3S2OA

Fragment based discovery and optimisation of bace-1 inhibitors
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
387
structure length
377
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-based discovery and optimization of BACE1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 88
structure length 377
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s2oA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s2oA02
1T3RA 5P3IA 1PFZA 4X7IA 3PI0A 5P34A 4LXMA 5COKA 5P4PA 4Y5BA 3GGVA 3K1WA 1C70A 4RYCA 4DV9A 3FX5A 2QI7A 5P3DA 4FM7A 2V12C 3CIDA 4KE0A 1EC1A 4RLDA 4JOOA 2R5PA 2F80A 2QI3A 1IVPA 1MESA 1ODYA 4K4RA 3EC0A 1T7IA 2ZHSA 3OXXA 5P32A 5P03A 2R38A 5KQZA 2H6TA 5P1HA 3RTHA 2QD8A 3L3AA 5P54A 2PH8A 3PSYA 4Y44A 5P57A 4GB2A 3D91A 3NU5A 2NPHA 3KMXA 2F3FA 5BRYA 2O40A 3WZ7A 2AZ8A 5P0LA 3JVYA 2QNQA 5P6UA 1SBGA 4GJ9A 2FXDA 5P4JA 5P3TA 2JJIA 2JJJA 5OYYA 1T6GA 4NPTA 3HVGA 2APRA 1B6MA 2XYEA 3BC4A 5HU0A 3DM6A 4FS4A 3T3CA 4I0ZA 4OC6B 5P0QA 1TZSA 1HXBA 5P0JA 3KN0A 4EXGA 1C6ZA 2G1SA 4AMTA 3UFNA 4A4QA 1KJGA 5P7NA 3UDMA 3NXNA 1MUIA 1EBZA 4ZSRA 4TRZA 5P8LA 5P3UA 4XX3A 1Q9PA 1PSNA 5P0TA 2JXRA 4Y3LA 2G1RA 1E80E 1KZKA 3WZ8A 3QVIA 5P0NA 2R9BA 4MC6A 3KF0A 5HD0A 3QRSA 3OHHA 3UTLA 4Y41A 3KM4A 4R92A 3RU1A 5P2DA 5P24A 1B5FB 5P4SA 4OBHA 1A94A 1T7KA 5P58A 2QP8A 5P22A 1MT8A 5I3VA 1GNMA 5P7GA 5P6ZA 3HD8A 2ER7E 1EAGA 2FDDA 1K6CA 4ZPEA 5P4WA 4J0YA 3NUOA 3NDUA 2ER9E 1ZSFA 4R91A 2QCIA 4FIVA 1BV9A 3KT2A 3QIHA 2AOHA 1MPPA 1UPJA 3CKRA 1M4HA 5P46A 1BVEA 3KFPA 1BVGA 2V11C 2PQZA 4R93A 5P0ZA 3N3IA 1YTJA 3PCWA 5P2OA 5OZLA 4DJYA 3DK1A 1LV1A 2QHCA 3GI4A 2VIJA 3PMYA 1VIKA 2AZCA 2I4QA 3WSJA 1TCXA 2HIZA 2HB2A 5P0CA 3SM1A 5P62A 5OZ6A 5P4ZA 1ZJ7A 2Q5KA 2R43A 3DUYA 5P7VA 3QPJA 5P6WA 1QBTA 3FNUA 1BXOA 3SM2A 4YD6A 4U7VA 4Y4ZA 5P7RA 4Y3HA 5P5OA 5P3JA 1EPPE 5P5LA 4DPIA 5IVQA 2RMPA 5P12A 1D4LA 3NU4A 5P6PA 2XFIA 2G20A 3OXCA 1MEUA 2G27A 5DGWA 4ER2E 1SGZA 1BXQA 1DMPA 5P1XA 4QGIA 5P6YA 3GI6A 1APUE 5P6VA 5P85A 4DJQA 1ER8E 4U8WA 1ME6A 2PWCA 3R4BA 5P40A 4J17A 3FSMA 2WHHA 5JG1A 4Y6MA 5EZZA 4U7QA 4QJ7A 1ZPKA 5P4IA 3QVCA 5P3LA 5P8TA 3EMYA 2R3WA 5P4EA 5OZSA 5P5DA 5ENMA 3O9DA 4IVTA 2ER0E 5FIVA 2PC0A 1HPXA 2PMAA 5HE4A 5P1UA 4M8YA 2J9KA 2HPEA 5P5JA 3PI5A 4YOBA 3GI0A 1XN2A 4B77A 5P39A 4BFDA 2VIEA 3SA9A 4Y56A 1FGCC 3TPPA 4JPCA 5DPZA 2QMDA 2I4DA 2WF4A 3SAAA 1OEXA 4GMIA 2AVVA 3OQAA 4H3GA 5P2LA 4Y51A 2AZBA 4B1EA 5P0FA 5P31A 4CPXA 2ZDZA 5OZUA 2BJUA 5P2RA 5P0DA 5P2YA 5P4YA 1FQ4A 1HTFA 5P1DA 1OHRA 1LYWA 1W51A 3SA3A 2Z4OA 5P0KA 3LZSA 4DQGA 3PBDA 1D4HA 1NSOA 5P7IA 1K1TA 2ER6E 4LBTA 5P71A 1TQFA 2CEJA 1MTRA 5P3MA 4Z2ZA 3VUCA 1UH9A 3INFA 3LIZA 5P8CA 2RSPA 5P0IA 4OBGA 5C9BA 5P83A 3T7PA 5OZ4A 4Y47A 3OUDA 1EEDP 1IZHA 5P00A 1HHPA 3R1GB 4PYVA 4B1DA 5P8QA 4J54A 3UQWA 5P5UA 1HIIA 5P2AA 1IZEA 4FAFA 4FM8A 3CKTA 3OK9A 5P1JA 1HOSA 3UDPA 3ZKQA 4QLHA 5P4AA 1HVKA 2FIVA 2BPYA 5P80A 2JYSA 5P7JA 4Y36A 4Y5EA 2BKSA 3O9LB 3EM4A 2NMYA 5P7KA 5P6GA 4KE1A 1F7AA 5P15A 1XS7D 3L58A 4EJ8A 4BEKA 4GZFA 5P7EA 5P4GA 5AH6A 5P4KA 1HSIA 5KR2A 3NU6A 5P6XA 3ZKIA 3F9QA 3K4VC 3MXEA 2H6SA 4Y5AA 5P09A 2FGVA 5AH9A 5CLMA 2VS2A 4CPRA 1IDBA 5AHAA 3SABA 3TLHA 2AVQA 2NXLA 5P3VA 1MIQA 3I8WA 3KFRA 1NPWA 3RSXA 3NU9A 5AHBA 1EBWA 4PZXA 3IA9A 1K1UA 5OYVA 2PYMA 2P4JA 4YD7A 3O9FA 4I0GA 5HDVA 5ISKA 3PBZA 5IS4A 4Q1WA 3K5DA 5HCOA 4Y5KA 3LIQA 5P10A 3PWMA 4I0FA 5HDXA 3U7SA 3SO9A 5P8DA 3SA6A 1HXWA 2HM1A 4D85A 5P8FA 1LYBB 3NUJA 2PWRA 2B8LA 4Y3YA 3VEUA 4F73A 4Y3ZA 3INHA 3APRE 1M43A 5P17A 2FMBA 5OZ0A 5HTZA 3FNSA 3LPKA 4RRSA 4DH6A 2I0DA 5T4SA 4FLGA 3VCMA 5P5RA 2NMZA 1TSUA 5OYSA 2AOFA 3OQFA 3ECGA 4RRNA 3SA8A 2RKFA 5P51A 3BVBA 5P2NA 5P72A 1BWBA 3S54A 1HTGA 4Y3NA 2FGUA 1HVIA 1HEGE 3NWQA 1CPIA 4FRJA 4YD4A 2IENA 1RPIA 2QI4A 5P1PA 4J1HA 5P3KA 3D20A 3A2OA 3SACA 5P50A 3O9HA 4B1CA 2IKOA 5OYTA 5DR7A 3ZKSA 1DIFA 4Y4JA 3I7EA 3M9FA 5P4DA 3S56A 4Y4AA 5P78A 4Y5LA 5P0SA 2BPZA 2IDWA 3OTSA 3CICA 2WKZA 2ZJKA 3VV8A 3IN3A 5OZYA 4L6BA 1IIQA 2NNKA 3O9EA 3OQDA 3KA2A 4FGXA 1AZ5A 2ZJNA 5P3EA 4PPHA 2FXEA 2EWYA 3UQRA 1RQ9A 5KR1A 5SZ9A 4XXSA 2PSVA 4BFBA 1FQ7A 1PPKE 1RL8A 5P67A 1FMUA 4K9HA 4UPJA 1D4JA 1YG9A 5I3XA 5P4NA 5HU1A 1RNEA 4OBZB 4XKXA 5P1ZA 2UY0A 2ANLA 3OOTA 4K4PA 3ZPUA 1TSQA 4S1GA 2AVSA 3INEA 2O4KA 2G26A 5P3BA 3L5EA 4LXKA 2BPXA 3UDQA 1LF3A 3VYDA 4Y3WA 5P01A 3SQFA 1OEWA 1FMBA 3T7QA 5AHCA 2OHUA 4L7JA 1Z1RA 5I70A 3AIDA 5ENKA 3K4VA 5P2MA 5P1YA 5P7HA 1QDMA 3PB5A 1BV7A 4FCOA 3UHLA 1ENTE 1EC3A 1YTGA 4GJ6A 1KJFA 3IN4A 5P11A 4Q1NA 4J0TA 4YCKA 2WEDA 4COEA 1EBYA 4YCYA 3UFLA 5P4UA 1BILA 1IBQA 5DQCA 2QD7A 2ASIA 5P0PA 2Z54A 4Y3SA 3UDKA 4ZIPA 3INDA 5P0VA 5BS4A 2RKGA 5OZ5A 4Y5PA 3VSXA 4EYRA 3OTYA 5AH8A 4DVFA 4I0DA 3UCBA 1J71A 4M8XA 2JE4A 4OBDA 5P35A 5P6CA 4D8CA 5P8HA 3OWNA 1SMEA 5P3QA 1LYBA 3PRSA 3UF3A 5P36A 5P7LA 4GYEA 5P1KA 5P88A 3EKQA 4CPTA 2AOCA 4J55A 1FKNA 1M0BA 2NR6A 4Y3RA 4DQHA 1EBKC 5P0MA 1LYWB 1LYAA 3PMUA 2QHYA 3K5CA 3JVWA 4AZYA 4I0EA 2WEZA 5P5FA 4CMSA 5P0UA 5P6EA 3HBOA 5P1CA 3FNTA 4YA8A 3APPA 5P5SA 2ZJJA 3L59A 3TPJA 5P07A 5P63A 5JODA 4Y39A 4B78A 5KR8A 2I4XA 4DQFA 3BGCA 2QK5A 3ZKGA 5P8KA 4DJOA 1PSOE 2G69A 2G22A 2V10C 5OZCA 3OUDB 2AVMA 3Q5HA 3QRMA 5DQ5A 3OAGB 3T7XA 5P42A 4Y3FA 3ZKMA 4FRKA 5P68A 3IXKA 3ZKNA 2UXZA 3JW2A 3G6ZA 1A8KA 3PVKA 3Q6YA 5P3YA 5OYXA 4HVPA 4JPEA 5P1FA 1D4KA 1MT9A 1FFIC 3BGBA 1W5XA 5HDZA 5OZNA 5P0RA 5P4RA 4Y3XA 4X2LA 3WZ6A 2OHLA 1N49A 4Y9WA 2J9JA 2OHSA 1BBSA 2IGYA 5OZBA 4CPWA 3GGXA 4YD3A 4DJRA 5OZPA 1MVPA 3TKWA 1KJ4A 2AVOA 3KDBA 3HDKA 3UDJA 2IL2A 5OZMA 1HTRB 4PHVA 1SDUA 1ZSRA 5HE5A 3AUPA 4I0IA 5P41A 2QMFA 5P28A 1W50A 5P26A 1B11A 4J1KA 1EC0A 3EKTA 4Y5NA 2G21A 4OBZA 3GGUA 5P4QA 5DR8A 1A30A 1HIVA 4LHHA 5BWYA 5P4VA 2XFKA 4HEGA 5P84A 2O4NA 4Y4WA 4K4QA 2A1EA 2OHRA 1PROA 4J1FA 3OU3A 5P6MA 2V13A 5P8IA 4Y4XA 4ER4E 2Q64A 5P2BA 5P13A 5P1NA 1B6KA 1HVJA 4DFGA 3S45A 3G72A 1FQ8A 4LXAA 5OZOA 5P6AA 3NYGA 5J25A 2V00A 3CKPA 4Y58A 4HDPA 3EL1A 5P6KA 5P5AA 4HA5A 3FV3A 4Y53A 2P3AA 4Y54A 1K6PA 2NTRA 3OADA 2HB3A 5P3GA 4B0QA 1AAQA 3RSVA 4OBJA 1HPOA 1HPVA 5P6JA 1FEJC 3URLA 1K2BA 4Q1XA 3T11A 1Z1HA 1XE6A 1Z8CA 2SAMA 3VLAA 5P82A 3DOXA 1HSHA 2F81A 5KOSA 3OU1B 1IDAA 1SMRA 2IGXA 1G6LA 2G1YA 1BWAA 3EKPA 1META 5P7DA 3MSLA 4I0HA 5P7MA 4YD5A 5COOA 4B05A 5P2TA 5P5WA 3U71A 2R5QA 1ZBGA 2PSUA 4AA9A 3ST5A 4LP9A 4RCDA 3KDDA 4DJWA 1E82E 5OZVA 4D83A 2OAHA 5P53A 4N00A 5P4TA 3HAUA 3S85A 5P2FA 1AVFA 2BPVA 5P30A 5P81A 2WECA 1UH7A 1IZDA 3OUBA 1TW7A 5P1RA 2IEOA 4NJSA 4YDFA 5OZGA 5P4CA 2P8HA 5P3RA 3Q70A 4LAPA 3SPKA 1PSAA 1BIMA 5P5CA 5P0HA 5P8AA 3D3TA 1DPJA 5OZQA 1TCWA 2AOIA 2NXMA 5P5IA 1K6TA 3MSKA 4QJ2A 1MRXA 3WB4A 3DV1A 3PJ6A 5P14A 4Y50A 3H5BA 5DR3A 1FLHA 3NXEA 5P64A 3OAGA 5P0XA 5HE7A 2FLEA 2WF1A 1LS5A 5DQ2A 4Y3GA 3VYEA 3TOGA 3O9IA 4WY6A 2BB9A 3EM3A 3LIYA 5P3WA 2IS0A 4HDFA 1XL5A 5P08A 1A8GA 4YCTA 4DPFA 5P74A 3KT5A 4F75A 2AIDA 4NPUA 5OZDA 1BAIA 2B7FA 2XYFA 4AUCA 3TOHA 1U8GA 3BUFA 4GJ5A 2F3EA 4YBIA 4Y38A 5P19A 5P2IA 1YTHA 5P6LA 3NR6A 3O9BA 4OD9A 2QZWA 5P1IA 3C9XA 4LC7A 4I8WA 4F74A 3QS1A 1EPME 3OGQA 2HPFA 5TOLA 1LF2A 1FQXA 5P8BA 3VF7A 2VA6A 3LPIA 5CONA 5COPA 4Y3AA 2IQGA 3QP0A 2Q3KA 5P69A 2ZJMA 5P8VA 1ZLFA 1UH8A 5OZWA 4EJDA 4ZSMA 2FNTA 2VA5A 3EL0A 5P5ZA 2AZ9A 4ZE6A 2HB4A 4Y3TA 5P23A 3HZCA 5OZXA 3VF5A 4GJBA 2OHQA 4Q5MA 2IKUA 3QBFA 5P2VA 3L5BA 3S7MA 2AOJA 1E81E 1SIPA 1HVSA 1LYAB 3GGAA 3PHVA 2HS1A 5P20A 3BHEA 3TH9A 4Z22A 4TRWA 2OF0A 2OHPA 4FE6A 5OZIA 1GVWA 4YHQA 4B70A 5P6DA 1EPQE 4MC9A 4Y4GA 3CYXA 3SKFA 1D4IA 4GJAA 3UQPA 5KAOA 3TPLA 3IXJA 3OU1A 1APVE 5P3OA 3VV6A 5P0OA 1NH0A 3S53A 4CPQA 3R0WA 4DI2A 4D88A 5P2SA 4TVHA 3MWSA 3RVIA 5P1WA 4ZLSA 4Y4UA 3HVPA 5P4MA 3O9CA 5SY3A 4AA8A 2AODA 2VJ6A 5OZHA 3UDNA 1VIJA 5P2UA 1GNOA 1B6LA 3LITA 4ZSQA 1KJHA 3EL4A 5P8NA 4H1EA 5PEPA 1E5OE 4DJXA 3FKTA 5P04A 3KFNA 2J9JB 1JLDA 3I25A 5P44A 5P0WA 3D1YA 4I12A 5P1LA 1SP5A 2HS2A 4Y4BA 3ZKXA 4QJ9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1T3R A;  5P3I A;  1PFZ A;  4X7I A;  3PI0 A;  5P34 A;  4LXM A;  5COK A;  5P4P A;  4Y5B A;  3GGV A;  3K1W A;  1C70 A;  4RYC A;  4DV9 A;  3FX5 A;  2QI7 A;  5P3D A;  4FM7 A;  2V12 C;  3CID A;  4KE0 A;  1EC1 A;  4RLD A;  4JOO A;  2R5P A;  2F80 A;  2QI3 A;  1IVP A;  1MES A;  1ODY A;  4K4R A;  3EC0 A;  1T7I A;  2ZHS A;  3OXX A;  5P32 A;  5P03 A;  2R38 A;  5KQZ A;  2H6T A;  5P1H A;  3RTH A;  2QD8 A;  3L3A A;  5P54 A;  2PH8 A;  3PSY A;  4Y44 A;  5P57 A;  4GB2 A;  3D91 A;  3NU5 A;  2NPH A;  3KMX A;  2F3F A;  5BRY A;  2O40 A;  3WZ7 A;  2AZ8 A;  5P0L A;  3JVY A;  2QNQ A;  5P6U A;  1SBG A;  4GJ9 A;  2FXD A;  5P4J A;  5P3T A;  2JJI A;  2JJJ A;  5OYY A;  1T6G A;  4NPT A;  3HVG A;  2APR A;  1B6M A;  2XYE A;  3BC4 A;  5HU0 A;  3DM6 A;  4FS4 A;  3T3C A;  4I0Z A;  4OC6 B;  5P0Q A;  1TZS A;  1HXB A;  5P0J A;  3KN0 A;  4EXG A;  1C6Z A;  2G1S A;  4AMT A;  3UFN A;  4A4Q A;  1KJG A;  5P7N A;  3UDM A;  3NXN A;  1MUI A;  1EBZ A;  4ZSR A;  4TRZ A;  5P8L A;  5P3U A;  4XX3 A;  1Q9P A;  1PSN A;  5P0T A;  2JXR A;  4Y3L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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