3S2VA

Crystal structure of the ligand binding domain of gluk1 in complex with an antagonist (s)-1-(2'-amino-2'-carboxyethyl)-3-[(2-carboxythien-3-yl)methyl]thieno[3,4-d]pyrimidin-2,4-dione at 2.5 a resolution
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
b'RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Selective kainate receptor (GluK1) ligands structurally based upon 1H-cyclopentapyrimidin-2,4(1H,3H)-dione: synthesis, molecular modeling, and pharmacological and biostructural characterization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 84
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-17
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s2vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s2vA02
1MQIA 4H65A 2HFBA 1SDXA 1ZJLA 2H9BA 3FVKA 3R26A 4ZECA 3QXMA 3TAJA 4F31B 5TP9B 3JZJA 4QF9A 1A99A 5I2NB 5L8DA 3FVOA 1LAFE 2ZNSA 3K00A 3MW0A 2Q2AA 4OXVA 2LAOA 3BFUA 4JBZA 4IY5A 3MP1A 3VXCA 2UYFA 3KOSA 2BJJX 4R6YA 1FQFA 4DDDA 3T66A 2I49A 2REJA 1NFTA 3PPNA 3H06B 4ECFA 1N0TA 2YJPA 1P99A 3HO7A 1B3EA 3K1PA 1BLFA 3I3VA 1ZIUA 3ILUB 1FQDA 1UTHB 1JNFA 4I62A 4P11A 2PBWA 3IX1A 5H8NB 5L9MA 3TTMA 5CC2A 2I0BA 3HPIA 1B7ZA 1YAEA 2ALUA 5DEXA 4ESXA 3MUQA 3OOAA 3OMBA 2ONRA 1S50A 3RY3A 4NF5B 3SESA 3HSTA 3O29A 2V93A 4NF6B 1MPCA 3TZAA 1N7XA 3O2AA 3RTFB 3GZGA 3CSGA 4GRKA 4G68B 4LA9A 4F2OA 1MH3A 2V3UA 4ONYA 2DVCA 3OO7A 4H8IA 5I57B 4R73A 4F1VA 1AL3A 3W9WA 4OFOA 1SVXB 3TMGA 1IXIA 2GFEA 3UA8A 4ZS9A 3K2DA 1LBCA 1M5BA 4FECA 4F3SA 1OMPA 3MVWA 1MXZA 4WXJA 3IK6B 3C36A 3T9UA 3RPWA 3K6UA 3U92A 3N26A 1D3KA 3O6IA 1Y1ZA 4QFLA 4R6HA 3SDFA 1MQDA 1OQGA 3B6WA 2FA7A 3H6TA 4G2ZA 3OO6A 1PBPA 2PVUA 5IAIA 4FEBA 4OETA 4QFKA 3PPPA 5A5XA 1SI0A 3FV2A 2O6AA 4LUBA 1CE2A 2RKMA 1B40A 1Q35A 4PQJA 2ANJA 1BTJA 4YB5A 3S4UA 3O97A 1UIUA 4BDLA 3FXUA 5JEIA 3LR1A 3C32A 3EQ1A 4BDRA 4R9FA 3V89B 1Y9UA 3QIMA 5I59B 2ABHA 3PGFA 4M4GA 4POWA 4F39A 5KDTA 3OXNA 1P1QA 2V3TA 1TXFA 3O28A 3RLFE 4DXCA 4U1OA 4AB6A 4L17A 1B5JA 2QJEA 5J1DA 4F29A 5I2KB 4F3GA 3HV1A 3E3KA 1B46A 4IO7A 1A8EA 2XXVA 4X1BA 4EQ7A 4IB2A 4Q0CA 2F78A 4DXUA 5TP9A 3RTWB 4O3CA 5I2NA 4IO3A 4F3PA 2CZLA 3CR9A 4GFRA 4G8HA 4RPOA 3DELB 3CFZA 4HCYA 4PETA 3M8UA 4KFQA 1O63A 3KZGA 3VE1B 2UYEA 1FTMA 3LC8A 1L5TA 1R1NA 2V84A 2XXPA 4XXUA 3O9PA 4OERA 4LZ5A 4FAJA 1MY3A 2ZYNA 1Y20A 2E1SA 3H3GA 3PD9A 3Q27A 1LB8A 2AYSA 2D21A 3SERA 1UTHA 4ZZEA 4RK9A 2Y7PA 4C0RA 3C35A 2Y7RA 4C1UA 1US4A 5H8NA 1H45A 1I69A 2QMXA 3PUYE 2HAVA 1NH7A 2R6GE 3IORA 3FJGA 4NF5A 1LFGA 2NOOA 4NF6A 3TUSA 3D4CA 4MFIA 2DYXA 3MZBA 1MY2A 1LAHE 3L6GA 3RN8A 3TQLA 1A55A 4G68A 4RY1A 3LSFB 5CMMA 1TT1A 2HXWA 3W15C 5I57A 4G8MA 4JSDA 1SI1A 2X26A 3CRBA 4IO6A 1OVTA 2DQVA 1B5IA 4QFOA 1WODA 4THIA 4GQOA 3PPOA 4RJZA 1GGGA 3I5OA 1XVXA 3TCFA 4R9GA 2XD3A 3KSXA 4MBPA 5L9SA 3S9MC 3ONMA 1PEBA 1Y4TA 4NWCA 2CMOA 3FXRA 5KCJB 1QKBA 1PC3A 1B1HA 3ZKLA 5M2VA 4WKMA 3VLVA 4OFJA 2FNCA 2H99A 3VV5A 2ZMBA 3OSRA 4OVJA 3TPAA 3KJTA 4ZEIA 3C4MA 3ZS6A 4F19A 3Q25A 2QS3A 4P0GA 4ZEKA 4YMAA 1UTBB 1MQGA 4G8NA 5ICTA 4NF8B 3EF7A 3N6TA 4HW8A 1MS7A 2H25A 2DE2A 5I59A 3KSJA 2Y7WA 3RQTA 1Z7ME 2F35A 2O7IA 4XIGQ 3TODA 4Z7EA 2F5XA 2X7PA 3TEPA 1XC1A 1URSA 3TCHA 1JW1A 3DLNA 4YICA 2AIXA 2DXYA 5DVFA 2DS9A 2GHBA 4ELOA 1US5A 1NNFA 3G3IA 5I2KA 4BLAA 4EF1A 1MRPA 4RYAA 3TTLA 4MF3A 1IIWA 3IO6A 1MDQA 4Z0IA 1GR2A 2NXOA 1FTOA 2DWAA 1B0LA 1EZPA 1IZ1A 4RPNA 4G77A 4POXA 2H98A 2Q9TA 5AA2D 4YB7A 3MQ9A 3FASA 1UIVA 1NH8A 1B4HA 3FVNA 4OHNA 1Y3QA 1T0KA 4NWDA 2O69A 1NMUA 4R6KA 4QFNA 2G93A 4I9DA 2ZYOA 3BBRA 4ND9A 2OBGA 1NNTA 1WDNA 3S9NC 4YAHX 2D3IA 3QK6A 3EHTA 3DM0A 2R71A 3T93B 3M3FA 2XXQA 4JB7A 3PUZE 2VP1A 3SETA 4PFYA 4C1TA 1EZOA 2F6GA 1OLCA 1IXCA 2F8DA 3K02A 1LAGE 1NL5A 5FTIA 2OWTA 3G3FA 2QS1A 4R74A 4BDNA 4QHQA 5FHMA 1PB8A 1MM7A 2Z8FA 2RC9A 3FATA 3PMWA 3ZSFA 4PFUA 4ESWA 2X7QA 4Q8RA 1QJMA 1IEJA 1LBBA 1FQCA 3RGYA 1QVSA 3OSQA 4MH5A 2DSFA 5TU0A 1FCKA 4PP0A 1ZMGA 3K6XA 3C33A 3RNNA 4OWDA 3KOTA 2VD2A 3UN6A 3CG1A 3VVEA 3GLBA 3TKDA 3LBSA 1B2HA 4PFTA 4H1XA 2I0CA 3H6UA 2M8CA 2DE3A 4YKJA 3GBBA 1N3XA 2XXWA 1FQEA 1P1NA 2O7UA 3KJ7A 4NE4A 3N5LA 3O6GA 1LCTA 4QSEA 2UVGA 3L6HA 4WEDA 4G68C 5DTBA 5BUUA 1MY4A 4GL0A 3A3CA 3E13X 1JQFA 3IL1B 3TFLA 1MQHA 4E0XA 3HCQA 1NNPA 1FTJA 2I3WA 1KWHA 5AA1A 3SEYA 4KYDA 2VOZA 4EXKA 2I58A 3KG2A 2VD3A 3H4ZA 1JW5A 1SW5A 1SW2A 5KCJA 2DVZA 2DWHA 1QKAA 2YPNA 4KR5A 3O66A 4OENA 5DYHA 2Q2CA 2QSXA 1FW0A 3KEIA 5I84A 4GOTA 1OQHA 1SBPA 3B7DA 1RYXA 3M3KA 4OYVA 1N84A 2UVIA 3IOWA 3WAEA 1II5A 3G3GA 3TTKA 1UTBA 1HSEA 5JTYB 1H44A 3PD8A 4NF8A 3KGCA 3MVZA 3CFXA 1A40A 1UQWA 4U4SA 5CM6A 1R9LA 4RNSA 4ZEDA 4U1ZA 3MAMA 1XS5A 1B6HA 1B7HA 3C31A 3C9HA 2Z8EA 1I6AA 2UVHA 2OWSA 2G29A 3N94A 3MZ1A 3ILTB 5K2YA 1SD3A 2UXAA 2QL3A 1S9TA 5AA2A 1D9VA 1AOVA 1SYIA 3KFMA 3Q29A 1QW0A 4BDQA 3OO8A 2FYIA 1FTLA 3BKIB 3S9LC 2RCBA 1M5CA 3FXQA 1TWYA 3MP8A 3S2VA 4DIGA 4JSOA 1MQJA 3G7WA 3CI8A 5F7VA 3V83A 3DP8A 1Y3NA 1JVYA 2O68A 5ISUA 3W9VA 4JWXA 4P0IA 4H5FA 2R9JA 3I6VA 3MPKA 1A54A 1MDP1 3HN0A 4ZDMA 1MXXA 1GVCA 4LP2B 1MM6A 3T9XB 3R7XA 1B3LA 1IQ7A 3F11A 3CVGA 1PB7A 2A5SA 4LZ8A 2F34A 4LQ2A 2QS4A 4O3AA 1B5HA 1B32A 4FEDA 4YKIA 2Z8DA 2O1LA 2H4IA 3A09A 5H8FB 1DTZA 3QYTA 4QSCA 4HCWA 3M3LA 4YU0A 2DXRA 1FQAA 2XXXA 3PMVA 5I56B 4ISUA 4LATA 4N07A 4MLVA 3TELA 5K2XA 1XT8A 2AL4A 3OELA 4H6DA 4U4XA 5TPAB 2QRYA 2O84X 4XKQA 2HQ0A 4KYEA 3TTNA 3BFTA 4XKRA 4E0WA 4TQUQ 1FTKA 4IGTA 1M5FA 3MBPA 2RC7A 4QRZA 5BWJA 2O51A 2Q89A 3OD7A 1OLAA 5EHMA 3LSXA 1A7LA 1PDAA 2ZYMA 2OZZA 5DT6A 4GL8A 1P1UA 1MY1A 3VVFA 1HSLA 2A5TA 1S7YA 4AQ4A 2XHDA 4BDMA 4KCDA 3MC2A 2P1SA 3FIRA 4LZ7A 5H8QB 1MXYA 4KI0E 1H3DA 4KCCA 1LB9A 1LGBC 2B65A 3FUZA 2Y84A 4H8JA 1BIYA 1Y3PA 1POTA 5EYFA 1D9YA 3KN8A 4BDOA 1PBQA 3U72A 4H0WA 4FIMA 1BKAA 4WEPA 3U1OA 3U8QA 2XXUA 1USYE 1JEVA 2D5WA 4X48A 3CG3A 4H67A 5JK4A 4OMBA 4AB5A 1H76A 2VGQA 3LUYA 2I4CA 3IO4A 5JTYA 1N04A 4JWYA 1ATGA 4G4PA 4ZE8A 1IXGA 3PV0E 2Q88A 4IGRA 2RF1A 3K4UA 1OIBA 3R6UA 2V25A 5I58B 4YKPA 2HEUA 2YLNA 2ONSA 2QPQA 2NWJA 3G3HA 3B6TA 3IOTA 3FZVA 4NMYA 2XX8A 2REGA 5AA2B 4RK2A 3E4RA 3KN7A 3PUWE 1MPDA 2HZKA 4U22A 2E0SA 2P0SA 4FATA 1AH5A 2NUVA 4KHZE 1GTKA 4I1DA 3VVDA 1DPPA 3ECRA 2QS2A 3RT8A 5CMKA 3UIFA 1ELJA 3PUVE 1NKXA 5FHNA 4R72A 5AA4B 5KZTA 4NF4B 1YPNA 3UGWA 1I6QA 4OEUA 5AA3A 1P1WA 4DE8A 1RYOA 1LFIA 1MG1A 2DP8A 4OZ9A 3TTRA 1B3FA 4KPTA 4IO5A 4ZE9A 4Q30B 1VSOA 3QUJA 1XVYA 2RC8A 1DOTA 1VE4A 2THIA 2OK2A 5ITPA 1LLSA 1CB6A 4OESA 4FJPA 1B58A 3P7IA 4I8CA 3OO9A 3JYRA 4ZZAA 1R6ZA 2DOJA 2PYYA 5H8FA 2WKYA 5DVIA 4MLQA 3MVYA 4EQBA 1MXVA 3FJ7A 3DP6A 3MWBA 4QFPA 3CFLA 5CBRA 3T9VA 1B7UA 5CBSA 3WAFA 3PPRA 3RT6B 5I56A 4GIZA 2IEEA 4GLIA 4LVQA 1MXUA 3H7MA 4ELPA 1SQYA 1B4ZA 1LSTA 3SEWA 5TPAA 3T96B 2F36A 4GF8A 3TYHA 4OEVA 3PPQA 5B7DA 1NNKA 3Q26A 4EUOA 3FJMA 1MPBA 2F7AA 3MJNA 5CMCA 1GV8A 3K6VA 2B3FA 2A5TB 2PMSA 4F2QA 1ANFA 4XTCQ 1USYH 3FVGA 4ZEBA 1DMBA 1F9BA 3O6HA 4DLDA 2OLBA 3QUFA 4R75A 5HBCA 5H8QA 1JW4A 4KD5A 2PX1A 2XXTA 3IOUA 1B51A 1TFAA 1P1OA 1WVJA 3T9HB 5ICQA 1EZ9A 3OEMA 3LSWA 1JEUA 3PU5A 4PE5B 3PUXE 5B70A 2IA4A 1XHYA 4ELQA 3K1MA 1PB9A 4OQOA 3KBRA 1URDA 4K3FA 3KN3A 3K1NA 4TLLB 4GD5A 3U94A 1TFDA 4QSDA 4N6PA 3V8XB 3SEUA 5CI5A 1SW1A 5FTHA 2Y7IA 5ITOA 5F1QA 3U93A 3ZKKA 1RKMA 5H8HB 4RXLA 2GRVA 2H5YA 1A8FA 3A3UA 1AMFA 5I58A 1B3HA 2GHAA 3EHUA 1VFEA 3MPLA 1BP5A 2DWJA 1JETA 2F7CA 4U21A 2Q8JA 4Q5TA 1DPEA 2I3VA 1M5DA 5DVJA 3PMXA 4YKKA 4FORA 4KQPA 4TLMB 4DCXA 1H43A 5CMBA 1LCFA 1Q1KA 2V3QA 3G3JA 3HHFA 2KLFA 4N13A 4JDFA 3TDJA 3FGSA 3SKPA 1N7WA 1MY0A 4YB6A 2AL5A 1POY1 2XX7A 1MXWA 2ZYKA 3AXFA 5AA4A 4NF4A 2QMWA 2ZXTA 4F3BA 5LOMA 4KYSA 3FV1A 1SW4A 4HS7A 1ZBMA 4IO2A 2HCAA 4GWOA 5L9OA 1O7TA 3VLUA 5HM4B 1ZTYA 3N6UA 2OJTA 2W7YA 3LSLA 3QAXA 4NTLA 2GH9A 4U2RA 3VXBA 4FE8A 1ZU0A 3B6QA 1IUDA 3UK4A 3IR1A 2HAUA 4TOZA 3K0VA 3JV9A 1AIVA 4F1UA 1VR5A 2XX9A 1LFHA 1J1NA 1YCJA 4X9TA 4R2BA 1QUJA 4JXIA 2XD2A 1Z7NE 4NEDA 2Y7KA 5H8SA 2XXYA 4GVOA 3IB1A 3ODBA 1R9QA 3T22A 3H6WA 3CSBA 3UP9A 4GXSB 5DEXB 2XXRA 2ZNTA 4M1VA 3IOVA 4X1DA 2XXIA 4DZ1A 3K6WA 4PFWA 2RINA 2Z22A 3H6VA 2F6PA 1B0HA 1B9JA 1QUIA 3IB2A 3IAZA 1URGA 4U23A 3RUMA 1QULA 2HZLA 1ZLQA 3VLWA 4O3BA 1XOCA 2DE4A 2I4BA 5FHOA 2ZNUA 1B1XA 3EPEA 2B3BA 1EU8A 3H03A 2F97A 4F1YA 3K01A 4RA1A 4DXBA 2PT2A 4EQ9A 4ELRA 1B52A 1I6BA 1LAXA 4EF2A 3FD3A 4JWOA 3V5AA 3OEKA 3E9XA 3UORA 1SYHA 1DSNA 2NVUB 1Y4CA 3GXAA 2ONKE 4XKPA 5HPQA 4OTEA 1Y1MA 2I48A 1FQBA 2F7BA 2PT1A 4XKNA 1EH3A 4H5GA 4EXLA 4DCYA 1B3GA 4ZEFA 3MVXA 3IJOB 3THIA 1MH4A 2I6EA 5AE4A 5A5XB 4EDPA 4YZZA 2Z23A 1ZKBA 1N76A 3DP4A 4F18A 4OFLA 3S9EA 1IXHA 3EN3A 4IY6A 3VFJA 2DWIA 5H8HA 4LQ5A 3TCGA 1O64A 3SEVA 3OENA 2VHAA 4LONB 3CIJA 3VDFA 1M5EA 1VFDA 5EHSA 1OVBA 2O1MA 3GBAA 3IJXB 3SEXA 3MZ9A 2RCAA 2XXHA 3Q28A 3D4GA 1N3WA 2ESNA 5KDTB 1IITA 3QSLA 4UACA 2UVJA 3C34A 3TQWA 3G3KA 3EHSA 1YTVA 2OCUA 4HTGA 4YMBA 4UA8A 1HSJA 4F22A 4R2FA 5ELVA 3HHGA 1JVXA 1B05A 4GXAA 3IB0A 3MP6A 1QUKA 1DTGA 2P2AA 4IO4A 5CRYA 1D4NA 3USDA 5IKBA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NX1A 5J16A 1MQIA 4H65A 2HFBA 1SDXA 1YZ0A 1ZJLA 2H9BA 3FVKA 3R26A 4ZECA 3QXMA 3TAJA 4F31B 5TP9B 3JZJA 4QF9A 1A99A 5I2NB 5L8DA 3FVOA 1LAFE 2ZNSA 3K00A 3MW0A 2Q2AA 4OXVA 4JVCA 2LAOA 3BFUA 4JBZA 4IY5A 3MP1A 3VXCA 1FBPA 2UYFA 3KOSA 4JVDA 2BJJX 4R6YA 4GWWA 1DCUA 1FQFA 4DDDA 3T66A 2I49A 2REJA 1NFTA 3PPNA 3H06B 4GX6A 4ECFA 4N81A 1N0TA 2YJPA 1P99A 3HO7A 1B3EA 3K1PA 1BLFA 3I3VA 2OWZA 1ZIUA 3ILUB 1LBYA 1FQDA 1UTHB 1JNFA 4I62A 1DBZA 4P11A 2PBWA 3IX1A 5H8NB 5L9MA 3TTMA 5CC2A 2I0BA 3HPIA 1B7ZA 1YAEA 2ALUA 5DEXA 4ESXA 3MUQA 4PAFA 3OOAA 3OMBA 1G0HA 2ONRA 5DW8A 1S50A 3RY3A 4NF5B 3SESA 3HSTA 3O29A 2V93A 4NF6B 1MPCA 3TZAA 1N7XA 3O2AA 3RTFB 3GZGA 3CSGA 4GRKA 4G68B 4LA9A 4F2OA 1MH3A 2V3UA 4ONYA 5EQ8A 1Q9DA 2DVCA 3OO7A 4H8IA 4DI3D 5I57B 4R73A 4F1VA 1AL3A 2HHMA 3W9WA 2XWOA 4OFOA 1SVXB 4HE2A 4GBWA 3TMGA 1IXIA 2GFEA 3UA8A 4ZS9A 3K2DA 1LBCA 3A29A 1M5BA 2VT5A 1NV0A 4FECA 1OMPA 4QBAA 4F3SA 3MVWA 1MXZA 4WXJA 3IK6B 3B50A 3C36A 3T9UA 3RPWA 3RYDA 4PBHA 3K6UA 3U92A 3N26A 1D3KA 3D1RA 3O6IA 1Y1ZA 2WEFA 4N6KA 4QFLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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