3RSEB

Structural and biochemical characterization of two binding sites for nucleation promoting factor wasp-vca on arp2/3 complex
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
196
structure length
196
Chain Sequence
GVVVDSGDGVTHICPVYEGFSLPHLTRRLDIAGRDITRYLIKLLLLRGYAFNHSADFETVRMIKEKLCYVGYNIEQEQKLALETTVLVESYTLPDGRIIKVGGERFEAPEALFQPHLINVEGVGVAELLFNTIQAADIDTRSEFYKHIVLSGGSTMYPGLPSRLERELKQLYLERVLKGDVEKLSKFKIRIEDPPR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structural and biochemical characterization of two binding sites for nucleation-promoting factor WASp-VCA on Arp2/3 complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Actin-related protein 3
molecule tags Structural protein
source organism Bos taurus
total genus 52
structure length 196
sequence length 196
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00022 Actin Actin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.40 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3rseB01
3.90.640.10 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Actin; Chain A, domain 4 Actin; Chain A, domain 4 3rseB02
4YDUA 2KHOA 4CZFA 2FXUA 4XH5A 4BR4A 2QXLA 2GELA 3A5OC 1NGCA 2E8AA 5KQDA 2E1ZA 4CZEA 1JCGA 4BRHA 4FWRA 3ID8A 5E26A 1D4XA 4FOEA 5AQVA 2P9LA 3UE5A 1NBWA 2CGKA 4GY2B 4BGBA 3O08A 3LDQA 4FO0A 2P9UA 2H3GX 2YI1A 3EN9A 4J8FA 3LDOA 4F9OA 1IG8A 1SQKA 3DXKB 1YVNA 1HX1A 3SMSA 4IZ9A 2CH6A 4Z94A 2YJEA 3KZBA 5AQRA 4A2AA 1MWMA 2QWPA 3AAPA 4H0VB 3R6MA 3QICA 2QWNA 4NO7A 3EKSA 4B9QA 4CZIA 1R59O 3MN9A 2GUPA 5F0XA 4DB3A 3GDQA 4PKIA 3D2FA 3O5BA 4XH1A 1J6ZA 3VETA 4B1WB 3HZ6A 2E2NA 1GLEG 4CD3A 4BREA 3LM2A 5AQHA 4FOIA 3ATVA 2QWMA 4IO8A 3HTVA 4BRKA 3O4WA 2E20A 4DCHA 1X3NA 3A8YA 1U6ZA 3LDPA 3UKUA 4A61A 3KHYA 4PL7A 3ZX3A 3WEEB 4PL8A 2QWQA 1Q18A 3CQYA 4WQ5A 4ISGA 4BRPA 2QW9A 3AARA 2BUPA 4NB4A 4H5RA 3H1QA 1MA9B 4HWIA 5JLFA 1RDWX 1C0GA 3BF1A 4A2BA 3FGUA 5AQLA 4H0XB 1ZBSA 1GLJO 3P4IA 1BO5O 4MO5A 1DKGD 2CH5A 2FSNA 3ZEUB 4BG9A 3EL2A 3DXKA 2P9NB 5KPZA 4FWNA 2A41A 5FPEA 2ZGZA 5AQNA 1NGFA 1SZ2A 3I8BA 2VCPA 1GLFO 4BR5A 5EXWA 4H5TA 5AZIB 2AP1A 3HSCA 3H45C 2E2OA 1BWFO 2EWSA 4BRIA 3VOVA 1HJOA 2FF6A 1V4SA 4BC4A 2I7PA 5BRFA 3B8AX 5AQIA 5B8HA 3FE1A 4QS9A 5F1XA 3ZX0A 3U9DA 4BRMA 5AQTA 5JMVA 1WUAA 3A5LC 1P8ZA 4BR9A 2ASOA 3H3NO 3CQXA 2PAVA 1HKCA 3WEEA 1LCUA 4ISFA 3UKRB 3M3ZA 2P9PB 1YUWA 4EHTA 3AY9A 1EQYA 3CJAA 1HKGA 2HF4A 3HM8A 5AQGA 4BRFA 2BTFA 2YJFA 1KAYA 3GG4A 3FZLA 3H46O 3ULEA 1YAGA 3D2EA 3LM9A 3QBXA 4B1XB 1BA1A 2AA4A 4DQ8A 1NWKA 4M63C 2GTDA 4CZKA 3J8AA 1XQSC 3VGLA 4JD2A 3LDNA 2YCHA 1Z05A 2F9TA 3RSEA 2NLXA 3ENOA 1X9JA 2Q36A 1QZ6A 1U2VA 3MCPA 3CHWA 4FWSA 4BRNA 4QS7A 1GLLO 1NGHA 1HKBA 3DWLA 4BR0A 3VGMA 3H6EA 5AQZA 3VEXA 2UYTA 3WQTA 4B1ZA 4JHDB 5AR0A 5LJWA 5AQQA 5EVZA 2NRHA 3FZKA 5FPMA 3VEYA 5BRHA 3GBTA 5TKYA 2ZWHA 5AZJB 3R9PA 4H5VA 4BRLA 1QQOA 1Z6RA 1E4FT 5BN9A 3ATUA 3WT0A 5CE3A 2V7YA 5JICA 4BC3A 5AQFA 3VF6A 2I7NA 3O1BA 3JXUA 3BEXA 4K43A 4Y0WA 2Q0UA 2QWOA 3UKRA 4H0OA 1KXPA 3S41A 3U4LA 3LDLA 2D4WA 1NM1A 4BRDA 4FWLA 3EKUA 2V7ZA 3VPZA 2P9KB 4BG8A 3FZFA 4FL9A 5AQWA 3SLCA 4CJ7A 3CERA 3CI5A 1QHAA 3DXMB 4BC2A 1MWKA 2W40A 5AQUA 3A5MC 3WXKA 4RTFD 4AM6A 1BOTO 2VYPA 4QS8A 2PBDA 4IJNA 3L0QA 1KAXA 1SAZA 3TU5A 5ELZA 4BR7A 3CJ1A 4IWVA 3H3OB 3VF2A 4H0TB 1BA0A 3CJ9A 4L3QA 3FZHA 2A3ZA 2J4RA 2P9SB 2Q0RA 2ASPA 2CGJA 2FSJA 4FWMA 4A62A 5FPDA 1K8KB 4FWPA 4RWTA 3O1WA 4JHDA 3GL1A 4CZJA 4CBXA 4BRQA 1GLCG 1BDGA 2A40A 2GWJA 3L6QA 5AQMA 3SK3A 2QWLA 5AZJA 2GEMA 3FR0A 1V4TA 5AQJA 3IMXA 4MLEA 3CETA 1DEJA 4FPAA 1X3MA 4YDUC 2IVNA 5KQ8A 4O8KA 3MMVA 1ATNA 3WXJA 3MN6A 3IDHA 4M7XA 1S3XA 3BF3A 1QQNA 4O5FA 4FPBA 2Q1NA 2YHWA 1NGJA 5AQSA 3FFKB 2P9KA 1E4GT 3CIPA 2Q2RA 4IXCA 4H5NA 3DJCA 2ZF5O 4K42A 1TUUA 4C23A 3DXMA 4BVPA 2P9LB 1T6CA 3QB0A 4BQZA 4ISEA 2NZTA 5BN8A 2FLOA 4DHYA 3QFPA 4FWKA 4WQ4A 2D1KA 2D0OA 4H0YB 5I9EB 3VEVA 4B1YB 3UB5A 4KBOA 1NGIA 1GLDG 4FWQA 1JCEA 3CJBA 2F9WA 2V51B 1CZAN 3ZETB 5BREA 1KAZA 1Y64A 3ZEUA 2W41A 4HTLA 1BUPA 3VEWA 3EO3A 2P9NA 1GLBG 3MDQA 1QZ5A 3ENHA 3WQUA 3QDKA 4FSVA 4BRAA 5ADXH 3U8XA 1NGAA 1C0FA 2P9IB 4CZMA 3O8MA 4XEIA 1BU6O 5FPNA 2ITMA 1NGBA 5AZIA 3I33A 3A0IX 3FLCO 3SMPA 4BVOA 4EHUA 5ADXA 4H0PA 1ZXOA 5BPLA 3TPQA 3FZMA 3M6GA 5AQXA 1NGDA 1RGIA 3O6WA 2HMPA 3UKUB 5JLHA 2HOEA 2IIRA 4WQ5C 1NLVA 4B1UB 3CJ7A 4CZGA 4B1VA 3EZWA 5AQPA 4BQLA 1S22A 4AM7A 3BUZB 5AQOA 2ZGYA 2P9PA 5KPRA 2ASMA 1QQMA 2A5XA 4LC9B 4MO4A 4JNEA 1XC3A 2CGLA 2WUSA 4CD1A 4JAXA 4EFHA 5AQYA 1DGKN 3ZETA 3C0BA 1T44A 1TYQB 3VEOA 3VENA 4CZHA 3DAWA 4BRCA 1ATRA 5BPNA 1OKJA 4M7YA 5AQKA 3MN5A 2QM1A 2VWBA 3QFUA 2E88A 3C7NB 3A5NC 5EY4A 2P9IA 3OHRA 4CBWA 1NGGA 5BR9A 3KVGA 3G25A 1WOQA 2Q97A 3R8EA 1RFQA 4FWOA 4GNIA 4PKHA 4CI6A 3GOIA 3W3DA 3QBWA 4BRGA 5EX5A 2DPNA 2FF3B 4PKGA 3M1FA 5F2RA 4CBUA 3VEZA 1ESVA 3AAQA 5AFUH 4K41A 3WXLA 2IVPA 3L4IA 2Q31A 4I6MB 5E84A 4WQ4C 5BRDA 1HLUA 4XH4A 1H1VA 1G99A 5AFUA 4WYBA 1ZC6A 3LL3A 4K25A 4H03B 2A42A 1XUPO 3HI0A 4BC5A 2OANA 2IVOA 4BGAA 3MK6A 3D7EO 3ULEB 3D2EB 1TUYA 4E1JA 3H1VX 3QMLA 3WXIA 3F9MA 2GWKA 3VGKA 4JD2B 1TYQA 5LJVA 3VERA 3RSEB 3MN7A 1U2VB 3SJHA 3HBTA 3C7NA 2E2PA 2P9UB 3JS6A 2YHXA 1BG3A 4EAHD 4IJAA 3CJCA 3BP8A 5KPTA 1HPMA 4CZLA 4H5WA 2QWRA 5BPMA 5LY3A 3U9ZA 4MLHA 3IUCA 1YXQA 1LOTB 2HF3A 2YHYA 2P9SA 3VF4A 1NMDA 3O80A 5EOYA 1NGEA 3W0LA 1K8KA 2E1YA 4BR2A 2V52B 1IJJA 4BROA 4I6MA 2A6AA 3VESA 3WUHA 1HUXA 2FSKA 2E2QA 3GE1A 3IFRA 4RCHA 3D2FB 1JCFA 1MDUB 2D0PA 3ZX2A 1GLAG 4JN4A 4EIAA 1T6DA 1ATSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3I8DA 2GUIA 1CXQA 3LZIA 3OA9A 3SBGA 4LSNA 5KQDA 4DV0K 1XC9A 4Z4HA 5J2QA 5E26A 2D0AA 4J2AA 2JGUA 3LANA 3VQ5A 2NRTA 3PX6A 3O08A 2H3GX 2YI1A 1TV6A 3D0PA 4E3SA 2VGNA 4CFBA 3DLBA 1QQCA 4Z4EA 1SQKA 3DXKB 3TAGA 5KRSA 1HX1A 4KPYA 2NRXA 5HP1A 2P5OA 3S5TA 1F21A 1RT5A 1NK5A 5AQRA 3LAKA 4A2AA 3LWMA 3AAPA 4H0VB 4DUZK 4NO7A 4M41A 3EKSA 2C1GA 1N33K 5C24A 4JK7A 2GUPA 1I94K 3EZ5A 4KHWA 1YT3A 4JEPA 3D2FA 4B1WB 5JVGL 5HRNA 4CFCA 1I3AA 3LM2A 4FOIA 3J7ZO 3HVRA 3K5OA 3ATVA 4IO8A 3ZSZA 3U3YA 1IO2A 3O4WA 3RMBA 4DCHA 4FJMA 2HHSA 3L8BA 3UKUA 3SUNA 1DTQA 4PL7A 3THVA 1FKOA 4WQ5A 4CGFA 2KFNA 4M3YA 4HWIA 1NNEA 3V9SA 3HXMA 4O8UA 4B9UA 3FGUA 3HT3A 3CCMN 3NGZA 1C6VA 1XHXA 4JKBA 4CF0A 1LWFA 3LAMA 4CHPA 3DXKA 2P9NB 5KPZA 3S3MA 3KJVA 5FPEA 1WB9A 2ZGZA 4M3XA 3ZSXA 3I56N 1SZ2A 3T3FA 1VSJA 2VCPA 4I2PA 5HBMA 4JKAA 4PHTX 2AP1A 5BR8K 4H4OA 4YFUA 3TAMA 3H45C 4JV5K 3BZCA 1N32K 3RMCA 1HJOA 4JKHA 4B8AB 4JKDA 2I7PA 2QXFA 5B8HA 1Q9YA 3ZX0A 2W6LA 3SAGA 3MEEA 3TTCA 1VQLN 3A5LC 4WFNL 1E3MA 3H3NO 2GBZA 3HYFA 3AVNA 3UKRB 4K0KK 4CF2A 5J2MA 3HM8A 4W5QA 4BRFA 4Y1DA 1J9AA 4KFBA 4FK2A 3ULEA 3LM9A 2Z1HA 3J80O 4M63C 2YNIA 3J8AA 1XQSC 2HW3A 1ASWA 4W5RA 3K59A 2F9TA 3P83D 3QLHA 4DV2K 3Q7BA 4HTUA 3P38A 3MCPA 2Q36A 1QZ6A 4LH5A 4LY7A 2G8IA 4IKFA 1NGHA 1HKBA 3E9PA 4C1NI 1HYVA 4KHNA 3VQ8A 1LWCA 2C1IA 1IKWA 3FFIA 2O8CB 5AR0A 4CJQA 4FZXC 3FZKA 4EZ9A 3VEYA 5BRHA 3SQ2A 1S1UA 1YJWN 3VQDA 4BRLA 3RRHA 4CIGA 1Z6RA 3A2FA 5BN9A 3ATUA 3PO5A 4BC3A 5AQFA 2RN2A 3O1BA 4Y0WA 4L8RB 1BCMA 4IG0A 5H1SQ 3UKRA 4H0OA 3CCRN 4MQ3A 1JLQA 4CGIA 3VPZA 2V7ZA 3SLCA 4CJ7A 1QHAA 4K8ZA 2WC9A 3B6PA 2W40A 4DSKA 1U4BA 1QSLA 4QOZB 4C8KA 3AA4A 3WNHA 3IKMA 4QS8A 2ATQA 1EX4A 4X66K 3ZLJA 3TU5A 3IG1A 5ELZA 4BR7A 4DTPA 3H3OB 4IOCL 3DYAA 3VQBA 4C1NK 3CJ9A 1YITN 1SKRA 4CJPA 2Q0RA 5IWAK 3HJFA 2VQEK 4JI5K 3SJJA 2X74A 3CM5A 4YOVA 4J2EA 4CK1A 1GLCG 4XIUA 4CGDA 1EWRA 1U47A 2OPPA 3FR0A 3VQAA 2F8TA 3IMXA 2OA8A 4MLEA 1HNIA 5T7BA 5KQ8A 4CJUA 1HNWK 3L2UA 3IDHA 2KLAA 1RBRA 3BF3A 4DTSA 3NCIA 4FPBA 2W6KA 5AQSA 5M1OA 3PX0A 5HOOA 1HYSA 1NK7A 3CIPA 2Q2RA 4IXCA 5KI6A 3CPWM 3O9QA 3CQ8A 4K42A 1WSJA 3G10A 2P9LB 4AQYK 3O3GA 1XNQK 3QB0A 5MLCQ 4CEEA 2NZTA 1VQPN 3G0ZA 1RDBA 5BN8A 4FK0A 4WQ4A 3K5NA 5I9EB 4MFBA 4B1YB 3UB5A 3SUPA 3SBTA 2F9WA 1CZAN 4CFAA 1K9MO 1RDAA 3ZEUA 1D9DA 4HTLA 3L2QA 1GLBG 5GAGP 2RKIA 4CHYA 3QDKA 1QSSA 1NGAA 3ZCMA 3ZSYA 1NK8A 2E4LA 1IKVA 3C6HA 5FPNA 3ZSOA 1NGBA 2F8SA 4BE7B 3NF8A 3FLCO 1T03A 2Y1IA 3RR8A 5BPLA 2LSNA 5FROA 1C0MA 3JAMO 3BDPA 4FJGA 4WQ5C 4M3UA 2OZSA 4AH9A 1KC8O 1YTAA 1ZBIA 5C2DA 1B9FA 3DMJA 1TL3A 1GOAA 1SL2A 4BE2A 1YJ9N 4A57A 3RVCA 4LC9B 3AVMA 3R3LA 1IBKK 3V9UA 1CZ9A 3KLFA 4FZZA 4JNEA 1XC3A 4Z4FA 1VQ6N 4O44A 1L3VA 1DGKN 2ZD1A 3VEOA 1RT7A 3MEDA 1OKJA 5AQKA 1VSDA 3QFUA 2VG6A 3SAFA 4CJ5A 3NBPA 2JLEA 5LL6Z 3DLEA 3KVGA 1OH5A 4BECA 2Z1JA 4IFYA 4FJNA 3CM6A 3QBWA 4BRGA 4RW4A 1T05A 4PKGA 1WSFA 4CBUA 1SS6A 4KHPK 3WXLA 2IVPA 4WF9L 4DR1K 2Q31A 4JI0K 3OYAA 1CZBA 5BRDA 4W5NA 2X6NA 1Q86O 1KLMA 3KKSA 3E9LA 1NK9A 1H1VA 1G99A 3MAQA 1ZC6A 4CIFA 3ZSWA 4RW8A 3H08A 4H03B 2KZMA 3VN5A 4B3MK 4UY8O 1XUPO 2G8UA 4CEQA 4E19A 1S5JA 2DFHA 4BWJA 1TUYA 1U04A 3H1VX 3OS1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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