DQ8A 5AQQA 1ATNA 4CJLA 3NH1A 3MEGA 3L3VA 3MCPA 4MFBA 3CPEA 4XH1A 3C6TA 3OYBA 4EFHA 3V9WA 1QQNA 3ID6A 4B9VA 2W6LA 4IFYA 2OTLN 1QVGM 3L2VA 3JSMA 3DLRA 1RBUA 4AILC 2NLXA 3SZ2A 1QS4A 3U3GA 3VF6A 3SQ1A 3OS1A 5JVHL 1R0AA 1Z26A 1C0UA 4DTJA 4NXMK 1IG9A 2P51A 4KI6A 4KRFA 4W5OA 2V7YA 4KHWA 5BR9A 1BDGA 4QAGA 4B9LA 2Z1HA 1S9EA 4FLYA 2D0CA 1VK0A 3H3NO 4FWRA 4BR4A 3OYAA 4DLEA 4Y0WA 3N4PA 4H0XB 5T7BA 4M41A 2E1ZA 4CZIA 4DF8A 2ZJPL 4NO7A 1TYQB 4M3XA 4X62K 3HYFA 3QFUA 1KFDA 2E8AA 1NWKA 4FZXC 4FLTA 1X9JA 3C6HA 3V9ZA 3AO3A 2P9SB 1VQKN 4FJKA 1ZXOA 1GLCG 4OKKA 4IO9L 3VETA 1F21A 3TSPA 3R6MA 2WTUA 4CJRA 3NFAA 3P31A 4CK3A 4DTSA 3KWIA 4FM1A 2Q2RA 1C1BA 3T1HK 3AA4A 1T7PA 3TAEA 3VGLA 3PO5A 4IDKA 2O8BB 3C7NA 2D1KA 4CZKA 5AQPA 3WXJA 1LWFA 2F9WA 1DLOA 2FLOA 4A59A 1XQSC 4FWLA 1OH6A 2QM1A 1SS6A 3V1OA 3NH2A 5HP1A 2GUPA 3WNHA 4FK4A 1N33K 5GIPA 3O5BA 4FJ9A 2QW9A 3OYHA 1RFQA 1WN7A 4Z4IA 3OW2M 5FLXO 3VQ7A 3G0ZA 3WXLA 1DKGD 4ISFA 3VEOA 4OPJA 2W42A 2G8UA 4FVMA 3OBWA 1S1UA 3CCEN 3S3OA 3K5OA 1M90O 4DG1A 3CD6N 5AQSA 2HB5A 4FWKA 4GVEA 3HP9A 3BDPA 4FYDA 4FOIA 3LZJA 1U4BA 3DRSA 3VQCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4JEP A;  1XMQ K;  2QTD A;  2HBM A;  2NRT A;  1P90 A;  2IGI A;  3SJH A;  1ASW A;  2FBV A;  4CEE A;  4IOC L;  3P38 A;  5BRD A;  4BE2 A;  2P5G A;  3ENO A;  3HXM A;  4CFB A;  4CIE A;  1WB9 A;  1NGC A;  3NGZ A;  1FJG K;  4CD3 A;  4LSL A;  1E3M A;  5C24 A;  3WQT A;  2G8K A;  4LD0 A;  4PY5 A;  5J2N A;  2VGM A;  4RW7 A;  4H0V B;  1VQM N;  3SUO A;  4KKO A;  3BF3 A;  1GLD G;  2GTD A;  1VSE A;  4FWP A;  3AO4 A;  1TGO A;  3VQ8 A;  5HL7 L;  2WC9 A;  4DTX A;  4C1N K;  3PX4 A;  4CK1 A;  3ZX3 A;  1Q8I A;  3KHY A;  4M63 C;  1YVN A;  4FLU A;  4DSL A;  2F8S A;  2PAV A;  3V1Q A;  3CJ7 A;  3MXM A;  1WSI A;  3PO4 A;  4U7B A;  1HNZ K;  4H0T B;  1RTD A;  2IC3 A;  3IUC A;  4EZ6 A;  1J9A A;  5AQR A;  3FZK A;  4CJS A;  2HHW A;  1S1T A;  4CHY A;  3QBW A;  4CF9 A;  3MN9 A;  4JK7 A;  2GUI A;  3MEE A;  5AQO A;  1KAY A;  2FXU A;  4M3U A;  1U45 A;  4C8O A;  2NRW A;  3H46 O;  3PV8 A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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