3R9PA

Crystal structure of acka from mycobacterium paratuberculosis atcc baa-968 / k-10
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
380
structure length
380
Chain Sequence
RRVLVINSGSSSLKFQLVDPEFGVAASTGIVERIGEESSPVPDHDAALRRAFDMLAGDGVDLNTAGLVAVGHRVVHGGNTFYRPTVLDDAVIARLHELSELAPLHNPPALQGIEVARRLLPDIAHVAVFDTGFFHDLPPAAATYAIDRELADRWQIRRYGFHGTSHRYVSEQAAAFLDRPLRGLKQIVLHLGNGCSASAIAGTRPLDTSMGLTPLEGLVMGTRSGDIDPSIVSYLCHTAGMGVDDVESMLNHRSGVVGLSGVRDFRRLRELIESGDGAAQLAYSVFTHRLRKYIGAYLAVLGHTDVISFTAGIGENDAAVRRDAVSGMEELGIVLDERRNLAGGKGARQISADDSPITVLVVPTNEELAIARDCVRVLGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
pubmed doi rcsb
molecule keywords AckA
source organism Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis
molecule tags Transferase
total genus 135
structure length 380
sequence length 380
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2011-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r9pA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r9pA02
3BP8A 3IMXA 4IZ9A 5AQMA 1KAXA 3ZX0A 5AQKA 3O08A 4FPBA 2A42A 4BR7A 3L6QA 1P8ZA 3FGUA 1K8KA 5AQTA 3MCPA 2QXLA 2Q2RA 3U9DA 1DGKN 2A6AA 1T6CA 4I6MA 4CI6A 3CJ1A 2FF3B 2QWRA 4IO8A 1QHAA 4AM7A 1LOTB 2EWSA 3EO3A 1C0GA 4K42A 4A2AA 3VEWA 3WXKA 4FWKA 3VPZA 4FSVA 5BRFA 3VF4A 3D2EB 1NGEA 3HTVA 3FR0A 4IJNA 1BU6O 4FPAA 1E4FT 2CH5A 4BRNA 3QICA 5AQHA 2P9IA 2NZTA 3LDOA 4FO0A 2P9IB 1YUWA 4CZLA 1SZ2A 3EZWA 3CQYA 4FWQA 3A5NC 3O8MA 4EIAA 2DPNA 3FLCO 4WQ4A 2Q31A 5LJVA 3AARA 1X3MA 4J8FA 1NGFA 4O5FA 4DHYA 3TPQA 2P9KA 2ITMA 1X3NA 3G25A 2E2OA 3C7NA 2Q0RA 4GNIA 1NGAA 1GLDG 2NLXA 4XH1A 3EN9A 4IWVA 5AQQA 5AQJA 2BUPA 2H3GX 1XQSC 3ZEUB 3IFRA 2D0OA 3H3OB 3SMSA 2D4WA 3WEEA 1XC3A 1QQMA 2IVNA 1GLEG 3VESA 3MN5A 1NWKA 3S41A 2VCPA 4WQ5A 4XH4A 4XEIA 1NGCA 3CJAA 2P9LB 2W41A 2OANA 2HF4A 3VERA 2I7PA 1ZXOA 1T6DA 3DXKA 1BWFO 4MLEA 1NGJA 2D1KA 4H0PA 5AQSA 4PL8A 4QS9A 5FPNA 2P9PA 3ATUA 3TU5A 5JMVA 1BA0A 4BROA 3QMLA 5E26A 3DXMA 3DWLA 1NGGA 5FPMA 5LY3A 4JD2A 3UB5A 3UKRA 1QZ6A 4IXCA 1Q18A 4HWIA 2V7YA 1NGDA 4BVPA 4JAXA 3AAPA 2QWOA 3C0BA 3GDQA 4BRLA 4FWRA 5FPEA 2FXUA 3SMPA 4FWMA 3CETA 3O5BA 3W0LA 1NGHA 1D4XA 5BRDA 3H3NO 4PKGA 3HSCA 1GLLO 4BRFA 3QBXA 1LCUA 1U2VA 4JHDA 3VEVA 1YXQA 2W40A 3GG4A 4WQ4C 5F2RA 1MWKA 4FWSA 3GE1A 1TUYA 3CQXA 2E2PA 3ULEA 1NLVA 5EXWA 2NRHA 1TYQB 3VOVA 4BRIA 2QWLA 3BF1A 4O8KA 2E1YA 5BN8A 1MA9B 4BGAA 4H5VA 4A62A 3CHWA 2A5XA 3VGKA 4EFHA 2CGJA 3FZHA 3U4LA 4AM6A 5AQUA 1HPMA 2I7NA 5ELZA 4BREA 4ISEA 3DAWA 2CGKA 2E1ZA 2BTFA 1IG8A 2Q0UA 5JLFA 4CZGA 2E20A 1XUPO 3VEXA 5BR9A 5KQ8A 3M6GA 4H0VB 3GL1A 4CJ7A 1KAZA 4B9QA 3P4IA 4WQ5C 3EL2A 4CZHA 1JCFA 4WYBA 2QWMA 2HOEA 1G99A 3D2EA 3QFPA 5AZJB 2P9NB 4FOIA 4B1ZA 4CD1A 2A40A 1EQYA 1V4TA 1J6ZA 1YVNA 4BR4A 4CD3A 4BRAA 2D0PA 3FZLA 2V52B 2ASPA 1HKBA 4C23A 2V7ZA 5AQFA 3UE5A 2Q36A 3ID8A 4H0YB 4H0OA 3QB0A 4H5WA 3VEOA 4CBWA 5CE3A 4LC9B 3UKUA 3D2FB 2AA4A 4A61A 1GLAG 3UKUB 4BRCA 5I9EB 2VYPA 4CZMA 1R59O 5AFUA 2YHWA 3ENHA 2E8AA 2P9SB 2ZF5O 5EOYA 3FE1A 3O6WA 3I8BA 4PL7A 4IJAA 3ZEUA 4BRMA 3CJBA 4FWLA 1ZBSA 3U8XA 4BRQA 4MO4A 4BR9A 2GEMA 3H1QA 5AQYA 3CJCA 3IDHA 1BDGA 3ATVA 3LDNA 3QFUA 2HF3A 3A5LC 1ATNA 2P9LA 3CERA 2E88A 4YDUA 4RWTA 4NO7A 1HUXA 1U6ZA 2P9UA 2V51B 3HBTA 5AQPA 2ASOA 3B8AX 3R8EA 3CIPA 2P9UB 4BR2A 4RCHA 4EHTA 1IJJA 4MO5A 4MLHA 1JCGA 4M7XA 3A8YA 2YI1A 2Q1NA 4BRHA 1WOQA 1Y64A 1Z6RA 2UYTA 3O1BA 3U9ZA 3RSEB 4CZJA 4FWPA 3FZFA 4QS7A 5TKYA 4FL9A 5AQLA 4RTFD 5AQXA 4EAHD 2GWKA 5LJWA 2PAVA 4XH5A 1NGIA 4B1XB 1NGBA 2IVPA 1X9JA 1NMDA 3M3ZA 3EKUA 3LM9A 1CZAN 5KPTA 1E4GT 4HTLA 1MWMA 3H6EA 4CBXA 3VGLA 3R6MA 4DQ8A 2F9WA 1QQOA 1HJOA 3MMVA 5BPLA 3QBWA 3AAQA 1NM1A 4K25A 3MK6A 2A3ZA 5EVZA 5AQRA 1TYQA 4H0TB 4BRPA 4FWNA 3WQUA 4H5RA 3BF3A 2CGLA 3MDQA 1ZC6A 1ATSA 3J8AA 3MN9A 5AZIA 3A5OC 1S22A 4CZFA 1GLFO 5AZIB 1ESVA 3ZETA 5KQDA 2ZGZA 3KHYA 3ZETB 3M1FA 2QWQA 1HLUA 5AQGA 3KVGA 5KPRA 5AR0A 5EX5A 5JLHA 5AQZA 2FSKA 5AFUH 4E1JA 4BGBA 2VWBA 3HI0A 4NB4A 3H1VX 1GLBG 3BEXA 3DJCA 4YDUC 2A41A 4CZKA 1DKGD 2P9NA 3FZMA 3VETA 3CI5A 5AZJA 1BA1A 3WXLA 3GOIA 1RGIA 4H5NA 4QS8A 1K8KB 1KAYA 3SJHA 3SK3A 1C0FA 3VENA 3L0QA 2IVOA 2GTDA 5ADXA 5FPDA 4I6MB 4K41A 3WQTA 1T44A 2ZWHA 3D2FA 4L3QA 1NBWA 4BRGA 2J4RA 1RFQA 5JICA 3FFKB 2E2NA 4H5TA 1RDWX 2KHOA 3O4WA 1HKCA 2QM1A 3QDKA 4B1VA 2P9SA 2QWNA 2F9TA 4B1UB 5BPMA 2HMPA 1TUUA 3L4IA 2E2QA 3HM8A 3VF2A 2GUPA 4FOEA 4BRDA 1HX1A 4ISFA 3LM2A 1OKJA 4BG9A 1HKGA 2FLOA 5B8HA 4M7YA 4BRKA 3D7EO 2YHXA 3ZX3A 2Q97A 3O1WA 1BUPA 2P9KB 3WT0A 4BR0A 4CZEA 2GWJA 1GLJO 5AQVA 4BR5A 3C7NB 5BPNA 5BRHA 4PKIA 3BUZB 2QW9A 4F9OA 4KBOA 5AQIA 2YJFA 5KPZA 3I33A 2CH6A 1Z05A 2ZGYA 4Y0WA 2PBDA 3R9PA 3W3DA 2YJEA 3RSEA 5AQWA 4BQLA 1SQKA 2QWPA 2FF6A 3WEEB 3IUCA 1QZ5A 4BVOA 5EY4A 1YAGA 3ZX2A 3JS6A 2FSJA 3VEZA 2IIRA 4A2BA 3KZBA 4BC4A 4CBUA 3SLCA 3LL3A 5BREA 3DXKB 3FZKA 4BQZA 3WUHA 1DEJA 3LDLA 1JCEA 3VEYA 1BOTO 1WUAA 3GBTA 3WXJA 2FSNA 1MDUB 2P9PB 3MN6A 4JN4A 3LDPA 4BC2A 3H46O 1H1VA 5F0XA 3CJ9A 3DXMB 1BO5O 3MN7A 3LDQA 4JD2B 3UKRB 3OHRA 2YCHA 5BN9A 4Z94A 3VGMA 2WUSA 4EHUA 1ATRA 1S3XA 1SAZA 4JNEA 1BG3A 1V4SA 3ENOA 5ADXH 4BC3A 4K43A 3EKSA 5F1XA 1KXPA 3A5MC 3AY9A 1QQNA 4H03B 3A0IX 4B1YB 2YHYA 3F9MA 3HZ6A 1U2VB 2GELA 4JHDB 4DB3A 5AQNA 4CZIA 3JXUA 3WXIA 2ASMA 4B1WB 5AQOA 3ULEB 4ISGA 4DCHA 4PKHA 4GY2B 3O80A 3CJ7A 4M63C 3H45C 4BG8A 4BC5A 1GLCG 3VF6A 2AP1A 5E84A 4H0XB 4FWOA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VRTA 4IZ9A 1RT1A 3ZX0A 5AQKA 3O08A 4B9MA 3FGUA 5GADP 3TWHA 5AQTA 3LP0A 4H4OA 4LSLA 5CZ1A 3P1GA 1HMVA 4K8XA 2Q2RA 3TAPA 1DGKN 3VQPA 4DFJA 2A6AA 4DF8A 4DSLA 2NRRA 3NF7A 3OYIA 1SKRA 5M1FA 2BDPA 1LOTB 4BY9C 2EWSA 2JWKA 4DTMA 4U67L 4BWJA 4CCHA 4KTWA 3CD6N 3O4QA 3VF4A 3FR0A 4IJNA 1BU6O 1VQPN 5AQHA 2P9IA 4NCAA 5HBMA 3DLKA 3F2KA 2O8DA 3EZWA 5IT9O 3O8MA 3RMBA 1NJWA 1WSHA 4J8FA 4O5FA 5D3GA 1WAJA 5KI6A 1Z25A 2P9KA 1CZBA 1B9FA 3F73A 4DU4A 3KD1E 2QXFA 3C7NA 4GNIA 4DSFA 1NGAA 1GLDG 4V19S 4IEIA 2FBYA 4XH1A 3V81A 4DR5K 3EN9A 3OYFA 1Q81O 2WBNA 4IO9L 2IOCA 2E6LA 2E5LK 3THXA 2PFUA 3AVJA 3WEEA 2UXBK 2IVNA 4M3ZA 1GLEG 4HTUA 5DM7L 3OYDA 1U04A 3SYZA 3P38A 3NGYA 1M1KO 3VQ6A 4XEIA 4B8CA 1UA0A 4DR4K 2W41A 5JVGL 3VERA 3SQ2A 2Q3SA 5C25A 3DXKA 4MLEA 3HM9A 4QS9A 3TU5A 4OVLA 1BA0A 3U3YA 1TVRA 1TAQA 3DWLA 5LY3A 3OTOK 1QZ6A 4I9QA 4IXCA 4HWIA 3AO2A 3PX0A 5C15A 4JV5K 3E01A 4X65K 3SMPA 2ETJA 1ZBHA 5M1PA 1G15A 1GLLO 4BRFA 3M8QA 3KIOA 3VEVA 3GG4A 3TI0A 2P5OA 4PY5A 4CF0A 3CQXA 4B8AB 1X1PA 2NRHA 4DLGA 1XHZA 4M42A 3BF1A 2AJQA 3IG1A 2F96A 4FLWA 2E1YA 4B9LA 1XMQK 4JKBA 2QEXN 3E1YA 4KH6A 3KD5E 4AM6A 4WFBL 2YV0X 3TSUA 3ID6A 3Q7BA 4BREA 4ISEA 1HNVA 2D0CA 4B3SK 4QAGA 1JXBA 3T1HK 2E20A 3VEXA 5KQ8A 1T8EA 3M6GA 4R5PA 2HBKA 4B9QA 3ZSQA 3DLEA 1C0MA 3EL2A 4AF1A 3VQCA 3WNHA 1QE1A 3MAQA 4IDKA 3SV4A 1XHXA 3N4PA 5AZJB 1Q7YO 4HUEA 4YFUA 1IV0A 2RHKA 4F2RA 4KHUA 2D0PA 2ASPA 2V52B 1HKBA 3SI6A 1HQUA 2HBLA 2KFNA 4H0YB 5CE3A 1TK8A 1ASWA 4LC9B 2ZQBA 3D2FB 4BRCA 1KCFA 2ZM6K 3NBPA 2WTUA 4JKGA 1C1BA 4RW7A 5HOOA 3C95A 2DTUA 2XY7A 2QKKA 2E8AA 3ZSZA 4BE0A 1JLGA 4Z4GA 2P9SB 1JLQA 4GV3A 3TABA 3RMCA 3FE1A 1I94K 4DV7K 1RT4A 3I8BA 3ZEUA 4DUZK 4CHQA 2KZZA 2OPRA 5HRPA 3U8XA 4BRQA 4M3XA 1RBSA 4CHOA 3CJCA 3EE9A 1WSJA 1QSYA 3K5OA 3SUQA 1NK8A 1ATNA 2P9LA 4RWTA 2E88A 4NO7A 1U6ZA 2P9UA 5AQPA 4I7FA 3MECA 3KTQA 3JSMA 3AA4A 4M7XA 4FK4A 2Q1NA 1WOQA 3U9ZA 3OYCA 4CZJA 3EYZA 4FJMA 3DOLA 3QLHA 4GVEA 3TTDA 3QEXA 5TKYA 4EAHD 1HQEA 4XH5A 5DK5A 5J1EA 1NMDA 3EKUA 3LM9A 3AGKA 2B4JA 1CZ9A 5KPTA 3KKRA 4HTLA 3CM5A 1LWEA 2HVIA 4K8ZA 4OLBA 2KTQA 4N76A 2F9WA 1XMOK 3D6RA 1NK5A 1NM1A 3SJJA 1J5OA 3OA9A 4OX9K 3EZ5A 1BGXT 1FKOA 5GAGP 4NCGA 4AHCA 3MN9A 3CCJN 4CZFA 3OS0A 4B08A 2D0AA 4A59A 1VSEA 1EXQA 1HYSA 2YHBA 2HBJA 1HLUA 1RTIA 1QVFM 5AR0A 4E1JA 2NUBA 2Z1IA 3CPEA 3H1VX 1GLBG 2Z1HA 3BEXA 1S1XA 4IOCL 1J9AA 1N33K 4YDUC 4E7IA 4LFAK 1DKGD 2P9NA 3VETA 2KLAA 1D8YA 2HHUA 1RDDA 1IG9A 1S6PA 2HB5A 1O13A 1KAYA 3AVKA 3EE8A 4PHTX 2XRIA 3VENA 1NK9A 3L0QA 3LP3A 4IG0A 2GTDA 2OPSA 1MU2A 3OS1A 1RCHA 4L3QA 1NBWA 5JICA 5LMUK 5C2FA 1RDWX 3E9LA 4CJ5A 3CYMA 2F4VK 3HL8A 1K6YA 3O4WA 1IKWA 1VSIA 1U4BA 4DR2K 3HXMA 3L4IA 4JKAA 3D0PA 1BISA 3I56N 3SQ4A 4I9LA 4ISFA 3OYJA 1OKJA 1HKGA 2FLOA 3CCRN 4YY3K 4PWDA 4B3MK 3SBGA 4ELVA 3O1WA 1U49A 3LAMA 3DLRA 1N36K 3QNNA 1TKDA 4JS4A 5BPNA 1C1CA 2W6LA 2X78A 3BUZB 4DSJA 4DKWA 3AVLA 3J7YP 1Z05A 2ZGYA 3R9PA 3W3DA 2YJEA 4BQLA 3SNNA 2O8CB 1NJXA 5JS2A 3TR8A 4C1NK 3BZKA 4JI2K 1ZBUA 1VQON 1IBMK 1A5VA 3OVNA 4N56A 4LF9K 3PSFA 1UAXA 2YKMA 3L2UA 4BQZA 3C65A 3WUHA 1BCMA 3LDLA 1JCEA 3WXJA 2P9PB 3QINA 1XNRK 4JN4A 3TAFA 3LP1A 3LDPA 2O4GA 1RBUA 2X6NA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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