3RSEB

Structural and biochemical characterization of two binding sites for nucleation promoting factor wasp-vca on arp2/3 complex
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
196
structure length
196
Chain Sequence
GVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and biochemical characterization of two binding sites for nucleation-promoting factor WASp-VCA on Arp2/3 complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
source organism Bos taurus
molecule tags Structural protein
total genus 52
structure length 196
sequence length 196
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3rseB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3rseB02
1K8KB 1YVNA 1NGCA 4H5NA 4JNEA 4B1YB 4ISFA 5JLHA 1JCFA 4CZLA 3C7NB 2YI1A 4B1WB 2NRHA 2FF6A 5AQPA 3JS6A 3JXUA 4QS9A 2QM1A 4BVPA 2P9IA 5BRFA 1ESVA 3D2EB 2P9LA 4LC9B 4CBXA 3BF3A 4F9OA 2FF3B 2Q1NA 4BR9A 4H03B 5KQDA 1NGJA 1NBWA 3B8AX 2KHOA 3DXKB 3FR0A 2ZWHA 5EVZA 2ZGZA 2NLXA 4RCHA 4B1ZA 2P9SB 5AQJA 2P9PB 1NGHA 4BROA 2E2OA 1G99A 3CJAA 1ATSA 4JHDA 3WXIA 5AR0A 2J4RA 1E4FT 3A0IX 3CIPA 4ISGA 2IIRA 4L3QA 3SMPA 3D2FB 4IWVA 1IG8A 1NWKA 2A3ZA 3DXMB 1KAZA 4IZ9A 2E2PA 3LDPA 3MN5A 3GE1A 2WUSA 1Z05A 1Z6RA 5E26A 1LCUA 3LM9A 5AQWA 5AQTA 1RFQA 3C7NA 2QWPA 3QICA 5BRHA 4PKIA 3ZEUA 1ZXOA 5E84A 1DKGD 5FPEA 3VF4A 3EN9A 3I33A 3M1FA 4BGBA 3DJCA 4WQ4A 2PBDA 2YJEA 3CQXA 1HUXA 4JAXA 1BA1A 5CE3A 1NMDA 4ISEA 3ZX3A 2A42A 2D1KA 4CBWA 3ZX2A 3QBWA 2AA4A 2QWQA 3AAPA 2FLOA 2YJFA 4NO7A 1T44A 4CZIA 1XUPO 4AM7A 4FWOA 4BRMA 3HM8A 3D2FA 1QZ5A 3GG4A 4BRFA 3IDHA 3U9DA 5BPLA 5FPMA 5AQOA 1HJOA 3H1VX 4CD1A 5BPNA 4BRLA 5AQQA 5BPMA 4H5RA 3VETA 2QWMA 5FPNA 4B1UB 4A2BA 1QQMA 1S22A 2I7PA 4PL8A 5EXWA 4A62A 3R9PA 2BTFA 4FO0A 5ADXA 2HF4A 4BRDA 4K42A 1HKCA 2QWLA 4XEIA 4WQ5C 3O80A 1BUPA 4FPAA 2Q0UA 2ITMA 5EOYA 3VF6A 4IJNA 3QBXA 4CJ7A 3KHYA 2I7NA 3EO3A 3O5BA 3LDLA 2QWRA 4XH4A 3U8XA 1YXQA 1J6ZA 1GLLO 1Y64A 1NGFA 3ZX0A 3FZLA 3ZEUB 2VYPA 4IO8A 2CH6A 2Q0RA 4QS7A 5KPZA 5ADXH 1GLAG 2PAVA 1TUYA 1HKBA 4CZJA 1CZAN 2A40A 2QW9A 3O1WA 1V4TA 3SMSA 3FE1A 1BDGA 4H0PA 2CH5A 2E88A 2V51B 2ZGYA 1GLEG 3HSCA 3CJ9A 4BR4A 1MDUB 1GLBG 3VGLA 3UKUB 4O5FA 2V7ZA 3EL2A 1ZBSA 1TYQA 5AFUA 3WT0A 5JMVA 4RWTA 2HF3A 4H0YB 1NM1A 5BRDA 5AQZA 2E1YA 3QB0A 5KPTA 3P4IA 4MO4A 2YCHA 5F2RA 1MWMA 3MN6A 4E1JA 2NZTA 3L0QA 3VGKA 3W3DA 3QFUA 2OANA 1XC3A 3QDKA 5EY4A 3WXJA 2QWOA 3AARA 2ASOA 3R8EA 5AQUA 1U6ZA 4EHUA 1GLJO 2P9NA 4DQ8A 4B1VA 4K41A 4BQZA 3CI5A 4CZHA 2H3GX 2E2QA 2GTDA 2P9UB 3IFRA 1C0GA 4CZEA 4QS8A 2Q2RA 3O6WA 5AFUH 4A61A 3ATUA 1P8ZA 3GBTA 1KXPA 5AZJB 4PL7A 2ASMA 5AQMA 3FZHA 3H46O 4M7YA 5KQ8A 3IMXA 4O8KA 3LDOA 4JD2B 3TPQA 4FOEA 1V4SA 3H6EA 4I6MB 4K25A 1C0FA 3VEWA 4BG8A 4FWSA 3A5MC 3I8BA 3U9ZA 3UB5A 1NGBA 3UKUA 2GWKA 4WQ5A 1ZC6A 1QQOA 2GWJA 3UE5A 3ULEB 4CZFA 4EFHA 3QMLA 3SK3A 3GDQA 3L4IA 5BREA 2DPNA 2E8AA 3WQTA 3MDQA 3VGMA 3J8AA 4XH1A 1KAXA 2FSNA 2D4WA 3CERA 1IJJA 1ATNA 4XH5A 4H0OA 1GLFO 5AQXA 4FWQA 5LJVA 4BC2A 3AY9A 1WOQA 2P9KB 5AQVA 2P9UA 4RTFD 5AQKA 2ASPA 2GEMA 4FSVA 3W0LA 3CJ7A 5AQNA 2EWSA 4HTLA 5AZJA 1SAZA 3WEEB 1TUUA 1JCGA 5AQYA 4AM6A 1NGGA 4JD2A 3LL3A 3VEOA 3ZETA 5BN8A 1MA9B 5JICA 4I6MA 2CGLA 4H5VA 4BRNA 1SZ2A 4H0VB 3MN7A 2Q31A 4IXCA 3ENHA 4CI6A 3VESA 1TYQB 1H1VA 3HZ6A 4FPBA 1T6DA 3ULEA 2F9WA 1T6CA 4BRGA 3O4WA 3VENA 5AQHA 3RSEA 4B9QA 5AQLA 1EQYA 1BWFO 4GNIA 4M7XA 4BRCA 4BR2A 5F0XA 4DHYA 1D4XA 4DCHA 5BN9A 1BA0A 3S41A 2E2NA 2P9NB 1HLUA 1HX1A 1SQKA 5AQSA 3BP8A 3CJBA 1DEJA 3IUCA 2P9KA 3HI0A 2Q97A 4A2AA 3C0BA 2YHYA 2AP1A 3CQYA 4EIAA 2CGKA 4FWNA 5AQFA 4IJAA 3VEYA 3WEEA 5AZIA 1LOTB 3VOVA 4FWLA 2HMPA 3U4LA 4WYBA 1X3MA 1U2VB 1OKJA 1R59O 1WUAA 4K43A 5FPDA 2YHXA 4FWKA 4BVOA 3VEVA 4BRAA 3H3NO 4Y0WA 3LM2A 4Z94A 3MN9A 5AQRA 4GY2B 2F9TA 2A5XA 2GELA 4C23A 4YDUC 4B1XB 2D0PA 4CZGA 1X3NA 5I9EB 2A6AA 2E1ZA 3A5LC 1RDWX 3BF1A 4BR0A 5JLFA 4BC5A 4FWRA 1E4GT 3A5OC 1BOTO 3FZFA 4H0TB 2A41A 3UKRB 4MO5A 4DB3A 4H0XB 2UYTA 4H5TA 2FXUA 3GOIA 1YAGA 4MLHA 3H1QA 3MK6A 5LJWA 4BQLA 1BG3A 3L6QA 4BREA 3EKUA 5AQIA 3DAWA 4BRHA 3KZBA 3O08A 4BGAA 4BR7A 4BRPA 1K8KA 4PKGA 3FGUA 3ZETB 2W40A 1U2VA 3MCPA 4M63C 5B8HA 4CZKA 3A8YA 1JCEA 2D0OA 1DGKN 3O1BA 4J8FA 3BUZB 1QQNA 2VWBA 3F9MA 4BRQA 3WXKA 3AAQA 3FLCO 1NLVA 3VPZA 4MLEA 3RSEB 1KAYA 3WUHA 2FSKA 2IVPA 5BR9A 3D2EA 3ENOA 2YHWA 1X9JA 5LY3A 2IVOA 1NGEA 2W41A 4BRKA 3UKRA 4H5WA 3DXKA 1QHAA 4BC4A 4FOIA 5EX5A 2V7YA 1S3XA 4CD3A 2QWNA 5TKYA 3MMVA 3TU5A 3M6GA 2Q36A 1RGIA 4EHTA 2P9SA 1GLDG 1ATRA 2P9PA 5ELZA 3M3ZA 4KBOA 4CBUA 1NGDA 4PKHA 2ZF5O 3FZMA 2GUPA 3HBTA 4FWPA 5AZIB 3VERA 3DXMA 2FSJA 3WXLA 3BEXA 2QXLA 3VF2A 5F1XA 3LDNA 4EAHD 3H3OB 3LDQA 4YDUA 4BC3A 1BU6O 1QZ6A 2E20A 1XQSC 3CJ1A 4BRIA 3HTVA 3QFPA 2P9IB 3DWLA 4FL9A 4BR5A 3EZWA 1Q18A 2VCPA 3KVGA 4BG9A 4FWMA 5AQGA 2P9LB 4JN4A 3ATVA 4CZMA 3OHRA 1NGIA 3SLCA 4HWIA 4WQ4C 3CETA 2V52B 1MWKA 3R6MA 4NB4A 1NGAA 2BUPA 2CGJA 1BO5O 1HPMA 3CHWA 1YUWA 3FZKA 3VEXA 3GL1A 3SJHA 1GLCG 3H45C 3CJCA 2IVNA 4JHDB 5KPRA 3D7EO 3EKSA 3ID8A 3O8MA 1HKGA 3A5NC 3FFKB 3G25A 3WQUA 2HOEA 3VEZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OKEA 1YVNA 4O55A 4JI5K 1S5JA 5CZ2A 1NGCA 5GADP 4B3SK 4QCLA 4B1YB 3IG1A 1TKZA 3NF6A 3I55N 2YI1A 4B1WB 3RR8A 1VRTA 1WSHA 4OPJA 3CM5A 1IBKK 1C0MA 4BVPA 3M8SA 2RKIA 2O8BA 3F73A 4HUFA 3VQDA 1VSEA 3D2EB 3DOLA 3E1YA 3OVNA 3KK2A 3BF3A 4F9OA 3I56N 4C1NI 2KQ2A 3I0RA 1NBWA 3VQQA 5AJ3K 2WFBA 2WC9A 1QVFM 3ZT0A 3SQ1A 3CC2N 2NLXA 4B1ZA 2P9SB 1DLOA 4BWMA 3CJAA 4CCHA 1ATSA 4IOXA 1O1WA 3A0IX 4PUOA 3D2FB 4EP4A 1BCOA 1IG8A 3DXMB 4DQPA 4IZ9A 4CGGA 2WONA 1EKEA 4B3TK 5AQWA 1DTQA 1RFQA 1YITN 3ZEUA 1F21A 4AHVA 1K9MO 1ZXOA 3SQ0A 1HNXK 1DKGD 1A5WA 3OYLA 3I33A 1RTIA 1RCHA 2YJEA 2FBYA 4DU4A 4LF4K 2JLEA 2O8DB 3N4PA 4KB0A 3CYGA 4KH4A 1BA1A 2OPSA 3S3MA 4JKAA 3C6TA 5J2QA 4ISEA 5GINA 1SKSA 4DF8A 2X78A 2YJFA 4NO7A 1VQLN 4W5TA 3SUOA 4DTUA 4FWOA 4BRMA 3SQ2A 2O4IA 4KREA 4UQGA 4KI6A 3U9DA 1VK0A 4LF7K 5BPLA 5SZTA 3HP9A 4U7BA 4YOTA 1IKXA 5HROA 5BPNA 4BRLA 5GAGP 1XMQK 3RWUA 5AQQA 5BPMA 2HMIA 1WB9A 3CG7A 4JKGB 5FPNA 2XO7A 2I7PA 1S22A 3AVHA 4DTXA 3J7ZO 3AV9A 3VQ6A 2E4LA 1RTJA 4A62A 3NF7A 4FZYA 4E3SA 2EX3A 4CEOA 5ADXA 4DU3A 3O80A 1KQSM 3NH2A 4GKKK 4FPAA 3MXJA 3TI0A 1S1XA 4CJ7A 2I7NA 1WSJA 3EO3A 4A5BA 3LDLA 2QWRA 4XH4A 4CIGA 1QSYA 1Y64A 1NGFA 3FZLA 1ASVA 1FKPA 3PO4A 3NAEA 1HPZA 2Q0RA 5M1FA 3NH1A 1GLAG 2PAVA 4DV1K 4FLWA 3ZT3A 1HKBA 4IEIA 1V4TA 3ID6A 4CW7B 3FE1A 2FBVA 2CH5A 2E88A 1GLEG 1ZBHA 3MWPA 4DLEA 5AFUA 3WT0A 3KLIA 5LMNK 3CCJN 1Q86O 4JI0K 1NM1A 3NVKA 3CFPA 4CEFA 4BDPA 4LF8K 3OYKA 4MO4A 1C0UA 3ZT1A 3PSFA 4IDHA 1MWMA 2NNWA 3EE8A 4JV5K 2UU9K 1XC3A 5EY4A 2QWOA 3AARA 4CIFA 2ASOA 5HBMA 1Q81O 5AQUA 1U6ZA 4EP5A 5GAEP 1GLJO 4DQ8A 3EZ5A 4BQZA 1XMOK 2H3GX 3CCQN 1RBUA 3CYMA 2E2QA 1OVQA 2P9UB 1G15A 4CZEA 1NMNA 3ATUA 1P8ZA 1HMVA 3GBTA 2O8FA 5AZJB 2ASMA 3L2WA 2OPQA 1Y97A 4JD2B 4I6MB 4FWSA 3U9ZA 3I8BA 3V1OA 5JS1A 3UKUA 3OYMA 2DFHA 5M1QA 3TAMA 3OYAA 5C25A 1OH8A 3HSTB 3L4IA 4E7HA 2X74A 1IH7A 1JLAA 3MDQA 4IDKA 1VQPN 3QLHA 3SYZA 1ZBIA 4C8LA 4Q5VA 1GOBA 4PQUA 1N34K 5CZ1A 4CHYA 4FWQA 2ZJQL 1TK5A 4BC2A 3AY9A 1WOQA 2W6LA 2JWKA 2VG7A 4CEDA 1QHTA 4DTPA 2ASPA 2GEMA 3DOKA 4FSVA 4KKOA 1XNQK 4M42A 3DMJA 4CJUA 4YNQA 3DLKA 5JICA 3PX6A 3BY5A 1NOYA 4EZ9A 4BRNA 1VQ9N 4H0VB 3KWIA 4AHSA 2BDPA 4DLGA 1W7AA 1NK4A 1WSIA 1LW2A 4IXCA 4KAZA 3P5JA 2O8CA 1T6DA 4LF5K 4BRGA 4AHTA 5TKWA 4KHNA 2E5LK 2HBLA 4DUYK 1EQYA 1QQCA 4GV9A 4KHPK 4O44A 3WNHA 4GNIA 3THWA 1UA1A 3OTOK 2YHBA 5M1KA 3AO4A 4DCHA 2QKBA 3S41A 5GIPA 1YTUA 2HVHA 1HLUA 4IBNA 3IUCA 2VG5A 3HI0A 4X66K 3K5NA 4JK8A 2YHYA 3K5LA 5AZIA 1LOTB 4FWLA 1OKJA 5FPDA 4FWKA 1VAZA 2IOCA 5BR8K 3VEVA 2YNIA 2HHSA 5JENA 2YKNA 4FW1A 3PV8A 4CJ3A 5I9EB 5T7BA 1RDWX 3E66A 1O13A 4FWRA 1VSIA 1RDDA 2FC0A 2PFUA 2YNFA 4DTJA 2A41A 4W5RA 4MO5A 3NFAA 4H0XB 4YOYA 2KLAA 4ID1A 3QO9A 4AHUA 5LJWA 3S5TA 2VWJA 4J2BA 4BQLA 4Z4CA 3QERA 3SNNA 3KKSA 1JLEA 2RN2A 5HOOA 3DAWA 4BRHA 4FVUA 3O08A 4BGAA 4BR7A 4BRPA 5HRRA 1K8KA 3RVCA 1NKEA 3O4NA 4PKGA 3ZETB 4CK2A 3SV4A 2WBNA 3P31A 3PUFA 4I9LA 1SKRA 1ITGA 4DTOA 1QS4A 1TV6A 2D0OA 1DGKN 4DSLA 1QQNA 4KTZA 3PIOL 3MEDA 3RSEB 2IVPA 4V19S 4A5AA 4FLUA 1T7PA 2FBXA 3UKRA 3HRGA 4H5WA 1YIJN 3DXKA 3JAMO 1QHAA 4FOIA 3G0ZA 2QWNA 5TKYA 3VQPA 4MDBA 4KRFA 3TAEA 4RG8A 5ELZA 2P9PA 2O4GA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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