3RSEA

Structural and biochemical characterization of two binding sites for nucleation promoting factor wasp-vca on arp2/3 complex
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
414
structure length
396
Chain Sequence
b'AGRLPACVVDCGTGYTKLGYAGNTEPQFIIPSCIAIKKGVDDLDFFIGDEAIEKPTYATKWPIRHGIVEDWDLMERFMEQVIFKYLRAEPEDHYFLLTEPPLNTPENREYTAEIMFESFNVPGLYIAVQAVLALAASWTSRQVGERTLTGTVIDSGDGVTHVIPVAEGYVIGSCIKHIPIAGRDITYFIQQLLRDREVGIPPEQSLETAKAVKERYSYVCPDLVKEFNKYDTDGSKWIKQYTGINAISKKEFSIDVGYERFLGPEIFFHPEFANPDFTQPISEVVDEVIQNCPIDVRRPLYKNIVLSGGSTMFRDFGRRLQRDLKRTVDARLKLSEELSKPKPIDVQVITHHMQRYAVWFGGSMLASTPEFYQVCHTKKDYEEIGPSICRHNPVFG'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and biochemical characterization of two binding sites for nucleation-promoting factor WASp-VCA on Arp2/3 complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
source organism Bos taurus
molecule tags Structural protein
total genus 121
structure length 396
sequence length 414
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3rseA01
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3rseA02
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3rseA03
1HLUA 3IDHA 3KVGA 2YHWA 1XQSC 4HWIA 4WQ4C 2E1ZA 2QXLA 4BRDA 4F9OA 2YI1A 4GNIA 3CJCA 1K8KB 3CJ1A 3U9ZA 5BRFA 5E84A 1ESVA 3VPZA 4B1VA 3B8AX 4BR9A 3C7NB 2P9IB 3WXJA 1HX1A 2GTDA 2CH6A 3R8EA 1IJJA 4C23A 2P9LA 4H0YB 5AQIA 3FR0A 3ZX3A 3WXLA 3VEZA 3VEXA 3A5LC 1YUWA 3MDQA 5EX5A 1T6CA 5BN8A 3CETA 5CE3A 4M63C 3U9DA 2PAVA 2QW9A 4B1WB 4B9QA 5AFUH 1Z6RA 3IMXA 3MN9A 2QWPA 4EHTA 2P9SA 3SMSA 2BUPA 3U4LA 3DXKA 1Z05A 5BPNA 4EFHA 3VEVA 3W3DA 3GE1A 4BRLA 1NGEA 5KQDA 2A40A 1BG3A 3LDQA 2IIRA 1E4GT 1WOQA 3VGLA 2W40A 3O8MA 4CD3A 2GWKA 3F9MA 3VF6A 3VEYA 2A3ZA 2H3GX 2P9NA 3D2EA 2P9LB 1V4SA 5BN9A 3MN5A 4RTFD 1C0FA 4BC3A 5AQSA 2ZGZA 4MO4A 2Q1NA 3VERA 5LJWA 3VEOA 2CGKA 1GLFO 3QMLA 3FZLA 5ADXH 5JLHA 3VGMA 4FPAA 2E2QA 3CQXA 3FE1A 3GG4A 3LDNA 2CH5A 2P9SB 2QWLA 4FWRA 3DXKB 4J8FA 3LDPA 4ISEA 3ID8A 4I6MA 4FWQA 4B1UB 3CIPA 4PL8A 1GLAG 4XH5A 5FPNA 4A2BA 1HPMA 2P9KA 4NO7A 5ELZA 2GUPA 3ZX0A 4H5VA 4H5TA 3KHYA 4E1JA 4QS9A 1RDWX 3SMPA 4MLEA 4FPBA 1NM1A 3VF2A 2P9NB 4CZFA 2D0OA 3D2EB 2P9PB 2FSNA 1DGKN 2HF3A 3FZFA 1GLEG 4RWTA 4XH4A 3WEEA 1GLLO 1ZC6A 3O4WA 3WQTA 4HTLA 1DEJA 5AQVA 2Q97A 4BR2A 2HMPA 2E1YA 4FWNA 4IJAA 2IVNA 2D4WA 3O1WA 2GEMA 4BRFA 1XUPO 2Q0UA 4CZJA 1JCEA 3VEWA 3R6MA 5EOYA 3KZBA 3G25A 2V52B 3CJBA 4RCHA 3CHWA 3EL2A 1IG8A 2FSJA 4YDUA 1T6DA 4CBXA 2PBDA 1GLDG 4IO8A 4WQ5A 4I6MB 3CJAA 2FLOA 2UYTA 3VESA 4BG8A 3QBWA 4L3QA 5AQYA 4AM7A 4XH1A 5KPZA 3SJHA 2ASPA 2P9KB 1BO5O 4H0XB 4IZ9A 2E2PA 1S3XA 1NGCA 2A41A 3AARA 4JAXA 4BRCA 5FPEA 2FXUA 2DPNA 1KXPA 5BPMA 5KQ8A 5AQFA 2ZGYA 3HM8A 2KHOA 2Q31A 2ASOA 5AQMA 5LY3A 1NWKA 3WEEB 3QB0A 4H5WA 4BR5A 3A5NC 4EIAA 5FPDA 4DQ8A 2YHXA 2Q36A 2VCPA 4FL9A 1R59O 3EKUA 3I8BA 2V7ZA 4CBUA 1GLJO 1OKJA 5EVZA 5BR9A 5EXWA 3ENOA 1SZ2A 1DKGD 1QZ5A 3A5MC 1U6ZA 1ATRA 4IXCA 1JCGA 1V4TA 1P8ZA 1ATSA 5B8HA 1XC3A 1YAGA 1NGAA 3A8YA 4IWVA 5BREA 4PKGA 1T44A 2E20A 3DXMA 5AFUA 3QICA 4FOEA 3EN9A 2A5XA 3H1QA 2F9WA 4FWPA 2J4RA 4BGAA 4BVPA 3FFKB 3LDOA 5AQUA 1BOTO 3CERA 1SQKA 3S41A 1NGGA 5TKYA 2P9PA 3SK3A 3SLCA 3U8XA 4CZIA 2VYPA 3FZKA 3ZETA 3UKUA 1YXQA 4JN4A 2Q2RA 3FZMA 3H46O 3AAPA 3ATUA 3QDKA 1RFQA 4DCHA 3DJCA 1GLCG 1TUUA 3FGUA 3AY9A 5AQNA 3VF4A 3WXIA 1BWFO 2FSKA 5AZIA 1LOTB 5E26A 5F2RA 2YJEA 4CZKA 4KBOA 3JXUA 3L0QA 1C0GA 4MO5A 2EWSA 2YHYA 2YJFA 5ADXA 4K25A 2E2OA 3ZX2A 2QWQA 3M6GA 4YDUC 5F0XA 3DXMB 3O5BA 4WQ5C 1HUXA 4CBWA 5BPLA 5KPTA 5I9EB 5AQPA 5KPRA 2I7PA 1D4XA 4MLHA 4XEIA 5AQGA 5AQXA 2FF3B 3UB5A 3EO3A 1KAYA 3UE5A 2AP1A 4FWLA 4M7YA 4FWKA 4O8KA 3ZETB 3I33A 3UKUB 3EZWA 2NZTA 3HI0A 2I7NA 3L6QA 1TYQB 2ITMA 4Y0WA 3EKSA 4Z94A 5AQZA 1G99A 5AQTA 1SAZA 1KAXA 1QQMA 5AZIB 1HJOA 4BVOA 4ISFA 2QWRA 4BRPA 1BA1A 1ZXOA 5AQRA 1QHAA 3ULEA 5JMVA 2D0PA 2NLXA 5LJVA 5AZJA 4CZMA 2GELA 3LDLA 5AQHA 4CZGA 3ZEUA 4K41A 4H03B 4A61A 4CZHA 4B1ZA 3R9PA 4FWMA 4BR4A 2P9UA 4O5FA 3ENHA 3AAQA 4QS8A 3DWLA 4NB4A 3BUZB 4BRAA 2A42A 2E2NA 3QFUA 1WUAA 3MMVA 1ZBSA 3BEXA 4H0OA 4BRKA 3D2FA 4EHUA 3A5OC 1BA0A 5AQJA 4B1XB 3VGKA 3GL1A 5AQKA 2QWNA 3GBTA 3QFPA 2CGLA 3BF1A 1MWMA 1J6ZA 1Q18A 1HKCA 3H1VX 4H5NA 4ISGA 3UKRA 2GWJA 3HSCA 3P4IA 4BRNA 1NGJA 3FLCO 4PKIA 2VWBA 2QWOA 3ULEB 3ATVA 4CD1A 3HBTA 1NGDA 2A6AA 1BUPA 5AZJB 3HZ6A 2IVOA 4H0TB 3ZEUB 2AA4A 1HKBA 4DB3A 1U2VA 2YCHA 4PKHA 3TU5A 4BROA 4QS7A 2P9UB 3O6WA 4BRIA 5BRDA 4FSVA 5AR0A 2V7YA 3RSEA 4AM6A 1NLVA 1X9JA 3GDQA 3M1FA 1QQOA 2WUSA 1EQYA 3BP8A 3IUCA 4WQ4A 4WYBA 2Q0RA 2D1KA 4BG9A 3HTVA 4BC2A 5BRHA 4JD2A 3M3ZA 3D2FB 3WUHA 3CJ7A 3D7EO 3FZHA 4GY2B 2IVPA 4CJ7A 5JICA 5AQLA 4JHDA 1TYQA 3W0LA 2HOEA 1MA9B 1X3MA 4BQLA 3JS6A 5FPMA 1RGIA 1HKGA 3UKRB 1H1VA 3O08A 3VOVA 4K42A 3LM9A 2QM1A 4CZEA 4BR0A 3CQYA 3MCPA 2HF4A 1QQNA 2CGJA 1QZ6A 4CZLA 5JLFA 3L4IA 3MK6A 4M7XA 1NGHA 3A0IX 3OHRA 1NBWA 1YVNA 2F9TA 3LL3A 1NGIA 1U2VB 3H3OB 5F1XA 2ZF5O 4H0VB 5AQQA 3DAWA 4FWSA 4BR7A 1MDUB 3RSEB 1S22A 1BDGA 3GOIA 2OANA 3H45C 1KAZA 2V51B 2E8AA 4BQZA 3TPQA 1E4FT 3C0BA 1JCFA 4JD2B 4BRMA 3O1BA 4A62A 5AQOA 1NGBA 3H3NO 4A2AA 4DHYA 1CZAN 3H6EA 4PL7A 4FO0A 3MN7A 4JHDB 4JNEA 4IJNA 2ASMA 1K8KA 1X3NA 3VETA 2ZWHA 3O80A 3CJ9A 4B1YB 3C7NA 2P9IA 5AQWA 3LM2A 1NMDA 1LCUA 3WT0A 4BC4A 1GLBG 1ATNA 4EAHD 4BRGA 1NGFA 4H0PA 4CI6A 3J8AA 3WQUA 4BREA 1Y64A 2W41A 3BF3A 3QBXA 4LC9B 2FF6A 2BTFA 2QWMA 2E88A 1MWKA 4BGBA 3VENA 3IFRA 4BC5A 2NRHA 4BRQA 1BU6O 3MN6A 3CI5A 4K43A 3WXKA 4FOIA 4FWOA 1TUYA 4BRHA 4H5RA 5EY4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LH4A 4W5QA 3U3YA 4DR3K 2Q3SA 1XQSC 5M1QA 4F9OA 2YI1A 2G8FA 1K8KB 5KI6A 3BGRA 4B1VA 2XY5A 4BR9A 3C7NB 4AHUA 1N32K 4E7KA 2NNWA 2LSNA 1IJJA 5GAGP 3K59A 4E1NA 4C23A 3JAMO 1VQKN 3ZSWA 1NJWA 4DR6K 3RMBA 1VQ4N 3FFIA 1YUWA 4Z4HA 3MDQA 5EX5A 4AH9A 4ELTA 4M63C 4DF4A 3KTQA 3U9DA 3NDKA 4K8XA 3HOSA 1Z6RA 4KFBA 3QNNA 4ILJA 4R5PA 4FW2A 1BQMA 1BCOA 1KFDA 2ZD1A 2HB5A 3DXKA 4EFHA 1RBVA 3DLRA 4Y1DA 4CECA 4BRLA 5HBMA 3G10A 2YNGA 3DRRA 4DTUA 1WAFA 2O8EB 1E4GT 1Y97A 3T69A 4FJ5A 3CPWM 4Q5VA 3VF6A 4B3OA 4R79A 3VEYA 2IOCA 4A59A 1KLNA 3D2EA 3Q7BA 5BN9A 1RDAA 1C0FA 5AQSA 2ZGZA 3ZT2A 4E3SA 4KI6A 4KHYA 4CF9A 1XHZA 2Q1NA 4YY3K 1RT3A 2CGKA 3I55N 3FZLA 2G8VA 1E3MA 3MAQA 3CQXA 3QO9A 2G8IA 1SL0A 2P9SB 2QWLA 3K5NA 4NXMK 4J8FA 1RBRA 1U48A 3V9UA 1JL2A 4Z4FA 4CJEA 4I6MA 1K73O 1VQLN 4AHSA 1OH8A 4B1UB 3CIPA 4C1NK 4XH5A 5FPNA 4QAGA 5ELZA 4JI4K 4DR5K 2GUPA 3KHYA 4OKEA 5KRTA 1T03A 1QVFM 4MLEA 2P9PB 2RPIA 4O4GA 3EE8A 1DGKN 1JLQA 4MDBA 4F4KA 4RWTA 4GV9A 1VQ7N 2Y1JA 3WEEA 3O4WA 5C25A 3OBWA 4BY9C 3KJVA 2E1YA 4FWNA 4F3OA 4K0KK 4BRFA 1UOCA 3QINA 3R6MA 3WNHA 3G25A 4JI6K 4C8NA 2E4LA 1NJZA 2JLEA 4DQSA 4WQ5A 4BDZA 1X9WA 2UYTA 3VESA 5C42A 4GV6A 3K58A 5IWAK 4CEZA 2OZMA 3HXMA 2FXUA 3VN5A 4FLTA 1VSFA 4KHNA 2W6KA 3THVA 3LDSA 4CESA 3PO4A 1LAVA 5AQFA 2ZGYA 4NCBA 4DR7K 4CEOA 2KHOA 3HL8A 1K9MO 1VQON 3L4QA 5LY3A 3SJJA 5FDLA 4BR5A 4C8MA 4N76A 1A5WA 2RN2A 4FL9A 4DV6K 1HNIA 3HM9A 4CBUA 4DWIA 4HTUA 1A5VA 4IEIA 1B92A 1RBTA 2BE2A 1DKGD 3CCQN 1QZ5A 3MECA 4KTQA 4CFAA 1ATRA 5GADP 1V4TA 1P90A 4B9LA 2VWJA 1ATSA 5B8HA 1KC8O 1YAGA 1NGAA 2EHGA 3A8YA 4CJ4A 1RT4A 4J2EA 2E20A 4JRQA 5AFUA 3QICA 1JLCA 2A5XA 3I8DA 4M3TA 3ZSRA 4BGAA 4IOXA 3K5LA 2PY5A 4B9NA 3DLBA 1SQKA 4CZIA 5TKYA 3SLCA 2P9PA 3U8XA 1X9SA 3KD1E 4E7LA 4DSFA 5GAHP 2Q2RA 3FZMA 2UU9K 3NF9A 2HVIA 1J9AA 4DCHA 1GLCG 3AY9A 3G71N 1Q7YO 4M3ZA 3IG1A 3TAFA 4YORA 1CXUA 5J2PA 1RDCA 4HCBA 5AZIA 4DQIA 3PIOL 3V9WA 1LOTB 4E7JA 3O9UA 5E26A 4YNQA 3SPYA 4LH5A 4K8ZA 3L0QA 4OLBA 1S6PA 3ZCMA 1N8RO 4DV4K 4GKJK 4NYFA 5KPTA 4CEEA 5KPRA 3SYZA 1D4XA 4FZZA 4XEIA 5AQGA 5AQXA 3I33A 3UKUB 3HVRA 3HI0A 3NH2A 4JI1K 1WAJA 5CR4A 4JI5K 5AQZA 1RBUA 5A2QO 1G99A 4CJQA 3C6AA 1RT5A 1FK9A 1SKWA 2O4GA 2HHSA 1O13A 2QWRA 3VA0A 1XMOK 4B3TK 3V1OA 1B9DA 4X64K 3AVHA 2D0PA 1RILA 2NLXA 4BWMA 5LJVA 3CM6A 5M1OA 4FJNA 1Q82O 1UA0A 3LDLA 3ZEUA 4K41A 4H03B 3ENHA 3AAQA 4LSNA 3OYNA 3LALA 4QS8A 4FLYA 4CF2A 4NB4A 1U45A 1N34K 1S9GA 4N56A 2VGNA 1EO1A 4BRAA 2A42A 2F96A 4CF1A 3SAGA 4L8RB 3QFUA 1ZBSA 4BRKA 2A1RA 3TAPA 4EHUA 2F8SA 4B1XB 2YKMA 4JK8A 1RT7A 4DR2K 1YJWN 1IBMK 4BWJA 1JL1A 1J6ZA 1Q18A 4H5NA 3K9JA 4CJ3A 3V4IA 2O8FB 4PKIA 4AHTA 2QWOA 3HBTA 4CFDA 5GIPA 4FLVA 1NGDA 3OYMA 1BUPA 3HZ6A 2E6MA 1HKBA 4DB3A 1L5UA 3NGYA 2PYJA 3TU5A 4BRIA 4ELUA 3OS1A 1NMNA 4AM6A 3KD5E 3CM5A 1BHLA 2WUSA 4I7FA 2D1KA 1RTIA 4B9MA 3D2FB 4IG3A 3EEQA 3CJ7A 3D7EO 4B9VA 4I9LA 3QEWA 4CJ7A 5AQLA 2R7YA 1HJRA 3VQ8A 5SZTA 1RGIA 1HKGA 3UKRB 4YOUA 1H1VA 4Y1CA 3VQBA 3L2VA 3O08A 2GUIA 1BI4A 1KVCA 1ZBUA 2HF4A 5KGWA 4KREA 1QZ6A 3S3MA 4G1QA 3L4IA 5J1EA 1HRHA 1YVNA 4G9ZA 3G6EN 3H3OB 1ITGA 5M1NA 2ZF5O 4H0VB 2G8KA 4CGGA 3RSEB 3DRPA 3VQDA 3OYAA 3L2UA 1BDGA 4JKDA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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