The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
153
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sequence length |
480
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structure length |
445
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Chain Sequence |
MNASEFRRRGKEMVDYVANYMEGIEGRQVYPDVEPGYLRPLIPAAAPQEPDTFEDIINDVEKIIMPGVTHWHSPYFFAYFPTASSYPAMLADMLCGAIGCISPACTELETVMMDWLGKMLELPKAFLNEKAGEGGGVIQGSASEATLVALLAARTKVIHRLQAASPELTQAAIMEKLVAYSSDQAHSSVERAGLIGGVKLKAIPSDGNFAMRASALQEALERDKAAGLIPFFMVATLGTTTCCSFDNLLEVGPICNKEDIWLHVDAAYAGSAFICPEFRHLLNGVEFADSFNFNPHWLLVNFDCSAMWVKKRTDLTGAFRRFRSLKMWFVFRMYGVKGLQAYIRKHVQLSHEFESLVRQDPRFEICVEVILGLVCFRLKGSNKVNEALLQRINSAKKIHLVPCHLRDKFVLRFAICSRTVESAHVQRAWEHIKELAADVLRAERE
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Open conformation of human DOPA decarboxylase reveals the mechanism of PLP addition to Group II decarboxylases.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Lyase
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| source organism |
Homo sapiens
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| molecule keywords |
aromatic L-amino acid decarboxylase
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| total genus |
153
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| structure length |
445
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| sequence length |
480
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| ec nomenclature |
ec
4.1.1.28: Aromatic-L-amino-acid decarboxylase. |
| pdb deposition date | 2011-03-31 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00282 | Pyridoxal_deC | Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | dopa decarboxylase, N-terminal domain | dopa decarboxylase, N-terminal domain | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aspartate Aminotransferase; domain 2 | Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Aspartate Aminotransferase, domain 1 | Aspartate Aminotransferase, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WYU A; 2R0T A; 1ASE A; 2XBN A; 3HBX A; 3LWS A; 4LC3 A; 1M0P A; 4Y0I A; 5E4Z A; 4KXK A; 5C6U A; 4PFN A; 3TFU A; 3WY7 A; 1BW0 A; 1J32 A; 4A0R A; 1E5F A; 2V1P A; 1DTY A; 3A2B A; 3PJ0 A; 3FQ7 A; 1ORD A; 5DJ1 A; 2CAN A; 4EU1 A; 7AAT A; 3R9A A; 4GSA A; 3UAK A; 3PA9 A; 1BJ4 A; 4R2N A; 4RKC A; 1JS3 A; 5EUD A; 1TOK A; 2VI9 A; 3GET A; 2VMX A; 2WK9 A; 3EIB A; 4ZDL A; 4CVQ A; 3D6K A; 3H7F A; 4NOG A; 4R8D A; 3TCM A; 4F5G A; 3PD6 B; 2CJH A; 4RLG A; 4ZSW A; 2BI5 A; 4JE5 A; 3RUY A; 1OAT A; 2ZSL A; 5HDM A; 1TOI A; 1B9H A; 1EQB A; 3COG A; 1AX4 A; 1TOG A; 2CH1 A; 3MAU A; 4MGR A; 5E3K A; 8AAT A; 1ASF A; 1AKB A; 4DBC A; 1D7U A; 1OHW A; 5TF5 A; 1ASA A; 2ZY3 A; 2YHK A; 2GMS A; 2BYJ A; 3AV7 A; 1OHY A; 4Q75 A; 1BT4 A; 3QHX A; 5EAA A; 1S08 A; 2VMT A; 1C7G A; 4LNL A; 1ASM A; 1BS0 A; 4WXF A; 2CH2 A; 4AZK A; 5LH9 A; 1B8G A; 2ZJG A; 4BMK A; 2E7I A; 1AJS B; 3KE3 A; 1IBJ A; 2WKA A; 1MAQ A; 4P3M A; 2BKW A; 3DC1 A; 1CQ6 A; 5K8B A; 1MAP A; 2YKX A; 2FN6 A; 1YJY A; 2DGL A; 4WYA A; 4GDY A; 1C7O A; 1KL1 A; 1QIT A; 4A00 A; 4UHM A; 4WXG A; 2FNU A; 3BWO A; 1EG5 A; 2V0Y A; 3NYS A; 4IYO B; 3MAF B; 2CST A; 4A6U A; 4E1O A; 2CJG A; 3FZ8 A; 3FSL A; 4JEV A; 3VK4 A; 3PD6 A; 1CQ8 A; 1IJI A; 1TAT A; 2VMQ A; 1PMM A; 4ZWV A; 3NYU A; 4LNJ A; 1C4K A; 4BQ0 A; 2ZY2 A; 2EGY A; 3NUI A; 4ITG A; 3Q8N A; 1XI9 A; 2Z61 A; 1XEY A; 1M7Y A; 2HOX A; 3NUB A; 2QA3 A; 2Z1Y A; 1AMQ A; 3BCB A; 5E5I A; 1M0O A; 2EZ2 A; 3DR4 A; 4UQV A; 2C7T A; 3BN1 A; 2W8W A; 3MC6 C; 2Z9U A; 4MY5 A; 3N75 A; 4ZAH A; 1DFO A; 1AAW A; 4BHD A; 3WCO A; 1O61 A; 3OP7 A; 1AJS A; 4TMR A; 3EI6 A; 2YKY A; 2YKU A; 3ACZ A; 3JZL A; 1ZC9 A; 2E7J A; 3ZZJ A; 1B5O A; 3L44 A; 2AY1 A; 4IXO A; 1WKG A; 2YCN A; 2X3L A; 5M4B A; 2D5Y A; 4PVF A; 3AEL A; 2AY7 A; 4IYO A; 3MAF A; 2D64 A; 3GWP A; 1ARS A; 3PIU A; 1TAS A; 1OHV A; 3QN6 A; 4RM1 A; 4OT8 A; 1AIB A; 1W23 A; 2ZP7 A; 4W5K A; 1YJZ A; 4Y0H A; 5G4J A; 1C9C A; 1KKP A; 4XK1 A; 1ASD A; 3HVY A; 2VLF A; 1W7L A; 1C7N A; 5G0A A; 2TPL A; 2VMZ A; 3PDX A; 3AEM A; 1CZE A; 5FT8 A; 1DJU A; 3E6G A; 3LV2 A; 2AY9 A; 2CFB A; 1H1C A; 2W7K A; 3WKR A; 4DGT A; 2BI1 A; 2X8U A; 4XEW A; 1ZOB A; 3WX9 A; 2QBT A; 1LC7 A; 1V2E A; 4ZM4 A; 5M49 A; 1N8P A; 2WK7 A; 4XJO A; 4I8A A; 2BIA A; 1AJR A; 2HZP A; 3BC8 A; 4W91 A; 1ARH A; 1MLZ A; 3KGX A; 4EMY A; 4OBV A; 5HHY A; 4M2J A; 4AOA A; 3CQ4 A; 4XJP A; 2BWN A; 2CTZ A; 1LK9 A; 4W1W A; 4A6T A; 2HP1 A; 1AHX A; 5F8V A; 2HOY A; 2EO5 A; 1GC4 A; 2VGU A; 4QGR A; 3E2Y A; 4JEX A; 3MC6 A; 5D5S A; 1QGN A; 1IAY A; 1O69 A; 5J8Q A; 1UU2 A; 3E2Z B; 4ZWM A; 4JEW A; 1UU1 A; 3QPG A; 4RAE A; 4PIW A; 2EH6 A; 3VK3 A; 3MAD A; 2ORD A; 3N0L A; 1W7N A; 3B1E A; 1OXP A; 1RVU A; 2AEV A; 5HXX A; 4WXB A; 2R5C B; 2ZUK A; 4A72 A; 3NTJ A; 4AZJ A; 3GR9 A; 4WLJ A; 2C44 A; 3RBF A; 3ZRP A; 2VGW A; 1AHG A; 3JWA A; 1QIS A; 1BQA A; 3HDO A; 4U2H A; 1W7M A; 5AX8 A; 3FZ6 A; 2CY8 A; 3QGU A; 2AEU A; 3K40 A; 2FYF A; 3MKJ A; 2AY2 A; 3CAI A; 1C0N A; 3G8M A; 1ARI A; 3WZF A; 4R5Z A; 1DGD A; 2Z9W A; 2VGV A; 4JEZ A; 4M2K A; 2W7M A; 2GSA A; 2VIA A; 4WLH A; 3HLM A; 4A0G A; 4K2I A; 2VMN A; 4WYF A; 1M6S A; 2OKJ A; 2OGE A; 4OCA A; 2ZSM A; 1OXO A; 1M32 A; 3EI5 A; 4EB5 A; 2OGA A; 3E9K A; 4OTL A; 1AMR A; 2VI8 A; 1DJE A; 1O62 A; 1X29 A; 3E2Z A; 3GJU A; 4GE9 A; 2JJG A; 1AKA A; 3DU4 A; 2VMU A; 2D61 A; 1YAA A; 3EUC A; 3FRK A; 1BKG A; 2JJE A; 2W8V A; 3VK2 A; 1Z7D A; 1RVY A; 1G4V A; 2HUF A; 2AY5 A; 3DXW A; 2AAT A; 1MGV A; 2R5C A; 1ZOD A; 1JS6 A; 1S06 A; 4TN4 A; 1MDO A; 4IY7 A; 5FT6 A; 3A9Y A; 1FC4 A; 4WYC A; 2O0R A; 3G7Q A; 4IXS A; 2DKB A; 4MQR A; 1ASB A; 2RFV A; 4OMA A; 1QIR A; 4AO4 A; 3FZ7 A; 1GDE A; 4ADC A; 2QLR A; 2HP2 A; 3A8U X; 4MQP A; 3AEM C; 3BS8 A; 2VGZ A; 2NMP A; 3FTB A; 1MDZ A; 3FQ8 A; 2W8J A; 2OKK A; 4J8L A; 4H51 A; 4CBS A; 2W8U A; 4F5J A; 1S0A A; 2BI9 A; 3LVJ A; 5F9S A; 1ASL A; 3I16 A; 5LHA A; 4ZDO A; 2W7E A; 4W1X A; 4ISY A; 2C0R A; 3FVS A; 1KMK A; 3CBF A; 2YRR A; 1KKJ A; 2ZYJ A; 2BI2 A; 2Z20 A; 2DGK A; 4N0B A; 1QJ3 A; 4MQQ A; 3TQX A; 1ELQ A; 1I48 A; 1W3U A; 2W7F A; 2W7G A; 3B1D A; 5EFS A; 3WCN A; 3NX3 A; 2JIS A; 1PMO A; 4U1T A; 3JTX A; 3FCR A; 4MKK A; 3DZZ A; 4ZLV A; 3ZRR A; 3ZRQ A; 4E3Q A; 1D7S A; 5M4D A; 1AY5 A; 3AAT A; 2VMO A; 3WKS A; 2Z67 A; 2QB3 A; 3QM2 A; 1AIC A; 1PFF A; 1JF9 A; 3F9T A; 1WKH A; 3W1J A; 1B4X A; 1IX7 A; 2VLH A; 3M5U A; 2D7Y A; 4M2M A; 4A0F A; 4L0O A; 2YOB A; 2QMA A; 4BA4 A; 2DR1 A; 1D7R A; 1E5E A; 4E3R A; 4ZM3 A; 2FQ6 A; 1AY8 A; 4WYD A; 4R5F A; 3IF2 A; 4CXR A; 4EB7 A; 1ELU A; 3ZZK A; 2EPJ A; 3PAA A; 1T3I A; 4J5U A; 4OYT A; 3LVK A; 3QBO A; 2FM1 A; 2W7H A; 1G7X A; 5JAY A; 2YRI A; 3NU8 A; 4AH3 A; 5DX5 A; 2VMW A; 3DRD A; 3ELE A; 4N0W A; 1X28 A; 5DJ9 A; 4UOY A; 3GBX A; 4FL0 A; 1AY4 A; 1LKC A; 1GC2 A; 2E7U A; 2O1B A; 1DKA A; 3PGY A; 4WB0 B; 5G4I A; 4F5K A; 1ASG A; 2VMR A; 2X5F A; 1LW5 A; 4ADB A; 1AHE A; 4LNM A; 4A6R A; 2PB2 A; 1B9I A; 2W7D A; 2BI3 A; 2D7Z A; 2YCP A; 3G0T A; 4LW2 A; 2W7J A; 2Z9V A; 3AEJ C; 4RKD A; 4ATP A; 3F0H A; 1WYV B; 3JU7 A; 1IAX A; 3PDB B; 3LG0 A; 1UKJ A; 1LS3 A; 2PB0 A; 2GMU A; 2DGM A; 1V2D A; 1M4N A; 3FQA A; 3I4J A; 1WYT A; 4ZAS A; 2VMY A; 3KKI A; 3NNK A; 2XH1 A; 2JJH A; 1N2T A; 3A9X A; 3AEO A; 1CS1 A; 3I5T A; 3VP6 A; 2ZC0 A; 3LVM A; 2VYC A; 1WST A; 4UHN A; 4A0H A; 3FFH A; 2WK8 A; 1LC5 A; 1GCK A; 2AY4 A; 3EI8 A; 2CB1 A; 1I43 A; 3DOD A; 3BB8 A; 3ECD A; 1LC8 A; 3FVX A; 3GZD C; 1IVR A; 3FDD A; 2C81 A; 3FFR A; 4ZDP A; 4P7Y A; 2VGS A; 5M46 A; 5FT4 A; 1U08 A; 1GEY A; 1VEF A; 3K28 A; 4WB0 A; 1BQD A; 1I29 A; 1RV3 A; 2Q7W A; 4GE7 A; 4FFC A; 1LW4 A; 1AMS A; 1RV4 A; 2D65 A; 5I92 A; 2BIE A; 2W7L A; 1CQ7 A; 1BJN A; 1SF2 A; 3EZS A; 2JG2 A; 1ARG A; 2BHX A; 1WYV A; 4CXQ A; 1G4X A; 3F6T A; 4Q31 A; 4F5H A; 5IWQ A; 3PDB A; 4F4E A; 3UWC A; 4JF0 A; 3AEN B; 1CL2 A; 3WLX A; 4E77 A; 1JG8 A; 4HF8 A; 2D63 A; 2D66 A; 3BWN C; 4GRX A; 3VAX A; 4MKJ A; 3BV0 A; 1AHF A; 3E77 A; 4EFF A; 4F5I A; 5EAV A; 1D7V A; 2X5D A; 3RCH B; 2VMS A; 3AEJ A; 3OKS A; 4OC9 A; 3ASB A; 1YNU A; 2GB3 A; 3ELP A; 1Z3Z A; 3NYT A; 4OBU A; 4WBT A; 3RQ1 A; 4Y0D A; 1AIA A; 3CQ6 A; 3GZC A; 3EIA A; 5DB5 A; 1CZC A; 4JE5 D; 1X0M A; 3H14 A; 3DR7 A; 1IX8 A; 4ATQ A; 2ZY4 A; 1I41 A; 4ITX A; 1YIZ A; 5EUN A; 1TOJ A; 1IUG A; 1EJI A; 1N31 A; 1TPL A; 1DGE A; 1SVV A; 3AOV A; 3EZ1 A; 3RI6 A; 2BYL A; 5EUE A; 1DJ9 A; 2AY3 A; 1M0Q A; 4F5M A; 1O4S A; 4XAU A; 4GE4 A; 4B98 A; 1V72 A; 2W7I A; 3P1T A; 3GZD A; 1YIY A; 3K7Y A; 4F5L A; 2QB2 A; 1M0N A; 1YOO A; 5BJ3 A; 1S07 A; 2OQX A; 3AEN A; 4LW4 A; 1KMJ A; 1MDX A; 3B1C A; 3B8X A; 3II0 A; 3JW9 A; 4KAM A; 4XJM A; 2BWP A; 1GEW A; 2VIB A; 3HMU A; 5G2P A; 4MSO A; 3RCH A; 4WD2 A; 3T32 A; 1PG8 A; 1S09 A; 4JEY A; 3BCA A; 4RJY A; 2JGT A; 3QI6 A; 1SZS A; 1ASN A; 1QJ5 A; 2DKJ A; 1QZ9 A; 3R4T A; 1TAR A; 3BWN A; 5EIG B; 3NU7 A; 4W1V A; 4ADE A; 1BJW A; 3HL2 A; 3FDB A; 3KGW A; 4AO9 A; 3ISL A; 1WYT B; 1B5P A; 3DYD A; 1GC0 A; 2YCT A; 1SFF A; 3NRA A; 4PFF A; 1BJO B; 3P6K A; 4KYO A; 2Z9X A; 2HOZ A; 2FNI A; 5FT5 A; 1TOE A; 3AEP A; 1FG7 A; 2HUU A; 2E54 A; 2O7C A; 4IXZ A; 2VGT A; 3GSB A; 4K2M A; 3USF A; 1Y4I A; 4ZSY A; 3IHJ A; 5EQC A; 2W8T A; 4XJL A; 4O6Z A; 1AMA A; 4W8I A; 2VMV A; 1AAM A; 1SZK A; 4GEB A; 3FD0 A; 3UE8 A; 1CL1 A; 4RJ0 A; 1UU0 A; 3DXV A; 3BCX A; 3FVU A; 5BJ4 A; 3AOW A; 1AHY A; 3EI9 A; 3EI7 A; 2DOU A; 4Q6R A; 2OAT A; 1GD9 A; 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