3S2VA

Crystal structure of the ligand binding domain of gluk1 in complex with an antagonist (s)-1-(2'-amino-2'-carboxyethyl)-3-[(2-carboxythien-3-yl)methyl]thieno[3,4-d]pyrimidin-2,4-dione at 2.5 a resolution
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Selective kainate receptor (GluK1) ligands structurally based upon 1H-cyclopentapyrimidin-2,4(1H,3H)-dione: synthesis, molecular modeling, and pharmacological and biostructural characterization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
total genus 84
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-17
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s2vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s2vA02
3HCQA 3O6HA 3SERA 4EXKA 1P1UA 2ALUA 5AA4B 3THIA 4DXUA 4I9DA 4GQOA 4LQ5A 4X48A 5I2NA 4U1OA 3IO4A 5DYHA 1SYHA 4ISUA 5F1QA 4O3AA 3E9XA 2DQVA 5I57A 1P1OA 2P0SA 4ONYA 1A99A 4AB5A 4MF3A 1QUKA 2UXAA 2Z22A 2F78A 4NF5B 2HEUA 4KHZE 3BFTA 3RLFE 4AQ4A 3TTMA 1QKBA 2DP8A 4N13A 5AE4A 3EHTA 5BUUA 4G8NA 3DP6A 1BP5A 1TT1A 5L8DA 5H8NB 2X26A 1NNFA 4QFPA 3KN3A 4HS7A 1VFDA 1MXVA 1ATGA 1JNFA 4KFQA 2OLBA 5IKBA 1UTBB 2DYXA 4P0GA 1ZJLA 4YKPA 3O9PA 3KEIA 3U1OA 4KCCA 1B7ZA 1B9JA 4OMBA 2F8DA 3N26A 3EHSA 1MXYA 3A09A 3OO7A 4OWDA 5H8FA 3IJXB 4C1UA 4DXCA 1M5EA 3UA8A 1N7WA 4IO7A 2UVGA 2QSXA 5TU0A 3K2DA 2RC9A 2QPQA 1OMPA 1R9QA 1MY4A 3BBRA 4POXA 3RT8A 1VR5A 4LUBA 2HFBA 1Y20A 3OELA 2V3UA 3M3KA 5L9OA 1R9LA 2DXRA 3FUZA 1A8EA 1SYIA 3Q28A 4QFKA 4G68B 1B52A 3OSQA 3FV1A 3FXRA 3TELA 4JSOA 2XXWA 4F39A 1WVJA 3UK4A 5F7VA 5B7DA 3MW0A 2XXPA 1URSA 5ICQA 1B3LA 3TTNA 3LSLA 3S4UA 4WKMA 3SEUA 3TTRA 4ZS9A 2Q89A 3OO6A 4Z7EA 1P1NA 2BJJX 4R6YA 4EQ7A 2O1LA 2AL4A 5ELVA 4N07A 3RGYA 1N3WA 3LUYA 1JEUA 4RNSA 1NH8A 2DVZA 4I8CA 5I56B 2OWSA 3PUZE 1YTVA 5JK4A 1DPEA 3H06B 4OVJA 2F7AA 1HSEA 2ZYOA 2RKMA 3G3FA 4DE8A 3HO7A 1URDA 4BDMA 3MZ1A 3VVFA 1VE4A 2Y7PA 4LQ2A 3TAJA 2UVHA 4YKKA 4XXUA 3ZS6A 1IQ7A 3FD3A 3VXCA 1MXXA 3K01A 1BLFA 4ND9A 2I6EA 3RN8A 3PU5A 3T9VA 4F3PA 3PV0E 3IX1A 3O6GA 4OFJA 3PMVA 3PUVE 3MVXA 1LCFA 2XX7A 3TDJA 1F9BA 1MS7A 1UIVA 3MPKA 2DOJA 2R71A 3U93A 3FJGA 2ABHA 1PC3A 4N6PA 1US4A 2F6PA 3RQTA 2NWJA 3H4ZA 1A8FA 3GXAA 2H25A 3KOSA 1D9VA 4BDOA 5JEIA 1LB9A 5I84A 3GZGA 2OCUA 4JXIA 3MWBA 3M3LA 4R2BA 3EQ1A 3SETA 4U22A 3C35A 3O28A 2XXYA 4I62A 3PMXA 4F2OA 2THIA 3IK6B 4G4PA 4ZEDA 1O64A 3KJ7A 5AA3A 4PFYA 4OXVA 1SW1A 3RUMA 3ECRA 4OERA 3QSLA 3EF7A 3PD8A 2O69A 3G3HA 3H6VA 1GV8A 4XKNA 3USDA 3MP1A 4BDNA 2UYFA 5L9MA 1EU8A 2Q2AA 2OJTA 3B6QA 3IB0A 4IO5A 5DT6A 1JEVA 4NTLA 1CE2A 2WKYA 4F3SA 3VV5A 1SI0A 1MM6A 3M3FA 1XS5A 1IXHA 4YU0A 1Q1KA 5TPAA 3TUSA 3U92A 2RINA 4QSEA 2D5WA 4R75A 2OBGA 3W9VA 2F7CA 4FEBA 3E4RA 3FVKA 3Q26A 5L9SA 4ZE9A 4U2RA 5HM4B 3PUYE 1VFEA 5CMMA 2Y7RA 3QUFA 4PFTA 1B1HA 1B4HA 4RXLA 1LAFE 3FVGA 3TTKA 3CRBA 3K00A 4LP2B 1PDAA 1I6BA 2Y7KA 3SEWA 1QVSA 2GHBA 2REGA 5FHNA 4IO6A 1MM7A 3S9EA 3D4GA 2Z23A 3P7IA 1GVCA 1US5A 4IB2A 1POTA 2DWAA 1J1NA 4F18A 4MFIA 4LONB 3H03A 4UACA 5AA4A 4F31B 2XX8A 5I59A 1Y4TA 3LSFB 1OLAA 4QFNA 1LFHA 3DLNA 5LOMA 3A3UA 1IEJA 1B5HA 2I48A 1M5BA 5EHMA 2F5XA 1B3GA 2AIXA 1DPPA 1LGBC 4OETA 3TZAA 2W7YA 3ZKLA 1A40A 1SW5A 3H6TA 3UORA 3FJMA 5I58B 1B1XA 4OEVA 2F36A 1B58A 3S9MC 3B6WA 1AIVA 3ODBA 2KLFA 4ZEIA 4JDFA 4R73A 4JBZA 1MY3A 3L6HA 4H6DA 3SESA 3DELB 2CZLA 4ZEKA 2QS1A 5H8NA 1IXGA 4DXBA 3G3GA 3MVWA 1FQBA 3I3VA 4JB7A 3GLBA 1XT8A 1GGGA 1N3XA 1UTBA 4IGTA 3PPPA 3O6IA 1IITA 5I2KA 4MH5A 1IZ1A 1OQHA 1FTOA 2V25A 2GFEA 3JYRA 1R6ZA 5EYFA 1DOTA 4F1UA 3HPIA 4F22A 1NH7A 4POWA 3R26A 1EZOA 2RCBA 1TFAA 2DWHA 1BIYA 3PPQA 2RC7A 1B7HA 3K1NA 4RPOA 5BWJA 3K6WA 1N04A 2XXXA 3MJNA 4PFWA 4RA1A 4TQUQ 4HCWA 4QFLA 2IEEA 3L6GA 4NWDA 1I6QA 4UA8A 4QHQA 1RYXA 5FTIA 3C31A 1UTHB 3GBAA 1SQYA 1H43A 3BKIB 4YKJA 1NL5A 2PT1A 3TCGA 4X1DA 4ZZEA 3PUWE 2O1MA 3MPLA 3KN8A 3UIFA 2QL3A 2UVIA 3CR9A 3PPRA 2VP1A 1MDP1 2XD2A 1MH4A 5KDTA 1IIWA 3TTLA 2B65A 4ZDMA 1FQCA 1PB7A 1MY2A 4PP0A 4G8HA 5ITPA 1N76A 3SEXA 4NMYA 4OTEA 2O68A 4DDDA 4IGRA 3RT6B 1ZTYA 4KYEA 5H8QB 3TPAA 5I56A 4NF6B 3G7WA 3RTFB 1JQFA 1PB8A 5CBRA 4GIZA 5KCJB 2GRVA 3QXMA 4NF4B 1IXCA 3N6UA 3OEKA 3Q25A 3KJTA 5I2NB 5AA1A 1I69A 2R9JA 4R6KA 4PE5B 2H5YA 2F35A 4WXJA 5KZTA 2RF1A 2I0BA 5I57B 3OEMA 3T96B 3OSRA 1MQDA 5HBCA 4GL8A 3QYTA 3HHFA 2PYYA 2OK2A 3ONMA 1N0TA 2Q8JA 1JW1A 3HSTA 4YAHX 2RC8A 3PMWA 4U4SA 3OMBA 4U23A 3FJ7A 3G3JA 4FAJA 2NUVA 3O29A 3VLUA 3RY3A 1JVXA 2X7PA 3K6XA 2H99A 3RTWB 4EUOA 4HCYA 3TMGA 4EQ9A 1SW4A 4E0WA 3T66A 5M2VA 2DXYA 1B2HA 4FIMA 4C1TA 2XX9A 1PB9A 1OVBA 4RK2A 4KPTA 3I5OA 3T9UA 1PEBA 4R6HA 3IJOB 1M5DA 3UGWA 4M4GA 4GLIA 4OHNA 5H8FB 1B32A 3JZJA 4Q30B 1LAXA 4Q8RA 2DE3A 3QAXA 4H67A 1FQDA 3VDFA 1B5JA 5ITOA 2P1SA 4P11A 1T0KA 1KWHA 1A7LA 1DTGA 4ELOA 1MPDA 3C36A 3MAMA 4ELRA 3GBBA 1H76A 3E3KA 2QRYA 1DSNA 3MVYA 4IY6A 1TFDA 1NMUA 1AL3A 2Q9TA 3N5LA 4YMAA 1MH3A 3T22A 3MZBA 4GVOA 2I0CA 4ELQA 1SBPA 2XXRA 5J1DA 2DWJA 2ESNA 4GXAA 1AOVA 3DP8A 1OIBA 1SD3A 1H44A 3IORA 4OQOA 3SEVA 1TWYA 3CFXA 3MVZA 3E13X 4ZZAA 1MDQA 3K1PA 3IAZA 2YPNA 3VVEA 4ESXA 3HV1A 5ISUA 4RK9A 1Y4CA 3C33A 2G93A 1XVYA 3Q29A 4QSCA 1B40A 4R2FA 3FASA 4QSDA 4KCDA 1R1NA 5ICTA 1FQFA 3PPNA 1SW2A 4ZEFA 3ZKKA 4FORA 3KZGA 1HSJA 1FTLA 1Y1ZA 2OZZA 4OENA 2G29A 3KN7A 4NF8A 4GD5A 4H1XA 3V83A 2PVUA 3N94A 1LSTA 2A5TA 5H8SA 3C4MA 1XVXA 4LZ5A 4LA9A 2ONSA 4F1VA 5CMKA 3TCHA 2PBWA 2DWIA 4R9GA 3LSWA 3FVOA 3LSXA 2ZNTA 4H0WA 1DMBA 4RYAA 4JWOA 3VLVA 4R74A 3DP4A 4U1ZA 3S9LC 3TKDA 1POY1 1P99A 3KSXA 2LAOA 1JVYA 4FJPA 2UYEA 4G77A 4IO2A 1B0HA 5JTYA 5CI5A 4JWXA 4BDQA 3CSBA 5B70A 5TP9B 3B7DA 3O2AA 1P1WA 4F1YA 4R9FA 2UVJA 3DM0A 2I3VA 3U94A 3V8XB 4YB5A 1II5A 3ILTB 1B4ZA 3FXQA 2B3BA 1I6AA 4FATA 2ANJA 5H8HB 5DTBA 1ELJA 1N84A 2QS4A 2PT2A 1LB8A 1B7UA 2V3TA 4ZEBA 1D3KA 4RJZA 4BLAA 4WEPA 4R72A 4NE4A 3O66A 1MG1A 3IB2A 4RPNA 1GTKA 4MBPA 3IR1A 4OFLA 2I49A 3PUXE 4YZZA 4NWCA 4F19A 4DZ1A 2QMWA 4NF5A 4PQJA 4JSDA 1UTHA 4GWOA 2ZYMA 1A55A 2PX1A 1QUIA 4GOTA 1NFTA 3G3KA 4F3BA 3K02A 2F34A 3U8QA 5DVFA 1IXIA 4G2ZA 1MQIA 2YJPA 1YAEA 4NEDA 3QUJA 3C34A 1AH5A 2XXIA 5TPAB 3RPWA 5AA2D 3U72A 5K2XA 1JW4A 1B3HA 2DE2A 2O51A 1PBQA 3F11A 1OVTA 2HXWA 4LZ7A 4QFOA 5AA2B 3M8UA 1LAGE 2XXHA 3EN3A 5CBSA 2ZNSA 2NVUB 1DTZA 5FHOA 1O63A 3W15C 3K0VA 1Q35A 5A5XB 4E0XA 2ZMBA 4NF6A 4DCXA 3IOUA 5HPQA 2F97A 3KBRA 3FIRA 5KCJA 3QK6A 4NF4A 2Y84A 1NNPA 2XXVA 1MQGA 3H6UA 2HAUA 5I59B 4C0RA 4H8IA 2F7BA 3S9NC 1JETA 2XHDA 1YCJA 1QW0A 4KYSA 2VGQA 2R6GE 1B51A 3T9XB 4TLLB 1MPBA 3N6TA 4G68A 3AXFA 1QULA 2B3FA 2P2AA 4LVQA 5IAIA 4EF2A 3R6UA 4QF9A 3OENA 3CG1A 4I1DA 2E0SA 3QIMA 1SVXB 2X7QA 4ELPA 4EXLA 4Q5TA 1FTKA 2DSFA 3D4CA 4BDRA 2QS3A 3UN6A 1LCTA 4YICA 3LR1A 1MXWA 5DVJA 2ZXTA 5DEXB 4P0IA 4TOZA 4EDPA 4GFRA 4H5GA 3SKPA 2OWTA 1MQHA 5I2KB 2ONRA 1M5FA 2Z8DA 3CI8A 3K4UA 2VD3A 1B3EA 2IA4A 4M1VA 3CFZA 2XXTA 3TYHA 1Y9UA 4Z0IA 1TXFA 4XTCQ 3KSJA 3CVGA 2QJEA 2ONKE 3G3IA 1B46A 4WEDA 5CM6A 4H65A 3BFUA 3B6TA 3H3GA 4KR5A 3PPOA 2F6GA 2DVCA 4LZ8A 3WAEA 2FA7A 3V89B 3VXBA 1GR2A 3OD7A 2V3QA 2O6AA 1BTJA 2CMOA 3MBPA 3HHGA 2YLNA 3K6UA 4H5FA 1FQAA 5FHMA 2ZYNA 3FZVA 3H6WA 1URGA 4DIGA 4ECFA 5CMCA 3K1MA 5KDTB 3CIJA 3KFMA 5CMBA 3TQLA 2DE4A 4K3FA 1YPNA 3TEPA 2HCAA 1B5IA 2I4CA 2O7IA 4FEDA 2VOZA 2Q2CA 2FNCA 4ZE8A 1S9TA 4YB6A 1LAHE 4ZECA 3W9WA 4PETA 1MQJA 1ANFA 1FTJA 3PGFA 4IO4A 1FCKA 4GF8A 1Y1MA 3EHUA 2I3WA 1H3DA 3KGCA 3OXNA 3HN0A 4OZ9A 2AYSA 2VHAA 5CC2A 1EZ9A 3OO9A 3OO8A 4EQBA 3KOTA 1Y3NA 1NKXA 1EH3A 4YB7A 3MC2A 3O97A 2NXOA 1BKAA 1PBPA 3FXUA 1RYOA 3IO6A 4MLQA 4OESA 3VLWA 2E1SA 3Q27A 2A5SA 1MY0A 3VE1B 4O3CA 3C9HA 3SDFA 4XIGQ 1UIUA 1L5TA 1ZLQA 4GXSB 3OOAA 1N7XA 5TP9A 4IY5A 4F2QA 2H4IA 2GHAA 1MXZA 1A54A 5FTHA 1MPCA 5EHSA 1LBCA 3T93B 1FW0A 2Z8EA 1XC1A 1Z7NE 4QRZA 3FV2A 2Y7WA 5H8HA 4KQPA 4MLVA 1JW5A 2M8CA 3SEYA 2ZYKA 1USYE 1WODA 1FTMA 1ZKBA 4RY1A 2Y7IA 4TLMB 4GL0A 3R7XA 4G8MA 1UQWA 5DVIA 2HQ0A 2XXUA 1OQGA 2AL5A 3S2VA 3H7MA 1AMFA 1B0LA 3MP6A 4G68C 3TODA 1OLCA 1SDXA 5CRYA 1ZIUA 3A3CA 3FVNA 2NOOA 3MP8A 5I58A 1SI1A 2H98A 2DS9A 2V93A 3IOWA 1HSLA 4HW8A 4F3GA 4U4XA 2RCAA 3K6VA 1LLSA 4GRKA 4ESWA 1FQEA 2REJA 1QUJA 3LBSA 4XKPA 2HZLA 3VFJA 3TCFA 4OFOA 2Q88A 3TFLA 4XKQA 2I58A 1O7TA 2H9BA 3RNNA 1IUDA 4OEUA 2O7UA 3MZ9A 2VD2A 1XHYA 1ZBMA 1LFGA 5AA2A 1VSOA 3PD9A 4OYVA 4KD5A 1D9YA 2QS2A 4L17A 3VVDA 3IL1B 4BDLA 1M5CA 1Z7ME 2XD3A 2FYIA 1Y3QA 4XKRA 3IOVA 1MY1A 3JV9A 4THIA 5A5XA 3CFLA 4F29A 4YMBA 3MUQA 2D21A 4EF1A 4O3BA 4X1BA 3WAFA 4DCYA 5K2YA 3FGSA 3CSGA 1H45A 4X9TA 1ZU0A 3IB1A 3C32A 4NF8B 4FECA 1CB6A 1B3FA 1P1QA 1QKAA 3KG2A 2A5TB 4KYDA 1D4NA 2ZNUA 1B05A 3UP9A 4Q0CA 3FATA 2PMSA 2QMXA 4H8JA 3TQWA 4KI0E 1Y3PA 2HAVA 1USYH 3CG3A 1MXUA 2D3IA 4DLDA 4HTGA 2V84A 3ILUB 2GH9A 3IOTA 1NNKA 1S50A 4IO3A 1ZMGA 1MRPA 4AB6A 4LATA 5JTYB 2O84X 1WDNA 1B6HA 1NNTA 3T9HB 1RKMA 3LC8A 4PFUA 3EPEA 4FE8A 2HZKA 4YKIA 3MQ9A 4U21A 4JWYA 5DEXA 1S7YA 3V5AA 1EZPA 1LFIA 1LBBA 5H8QA 1XOCA 2I4BA 2XXQA 2Z8FA 3I6VA 1QJMA 3ZSFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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