3RGYA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with lipopolysaccharide at 2.0 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with Lipopolysaccharide at 2.0 A Resolution
rcsb
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rgyA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rgyA02
3D4GA 2VP1A 4EXLA 4ZE8A 3CSBA 3PV0E 2OCUA 1XC1A 3R6UA 1LAHE 3H4ZA 3ODBA 5KCJA 1H43A 2XXWA 1D3KA 4YZZA 3TPAA 3PPRA 5FHNA 2I49A 4YU0A 3VFJA 4XXUA 5ITPA 4FE8A 4ZE9A 1B0HA 1MM6A 1Y4TA 2OJTA 4O3AA 3FXUA 3E9XA 1B58A 2D5WA 4RK9A 4NF8B 4F1YA 3M3FA 4GRKA 1JVXA 4R73A 2O1LA 1Y3QA 1SW1A 4QHQA 5JK4A 3MVYA 1M5DA 5ISUA 1B3FA 3IL1B 4I62A 3FXQA 1B3GA 4POXA 1SI0A 3KSJA 4Q5TA 2LAOA 3C31A 4C0RA 4OENA 3MBPA 3O2AA 1DOTA 4KHZE 3E3KA 4ISUA 1MQDA 4YB6A 4YB7A 1NKXA 3B7DA 4GQOA 5A5XA 1PB9A 1MH4A 4TQUQ 2OBGA 1P99A 4KYSA 3RLFE 3C4MA 1N3XA 4OEVA 3KSXA 2THIA 4RY1A 2XHDA 3OOAA 2QMWA 1II5A 3R26A 3IK6B 3A09A 1BTJA 4UACA 3Q26A 2IA4A 4ELPA 1B2HA 4C1UA 3LUYA 2XXRA 5CI5A 1MY0A 3MP6A 4H8JA 1Y3PA 4G77A 3IO6A 5DVJA 5H8SA 1XS5A 2RF1A 3MP1A 1F9BA 3CRBA 3TQWA 3FVOA 1PC3A 5K2XA 1HSLA 2QL3A 1GGGA 4EXKA 3B6TA 5AA2B 2XXUA 3H3GA 1DPEA 4IY6A 1EH3A 2F7BA 1SQYA 1B7ZA 4GFRA 4JDFA 4JWXA 4PFYA 4U23A 3RTFB 3L6GA 1Q1KA 3LR1A 3UP9A 5TPAB 1FTKA 4EQBA 3C32A 1SW4A 3PD9A 3MPKA 3S9MC 1JW4A 3H6VA 2H5YA 4BDMA 3MUQA 4U4XA 3I6VA 3CR9A 4PFTA 3MVZA 4R2BA 4OFOA 4NF4B 5H8QB 3PPQA 2Z22A 1MQHA 4L17A 1B9JA 1IXIA 4KQPA 3HV1A 2OK2A 2XXPA 1A8FA 3FXRA 1ZTYA 2CZLA 3KOSA 3MVWA 1NH8A 3I5OA 2AL5A 2REGA 4KR5A 4R74A 1GV8A 1LBBA 3U92A 1Y9UA 3H06B 1FQAA 3OEMA 4XKQA 1LLSA 3IOWA 1LB8A 1IQ7A 4UA8A 5IAIA 2Q2CA 3IO4A 4XKNA 3H7MA 3HO7A 1SD3A 4YB5A 3IAZA 2P0SA 4F3BA 4WXJA 3OD7A 4HCYA 3I3VA 1MQIA 5I2KA 4KFQA 5I56A 4TLMB 1Q35A 2F5XA 2PMSA 2Q2AA 1MY4A 1ZIUA 3A3CA 4OZ9A 5EYFA 1B0LA 2ZNSA 5TP9B 3T9UA 3N26A 1JW1A 1R9LA 1HSEA 2UVHA 3A3UA 1MPDA 1D9VA 2ONSA 2VD2A 3PUWE 2P2AA 1TT1A 3WAEA 4G68B 3T93B 3O28A 3FGSA 3KN8A 4Q30B 3KJTA 1ZKBA 1WVJA 2H25A 1VR5A 4H67A 4F3SA 3K00A 3DP6A 1JEUA 2RKMA 4KCCA 3IJXB 3LSWA 4GWOA 1SBPA 3GZGA 3K1NA 4OFJA 2QS2A 2NVUB 4OHNA 2I58A 2VHAA 1JQFA 1M5CA 3IB2A 1AMFA 3TELA 2ANJA 3VLVA 3OELA 4XIGQ 4XKPA 1A55A 2G29A 4H1XA 1LAXA 3VDFA 1XVYA 3M3KA 3OSRA 4O3CA 2WKYA 5BUUA 3U94A 4G68C 4DZ1A 1I6QA 3C34A 1PDAA 1NNKA 1MY2A 2UYFA 3FJGA 2O6AA 3OMBA 1B3EA 3DP8A 3T22A 4ZZAA 1FTMA 2XXIA 4RA1A 5H8NB 3TYHA 2OLBA 2QS3A 3TODA 4ECFA 3V8XB 5I57A 4QFOA 1D9YA 3K6XA 5AA3A 1B32A 1FTLA 2A5TB 4GLIA 5CBSA 3UA8A 3G3IA 5ICQA 4JWOA 4YKPA 5DEXA 2V93A 4F2QA 3TDJA 1ZLQA 3UN6A 1B52A 4HW8A 3PUZE 4FEDA 3IB1A 2Q88A 3VLUA 2ZNTA 1UIUA 4NTLA 3RGYA 4THIA 1QULA 4ZECA 3VLWA 4F1UA 3G7WA 3K1MA 1N84A 3EHTA 3IOVA 3TTNA 2DXYA 4GXAA 4GL0A 4ZEKA 3CI8A 3FVGA 3HPIA 4H5FA 1QKBA 2PT2A 2O68A 2REJA 2UVIA 3PUVE 1M5BA 5ELVA 3IJOB 4LZ7A 5I58B 3KG2A 2FNCA 3U72A 4YKKA 2Y84A 2BJJX 2ALUA 4K3FA 5CMCA 5FTIA 2NOOA 2Z8FA 5JTYB 2VGQA 2DP8A 2ZYNA 3LSLA 2F97A 1XVXA 4BDRA 2Q89A 3O29A 3RQTA 4GL8A 3K6UA 4OEUA 4RPOA 2YLNA 4PQJA 1ZMGA 3QUFA 1PB7A 3VVEA 2F35A 1TFDA 2DSFA 2HQ0A 5KCJB 2F6GA 4ZDMA 1BLFA 5AA2D 3IOTA 1P1NA 3ZKLA 2RC8A 1URDA 1LAGE 2HAVA 1DPPA 1O64A 2HZKA 3TTLA 1GR2A 2QSXA 5DVFA 4JB7A 2KLFA 2HAUA 3Q29A 2I0BA 2NUVA 5L9OA 4ND9A 4QSEA 4QSDA 5CMKA 1OLAA 3N94A 3OSQA 2Y7IA 3DM0A 3WAFA 2ZXTA 4KI0E 2XD3A 4DE8A 3K01A 3EQ1A 3PPNA 2DXRA 2QS1A 4U21A 5KZTA 3CFXA 4LATA 1PB8A 2XXXA 1MY1A 1FCKA 2DS9A 2E1SA 4NF6A 1JVYA 3TCFA 5DT6A 4NF8A 1GTKA 1OQGA 5A5XB 3SERA 4EQ7A 2F7CA 2IEEA 5HPQA 2ESNA 2QJEA 5CMMA 3E4RA 5L9SA 5DVIA 2V84A 3FD3A 1OIBA 3CIJA 4IGTA 1A40A 3KGCA 3DP4A 4Z0IA 2Y7WA 5I59A 1B4ZA 2GRVA 1B3LA 1MXVA 1EZ9A 4ELRA 1TWYA 5AA4A 1EU8A 1UTBA 4AQ4A 4GF8A 2UVJA 1PEBA 4NF5A 1B1HA 2Y7PA 3EHSA 3TCGA 4ZZEA 3L6HA 2DWHA 4G8NA 4TOZA 1EZOA 4RXLA 1AIVA 1ELJA 5IKBA 4ESXA 1MQJA 2RCBA 5AA1A 2XXQA 2R9JA 1N04A 5L8DA 1S50A 1IEJA 3ILUB 2F8DA 4ELOA 1Z7NE 3E13X 4XTCQ 3HSTA 3M8UA 1VFDA 3O97A 2R6GE 3MWBA 3OO7A 1MXUA 1SI1A 1XOCA 2OWTA 3KN7A 1L5TA 1R6ZA 4WEDA 4YMBA 3K4UA 2I6EA 3UORA 3C9HA 2YPNA 4HS7A 3OO6A 2O7IA 3O6GA 1H76A 4Z7EA 3TUSA 1YTVA 1VSOA 3S4UA 4GVOA 2ZNUA 4P0GA 4YMAA 3VVFA 4KYDA 1IZ1A 1XHYA 1DTZA 3K2DA 1Y20A 4JBZA 4LQ5A 2DE2A 4C1TA 5BWJA 3GBAA 4OXVA 3OO8A 1IXHA 4MBPA 3QSLA 3K6WA 4XKRA 3AXFA 4JWYA 4U22A 4DIGA 3OXNA 5AE4A 3MQ9A 1KWHA 4YKIA 2UYEA 4P0IA 4H65A 1TXFA 2I4CA 2X7QA 3FVNA 5KDTA 2GHAA 4OFLA 5H8QA 2DVCA 4ONYA 1P1UA 2YJPA 5I2KB 4RNSA 2F78A 3JYRA 2F34A 1S9TA 4NMYA 3JV9A 4I9DA 4DXBA 1FQEA 3T9VA 2V25A 2NXOA 1B5HA 5FHMA 3TAJA 1FW0A 3W15C 1SYHA 1FQCA 3C36A 4H8IA 1NFTA 2HXWA 1ZU0A 5L9MA 1VE4A 5F7VA 4Q0CA 1B1XA 1A99A 4IO7A 1JETA 4DDDA 2UVGA 4FAJA 4G4PA 4F3PA 3RUMA 3ZKKA 2QPQA 1ZBMA 1LAFE 2AYSA 1FQDA 1UIVA 5FHOA 4KYEA 3KOTA 2DE3A 3V5AA 4DLDA 2HFBA 4QFNA 4BDNA 3MZ9A 4NWDA 3O66A 4ZEIA 1B5IA 5H8HA 3FJ7A 4IO2A 1MY3A 1MXZA 4X1BA 2QRYA 3KN3A 3B6WA 2XXTA 3EF7A 1I6AA 2XX8A 4Q8RA 1A8EA 4F3GA 3LBSA 4YICA 1ATGA 1N0TA 3K02A 1QW0A 2I3WA 1WODA 2R71A 2A5SA 3EN3A 3FIRA 4OTEA 5I2NA 4KCDA 2PVUA 2V3TA 1B7HA 2ZMBA 4LONB 5H8FB 1Y3NA 1PBPA 4DCXA 3MVXA 2P1SA 3S9EA 3JZJA 5I57B 3H6TA 1VFEA 2PT1A 4RK2A 5ITOA 1A7LA 5M2VA 4MF3A 4H5GA 2F7AA 3PD8A 4JXIA 4H6DA 5DEXB 2Y7RA 1US4A 2Y7KA 3SKPA 4EDPA 3FZVA 4IO6A 3S2VA 3N5LA 3IOUA 4OWDA 4LA9A 4F18A 1UTHA 4R2FA 5FTHA 4JSOA 3VXCA 3TKDA 3S9NC 1YCJA 4OESA 2H9BA 1EZPA 3SEUA 1UQWA 3N6TA 2DVZA 2G93A 2V3QA 3KJ7A 3U1OA 3MZBA 2RC9A 3R7XA 1N7XA 3TQLA 1I6BA 2RCAA 4QFKA 1A54A 1IUDA 4ZEBA 1POY1 1B5JA 4F2OA 4X9TA 4BLAA 4LZ5A 1H45A 4F19A 3EPEA 3PMWA 2ZYMA 1M5FA 1YAEA 2D21A 2PX1A 2X7PA 2O51A 3VVDA 3IX1A 2PBWA 2O7UA 3W9VA 1HSJA 3U93A 1LFGA 3HN0A 1OQHA 4BDQA 4DCYA 2DQVA 4PFWA 2HZLA 4E0WA 5I58A 1J1NA 3V89B 4OERA 1N3WA 3T96B 3BBRA 3PUYE 1QJMA 4U2RA 1MPCA 1BP5A 3USDA 1QUKA 4OMBA 1Z7ME 1MQGA 3Q28A 1B40A 4IGRA 1QVSA 3PPOA 1R1NA 3CG3A 3KBRA 3BFTA 3SEVA 3UGWA 3K6VA 4MLVA 2ZYKA 4PFUA 2UXAA 2Q9TA 5B70A 2XXYA 2D3IA 3CFZA 3QK6A 4RJZA 2M8CA 1RYXA 2O69A 4AB6A 4OQOA 4P11A 1MXXA 4FORA 4ZEFA 5ICTA 4DXCA 1BKAA 3GXAA 2HCAA 5DTBA 3OO9A 1DSNA 4OVJA 4EF2A 2I0CA 2DWJA 1B3HA 4G8MA 4IO3A 1SYIA 4NF6B 1XT8A 2XX7A 2X26A 1FQFA 3O6HA 4IO5A 4QFLA 5I84A 3EHUA 4QRZA 5B7DA 4GIZA 3ZS6A 3SESA 1JW5A 4HCWA 4YAHX 2XD2A 1USYH 2H99A 5EHSA 4NE4A 1SVXB 3CFLA 1SW5A 1MH3A 1RKMA 4PE5B 2GFEA 3FUZA 4X48A 5I59B 4LP2B 1MRPA 1I69A 2ABHA 4PETA 4QSCA 3LSFB 4FEBA 1TFAA 3D4CA 3KFMA 3HCQA 4ESWA 1D4NA 3TTMA 5AA4B 1MPBA 1UTBB 3FV2A 3ZSFA 4R6HA 4NF5B 5HM4B 3Q27A 4HTGA 3U8QA 1AOVA 2XXVA 3TCHA 1FTJA 3K0VA 1Y4CA 4KPTA 2V3UA 2DOJA 5CM6A 1LFHA 1QUIA 2FA7A 1P1WA 3TFLA 4GXSB 3MAMA 5JEIA 4N6PA 2HEUA 4R6KA 1N7WA 3O9PA 1DMBA 1MXYA 4GOTA 4TLLB 2XX9A 2B3BA 5EHMA 1OLCA 1URGA 3MC2A 2RINA 2F6PA 4I1DA 2PYYA 1NNFA 4LQ2A 3VV5A 4FJPA 3C35A 3DELB 3DLNA 1Y1ZA 1QKAA 3QAXA 2Q8JA 3IORA 4O3BA 5AA2A 4FATA 3M3LA 3RY3A 3THIA 3G3KA 3SEYA 3FVKA 1AL3A 4IY5A 1O7TA 3OEKA 1LBCA 3TMGA 3RPWA 3CG1A 1MDQA 4GD5A 1P1OA 3RTWB 2FYIA 1MDP1 4EUOA 2I4BA 3K1PA 1QUJA 3OENA 4R9GA 4LZ8A 3RNNA 3TEPA 2W7YA 1PBQA 4IB2A 3UIFA 3PMXA 2QMXA 4LVQA 3G3HA 5TPAA 4F31B 5J1DA 1ANFA 2ONKE 1LSTA 5KDTB 4LUBA 1AH5A 3RT6B 1H44A 4E0XA 1M5EA 4G8HA 1T0KA 4RPNA 3KEIA 1FTOA 2DWAA 4ELQA 2H98A 4RYAA 5HBCA 3FJMA 2Z8EA 4NF4A 2VOZA 5I56B 4G2ZA 3Q25A 3W9WA 4R6YA 3LSXA 3MW0A 3SEXA 3HHFA 1MG1A 1IITA 1URSA 5TU0A 3QIMA 2Z23A 4QFPA 1SDXA 3FV1A 5LOMA 3GBBA 2XXHA 3B6QA 1S7YA 1Y1MA 2DE4A 1OVBA 2F36A 3ECRA 1B51A 3G3JA 4OETA 3VXBA 2H4IA 2E0SA 4I8CA 4U1OA 2DYXA 5F1QA 1B05A 5TP9A 5H8HB 4NWCA 4R9FA 3PMVA 3FATA 4MLQA 1POTA 3MPLA 3SEWA 3H03A 4R75A 1JNFA 3PGFA 2O84X 4G68A 1ZJLA 1YPNA 1USYE 3VE1B 1R9QA 1SW2A 3QUJA 4WKMA 4F22A 3H6WA 5I2NB 3G3GA 2Z8DA 3PPPA 4FIMA 2B65A 3MZ1A 3FASA 3LC8A 2I3VA 1IXGA 3TTRA 1LCFA 3SDFA 3MP8A 1BIYA 3TTKA 4WEPA 1P1QA 2I48A 5DYHA 3BFUA 3SETA 5K2YA 4MFIA 3ONMA 3P7IA 1OMPA 3PU5A 3ILTB 2GH9A 3CVGA 4NEDA 1JEVA 1O63A 4EF1A 4F39A 1OVTA 4M4GA 5H8FA 1UTHB 3C33A 1US5A 2AIXA 2OZZA 3QXMA 2OWSA 5H8NA 1NNPA 4BDOA 4QF9A 3H6UA 4F1VA 1LCTA 4N07A 3T66A 2ONRA 4N13A 3UK4A 3T9HB 4F29A 4PP0A 4R72A 3T9XB 1B4HA 1NNTA 1CB6A 5CRYA 1LGBC 2A5TA 1MXWA 3O6IA 2O1MA 1NMUA 1IIWA 4H0WA 3PUXE 2NWJA 5CBRA 1LB9A 2RC7A 4BDLA 4JSDA 2B3FA 1IXCA 2QS4A 1LFIA 3MJNA 4POWA 4U1ZA 1NH7A 1MS7A 1RYOA 3F11A 2AL4A 3BKIB 4FECA 4ZS9A 3GLBA 4X1DA 3KZGA 4EQ9A 4YKJA 1CE2A 1B6HA 2CMOA 2ZYOA 3CSGA 4MH5A 4AB5A 4M1VA 1B46A 3IB0A 1MM7A 3S9LC 3QYTA 1N76A 1WDNA 1GVCA 5CC2A 3IR1A 1FQBA 2VD3A 3HHGA 4KD5A 1DTGA 1NL5A 4U4SA 3N6UA 5JTYA 2DWIA 1B7UA 4ZEDA 4DXUA 3G3FA 2GHBA 3RN8A 5CMBA 3V83A 1H3DA 3RT8A 3TZAA 4OYVA 4IO4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3D4GA 4H45A 2VP1A 4EXLA 4GWUA 4ZE8A 3CSBA 3PV0E 2OCUA 1XC1A 3R6UA 1LAHE 3H4ZA 3LV0A 3ODBA 5KCJA 1H43A 2XXWA 1D3KA 2QVRA 4YZZA 3TPAA 2WYKA 3PPRA 1FJ9A 5FHNA 2I49A 4YU0A 3RYDA 3VFJA 4XXUA 5ITPA 4FE8A 4ZE9A 3A29A 1B0HA 1MM6A 1Y4TA 2OJTA 4O3AA 3FXUA 3E9XA 1B58A 2D5WA 5EQ8A 4RK9A 4NF8B 4F1YA 3M3FA 1FBFA 4GRKA 1JVXA 4R73A 2O1LA 3ISPA 1Y3QA 4KXPA 1SW1A 4QHQA 4P56A 1FBGA 5JK4A 3MVYA 1M5DA 5ISUA 1B3FA 1NUYA 3IL1B 4I62A 3FXQA 1B3GA 4POXA 1SI0A 3KSJA 4Q5TA 2LAOA 3C31A 4C0RA 4OENA 3MBPA 2BJIA 3O2AA 4FBPA 1DOTA 4KHZE 3E3KA 4ISUA 4N15A 1MQDA 4YB6A 4YB7A 1NKXA 3B7DA 4GQOA 4MAGA 5A5XA 3T0JA 1PB9A 1MH4A 4TQUQ 2OBGA 1P99A 4KYSA 5IZ3A 4X8RA 3RLFE 3C4MA 1N3XA 4OEVA 3KSXA 4GWYA 2THIA 4RY1A 2XHDA 3OOAA 2QMWA 1II5A 3KC1A 3R26A 3IK6B 3A09A 1BTJA 4UACA 3Q26A 3IFAA 4IR8A 2IA4A 4ELPA 1B2HA 4C1UA 3LUYA 1FPBA 2XXRA 5CI5A 1MY0A 3MP6A 4H8JA 4NF0A 1Y3PA 4G77A 3IO6A 5DVJA 5H8SA 1XS5A 2RF1A 3MP1A 1F9BA 3CRBA 3TQWA 3FVOA 1PC3A 5K2XA 1HSLA 2OWZA 2QL3A 1GGGA 2QVUA 4EXKA 3B6TA 5AA2B 2XXUA 3H3GA 1DPEA 4IY6A 1FJ6A 1EH3A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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