3R9PA

Crystal structure of acka from mycobacterium paratuberculosis atcc baa-968 / k-10
Total Genus 135
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
135
sequence length
380
structure length
380
Chain Sequence
RRVLVINSGSSSLKFQLVDPEFGVAASTGIVERIGEESSPVPDHDAALRRAFDMLAGDGVDLNTAGLVAVGHRVVHGGNTFYRPTVLDDAVIARLHELSELAPLHNPPALQGIEVARRLLPDIAHVAVFDTGFFHDLPPAAATYAIDRELADRWQIRRYGFHGTSHRYVSEQAAAFLDRPLRGLKQIVLHLGNGCSASAIAGTRPLDTSMGLTPLEGLVMGTRSGDIDPSIVSYLCHTAGMGVDDVESMLNHRSGVVGLSGVRDFRRLRELIESGDGAAQLAYSVFTHRLRKYIGAYLAVLGHTDVISFTAGIGENDAAVRRDAVSGMEELGIVLDERRNLAGGKGARQISADDSPITVLVVPTNEELAIARDCVRVLGG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
pubmed doi rcsb
source organism Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis
molecule tags Transferase
molecule keywords AckA
total genus 135
structure length 380
sequence length 380
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.2.1: Acetate kinase.
pdb deposition date 2011-03-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00871 Acetate_kinase Acetokinase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r9pA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3r9pA02
2FSJA 3VGMA 5KPRA 2VCPA 4JHDA 3EZWA 3HI0A 1YVNA 5AQFA 1YXQA 1BA0A 4IWVA 3UKRB 4CZGA 4B1VA 3ZX0A 1V4SA 2A42A 4FPBA 5AQJA 1TUYA 1BU6O 5JLHA 4JAXA 5F1XA 1ZXOA 1KAZA 4QS8A 2VWBA 1QQOA 5AQMA 5TKYA 1S3XA 1U6ZA 2GEMA 3LDQA 2QWPA 3L4IA 3OHRA 5LJVA 3WQTA 4A62A 4B9QA 2W41A 5LJWA 1T6CA 4FWPA 2D1KA 2QWMA 4H0OA 3GL1A 2ZGYA 3M3ZA 5F0XA 3M6GA 3I8BA 1YUWA 3VEOA 4H0VB 5E84A 1H1VA 4FWQA 4IXCA 4EFHA 3ULEB 5AQYA 3EO3A 4WQ4A 4PKGA 4BRLA 4DHYA 1QZ5A 2YCHA 5BRDA 1NM1A 3LDOA 4NB4A 4YDUC 3A5MC 5AQUA 3VEYA 4EHTA 3P4IA 3UKUB 4I6MB 3ZEUB 3CIPA 3H45C 3W0LA 3VF2A 3AAQA 3WXKA 1KXPA 1J6ZA 3MK6A 4CZFA 3SK3A 2FF3B 3CJAA 1QQNA 4CZIA 4WQ5C 2YJFA 3TU5A 1S22A 4BC2A 1MA9B 3A5NC 3IFRA 2P9IA 2J4RA 3H3NO 3CI5A 3ZETA 3ZEUA 1NBWA 4BQLA 1IG8A 2CGLA 1LOTB 3UKUA 1NGIA 1JCFA 1ZBSA 2P9KA 4RWTA 3C7NA 2DPNA 3C0BA 4LC9B 3FGUA 1XC3A 5AQKA 4FO0A 2A5XA 4PKHA 3HSCA 4FWLA 4K25A 3B8AX 3ULEA 2ZWHA 3R9PA 3CJCA 4B1XB 3D2EB 2FXUA 5AQLA 4CZJA 5BN9A 2P9NA 2P9LA 1QHAA 2PBDA 2IVNA 5B8HA 4CZMA 4BC3A 1TYQB 1JCGA 4YDUA 5AQXA 3BP8A 4B1ZA 3MMVA 1C0FA 1NWKA 2D4WA 4FOIA 3CHWA 3VEXA 4Y0WA 5AZIB 5EX5A 3SJHA 1X3NA 4ISFA 3WEEB 1U2VB 1GLLO 1NGDA 2A3ZA 3F9MA 4H0TB 3UB5A 3O80A 2QWOA 4K42A 3VEWA 2E2QA 5BRFA 1GLCG 4BRAA 3GDQA 4BR2A 4B1UB 3O5BA 3UKRA 4IJAA 3CQXA 2Q0UA 2V51B 2IVOA 3U8XA 3VETA 5BN8A 3O4WA 1QQMA 1HKCA 4JD2A 1NGJA 2E2OA 2Q31A 1SAZA 2P9UB 3O6WA 1WUAA 4EHUA 1BO5O 1ATSA 2A41A 1HKGA 2BUPA 2V7YA 3KHYA 2KHOA 3QMLA 4CZLA 3JXUA 1C0GA 5AR0A 3HZ6A 3QBWA 4H5RA 3WXLA 1MDUB 5AQSA 1T6DA 3EKSA 3LM9A 1DKGD 3LM2A 3VERA 4CBWA 3DXKB 1QZ6A 5I9EB 4BRHA 3UE5A 4CI6A 1BG3A 3CJBA 2IVPA 1K8KA 2FSNA 3DAWA 5CE3A 1Q18A 4EAHD 4A2BA 5JICA 2PAVA 3JS6A 4BRDA 3U9DA 4IZ9A 2E1ZA 1KAYA 3GG4A 3MDQA 5AQGA 4BC5A 5EXWA 1RFQA 3O8MA 4FL9A 1HUXA 2NZTA 2E1YA 3CJ9A 2WUSA 2NLXA 3H1QA 2A6AA 4BR4A 2FF6A 4WQ5A 4FWNA 5BPNA 3BF3A 4BR9A 3IUCA 5AQNA 1ATNA 3O1WA 1BA1A 4GY2B 3VEVA 4BREA 5ADXH 4BGBA 1D4XA 2Q1NA 4CJ7A 5AQVA 3W3DA 3MN7A 4FWMA 2QM1A 4BR0A 2P9KB 2E8AA 2HOEA 3SMPA 3VENA 3ZETB 3LDLA 1DGKN 1Y64A 3A5OC 3AY9A 4FWSA 4H5VA 1BUPA 2EWSA 3AARA 4O5FA 2CGJA 4FPAA 3CQYA 4CBUA 1K8KB 4JN4A 5AQIA 1ATRA 1GLFO 2GELA 2V52B 3FZFA 3M1FA 1MWKA 3R8EA 1V4TA 4ISEA 3QDKA 3WUHA 5FPNA 5AFUA 3S41A 2GWKA 1HLUA 3MN6A 4I6MA 4EIAA 3IDHA 3TPQA 2HF3A 5BPLA 4MLEA 4QS7A 5AQPA 1NGBA 1SZ2A 2QWLA 4H0XB 4BR5A 2E2NA 4BRKA 3HM8A 2W40A 3EKUA 1WOQA 2ASMA 3DXMA 4K43A 5AQWA 1T44A 3CETA 1KAXA 1BOTO 2GTDA 2VYPA 3VGLA 2P9SB 4HTLA 2UYTA 4RTFD 3ENOA 4RCHA 3WEEA 2I7PA 2P9NB 4FWRA 5ADXA 1HJOA 3DXMB 3KZBA 3QICA 1LCUA 1HKBA 2D0OA 1X3MA 3CJ1A 4MO5A 4XEIA 2P9SA 5ELZA 2F9WA 4B1YB 3GE1A 3HTVA 2YHYA 2D0PA 4JNEA 2Q97A 2I7NA 4H03B 1XQSC 3DXKA 1ZC6A 4BRPA 5AQHA 5AQZA 3WT0A 4FWKA 2P9IB 3HBTA 5AFUH 1E4FT 1Z05A 3A8YA 3H46O 3WQUA 4B1WB 5BPMA 3BEXA 3VPZA 3MCPA 2H3GX 2QWNA 2FSKA 4K41A 1IJJA 4CD3A 3G25A 4JD2B 1YAGA 4BRMA 3ID8A 2YJEA 1RDWX 4DB3A 3AAPA 3QB0A 1GLAG 2E20A 4BQZA 4XH5A 4A61A 4BVPA 4BR7A 1GLBG 3FLCO 3GOIA 2OANA 5AQOA 1NGGA 2AA4A 4NO7A 2IIRA 2QXLA 2BTFA 5AZIA 1NGCA 5KPTA 4BRQA 1BWFO 3DJCA 1GLEG 4WYBA 5KQ8A 1TYQA 3D2FA 4CBXA 3QFPA 1CZAN 4DQ8A 3RSEA 2P9LB 3BF1A 5AQQA 5FPEA 3H1VX 1BDGA 4BRGA 3R6MA 3VF4A 4BVOA 1NLVA 4BRCA 5AZJB 4BGAA 3FFKB 4Z94A 2E2PA 2Q2RA 4AM6A 1TUUA 3BUZB 1NMDA 4XH1A 2QW9A 3D2FB 2Q36A 4J8FA 3FZHA 3CJ7A 4M7XA 4XH4A 3IMXA 4L3QA 2ZF5O 1JCEA 3FE1A 2P9PB 4JHDB 3L6QA 3ZX2A 3FR0A 5JLFA 4FOEA 4H5NA 3MN5A 4PL8A 5KPZA 2AP1A 4FSVA 1NGHA 4F9OA 5BR9A 3LDNA 4H5WA 5FPMA 3VEZA 4BG9A 5F2RA 3ENHA 2YI1A 5E26A 4ISGA 3SLCA 2E88A 3U4LA 2QWRA 1NGEA 4CZHA 2HF4A 4BROA 1GLDG 2ASPA 4DCHA 3ATUA 4AM7A 4M63C 1NGAA 4KBOA 1E4GT 4C23A 1P8ZA 1DEJA 3EN9A 4CZKA 4CZEA 1OKJA 1X9JA 4MO4A 3WXJA 3H3OB 4FWOA 4H0YB 1XUPO 2V7ZA 2QWQA 4H5TA 4WQ4C 3LL3A 1NGFA 1Z6RA 4BRIA 2ASOA 2YHWA 4IJNA 2P9PA 5BRHA 3A5LC 1EQYA 3D2EA 4IO8A 3FZMA 2CH5A 3RSEB 1HPMA 3A0IX 4HWIA 5EVZA 3VF6A 4A2AA 1SQKA 2Q0RA 4QS9A 5FPDA 3KVGA 5AQRA 3D7EO 4BRNA 5AZJA 3O08A 3VESA 1G99A 3DWLA 4M7YA 4BG8A 3U9ZA 4BC4A 1MWMA 4O8KA 3FZLA 3LDPA 4H0PA 5LY3A 5EOYA 2ITMA 3C7NB 3VOVA 3CERA 2A40A 5BREA 4PL7A 3L0QA 1RGIA 2GUPA 2GWJA 3QFUA 2YHXA 2HMPA 4GNIA 4CD1A 2NRHA 3ATVA 4E1JA 3SMSA 2P9UA 3VGKA 3H6EA 1GLJO 2FLOA 3FZKA 3I33A 2ZGZA 1R59O 5EY4A 3GBTA 3QBXA 4MLHA 5JMVA 1ESVA 5AQTA 2CGKA 2CH6A 3O1BA 3WXIA 4PKIA 3ZX3A 5KQDA 3EL2A 3J8AA 3MN9A 4BRFA 1U2VA 2F9TA 1HX1A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KPRA 2VCPA 5HOOA 4CEDA 3EZWA 3HI0A 3T69A 4IWVA 1BA0A 2GX9A 4CZGA 5HRNA 4DTMA 1RTJA 4B1VA 3ZX0A 3KK1A 5AQJA 3DI6A 5M1QA 1RBVA 4U67L 4CEBA 1SKSA 1NJXA 3CQ8A 1ZYQA 4B08A 3AA4A 2QWPA 3RTVA 3V9XA 5LJVA 2UXBK 3WQTA 4CJ5A 4B9QA 3TSUA 5LJWA 1CZBA 4QCLA 2NRWA 3GL1A 1W9HA 5F0XA 1QQCA 4QOZB 1FKPA 2O8CB 1YUWA 1D9FA 1H1VA 2OCEA 3ULEB 1HRHA 1VSLA 3HPGA 3QEWA 3P31A 1TL3A 4DHYA 2ZJRL 3LDOA 4ICLA 3A5MC 3VEYA 4EHTA 3UKUB 4F4KA 3G10A 3CIPA 4B3SK 4ILGB 2RE2A 3VF2A 4NLBA 3E9LA 1TGOA 1J6ZA 3MK6A 4JKGA 1LAWA 4FLWA 3DYAA 1QQNA 3QESA 4U7BA 3TU5A 3A5NC 3H3NO 2HHUA 4BDPA 4AHSA 3ZETA 3ZEUA 3AA2A 4N56A 1CZ9A 4LF8K 4ID5A 4B9TA 5MLCQ 4PKHA 1B92A 1VSDA 3SAFA 3SNNA 3KLHA 3R9PA 3SV4A 4F2RA 5AQLA 3HP6A 4F3TA 2ZE2A 1L5UA 3VQ7A 4M45A 2IVNA 4ILJA 2B6AA 2X6NA 5M1OA 1JCGA 1Q82O 4CJEA 3BP8A 1SUQA 1C0FA 4FOIA 3CHWA 3ZT1A 3O9RA 4KH4A 4ISFA 1U2VB 3C95A 1GLLO 3ZSXA 4N5SA 4C8KA 3AO3A 3C65A 3LANA 1WSIA 3C6UA 2IVOA 1HQEA 3U8XA 3VQAA 5BN8A 4A5AA 2W6KA 1KFSA 1QQMA 4MFBA 5C2DA 3TAQA 4EHUA 1ATSA 3KHYA 5AR0A 4M3TA 3QBWA 1MDUB 2NRVA 4AF1A 4DTPA 1T6DA 1ASUA 3VERA 4CCHA 4CBWA 1GOBA 2O8DA 3AO5A 3VMFB 3AVIA 4IOCL 2WFBA 1Q81O 3UE5A 4JI2K 1BG3A 3CJBA 4FJJA 2IVPA 3DAWA 1YVUA 5CE3A 5J2PA 4EAHD 4A2BA 3C6AA 2DFHA 2PAVA 3LWLA 4DV4K 4I2PA 3MXMA 1SL2A 3U9DA 1KLMA 4E7LA 3MDQA 4BC5A 5I42A 1RFQA 4DTXA 4CE9A 4ZTJA 1HUXA 2E1YA 4JK7A 3CJ9A 2PFUA 4DV5K 3H1QA 3IAYA 1WAJA 3OTOK 2FF6A 5BPNA 2HHTA 2GV9A 4DFPA 3ZYYX 3K5OA 3F73A 5AQNA 1ATNA 3VA3A 1BA1A 4GY2B 2EX3A 4FJXA 3VEVA 4V19S 4AHCA 1EO1A 5ADXH 4JLHA 3MN7A 4FWMA 3SJJA 3SMPA 3ZETB 3K9JA 1RBUA 1REVA 5GAEP 3D0PA 5C24A 4EP4A 4LF9K 1O13A 3K9KA 3CCRN 2FBYA 3NVMA 1GLFO 2GELA 3FZFA 3M1FA 5C12A 3HPOA 4DFKA 4JV5K 4ISEA 3WUHA 3KKRA 3L8BA 2GWKA 3NFAA 4I6MA 4EIAA 3PSIA 4FXDA 2HF3A 3WXMB 1NGBA 1SZ2A 3LP0A 2EHGA 3I0SA 3EKUA 3T3FA 2ASMA 2Y1JA 3KD5E 4LFAK 4CFCA 1T44A 1S1TA 1BOTO 4CJSA 2VYPA 3VGLA 3HSTB 3U3YA 2YNIA 4KHYA 3VQQA 1IBKK 2Z1HA 1HJOA 5M1PA 4KHWA 2D0OA 2F7TA 1KCFA 3SBGA 4ELTA 1ASVA 2P9SA 4OPJA 1VQ8N 4B1YB 1XNRK 1VSIA 3QIOA 4H03B 3OW2M 1ZC6A 1U4BA 1NK8A 2P9IB 1M90O 3HBTA 5AFUH 3NH0A 4GV9A 4E1NA 1R0AA 1Z05A 4CEZA 3H46O 4CJLA 5BPMA 4DQQA 1HMVA 1SKWA 4IOAL 1J9AA 2H3GX 3RRGA 4IKFA 3KWIA 2FSKA 4DTUA 3OBYA 1SL0A 4DQRA 2G8WA 4JD2B 4ZTFA 4DV0K 3J7YP 3ID8A 2P5OA 1RT6A 2VQFK 4DV3K 3O9UA 4A61A 2QA4N 2KTQA 5C10A 4FJ7A 4LF5K 1J5EK 3BDPA 2IIRA 3SUPA 1S1XA 1NGCA 3O9SA 4DV7K 4BRQA 1NK0A 3K0SA 3DJCA 1HNWK 1GLEG 1X1PA 4WYBA 1FW6A 3PX0A 2YKNA 3CCEN 1KVCA 3OYHA 1NK5A 2QI2A 1IBMK 3HPHA 3TANA 4DSLA 3BF1A 3SYZA 3MWPA 3R6MA 3VF4A 2FBXA 4BVOA 1YJ9N 5AZJB 4BGAA 3FFKB 4Z94A 1LW0A 2E2PA 4AM6A 3SQ2A 1TUUA 3KK7A 2Q36A 1B9FA 1NKBA 3MX2A 3CMAN 1KC8O 1HYZA 3CJ7A 1EXQA 3SPYA 1FKOA 3FE1A 2P9PB 1JXEA 2NNWA 1J5OA 4M3ZA 2XRIA 5JLFA 4DTSA 1BGXT 2DTUA 3P1GA 2AP1A 3VEZA 4WCEL 4Z4EA 1IV0A 1W7AA 2HHXA 2YI1A 3SLCA 2WC9A 2E88A 3KIOA 3LP3A 3U4LA 4KREA 1NGEA 4PY5A 2D0CA 3OYGA 1GLDG 3ALYA 2XO7A 3ASMA 4DCHA 4KBOA 3KLEA 3AO1A 1E4GT 2E6MA 2O8EA 1RILA 3OYIA 4KI6A 4YORA 4CFAA 3AO2A 3WXJA 3OS1A 1BCOA 2FBVA 3ZSZA 1B9DA 1JXBA 1Z6RA 2ASOA 4JI4K 4M3XA 5BRHA 1QVFM 4F8RA 5KTQA 3HYFA 3ENBA 5EVZA 1RDBA 1G15A 3PIOL 2FC0A 2Q0RA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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