3RGYA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with lipopolysaccharide at 2.0 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with Lipopolysaccharide at 2.0 A Resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rgyA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rgyA02
3VFJA 2BJJX 2ZYMA 2OK2A 4EXLA 2X7PA 4M4GA 3VVFA 2YJPA 1LGBC 5CMMA 4YU0A 1SBPA 4ECFA 5I2KA 4KD5A 3OENA 2IEEA 4OEVA 1IUDA 3PMVA 3IJOB 5DEXA 1AMFA 1MXUA 3C35A 4U2RA 4G4PA 4G68C 3FV2A 1A40A 2P2AA 3LSWA 5FTHA 3W9VA 1N76A 3QUJA 3CG1A 4KYSA 4ELPA 1MY2A 2GRVA 1B3FA 1QW0A 2G29A 4I1DA 1DTGA 3LR1A 4R9FA 1MS7A 1VSOA 2DVZA 2XXPA 3O2AA 2NWJA 3VE1B 1AH5A 4F31B 1QUKA 2CZLA 3MVZA 3BKIB 3PPQA 1OVBA 2DWAA 3MPLA 1P1OA 1ZKBA 1DPEA 4KHZE 5ICTA 3TCFA 2UYEA 1SQYA 3K6VA 2ZYKA 3A3UA 4IGTA 1DSNA 3H6TA 4IO6A 4GL8A 3E9XA 1JNFA 3IB1A 3TFLA 3K00A 4ZE9A 4R2BA 2YPNA 3JZJA 1AOVA 3F11A 3MZBA 3S9LC 1P1WA 3FVKA 4YB6A 3G3GA 3A3CA 4WEDA 4RYAA 4YB7A 5AA1A 1MH4A 3C36A 1BP5A 3D4CA 4FATA 5I56A 1TXFA 1B32A 1SVXB 1PB7A 1B3EA 5TP9A 4F3BA 1HSLA 4ZEDA 1EZOA 4R9GA 1OLCA 4R6KA 2FA7A 1NMUA 4IO2A 2I48A 5F7VA 1MPBA 3PD8A 4ZEFA 4YMBA 2OWSA 3IL1B 3N26A 4G8MA 4C1UA 3CFZA 3MZ1A 2RC7A 4C1TA 2DE4A 1BTJA 3T9HB 4XKQA 3RNNA 4R75A 2ZNSA 1Y3NA 2QL3A 5CRYA 3O9PA 3ODBA 1D4NA 5H8NA 2V3UA 4FORA 1Y1MA 3T96B 2ZYOA 3HHGA 2DSFA 1IITA 1XS5A 2Y7KA 4H0WA 2F78A 2UXAA 2Z8DA 2QS4A 5DEXB 3U94A 4ESWA 4HW8A 2O68A 4JSOA 1SDXA 1ATGA 3CVGA 3MVXA 4I9DA 4YZZA 4KPTA 3C4MA 1ZLQA 2DWJA 4YICA 3OD7A 1PB9A 1NNPA 2F6GA 3FJGA 3KSJA 4P0GA 4I62A 5H8QB 4YKPA 2VD2A 4U22A 3G3JA 2F6PA 1MDQA 4FIMA 2ONSA 4LONB 2H4IA 1SI0A 1EZ9A 1SD3A 2OBGA 3BBRA 3MP1A 4P11A 5JTYA 3EF7A 2PVUA 4IO4A 3U92A 1T0KA 4U4XA 3SDFA 4F19A 1JEUA 2DWHA 2O84X 1LAXA 2Q88A 4U4SA 4Z0IA 4O3BA 1IXGA 3HN0A 3TTNA 3GBBA 3QK6A 1LFIA 1XHYA 4NWDA 3TCGA 1EU8A 2E1SA 1YCJA 2QRYA 2RINA 1MQHA 2Y7WA 3IO6A 1B1HA 3KN3A 3MP6A 4NF5B 5CMKA 2V25A 5HM4B 3K1MA 4XKRA 3IORA 3THIA 3G3IA 3H6VA 4GQOA 2DE2A 4NF8B 1FQFA 1UIUA 5JK4A 3FASA 1WVJA 4QFLA 3RLFE 1FTLA 3KZGA 4U1ZA 1ANFA 2A5SA 4O3AA 4RA1A 2DXRA 4QSCA 2ANJA 3M3KA 4XKNA 3K6WA 3GXAA 3MPKA 1BIYA 5AA2B 5ELVA 2QJEA 4KR5A 3TUSA 4BDQA 1TT1A 1DTZA 3JV9A 3KOTA 3LUYA 3MP8A 4ISUA 1LBBA 3AXFA 5H8NB 2UVGA 3OO7A 4H1XA 1Q35A 4ZDMA 1Y3QA 1TFAA 2OWTA 2Y7RA 4NEDA 2I0BA 3OXNA 2V3QA 1O64A 3KJ7A 3VV5A 1B51A 3GLBA 1LAHE 2HQ0A 2HZLA 4FJPA 1LB9A 1JW4A 1P1UA 1FCKA 3I3VA 4NE4A 4QF9A 3C33A 1VE4A 1GTKA 1US5A 5KCJB 2DXYA 1FQAA 1H43A 2XXIA 5L9SA 4H65A 5K2YA 3CRBA 2F97A 4NF5A 1B46A 3V5AA 3LSLA 5DYHA 3TQWA 1II5A 3C34A 5H8HA 2X26A 4HS7A 3IJXB 3ILTB 1A55A 1PC3A 4OHNA 3EN3A 2ZYNA 2OLBA 4GXAA 3SESA 3T9UA 2HEUA 1LAGE 3HSTA 1LBCA 2XXHA 3E13X 3Q29A 5I2KB 4ELRA 2F7BA 1JVXA 1ZMGA 1SW1A 3RTWB 5I84A 3BFTA 5CBSA 5DTBA 2Y7IA 2P0SA 3MBPA 4EUOA 3O97A 3O66A 3TPAA 5AA2A 1MXVA 4G2ZA 4QFNA 5TPAB 2ONRA 4R2FA 3UK4A 2WKYA 2DQVA 2DYXA 1TWYA 2ALUA 3OSQA 2UVHA 3DP6A 4LUBA 1NKXA 4QSDA 4UA8A 1GV8A 3TELA 4NF6B 3WAFA 3ONMA 4OERA 4EXKA 1OLAA 1FTOA 3CG3A 3FV1A 3R26A 1B3LA 5AA4A 2F35A 1P1NA 4ONYA 1P99A 4F3PA 3EHUA 2O7IA 2G93A 3IX1A 2HAUA 4OXVA 1MRPA 3ZKKA 1LSTA 3LBSA 3RTFB 3VVEA 3MJNA 2FYIA 4DXCA 1MQGA 1S7YA 3RY3A 3TAJA 4PE5B 4OWDA 1BKAA 1FTJA 4G68B 4GRKA 2I6EA 3OMBA 4XIGQ 3H4ZA 3U1OA 3PGFA 3IR1A 4N6PA 1LCTA 2XX7A 4AQ4A 1MXZA 5K2XA 3TDJA 2PX1A 3ZSFA 4HCYA 5KZTA 1OQGA 1POY1 4FECA 5LOMA 1QULA 3GBAA 2E0SA 1GVCA 3PV0E 2XXYA 3Q28A 3IO4A 5DVFA 4QRZA 1EZPA 2XXWA 1B0HA 1B7UA 2R6GE 1JW5A 4ELQA 1Z7ME 5BWJA 4H8JA 4NF6A 1B4ZA 1MPDA 2O6AA 4JDFA 4M1VA 4Q8RA 2R71A 3T9VA 1M5FA 5FTIA 1O7TA 1VR5A 3K1NA 4MBPA 4F2QA 1N3WA 1PBQA 2THIA 4F29A 3HPIA 5I59A 3V89B 2B65A 2F7CA 3FXUA 1LB8A 2CMOA 5FHNA 2HXWA 4NF4B 4G8NA 1RYXA 1B0LA 2D21A 2H99A 5JEIA 3TTRA 4WKMA 4NWCA 5IKBA 4F1UA 2FNCA 4KCDA 1WDNA 2KLFA 2OCUA 4TQUQ 5A5XA 5ITPA 3QXMA 2O1MA 1Y1ZA 1NFTA 3K1PA 4JBZA 3PPOA 4LP2B 2XX9A 3UA8A 5KDTB 4KQPA 1XVYA 1YPNA 3KFMA 5DVJA 3K02A 4GIZA 3OO9A 4E0XA 2I58A 2GFEA 4JWYA 3IB2A 1Y3PA 4TLLB 2I49A 3FIRA 1N3XA 1B3GA 3O6HA 3PD9A 4MF3A 5B70A 1N04A 2D3IA 1FTMA 1FQCA 3BFUA 4H8IA 3E3KA 4YKJA 1Y20A 5TPAA 3OO6A 1I6QA 1NNTA 5CI5A 3DM0A 1I6AA 1QVSA 4PETA 1UIVA 2XX8A 4ESXA 1Y9UA 3B6TA 3CSBA 3MC2A 3K4UA 3ILUB 4GXSB 1D9YA 4MFIA 1MXWA 1SI1A 2Y84A 3QAXA 2X7QA 1FTKA 1MM6A 4NTLA 4YAHX 4L17A 2M8CA 3TMGA 2UYFA 2F8DA 3RGYA 4H5GA 1DMBA 3B6QA 4HCWA 4G8HA 4RNSA 3S2VA 3TODA 4ZZEA 1MXYA 2Z8FA 3OOAA 3OEMA 4HTGA 5FHMA 2XXVA 4OQOA 4POWA 4EF2A 3M3LA 3OSRA 1URSA 1POTA 2PBWA 3T93B 2OJTA 4TOZA 4MLVA 4F3SA 4DXUA 1UTBA 4YKIA 1SYHA 1VFEA 2O69A 3DP4A 2ABHA 4GFRA 2F5XA 1L5TA 4OMBA 4R6HA 1ZJLA 1FQDA 1O63A 2QS1A 3PPNA 5AA2D 5I57A 1F9BA 5CC2A 2RKMA 3HCQA 4BLAA 3VVDA 4KI0E 5CMCA 1NH7A 4EQBA 5J1DA 1MQDA 1R1NA 3C31A 4R72A 4FE8A 4GOTA 4LQ5A 1HSJA 1ZU0A 1N7WA 3EHSA 4ZECA 2A5TA 4FEDA 1B9JA 1GGGA 1XOCA 2XXUA 3B7DA 3N5LA 3FVNA 3FXRA 2PYYA 2VGQA 4IGRA 4JSDA 3RQTA 3WAEA 5H8FA 4ZEIA 5I58B 3CIJA 2IA4A 3IAZA 1R9LA 3DLNA 1QUIA 4ZEKA 3VLWA 2AYSA 2ONKE 4POXA 5EHMA 5EYFA 5EHSA 4DZ1A 2DOJA 3U8QA 2XD3A 1H76A 2H5YA 1NNFA 1OQHA 1B3HA 1YAEA 1ZIUA 1OVTA 4GVOA 3D4GA 3TQLA 3VLVA 3FUZA 3KN8A 4QSEA 1N0TA 2Z8EA 3TTMA 1OIBA 4QHQA 4BDRA 4U23A 3I5OA 4IO3A 1B52A 3B6WA 1NH8A 2QMXA 4QFPA 3PPPA 4GL0A 1A99A 3CSGA 4WEPA 1VFDA 1IQ7A 2H9BA 2NXOA 3K01A 3KEIA 3IOUA 2AIXA 3PUYE 2VD3A 1QJMA 4YB5A 2R9JA 1M5EA 4N13A 5CBRA 3SEVA 3FGSA 2RC9A 3MAMA 4DLDA 4F1VA 3TYHA 4LATA 3H7MA 3PU5A 1KWHA 4GF8A 2HAVA 3H03A 1AIVA 2PT2A 4ZEBA 3PMXA 1LLSA 1RYOA 3SEWA 3G3KA 3N94A 1PEBA 4OTEA 2RC8A 2REJA 1FW0A 1M5CA 5ICQA 5DT6A 3RN8A 1XT8A 1B7HA 2Q2CA 1MY3A 3EQ1A 3QSLA 4KYDA 1B05A 2NVUB 5KCJA 1QKBA 3QYTA 4XTCQ 1R9QA 1A7LA 2AL5A 3K0VA 4NF8A 3PMWA 2XD2A 3MWBA 2DWIA 2PMSA 1SW2A 4FAJA 1B1XA 3MVYA 2VP1A 2Z22A 4LVQA 1S9TA 4GWOA 1MPCA 3PUXE 1CE2A 2F7AA 3V8XB 2DE3A 4JWXA 1EH3A 3U72A 4DIGA 3VLUA 3FD3A 4H6DA 4OFOA 2QS2A 5AE4A 5I57B 4BDNA 5L9MA 3DELB 2XHDA 3LC8A 1NL5A 3K6XA 3G7WA 3IB0A 3MUQA 2YLNA 2DVCA 4PFUA 2LAOA 1JEVA 3Q26A 4Q0CA 3H6WA 4RPOA 5H8QA 3M8UA 1B4HA 2Q8JA 4BDLA 1URDA 4PFTA 3ECRA 3T22A 3UGWA 4DXBA 1FQBA 1A54A 2I0CA 4OYVA 5KDTA 3L6HA 2D5WA 1N7XA 3K2DA 5TU0A 3RT6B 4F2OA 5I2NB 1JQFA 1B40A 3HO7A 4OETA 4DE8A 4DCYA 4F3GA 3CFXA 4JB7A 4O3CA 4ZE8A 3SEUA 3R6UA 4PQJA 1JVYA 1MG1A 3SETA 1MY0A 3O6IA 1H3DA 4LZ8A 3C32A 4NMYA 1Q1KA 4X9TA 4XKPA 3KBRA 4BDOA 2Q89A 2UVIA 4ZS9A 4EQ9A 3S9MC 2V3TA 3FVOA 2XXRA 5ISUA 2ZXTA 2AL4A 1B6HA 5AA4B 3KN7A 3PUZE 3VDFA 1UQWA 2I4BA 1PBPA 3TTLA 4BDMA 3G3FA 2HFBA 4Z7EA 2QSXA 2H98A 1DOTA 1TFDA 4JXIA 2W7YA 3N6UA 2RCBA 4ZZAA 2DS9A 3KGCA 2RF1A 4C0RA 1MY1A 2RCAA 1NNKA 4H67A 4QFKA 3JYRA 2QPQA 5CMBA 1MQIA 2GHBA 3EHTA 1USYH 2GH9A 2ZNTA 4RK9A 4THIA 3Q25A 3IOVA 5M2VA 3H06B 3HHFA 4F1YA 1MM7A 3N6TA 4X1BA 3MZ9A 4F18A 1I6BA 1CB6A 1B5IA 2O7UA 4P0IA 2QMWA 4EQ7A 1HSEA 3T66A 4LQ2A 1IXHA 1UTBB 3R7XA 3C9HA 1QKAA 4YKKA 1ELJA 1IXCA 2O1LA 3QUFA 4DCXA 3T9XB 5I2NA 1LCFA 3EPEA 3FATA 1M5DA 1URGA 4X48A 1QUJA 3PPRA 1IZ1A 1GR2A 4E0WA 5H8SA 3KG2A 4DDDA 3TKDA 4TLMB 2NUVA 4G68A 4LA9A 1FQEA 2PT1A 4OESA 2Q9TA 4OZ9A 3RT8A 3RUMA 1MY4A 3I6VA 3O29A 4MH5A 5TP9B 3OEKA 3USDA 5I56B 1LFHA 1LFGA 1Y4TA 2ESNA 2VOZA 3MW0A 3TCHA 1XC1A 4XXUA 1UTHB 2F36A 3TZAA 2Q2AA 3G3HA 5F1QA 2OZZA 2Y7PA 4RXLA 2DP8A 2F34A 5L8DA 3OO8A 4UACA 4QFOA 1YTVA 2XXXA 4IY6A 1RKMA 2H25A 4PP0A 3PUVE 2I4CA 1B58A 3E4RA 4IB2A 4I8CA 3UORA 5ITOA 3FJ7A 1MDP1 1PB8A 3KSXA 3LSFB 3FXQA 1JETA 3VXBA 4R74A 4K3FA 1P1QA 1B5HA 4R6YA 1I69A 1B2HA 2I3WA 2O51A 3H3GA 3UP9A 1SYIA 3TTKA 5CM6A 2HCAA 3UN6A 1D9VA 3L6GA 4MLQA 4NF4A 4EDPA 2QS3A 4AB6A 5IAIA 3A09A 1BLFA 4KFQA 5DVIA 5I58A 3MVWA 4N07A 4OEUA 3Q27A 5JTYB 1LAFE 3PUWE 2A5TB 1MQJA 2XXQA 3SERA 4AB5A 1S50A 3ZKLA 4X1DA 4F22A 2UVJA 1Y4CA 1ZTYA 5FHOA 1XVXA 2I3VA 5AA3A 2Z23A 4KCCA 1MH3A 2NOOA 4IO5A 4OFLA 1H45A 1SW5A 3DP8A 3KOSA 4PFYA 4RY1A 4WXJA 3IK6B 2REGA 2XXTA 3CR9A 4GLIA 1IIWA 4IY5A 4U1OA 1WODA 3W15C 3IOWA 1R6ZA 4H5FA 1SW4A 1Z7NE 4OENA 4RPNA 5HPQA 3V83A 5H8HB 3VXCA 3CFLA 1J1NA 3IOTA 2B3FA 4G77A 1IXIA 4RK2A 4U21A 1A8FA 4Q5TA 3S4UA 3RPWA 4KYEA 4RJZA 3P7IA 3W9WA 3S9NC 5B7DA 4ND9A 3HV1A 5H8FB 3SKPA 3CI8A 1DPPA 3FJMA 3UIFA 4OVJA 5HBCA 3ZS6A 4YMAA 1H44A 1OMPA 3KJTA 3M3FA 4IO7A 4R73A 3GZGA 3QIMA 2B3BA 1USYE 4LZ7A 4ELOA 1M5BA 3O6GA 1AL3A 3SEXA 1MXXA 4GD5A 3FVGA 3SEYA 1ZBMA 5A5XB 4OFJA 4LZ5A 3U93A 2GHAA 3MQ9A 2P1SA 1IEJA 4FEBA 1B5JA 2HZKA 1JW1A 1B7ZA 3OELA 4Q30B 1UTHA 2VHAA 4JWOA 1PDAA 3TEPA 4F39A 1A8EA 3H6UA 4PFWA 5I59B 2ZNUA 3K6UA 2V84A 5BUUA 3S9EA 2ZMBA 3LSXA 1D3KA 5L9OA 4EF1A 2V93A 3FZVA 3O28A 1N84A 1US4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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