3RGYA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with lipopolysaccharide at 2.0 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords Lactotransferrin
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with Lipopolysaccharide at 2.0 A Resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rgyA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rgyA02
3TUSA 5K2YA 1XOCA 5TP9B 3FD3A 4X48A 5CMMA 3K1NA 2AL5A 1NH8A 3EN3A 4RYAA 5I58A 5L8DA 5FHOA 4GD5A 3PUVE 4R75A 4YKPA 2R71A 5AA1A 3TCGA 3RTWB 3RY3A 1LAFE 2Y7RA 4XKNA 1H44A 5H8FB 2UYEA 2V3QA 3UORA 2UVGA 4G2ZA 4EXKA 2PX1A 2Z22A 5AA2A 5IKBA 1B46A 4BDNA 1FTKA 1DOTA 1LFGA 1MXUA 1B5IA 4OEUA 4LZ7A 2D5WA 3TCFA 3S9MC 3Q28A 2O84X 4OEVA 3OSRA 3RT8A 3GXAA 1IXHA 1QUIA 3C4MA 4H5FA 1D9YA 1QULA 2F35A 1Z7NE 3EF7A 3O28A 5KDTA 3KJ7A 3H6TA 4DCXA 5CRYA 4PFUA 3K6XA 1JVYA 2E0SA 4OERA 1VFDA 1FTJA 3KG2A 2H99A 3IO4A 4JWOA 1MQGA 1Q1KA 3KSXA 3OSQA 2DXYA 1PB9A 2V3TA 3K0VA 3T96B 2RKMA 4TLLB 2H5YA 3H06B 1LLSA 1USYH 1YPNA 3FVKA 5HBCA 1JW1A 3MP6A 1MXVA 3KJTA 1B7ZA 4XKPA 4R73A 3OO9A 3OD7A 3VVEA 1D9VA 5B70A 1FTLA 1IZ1A 4OETA 3FXRA 1B52A 4F3BA 4IO2A 3Q25A 4H5GA 1OLAA 5CMCA 1XHYA 2DE3A 4H67A 3W9WA 5JTYA 4RY1A 3CSBA 3JYRA 4BDLA 3IAZA 2XXTA 1ZIUA 2HCAA 3T9VA 3A09A 4IGTA 2VHAA 1Z7ME 3MWBA 4U4XA 1MY1A 2CMOA 4NF6B 1AIVA 3KOSA 4Q30B 3IK6B 4OYVA 4JWYA 2X7QA 5I59A 2P1SA 2ZYMA 3Q29A 3C9HA 5AA4B 3LSLA 1BKAA 1EH3A 3PPRA 2DWAA 3TZAA 3CSGA 3FIRA 3K6WA 5H8QB 3TYHA 3CRBA 1SD3A 2QS1A 1B1XA 2O69A 4GWOA 2HAVA 4NMYA 2ZYKA 3TEPA 4KCDA 1XC1A 1Y1MA 1PBPA 3S4UA 1B4ZA 3HSTA 1SBPA 4PQJA 4DXCA 3SESA 1FQAA 2F97A 4F29A 3TMGA 4F2OA 5H8SA 1LB9A 1YAEA 2F6PA 1URDA 3PPOA 3IL1B 2D21A 3FJ7A 4PP0A 5TP9A 5DVFA 1I6AA 2I3VA 2PMSA 4U1ZA 3IOTA 1DSNA 1B51A 5I58B 3FGSA 4R6YA 1B4HA 3SEWA 3PU5A 3GBAA 3D4GA 1ZJLA 4IO6A 1B6HA 3U94A 3C36A 1O7TA 4BDOA 1OIBA 4OMBA 5TU0A 2DWIA 5H8FA 1P1OA 4AQ4A 2HFBA 3CFLA 2YJPA 1UTHB 1B40A 2PT1A 4OWDA 1ZLQA 2I3WA 3EPEA 3N5LA 4MFIA 3SEVA 1T0KA 1B7UA 1JQFA 2H25A 1Y9UA 2HXWA 4ZZAA 4ZDMA 4L17A 3PPPA 1B3FA 2LAOA 2A5TB 1NNKA 5JEIA 2UVIA 1BP5A 1LAHE 1MPCA 4FATA 2FNCA 3DLNA 1B0LA 4JBZA 3KEIA 1H43A 2Q8JA 1ZKBA 1JEUA 2HAUA 1XS5A 3CG1A 1EZPA 4NTLA 1FQDA 2I58A 2QPQA 2PT2A 4YZZA 3H6UA 3MP1A 3GBBA 4XKRA 3TDJA 3MQ9A 2I49A 3JZJA 1SYHA 4U1OA 3O29A 4G8NA 3FASA 4KYEA 3B6QA 3ZS6A 1LBCA 4F3GA 2Y7PA 3LSFB 1N76A 2M8CA 3KN7A 1IXGA 3PUWE 4LZ8A 3MJNA 5KCJA 3G3HA 4BLAA 1URSA 3HO7A 2UVHA 3MVXA 3HHFA 1MXXA 3RUMA 1B3GA 1MQJA 5TPAB 1FQCA 3G3JA 3VVDA 4DZ1A 2PVUA 5JTYB 4OFOA 4DXBA 1NL5A 3TTRA 1GR2A 4C0RA 3A3UA 3PV0E 1Y4CA 5F7VA 4YMBA 2AYSA 3G3FA 2Q89A 2V93A 4GF8A 4H65A 4KD5A 1MDP1 4NF6A 1LAXA 3H3GA 3MP8A 3CFXA 2OWSA 2RC9A 5AA4A 1WDNA 5CMBA 2Y7WA 4THIA 3O6GA 2RC7A 1PBQA 1TFAA 4R6HA 4Z0IA 5FHMA 3TPAA 2ZYOA 3D4CA 3UK4A 4C1UA 3MVYA 5DVIA 5H8QA 1MXZA 2AIXA 4MLQA 2HEUA 3SKPA 4YAHX 2I48A 1TXFA 3EHSA 3IOUA 4UA8A 1QKBA 2Q88A 2ONSA 1MQIA 2W7YA 3ILUB 2O1LA 4C1TA 1QW0A 1FQEA 2QS2A 3CR9A 3DP8A 1S50A 2YLNA 3CVGA 3RQTA 4FEDA 1PB7A 2Q9TA 4XTCQ 1TT1A 2DWJA 1H45A 3K6UA 2DVZA 1HSLA 1LB8A 3N6UA 3ODBA 2IEEA 3OO6A 3L6HA 1MH3A 3H6VA 5CI5A 3QUFA 4JB7A 4HTGA 1HSJA 1OLCA 1US5A 3ZKKA 3MPKA 3R26A 2QS4A 2DE4A 3VVFA 1F9BA 4F1UA 5ITOA 4RK2A 3HV1A 4QFPA 2ZNSA 3EHTA 2DYXA 1UTHA 1Y20A 1FTMA 2UYFA 4XXUA 2OWTA 4ELOA 4YU0A 3RGYA 3N26A 3C35A 4DDDA 2B3FA 2A5TA 1B9JA 3TKDA 4KR5A 3ZSFA 1PDAA 2VD2A 3SDFA 5DEXB 2FYIA 3LSXA 3M8UA 3Q27A 4RJZA 1SQYA 1MXYA 2DQVA 1EU8A 2QMXA 4QFOA 4NEDA 2B3BA 3VFJA 3FVNA 2GH9A 3OEMA 1L5TA 4LZ5A 2X26A 4XKQA 1A99A 4P0GA 1S7YA 1IQ7A 3FV1A 3LUYA 2XXHA 4IO3A 5M2VA 2XXXA 4G77A 3N94A 3IJXB 2PBWA 2F7AA 1I69A 1PB8A 2DOJA 2QMWA 5KCJB 1B05A 4U21A 4NWCA 2OCUA 3MPLA 2RINA 4R74A 1RYXA 4KHZE 3PD9A 2RCBA 2GFEA 3RTFB 5I2KB 3FJGA 4AB5A 1B3HA 1AL3A 2R9JA 5TPAA 3H6WA 4FORA 2REJA 3OXNA 3SERA 4GRKA 5DTBA 4O3AA 4F3PA 2UVJA 3P7IA 3N6TA 2RC8A 4U22A 4ZECA 5HPQA 3MZBA 1AOVA 1OVTA 1MY0A 2P0SA 4MBPA 2D3IA 5F1QA 4MH5A 4H1XA 4F1VA 5HM4B 4OESA 3OELA 5AA2D 4ELPA 3PMWA 3UP9A 3IR1A 3BKIB 2F78A 1B32A 4QSEA 3R7XA 1N7XA 5KZTA 2ALUA 3C34A 4BDQA 4DXUA 1OVBA 4LVQA 4H8JA 2X7PA 2F36A 1M5DA 4E0WA 1SW2A 3FJMA 2WKYA 1ZTYA 3DM0A 2O1MA 4YKKA 4GL8A 3T66A 1KWHA 3DELB 4KI0E 2NVUB 4ESXA 3LSWA 2ANJA 5IAIA 2NXOA 4MF3A 1RYOA 3PUYE 2O51A 1USYE 3F11A 2XXUA 1TWYA 2Z8FA 3TCHA 3KFMA 2ZMBA 2RCAA 2FA7A 3TTMA 3FXQA 3HN0A 2H4IA 2F7BA 1MPBA 1UQWA 3WAFA 4TLMB 3IOVA 1B3EA 2Z23A 4EQ9A 3FUZA 3FV2A 1A8EA 2OJTA 3RN8A 4Q5TA 4HW8A 3PMXA 3IORA 4EQ7A 3E9XA 2O6AA 1IUDA 5EHMA 4PFWA 1NNFA 3IX1A 2HQ0A 3O66A 3U1OA 1P1NA 4RK9A 4OZ9A 2Q2CA 3K6VA 2F34A 3RLFE 1N04A 1NKXA 2Y7KA 2NOOA 2REGA 4Q8RA 3OO7A 1ELJA 3BFTA 4IY6A 4POWA 5AA3A 2F5XA 4DIGA 1ZBMA 5DVJA 3ONMA 1J1NA 4NF5A 4R72A 3MC2A 2PYYA 3RPWA 4BDRA 2DE2A 3U72A 1MS7A 3H4ZA 3TTKA 4X1DA 2DWHA 4O3CA 1IXCA 4ZS9A 4IY5A 3UGWA 2HZLA 4IO7A 1QJMA 4JWXA 4ELQA 4ZE9A 1MY2A 1FTOA 1CB6A 3QAXA 4RXLA 1MM7A 3FVGA 5DEXA 4OVJA 5L9MA 2E1SA 1B2HA 1SI1A 3S9NC 5DT6A 4KPTA 3G7WA 5I2NA 4UACA 2R6GE 4HCYA 2VOZA 1H76A 3T9HB 4EF1A 5BUUA 4F1YA 4AB6A 1N0TA 2VP1A 1GV8A 2DS9A 1SW5A 4GXSB 5ITPA 2F8DA 3G3KA 3B6WA 3CG3A 1Y3PA 4POXA 1JW4A 4WEPA 4JXIA 1MRPA 1POY1 4FIMA 4H6DA 3H7MA 4OTEA 1H3DA 5I2KA 3FVOA 4OQOA 4P0IA 2KLFA 5I56B 2I0CA 4HCWA 4NF8B 3H03A 4M4GA 1URGA 2UXAA 4K3FA 2XD2A 4F31B 4OXVA 1EZ9A 3B7DA 4YMAA 4ZEFA 4G4PA 3M3KA 4FE8A 1P99A 4KYDA 3PUZE 1MM6A 2OZZA 1AMFA 3K1PA 3C31A 4H0WA 1R9LA 2AL4A 4EQBA 2XHDA 2XXPA 3RNNA 1JEVA 3SEYA 2Z8EA 2XD3A 3U93A 3C33A 3TQWA 3VE1B 1OQGA 1POTA 3U92A 3EHUA 5I57B 1N3WA 3CFZA 3FATA 3U8QA 2OLBA 5ICTA 3OO8A 1D4NA 4LQ5A 3O9PA 1EZOA 3HCQA 4RA1A 4ZE8A 2QL3A 4F19A 1DPEA 4RNSA 2ZYNA 1MDQA 5A5XB 5ISUA 3I6VA 5CBSA 1FQFA 1SI0A 4YKJA 5L9OA 3GLBA 4U23A 4HS7A 3MZ9A 3IB0A 4G68A 5ELVA 5FTIA 1LGBC 3W9VA 4EXLA 3KN8A 3LC8A 1A7LA 4FAJA 4JSOA 4DE8A 1OMPA 4YB7A 3CI8A 4F2QA 3TTNA 1WVJA 2THIA 1R6ZA 4TQUQ 1ATGA 3B6TA 1SW1A 1IXIA 4QRZA 3O6HA 2DP8A 3JV9A 3VDFA 3ECRA 4KCCA 1YTVA 4LATA 4G68C 4ZEBA 1UTBA 3RT6B 4JDFA 4F18A 3ILTB 1JNFA 1RKMA 1SVXB 2XX7A 2O68A 1Y3QA 1M5FA 3K02A 1GVCA 1NFTA 4NF5B 1DTZA 2GRVA 3MVWA 4Q0CA 2VD3A 4BDMA 1Y4TA 1JVXA 1B5HA 4X9TA 3SEUA 4I62A 4RPOA 1A8FA 3QYTA 1FW0A 3TODA 3QXMA 1UIVA 3MZ1A 3LBSA 1B1HA 2XXQA 2ESNA 4H8IA 4I9DA 4R9GA 1IEJA 1II5A 3VXCA 4ELRA 2XXYA 2XXVA 4OHNA 4KQPA 2GHBA 1IIWA 5I2NB 1N3XA 3S2VA 4R2BA 1I6BA 4YB6A 2V25A 4NWDA 1VFEA 3CIJA 1IITA 1N7WA 3C32A 3MBPA 1LAGE 4GL0A 2DXRA 4LA9A 4QSCA 3K01A 3MW0A 3W15C 2H98A 1MH4A 1Y3NA 1XVYA 4I1DA 3AXFA 5H8NB 1VSOA 2O7IA 1MG1A 2I6EA 4ZEIA 3SEXA 2NWJA 1Y1ZA 1SDXA 4F39A 4GXAA 1MQHA 4P11A 3T22A 4NF4B 1M5BA 3KSJA 4GLIA 3IJOB 5I56A 3KOTA 3UA8A 4NF8A 1A40A 2Q2AA 3PD8A 3O97A 1P1UA 4R2FA 1BLFA 4KFQA 1TFDA 5JK4A 3V89B 1YCJA 4U2RA 1B58A 2G93A 2ABHA 4FECA 3IO6A 3ZKLA 5B7DA 4GVOA 1QVSA 4LQ2A 4IO5A 1NMUA 4N6PA 5ICQA 2Y84A 2XX9A 4YKIA 1P1WA 1QKAA 5FHNA 4R6KA 1B3LA 1SYIA 5I57A 3PPQA 3WAEA 4YB5A 1B7HA 4KYSA 3V83A 3TFLA 3TTLA 3QUJA 2H9BA 3IB2A 4QFLA 1JW5A 4U4SA 4QFKA 4TOZA 3FZVA 3VLUA 2QRYA 4DLDA 3TELA 4LUBA 1VE4A 4GOTA 5A5XA 3VV5A 4ONYA 3PPNA 5H8HB 3K4UA 4PETA 3K00A 1MXWA 4E0XA 3VLWA 3DP6A 3KBRA 3V8XB 2OBGA 4G68B 1B0HA 1LCTA 5CBRA 5L9SA 1NNPA 1FCKA 2CZLA 4OFLA 5J1DA 2IA4A 3IB1A 2ONRA 5EYFA 4EUOA 2V84A 1OQHA 4IGRA 1FQBA 4ZZEA 4IO4A 3EQ1A 5K2XA 2YPNA 1B5JA 3OOAA 3THIA 4GFRA 3M3LA 1UTBB 1Q35A 2ZNUA 1DTGA 4QFNA 2XX8A 3I5OA 3M3FA 1A54A 2QSXA 3TQLA 1MPDA 3USDA 3PMVA 3S9LC 1MY3A 3MVZA 1R1NA 1LSTA 5AA2B 1O63A 2HZKA 3BFUA 4N13A 2QS3A 1DPPA 1PC3A 3MAMA 1LBBA 2NUVA 1LFHA 5FTHA 1JETA 3E3KA 5EHSA 4ESWA 5LOMA 5DYHA 1VR5A 4R9FA 4JSDA 2B65A 3UIFA 1P1QA 4DCYA 3BBRA 1S9TA 1AH5A 1CE2A 4PE5B 3G3GA 4LP2B 3OMBA 5KDTB 1D3KA 3R6UA 2ONKE 2I4CA 5I84A 3PGFA 4ZEKA 3QSLA 1XVXA 1QUJA 4FEBA 3K1MA 2I4BA 4GQOA 4GIZA 4ZEDA 3LR1A 2Y7IA 1NNTA 3G3IA 1SW4A 3FXUA 3HHGA 2XXRA 4M1VA 3IOWA 1PEBA 3E13X 3TAJA 2VGQA 3V5AA 3T93B 1NH7A 3QK6A 2I0BA 5H8NA 3VLVA 4N07A 3O2AA 1HSEA 4EF2A 4O3BA 4LONB 4OFJA 4YICA 1DMBA 2DVCA 1MQDA 1R9QA 4NF4A 4QF9A 1LCFA 3VXBA 1UIUA 4QHQA 3Q26A 1A55A 4PFYA 2P2AA 1XT8A 1O64A 3QIMA 2ZNTA 4RPNA 5CM6A 2QJEA 3KN3A 2Z8DA 4I8CA 1N84A 2OK2A 1ZMGA 3A3CA 3O6IA 3UN6A 4ISUA 4F3SA 4OENA 1M5EA 1I6QA 3SETA 5CMKA 5I59B 4NE4A 1ZU0A 2A5SA 5AE4A 3HPIA 4WXJA 2F6GA 4F22A 4IB2A 1MY4A 1GGGA 4MLVA 2DSFA 2O7UA 4G8MA 4FJPA 1ANFA 3KZGA 2RF1A 5BWJA 1BTJA 2V3UA 2BJJX 2G29A 3OEKA 3E4RA 3I3VA 3DP4A 4XIGQ 4EDPA 3GZGA 3T9XB 4ECFA 3KGCA 3PUXE 2GHAA 3L6GA 1WODA 2XXIA 4QSDA 4X1BA 1BIYA 4PFTA 3OENA 2ZXTA 1QUKA 2XXWA 5H8HA 5CC2A 4ND9A 1US4A 4WKMA 1GTKA 4G8HA 4Z7EA 3S9EA 3MUQA 2F7CA 3T9UA 1M5CA 1LFIA 3K2DA 4WEDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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