3S2VA

Crystal structure of the ligand binding domain of gluk1 in complex with an antagonist (s)-1-(2'-amino-2'-carboxyethyl)-3-[(2-carboxythien-3-yl)methyl]thieno[3,4-d]pyrimidin-2,4-dione at 2.5 a resolution
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
RTLIVTTILEEPYVMYRKSDKPLYGNDRFEGYCLDLLKELSNILGFLYDVKLVPDGKYGAQNDKGEWNGMVKELIDHRADLAVAPLTITYVREKVIDFSKPFMTLGISILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVRDGSTMTFFKKSKISTYEKMWAFMSSRQQSALVKNSDEGIQRVLTTDYALLMESTSIEYVTQRNCNLTQIGGLIDSKGYGVGTPIGSPYRDKITIAILQLQEEGKLHMMKEKWWRGNGCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 1
publication title Selective kainate receptor (GluK1) ligands structurally based upon 1H-cyclopentapyrimidin-2,4(1H,3H)-dione: synthesis, molecular modeling, and pharmacological and biostructural characterization.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 84
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-17
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s2vA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s2vA02
2H25A 3TFLA 3PUXE 3K1PA 1R9QA 4U1ZA 3PPOA 5L8DA 3O2AA 4F31B 2DXRA 3MP8A 4PETA 4LZ5A 4FAJA 4R72A 5BWJA 3SEYA 4QSEA 3MJNA 3LUYA 3E3KA 3LR1A 1Q1KA 1TT1A 2DE3A 2QS3A 3MZBA 1A55A 4TLLB 3E9XA 5FHNA 4Q0CA 4GXAA 1SW1A 3LSXA 2QMXA 3H4ZA 1LBCA 3GLBA 3K4UA 4DLDA 1B7UA 3K1NA 4Q30B 3KG2A 5BUUA 5ITOA 4H1XA 3K1MA 4G2ZA 2D3IA 3TPAA 1B7ZA 2DXYA 3K2DA 3IO4A 4DCYA 3KN7A 3S4UA 4YMAA 1MXXA 3QYTA 1LGBC 3OEMA 4BDOA 3FASA 4BDNA 5CMBA 1B3EA 1B3FA 3MW0A 3H6WA 3FJMA 5CBSA 3ONMA 4RK9A 2LAOA 4KQPA 1A8FA 1S9TA 4OEUA 3QUJA 5DVFA 3LBSA 3JZJA 3VXCA 1XS5A 4G77A 3SDFA 3TQLA 4QFPA 3FJGA 1NMUA 1FQFA 2H4IA 2R6GE 4FE8A 2ONSA 3FV2A 2FA7A 3H03A 3TQWA 3CI8A 2FYIA 2I49A 4IY5A 4XKPA 2CZLA 3RLFE 1MY0A 3UP9A 4DDDA 5FHOA 1B0HA 1JNFA 2F78A 4QHQA 1Y4TA 2Z8EA 1NFTA 2E1SA 3BFUA 1PB9A 1UIUA 2Z22A 3U72A 2OCUA 3EPEA 3FJ7A 3IL1B 4EXLA 3T9VA 5DVIA 3HO7A 3VE1B 3D4CA 4TQUQ 4XTCQ 2XXVA 3FD3A 3USDA 4F18A 1IXGA 1KWHA 4GF8A 4H6DA 1TWYA 4YKIA 2NOOA 3EHUA 3HN0A 1SI1A 4LUBA 4ZEKA 2X7QA 1IUDA 4F39A 4F3GA 3C35A 1MH3A 5ICTA 1OMPA 4U4XA 3PD8A 2DE2A 3C4MA 1QJMA 3G3KA 2QS2A 3QIMA 1SI0A 1FQCA 3K6WA 4M4GA 2F5XA 2OWSA 4RA1A 3QUFA 3QSLA 1QKAA 1NNFA 3MP6A 3UN6A 1DTZA 3U93A 5F7VA 2RKMA 4ONYA 2ONKE 4I9DA 4K3FA 4XKQA 2I58A 1UTBB 4G8NA 1F9BA 4GOTA 4XXUA 3G3GA 4XKRA 1M5EA 4IO5A 3HV1A 1LB9A 3MZ9A 3OXNA 4JWXA 5CM6A 3PMWA 4I8CA 4QSDA 4X1DA 3MQ9A 4YKKA 2CMOA 4F3SA 3U94A 1UTHB 4DZ1A 1D3KA 4C1UA 1MRPA 5EHMA 1UTBA 4OXVA 3KFMA 1LFIA 1LAHE 2DWJA 4EF2A 4R73A 5ITPA 4N13A 3FGSA 2W7YA 2KLFA 3N26A 3LC8A 4YICA 1MXZA 1RYOA 3VDFA 1QUIA 3FV1A 5K2YA 1D9YA 3ECRA 4GXSB 4LQ5A 1R1NA 2V3QA 4FECA 4ZZAA 1DOTA 4KCCA 5CBRA 2DVCA 2PVUA 1TXFA 3IJXB 4NF5B 4QFNA 2ZYNA 1UTHA 2X26A 2DWAA 5KCJB 3KGCA 1EZOA 4H0WA 3CIJA 4JB7A 1GTKA 2QSXA 3CG1A 2QJEA 1ZJLA 1B3GA 2Q88A 2UVGA 1VFEA 5HM4B 3KBRA 2PYYA 4R6HA 3IOTA 1MXVA 3IORA 3CR9A 3CSBA 1B32A 2O51A 5H8FB 1JETA 3N6UA 4GFRA 4LONB 1GV8A 2ABHA 1MDQA 1H3DA 2RF1A 1H43A 3M3KA 1XT8A 3OSQA 2ONRA 2Q89A 1FQEA 3TEPA 3V8XB 5L9MA 2Q9TA 3H6TA 2O69A 2E0SA 2I0CA 1FQAA 1D9VA 1P1NA 1Y3PA 2Q2AA 5H8FA 2I3WA 4OFJA 1ZLQA 4P0IA 4R2BA 4WEPA 2HFBA 3SETA 4X9TA 3FVKA 3JYRA 1SYIA 4ZEIA 3T66A 2IEEA 3FVNA 2Y7KA 3T22A 3B7DA 4C0RA 2F36A 1MS7A 2HZKA 3MVXA 4H5FA 1JW4A 4N07A 3OELA 3M3LA 1ZU0A 3T9UA 1AOVA 3LSFB 1MXYA 2OZZA 2FNCA 2ZYMA 2A5TB 4ZEDA 4PFYA 3D4GA 4XKNA 4GQOA 3MAMA 3UIFA 3OEKA 3TTLA 3PU5A 5H8NB 2QRYA 3TCHA 4POWA 4I1DA 4ELRA 2F35A 3S9MC 3T9HB 3CFZA 4YKPA 3FXUA 3K0VA 2VD3A 2A5SA 3PUZE 4DE8A 2O68A 4JSOA 2XHDA 3OO8A 1PC3A 2D21A 4UA8A 1HSLA 2XXRA 2O7IA 1Y4CA 5FTHA 3S9EA 2A5TA 4IO7A 1B1XA 3TCGA 4G8MA 3AXFA 1MH4A 3DP8A 2RCBA 4JDFA 4KCDA 4OHNA 3C31A 4R6KA 2O84X 4ESXA 4OYVA 3SEVA 1MG1A 4R75A 3B6TA 3IOWA 2ANJA 1VR5A 3PPRA 4PQJA 2QL3A 5CC2A 1YTVA 2HAVA 3PUWE 3O6IA 3KOSA 3MP1A 5I59B 2NVUB 3FVGA 4MBPA 3N5LA 2REJA 4MLVA 2Y7WA 3RT6B 1LCFA 1H45A 1DPPA 1LAXA 3HCQA 3VVDA 4NF4B 2UVJA 4JWYA 1TFDA 1US4A 3G7WA 3N6TA 4ELQA 1JVYA 4EF1A 3TTRA 1II5A 2UVIA 5FTIA 1NKXA 1B2HA 3LSLA 1PEBA 5I59A 3PUVE 4ZECA 1P1WA 3ODBA 1OVTA 4FEDA 1UQWA 4LZ8A 3CVGA 1B40A 4U2RA 3SKPA 3L6HA 2ESNA 3DP6A 4NF4A 2AL4A 2XXTA 2F7AA 4H8JA 4KD5A 4F2OA 4H5GA 4PE5B 1OLAA 1SBPA 1Y1MA 3TAJA 4RYAA 2V3TA 5I2KB 4H67A 3O6HA 3I5OA 3ZS6A 3V89B 2DQVA 4EXKA 2XX8A 3TELA 1QVSA 4O3CA 3HSTA 1URSA 3KN8A 3TMGA 5AA1A 1B51A 3ZSFA 1ZMGA 4XIGQ 3Q28A 1SDXA 1N7XA 1POTA 1P99A 2X7PA 4QFOA 5AE4A 4JSDA 1B05A 5I2KA 1OVBA 4I62A 4EUOA 4OFLA 1EU8A 4POXA 1XVYA 3B6WA 4R74A 5CMCA 2DE4A 4PFUA 1WVJA 4WKMA 1SQYA 1B4ZA 3T93B 5I2NB 1P1QA 4M1VA 3PD9A 3PUYE 5B70A 4LVQA 2PX1A 2F7BA 3TYHA 1A54A 4GL8A 2O1LA 3KZGA 5CMMA 1Q35A 4DXBA 4QFKA 1AIVA 3O97A 2ZYKA 4WXJA 2G93A 5I2NA 1O7TA 2ZNTA 3OMBA 1BTJA 3CFXA 2DYXA 2V3UA 4Q8RA 3CSGA 5CRYA 1MPCA 4YZZA 1Y20A 3C9HA 1TFAA 5LOMA 3SEUA 2XX7A 4RY1A 1N0TA 3BKIB 4F1YA 4HCWA 2RINA 2ALUA 4DIGA 1PBQA 3W15C 5ICQA 3DELB 1EH3A 3KSJA 3O28A 2RC8A 2P2AA 4RJZA 3A09A 1DMBA 4GD5A 4UACA 2Q2CA 3IB2A 4EQBA 1RYXA 4RNSA 5AA2B 4TLMB 3DM0A 3RGYA 4IB2A 1N84A 2THIA 1FTOA 5DYHA 3VVEA 3K6UA 4YB5A 3CG3A 4KYSA 4QF9A 3MUQA 3MWBA 3A3UA 3O66A 1N04A 3IAZA 3VXBA 2I4CA 5J1DA 1XVXA 1IIWA 2UVHA 4RPOA 4WEDA 5ISUA 3OO7A 2B65A 3UGWA 2AYSA 2AIXA 2XXUA 3S2VA 2VP1A 5AA2A 3SESA 3CRBA 1S50A 1MM6A 3WAFA 3IB0A 1LBBA 1DSNA 4BDRA 4G68C 1MXWA 3U1OA 2R71A 3BBRA 3TODA 3H6UA 1B4HA 3F11A 5I84A 4ZEFA 4U1OA 1MY1A 1M5CA 4U22A 1PB8A 4MH5A 1USYH 2V84A 2WKYA 5B7DA 4JXIA 5F1QA 1IZ1A 3KOTA 3GBBA 4KHZE 2VHAA 3SEXA 4YAHX 2XXQA 4Q5TA 1JW5A 3FXQA 1O64A 1R9LA 4BLAA 2Z23A 3TKDA 2RC7A 4LATA 3EQ1A 2PT1A 2H99A 4Z0IA 4R2FA 1PB7A 4RPNA 3M3FA 3THIA 2DWHA 1USYE 1B6HA 3O29A 2ZNUA 1NNKA 1ZBMA 4OENA 1I6BA 3IOUA 3P7IA 4NF5A 4U4SA 1US5A 3U8QA 2OK2A 1MM7A 2OWTA 5KCJA 1B9JA 1NNTA 5AA2D 2XXXA 4PFTA 1NH8A 1YPNA 2M8CA 4AB6A 3EF7A 1N3WA 2HXWA 2G29A 5CMKA 3HHGA 4FJPA 1FTJA 4R9FA 4ESWA 1B1HA 3Q25A 2REGA 3PV0E 2OJTA 3G3HA 4OQOA 1JQFA 3CFLA 5IAIA 1LAFE 1MPBA 1B5JA 1QKBA 1H76A 2VOZA 4MF3A 4AQ4A 2AL5A 1VFDA 2F34A 4NF6B 4H8IA 2HEUA 2YJPA 4PFWA 1L5TA 3O6GA 3RTWB 3K00A 4NWDA 3IJOB 4QRZA 2Y84A 3K02A 1RKMA 4R6YA 3PPNA 3JV9A 3V83A 4P0GA 3EHSA 4F1VA 1Y9UA 2Y7PA 1VE4A 4GIZA 2F97A 4ELOA 1M5DA 3S9NC 4ZE8A 4OTEA 2I0BA 3KJTA 4LZ7A 4HS7A 1LB8A 1WODA 4NF6A 4H65A 5DT6A 1ANFA 1GVCA 3VLWA 3UORA 3PMXA 5JTYB 3ZKKA 1B3HA 3HPIA 1Y3QA 1QULA 4E0XA 4ZS9A 1MPDA 2I4BA 5H8NA 5IKBA 4IO6A 1DPEA 3KN3A 5M2VA 4LA9A 3FVOA 1CB6A 4C1TA 2DP8A 5KZTA 3U92A 3RPWA 1PBPA 1ZTYA 4KR5A 5FHMA 1O63A 4THIA 5JTYA 2O1MA 1M5BA 3C36A 4NF8B 3IR1A 4AB5A 1GGGA 3MVWA 2YLNA 3PPQA 4O3AA 1S7YA 3L6GA 1IITA 1EZPA 1CE2A 3RT8A 1FQDA 1FTMA 2F7CA 2HCAA 4E0WA 3C32A 1D4NA 1B5IA 3FZVA 4FIMA 1ZIUA 3TUSA 3FIRA 2H98A 1URGA 4FORA 3K01A 4N6PA 2HQ0A 3OSRA 5JK4A 3A3CA 1B46A 3RTFB 4IY6A 5JEIA 4G8HA 4ECFA 4OZ9A 2I48A 1QUJA 4LP2B 4NF8A 5I57B 5TU0A 4X48A 3ZKLA 3VLVA 5KDTB 1ATGA 2VGQA 4KFQA 3MPLA 1FTLA 1LSTA 5HBCA 1OQHA 1AL3A 5DTBA 4YU0A 3EN3A 4KPTA 3C33A 1P1OA 3OOAA 4NTLA 3KSXA 4OERA 3QK6A 4OESA 2GHBA 1N7WA 1MQGA 2Y7RA 3HHFA 5AA4B 1J1NA 5I57A 2QS1A 4JBZA 1I6QA 1QW0A 4F19A 4ISUA 5KDTA 3PGFA 2ZYOA 4GLIA 3H7MA 3RY3A 1QUKA 4QFLA 4FEBA 3H06B 2YPNA 2Z8DA 3Q27A 3FXRA 3TTKA 2R9JA 4HCYA 2D5WA 1LFHA 2I3VA 4F3BA 4EQ7A 4OETA 5AA4A 3LSWA 3UA8A 4DCXA 5I58B 4ZEBA 5H8SA 4YMBA 1DTGA 3QXMA 5A5XB 4DXCA 4GVOA 2UXAA 5AA3A 4IGTA 4U23A 1URDA 3I3VA 4KI0E 1JEUA 4GL0A 1A99A 3RN8A 1LLSA 3O9PA 3MC2A 3K6VA 3KJ7A 2O7UA 5I58A 2RCAA 4DXUA 4OFOA 3R6UA 2B3BA 1I69A 3PMVA 4U21A 4Z7EA 3Q29A 2QS4A 5A5XA 4PP0A 4F22A 4BDQA 5TPAB 2Z8FA 3VVFA 3GZGA 1OIBA 1OQGA 2DOJA 3VV5A 1FTKA 3RUMA 3FATA 2H9BA 3V5AA 3PPPA 4MFIA 1YCJA 2DS9A 1NNPA 2GHAA 4IGRA 1B0LA 2DSFA 5H8HB 3OO9A 3I6VA 4NE4A 4X1BA 4P11A 4L17A 1WDNA 3Q26A 2XXWA 1VSOA 5TPAA 2DWIA 1UIVA 2PBWA 1B7HA 1SW4A 2UYFA 1HSEA 1POY1 2RC9A 2P0SA 3DP4A 4OWDA 1P1UA 1IXIA 1I6AA 3TTMA 2P1SA 4GRKA 1A8EA 1MQJA 3C34A 1B52A 5H8HA 2OLBA 3B6QA 1AH5A 2DVZA 1MQHA 2V93A 3E13X 3MVYA 2XXHA 4KYDA 2GH9A 4ZZEA 1BP5A 3ILUB 4NMYA 3IOVA 1SYHA 4MLQA 3OENA 4YB6A 3VFJA 2F8DA 5DVJA 1T0KA 3DLNA 3SERA 4BDMA 3G3IA 5HPQA 5I56B 1N3XA 1SW5A 2XXYA 4F3PA 2XXIA 3MPKA 1JEVA 5CI5A 1IXHA 4EDPA 1LCTA 4RK2A 4OVJA 1NH7A 1XC1A 1MY2A 1LFGA 1Y1ZA 1SD3A 2V25A 1BLFA 1R6ZA 2ZXTA 3IK6B 3KEIA 4HTGA 4ELPA 3TZAA 3TCFA 1OLCA 5TP9B 2NUVA 1IQ7A 2GFEA 5I56A 3T9XB 4HW8A 1MQDA 4EQ9A 4IO4A 4OMBA 2VD2A 5L9OA 1SVXB 1IXCA 3SEWA 3S9LC 1Y3NA 3T96B 2BJJX 2NWJA 2GRVA 2HAUA 3BFTA 2O6AA 1B58A 4KYEA 1B3LA 3UK4A 5DEXB 2HZLA 1JW1A 5TP9A 3RQTA 1EZ9A 1BIYA 4NEDA 3QAXA 4TOZA 1MDP1 2ZMBA 1FQBA 4LQ2A 5H8QB 2XXPA 1FCKA 1FW0A 1AMFA 3W9VA 4O3BA 1IEJA 3IO6A 1A7LA 2F6GA 1XHYA 4JWOA 1MQIA 4R9GA 1GR2A 2Y7IA 1Z7ME 1BKAA 3EHTA 4ZDMA 1NL5A 4F2QA 1MXUA 3GXAA 1N76A 5DEXA 2NXOA 4FATA 1A40A 3RNNA 3TDJA 2IA4A 3VLUA 3H3GA 2PT2A 4IO3A 5ELVA 4G68B 5K2XA 1YAEA 1SW2A 3OD7A 3H6VA 3OO6A 5H8QA 3W9WA 2XX9A 1JVXA 3R26A 2QPQA 1HSJA 2XD2A 2F6PA 1XOCA 4GWOA 2PMSA 1M5FA 1ELJA 2I6EA 3G3FA 1ZKBA 5EYFA 4NWCA 4OEVA 3TTNA 3MZ1A 3R7XA 4QSCA 2QMWA 4ND9A 1B5HA 3WAEA 3MVZA 4G68A 4RXLA 4F29A 2B3FA 2UYEA 4YKJA 2Q8JA 3K6XA 5EHSA 4F1UA 4YB7A 4ZE9A 4BDLA 2H5YA 2OBGA 1MY3A 4G4PA 1H44A 4IO2A 1Z7NE 3MBPA 2XD3A 3FUZA 3IX1A 1MY4A 3E4RA 3IB1A 2ZNSA 3G3JA 5L9SA 3GBAA 1LAGE 3M8UA 3ILTB 1PDAA 3N94A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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