3RGYA

Crystal structure of c-lobe of bovine lactoferrin complexed with lipopolysaccharide at 2.0 a resolution
Total Genus 112
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
112
sequence length
345
structure length
341
Chain Sequence
YTRVVWCAVGPEEQKKCQQWSQQSGQNVTCATASTTDDCIVLVLKGEADALNLDGGYIYTAGKCGLVPVLAENRKSSKHSSLDCVLRPTEGYLAVAVVKKANEGLTWNSLKDKKSCHTAVDRTAGWNIPMGLIVNQTGSCAFDEFFSQSCAPGADPKSRLCALCAGDDQGLDKCVPNSKEKYYGYTGAFRCLAEDVGDVAFVKNDTVWENTNGESTADWAKNLKREDFRLLCLDGTRKPVTEAQSCHLAVAPNHAVVSRSDRAAHVEQVLLHQQALFGKNGKNCPDKFCLFKSETKNLLFNDNTECLAKLGGRPTYEEYLGTEYVTAIANLKKCSLEACAF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal Structure of C-lobe of Bovine lactoferrin Complexed with Lipopolysaccharide at 2.0 A Resolution
rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lactotransferrin
total genus 112
structure length 341
sequence length 345
ec nomenclature ec 3.4.21.-:
pdb deposition date 2011-04-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rgyA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3rgyA02
3TDJA 4IB2A 5K2XA 3K1NA 3SETA 4RA1A 3OELA 5H8QB 2XX9A 4H6DA 1MXYA 3OEMA 1GGGA 3U94A 2H25A 5AA4A 4ZZEA 1B9JA 4IO2A 3G3JA 4N6PA 1UTHA 3VLUA 4QFKA 3RT6B 1XS5A 1URDA 5CM6A 3CR9A 5AA2B 2QS3A 4Q5TA 1YPNA 1PB9A 4JBZA 1O64A 4YU0A 2X7PA 3E3KA 1UTBB 1DMBA 5H8NA 3PPOA 2IA4A 3I5OA 1XT8A 1LAXA 4U23A 4ZEDA 4MFIA 3IL1B 1F9BA 4OEVA 5L9MA 3IOWA 3T9XB 4OEUA 1B7ZA 1URGA 4GD5A 2R71A 1MY0A 3K1MA 3H06B 4YB6A 2Y84A 4OENA 5I56A 1FTLA 3CFLA 3MVZA 3OO8A 3TTKA 2HAUA 1II5A 1EU8A 1IXHA 3PMXA 4FORA 4EXLA 4EQ7A 2ESNA 4Q8RA 3FASA 3N26A 4G8MA 4EDPA 4XKNA 1DPPA 4NEDA 1BKAA 1US4A 1RKMA 1JQFA 1MXVA 3S9LC 1P1WA 1JETA 1DPEA 2H9BA 2HZKA 2OJTA 2P1SA 3PUYE 2QL3A 5I2NA 1MY3A 2O7UA 1FQEA 1VFDA 3O6GA 5AE4A 4I1DA 5CMKA 2DOJA 3MQ9A 1XC1A 3A3CA 3FUZA 4ZS9A 1N7WA 4BDLA 2Z8DA 3FVKA 2AYSA 5I57B 2DXYA 1GR2A 3RN8A 1MY4A 4NWCA 3B7DA 2F34A 3TAJA 3C9HA 1VSOA 1ZTYA 5JTYA 5KZTA 4ESWA 3D4CA 4PQJA 1JEUA 4IO3A 3IR1A 1JW4A 3TYHA 1B7HA 3O66A 1Y1MA 5AA4B 1QULA 4C1TA 4AB6A 5FHOA 4DIGA 4WXJA 3G3HA 4R9GA 1UTHB 2XD3A 3KSXA 4YKKA 1Y3PA 4ECFA 1PBQA 2LAOA 3MJNA 4ZEKA 1PC3A 3OEKA 3K1PA 1SI0A 1B7UA 3H6TA 1SI1A 3FVOA 4N07A 1B52A 1PBPA 2XXXA 3JV9A 3MBPA 3RT8A 2ZYOA 2YJPA 3PPPA 5H8NB 1Z7ME 2F35A 1N76A 2XXTA 2O51A 2ZXTA 5ICTA 1ZBMA 1N0TA 1LAFE 4RYAA 5FTHA 1MS7A 1MXXA 2DWIA 4YKJA 3ZS6A 1JVYA 4UACA 3Q28A 1YCJA 1RYXA 3LSXA 2NXOA 3IJXB 4RY1A 1Y4TA 3TTLA 3IB0A 3TZAA 1US5A 4PFTA 3LSWA 3RPWA 5I56B 4L17A 1EH3A 5I59A 4JWXA 1ZU0A 3FV2A 3VVFA 1SD3A 2UVHA 2Z23A 5DYHA 3E13X 1QUIA 1T0KA 5AA3A 2RC9A 2H98A 4THIA 3TCGA 1FW0A 1AOVA 4WEPA 5I2KA 3VLWA 5F1QA 3USDA 5B7DA 1PEBA 3H4ZA 3MUQA 5DTBA 3E9XA 4O3CA 1A8FA 1QJMA 3B6QA 4Q0CA 2HAVA 3C31A 2ZMBA 4POXA 5TP9A 5LOMA 4X1DA 4G68C 4RPNA 5I2NB 1IITA 3UP9A 1S7YA 1A99A 2FNCA 3VFJA 4OXVA 5KCJA 5AA2D 3IORA 4XTCQ 4DXUA 2GRVA 2X26A 4IO6A 4C1UA 2F36A 2I48A 4GXSB 2O68A 1NFTA 2YPNA 2DWJA 2DQVA 2QPQA 4GXAA 1FQFA 3PD9A 4H5FA 1ZIUA 5JTYB 2OK2A 1MM7A 4YMAA 2F8DA 2Z8EA 3MZ9A 2F6PA 2PYYA 1FTJA 1B3FA 3ZKKA 2XXIA 1UIUA 1YTVA 4F1UA 4OQOA 1TWYA 3HHFA 3RQTA 5I84A 5CRYA 1P1NA 1MXUA 3T96B 2IEEA 5M2VA 3EPEA 4GVOA 1OQHA 3PMWA 4LATA 1ZKBA 3R6UA 1TFDA 4OERA 2RKMA 2R6GE 3E4RA 4YB5A 4P0IA 2RC8A 4OWDA 4U4SA 3ZKLA 3OO7A 4JB7A 1QW0A 5HPQA 1FQDA 2X7QA 1NL5A 2I58A 2ABHA 2Q88A 1OVBA 1OQGA 2PT1A 1DTGA 4EQBA 1LSTA 3L6GA 3W9WA 4HCYA 4GL0A 1HSJA 3TQWA 1B32A 5IAIA 3IX1A 3MZBA 2GHBA 1MQGA 2HCAA 5I59B 1OLAA 2VP1A 1DOTA 1LGBC 2XXVA 3O28A 1OIBA 1SQYA 1B2HA 3FXRA 4MBPA 4F19A 2H5YA 4HS7A 4YZZA 5CC2A 4IO5A 3MWBA 3EHUA 4RPOA 4KCDA 3QXMA 5I2KB 2O6AA 4F1YA 2QMWA 2RF1A 4RJZA 1B4HA 4BDNA 3GBAA 2HQ0A 5TP9B 1D9VA 4Z7EA 1MPBA 4ND9A 3MC2A 2F7BA 2XD2A 5KCJB 4NTLA 3OSQA 4R75A 2OWSA 4R6YA 1PDAA 4E0WA 2OZZA 4LVQA 4NWDA 1VR5A 4P0GA 1VFEA 4FAJA 3PPRA 3FD3A 1NNFA 1QKBA 1B1HA 2QJEA 4YICA 3O9PA 2G93A 3IO6A 5JEIA 3W15C 4G77A 3KOSA 3W9VA 4XIGQ 3SEXA 1WDNA 4LZ8A 4QHQA 3C32A 5FHNA 1R1NA 4R74A 1SW5A 4MF3A 3U8QA 1N84A 3IOUA 4MH5A 3LSLA 4DDDA 3A3UA 4U1ZA 4FATA 4U1OA 1LCFA 5AA1A 1R9QA 1A54A 1IIWA 1P1UA 2GH9A 3MVXA 1L5TA 2NVUB 2XHDA 2Y7IA 3OXNA 1D9YA 2PVUA 2VD2A 2QS4A 1I6BA 3KZGA 3TELA 5HBCA 3O6HA 2F78A 5TPAA 1BIYA 1Q1KA 2H4IA 1MDP1 4OETA 3MPLA 4PFUA 3A09A 4BLAA 4QF9A 4AB5A 2KLFA 1B0LA 1FQBA 3SESA 2A5TA 3SEUA 3M3LA 2UXAA 5ICQA 2NOOA 2HFBA 3CG3A 3EQ1A 4H65A 1MM6A 4NF6A 4KYEA 5EYFA 1IXCA 3R7XA 2F97A 3LR1A 3M3FA 2B3FA 4PFYA 1B5JA 2AL4A 3IJOB 5EHSA 3HPIA 1XVYA 2D3IA 1QUKA 4Z0IA 4GOTA 2OWTA 5FHMA 3QSLA 5TU0A 2XXYA 4R6KA 1EZ9A 5EHMA 4PP0A 3RTFB 2GHAA 1ELJA 2DWAA 3MPKA 1XVXA 4PFWA 3CG1A 1I6AA 2B65A 1MPDA 2QRYA 4KFQA 1H3DA 3S2VA 4KYSA 4EQ9A 3G3IA 3KOTA 3C35A 1B58A 3KN3A 3HHGA 3Q29A 3T22A 1M5CA 3N6TA 1USYH 2ONRA 4NF5A 3K6VA 4BDMA 2I49A 1B4ZA 3D4GA 3FJMA 1Y3NA 1OVTA 1SW2A 3TODA 4LP2B 1Y4CA 3QIMA 1Q35A 1MY2A 1HSEA 3VXBA 4OMBA 4R2BA 3V83A 2ZYNA 3JYRA 1A40A 3SERA 5CBSA 3HCQA 4H8JA 4FE8A 5CMCA 1MY1A 1XHYA 1MRPA 3U93A 4JSDA 4F22A 4JWOA 4HW8A 3KJ7A 2REJA 2ALUA 4FECA 3H7MA 3PD8A 5DEXA 1H45A 4LZ5A 1LBBA 5J1DA 3LC8A 3QK6A 4G8HA 1ZLQA 2Y7RA 2O7IA 5DVFA 3MVWA 4IY6A 2F6GA 1GV8A 4I62A 3CFXA 1B5HA 3PUZE 5TPAB 2RCBA 3TPAA 4OZ9A 2GFEA 5ISUA 3SEWA 1BTJA 2HXWA 3GXAA 4R2FA 4MLVA 4F2OA 2A5TB 3K0VA 4X1BA 2RINA 2UVGA 3KSJA 3CVGA 2DXRA 3GLBA 2O1MA 1A7LA 3EHTA 1MQJA 4NF6B 5ITOA 3KN8A 4TLLB 3OENA 3ILUB 1IEJA 2UYEA 3ILTB 2F5XA 1D3KA 4TQUQ 4YAHX 3QYTA 2F7AA 3PUWE 1KWHA 2AIXA 3SEVA 5H8HA 4TLMB 1LCTA 1B5IA 4XKQA 1N3XA 1N04A 3LUYA 4ELPA 3H6VA 4DZ1A 1MDQA 2Y7PA 4H8IA 2XXRA 4X48A 3S9NC 3FXUA 2ZYMA 2HEUA 4GLIA 3PPQA 3C36A 4IO4A 4ZZAA 2V93A 3FATA 3O29A 4IGTA 4U2RA 4NF5B 3O97A 3IB2A 1QVSA 2CMOA 3IAZA 2Z8FA 5ITPA 4OTEA 4JWYA 4G68A 4X9TA 1H76A 5K2YA 2V25A 4IGRA 3TTMA 3UORA 4EXKA 3VVEA 4QSDA 4ELQA 3KJTA 3T9UA 1SW1A 1SYIA 5L9SA 4FEBA 4K3FA 4FJPA 1FQCA 1OMPA 4DE8A 2DSFA 4ELOA 3S4UA 3MZ1A 2DE3A 2V3UA 1O7TA 5DEXB 1N7XA 3MAMA 4N13A 4ZEBA 1A8EA 2E1SA 5DVIA 4M1VA 3AXFA 1POTA 3JZJA 4DXCA 3QUFA 2FA7A 2P2AA 4ONYA 2D21A 4GWOA 1LB9A 3N94A 4IO7A 1S9TA 2DE2A 5KDTA 2DP8A 2XXUA 1WODA 4KD5A 1TFAA 3K02A 4YMBA 4RK2A 1B51A 1UQWA 3G7WA 2OLBA 3CI8A 1S50A 3C33A 3N6UA 1SYHA 1MH3A 3PPNA 4WKMA 2XX7A 1PB8A 2DVZA 1A55A 3VVDA 3DP8A 3FVNA 3Q26A 4ESXA 1P1QA 3N5LA 1NH8A 3H03A 2PMSA 3IOVA 2ZNTA 3HO7A 1ZJLA 1B3LA 2ONKE 3F11A 5H8HB 4GQOA 3RY3A 2O1LA 4JDFA 1N3WA 1SDXA 4I9DA 1EZOA 1Y1ZA 1TT1A 2Q89A 4KHZE 4E0XA 2P0SA 5IKBA 4F2QA 1R6ZA 1NH7A 3OO6A 4DCYA 3EHSA 3VV5A 4F3SA 4JXIA 4BDOA 2I4BA 3KFMA 4LA9A 3H6WA 4KPTA 3KEIA 3BKIB 3DELB 4I8CA 2M8CA 1Y9UA 2I3WA 5I58A 1ANFA 2R9JA 4OESA 3DP4A 2PT2A 4KR5A 1SBPA 3HN0A 3IK6B 4G68B 1D4NA 2QS1A 3MP8A 2Z22A 1FTOA 2I4CA 1B46A 3MP1A 2Y7WA 2VHAA 4NMYA 3MW0A 4XKRA 3PUXE 1UIVA 3V8XB 3H3GA 2ZNUA 4ZDMA 4GIZA 4YKIA 4OYVA 1AIVA 1JVXA 3GBBA 2UYFA 1B1XA 1LBCA 1WVJA 4G2ZA 1I69A 4R9FA 4XXUA 3C34A 2E0SA 1P99A 2RCAA 3WAEA 4QRZA 3PV0E 1IZ1A 3FJ7A 3OMBA 2VOZA 1GVCA 2I0CA 1USYE 1NNPA 2I3VA 3Q27A 3MP6A 1FQAA 5KDTB 1JNFA 2REGA 2Y7KA 3BFTA 3K00A 4HTGA 3TCFA 2B3BA 3T9VA 4O3BA 3U92A 1DTZA 1IXGA 3QUJA 4QSEA 4R72A 4F39A 2THIA 3V89B 3UA8A 3TEPA 4H67A 5B70A 1Y3QA 3IOTA 4ZEIA 3OSRA 4ZECA 3UGWA 4RK9A 1Y20A 4KQPA 4F3GA 2V84A 1LLSA 1NNKA 5DT6A 3UN6A 1O63A 1MXZA 5CMBA 4NF4A 4ZE8A 1LB8A 1LAHE 1JEVA 4XKPA 3G3GA 2NUVA 3B6TA 3M8UA 2QMXA 1JW5A 1NNTA 1MXWA 3DP6A 2HZLA 3K6UA 4C0RA 4QFLA 1CE2A 4QFNA 4PE5B 1B05A 4OFJA 3UIFA 3TUSA 2ONSA 5A5XA 3K01A 3EN3A 1YAEA 4DXBA 2DE4A 2XXHA 1B3EA 1LFIA 5I58B 4DLDA 4HCWA 4NF8A 3FJGA 1PB7A 1RYOA 2V3QA 4F31B 2H99A 2QSXA 1LFHA 5BUUA 1AMFA 1J1NA 5H8SA 3B6WA 1MQHA 3R26A 4EF2A 3BFUA 2UVJA 4IY5A 2G29A 1R9LA 2BJJX 2XXPA 2AL5A 3WAFA 1GTKA 4MLQA 3TMGA 3FGSA 3HV1A 1FTMA 3PU5A 1M5DA 1ATGA 4NE4A 1LFGA 1EZPA 4F3PA 4M4GA 5F7VA 1B3HA 3TTRA 1JW1A 5H8FA 3PMVA 3HSTA 3S9MC 3VE1B 1BP5A 3GZGA 2Q8JA 2CZLA 3S9EA 5BWJA 3CSBA 2YLNA 4R6HA 2O69A 1I6QA 3EF7A 2FYIA 3CRBA 3SEYA 1QUJA 4ISUA 5JK4A 2Q2AA 3TFLA 1SVXB 3M3KA 1DSNA 1B40A 4GF8A 4RNSA 1QKAA 3CIJA 4LONB 3KGCA 1IUDA 1NMUA 2I0BA 4KYDA 1OLCA 2D5WA 1H44A 3MVYA 3RUMA 3VXCA 2A5SA 3PUVE 4EF1A 3OO9A 4OHNA 2DWHA 2OCUA 2WKYA 3K4UA 4AQ4A 4P11A 4NF4B 1B6HA 5L8DA 3OOAA 3VLVA 3THIA 1MH4A 3FIRA 5CI5A 3I6VA 1FTKA 2VD3A 4GFRA 3G3KA 2Q9TA 1AL3A 1MQDA 2ZYKA 3DLNA 3OD7A 2ANJA 2O84X 3SKPA 5FTIA 4BDQA 1BLFA 2XXWA 3QAXA 3U72A 4LUBA 2RC7A 2ZNSA 3O2AA 4YB7A 3VDFA 4WEDA 5A5XB 5CBRA 3PGFA 4F29A 3FVGA 5H8QA 1M5FA 4OVJA 3CFZA 2OBGA 3FV1A 3LSFB 3TQLA 4FIMA 2PX1A 3UK4A 4NF8B 3G3FA 4ZEFA 3ONMA 1MQIA 4U4XA 3TCHA 4PETA 1B3GA 4RXLA 3L6HA 2I6EA 5AA2A 1IXIA 1SW4A 4F3BA 3TTNA 3FXQA 1P1OA 1TXFA 1XOCA 4U21A 1AH5A 1CB6A 4O3AA 1UTBA 3SDFA 1HSLA 1MPCA 1ZMGA 1Z7NE 3KN7A 3KG2A 1H43A 3RGYA 3T9HB 2Q2CA 4U22A 3V5AA 3I3VA 3LBSA 2NWJA 4LQ2A 5H8FB 3H6UA 4TOZA 3IO4A 1M5BA 4KI0E 3K6XA 4KCCA 3K2DA 3Q25A 4GRKA 3IB1A 4H5GA 1NKXA 4OFOA 1POY1 3T66A 3K6WA 5DVJA 4EUOA 3DM0A 4H0WA 4YKPA 1URSA 3C4MA 2VGQA 4GL8A 4POWA 4DCXA 5HM4B 2QS2A 4ELRA 1FCKA 1VE4A 2W7YA 3ECRA 3CSGA 3RLFE 4LQ5A 5ELVA 3P7IA 4G8NA 5L9OA 4QSCA 1B0HA 4G4PA 2PBWA 3BBRA 4QFPA 3KBRA 4BDRA 4ZE9A 4R73A 3U1OA 2V3TA 4F1VA 4OFLA 2XX8A 3T93B 3TKDA 2DVCA 4LZ7A 4Q30B 3ODBA 3RTWB 3ZSFA 5CMMA 4F18A 4H1XA 1LAGE 1M5EA 3FZVA 1MG1A 2F7CA 4FEDA 2DS9A 3O6IA 3RNNA 4UA8A 1IQ7A 2XXQA 2UVIA 4QFOA 5I57A 4JSOA 2DYXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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