3RGYA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with lipopolysaccharide at 2.0 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with Lipopolysaccharide at 2.0 A Resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
molecule tags Hydrolase
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rgyA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rgyA02
2ZYMA 4F3SA 2UVJA 3OO6A 4KYEA 5H8FB 2DSFA 2XD2A 1AL3A 4OERA 3V83A 3H4ZA 1MXXA 5DVIA 4DZ1A 4QFKA 1B05A 4QSCA 4PFTA 3LUYA 1R1NA 3S9LC 2Z22A 1B52A 5DTBA 3HHFA 4MBPA 1Y9UA 2ZYKA 1Z7NE 1JEUA 3MZ1A 4DDDA 3V8XB 4JXIA 1LFHA 4ZE9A 3G3FA 5I57B 2NWJA 3O6IA 3USDA 2RCAA 1PB9A 5A5XB 3EN3A 2ZNTA 5AE4A 4BDQA 4HS7A 1WDNA 1UTBB 3K6WA 2NOOA 4OMBA 4U2RA 1SI1A 2REJA 4WKMA 5H8HB 2OK2A 3VVEA 3PU5A 3TCGA 3FV1A 1MQHA 1HSLA 4G2ZA 2Y84A 4I9DA 4YB7A 2HZLA 2R6GE 2GFEA 4U1OA 1EH3A 5FHOA 3I3VA 4X1DA 4L17A 3SETA 4TQUQ 3KJTA 4H5GA 4I8CA 2V25A 2PT2A 1Y3NA 3FUZA 4R6HA 5EYFA 4X1BA 1Y20A 1SDXA 4O3AA 5ITOA 1N7XA 2DWJA 4POXA 4TLMB 2D5WA 1AIVA 3MVYA 3U94A 3OOAA 3FXUA 4ZECA 4GL8A 4OESA 2F6GA 2XXHA 3G3GA 4QRZA 3OO7A 3OSRA 3TTMA 2HAVA 2OLBA 2Y7KA 4YKJA 1LCFA 3UK4A 1M5DA 2UYEA 4THIA 4WXJA 5AA2A 5JTYA 3LSWA 1AMFA 2F97A 1N3XA 1R6ZA 1AOVA 2Q8JA 4YAHX 4LATA 1MH4A 2VGQA 1JW4A 3M3KA 2I3WA 1N3WA 1TWYA 4FAJA 3T9HB 1FCKA 5JEIA 3AXFA 1MY4A 4F39A 3C4MA 4F1YA 1RYOA 5KCJA 1XVYA 5B7DA 4FJPA 4ONYA 1NMUA 3IR1A 1LGBC 3G7WA 3S9NC 3LSXA 1NFTA 3QUFA 3IX1A 3Q27A 2ANJA 4GL0A 3QIMA 4IO2A 1LSTA 3G3HA 3MQ9A 5CRYA 2QS4A 1US4A 1LAGE 2O1MA 4RK2A 5AA4A 4OVJA 3B6QA 3TUSA 2B3BA 4KD5A 1IUDA 2THIA 3LSLA 1LB9A 4PP0A 3IJOB 1ZLQA 4YMBA 3G3KA 3MW0A 4GRKA 4DIGA 3P7IA 4JWOA 5HM4B 3KSJA 1LCTA 3H3GA 3PUWE 5K2YA 1CB6A 3RGYA 2F7AA 5KCJB 3MPKA 1IQ7A 2H5YA 2XX9A 2RF1A 4ZEIA 4GQOA 1FW0A 4MH5A 4XXUA 5TP9A 2CZLA 1UQWA 5I84A 4R9GA 3R26A 4QHQA 4R2BA 5I2NA 3KJ7A 1OQHA 1OLCA 5K2XA 1PC3A 4NF8B 5J1DA 1JVYA 3K4UA 2IEEA 5KDTA 4IY6A 3IOUA 4QFLA 1XS5A 4PETA 2RINA 3CFLA 5L8DA 3A3CA 4U22A 3PUYE 2XXXA 1JW5A 4OYVA 5FTIA 4XKQA 3PPPA 3BBRA 1A54A 1A99A 3MP1A 4R73A 5FHNA 3PV0E 1FTOA 2QS1A 4KCCA 4EF1A 1PBQA 3RT8A 3D4CA 4FATA 2XXYA 3CSBA 1NH8A 1GV8A 4GVOA 3GXAA 2XX7A 1P1WA 4DCYA 5LOMA 4NMYA 1PEBA 2IA4A 1QKAA 1MPCA 2X7QA 2W7YA 5I2NB 3C32A 2PBWA 4ZDMA 1NNFA 2AYSA 2RC8A 2HFBA 4F3GA 1XHYA 2AL5A 3U72A 3Q25A 2A5TA 2VP1A 2F78A 1USYH 4BDNA 4OWDA 1SW4A 2QMXA 1QUKA 2XD3A 1O7TA 1P1OA 4IB2A 1N84A 1S50A 1B3FA 4HCYA 1B6HA 3T93B 3K02A 4E0WA 3CI8A 2YPNA 4ND9A 3SDFA 3CR9A 4GF8A 3MBPA 4G68B 4UACA 3KBRA 4ZEFA 1WVJA 1ZU0A 4Q8RA 3KG2A 3TMGA 1DSNA 3FATA 3ECRA 5CBRA 3UGWA 3H7MA 1HSJA 1PDAA 1A8EA 1M5EA 4XKRA 1OVBA 2ZYOA 3C34A 3VV5A 3GLBA 3OO8A 3PUXE 1MH3A 1IXGA 2UVIA 1RKMA 3K6VA 2XHDA 4NTLA 2CMOA 3G3JA 3IO6A 3RPWA 4JSOA 4YU0A 5M2VA 4R2FA 3A09A 4OQOA 1SVXB 3BFUA 4F1UA 3C35A 3MVWA 4FECA 3FVOA 1POTA 3VXBA 3TDJA 1JVXA 3JYRA 1JEVA 3KGCA 1F9BA 4LP2B 2Y7RA 2HCAA 2R71A 4BDLA 4H5FA 1Y1ZA 3KOSA 4GOTA 4R6YA 1URSA 2ZNUA 4I62A 2ALUA 1PB7A 2O84X 4G8HA 2DQVA 1OIBA 5DEXB 1YCJA 4DLDA 3W9WA 3K6UA 3B6WA 4G8MA 1SI0A 4H67A 1N76A 1N0TA 2Q89A 2F35A 1SW2A 4EXKA 2DXRA 4IO3A 2GHAA 4NF5A 4QFPA 4YMAA 4QFOA 3E3KA 5ICTA 5L9SA 1ZBMA 1GTKA 3VLVA 2D3IA 4MLQA 3FXRA 3MWBA 4C1TA 5I56A 1B4ZA 4QFNA 1SW5A 3H6WA 4LQ5A 3S4UA 2LAOA 4ISUA 2R9JA 1FTMA 1MQDA 1SYIA 2I0BA 4QSEA 1ZMGA 3PUZE 2Z23A 1LLSA 4LONB 1LBBA 3G3IA 1URGA 4H8JA 4EQ7A 3CG1A 2HQ0A 3OEMA 3M3LA 3KSXA 3O6HA 3H06B 2Q2AA 4ECFA 3SEYA 3FXQA 4JWXA 3UIFA 1CE2A 3U8QA 4NF5B 2O1LA 5B70A 3DM0A 2GH9A 1A40A 1BTJA 4RY1A 4NE4A 4AQ4A 2Y7WA 3JV9A 3I5OA 3RTWB 1GR2A 2ONKE 3TAJA 4KQPA 1ZJLA 1Y4TA 4Q5TA 3MVZA 4MFIA 5I56B 1MM7A 2H99A 4C0RA 1NL5A 4X48A 2NVUB 4P11A 3MPLA 4QF9A 1JW1A 4G68C 3PPRA 3KZGA 1P1QA 4U21A 4N07A 4OZ9A 5H8QA 2QL3A 3W9VA 4LVQA 2YJPA 4YB5A 1YAEA 1QVSA 3TPAA 2PVUA 3MAMA 3CG3A 3OD7A 3SESA 1UIVA 4GIZA 4IGRA 4ZEBA 1MDQA 3L6HA 4GD5A 3HHGA 3N26A 3IB2A 3IO4A 2XXRA 3HSTA 3MP6A 4KR5A 3H6TA 2PX1A 2XXTA 3O29A 3PMWA 5CMCA 3TELA 2RC9A 4EXLA 4LA9A 1NH7A 1URDA 1D4NA 2F8DA 3B7DA 1GGGA 2UVHA 3N6UA 2QS2A 3IOWA 3CVGA 1I6BA 2Q88A 1H44A 3HO7A 1P1NA 1MPBA 4U4XA 4FIMA 3T9UA 1OMPA 2I4BA 4EF2A 1POY1 3UORA 4HTGA 1B51A 1US5A 2I48A 2O7UA 4GWOA 2XXUA 1SQYA 5AA2B 5JTYB 2UYFA 3TTLA 1FTLA 2O68A 3PUVE 5CM6A 5IAIA 5H8QB 4HCWA 3CFXA 2O51A 1II5A 1VFEA 5CMBA 4JB7A 5AA1A 2RCBA 1MXWA 5I2KA 1FQEA 5ICQA 2OWSA 1M5CA 3CIJA 3FASA 3OO9A 1MXYA 3PPNA 3ZS6A 4EQ9A 4IO4A 3IOTA 3DELB 1QJMA 3T96B 3TZAA 1B32A 1PB8A 1MQIA 3QAXA 4PQJA 4JDFA 3RTFB 2ZMBA 5ITPA 4F2QA 4IO6A 3WAFA 3R7XA 1Q1KA 3HCQA 4QSDA 2DOJA 1M5BA 5DVFA 3MVXA 3HPIA 4WEDA 3KN3A 3KN8A 1Y1MA 3MJNA 4JSDA 4KFQA 1B0HA 2DVZA 4OTEA 3W15C 5AA4B 1BP5A 3EPEA 3O9PA 2HAUA 4HW8A 1Y4CA 2OWTA 5DT6A 1IXHA 1B1XA 4AB5A 2B65A 1OQGA 3IB0A 2I0CA 3T22A 4DXCA 1ATGA 2Z8FA 4U4SA 3U1OA 4MLVA 5I2KB 3RT6B 2Y7PA 1MS7A 3BKIB 1TFDA 3IL1B 1LFGA 3KN7A 1SYHA 3FJGA 1B2HA 1IXIA 3TQWA 4NWDA 1IXCA 5H8NA 3PPQA 4U23A 3V89B 2XXVA 5TP9B 2OCUA 4OENA 3DLNA 1MXZA 3ONMA 1NNPA 3O28A 3ODBA 2H9BA 1RYXA 2XXIA 3FV2A 1IIWA 4C1UA 5CMMA 3Q26A 4BLAA 1B3EA 5KDTB 3RY3A 4FE8A 1BIYA 2UVGA 3L6GA 3K00A 1MY2A 2V3QA 3OXNA 4YKPA 3T66A 2XXQA 3HV1A 1UTHA 3H03A 4OFJA 5H8SA 2QJEA 1O63A 1DTZA 1FQDA 3THIA 2YLNA 3SKPA 1TT1A 4NEDA 4JWYA 1FQFA 1A55A 4F22A 4Z7EA 5CC2A 2DE4A 1TXFA 3FVNA 2Q9TA 4LZ7A 2F5XA 3VXCA 1I69A 3C33A 1B40A 3QUJA 2X7PA 4RJZA 1JQFA 4Q30B 4JBZA 4PFUA 3VDFA 4BDOA 4F19A 5TU0A 3Q28A 2DE2A 5H8FA 1LBCA 4OFLA 2I49A 1VSOA 2XXPA 2VD3A 4O3BA 3MZ9A 3MZBA 2A5TB 1B7HA 1LFIA 1UIUA 2RKMA 3OSQA 2I4CA 2F6PA 4I1DA 4F18A 3FGSA 1B5JA 4OETA 1ZIUA 2H25A 1UTHB 3BFTA 1P1UA 1B5IA 4R6KA 4WEPA 3FJMA 3UA8A 3RN8A 1FTKA 1T0KA 3K6XA 5I57A 1J1NA 2DWIA 4R9FA 1P99A 3OMBA 4O3CA 4DXBA 1VFDA 5A5XA 4F1VA 1B1HA 1UTBA 1XT8A 3T9XB 4XKPA 4POWA 2ZYNA 4XTCQ 4EDPA 5H8HA 2F7BA 1H3DA 2DP8A 2FNCA 3TEPA 4P0GA 4N6PA 1MY3A 1MY0A 1QW0A 4XKNA 3RLFE 4P0IA 1IZ1A 2OBGA 5CBSA 4F3PA 4LZ5A 4ELQA 4OEVA 3FZVA 2XXWA 3PMXA 3ZKLA 2REGA 4M4GA 3C31A 3OENA 1VR5A 1B3GA 3EHUA 4ELPA 4KHZE 2BJJX 2O69A 1MPDA 1ZTYA 3V5AA 5F1QA 1YTVA 4R74A 1D9VA 1QKBA 1MY1A 3TKDA 4ZEDA 2WKYA 2NUVA 4FORA 3FIRA 4YZZA 4EUOA 2I3VA 3VE1B 3EHTA 1MXUA 5EHSA 2F36A 1D3KA 1QUJA 3K0VA 3QK6A 3UN6A 1FQCA 1Z7ME 2PMSA 2HXWA 2M8CA 3GZGA 4YKKA 3M8UA 4F3BA 2ESNA 4TLLB 2FA7A 2V93A 5DYHA 4GLIA 4LZ8A 3K2DA 3VVFA 3TTRA 2VHAA 2P0SA 2V3TA 4OEUA 4IGTA 3U93A 3IORA 1USYE 3ZKKA 4RXLA 4YICA 3R6UA 2Z8DA 2GRVA 4NF6A 1NNTA 3O66A 1B4HA 3OELA 1B58A 2P1SA 2DVCA 5HBCA 3U92A 4F29A 1QUIA 2E1SA 2VD2A 4TOZA 3LR1A 1NNKA 4ELRA 2Q2CA 4ZZAA 4ZE8A 4OFOA 1WODA 1YPNA 1VE4A 4RA1A 3FVKA 1SD3A 3Q29A 3MP8A 3CSGA 2RC7A 5F7VA 5AA2D 3CRBA 4Z0IA 3K1MA 3TODA 3VVDA 1B7ZA 5AA3A 1DPEA 3A3UA 4FEBA 3K1PA 5BWJA 2P2AA 4X9TA 3VLUA 2PT1A 2KLFA 3B6TA 5TPAA 3O6GA 5IKBA 1B3LA 2I6EA 1B7UA 4FEDA 3QYTA 4IY5A 2V84A 4G77A 4KCDA 4MF3A 3PD9A 1JETA 3ZSFA 1R9LA 3TQLA 5KZTA 3TTKA 4YKIA 1AH5A 4RNSA 4NF4A 4NF8A 1HSEA 4IO7A 3FJ7A 4NF6B 4K3FA 4PE5B 4H6DA 3GBBA 3FD3A 2HEUA 1XVXA 4RPNA 2H4IA 5ISUA 3KOTA 3S9EA 4KPTA 1PBPA 3PGFA 2Y7IA 3JZJA 1D9YA 4Q0CA 2F34A 5CMKA 2FYIA 1H43A 4G4PA 3VFJA 2AIXA 3EQ1A 4PFWA 5DVJA 1DTGA 3IOVA 4RK9A 4KYSA 1SBPA 3DP6A 3M3FA 4RPOA 1B3HA 1ANFA 1LAHE 3SEWA 5TPAB 1OLAA 3LSFB 1I6AA 1IEJA 3TCHA 4RYAA 2X26A 1MQGA 4U1ZA 2O6AA 4NF4B 2DS9A 2DXYA 5FTHA 2V3UA 3N6TA 1ZKBA 4F2OA 3O97A 4R72A 1MM6A 1BLFA 3TTNA 4OXVA 2G93A 3N5LA 5ELVA 3RUMA 1XC1A 3E9XA 3S9MC 4ELOA 3QXMA 3S2VA 4DXUA 3C36A 2DYXA 1OVTA 2ONRA 2QPQA 3H6UA 3LC8A 3EF7A 3TCFA 1H76A 2H98A 4UA8A 3IJXB 3SERA 4G68A 1O64A 1SW1A 1N04A 4NWCA 4ESWA 4LUBA 1DMBA 3VLWA 3HN0A 5I58A 1MRPA 1LAFE 1B46A 2AL4A 3RQTA 4OHNA 2O7IA 2ZNSA 4KI0E 3C9HA 4XIGQ 3DP4A 4ZEKA 2ONSA 4LQ2A 4N13A 5I59A 1A8FA 3TFLA 3ILTB 1EU8A 5CI5A 3TYHA 1LB8A 4DE8A 3MUQA 5FHMA 3RNNA 1EZOA 5EHMA 1ELJA 3EHSA 3DP8A 3QSLA 4BDRA 1I6QA 1L5TA 1IITA 3WAEA 1M5FA 4KYDA 1DPPA 3SEVA 2OZZA 3LBSA 3ILUB 1EZPA 1XOCA 1DOTA 5L9MA 5BUUA 2OJTA 2UXAA 1TFAA 3GBAA 3UP9A 2PYYA 2QMWA 4H1XA 4GXAA 5HPQA 4G8NA 2ZXTA 3SEXA 3IAZA 1MXVA 2NXOA 3K1NA 4ESXA 5H8NB 3OEKA 1Q35A 2DWHA 3I6VA 5JK4A 5I58B 1R9QA 4GFRA 2DE3A 1FQBA 1S9TA 1KWHA 3D4GA 4IO5A 4ZZEA 1BKAA 2HZKA 1B0LA 2F7CA 3CFZA 2XX8A 5I59B 5DEXA 1FQAA 1EZ9A 3PD8A 3K01A 1H45A 4DCXA 5L9OA 1B5HA 3T9VA 1MQJA 3E13X 3FVGA 4H8IA 1QULA 4BDMA 4H65A 1MDP1 4F31B 4GXSB 2VOZA 2A5SA 1Y3QA 4ZS9A 2ABHA 4E0XA 2G29A 1GVCA 1B9JA 2D21A 4PFYA 4R75A 1FTJA 4YB6A 3E4RA 3KEIA 3F11A 1N7WA 2QRYA 2DWAA 4AB6A 1MG1A 2Z8EA 2GHBA 1S7YA 3KFMA 3PPOA 2I58A 4EQBA 2QS3A 1Y3PA 3H6VA 3N94A 4H0WA 3O2AA 1JNFA 1LAXA 3PMVA 3SEUA 3IK6B 4M1VA 3MC2A 2QSXA 3IB1A 1A7LA 2B3FA 2E0SA 1NKXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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