3RMCA

Crystal structure of a replicative dna polymerase bound to dna containing thymine glycol
Total Genus 278
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
278
sequence length
902
structure length
902
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title A crystallographic study of the role of sequence context in thymine glycol bypass by a replicative DNA polymerase serendipitously sheds light on the exonuclease complex.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 278
structure length 902
sequence length 902
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3rmcA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3rmcA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3rmcA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3rmcA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3rmcA03
4CEFA 1VSIA 3OYGA 2AJQA 3DM2A 2BE2A 4FJ8A 4RW7A 3RR8A 4TSXA 4CJTA 3V9ZA 1RDAA 3NDKA 4B9UA 2HMIA 4AHRA 4IKFA 3VQEA 5JS2A 1NK7A 1X9SA 1SUQA 3G10A 4H4MA 5KRTA 3ZSVA 1HNVA 2Z1HA 3SV3A 1N5YA 3NFAA 4M3YA 4CJ4A 3HJFA 3T1AA 2Y1IA 3NH2A 4KHNA 4CJKA 2OZSA 1SKRA 3VQ7A 3TARA 3QEWA 2PY5A 4Y1DA 4NYNA 1VSMA 1RILA 4J2DA 4OKKA 3OS0A 1S1TA 1EP4A 2XY5A 3OYIA 3AA5X 4LSLA 2HNZA 1RDDA 4O55A 4KHQA 4PUOA 4W5TA 1NJYA 2G8HA 4AILC 4FJLA 1X9WA 4FJIA 3AA2A 3ZT2A 4K8ZA 3ISNC 3TAGA 3KK2A 2HNDA 4E3SA 3OYNA 2W42A 3DLKA 2XY8A 4O0JA 3OYEA 4E7JA 2FBTA 2KFZA 4DSKA 3LAKA 2ZD1A 1S1UA 4OPKA 3M8SA 3WNEA 4FJNA 2ZE2A 4DLGA 4CF0A 3ZSOA 5KGXA 1RTDA 3VA3A 3LZJA 1LAVA 1W0HA 1NKCA 1S9GA 2O4GA 1TKZA 4G1QA 5T7BA 2F8SA 3IAYA 1C1CA 1WSJA 3VQ9A 1YVUA 1WNSA 1LWCA 4KB1A 3C94A 4Z4GA 4HUEA 1UOCA 3M8RA 3U6FA 5HP1A 4DF4A 4HTUA 3ZT1A 5FDLA 4ELVA 3AVAA 3SNNA 5KI6A 3D0PA 2BANA 2P51A 5CYQA 4IDKA 3P5JA 4RW9A 2DFEA 2NUBA 4CJVA 1SKWA 3OYFA 4ID1A 1C0UA 4EP4A 4BDZA 1KVCA 2RF2A 1JL2A 3DOLA 4FZYA 3LZIA 2HB5A 4UQGA 4BWMA 3VA0A 4FJMA 2ETJA 3T3FA 4FLYA 5J1EA 4Z4IA 4O5BA 4ZHRA 1KFSA 1ASWA 3SUOA 3DRRA 3LWLA 1WSGA 4F3OA 2F8TA 2KZZA 5J2PA 3OYMA 3QIOA 3ZSRA 4KV8A 1UAXA 1J9AA 1D5AA 4FLUA 1FXXA 2JGUA 4FJKA 3V4IA 3RR7A 3AA3A 1JXBA 4M3RA 3SQ4A 3NBPA 2HHWA 2DFFA 4CJ5A 3KTQA 4KO0A 3L3UA 3V9SA 1IKVA 3MAQA 3PO4A 3QEXA 1U04A 3QINA 4C8KA 3DLEA 4DFKA 1RDBA 2E6MA 4M3ZA 4CEAA 1I3AA 4LH4A 2XRIA 3L8BA 4CHYA 4CGFA 3NH1A 1L3SA 1A5WA 2G8FA 1NJWA 4GVMA 4CE9A 4DS5A 4K8XA 3NGYA 1WN7A 4FK2A 1HQUA 1EETA 5SZTA 1SL0A 3P83D 4AH9A 4O0IA 2OPRA 2YKMA 1T03A 3BDPA 4BDPA 4DTPA 1J53A 2HHUA 3AO5A 3SI6A 1G15A 3SPYA 3RWUA 4AHSA 3LANA 3O3FA 4BE2A 1NK8A 3PY8A 4W5NA 4CJFA 4EP5A 1ITGA 1L3TA 3QIPA 3KK1A 4DU3A 4W5OA 2GUIA 3MXMA 3SUNA 4CF1A 1B9FA 4DU4A 1TL1A 2IDOA 1Q9XA 1QHTA 3HP6A 1TGOA 3RMCA 2DFHA 3O3GA 3K5LA 1TK5A 3K5NA 2PZSA 4DFPA 4KFBA 1BL3A 1NK0A 3HPGA 3NCIA 1RBTA 4CCHA 3B6OA 3AVIA 4Z0UA 1XWLA 4DQIA 1C0MA 2G8IA 3NHGA 1QSLA 4FJXA 4FJ9A 1ZBUA 4CGHA 4DQQA 4XIUA 3PX4A 1HQEA 3M8PA 3AO4A 1QSYA 5CZ1A 3K5MA 3ZSQA 3SPZA 1TAUA 4FJ5A 3T19A 4M3UA 3EY1A 1SL2A 4J2BA 1BIZA 1QQCA 1C6VA 3ASMA 3LP1A 1CLQA 3TAMA 3DRSA 1EKEA 1HMVA 1CXQA 2OPSA 1QSSA 5K14A 4BWJA 5HLFA 1C0TA 4EZ9A 3IS9A 3WNFA 2P1JA 3OS2A 1XHZA 4FM0A 4PQUA 4FXDA 4CJSA 1X1PA 4CHNA 5KRSA 3PUFA 4C8OA 1Z25A 1SV5A 2OA8A 1WSFA 1QS4A 1ZYQA 4KHWA 3P1GA 4B9TA 1Q8IA 4BACA 1VK0A 1U45A 4M42A 4N47A 3V1QA 3DLGA 3VQAA 4HCCA 3HK2A 3V9XA 4I2PA 1KFDA 2PYLA 3QNNA 3C95A 4KTWA 3HPOA 1BI4B 3KD5E 3KLIA 1SL1A 4M45A 4C8MA 2Q3SA 4KTZA 3U3YA 1BCOA 3IRXA 3O4NA 1RT7A 2X78A 4JS4A 1S1WA 4FK4A 2EX3A 5I42A 2EHGA 4KTQA 4BE0A 3V9UA 3SUPA 3S9HA 3TR8A 3PX6A 3BGRA 3LWMA 1VSJA 4M3XA 1NJZA 4EZ6A 1RT5A 1NK9A 2YKNA 4E1NA 2FBYA 4ZTFA 4AHCA 4KRFA 3NF9A 4AHUA 3DMJA 1Q9YA 1TV6A 3RMAA 4FLTA 4OJRA 4MFBA 3VQBA 4MQ3A 3VQ5A 5I3UA 1RCHA 3TAQA 1Y97A 1YT3A 2Z1IA 2P5OA 2YNFA 5D3GA 2YHBA 1DLOA 1KLNA 2VG5A 1U4BA 3LDSA 5KTQA 1TKTA 3B6PA 3SQ0A 3UIQA 4CEEA 4CEDA 3SQ2A 4QAGA 4DTMA 3F73A 3ZSZA 4DTSA 1TKXA 4IFYA 3OYKA 1T8EA 3S3NA 3AV9A 3LPUA 4PWDA 3AVHA 4DSJA 1IKXA 4DU1A 4M3TA 4DTOA 3KJVA 2HNYA 1RTJA 4DS4A 4KREA 3QNOA 1BQNA 1F21A 4CF9A 4LY7A 4CIEA 2YHAA 4BE1A 4DMNA 1O1WA 4CFBA 1CXUA 3I8DA 5J2NA 1RTHA 4C8LA 4KHYA 1LV5A 3QEIA 1BGXT 1IKYA 5CZ2A 1JLBA 3HVRA 3CFRA 3ZSYA 3RRHA 1KLMA 1BCMA 4CJLA 2O4IA 3AVLA 3CM6A 3NF7A 1SKSA 4JS5A 4PA1A 4N5SA 2B4JA 1JXEA 5HRSA 1RT2A 4Z4EA 2D0AA 2B5JA 2E6LA 3OS1A 1Z26A 1W9HA 2QKBA 3OYBA 2DY4A 1BI4A 1RBVA 5HRRA 1ASVA 4DLEA 2KTQA 3O4QA 2XO7A 1CZBA 3OVNA 2BGGA 2XHBA 1TAQA 4CGIA 4IBNA 5CY4A 2HHVA 4DTXA 2KW4A 4B08A 1ZBHA 1T7PA 4BDYA 1WSHA 2A1SA 1LW2A 2GBZA 3DOKA 1HYZA 2ITGA 1S6PA 3E01A 3H08A 4C8NA 4KKOA 3OYAA 4DQRA 3VN5A 3AVJA 3HP9A 1KRPA 2FBXA 3TAFA 2FBVA 3QESA 4AHTA 1D9FA 4FJHA 1A5VA 4N41A 1JL1A 1JLGA 2VG7A 3HXMA 3V1RA 1FK9A 1L3UA 4B8AB 1IH7A 2Z1GA 1JLQA 1U48A 4O44A 5KGWA 1ZBLA 4IFVA 2DTUA 2IAJA 4JRQA 1KVBA 1UA0A 4B9NA 1S6QA 4NCAA 4KB0A 3NAEA 4Z4FA 1FKPA 1WSIA 3THVA 4FJ7A 4OVLA 1TK0A 3MXJA 4DFMA 4DSEA 3G0ZA 2RN2A 4JRPA 4I9LA 1VSKA 4F3TA 4CHQA 3O3HA 1WLJA 1XHXA 4DF8A 3S3MA 4FJJA 1LWEA 3F9KA 1KVAA 4OLAA 2YNIA 2XY6A 3L2QA 3DYAA 3V9WA 2ZQBA 4DTNA 5JS1A 1LAWA 3CFPA 1RBRA 3MEDA 4GW6A 3WNHA 3LP0A 5DK5A 4LH5A 3AVCA 4CERA 3K59A 4LSNA 1YTUA 2D0CA 1EX4A 1GOCA 4CEOA 1YTAA 4B9MA 4M3WA 4CJUA 4I9QA 1HNIA 4KHUA 3OJUA 3SYZA 3PO5A 4B9SA 3A2FA 4CIFA 1VRTA 1XC9A 1ASUA 4L8RB 1BQMA 4DQPA 2G8KA 3AO2A 3CG7A 3HVTA 2OZMA 4HVJA 3ULDA 3TWHA 2VWKA 3QLHA 3KLHA 2OPQA 2YNHA 4E19A 3QETA 4B3OA 4CF2A 3NF6A 3AVBA 3NH0A 2IGIA 1L3VA 1VSLA 3ZCMA 3FFIA 3OY9A 4CJQA 1WSEA 1B9DA 4GMJB 1FKOA 1RT1A 4Z4HA 4FZXC 4FYDA 2IS3A 4CFAA 1I39A 1VSEA 1JKHA 4CJ3A 1TL3A 3QEVA 3JYTA 5DMRA 3VQDA 1C1BA 3L2UA 2HHXA 3D45A 1GOBA 3TANA 1KTQA 2OPPA 2YV0X 4RW8A 3SUQA 2WOMA 3RTVA 3LP2A 3HYFA 1VSFA 1J5OA 4CEQA 3KLFA 4FVMA 1NOYA 2F96A 3V1OA 3ZT3A 5J2QA 3K2PA 4CJEA 4FZZA 2QKKA 1NK5A 3KKRA 1LW0A 4HUFA 5HROA 1D9DA 2X6SA 1WAJA 3OJSA 4ELUA 5FRNA 1GOAA 3WNGA 2JLEA 3M8QA 5SWMA 1X9MA 3L2VA 4N76A 1ZBFA 5EU7A 3RRGA 3V81A 2HHTA 3VQ8A 4DSIA 3I0SA 1KSPA 1BHLA 1TK8A 3L3VA 3OYLA 3MXIA 3OYDA 1R0AA 4OKEA 4OKJA 4CEZA 3C6UA 1HPZA 4F4KA 3ALYA 1C1AA 4FJGA 4FW1A 5HRPA 2GV9A 4E7HA 2KZMA 3SJJA 3ZT0A 3DI6A 4B9LA 4FK0A 3AVGA 1WAFA 3CFOA 4PY5A 1NJXA 3KK3A 4I7FA 4E7LA 1RBUA 3I0RA 4E7IA 4ID5A 2Y1JA 4KHSA 2PYJA 3LPTA 4OLBA 1RNHA 4DTRA 4HHTA 4AHVA 2G8UA 1DTQA 4JLHA 3OYHA 5HRNA 3AO3A 1T05A 4DSLA 5HBMA 3TI0A 2IOCA 3VQPA 4ICLA 3MEEA 2QXFA 1S1XA 1KCFA 3DRPA 2RPIA 3MECA 3SV4A 2XY7A 4FLXA 5FRMA 4QCLA 4E89A 4RW4A 1UA1A 4FLWA 3KIOA 1BISA 3AA4A 4H4OA 1JLFA 4J2EA 1IG9A 1UWBA 5J2MA 4OGCA 2X74A 3LAMA 4FLVA 3NF8A 4Q5VA 3EYZA 2FC0A 3AVKA 3K58A 2D0BA 3VQQA 4DSFA 4DTUA 4IG3A 5FROA 1TVRA 4LD0A 2OYQA 3SCXA 1LWFA 4ELTA 4F2RA 1K6YA 4FM2A 1RT6A 3OYCA 3HL8A 4FCYA 3TABA 1B92A 4NYFA 3HT3A 2VWJA 4O4GA 3VQ4A 1HYVA 4KI6A 3AVMA 3MEGA 2ATQA 1N6QA 2X6NA 4NCBA 2P5GA 4OGEA 1NK6A 3KKSA 3KLGA 2HW3A 3KLEA 1IKWA 3IG1A 1NKBA 4CGDA 3TAEA 3HO1A 2HHQA 4W5QA 3DLHA 1S1VA 3ITHA 4HUGA 3HPHA 4DWIA 4I2QA 1VRUA 4DTJA 1HRHA 3HM9A 1VSDA 1L5UA 1NOZA 4CFCA 4W5RA 2YNGA 4IG0A 4FLZA 4CHOA 1QE1A 2G8WA 4YFUA 3RMDA 3VQ6A 4CHPA 1NK4A 3S3OA 4QOZB 3EZ5A 5C25A 4E7KA 4FW2A 3OYJA 3AVFA 3L2WA 4B9VA 4CEBA 3TAPA 2VG6A 4J2AA 3LP3A 4ZTJA 4DQSA 4F2SA 2IC3A 1XI1A 4OPJA 3AVNA 3NGZA 5C24A 3PX0A 4KPYA 1RT4A 2G8VA 3CM5A 3LALA 4DG1A 2R7YA 3SZ2A 2KFNA 1RDCA 1U49A 3DLBA 5C42A 2QK9A 2I5JA 3RMBA 4B8CA 1RT3A 4CHZA 4CK1A 4CIGA 2HVIA 1U47A 1BIUA 4YNQA 2RKIA 2Z1JA 1MU2A 4WE1A 3U3GA 4CGJA 1D8YA 1ZBIA 4RG8A 1A5XA 2KQ2A 1JLAA 5CYMA 1HYSA 4CK2A 4CK3A 4CJRA 4CJWA 2E4LA 1JLEA 1S9EA 2LSNA 3ZSWA 4E0DA 3SQ1A 2WONA 2HHSA 3NE6A 4E1MA 1REVA 4R5PA 4M41A 1J54A 4Y1CA 1NKEA 1RBSA 4N56A 4RW6A 4KI4A 4FM1A 2D5RA 1TKDA 3ZT4A 1HJRA 3JSMA 3K57A 1RTIA 1DTTA 3QO9A 3QEPA 3CYMA 2HVHA 4H8KA 1JLCA 3VQCA 4CJPA 1EXQA 3CQ8A 3ZSXA 3AO1A 3KD1E 4KAZA 4CESA 2A1RA 4NCGA 3C6TA 4DFJA 3HSTB 4HCBA 4Q0BA 1CZ9A 1IO2A 4Z4CA 4CECA 1QTMA 1VSHA 5E41A 3NGIA 3L2RA 3K5OA 2B6AA 2BDPA 3QERA 4CGGA 4CFDA 3DLRA 3V6DA 3PV8A 1S5JA 4F8RA 4CF8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1QQNA 3RSEA 3U4LA 5JVHL 3DJCA 2PZSA 3HGLA 4KFBA 3KWGA 3CCVN 3NCIA 4X5NA 3AAPA 2HBKA 2G8IA 2CGKA 4FJXA 3VEXA 1ZBUA 4XIUA 3TTCA 4FJ5A 4M3UA 2QTDA 4J2BA 1C6VA 1CLQA 3TAMA 4QNCA 3DRSA 5K14A 1E4GT 4BWJA 1C0TA 4BC2A 5AFUH 3GBTA 3WNFA 3UB5A 4FM0A 4CJSA 1X1PA 1VQKN 3O6WA 1Z25A 2W6LA 1ZYQA 4B9TA 1Q8IA 3DLGA 2O8BA 3ZEUB 1KFDA 4DR4K 3CF5L 3C95A 3QMLA 2VQFK 1BI4B 1Q86O 3KD5E 1T6CA 1BO5O 1VQON 5I42A 1RT7A 2EHGA 1GLCG 4BE0A 2O8EA 2EWSA 1OH5A 1BG3A 3BGRA 4BR7A 3FZLA 4K42A 1NK9A 2YKNA 3AGRA 4ZTFA 2PBDA 2OVQB 4AHUA 5AFUA 4J8FA 2GELA 4ISGA 4MQ3A 1MWMA 2Z1IA 3TAQA 5D3GA 2IVNA 3MCAB 1U4BA 5KTQA 3TSUA 3SQ0A 4JI1K 2IVPA 3SQ2A 4QAGA 3WXKA 3F73A 3ZSZA 4DTSA 4PWDA 3AVHA 4DSJA 4RTFD 4DS4A 3KJVA 2HNYA 3ID6A 4KREA 3QNOA 1BQNA 1F21A 4BE1A 1QZ6A 1X9JA 3LL3A 1CXUA 2ZF5O 5J2NA 2NRZA 3QEIA 2P9SB 3HVRA 3CFRA 3CI5A 3ZSYA 3RRHA 3VENA 3CM6A 4RL5A 4N5SA 2P9LB 3N4PA 5CR4A 1JXEA 5HRSA 1K73O 4DV0K 4CZMA 4Z4EA 4JK7A 2D0AA 3DXMB 3ZEUA 4BGAA 3MN7A 2QKBA 3OYBA 1BI4A 5HRRA 4JD2B 4B08A 1SAZA 2NRRA 4FPBA 2HSTA 4BDYA 3E01A 1WSHA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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