3RPTA

Crystal structure of the anti-hiv b12 scaffold protein
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
276
structure length
253
Chain Sequence
DSPFYVNPNMSSAEWVRNNPNDPRTPVIRDRIASVPQGTWHNQHQITGQVDALMSAAQAAGKIPILVVNPFEEGKQWIDEFAAGLKNRPAYIIVDPGAWRFAAYAGKALKAGSSQARIYFDAGHSAWHSPAQMAAALQRADISNSAHGIATNTSNYRWTADEVAYAKAVLSAIGNPSLRAVIDTSRNGNGPAGNESCDPSGRAIGTPSTTNTGDPMIDAFLWIKLPGEADGCIAGAGQFVPQAAYEMAIAALE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Computation-guided backbone grafting of a discontinuous motif onto a protein scaffold.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endoglucanase E-2
molecule tags Hydrolase
source organism Thermobifida fusca
total genus 94
structure length 253
sequence length 276
chains with identical sequence X
ec nomenclature ec 3.2.1.4: Cellulase.
pdb deposition date 2011-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01341 Glyco_hydro_6 Glycosyl hydrolases family 6
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.40 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel 1, 4-beta cellobiohydrolase 3rptA00
4AX7A 4A05A 1HGYA 1OC7A 4AU0A 1OCBA 2BOEX 1OCNA 2BVWA 4B4FA 2BODX 1QJWA 1OCJA 4I5UA 3VOGA 4AVOA 3VOJA 1QK0A 1CB2A 1TMLA 3A64A 3VOFA 4B4HA 1DYSA 1GZ1A 3RU8X 4AVNA 1UP2A 4AX6A 2BOFX 1OC5A 1UOZA 2BOGX 3RPTA 1OC6A 1UP0A 1QK2A 4I5RA 3VOHA 3A9BA 1BVWA 1UP3A 3VOIA 1HGWA 3ABXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QVQA 2JEPA 2G96A 4RDWA 5GNYA 1K3UA 5LIWX 1O60A 1MDRA 4D1JA 3VZZA 1MW0A 3G8EA 5KMYA 1KKOA 5RUBA 1VJSA 4J3VA 4TUFA 1S2CA 4DF2A 3OVPA 1PUDA 4AD0A 2OZ8A 3BOLA 2WWCA 1YPFA 3CH9A 4Y2WA 1HTIA 4JCLA 5A6TC 4O4VA 2PTWA 1O95A 1HKKA 1GZ1A 2DZXA 3UJ2A 3SRDA 1D8CA 1FWRA 5EL1A 3AXMA 5AHMA 4N4QA 3NQ6A 4KWSA 1REQB 4DI8A 3BSHA 3PBVA 4WY0F 1F05A 1NVMA 3XINA 5LA1A 5FJUA 1FY6A 2V67A 1ONEA 2GOKA 3F7JA 3CPRA 4MFEA 4HA4A 4GFSA 1M53A 2OFJA 1LOSA 3NVDA 3WQEA 1W3TA 3SGGA 5MKGA 2C7FA 3AXIA 4ERIA 1IE7C 4H7VA 2Y8KA 4XAGA 3TONA 4DWSA 4BFAA 3ARYA 3OA3A 4CU6A 5IRPA 1EX1A 4RKAA 3MSDA 4FPSA 1ZALA 3PK7A 3E2SA 2BY2A 4N9CA 5G1MA 3BLPX 4EKJA 3UD6A 3G18A 4CD4A 1QPKA 3BTNA 3RRAA 3W87A 1M7PA 1TUXA 5F4WA 1OGBA 2B7OA 1F6KA 3ARWA 1US0A 1X7FA 4W7VA 3BDKA 3TYAA 3RLHA 4NSBA 4RNHA 3W85A 1GOXA 4OE7A 2Y89A 4JX4A 2XUCA 3G1YA 4MWAB 5BRQA 1UKSA 1S46A 3M0KA 3OLEA 5A8GA 1QAPA 4MPKA 1ICPA 3W70A 2QDGA 3TIMA 1XG4A 4HPNA 4RE4A 3SGUA 3HFTA 3RCMA 5DF0A 1H63A 2EO7A 3T81A 2WMIA 3OU8A 3WQOA 1QBAA 5XINA 5E6ZA 1OGSA 1PWMA 3WQVA 3CYVA 3TYDA 4O57A 4GUIA 1ICQA 3EAUA 3AISA 3G6MA 4ECLA 3CHVA 3W2NA 2J7BA 3IV3A 2PTZA 2WC4A 3FA3A 3WQCA 4HMNA 4JKLA 1OCQA 3UZ5A 4B3LA 4WOQA 4E4FA 3F5LA 4DB7A 1C90A 2DH3A 3WF0A 3HG2A 1ECQA 1BXCA 1E55A 1E5NA 4AD5A 4KCVA 3HZ3A 3UW6A 2XFFA 2HDJA 1IYXA 4DIAA 2D2OA 3H21A 4BY3A 2VELA 6REQA 1YBQA 4GXMA 4HZ6A 2UV8G 3MSYA 2DIEA 2PDWA 4GZJA 3RMJA 5LNWA 1EP2A 2HZGA 2HE5A 5AZ0A 2J7GA 1F3TA 3URAA 4S1FA 2J8FA 3DG3A 3CAVA 4B2DA 5ABHA 3PZ9A 4IZGA 3ERPA 5KZDA 1H7PA 1R47A 3WLHA 2GLKA 3CMGA 3CEUA 3TNBA 1LWHA 4UNLA 4Z1BA 4EAMA 1WZMA 1ZZMA 3GNDA 3RIKA 1L6YA 1I9CB 3BMXA 3G1XA 1OCJA 2RGMA 3N9KA 1QHZA 3LOTA 1W6TA 2DUZA 3LQGA 1BRLB 1I2OA 3UGRA 1DQXA 1ZJIA 3QQWA 5C9ZA 1BTCA 4TVCA 1I60A 3LPFA 4D6GA 1B3VA 4W8BA 3EEZA 3WUFA 5IHRA 1JUKA 4ZQCA 1M5WA 4BA0A 5TQLA 1A3XA 2BXYA 4GE8A 4DJDA 1DJNA 3PFMA 4RW3A 3D46A 2NV2A 5C8BB 1WNOA 2O56A 1EJWC 4LUSA 4GVFA 4QJ5B 4XKYA 4WSKA 3K4DA 2VEGA 4C6BA 3RPDA 4S39A 3TP4A 3BV7A 2YCIX 5EGRA 3UZJA 3Q37A 4H6KA 5I07A 3E74A 3FXYA 3KM8A 4TMBA 1QK2A 1VCGA 2V5BA 4GKTA 2X09A 4JAWA 1L8PA 2FPVA 1PTDA 2C16A 2IKGA 1PIGA 4ROQA 1H2JA 3VIKA 1NIUA 4REQB 3NOEA 1ISYA 4ZFCA 2QCCA 4XZIA 3QV8A 4Z0SA 3V0SA 3WF2A 2C14A 3F2BA 4HYVA 1IEIA 2QUTA 1AZ2A 3W23A 3CLMA 3TCEA 1E70M 2H8ZA 2ZX6A 2FDSA 3UWWA 3HV9A 5EA9A 1AH4A 1U33A 1NOUA 1JEZA 3W2JA 4X63A 3PJWA 3ME3A 3WDJA 2I56A 5D32A 1BYCA 1XYZA 4GI9A 1FP8A 5K3VA 4IG2B 4P8XA 1JGIA 2XN0A 1HVXA 3KDNA 1CNVA 2WHMA 1NM9A 4POCA 1JDAA 1AW2A 3HQOA 1EYEA 1G6CA 4LB3A 3ARVA 2Y7DA 2CWNA 1M3UA 3RILA 1UWRA 3VINA 1V0KA 4XKMA 1UD6A 3T2OA 4HTBA 3U9IA 4S3BA 3PTKA 4C1NA 4OBRA 4CEXC 5FACA 2UZ9A 1WUFA 1VR6A 4GH3A 3IVUA 2HWGA 3QYQA 3FSUA 3TE9A 3LM3A 1ODUA 1Z41A 2D2JA 5AYXA 2PD5A 3GXTA 1ZGDA 4A8LA 3KLKA 2FH6A 1D7KA 4UTJA 1EKOA 3KWXA 4GJIA 2PRLA 3LPPA 4FXJA 3EX6A 1HXJA 3P5YA 5M5DA 1GVIA 2R1PA 3IAQA 4J3SA 4Y9MA 2ZWZA 2X7VA 1X1ZA 1YXCA 1JZ4A 3N2CA 1TMQA 1XD1A 2YXOA 5AN7A 4Q6JA 1VLIA 1W1YA 3BLLA 5G4EA 2W91A 2GJXB 3KBWA 3QR0A 5H8PA 3ABQA 1M9HA 3SUWA 1QI4A 5D8ZA 1GOMA 3FKRA 3L5LA 2W62A 4GUFA 4Z2LA 1BKHA 4XZLX 2PC4A 4R33A 4NHVA 4EF8A 3PUDA 4P8VA 1J18A 3W7QA 4UTKA 4AY1A 1GVRA 4O1CA 1EOKA 3FY1A 1JYNA 1GPFA 3C2RA 2E28A 4W5UA 3S2MA 4JGDA 2EPLX 3B8WA 3ZJKA 4Z1CA 1K8YA 1HT6A 1HFBA 1SW3A 3MI3A 2QJIA 3CUXA 1S1RA 5G2HA 1HO4A 1TSIA 5C9UA 4O12A 3OVQA 4FP1A 1DKWA 5T91A 2W9MA 1GOKA 3V5OA 2CZEA 3QH2A 4KW2A 1XC4A 4AZ7A 1KM0A 2GDUA 3N4AA 1TQXA 3VCNA 4ML9A 1KFWA 5DCEA 1S2TA 2W5FA 3CZJA 3S5OA 1S5MA 4TU1A 1K4GA 3GRIA 4DO5A 1VFLA 4GQGA 2J4GA 1W5NA 2G4JA 2CBIA 3O15A 3UJFA 3ZFHA 3LGEA 3C2OA 2WZHA 4F2UA 1HP5A 3FXGA 2PBGA 2FJUB 4IM4A 2WCAA 2XIMA 3ARUA 4GABA 2ZC8A 2GVGA 3E5PA 1FRBA 4WDUA 2E5DA 4PB5A 3SQLA 1O4UA 1EO5A 3SSZA 3NQEA 3K8LA 5G5IA 4NNBA 2OLAA 3GC2A 4HNOA 1S2VA 3AICA 4CQDA 1BXNA 4OIFA 3NURA 1SZRA 2IXVA 4MB4A 3LHUA 3AIBA 1DJIA 3LHTA 4BK9A 5BNKA 1TB3A 4ZCWA 3VDCA 1A80A 4ZSUA 3HPZA 5HMDA 1E1FA 4UCGA 4CNNA 3E2VA 1VBJA 4L4PA 2O92A 2NSOA 3WBAA 4ZO9A 1W1B1 3I6EA 5I23A 4MAVA 1EF3A 2CKRA 2ZZ5A 4AZIA 1VFMA 4PTDA 1AQHA 1K9EA 4HOXA 3M41A 4UBPC 1ISZA 4FLRA 4CCEA 1BWLA 3L0GA 4LUTA 5I7GA 5BXSA 3ANVA 4L1GA 1B31A 4PTNA 3UR7A 4MG4A 1VBGA 2FIQA 4DWSC 9XIMA 2QIIA 1JQXA 3EDDA 5I6SA 1VEOA 3AHYA 4IP5A 1ELSA 1UR4A 4HHHA 5ABEA 2Y8VA 1ENUA 1ZS2A 1IXOA 4S3AA 3A4AA 4JTJA 4LBRA 3S6OA 3UQNA 1VCVA 5HULA 1IGSA 1GONA 1GW1A 2ZE0A 4PA8A 7TIMA 3WQDA 4RV8A 3L4VA 4FNTA 2PWGA 2OELA 3BZGA 4AUBA 4J2MA 2OWWA 1EZWA 5L9FA 4L4OA 1OINA 2C79A 1R2SA 2ZA2A 4BF7A 4V15A 1CENA 3PZTA 3H12A 4CVUA 3LM7A 4K6AA 4M82A 3NDZA 3HO8A 4BCEA 3W9ZA 3EZ4A 1QNVA 2DQWA 2RFGA 1DXFA 4EOUA 1YADA 3VDHA 5IM51 4FS9A 1K9DA 1V02A 4RZ4A 2VURA 1GJWA 1GYNA 3R12A 2WQPA 2JE8A 4L6DA 2QMKA 3OO2A 1W2VA 1ISWA 4KWVA 3IIVA 4MKSA 4I8DA 4IMFA 2D20A 2I9UA 3TW6A 2I17A 2C15A 2DSVA 1XLAA 2OB3A 5HJXA 1S5WA 3T8LA 1V93A 2SFPA 1KFKA 4S3DA 1FA2A 1V3IA 4Q8TA 3SO7A 1O12A 1HGWA 2Z00A 1EDQA 2R82A 1YMYA 4S38A 1P6WA 4W7UA 5G2WA 2Z0IA 4WSHA 2E0PA 2Y8UA 4JL2A 1HJQA 1UASA 2GVYA 2XHYA 3T6CA 5BXRA 1CGUA 2J7CA 5E9AA 3VD4A 4JDYA 1RQBA 3PZGA 6TIMA 2CU0A 3LB0A 5HBFA 3A12A 1F3WA 3AQUA 2FPYA 1J0IA 1C29A 4PSPA 5REQB 4QBXA 2WPGA 2OOGA 4UTTA 3PBYA 4GVHA 4WGXA 5DBUA 2HMCA 4LV9A 2J13A 1E0UA 1VP5A 5CBJA 2DSUA 1GG0A 4FOKA 3DHUA 1GVFA 5GPRA 2YXXA 3CUJA 2IUZA 4OGZA 4AZGA 4O28A 4YCOA 4AD1A 1XGDA 2WQDA 3EA3A 4WDXA 1MRAA 1CGXA 2WXDM 2G37A 1BVZA 1RBLA 2AMGA 1E1CA 2POZA 2ZUVA 1TO3A 1VHNA 1F7BA 3FAXA 4LANA 2ZVRA 5CSSA 4WY0B 4H9MA 5A8NA 2BGSA 1XIHA 2B7NA 4DPPA 1Q8AA 4HMEA 3ARRA 3HPAA 2VFFA 2ISWA 5CPMA 4K37A 3B9DA 3WLLA 3WH5A 3RPMA 2QKFA 3R13A 4XO7A 1OD0A 4S3FA 3W74A 3NGJA 3WJXA 2YLLA 4DJDC 1TRDA 4QDPA 1FWSA 3VMOA 3G1SA 1R2RA 4M3PA 4PFHA 5E70A 2GWGA 1E72M 3PTMA 1EJ7L 1BYBA 2INFA 5J5RA 4QITA 3K1GA 3R79A 4C6EA 1CECA 2P10A 1CDGA 4I8YA 4F2BA 3SQSA 1XYCA 1ZBCA 3ARXA 2Y7FA 3WBYA 2GDVA 3MVIA 3KVLA 3UG3A 1QNSA 3FJ6A 1V08A 3BAJA 2DUXA 2BZNA 2QS8A 2Y6ZA 4Y90A 1POKA 1VFSA 4IT1A 1R8LA 2X2YA 1M7JA 4MZ1A 3W53A 5C9WA 1UP3A 1Q4NX 1EXPA 1DP0A 4AHOA 4UFKA 4FNPA 3W2MA 2PLKA 1NDVA 5A2AA 4UQBA 4ZQRA 3MS8A 1C9DA 5FI8A 1FH9A 1JFHA 1UH2A 4AB4A 2PDHA 3GH5A 4RE2A 4FMVA 4B16A 3ZS4A 2DZAA 1Q6RA 2ABBA 4PTXA 3BK0A 3GNOA 3NYZA 4W85A 1ONXA 3W75A 3CASA 2DVTA 2A3AA 3NQVA 2VWTA 5I3GA 4K38A 1ZRQA 3QMRA 2VFDA 3PN8A 3W07A 3CUGA 1CCWB 2DEPA 1V8EA 1KM3A 1HQTA 3W1AA 4JYDA 1MMFA 3PFRA 3SUUA 1WYIA 3B8SA 4H8UA 4GO9A 1XBZA 2GVEA 4JHMA 1P0NA 4L65A 4CQBA 1XRFA 1NU5A 3IJLA 1SGJA 1R9YA 4IX2A 1T40A 4IGNA 4CKQA 1XXXA 1G1YA 3ZLGA 3CUIA 3CWHA 2OZ0A 4QEEA 2J27A 3PANA 3PZIA 3M44A 5A2BA 2WJZA 4UB9A 1RUSA 1IR2A 4M6UA 3V18A 1TZ9A 3VD9A 3EPNA 3LZ5A 4JFVA 4GUJA 1C8XA 2OT0A 1EC8A 3RU8X 2OMAA 1OC6A 1XS2A 2OSXA 3DFPA 3FEMA 3PZOA 3PSVA 1TZZA 3W86A 1KBJA 5ABGA 4HNTA 3L0NA 4QDMA 5DRCA 3M5YA 4ICMA 3CZ8A 1R7OA 1RXOB 4J1OA 2PGWA 2ZXBA 2WSKA 4J28A 4D6IA 1FQ0A 4F2TA 4PSRA 4GYJA 1FH7A 3L68A 5E6YA 5D03A 2I5GA 2ACUA 1ONRA 3KRUA 5HATA 3V0TA 2WKLA 2PTXA 3MSRA 2WSPA 4UMAA 5HJYA 1A47A 4HT3A 4QJ3B 2EAWA 3GX9A 4MM1A 3T1GA 3OZOA 1A53A 3N9RA 4FLOA 2X1TA 4YVPA 1KTNA 2BODX 1US3A 4IFOA 4BI5A 1N8FA 3IIXA 1L2QA 3EWBX 2VVNA 5DMYA 2DH2A 4DNMA 1GQLA 3FA4A 1B2YA 4YN5A 1W1IE 3GR7A 2A4AA 2GJPA 3MKVA 4C7FA 4JZ5A 2XZ9A 1DJGA 1DORA 1XD0A 1JPHA 1V02E 5BMWA 5A2CA 3CV2A 1Q45A 1I1XA 3BV4A 1G69A 8A3HA 3VD7A 2H9AB 5CC7A 2X16A 1UZHA 4IISA 4XVDA 3VNYA 4IXXA 2FGBA 1ZP4A 4Z0JA 3VKJA 4GD0A 2PUZA 3C52A 4Y96A 3GXNA 1GYLA 4AVFA 4XZHA 1RLCL 4NYYA 5C55A 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