3RZ4A

Hen egg-white lysozyme in hepes buffer at ph 7.5
Total Genus 47
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
47
sequence length
129
structure length
129
Chain Sequence
KVFGRCELAAAMKRHGLDNYRGYSLGNWVCAAKFESNFNTQATNRNTDGSTDYGILQINSRWWCNDGRTPGSRNLCNIPCSALLSSDITASVNCAKKIVSDGNGMNAWVAWRNRCKGTDVQAWIRGCRL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme C
publication title Hen egg-white lysozyme in HEPES buffer at pH 7.5
rcsb
total genus 47
structure length 129
sequence length 129
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-05-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00062 Lys C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3rz4A00
1G7MC 4P2EA 3TXEA 4WM4A 1IY4A 1BB6A 1IC4Y 2DQFC 3QY4A 5DLAA 1LZSA 2BQCA 1IO5A 1B7OA 1UIBA 1IC7Y 1I56A 1LSCA 1A2YC 2YBJA 4UWVA 4C5FA 1C43A 4NHSA 1KIPC 1CJ9A 3HFMY 1LJ3A 4H92A 5KKJA 3EMSA 1GXV2 2F30A 4HJVA 2FBBA 5LVKA 3WW5A 2Q0MX 3RZ4A 1QQYA 2W1YA 1OQMA 5LVIA 1FKQA 4B49A 4RDSA 5A3EA 1DKKA 2HU1A 3B72A 2EQLA 1IC5Y 1JJ3A 3EBAB 1WVUA 3ATNA 1DKJA 1LJNA 4WOAA 3AW6A 2HEBA 4PPOA 2FBDA 4GN3A 1UIGA 1QSWA 2W1XA 1B7PA 4PJ2C 3WPKA 1REZA 5DL9A 2BQJA 5F14A 1GEVA 1XGUC 1LMCA 4NSHA 3B0IA 1GHLA 4XENA 3WMKA 5KXPA 1WQMA 5E9RA 4OWCA 3HBDA 5B06A 1LJIA 2ZILA 1XGQC 4NIJA 1JPOA 3CSRA 1C45A 5KXSA 4NHPA 4XJHA 2BQIA 1HSWA 1G7HC 4J0LA 3QNGA 3T36A 4ETBA 8LYZA 4G49A 3B0KA 5LAGA 4NHTA 4H94A 3AZ4A 1OP9B 3GXRA 4QY9A 5FDJA 1P2CC 2DQAA 4GLVA 4NSJA 2BQMA 1HFZA 3LZ2A 1LSBA 4H9HA 4OWHA 1OUIA 2A7FA 4RW2A 4BAFA 2HECA 1YL1X 3N9EA 2G4QA 5LA5A 1JTPL 3A96A 2DQEY 2C8OA 2MEHA 2MEBA 2W1LA 1EQEA 1KIQC 3J4GA 1Z55A 1LTMA 1LYZA 1GFEA 1XEKA 6LYTA 4ML7A 5KXOA 1LSGA 1B2KA 1NBYC 2BQGA 4ETDA 1JKDA 2W1MA 4Z41A 3ZVQA 1B9OA 3GXKA 1E8LA 4QGZA 4XADA 5HMVA 3W3EA 4DD9A 1DZBX 3P68A 5L3HA 1FKVA 1VDSA 4WL7A 2B5ZA 4WL6A 2IFFY 3WUNA 1HEOA 4NSIA 1IP6A 1IP7A 5I4XA 1IP4A 1PZYA 4XJBA 1LSYA 4CHXA 1LMTA 1IVMA 1GB2A 2EIZC 4NHIA 1GF7A 1GFGA 4NEBA 5LYTA 3F6ZA 1NMMA 2F2NA 1CJ7A 2D4KA 4YENA 1I1ZA 5T3FA 3TXFA 4GCEA 134LA 1B5UA 1LZAA 2ZYPA 3J6KA 4ZIXA 1GDXA 1NQIA 3HBHA 1NKHA 4YEMA 3LZTA 2D4IA 3IJVA 1NF5A 4LT3A 4HPIA 3A93A 2BPUA 2WARA 4HTKA 4R6CA 1CKHA 4M4OA 2IHLA 2DKVA 4H8ZA 2BLXA 3LYOA 4IATA 1UIDA 1HEWA 1LJ4A 4NGLA 1BB4A 3A6BY 1LSPA 1JKBA 3OK0A 2YVBA 1GB7A 1OUBA 1HEPA 1BWIA 1WTMA 5AMYA 5E4PA 4OWEA 1RE2A 135LA 1XSFA 5B1GA 1JHLA 4YEOA 1BWHA 1IORA 1OUJA 3WULA 1LHLA 1GE0A 4J7VA 1QUTA 1YAQA 1GBZA 1GF4A 1VFBC 2CWIA 3LHMA 4FJRA 1LZ5A 4TWSA 5B05A 5K7OA 1G7LC 4U3XB 1V7TA 208LA 2MEDA 3A3RX 5APEA 1IOCA 4B4JA 1LJGA 1BB5A 1LJHA 3MGWA 1GBWA 2VB1A 3FE0A 1FN5A 4GCFA 1OUGA 1ZVHL 3LYMA 1B7QA 5DN5A 1IOSA 1WQOA 4LYOA 2CGIA 1GF9A 1UIHA 5KKIA 1TBYA 2LYOA 1BVKC 2Z38A 1A4VA 5KJ9A 1LZRA 4B1AA 3P65A 1LMQA 1D0KA 1JIYA 1OUHA 3D3DA 3P64A 4NGZA 1F0WA 2BQBA 2BAAA 4TSBA 5C6IA 1LMPA 2BQNA 3RU5A 3A6CY 1ALCA 1KXYA 1YQVY 4QEQA 1G7IC 1LHMA 1XFPL 1QTKA 4I0CA 3CB7A 4NWEA 3WXTA 4DDCA 3B6LA 1YAPA 2ZNXY 4N5RA 1OUEA 1ZV5L 4G9SA 1XEIA 1UIEA 1IY3A 1UICA 5A3ZA 1INUA 4YOPA 5LVJA 1T3PA 4TUNA 5HMJA 1GFUA 3TMVA 5APDA 4Z46A 1GB8A 4WM1A 2D91A 4KPMA 5KXTA 4DD3A 5KXRA 4NG8A 2BQDA 1TEWA 3M18B 3VWOA 3W6AA 1LZDA 2ZNWY 3LN2A 1WTNA 1DI5A 1LZEA 5FELA 2G4PA 1GF3A 5KXYA 5LINA 3BKVA 5LAFA 1CKFA 1GE1A 1LZYA 5I5QA 1B7NA 5I4WA 3A8ZA 4CGEA 4M6DA 5LIOA 3FI7A 2LZ2A 4DD7A 4H90A 193LA 2D6BA 1HEQA 1LZ6A 2BLYA 2Z12A 4LYCA 1AM7A 4PHIA 9LYZA 1BHZA 1F6SA 4CFOA 4UWNA 3WU8A 4E3UA 3WYHA 2I6ZA 3IJUA 1J1OY 1LYYA 4GN5C 4KL7A 4DD0A 1I20A 2LZTA 1GWDA 1NDGC 1GBSA 133LA 1IOQA 2A7DA 4G4BA 3WPLA 1BB7A 4GLAA 1LJKA 1GD6A 5KXWA 1LSMA 2MEGA 1GDWA 1WVVA 5FHWA 1B5XA 1NDMC 4W96A 2I26L 4KT3A 2ZIKA 4NGOA 1YROA 3TXBA 2DQCY 1LKRA 4WO9A 1BGIA 2BQHA 2BQLA 1JSFA 1DI4A 1SLYA 1AT6A 1D6PA 4FDYA 4GCDA 2XBRA 1IWYA 5F16A 3WW6A 1KIRC 3AJNA 1B7LA 1LHJA 2CDSA 3EO5A 1TCYA 2EPEA 5JENB 1D9UA 3HBEX 1IWWA 1LJEA 2Y8PA 2MECA 3KAMA 2N5ZA 4CFPA 3LYZA 1AKIA 4ZFPA 5KXKA 5HNCA 1C08C 4PGJB 1GBYA 3TMUA 4MCKA 3N9CA 5B07A 1AT5A 5APCA 4DT3A 1B7MA 1JSEA 1ZMYL 1BB3A 1LHHA 1ZVYB 4N8ZA 5B59A 4IASA 2YBHA 1J1PY 1QUSA 4II8A 2MEEA 5C6LA 4B4IA 4H9CA 4NHQA 4WM3A 5LYZA 1JEFA 4NGIA 2G4NA 4Z3MA 2YBMA 2DBTA 1B5VA 1UCOA 1VDPA 3WVYA 1LZTA 4WMGA 3TXGA 2BQOA 1N4FA 3AB6A 4H8XA 4LFXA 5KY1A 1OUCA 1QSAA 4MR1A 1V7SA 1LJJA 4LYMA 2HEAA 1FLYA 3A3QA 4EMNA 4YF2A 1C10A 1GAZA 4N1CC 2Z39A 5DM9A 4DDBA 5HLLA 1LHKA 5J7CA 1DPWA 2FYDA 1IIZA 1HFYA 1KXWA 1LSNA 1LSEA 4I8SA 3E3DA 4H1PA 2BQEA 2I25L 4NG1A 4TSCA 3M3UA 5LVGA 3CQLA 1GFAA 2ZWBA 4LZTA 3WUMA 3WL2A 4ZEEA 207LA 3RNXA 4BAPA 1FBIX 1RFPA 4OWAA 1D0LA 5LVHA 4W94A 4H91A 3WU9A 4BADA 4DD2A 1JKAA 1F6RA 4LGKA 7LYZA 4NY5A 4A7DA 3A91A 3CT1A 4HP0A 5I54A 4KXIA 4N0JA 1UC0A 4XN6A 1B5ZA 3CT5A 2LYMA 1LMAA 1H6MA 1NBZC 5FCPA 4WLDA 1GBOA 1WQRA 3A34A 1GE4A 4J1AA 1LSAA 1JJ0A 1GF8A 1W08A 1LZGA 5HNLA 2YBIA 1IWZA 1D6QA 1LMNA 4OWBA 3RW8A 2Z2EA 2NWDX 4G4CA 4C3WA 3AZ6A 3W6FA 1DPXA 1QTEA 2MEAA 5M1YA 2MEFA 3CSZA 1LZ4A 1EQ5A 2EKSC 4B0DA 4HTNA 4NSGA 1GB9A 1C7PA 4YM8A 1IWTA 1GF0A 1CJ6A 3LYTA 3WVXA 1YIKA 2C8PA 2H5ZA 4WLXA 1XGPC 5KXMA 1OUDA 1T6VL 4WLTA 4HSFA 4WG7A 4H93A 2Z37A 4X3BA 5I53A 1CJ8A 1KXXA 1FDLY 5F81A 1PS5A 3D9AC 4NGJA 1VEDA 3WH1A 1YAOA 3P66A 2X0AA 1LSZA 4NGWA 1UIAA 1BQLY 1JUGA 1QIOA 4XJFA 2HEFA 2ZIJA 4HJYA 1IP3A 4BS7A 3A92A 1NWGA 1NHEA 1HERA 2DQDY 4XYYA 1LHIA 2ZQ4A 4WM5A 1GFVA 3A95A 4D9ZA 1YL0X 4H9IA 2AUBA 1DQJC 1WQPA 1LYSA 2BQFA 3AGGG 2F4AA 1GEZA 2YBLA 1GB3A 2LHMA 3ULRA 4H9AA 1JTOL 1B5WA 1CKDA 1YANA 1LZ1A 1LYOA 4NWHA 3SP3A 1GF6A 1GE2A 1LSDA 2D4JA 1FLUA 2FYCA 3WUAA 4ETCA 1QDTA 3AGIA 4WM6A 4XJGA 1HC0A 1B0DA 4PRUA 1GFJA 3RT5X 1LJFA 1F10A 154LA 1GFKA 5EBHA 1HNLA 2H9KA 4UWUA 3ZEKA 1HELA 1YAMA 4Z98A 1GFHA 1LZBA 2HU3A 2CJLA 4RW1A 4LYBA 1LSFA 1IOTA 1GXXA 1RJCB 3P4ZA 2DQHY 4XJDA 4DC4A 1YKZX 1YKXX 3N9AA 4NFVA 3TXDA 3ZVQB 1D0MA 1LZCA 4LYZA 1B7SA 3B0OA 3IWRA 1J1XY 4H9BA 4L41A 4PRQA 1FLQA 4QDNA 2DQGY 4N9RA 1YKYX 2DQIY 3AGHA 2H9JA 3W6EA 4NGKA 5APFA 4ET9A 5D5CA 1JISA 1GPQC 2HUBA 4N1EI 1H87A 1IEEA 4LT2A 4TX7A 3TXJA 1REYA 3TXHA 5B1FA 4CJ2A 1TAYA 1IR7A 1YILA 1CNSA 5IDDA 4WG1A 1GB0A 1RCMA 3A90A 1UUZC 1TDYA 3W6DA 1HMKA 1MLCE 1B5YA 3CSQA 1VAUA 4HTQA 1LZ8A 1IWVA 1QDRA 1IP1A 2HEEA 5KXXA 2MEIA 1REXA 2BQKA 2XTHA 3TMXA 3A67Y 4B4EA 1RI8B 2YBNA 4G4HA 1BWJA 1HFXA 3WXUA 2YSSC 153LA 3WU7A 2PC2A 3QE8A 4LT0A 1GB5A 2LYZA 4H9FA 5FEKA 1LKSA 1LZ9A 5F9UA 3TXKA 1IR8A 4O34A 2XBSA 1LPIA 4R0FA 4AGAA 1DI3A 1IWUA 3AYQA 4NGVA 1OUAA 1JKCA 1VDQA 1XGRC 4EOFA 4RLMA 5ILFA 3A94A 1VDTA 4ANRA 1CKCA 5ILCA 1XEJA 4XJIA 1IP2A 2ZQ3A 4J1BA 1C46A 5I4YA 4LT1A 1LCNA 4RLNA 1OUFA 1CKGA 4OOTA 1UIFA 1JJ1A 2F4GA 5F9XA 1IWXA 2BQAA 1XGTC 1HHLA 1IP5A 1AZFA 3WPJA 1FLWA 1B7RA 3K3TA 3AZ5A 5IHGA 3G3AB 5D5FA 4DWXA 1JITA 5FSTA 4IJ4A 1WQNA 1HF4A 4DYGA 5II3A 1MELL 1IR9A 3W6CA 4LFPA 1JTTL 2Z2FA 2HTXA 2ZYCA 4HJZA 1HSXA 3W6BA 1GE3A 1IX0A 1UA6Y 3BKHA 4H8YA 4DD1A 1GFRA 194LA 6LYZA 1LZNA 1REMA 1GB6A 3CT0A 2YDGA 2HEDA 5DN4A 1VATA 1LOZA 3OJPA 4HPEA 4WO6A 4OW1A 4AXTA 1W6ZA 1GF5A 5IELA 1UACY 1LAAA 4GCBA 5KXZA 4LYTA 5LA8A 1GAYA 4ETAA 4TTDA 2Z18A 4GCCA 4WM2A 5LXWA 4HV1A 4HV2A 1GBXA 1DXJA 5L3IA 1HEMA 1JWRA 1SQ2L 4OOOA 5KXNA 2DQJY 4DDAA 4WLYA 1UBZA 5L9JA 3ATOA 1HMLA 2GV0A 1EQ4A 3AZ7A 4ETEA 3G3BB 1EL1A 5LYMA 3EXDA 3T6UA 5HQ1A 1HENA 2RSCA 1LMOA 4H9EA 1G7JC 1O23A 1GFTA 1WQQA 3AW7A 3TXIA 5C6JA 1BVXA 4MSTA 132LA 4ET8A 2Z19A 3TMWA 5KXLA 4GN4A 2XJWA 4NGYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1IO5A 1C60A 1I56A 1PQJA 2YBJA 1C6AA 223LA 241LA 3EMSA 1GXV2 4HJVA 248LA 2FBBA 1L25A 1CTWA 1DKKA 3B72A 1IC5Y 1JJ3A 3L2XA 1WVUA 4WOAA 2HEBA 1D3FA 195LA 4NSHA 1LMCA 4W51A 4DAJA 1B6IA 5KXPA 3G3VA 2OE4X 4OWCA 1L42A 1LJIA 1XGQC 1JPOA 3CSRA 4XJHA 110LA 1HSWA 1G7HC 4J0LA 1L00A 5LAGA 4NHTA 2F32A 4H94A 3AZ4A 3GXRA 3C8SA 4QY9A 2DQAA 3LZ2A 4H9HA 163LA 1WTHA 3A96A 2DQEY 2W1LA 1KIQC 1XEKA 5KXOA 174LA 1LSGA 1JKDA 2NTGA 1FKVA 2B5ZA 1JTMA 1HEOA 2B70A 1IP4A 1PZYA 4XJBA 4CHXA 1LMTA 4NHIA 1GFGA 1L86A 3F6ZA 1NMMA 1KY0A 1CJ7A 1OV5A 5T3FA 4GCEA 3F9LA 1GDXA 103LA 4YEMA 3LZTA 243LA 2D4IA 3DN1A 4HPIA 3A93A 2CUUA 1D2YA 1QUGA 122LA 4ARLA 131LA 200LA 1L69A 1LSPA 1CVKA 1HEPA 3HH3A 3HH4A 1IORA 3GULA 1L06A 4J7VA 1YAQA 119LA 4FJRA 3LHMA 1LZ5A 1V7TA 1T8FA 140LA 1B7QA 1CU0A 1IOSA 1CX7A 1KW7A 1A4VA 1LMQA 3GUJA 3GUKA 3C7ZA 1LMPA 2BQNA 4W53A 1L12A 1ALCA 1T97A 1G7IC 1LHMA 1XFPL 1QTKA 250LA 1C6FA 3CB7A 4GRVA 1OUEA 1ZV5L 1UIEA 1INUA 2RBPA 1L85A 1T3PA 4Z46A 1EPYA 5APDA 4PK0A 1GB8A 1C66A 1L50A 2RBNA 4WM1A 4KPMA 4NG8A 4ARQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1G7M C;  4P2E A;  3TXE A;  4WM4 A;  1IY4 A;  1BB6 A;  1IC4 Y;  2DQF C;  3QY4 A;  5DLA A;  1LZS A;  2BQC A;  1IO5 A;  1B7O A;  1UIB A;  1IC7 Y;  1I56 A;  1LSC A;  1A2Y C;  2YBJ A;  4UWV A;  4C5F A;  1C43 A;  4NHS A;  1KIP C;  1CJ9 A;  3HFM Y;  1LJ3 A;  4H92 A;  5KKJ A;  3EMS A;  1GXV 2;  2F30 A;  4HJV A;  2FBB A;  5LVK A;  3WW5 A;  2Q0M X;  3RZ4 A;  1QQY A;  2W1Y A;  1OQM A;  5LVI A;  1FKQ A;  4B49 A;  4RDS A;  5A3E A;  1DKK A;  2HU1 A;  3B72 A;  2EQL A;  1IC5 Y;  1JJ3 A;  3EBA B;  1WVU A;  3ATN A;  1DKJ A;  1LJN A;  4WOA A;  3AW6 A;  2HEB A;  4PPO A;  2FBD A;  4GN3 A;  1UIG A;  1QSW A;  2W1X A;  1B7P A;  4PJ2 C;  3WPK A;  1REZ A;  5DL9 A;  2BQJ A;  5F14 A;  1GEV A;  1XGU C;  1LMC A;  4NSH A;  3B0I A;  1GHL A;  4XEN A;  3WMK A;  5KXP A;  1WQM A;  5E9R A;  4OWC A;  3HBD A;  5B06 A;  1LJI A;  2ZIL A;  1XGQ C;  4NIJ A;  1JPO A;  3CSR A;  1C45 A;  5KXS A;  4NHP A;  4XJH A;  2BQI A;  1HSW A;  1G7H C;  4J0L A;  3QNG A;  3T36 A;  4ETB A;  8LYZ A;  4G49 A;  3B0K A;  5LAG A;  4NHT A;  4H94 A;  3AZ4 A; 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 1JKC A;  1VDQ A;  1XGR C;  4EOF A;  4RLM A;  5ILF A;  3A94 A;  1VDT A;  4ANR A;  1CKC A;  5ILC A;  1XEJ A;  4XJI A;  1IP2 A;  2ZQ3 A;  4J1B A;  1C46 A;  5I4Y A;  4LT1 A;  1LCN A;  4RLN A;  1OUF A;  1CKG A;  4OOT A;  1UIF A;  1JJ1 A;  2F4G A;  5F9X A;  1IWX A;  2BQA A;  1XGT C;  1HHL A;  1IP5 A;  1AZF A;  3WPJ A;  1FLW A;  1B7R A;  3K3T A;  3AZ5 A;  5IHG A;  3G3A B;  5D5F A;  4DWX A;  1JIT A;  5FST A;  4IJ4 A;  1WQN A;  1HF4 A;  4DYG A;  5II3 A;  1MEL L;  1IR9 A;  3W6C A;  4LFP A;  1JTT L;  2Z2F A;  2HTX A;  2ZYC A;  4HJZ A;  1HSX A;  3W6B A;  1GE3 A;  1IX0 A;  1UA6 Y;  3BKH A;  4H8Y A;  4DD1 A;  1GFR A;  194L A;  6LYZ A;  1LZN A;  1REM A;  1GB6 A;  3CT0 A;  2YDG A;  2HED A;  5DN4 A;  1VAT A;  1LOZ A;  3OJP A;  4HPE A;  4WO6 A;  4OW1 A;  4AXT A;  1W6Z A;  1GF5 A;  5IEL A;  1UAC Y;  1LAA A;  4GCB A;  5KXZ A;  4LYT A;  5LA8 A;  1GAY A;  4ETA A;  4TTD A;  2Z18 A;  4GCC A;  4WM2 A;  5LXW A;  4HV1 A;  4HV2 A;  1GBX A;  1DXJ A;  5L3I A;  1HEM A;  1JWR A;  1SQ2 L;  4OOO A;  5KXN A;  2DQJ Y;  4DDA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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