3RVCA

Effector domain of ns1 from influenza a/pr/8/34 containing a w187a mutation
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
118
structure length
118
Chain Sequence
b'ASRYLTDMTLEEMSRDWSMLIPKQKVAGPLCIRMDQAIMDKNIILKANFSVIFDRLETLILLRAFTEEGAIVGEISPLPSLPGHTAEDVKNAVGVLIGGLEANDNTVRVSETLQRFAW'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Conservation of a crystallographic interface suggests a role for beta-sheet augmentation in influenza virus NS1 multifunctionality.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Non-structural protein 1
source organism Influenza a virus
molecule tags Protein binding
total genus 32
structure length 118
sequence length 118
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-06
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.30.420.330 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3rvcA00
3L4QA 3RVCA 3D6RA 3O9RA 3P39A 3O9UA 3P31A 3O9SA 3EE8A 2KKZA 3EE9A 4OPAA 3KWIA 3F5TA 3O9TA 3O9QA 2RHKA 3KWGA 4OPHA 2GX9A 3OA9A 3M5RA 3P38A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1HJOA 1V4SA 1DT9A 3S3MA 2UXBK 4Z4HA 3PO4A 5AQVA 5KRSA 3QFUA 2F8TA 4CEDA 5K14A 4DUYK 1UA1A 4CHNA 2P5GA 1CZ9A 5KRTA 3ZCMA 2HHHK 3UB5A 5J2MA 2E1YA 4DR5K 3O9QA 5C10A 3WXIA 4KFBA 3AO2A 4A2BA 4DTMA 3A0IX 3AO1A 3HYFA 1NK7A 5EVZA 1E4GT 1S1WA 2YNGA 1VRTA 5SZTA 3HI0A 4N47A 2XHBA 1CZAN 2YX6A 4G1QA 5GAGP 3VF6A 4DF4A 4JEPA 4LFCK 4OGEA 5GIOA 1VQ6N 4M3ZA 4DG1A 1ASUA 3SV3A 1LCUA 2E1ZA 2GV9A 2HBMA 1ATRA 4DB3A 3TANA 1NGFA 2FC0A 2ZJPL 4BVOA 2NRZA 2W6KA 3ZEUA 4KHWA 3TTDA 4FOEA 1QVFM 3L4IA 2YJEA 3N4PA 4H0VB 2KKZA 1N8RO 1B92A 3J7AP 4YOYA 4PQUA 2P9KB 1CLQA 3K5MA 4UY8O 2FBXA 1TKTA 4JI4K 4BACA 1XUPO 4CJPA 4M42A 2P9SA 1J5OA 1NGCA 4XH1A 3WNEA 4QCLA 3BY5A 2P51A 4ISEA 1SV5A 3CIPA 3G4SN 4BRAA 4FW2A 3JXUA 3Q7CA 4WFNL 5BPLA 3LAKA 4CJ7A 1R0AA 2J4RA 4BY9C 3GBTA 3LZIA 1DKGD 4PY5A 2P9IB 1NG9A 2G8FA 4K42A 5DM6L 5AFUH 4NB4A 1JKHA 4IO8A 4O4GA 5T7BA 4GV9A 3TAGA 1BGXT 4H0OA 4IDKA 5CZ1A 3VA0A 4DQQA 1BISA 4DTRA 5TKYA 3DAWA 3DYAA 4JHDA 4CJ4A 3GL1A 4BR9A 4H5WA 4IEEA 1BUPA 1D5AA 3H6EA 1SL2A 2KLAA 4K25A 2VQEK 4IOAL 2VGMA 1X9JA 4H5NA 4GV6A 4Z0UA 3T3FA 4X66K 1RT1A 3SQ1A 2PY5A 1TAUA 3SLCA 4LD0A 3WXLA 3GOIA 4I6MA 2O8DA 1W0HA 4CBUA 3THVA 4I9QA 4DQSA 3DJCA 4FSVA 4HVJA 3DRPA 4BE1A 3ZT1A 1CZBA 5C2DA 1TUYA 3NGIA 4FWMA 3QINA 4U67L 4LF9K 3V9UA 4KPYA 2IS3A 2E6MA 5BRHA 4CK2A 3QDKA 3QEWA 2ZJQL 1VQKN 3W3DA 4N76A 3QB0A 4DQIA 4JKDA 3CCRN 3JS6A 1C1BA 1HR0K 4GNIA 4GKKK 5CZ2A 2HHTA 3O9UA 1X9MA 3CC7N 4FJNA 3CJ9A 3K9JA 4YDUC 3CETA 3D45A 1RCHA 1EWQA 4KTWA 3O3GA 3OBYA 2HVHA 4GMJB 4AM6A 1JCEA 4Q0BA 1C6VA 3S9HA 5AQNA 4CZEA 3CERA 5C42A 3RMBA 3RRHA 3C6AA 4KRFA 2X6SA 1EP4A 5BREA 3OJUA 1XNQK 4FK2A 1ZBIA 3L3UA 3QO9A 3PSFA 3SUOA 1KAYA 4CHOA 1XWLA 1BQNA 2NLXA 5I9EB 1G15A 3EZ5A 4PUOA 2A6AA 1O1WA 4EHUA 3ZETB 4B3TK 3KZBA 1L3TA 1TYQB 3A2FA 1U47A 3HVRA 4CEEA 1LV5A 1A5WA 3LM2A 3QEPA 3B6PA 1T6DA 1L3UA 4BRKA 2YNFA 5I3UA 1NK9A 1L5UA 3KD5E 3O8MA 2YNIA 1EX4A 2FLOA 4IEIA 1RGIA 4BC5A 4FZYA 3A5MC 1Y64A 3L6QA 3HBTA 1HNZK 3ALYA 3ZT2A 2O4IA 3QBWA 4BROA 3IDHA 2KFZA 1JLFA 3KLFA 2W6LA 5HRSA 3SCXA 3ZT3A 1JL1A 3TAMA 5FPEA 4OX9K 1NKCA 4AHRA 3F73A 3ID6A 4CJRA 4GW6A 4HTLA 3NHGA 4AILC 3CCMN 3O1BA 2F96A 5FDLA 4EZ6A 3SJJA 1UOCA 1D9FA 4KHSA 4FW1A 4DR1K 4FWKA 5LL6Z 4Z94A 3T1YK 3HOSA 4O8KA 2HF4A 4IG3A 3A5LC 1VQ4N 2RE2A 3VTIA 3C7NB 3IRXA 4B9VA 3HM8A 1C0UA 1J53A 5E41A 1WBBA 3FZHA 3TPQA 4AF1A 3FLCO 5JVHL 5C0YA 1D4XA 3O08A 4DHYA 4CZHA 2P9UA 3FZLA 5ADXA 2B6AA 5F2RA 2AJQA 2VG5A 4CK1A 1WUAA 2Z1IA 1W2BM 1RBVA 1D9DA 1K9MO 3P1GA 3ZLJA 4ID5A 4FLXA 3AVGA 4ILGB 4CJEA 2E2OA 2FSKA 3QEVA 4CD3A 1QHTA 5JLHA 2WC9A 1A5XA 4N56A 3L2WA 3TR8A 3O9TA 4MDBA 3V4IA 3WXKA 1EETA 1W7AA 1IBLK 2G8VA 2GELA 3L2UA 4B9TA 1VSLA 1ASWA 1TUUA 2YNHA 1M1KO 3L2RA 2E2PA 3DOLA 4BG8A 3MWTA 3ZSOA 3QETA 3ZX0A 4FK0A 4DV6K 3AVMA 3CCEN 4YOXA 1TVRA 3CYMA 2OYQA 3PX0A 1H1VA 1YHQN 3VN5A 1RT2A 2H3GX 3MCPA 4NCBA 3PV8A 1Y97A 5HBMA 4DLGA 1Z25A 2D0BA 3C0BA 1Q9XA 3VEYA 3NH0A 3N4QA 2ATQA 3EZWA 3CPWM 5BN9A 3B6OA 4HCBA 2FSNA 4A61A 4JRQA 4V19S 1WNSA 4MO4A 1GLLO 1EO1A 5CY4A 1RT4A 4IDHA 1T3VA 4C1NI 3CM6A 5GINA 3W0LA 3LWMA 3KWGA 2ETJA 4OPHA 2GX9A 3U8XA 3AO4A 5FPNA 1GLAG 2ASOA 1QQNA 1YF5L 3E9OA 2KZMA 1ZBUA 4E7HA 3LALA 2EX3A 1HJRA 3CHWA 4RW6A 3G0ZA 3I8DA 4KHPK 1VHXA 5KPTA 5AQXA 1K8KA 4M3RA 2QTDA 4CJTA 1YTUA 3L0QA 4DWIA 4CEAA 3KK1A 5HROA 3PUFA 1JXBA 3OYHA 1FW6A 4PKIA 3ENBA 2FF3B 1T03A 2KTQA 4QS7A 3D6RA 4U7BA 3K59A 4FLTA 4JI0K 4HUFA 4JI6K 3D2FB 3RSEA 4CGJA 3HL8A 1EXQA 3NH2A 5GAHP 1S6PA 4BQLA 3HT3A 3S3OA 1ZC6A 3EY1A 1KVBA 4E7JA 1YUWA 1T7PA 2UUCK 1ILYA 4H0XB 2D0AA 4CJUA 4CGIA 4O5FA 3QNOA 3RSEB 4NYFA 1BCMA 1RBUA 4ILJA 4C8OA 4F3TA 2O8CB 2Y1JA 1ZYQA 3SI6A 3F9MA 1QHAA 2D1KA 4JAXA 4B3OA 3ID8A 2NNWA 1U2VA 1K6YA 3TARA 4NYNA 1U45A 5ELZA 1RT6A 4E89A 3G71N 4H5VA 1HNWK 4PHTX 3PX6A 3ZT0A 1RBTA 2FXUA 4ZTFA 4DV5K 1YI2N 4CFDA 4DFMA 2PFUA 2ZF5O 1IJJA 1X3NA 1S3XA 4IO9L 3J7YP 3SMSA 3TSUA 1Q81O 4DU3A 4KTQA 5MLCQ 3D2EB 4FWQA 4EHTA 1SKRA 4BRQA 4FM0A 3I0RA 4BRMA 4RW7A 3ASMA 2IVPA 2BUPA 3HO1A 4CE9A 4F8RA 4JD2A 4LF5K 3LP1A 1JLEA 1SS6A 4DFJA 1VQ8N 1F21A 2XRIA 4FYDA 1WSGA 3AVHA 4DFPA 1D8YA 4DR6K 4CJQA 1DTTA 1MU2A 4JI5K 1BU6O 1HKBA 3HJFA 4NCGA 1BA0A 4F2SA 2IIRA 1MA9B 1E3MA 2YI1A 2G8KA 5C15A 3LDOA 4DSLA 1BIZA 1T8EA 4O5BA 2FBTA 2E20A 3AVLA 3DXMB 4Y1DA 2BE2A 4DR4K 4DR2K 1RDUA 4CJSA 1LW0A 1MWKA 3HXMA 4E3SA 4K41A 1Z26A 1NBWA 4R79A 5AJ3K 2F4VK 1NM1A 1YAGA 2HOEA 4CJLA 5CR4A 2Q0RA 1Q7YO 3BZCA 4C8NA 3G10A 4JK8A 2Z1GA 4K8ZA 1HYSA 3IFRA 3A5OC 4LY7A 2F7TA 4KHYA 1FKOA 4B8AB 4B9QA 3SYZA 4JKCA 1BCOA 4CHYA 1FK9A 5AZIB 3CC4N 1FKPA 2DFHA 4GVMA 4CF1A 2CGKA 5DK5A 1N33K 3ZT4A 3UKUB 4OGCA 3HZ6A 4IFVA 3CMAN 3TSPA 4B9MA 2PYLA 1NGJA 1HQEA 5F0XA 4O0IA 4BR4A 3SBGA 2WBNA 2UXCK 1ESVA 1JLGA 2D4WA 2I7PA 2IAJA 5DM7L 3HM9A 2DTUA 5AQZA 2QXFA 5FRNA 4A5BA 1OVYA 1OH6A 1NJIO 2ZD1A 1UA0A 4DSEA 4JKGB 1QTMA 4E7IA 3OYCA 1QQOA 1SZ2A 4FJHA 1S9EA 3BF1A 4BC4A 4QS9A 1NK6A 1ITGA 2Q0UA 3L4QA 3QNNA 4C8LA 3CFRA 1NGAA 1WSEA 4C1NK 5E26A 3M3ZA 1WB9A 4GKJK 4DS5A 1LWEA 1RILA 4FVMA 2VQFK 2P9LB 4IWVA 4B9SA 4IG0A 2XY5A 3K0SA 3KK3A 4F2RA 3TWHA 2Q1NA 3F5TA 1UAXA 5BR8K 1R59O 2X6NA 4H8KA 4FWSA 3K5LA 3VEZA 1JCGA 2P9KA 1KSPA 3IAYA 3DM2A 3H3OB 3MXIA 3MN6A 5AQWA 4LF4K 4YOWA 3VQEA 4H4OA 1BOTO 4RW4A 4BG9A 3MDQA 1IKWA 3EO3A 4MDAA 4PL8A 1RDAA 3THYB 3ZSWA 3SNNA 1Z05A 4JKHA 1VAZA 3VENA 1VK0A 2HNYA 1ATNA 4JLHA 3M1FA 2OPSA 2Q97A 1BI4A 3T7ZA 3L2VA 3EN9A 4BRIA 2P9IA 4B8CA 1HPZA 4E7LA 5AQPA 4YHHK 1U48A 4IBNA 4B1YB 1A5VA 4FL9A 3FR0A 4JKBA 1HUXA 2PAVA 5J2PA 2G8HA 2GEMA 5CYMA 1S1XA 1KCFA 1NGEA 2YHXA 3WUHA 1BI4B 1WBDA 4H4MA 2Q2RA 3V9ZA 2Q3SA 4DS4A 3T69A 1X1PA 1KLMA 3VF2A 4OPKA 3V1RA 4MFBA 5KQ8A 1E4FT 2QWMA 4W5QA 2O8FB 3G6EN 3RVCA 2E6LA 4HUGA 3TAQA 1QSYA 3THXA 2A41A 3DLLL 3C6HA 5EX5A 2VWBA 3CF5L 3VQ6A 3KJVA 1NJYA 5EY4A 4AH9A 3P31A 5BN8A 4CJ5A 5CHIA 1QZ6A 4Z4CA 3HPOA 1RTIA 3AAQA 1HYZA 2PBDA 2QKKA 1L3SA 4IKFA 3CCJN 3THXB 5D3GA 3TSQA 5GADP 2P9NA 3SPZA 3OS2A 4DSJA 4KKOA 2NRHA 1OH8A 2E88A 3FFIA 1RNHA 2XY8A 1RDDA 4Y0WA 3OYBA 3E9PA 3AVNA 5IWAK 4Z4EA 3QERA 4ISGA 3CCQN 1KTQA 2P9NB 3I55N 3WEEB 2CGLA 4FWOA 4H5TA 4IFYA 4CEOA 4X64K 3CXCM 3TI0A 4FXDA 3VESA 3DWLA 3NH1A 1O13A 4XH4A 1SUQA 1BQMA 1SKSA 4E1NA 1IBMK 4CZIA 5LY3A 2XO7A 3O3HA 4L3QA 2IOCA 2HHQA 1VSDA 3VF4A 2UUBK 1XMQK 4CFCA 3KLIA 4DR7K 4KHNA 3ULEB 3SAGA 2OZMA 2O4GA 2Q31A 1LW2A 2RKIA 2VG7A 4B3RK 3ZETA 4FJ8A 1GLEG 2W42A 1TYQA 1XNRK 4DTSA 4GVEA 1KXPA 4BR5A 3VQAA 3AAPA 3PIPL 4N41A 1FXXA 3TTCA 3KLEA 5AQJA 2ITGA 2HBLA 3VETA 2F9TA 1U49A 5AQSA 3OYJA 5AQHA 4X65K 2G8UA 3IUCA 1HNIA 2QWLA 4KI6A 3VQ4A 4CEZA 1RT5A 3SPYA 3OHRA 5TKWA 5JMVA 3U3YA 3AVFA 3KWIA 1NK0A 5FPMA 1REVA 1TKZA 1VSEA 1CXUA 3CPEA 1G99A 2RF2A 4BE2A 2CGJA 3H3NO 4CIFA 4FZZA 3UKRB 4BRHA 2AP1A 1JLCA 1KVAA 2EHGA 4FLZA 3ISNC 1QS4A 3CFPA 2HHWA 3QIOA 2O8EB 3M8QA 3E1YA 3RMDA 2YHBA 3QMLA 1N32K 1NNEA 3MN9A 2NUBA 1RTHA 1TK0A 3K57A 3CMEN 3NDKA 3IMXA 4BGBA 1GLBG 3C7NA 4RWTA 1J9AA 1JLQA 3VQQA 2X74A 4B1WB 2ZGZA 1NMNA 4AHTA 3V6DA 3VQ7A 4JKFA 4HHTA 4FJKA 4IXCA 4IOCL 3F2KA 4DSKA 5HOOA 4PKHA 4YOVA 4ELVA 2YKMA 5M1PA 3BDPA 1JXEA 2GTDA 3KKSA 4JI2K 4DUZK 1VQON 4DU1A 3LDPA 3TTFA 3MEDA 2XY6A 4K0KK 3FZMA 3MN5A 3MCAB 3TAFA 2P9PA 4CEFA 3OYDA 3P83D 1XI1A 4LFBK 2WOMA 2ASPA 3OYMA 4E0DA 3JSMA 2OZSA 3SQ4A 4GV3A 3K5NA 4B08A 4CZKA 4EIAA 2WONA 4LSNA 2P9PB 3DMJA 3JYTA 5KQDA 4LF7K 3RWUA 4CHPA 2A42A 3EYZA 5H1SQ 1DLOA 4DV0K 1Z6RA 2ZGYA 3SAHA 3V9SA 5F1XA 2Q36A 2Z1JA 3OYAA 1BIUA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L4Q A;  3RVC A;  3D6R A;  3O9R A;  3P39 A;  3O9U A;  3P31 A;  3O9S A;  3EE8 A;  2KKZ A;  3EE9 A;  4OPA A;  3KWI A;  3F5T A;  3O9T A;  3O9Q A;  2RHK A;  3KWG A;  4OPH A;  2GX9 A;  3OA9 A;  3M5R A;  3P38 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1HJO A;  1V4S A;  1DT9 A;  3S3M A;  2UXB K;  4Z4H A;  3PO4 A;  5AQV A;  5KRS A;  3QFU A;  2F8T A;  4CED A;  5K14 A;  4DUY K;  1UA1 A;  4CHN A;  2P5G A;  1CZ9 A;  5KRT A;  3ZCM A;  2HHH K;  3UB5 A;  5J2M A;  2E1Y A;  4DR5 K;  3O9Q A;  5C10 A;  3WXI A;  4KFB A;  3AO2 A;  4A2B A;  4DTM A;  3A0I X;  3AO1 A;  3HYF A;  1NK7 A;  5EVZ A;  1E4G T;  1S1W A;  2YNG A;  1VRT A;  5SZT A;  3HI0 A;  4N47 A;  2XHB A;  1CZA N;  2YX6 A;  4G1Q A;  5GAG P;  3VF6 A;  4DF4 A;  4JEP A;  4LFC K;  4OGE A;  5GIO A;  1VQ6 N;  4M3Z A;  4DG1 A;  1ASU A;  3SV3 A;  1LCU A;  2E1Z A;  2GV9 A;  2HBM A;  1ATR A;  4DB3 A;  3TAN A;  1NGF A;  2FC0 A;  2ZJP L;  4BVO A;  2NRZ A;  2W6K A;  3ZEU A;  4KHW A;  3TTD A;  4FOE A;  1QVF M;  3L4I A;  2YJE A;  3N4P A;  4H0V B;  2KKZ A;  1N8R O;  1B92 A;  3J7A P;  4YOY A;  4PQU A;  2P9K B;  1CLQ A;  3K5M A;  4UY8 O;  2FBX A;  1TKT A;  4JI4 K;  4BAC A;  1XUP O;  4CJP A;  4M42 A;  2P9S A;  1J5O A;  1NGC A;  4XH1 A;  3WNE A;  4QCL A;  3BY5 A;  2P51 A;  4ISE A;  1SV5 A;  3CIP A;  3G4S N;  4BRA A; 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 1X9M A;  3CC7 N;  4FJN A;  3CJ9 A;  3K9J A;  4YDU C;  3CET A;  3D45 A;  1RCH A;  1EWQ A;  4KTW A;  3O3G A;  3OBY A;  2HVH A;  4GMJ B;  4AM6 A;  1JCE A;  4Q0B A;  1C6V A;  3S9H A;  5AQN A;  4CZE A;  3CER A;  5C42 A;  3RMB A;  3RRH A;  3C6A A;  4KRF A;  2X6S A;  1EP4 A;  5BRE A;  3OJU A;  1XNQ K;  4FK2 A;  1ZBI A;  3L3U A;  3QO9 A;  3PSF A;  3SUO A;  1KAY A;  4CHO A;  1XWL A;  1BQN A;  2NLX A;  5I9E B;  1G15 A;  3EZ5 A;  4PUO A;  2A6A A;  1O1W A;  4EHU A;  3ZET B;  4B3T K;  3KZB A;  1L3T A;  1TYQ B;  3A2F A;  1U47 A;  3HVR A;  4CEE A;  1LV5 A;  1A5W A;  3LM2 A;  3QEP A;  3B6P A;  1T6D A;  1L3U A;  4BRK A;  2YNF A;  5I3U A;  1NK9 A;  1L5U A;  3KD5 E;  3O8M A;  2YNI A;  1EX4 A;  2FLO A;  4IEI A;  1RGI A;  4BC5 A;  4FZY A;  3A5M C;  1Y64 A;  3L6Q A;  3HBT A;  1HNZ K;  3ALY A;  3ZT2 A;  2O4I A;  3QBW A;  4BRO A;  3IDH A;  2KFZ A;  1JLF A;  3KLF A;  2W6L A;  5HRS A;  3SCX A;  3ZT3 A;  1JL1 A;  3TAM A;  5FPE A;  4OX9 K;  1NKC A;  4AHR A;  3F73 A;  3ID6 A;  4CJR A;  4GW6 A;  4HTL A;  3NHG A;  4AIL C; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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