3RUNA

New strategy to analyze structures of glycopeptide antibiotic-target complexes
Total Genus 60
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
60
sequence length
166
structure length
165
Chain Sequence
MNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYKNAK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/antibiotic
molecule keywords LYSOZYME
publication title A carrier protein strategy yields the structure of dalbavancin.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 60
structure length 165
sequence length 166
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-05-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3runA00
3L2XA 1C6TA 1C64A 3C7YA 1L03A 1L02A 3DMZA 1C62A 4DKLA 1L06A 1L24A 3SBAA 1LI2A 3C8RA 4YXAC 4PK0A 249LA 3HT6A 173LA 119LA 1CU6A 2ANVA 1C61A 118LA 4DJHA 3SN6R 3C8SA 1L04A 216LA 1L65A 1L81A 3LZMA 244LA 130LA 1OVKA 2RB0X 2RBQA 161LA 1G0KA 3SB9A 107LA 2RBNA 122LA 3C7WA 168LA 1C6DA 1PQOA 1L83A 3SBBC 3CDQA 243LA 4I7NA 1LYFA 1L44A 1LGWA 146LA 158LA 2RB1X 1LYDA 1L62A 3HWLA 1ZWNA 254LA 1T8GA 2LZMA 4DAJA 1QTHA 3GUPA 1L75A 1L98A 3DN1A 1L52A 1L42A 4IAPA 1P56A 2O7AA 3DN0A 163LA 1L46A 233LA 198LA 1L56A 1ZURA 1L33A 251LA 2HULA 3NYAA 1PQJA 1DYDA 1QT4A 1L0KA 187LA 109LA 1C67A 1L16A 1P46A 1SWYA 228LA 3SB7A 148LE 211LA 1CU5A 166LA 1C66A 1LWKA 1L57A 258LA 2OE4X 1L43A 2HUMA 7LZMA 259LA 4W55A 147LA 240LA 1L66A 1C6EA 3HTGA 1JTNA 197LA 4YX7C 1QSBA 1LPYA 3HTFA 137LA 248LA 178LA 125LA 1L99A 1QUHA 2F32A 2QB0B 4ARQA 182LA 4EJ4A 219LA 4W56A 1CUQA 1L47A 4LDOA 127LA 104LA 1P3NA 170LA 150LA 1JQUA 246LA 1DYFA 192LA 3K2RA 1G1WA 191LA 1L82A 1L94A 3D4SA 1QT8A 1L00A 2B6ZA 2B6TA 2RB2X 169LA 4I7JA 1CU3A 1QSQA 210LA 195LA 1C6AA 1T8FA 2Z6BA 1QUDA 1L96A 1L69A 1QTBA 1SWZA 1T97A 4ARQB 6LZMA 1QTDA 1L59A 1L54A 2B6WA 1D3MA 3DMVA 1L29A 1L87A 2NTGA 1P5CA 3GUKA 4I7SA 1LWGA 1LYIA 1LI6A 3HU8A 4I7MA 3V2WA 1L71A 1D2YA 4LDEA 1CV3A 220LA 4EKQA 223LA 1L23A 2O79A 3EMLA 260LA 3CDRA 4W57A 257LA 3GUMA 1G06A 2OU0X 4ZPUA 3DN2A 1QTZA 252LA 1KW5A 131LA 1L67A 1L91A 3GUNA 2B6XA 1L21A 3G3WA 1L72A 2LCBA 3C81A 3CDTA 4ARMA 1L55A 1QT5A 1K28A 129LA 1L85A 1L38A 1L80A 1L0JA 1L36A 1C6GA 1P37A 2B75A 1L13A 1L10A 1L64A 1KY0A 2RH1A 1P2RA 2OU9A 183LA 3DN3A 209LA 2ANXA 3SB5A 4ARJA 1L05A 1L58A 4E97A 1PQIA 1LGUA 3RUNA 241LA 1L61A 1L74A 174LA 1L97A 1QS5A 3DNAA 2Q9EA 1QT7A 1P7SA 1C6KA 3DN8A 4GRVA 1G1VA 1L22A 1L70A 2QARC 255LA 4I7OA 138LA 1LYGA 1L27A 4W54A 1L45A 1PQKA 188LA 206LA 2Q9DA 1C6PA 2LC9A 238LA 239LA 143LA 1L31A 2OE7X 157LA 1D2WA 1L88A 180LA 1C6CA 1CV5A 1CV4A 3SB6A 3C83A 1LGXA 3HH6A 115LA 1C6QA 221LA 1CVKA 3OE6A 215LA 1DYGA 3DKEX 1LLHA 3CDOA 4W59A 3HUQA 2B74A 1L92A 3HUAA 2OEAX 234LA 1OV7A 4W53A 2OTZX 1DYAA 1C6JA 1T6HA 4EXMA 3QAKA 1C6MA 167LA 3GULA 1L19A 4OO9A 231LA 242LA 1DYBA 103LA 1L76A 3PBLA 142LA 141LA 236LA 3HT8A 1L28A 4I7RA 1D3NA 120LA 261LA 159LA 111LA 222LA 1L11A 1L93A 250LA 230LA 2A4TA 1OWYA 181LA 1D9WA 1G0MA 145LA 1G0QA 2O4WA 1C65A 1CV1A 3C80A 3G3XA 1L48A 1P2LA 114LA 4I7TA 217LA 2F47A 3DN4A 4I7PA 4ARPA 3DN6A 1XEPA 2F2QA 1D3JA 1L79A 1L15A 1SX2A 151LA 1C6FA 4EKPA 3UONA 199LA 3L64A 1QTCA 185LA 1SSYA 2OTYX 3C8QA 164LA 1C6NA 1DYEA 4PJZA 186LA 3FI5A 1D3FA 1L32A 247LA 3HDFA 1C63A 1L50A 3F8VA 4GBRB 1L63A 1G07A 235LA 3CDVA 3GUOA 1L68A 4W58A 1TLAA 227LA 3HUKA 1T8AA 1PQDA 3NY8A 225LA 4S0WA 1P6YA 4W52A 3VW7A 3FADA 1DYCA 4W51A 171LA 1EPYA 162LA 1LW9A 4K5YA 1P36A 256LA 1JTMA 1L20A 1L35A 3HH4A 1L34A 4EKRA 1SSWA 3GUIA 4EKSA 1L40A 3HH3A 189LA 175LA 177LA 123LA 1L41A 2OU8A 2B7XA 1L84A 1L95A 1L30A 1L89A 1L49A 140LA 102LA 232LA 3HDEA 2IGCA 4YXCA 2CUUA 1L07A 172LA 2RBOA 196LA 139LA 2HUKA 2NTHA 1CV6A 1L51A 1CU2A 1C6BA 1XJTA 1B6IA 1I6SA 112LA 262LA 2B72A 229LA 4ARMB 1C68A 2RBPA 1XJUA 144LA 3C7ZA 3F9LA 205LA 1L77A 110LA 1CV0A 1OVJA 128LA 149LA 2RBRA 4LDLA 108LA 1C6HA 1L14A 1NHBA 226LA 218LA 2RAZX 2RAYX 3OE0A 1WTHA 200LA 212LA 113LA 4EPFA 1L37A 4I7QA 165LA 1L53A 224LA 1L09A 1LYJA 1QT6A 3HT9A 126LA 3FA0A 3DMXA 184LA 3RZEA 1G0JA 3HTBA 1C6IA 3G3VA 1L90A 1OWZA 2OE9X 3HU9A 1CUPA 1LYHA 245LA 3ODUA 1KS3A 2B73A 1CU0A 1L60A 1L26A 3OE9A 1L01A 1LI3A 4I7KA 3HT7A 213LA 176LA 4EPIA 1OVHA 3HTDA 3GUJA 4ARLA 156LA 201LA 1SX7A 1C6LA 1ZYTA 2B6YA 1L39A 1LYEA 3SB8A 4AQNA 1KW7A 2L78A 1QUOA 190LA 1G0PA 155LA 4LZMA 1L08A 3C82A 3NY9A 160LA 1C60A 3OE8A 1L73A 1L18A 4I7LA 1C69A 1L25A 1OYUA 1CX6A 1CX7A 5LZMA 1PQMA 1QTVA 1KNIA 253LA 237LA 3V2YA 1L12A 1CTWA 3JR6A 1L17A 1L86A 214LA 1G0GA 2B70A 3HH5A 1KY1A 1P64A 1QT3A 3PDSA 1QUGA 1OV5A 1QS9A 2RBSA 1G0LA 5I14A 152LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LMTA 2DBTA 5F9UA 3ZVQA 1C10A 1BB4A 3DMZA 1Z55A 1L24A 1UA6Y 4YXAC 3P4ZA 1YILA 3KAMA 3N9AA 1LYYA 2ZIJA 1D6PA 2HECA 1FDLY 1C61A 1OUIA 4DDBA 1L04A 1QTEA 1VDQA 4A7DA 2ZQ3A 1HERA 161LA 3SB9A 4AGAA 4NHIA 4LGKA 4OOTA 168LA 1PQOA 2G4QA 3CDQA 1FLQA 1IY4A 3WMKA 3RNXA 3EXDA 2LYMA 146LA 1GB0A 1LZ1A 3VWOA 2RB1X 4XJIA 1T8GA 4XN6A 2BQJA 4CFOA 4IJ4A 4W96A 1L42A 1YKXX 1P56A 2BQOA 1V7SA 4QEQA 2LHMA 4J1BA 1GE1A 1L0KA 3CSZA 3B0OA 1LZCA 3WL2A 5HQ1A 3M3UA 148LE 4ET8A 4ML7A 1L43A 5LAGA 2HUMA 4C3WA 1XGQC 259LA 4H9CA 1C6EA 4WMGA 2VB1A 1JTNA 4QDNA 1JITA 2Q0MX 178LA 2ZWBA 1LMQA 2F32A 1BHZA 1EL1A 4XJHA 4EJ4A 1WQRA 5KXTA 1L47A 1DXJA 2Z12A 104LA 1P3NA 5KXPA 1GBOA 5HMVA 1IP4A 1LSFA 4NGIA 1JPOA 191LA 3AYQA 4NGWA 1QT8A 2B6ZA 3TMUA 4D9ZA 1CU3A 1QSQA 1VEDA 210LA 1C6AA 4XYYA 1NF5A 1L69A 1L96A 1TAYA 4PHIA 1ZVYB 5KXYA 2B6WA 3DMVA 1L29A 5B1GA 1HFZA 3GUKA 2D4IA 2G4PA 4TWSA 5HNCA 3V2WA 1D2YA 4HJYA 4LDEA 4RW1A 2MEGA 1NWGA 220LA 3CDRA 4ZPUA 1XGPC 1G06A 1QTZA 4G9SA 4HTKA 1L91A 3ATOA 4H9EA 1KIRC 1UIAA 1L72A 1QT5A 3A3RX 4TSBA 3N9EA 1L80A 5KXKA 1L0JA 2HU3A 4YENA 1L10A 1B7SA 2CWIA 3A95A 2RH1A 3TMVA 3F6ZA 1P2RA 3W6EA 1L05A 4E97A 1PQIA 3OJPA 1QT7A 3DN8A 1G1VA 1I56A 1GFHA 1BWIA 4W54A 188LA 2Q9DA 1C6PA 1HFXA 239LA 1YL1X 1XGTC 1CKFA 1CJ6A 2FYDA 1LZEA 1LMOA 4PPOA 2YBJA 3SB6A 1HFYA 2HU1A 3EBAB 2MECA 215LA 4LYZA 3HUQA 4BAPA 3RZ4A 2B74A 3HUAA 4IASA 3TXFA 4NHPA 2YBIA 1GB3A 3RW8A 3QAKA 3GULA 3W6CA 3WXUA 5I54A 242LA 1BWJA 142LA 1YKZX 236LA 120LA 111LA 222LA 4NG8A 1GFRA 4N1CC 1UIBA 1G0MA 2O4WA 3C80A 1LSBA 1SQ2L 3G3XA 2W1LA 1HELA 3DN4A 4I7PA 3LHMA 3DN6A 1LMNA 4J7VA 1L79A 2EPEA 4DD2A 4WLYA 5LYZA 5E9RA 1WVUA 1REXA 2HEAA 1SSYA 2OTYX 4PJZA 186LA 2DQFC 2HEFA 1B0DA 4CHXA 4Z41A 247LA 5LIOA 1L50A 1G07A 4RDSA 1LZ4A 4W58A 1OUEA 1T3PA 1T8AA 1PQDA 1GDWA 4B4EA 1LZYA 4DDCA 162LA 1P36A 1B2KA 5LYMA 1JTMA 3HH4A 1NBZC 2H9KA 3TXGA 4OWCA 1HNLA 2W1MA 177LA 123LA 1LJFA 1L84A 1GFUA 1L30A 1L95A 1L89A 1YROA 102LA 4WM5A 1CV6A 1L51A 2AUBA 1IWVA 112LA 1CKGA 3TXKA 2B72A 4ARMB 1GB7A 1LJNA 5KKIA 1UICA 144LA 2HEDA 1AM7A 1L77A 4EMNA 1XGUC 4LDLA 108LA 1L14A 1NHBA 1GF4A 200LA 4OWAA 3W3EA 4EPFA 1NQIA 4I7QA 5IELA 1GFVA 224LA 1QT6A 3HT9A 3AZ5A 3A92A 1LZRA 1L90A 1RE2A 4B4JA 1LYHA 1IC4Y 4NEBA 1REMA 1L26A 4TSCA 1BQLY 1HEMA 1LI3A 2YBNA 3HT7A 213LA 1F6RA 3J6KA 1RI8B 1JKAA 3GUJA 1AT6A 3AGHA 7LYZA 3A67Y 1GB9A 1DPWA 3SB8A 4RLMA 1DKKA 4AQNA 2BQKA 2YSSC 2L78A 5DN5A 5A3ZA 4J1AA 1L08A 3C82A 160LA 4FJRA 1L18A 1B5WA 2Z2EA 4I7LA 1CX6A 1PQMA 1CNSA 1LSPA 237LA 214LA 1G0GA 2B70A 4NG1A 2H5ZA 2RBSA 1B7NA 1JISA 5F14A 1C6TA 3C7YA 2YBMA 1D0MA 4GCDA 5I4WA 5LVIA 1L02A 5IDDA 5I5QA 5F81A 4TX7A 4ETEA 2BLYA 4NGZA 1HEWA 1LZ8A 5C6LA 4DYGA 4DJHA 4DQ5A 1PS5A 3SN6R 1B7LA 1GD6A 4H1PA 4XJDA 1L81A 3ZVQB 130LA 1OVKA 4GN4A 4ZEEA 2RBQA 1LSCA 1G0KA 2MEDA 4NGLA 5ILCA 1JEFA 3B0IA 4WM1A 5APDA 122LA 1L83A 4DD9A 6LYZA 4I7NA 1L44A 1B7RA 1LGWA 3WW5A 3WU9A 4DT3A 1LYDA 1GB6A 5HNLA 1ZWNA 2LZMA 5LVGA 4DAJA 1UBZA 1L98A 2BQIA 4E3UA 1IP3A 1KXXA 4LYOA 3DN0A 198LA 1L33A 2ZIKA 3NYAA 1PQJA 2BPUA 1WTNA 4EOFA 187LA 1L16A 1P46A 4YOPA 4KXIA 211LA 1CU5A 166LA 2FBDA 4ZIXA 258LA 3TXEA 197LA 4LYCA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LMT A;  2DBT A;  5F9U A;  3ZVQ A;  1C10 A;  1BB4 A;  3DMZ A;  1Z55 A;  1L24 A;  1UA6 Y;  4YXA C;  3P4Z A;  1YIL A;  3KAM A;  3N9A A;  1LYY A;  2ZIJ A;  1D6P A;  2HEC A;  1FDL Y;  1C61 A;  1OUI A;  4DDB A;  1L04 A;  1QTE A;  1VDQ A;  4A7D A;  2ZQ3 A;  1HER A;  161L A;  3SB9 A;  4AGA A;  4NHI A;  4LGK A;  4OOT A;  168L A;  1PQO A;  2G4Q A;  3CDQ A;  1FLQ A;  1IY4 A;  3WMK A;  3RNX A;  3EXD A;  2LYM A;  146L A;  1GB0 A;  1LZ1 A;  3VWO A;  2RB1 X;  4XJI A;  1T8G A;  4XN6 A;  2BQJ A;  4CFO A;  4IJ4 A;  4W96 A;  1L42 A;  1YKX X;  1P56 A;  2BQO A;  1V7S A;  4QEQ A;  2LHM A;  4J1B A;  1GE1 A;  1L0K A;  3CSZ A;  3B0O A;  1LZC A;  3WL2 A;  5HQ1 A;  3M3U A;  148L E;  4ET8 A;  4ML7 A;  1L43 A;  5LAG A;  2HUM A;  4C3W A;  1XGQ C;  259L A;  4H9C A;  1C6E A;  4WMG A;  2VB1 A;  1JTN A;  4QDN A;  1JIT A;  2Q0M X;  178L A;  2ZWB A;  1LMQ A;  2F32 A;  1BHZ A;  1EL1 A;  4XJH A;  4EJ4 A;  1WQR A;  5KXT A;  1L47 A;  1DXJ A;  2Z12 A;  104L A;  1P3N A;  5KXP A;  1GBO A;  5HMV A;  1IP4 A;  1LSF A;  4NGI A;  1JPO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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