3RF9A

X-ray structure of rlmn from escherichia coli
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
365
structure length
355
Chain Sequence
NVTTKDGKINLLDLNRQQMREFFKDLGEKPFRADQVMKWMYHYCCDNFDEMTDINKVLRGKLKEVAEIRAPEVVEEQRSSDGTIKWAIAVGDQRVETVYIPEDDRATLCVSSQVGCALECKFCSTAQQGFNRNLRVSEIIGQVWRAAKIVGAAKVTGQRPITNVVMMGMGEPLLNLNNVVPAMEIMLDDFGFGLSKRRVTLSTSGVVPALDKLGDMIDVALAISLHAPNDEIRDEIVPINKKYNIETFLAAVRRYLEKSNANQGRVTIEYVMLDHVNDGTEHAHQLAELLKDTPCKINLIPWNPFPGAPYGRSSNSRIDRFSKVLMSYGFTTIVRKTRGDDDVIDRTKRTLRKRM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
source organism Escherichia coli
publication title Structural basis for methyl transfer by a radical SAM enzyme.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Ribosomal RNA large subunit methyltransferase N
total genus 121
structure length 355
sequence length 365
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.1.1.192: 23S rRNA (adenine(2503)-C(2))-methyltransferase.
pdb deposition date 2011-04-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.530 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3rf9A01
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3rf9A02
2QCLA 5HNRA 3W1QA 2YYUA 1DL3A 1YDVA 5D2VA 3TXZA 3DI1A 5U7SA 4HN4A 1AMKA 1VHNA 3KRUA 3W1NA 2ZFAA 2WPBA 1LRNA 2CFFA 1G6CA 2GJLA 4UIOA 5FF7A 2F84A 1RV8A 5AHMA 1SW0A 1QO2A 3ATYA 4HNNA 5BRBA 3UY8A 3NQDA 3W7KA 3SW6A 3NZRA 3PULA 1FDJA 3C2OA 2A0NA 2G97A 4QJ1A 1P4CA 2H3BA 1EB3A 5I3FA 4JICA 3HIJA 4IMFA 4X2RA 4WD0A 3NZ1A 3B04A 1ALDA 3NA8A 1VGAA 3EB2A 4DF0A 4M19A 4FNTA 5AYZA 5TIMA 1B3OA 3DFSA 4TR9A 5CZTA 1O4UA 1QDSA 3B4UA 1SPQA 2ZRWA 5FF0A 3EWWA 4MOZA 1TQJA 2GOUA 1LRQA 4I7UA 3K30A 4JX5A 4LUIA 1JCXA 1QAPA 1VLIA 3A21A 1TV7A 4HNTA 1GJPA 5LNRA 3LTPA 2FPVA 3NL2A 4UFLA 2ATSA 5FEPA 5K9CA 3FFSA 3C56A 1I2QA 4UTHA 3LI0A 1ME8A 3FYPA 3GXNA 2QR6A 5G4WA 1TREA 1M6JA 1VZWA 1OFRA 4UFKA 1YDNA 3T44A 4O16A 3P5ZA 4LUJA 4IMDA 3G24A 1MO0A 2G95A 2P10A 2E68A 2J88A 3NQCA 4E0CA 2QCFA 3M43A 4A22A 1OFQA 4LVAA 1H7WA 4Z1DA 1PHQA 1TYGA 3GVGA 4ORIA 2P1FA 4CQ8A 1EX5A 3RF9A 4BFAA 4DPPA 5FF3A 1OJXA 1R2SA 1NFBA 4BI5A 3N73A 2BTMA 1MEWA 2CZFA 4FNUA 3O07A 3O05A 3MMTA 4IQLA 3R12A 4O8RA 2ZA1A 3MJYA 2X1UA 3B06A 4UTIA 2PRHA 1F05A 1IXOA 1MEIA 2I9EA 3SGUA 3DAQA 5CZJA 3LCGA 1RQEA 1SSGA 1UASA 1TPB1 3TFXA 3HG3A 4ZVJA 4O0ZA 1V7YA 5AN7A 1Q3NA 1JCNA 3DU0A 4GE8A 4LNYA 3KVJA 1UBSA 3KXQA 2JKPA 2GQAA 1HTIA 2YW3A 5G1TA 1OK6A 3L68A 1H1YA 3KX6A 3NL5A 4KWWA 3DZ1A 1YLVA 3JR2A 3STCA 3W84A 3GB6A 2ZRZA 2VC6A 1X8FA 4HNUA 3GNDA 1LTDA 3CB8A 2LLEA 1OABA 1FCVA 3LTYA 4N02A 1TQXA 1H61A 3HGRA 1F6KA 5CPNA 2XN1A 4WQ6A 2YFOA 4JEQA 1AW1A 3QYQA 4IXHA 1JJKA 2VFHA 2VFDA 1QPOA 2A5HA 4IPIA 1SR9A 1ZFJA 4LV9A 4S2BA 4WY0F 5D03A 3O6CA 4NNBA 5DY3A 1YTEA 4PL2A 4R7JA 3W73A 4O11A 1OFDA 3GDTA 4EF8A 1PIIA 3W1LA 2ZTKA 3G1YA 2VEMA 2BWGA 5G1YA 3CQ0A 1LYXA 3UWQA 3LV6A 4A29A 3O8AA 3MWAA 2GQ8A 2WO5A 1NVMA 3NR0A 5CSSA 4LVDA 5SWUA 1FWWA 2Q8LA 3OA3A 1ZCOA 1Y0EA 4NNAA 1W37A 2GVJA 1KM3A 2PC4A 1VHCA 2J6XA 5AHLA 1C9DA 1KFKA 4X9SA 4AF0B 1KM2A 4JIPA 3BPWA 1ML1A 2YYTA 2QF7A 4UTWA 2HS6A 4O54A 4NJJA 4K8HA 5AHNA 3L5MA 3W6YA 1YADA 2QKFA 4OQVA 4EOUA 1KTCA 4O0KA 2Y63A 4YXGA 5U4NA 1L6SA 5F1VA 4EF9A 1GVFA 5BNKA 3CM4A 4JX6A 1GYNA 3MBFA 4N4QA 3EWBX 1VS1A 4QISA 4XBSA 1I2OA 4JD4A 4YCPA 1UB3A 4TIMA 3LXCA 4FF7A 3LHTA 2NX9A 3PF3A 3WJWA 1K7FA 2TYSA 4O4WA 1I4NA 2QJGA 2CW6A 3L5AA 1FXQA 5IM51 1WQ5A 4DBEA 1OFAA 3S5YA 4IX2A 5EL1A 5K4ZA 3S0CA 4KFOA 1HFBA 2E6FA 2RDWA 4FNPA 1I2NA 1EP1A 4JY9A 5MHBA 1NAL1 2QUTA 3MHUA 3N34A 1RD5A 3H53A 2CWNA 4W9TA 4DO5A 3T7VA 4RZ4A 1WOBA 3QH2A 4RZ5A 4WJEA 2C0AA 4JTLA 4A3UA 4NZJA 4AAJA 1WXJA 1IGSA 4YLWA 3INPA 3HJZA 5GVJA 1WYIA 4GFSA 4MZ8A 4Z1CA 1VRDA 3LDVA 3W7DA 1EWDA 2BXVA 1IXNA 3WK3A 1P0NA 2FQIA 3M5YA 3LXAA 4DO6A 1Q6OA 5DCEA 3W86A 1XDLA 2QCDA 1O60A 3EKLA 5AHFA 3W83A 4TMCA 3SSJA 5K9DA 1A5SA 4XKYB 3A22A 5BOOA 3BW2A 5BW6A 3STFA 3CLMA 2DZSA 3MO7A 1CI1A 4UFIA 3NGJA 2IQTA 3O1NA 2RKXA 3BLEA 5AHIA 3NQ8A 1PVNA 2C18A 2ZZ5A 3QZEA 3IRDA 4UMCA 5EPDA 3BGJA 4DXVA 4AHQA 4GWEA 3MP4A 5AYXA 1B4EA 1VCGA 2WQPA 3C52A 4QQ3A 3NAVA 1HL2A 2V30A 1SFJA 3ABOA 1OFPA 2E5DA 3IIPA 4O1BA 4NJGA 3EEGA 2XN2A 5K4XA 1TTQA 3F1QA 4QNEA 5CZ0A 2VFFA 3NM3A 3G1SA 5EA9A 3GX9A 1FWTA 2NV1A 3W7IA 1S5TA 4MJMA 3IVUA 1OYAA 4H6KA 2Z2UA 3T40A 3PBUA 2KZHA 1TIMA 5D02A 5LGXA 3JS3A 3UNDA 3TW7A 1ICQA 4O1DA 1TPEA 4N9CA 5G5IA 3S42A 4Z08A 4WY0A 3QMTA 1KV8A 2VKZG 3TQ0A 2H8XA 4MY8A 1D3HA 3GK0A 2YGYA 3WFAA 5H91A 2TRSA 1L6YA 2C6QA 1RPXA 2ZTJA 3EX2A 2ISVA 4QAIA 4OHQA 2BLEA 1JCYA 4UCGA 1LOLA 2NUYA 3N9RA 3U8GA 2YXGA 3GXTA 3HPZA 3O63A 4LTSA 1N7KA 2PCQA 2AQWA 1KFEA 5HWMA 2Y7EA 3W22A 1R47A 2J9ZA 3KAOA 3GKAA 3IGXA 3QC3A 3IV3A 2WKJA 1Z41A 1MEHA 4NX0A 5FESA 1R2RA 2C15A 1ZAIA 4TX9A 4DQWA 4Q33A 3E96A 5LNUA 4O28A 1XFBA 1K8ZA 3QPYA 5DXXA 4NQ1A 1LCOA 2VFGA 4PH6A 4UNKA 5CZSA 2EGZA 2OZ0A 4RCXA 4O10A 1W5QA 3A5VA 4TMBA 2V81A 1EA0A 4XUGA 2Y62A 5F2IA 5AOUA 1H63A 2Q8ZA 4LS1A 1VJIA 3HB9A 2QCEA 4O4VA 3W71A 1SO5A 1T96A 3M44A 3QQ1A 3HO8A 3I65A 3ATZA 1G69A 3W76A 2DZUA 3QW4B 3LCLA 1LOSA 3KHJA 2EHHA 5LGZA 3NL6A 5EY5A 3T55A 4AHPA 3OVPA 4MZ1A 4QIUA 2QDHA 5D38A 2VEPA 4IMCA 4A2RA 1DKWA 3N9SA 5HWJA 4JXCA 1PCWA 1F73A 3EWXA 3Q94A 4IMEA 4R34A 2WSQA 3P74A 5D32A 3PUEA 1W5MA 4OE7A 3TAKA 4JYEA 1QCWA 3C4UA 3ELFA 5KSWA 3NQMA 4CNPA 1IIGA 4KKXA 4CNNA 1XUZA 4M6PA 4DF2A 1KTNA 3A23A 2C3ZA 4FNRA 1SZGA 4JTEA 3G3MA 4LVBA 1X6UA 3QMRA 3P80A 4WXYA 5I3HA 5LHFA 2QAPA 5DLCA 1KM6A 3P8IA 3S5ZA 3DFOA 1W54A 2Q3OA 3M0ZA 4FX8A 2X1SA 3S8HA 3NPWA 1VPXA 4HPXA 3GIYA 1XBYA 2DORA 3TNOA 3STGA 4MIMA 5IBXC 4Z0JA 2NLIA 4DELA 4AXKA 3W2KA 2DZTA 5EKYA 3W74A 2HS8A 3WJSA 1XKYA 4ADSA 3C8FA 3S9YA 2R8WA 3M5XA 4LWWA 3GR8A 3P62A 3W1RA 2NZLA 4HSOA 3L5LA 1K7EA 1TO3A 2BZNA 1C8VA 3BARA 3G1XA 2I14A 3DBPA 3FKKA 5D33A 1DQXA 4LRSA 1A53A 3LHYA 1C29A 2V8ZA 2OMAA 3QSRA 1K7XA 2QEZA 3IVSA 3Q37A 1G7VA 4YWIA 4OV9A 2JGQA 4UFJA 3HQ1A 3P7YA 4M7SA 3W7HA 3H55A 4K36A 4MZYA 4FNSA 1ME9A 3NQVA 5HR6A 2NV2A 2WSYA 3PVFA 4UTMA 2TSYA 3UPBA 1KM4A 1PS9A 3UD6A 2WNZA 1UUMA 4M5PA 3QM3A 4LVGA 2Z6IA 2R14A 3NQFA 1YPIA 4JTKA 1NEYA 3DI0A 5I3KA 5E1QA 3Q2DA 3NQ2A 1VYRA 4N9DA 2DJLA 2CZ5A 4JR5A 3R13A 2FJKA 1LORA 1TCDA 1Z44A 3N3MA 4NZFA 3TW6A 3PY2A 1OYCA 4IX0A 2A1YA 3G1AA 4UTTA 1X7FA 4PTNA 3W2JA 3MHGA 1EUAA 3VNDA 5FF4A 3C0JA 5HQEA 4MFEA 1N8FA 2V5BA 3HGJA 3M16A 3UYCA 4WX2A 1W1ZA 2YX0A 4UFHA 1YPFA 2Y61A 5F4WA 1G4SA 1QNVA 4O52A 2X2GA 5T26A 5FEXA 3L0NA 1H7NA 1FWSA 1RR2A 5FI8A 1D3GA 4PL1A 4M6VA 1SW7A 2CLEA 2V2CA 1H7RA 2XFWA 1EWEA 3NPVA 4HNVA 2E5BA 4JTIA 1YYAA 2OJPA 1AL7A 1QOPA 1O5KA 2HMCA 1V5XA 1GTHA 4GUJA 3TIMA 3W7PA 1JUKA 1F76A 2A6NA 4AB4A 1YTDA 4FO4A 4AWTA 5AB3A 3VI2A 4WXZA 3C2FA 2OT0A 1GVRA 1YXDA 1KLZA 4AF0A 5C54A 3P8JA 2RHGA 3MP3A 2NWSA 3PSWA 2NXIA 3DHFA 3FIGA 1A5AA 1KFLA 1TPH1 4JTHA 4JTTA 4S2CA 3P67A 3DFPA 3C6CA 3RU6A 2HTMA 3FJ6A 3HGSA 4LC8A 3W87A 3AO0A 1GT8A 1YTKA 3EXTA 3BLIA 4FXRA 4AEOA 4H3DA 2GVLA 2E5CA 3W7NA 2CU0A 5LZLA 4KFPA 2ABAA 5ABTA 1J5TA 2ZQ0A 1ZENA 3TCEA 2E6AA 4X22A 3SGZA 1MZHA 3EWZA 3CIWA 4TO8A 3NNTA 3S1VA 3ZS4A 4DEFA 1U83A 1OF8A 2QUVA 4PCFA 4I9AA 3HG5A 2A6LA 4X3ZA 4RZ6A 3QEZA 2FB3A 2CLKA 4BWLA 5K7JA 2NWRA 3M5ZA 1TV5A 2ZA3A 4CLMA 2A2IA 5KZDA 2Y7DA 2WNNA 4NVTA 1I2PA 4UTLA 2FB2A 2ZBTA 4XTDA 1K8XA 1H1ZA 3MYOA 1EIXA 4BF9A 5CPOA 3O15A 6ALDA 4ZQRA 4NT0A 4QNWA 1P1XA 2E77A 4FEZA 2EAWA 3M7WA 2ZDRA 4IXXA 2YZRA 3P5YA 4QITA 1JCJA 4JN6A 1F74A 3G0UA 4LW7A 4E2DA 4PODA 2VOMA 4QM1A 2VEKA 4XKYA 3EX1A 1DQWA 2E09A 3OBKA 3TK7A 3KRZA 1ZJIA 5DY2A 5E0KA 5A5WA 2YFNA 4Y90A 3W7RA 4XBKA 4XZ9A 3G3DA 4N2YA 3U6WA 2C13A 3ZWSA 3M5VA 4NXSA 1U5JA 4PC8A 4O1CA 4ZQCA 4ZQPA 1ONRA 3T78A 3G0XA 3U2OA 4N9EA 5A8GA 1LOQA 1W8SA 4H4IA 3FYOA 3NYZA 2FDSA 3NM1A 3L9CA 5CPLA 3NO5A 3G1FA 5LNVA 2B0MA 4LS2A 1W5PA 1K03A 8TIMA 2D73A 3T4CA 1J4EA 2ZA2A 3HPXA 4JY8A 3WK1A 1OK4A 1QMLA 2O7SA 1H7PA 3CIXA 3PS7A 2EF9A 4UTUA 4RJEA 3KOFA 4OT7A 4JGDA 3MW7A 2OT1A 3TX9A 1JQVA 3NPUA 4A21A 3USBA 1GTEA 4UR8A 1WBHA 3NVTA 3ABQA 4MKNA 3CU2A 4K38A 4IPJA 5AC7A 4OWGA 5K3VA 3B8DA 2ZRYA 1GVSA 3GZ3A 5DXYA 4UTWC 3O6YX 1FX6A 1I45A 1FUYA 3BVJA 4N4PA 1VR6A 1ZALA 1BWKA 5G2HA 1WA3A 1W3TA 3M6YA 4FNQA 1EPXA 1GYLA 3W07A 3NDOA 1PV8A 5LNSA 2B7QA 3UXAA 5HJLA 3H54A 1QPNA 2GVGA 2G5WA 4O1AA 2X30A 5J5DA 4LV4A 5LHEA 5E93A 4Q4KA 3LB0A 1KA9F 2YDAA 4MFDA 3HPSA 3GDLA 4NXKA 3SZ8A 1BTMA 3NQ6A 3ABRA 1OG0A 3I68A 4LU0A 3PUOA 1XXXA 3NEVA 1OX4B 4LOCA 1ZY9A 1Q6LA 2A85A 1RQHA 3NG3A 3LCIA 4IJBA 1JUEA 3W9ZA 4UTJA 4JTFA 1A50A 1PHWA 4MVAA 2H90A 3CTLA 4U4MA 3W3OA 1FY6A 1AL8A 3GAYA 3QRHA 3RNDA 5LNWA 3PUDA 4IGHA 5I3IA 3HF3A 4UUIA 3E0IA 2C1HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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