3RTMA

Structure of bace-1 (beta-secretase) in complex with 3-(2-aminoquinolin-3-yl)-n-cyclohexyl-n-methylpropanamide
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
387
structure length
369
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title From Fragment Screening to In Vivo Efficacy: Optimization of a Series of 2-Aminoquinolines as Potent Inhibitors of Beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 (BACE1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 91
structure length 369
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3rtmA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3rtmA02
5P7XA 2FDEA 4GB2A 1G6LA 1U8GA 2BB9A 5P81A 5HU1A 3JW2A 4OBDA 5OZKA 3HD8A 3RSXA 1KJFA 5P06A 5P7VA 2HM1A 3NDWA 2OHLA 1BXOA 2PC0A 4Y3RA 4RYCA 1HTFA 5P3JA 4HDBA 5P6RA 2WJOA 5P1PA 3VLAA 4LC7A 2PH8A 2PSVA 5P75A 3CIDA 5OZ8A 4FSEA 4YCYA 4OC6B 2OF0A 4JECA 2H6SA 5OZ4A 1M43A 2V12C 4X7IA 5P83A 2HS1A 8HVPA 2ER7E 3MXEA 2H6TA 4YD3A 4K8SA 5P6OA 5OZJA 4Y47A 5P3LA 4MC9A 4DVFA 3EKTA 4EWOA 1UH8A 4Y3ZA 3FV3A 4FM6A 3OQ7A 2FLEA 5P3MA 3K1WA 1EEDP 3GI0A 3EL0A 3QI1A 1NPVA 4Y58A 5P6IA 4NPTA 5P58A 5P2NA 2PMAA 5P0UA 5P4IA 3SKFA 4Z4XA 5P8UA 3G6ZA 5P6SA 4Y3DA 2F3FA 1K6TA 3PEPA 1PFZA 3EM4A 5C9FA 3EL1A 6FIVA 5P3CA 1GKTA 5P6CA 2OHSA 5P6QA 5KQZA 3S45A 5P6BA 4KE1A 4GIDA 2VIYA 3HZCA 3R2FA 4I0HA 4OC6A 4Y4GA 1VIJA 4NPUA 1UPJA 5P2WA 4GJ7A 3KFSA 1DW6C 3PSYA 3SFCA 2V00A 1TCWA 3K5GA 1W51A 3OOTA 5P4BA 5P8KA 4AA8A 5KR0A 2QHCA 2XFJA 5P3SA 1LEEA 1HVSA 2XFKA 5P31A 5P34A 5P55A 1ODXA 5P1DA 3ZLQA 2O4LA 1FQ6A 2QI3A 3VYFA 1T6GA 5P7YA 1XS7D 2AZBA 4YD6A 5P6JA 3OQAA 3UQXA 4Y36A 3VF7A 4J54A 4Q1YA 5P1TA 2HB2A 4GYEA 5P3OA 2VKMA 5P1EA 5P17A 1PPME 5P71A 1FB7A 5UPJA 5P4HA 3SAAA 5HCTA 5OZGA 3UDRA 3ECGA 1LYBB 3A2OA 3IA9A 4QJ6A 5B18A 5P6XA 3ST5A 1EBZA 1HXWA 3OUAA 4K9HA 1EPOE 3UHLA 5I3XA 2A4FA 2RKGA 4Y3LA 4YOBA 3UQUA 4Y35A 2AZ9A 5P5AA 4I0EA 1SDVA 4GJ6A 4A6BA 2QU3A 5P5HA 4J1KA 5OYXA 5OZXA 5P0HA 4ZE6A 5ER1E 3SACA 5P8NA 4Y4WA 2AVQA 3PJ6A 4A4QA 4ZSQA 3OXCA 3GGVA 3PHVA 5P4CA 5T4SA 4YCTA 2ZE1A 4RGHA 5OZHA 4I0ZA 4Y4EA 3HLOA 5HE5A 4Y4AA 3I6OA 4LXKA 2ZDZA 3O9LB 1HSGA 3ZKGA 5SXNA 2NMZA 5P15A 4H3FA 1ZJ7A 4GJDA 3B80A 3SPKA 2BBBA 1DP5A 2Q55A 5P5RA 4B0QA 3HAWA 1KZKA 1LYBA 5P0FA 5E5JA 5AH6A 1M0BA 5P25A 3HAUA 3GGAA 4ZEAA 2Z4OA 4HZTA 1TQFA 2I0DA 3S85A 4WY6A 2ZJKA 2NXMA 3T6IA 4Q1XA 2BQVA 2ANLA 3KFPA 3NR6A 1IZEA 4J0TA 5P60A 2NNPA 4R95A 4EJDA 5P7TA 4EYRA 5P76A 5P1OA 2JJJA 3OUCA 4Y5EA 4CPXA 2FXDA 3IVHA 5P6LA 3SA3A 2WF1A 4LAPA 3S56A 1HIHA 3VUCA 2QK5A 3LZYA 3ZKIA 3UF3A 1HIIA 1APWE 1D4YA 3O9LA 2NNKA 5OZSA 5OZ7A 1ZP8A 3AIDA 5P33A 3S8IA 3VCMA 4Y4BA 3LIYA 4M8XA 3IXOA 3L5FA 5P6HA 5KR1A 3OQKA 5P7EA 3BUHA 5P7NA 4LL3A 3AUPA 4EJLA 5P8QA 1HBVA 3BRAA 1HTGA 4FM7A 1XN2A 2QNQA 1PSNA 5P2GA 5P54A 3NWQA 5IVTA 3FNUA 1ENTE 3VSWA 3ZKQA 5P7BA 1FFIC 5BRYA 3KT5A 3NUJA 4KE0A 1BIMA 4PZWA 4Y4XA 5P8VA 5HDUA 5P13A 1LZQA 3FSMA 1YT9A 4YHQA 2AVMA 2HPEA 1CMSA 3U7SA 5P8SA 5P4ZA 5P23A 2OHRA 3OXXA 3OY4A 1BAIA 3T7XA 2O4PA 4I1CA 4EJ8A 1K2CA 1Q9PA 4IVTA 5ISKA 3L5DA 3Q5HA 2AVOA 2PWCA 4TRZA 1D4LA 1XL5A 5P64A 4M8YA 5P30A 1FQ8A 5IVQA 1D4KA 3SM2A 1A30A 4KUPA 2V16C 2QHZA 4J1IA 4FRKA 2G1RA 4XXSA 4HLAA 5P2RA 7HVPA 1HEFE 5P0TA 2OHQA 3DCKA 2SAMA 3IN4A 5JODA 5KOSA 3TOFA 5IVSA 2F3KA 4RRSA 5P38A 2VIJA 3BC4A 1SBGA 1GVUA 5P7HA 3L58A 1MIQA 3PBZA 4Y4TA 1ZBGA 2BPVA 3N3IA 2XFIA 1A8KA 4ZIPA 5P0YA 4J5JA 5KQXA 2G1YA 5P3WA 2G24A 3L59A 5P5YA 5P8AA 3NU6A 4OBFA 4Y6MA 4YD5A 2OHPA 3S7MA 3APPA 4U8WA 3TOHA 1TCXA 4EJKA 2QI7A 2O4KA 1HVRA 2CENA 3I7EA 1BILA 1QBSA 2AOGA 5P3QA 2VJ6A 1NPWA 2ZJHA 5P1BA 2I4XA 3IAWA 4YCKA 1FQ5A 4R91A 5HU0A 3EL9A 1EBWA 3S2OA 3LIVA 5COOA 4PPHA 4LXAA 2VA5A 3OOZA 5P4QA 5P72A 3MSJA 2AVSA 1HVKA 3LHGA 2QMDA 3QS1A 5P5LA 5P6YA 5P16A 5P5CA 3O9AA 3K4VC 3LZVA 2R9BA 3G72A 5P41A 3VV7A 5APRE 5IE1A 5P4TA 3EKPA 3T11A 5P5ZA 1MSNA 5F01A 1M4HA 2PSUA 5JFUA 4FRJA 5P4AA 3SA6A 4JPEA 2VA7A 5P0PA 4DQGA 2ZHUA 3LPKA 5P39A 4ZLSA 5EZZA 5P19A 3BXRA 5IS4A 3QVIA 4DUSA 1ZLFA 5OZCA 1HEGE 1IDAA 5P2VA 2CEMA 5P57A 3OADB 1FQ4A 5P24A 5OZPA 2AOEA 2F3EA 4APEA 2AIDA 5I70A 1B5FB 6APRE 5P5SA 4YE3A 4TRYA 2QD7A 4Y45A 1W5XA 5P22A 1Z1RA 1MRWA 5P2KA 3SO9A 4DJYA 3D1YA 5I3WA 2B7ZA 5BWYA 5AHAA 1EPRE 1BWAA 2HAHA 5P8JA 4B77A 3S7LA 1F7AA 2V13A 3QBFA 1YX9A 5P7OA 4LBTA 3UDKA 4JPCA 5P7FA 5P1QA 1B6PA 1MRXA 4RRNA 4RVJA 4Y5NA 1EPNE 4GJBA 5DQ4A 4FSLA 3DUYA 3O99A 3L5EA 5OYZA 5P2FA 2ZHRA 5P50A 5P3BA 3IXJA 4E43A 5P4YA 5P10A 1BDLA 5P27A 4OBZA 2RKFA 2WHHA 1E5OE 4H3GA 2WKZA 2CEJA 2O4SA 3QRSA 5P3XA 3OADA 4ZPGA 2IEOA 1B11A 4BFDA 4QGIA 1T6EX 3GGUA 2ZGAA 1B5FA 4PYVA 3RU1A 5ER2E 5P5GA 2ER9E 5OZNA 4F74A 3RVIA 1AJXA 3PWWA 4J0YA 2G1NA 5P2QA 1HPOA 4DJOA 1NSOA 5P6MA 4QJ8A 3CICA 3TL9A 2Z54A 3U71A 4S1GA 1AAQA 1OD1A 3EKYA 4FAFA 3QROA 5AGZA 4CMSA 2BKSA 3O9IA 1QDMA 5P3HA 4NJSA 1HOSA 1LYAB 5P63A 3IXKA 4J1HA 4U7VA 2R43A 4EQ0A 5P2UA 5ENKA 1SDUA 3VV8A 2WF0A 2V10C 4D8CA 4RLDA 5DQ5A 4PEPA 5P45A 5OZ9A 3TPPA 1T3RA 3O9GA 1HPSA 3EKQA 3VF5A 4EQJA 3I8WA 2R5PA 5OZOA 3INHA 5OZ1A 5HE4A 5J25A 1HPXA 3L38A 3BXSA 5P09A 3BUGA 4COEA 3HDKA 5DR7A 3SA5A 2FIVA 3PLDA 3QBHA 1FMBA 5P0LA 3KDDA 1FLHA 1GNMA 5P02A 3D1ZA 5AHBA 5OZ5A 1LF2A 1F34A 4GZFA 5P7LA 3UPJA 5P0CA 3PRSA 5P5IA 3PMYA 5P2IA 1W6IA 1ER8E 5P2BA 5P3VA 3U6AA 5P1FA 3OUBA 1ZPAA 5P59A 1ZAPA 4K4RA 1LYAA 2G22A 5P4GA 3I2LA 5P8DA 1EPLE 4YBFA 1VIKA 5P4EA 5DQCA 5OZYA 5P0KA 3ZKMA 1SH9A 4X2LA 1MESA 4GJ5A 5P5QA 4A6CA 1FMXA 3NUOA 4J17A 3TNEA 3BVAA 2AOFA 5P07A 2O4NA 4Y5GA 3MXDA 5ENMA 5KAOA 2B8LA 1ODYA 5P8HA 2IRZA 5P1IA 3ER5E 3PBDA 1WKRA 4YA8A 1YTIA 2QMPA 2WEDA 3GW5A 5P4SA 1ZSRA 2MIPA 4HA5A 5P78A 3T7QA 4DI2A 4DFGA 3TTPA 2PQZA 1IVQA 3H5BA 1W50A 2IKUA 3K5CA 2AODA 2Q64A 2R3TA 3S43B 4Y3XA 5P65A 4YD4A 2I4VA 3NU9A 1B6MA 5P69A 4RROA 1HTEA 4D85A 5OZ3A 5DPZA 5IVRA 5P2HA 2PK5A 2PK6A 5DR4A 4DQBA 2QD8A 2ZJIA 3GGXA 1SP5A 4Y3GA 3EL4A 4OBGA 9HVPA 3EKXA 2F8GA 3QP0A 1EC3A 2IKOA 4Q1WA 5P77A 2Q5KA 2AOJA 4PHVA 4B00A 1HIVA 5P12A 5P7RA 3PM4A 3LNKA 5P5UA 3OTYA 3OXVA 4QJ7A 5OZBA 3PGIA 1FKNA 5P14A 4Y3QA 3VF3A 1MERA 3ZKSA 5P01A 3UQRA 2I4QA 5P37A 2R38A 4BEKA 3D20A 5P70A 1MVPA 2G1OA 5P53A 3O9CA 2IS0A 4Y50A 1FIVA 5P1JA 1EC0A 2BJUA 4H3IA 1LF3A 4GJ8A 5OZZA 2QU2A 2ZYEA 1XN3A 5P3YA 2I4DA 3S54A 3ZPSA 5P87A 5P4KA 4QJ2A 5P5BA 5P2YA 5P7JA 1B6LA 4FL8A 4Y4UA 3INDA 4RZ1A 4PZXA 3KM4A 5P0OA 4APRE 4Y4DA 3HW1A 1IBQA 5P1CA 5P46A 4YDGA 3TPLA 5P28A 1G2KA 1FFFC 1ODWA 1AXAA 5P26A 5P8MA 5P7QA 2G20A 4ER4E 4L7JA 1TZSA 4HEGA 5P3FA 2G27A 1QRPE 3F9QA 2RSPA 3O9HA 2QCIA 4R5NA 5P2AA 2OHMA 1A8GA 3B7VA 3KA2A 4FCOA 1MT8A 3PSGA 2VIZA 5P7PA 1E81E 1IDBA 5P42A 3ZKXA 1AM5A 3JVWA 4FS4A 2QI0A 1MUIA 1HVLA 4Y4ZA 2NMYA 2FNTA 1AIDA 4J0PA 5P3RA 1MT9A 1W5YA 4Y3EA 3R0YA 3UDNA 4MC2A 4Y51A 3URLA 4HVPA 4DJRA 4F73A 6UPJA 1PROA 3MSKA 1HVHA 5P1KA 4GJAA 1NH0A 2OHNA 4I11A 4RVXA 1C6YA 2QI4A 1QBTA 1HVJA 1HRNA 4I10A 3EMYA 3WZ8A 4D83A 4NJTA 5EZXA 5P74A 4TVHA 3VG1A 3EM6A 2B42A 3DK1A 1W5WA 5P2TA 5P3IA 1FQ7A 5P1YA 2IGYA 3K5DA 2JJIA 3KFRA 1RL8A 5HTZA 3QAAA 1BDQA 3GI4A 3PWRA 5FIVA 4Y4JA 4Y57A 5P7IA 5P8IA 1EPPE 2Q15A 3C9XA 3PLLA 5P0XA 4Y56A 1D4JA 5P2ZA 2P3CA 2FGVA 3DOXA 2FNSA 3QVCA 3WZ7A 3ER3E 1HSIA 3OXWA 5P1UA 3UFNA 1PSAA 4DQFA 5KR8A 3APRE 4IVSA 5P2CA 5P2LA 4Y3MA 5P32A 5P4NA 2JYSA 5P68A 4KB9A 4WTUA 1OHRA 4EXGA 3PCWA 3VEUA 2QZWA 3CKPA 3Q4BA 3KYRA 3O9BA 3EC0A 5P2EA 1YG9A 4B05A 1YTJA 5P1HA 1KJHA 5P2SA 5OZ6A 5DQ1A 4LHHA 1IZIA 4J0ZA 5P1SA 1D4HA 1T7KA 3T7PA 5P8TA 5CONA 3S53A 1E82E 2HC0A 3OQDA 4F75A 3HVGA 1B6JA 1APVE 2QNPA 5OYRA 3RTNA 2ASIA 5P5JA 5HD0A 5P7KA 1TSUA 3SABA 1FF0C 1EBYA 4YD7A 3DJKA 4B1CA 3PB5A 2QI5A 1HPVA 4OBKA 2OAHA 3EL5A 5P5EA 3L5BA 4ACXA 1FQXA 2OHUA 3GI5A 4FGXA 1XL2A 3NWXA 5P18A 2B7FA 1MT7A 4RCDA 5P2JA 3FNSA 4RCFA 3OGPA 2R3WA 2QP8A 4R93A 4ZSMA 5HE7A 5P4WA 3SA8A 1K1UA 3GI6A 2PYNA 5BS4A 4Y5BA 3OUDB 4DJVA 5P7GA 2UXZA 5P7WA 1FEJC 4FM8A 1E80E 1RQ9A 4QLHA 5OZMA 2Q3KA 5OYUA 2FDDA 3KN0A 2UY0A 4H3JA 3PWMA 5P1VA 1DMPA 3URJA 5JG1A 1LYWB 3FNTA 5P73A 3ZL7A 2AZ8A 4ZPEA 5P1XA 3CMSA 3UDMA 4Z22A 4EP2A 3ZMGA 1RPIA 2EWYA 3NU4A 2IGXA 5P6GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7X A;  2FDE A;  4GB2 A;  1G6L A;  1U8G A;  2BB9 A;  5P81 A;  5HU1 A;  3JW2 A;  4OBD A;  5OZK A;  3HD8 A;  3RSX A;  1KJF A;  5P06 A;  5P7V A;  2HM1 A;  3NDW A;  2OHL A;  1BXO A;  2PC0 A;  4Y3R A;  4RYC A;  1HTF A;  5P3J A;  4HDB A;  5P6R A;  2WJO A;  5P1P A;  3VLA A;  4LC7 A;  2PH8 A;  2PSV A;  5P75 A;  3CID A;  5OZ8 A;  4FSE A;  4YCY A;  4OC6 B;  2OF0 A;  4JEC A;  2H6S A;  5OZ4 A;  1M43 A;  2V12 C;  4X7I A;  5P83 A;  2HS1 A;  8HVP A;  2ER7 E;  3MXE A;  2H6T A;  4YD3 A;  4K8S A;  5P6O A;  5OZJ A;  4Y47 A;  5P3L A;  4MC9 A;  4DVF A;  3EKT A;  4EWO A;  1UH8 A;  4Y3Z A;  3FV3 A;  4FM6 A;  3OQ7 A;  2FLE A;  5P3M A;  3K1W A;  1EED P;  3GI0 A;  3EL0 A;  3QI1 A;  1NPV A;  4Y58 A;  5P6I A;  4NPT A;  5P58 A;  5P2N A;  2PMA A;  5P0U A;  5P4I A;  3SKF A;  4Z4X A;  5P8U A;  3G6Z A;  5P6S A;  4Y3D A;  2F3F A;  1K6T A;  3PEP A;  1PFZ A;  3EM4 A;  5C9F A;  3EL1 A;  6FIV A;  5P3C A;  1GKT A;  5P6C A;  2OHS A;  5P6Q A;  5KQZ A;  3S45 A;  5P6B A;  4KE1 A;  4GID A;  2VIY A;  3HZC A;  3R2F A;  4I0H A;  4OC6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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