3S43A

Hiv-1 protease triple mutants v32i, i47v, v82i with antiviral drug amprenavir
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDEIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Critical differences in HIV-1 and HIV-2 protease specificity for clinical inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2011-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s43A00
2WEBA 5P23A 2ZJNA 3APPA 5P1DA 2ZDZA 4Y3TA 5APRE 3TH9A 1HSIA 1FQXA 1IIQA 5P58A 5OZOA 4Y3AA 5P08A 5P5ZA 5P6FA 5P4ZA 3FIVA 5OZEA 4ER4E 3NXEA 4H3FA 4R5NA 5P10A 3VF5A 1G2KA 4Y5BA 3WZ8A 2V11C 2PC0A 5P0GA 4H1EA 5P46A 5P7QA 5P2NA 4EYRA 3OOTA 1AXAA 9HVPA 3ER3E 3OTSA 5P4AA 5OZZA 4JP9A 3D1ZA 2J9KA 3KN0A 3FX5A 2QD7A 5P2TA 2H6SA 1EPME 3BGBA 5P4LA 1SMRA 3IGBA 2AVOA 3NDTA 1LEEA 4Y51A 4A4QA 5P5LA 2QZXA 5P8IA 1FGCC 3OHFA 2VKMA 3K5DA 5E5KA 4F73A 3LZVA 1NPAA 5P00A 2V13A 4EP2A 4Y41A 1LYWA 3HZCA 4ACXA 5P1WA 4Y39A 5OZKA 2HB4A 1MTRA 3TOHA 4PZWA 4KE0A 1EC2A 3DM6A 2VNMA 4AMTA 2ER6E 1SMEA 5P4WA 3UDPA 3LPIA 4B05A 1UH7A 4I11A 3RSVA 5P2CA 2P3DA 5P3UA 5P73A 2QMDA 2UY0A 5P2MA 5OZ3A 4JPEA 5P04A 2FMBA 2Q54A 1E80E 4YD3A 5P3VA 3DCRA 2Q3KA 2VIZA 3PM4A 1ZSFA 3HW1A 4B70A 3MSKA 3EL1A 5F00A 3EM4A 1FMUA 2F81A 3PSGA 4DI2A 5P1LA 1E5OE 3UQWA 5P7IA 2XFJA 4Y54A 2I4XA 1EPLE 4YOAA 4YBIA 5P6BA 4J0ZA 5ER1E 3TTPA 1BIMA 2NTRA 2BB9A 4DQGA 1FG8C 2WEZA 1C70A 1MT9A 3I6OA 1QBUA 3QIHA 2NXDA 1MT8A 2CENA 1ZPAA 3LPJA 5P84A 1LYWB 5P6HA 4RCDA 5P8QA 5KOQA 4CP7A 3GW5A 2B60A 4EJKA 3FKTA 2WL0A 2JJJA 1KJ4A 4DJPA 3TLHA 1QS8A 5P74A 5OZUA 5P4VA 2QZLA 3Q6YA 4LAPA 3VV7A 2G1NA 1HTRB 2ZJHA 1ODWA 5P1CA 1PSAA 4ZSRA 1QRPE 3NUJA 3S54A 3GGUA 4Y3DA 2OHMA 2FNTA 1HBVA 1LZQA 2VNNA 4GJ7A 1W5VA 1YM4A 5P0MA 3PSUA 4H3JA 3EL5A 5EZXA 2XFKA 5P0SA 4YD5A 3KDCA 3ZL7A 5P4SA 1Z1RA 1W5WA 1B6JA 3KMYA 3CIBA 7HVPA 5P1IA 4PZXA 5P26A 2OHRA 4PEPA 4Y5PA 4HZTA 1CPIA 4Y4EA 3EXOA 4TRWA 4LL3A 5P2QA 5P83A 3ZPTA 1MUIA 5P5UA 1HTFA 2WEDA 5P4HA 3RVIA 1F34A 3UHLA 4S1GA 5IVSA 3SAAA 4I0FA 3QROA 4CPQA 3QVCA 1K2CA 4Z2ZA 5OZHA 1B6PA 5P68A 4FM7A 3EL0A 3O9HA 5P4JA 3NR6A 5P5PA 1SDVA 4OD9A 3GI5A 1MPPA 5P7YA 4APRE 1IBQA 1W6IA 3Q70A 4CPXA 1W5YA 1HVSA 5OZDA 5KR2A 4KUPA 1HVRA 3LHGA 1DIFA 4Y58A 4Y5MA 5P7XA 3K4VA 3UTLA 5P1NA 4K4PA 4RRSA 5P59A 2IL2A 5OZMA 3L5BA 3HVGA 3OXWA 4HVPA 5P7UA 5P1UA 1HVCA 3TPLA 3BRAA 5P5TA 2Q63A 3O9BA 5KQZA 1FKNA 1EC3A 3KDBA 3OQDA 2ZJIA 4J5JA 4U7VA 1C6YA 5P0ZA 5OYYA 2PWCA 2RENA 3AIDA 3EL9A 1LS5A 1UH9A 2PSVA 4Y3HA 4K8SA 2R8NA 4M8YA 1K2BA 5P3SA 2EWYA 2UXZA 2R43A 4L7GA 4Y4XA 5P5DA 2AQUA 5P0UA 2OHQA 1M4HA 5ENMA 5OZGA 4F76A 4ZPGA 4J54A 3G72A 3SPKA 2OHTA 1KJGA 2OF0A 5P7LA 3ZPUA 1A8KA 1RQ9A 4L7HA 5P6MA 5P6WA 2FNSA 2WECA 4I1CA 5P56A 4I0JA 1HEGE 4LBTA 1ODYA 5P80A 3OGQA 2JYSA 5OZQA 5P89A 5P8SA 5HE5A 1D4JA 3QP0A 2Q64A 2NPHA 4FM6A 3PMUA 3NU6A 5OZIA 5P8HA 5P4UA 1MT7A 5P6VA 3VLBA 1EBYA 3VLAA 3SLZA 1BDLA 5P1MA 4U7QA 2VJ6A 4MC1A 2OAHA 3MWSA 5COOA 5E5JA 1ZP8A 5P7TA 5P8UA 2Z4OA 2OHNA 4I8ZA 5FIVA 4WY6A 2IEOA 4N00A 1QBTA 5P6YA 3INDA 4B00A 2OHPA 3CYXA 1AVFA 1T7JA 5P72A 4DPIA 3NDXA 3DK1A 2Q55A 1WBKA 3ZKGA 1EAGA 5DR0A 3EKQA 1GKTA 4Z4XA 5OZAA 1LF3A 3D20A 3LIVA 3IXOA 1FQ8A 3EKWA 1HXBA 5HD0A 4QJ6A 5DGWA 4B77A 5OYQA 3T7XA 4FGXA 2V00A 3PBZA 1A30A 1PFZA 5P34A 2BKSA 3QRMA 4TRYA 2PYNA 4AA8A 4JOOA 1ZTZA 5P0TA 1OEXA 1HVIA 5P5MA 4DUSA 5P3YA 3PGIA 4L7JA 2R5QA 1DP5A 3B7VA 4HDFA 2PH8A 4YCTA 5P47A 4Y9WA 1FQ6A 5OZRA 5P2OA 2J9JB 3ZKQA 3K4VC 3Q3TA 4XX3A 1RNEA 1B6MA 2IENA 4J0YA 5P3WA 4Q1XA 1HPVA 8HVPA 4J1EA 2P8HA 3HLOA 4Y3FA 3EBZA 1A8GA 5TOLA 4UPJA 5P0HA 4YD4A 5P37A 4HDPA 4RVIA 4XX4A 2B7FA 5P25A 1AIDA 1BBSA 4PYVA 1APTE 1HVLA 1PROA 1KJHA 2WJOA 3LNKA 3PWMA 3SM2A 4R8YA 3INHA 5P0DA 5I3XA 5P6OA 4I10A 2O4PA 5P6PA 1XS7D 4EJDA 1B11A 4D85A 4GIDA 4Y5EA 4ZSQA 5ENKA 1W50A 5HDUA 2I4WA 1KJ7A 3KFSA 2AOGA 5P0CA 2QNQA 5OZXA 5OZYA 2AOIA 5P40A 5DR4A 5P0IA 5P5OA 3HBOA 6UPJA 5IVRA 3ZKMA 4NPTA 2AZCA 2AOCA 3UDRA 4NJTA 5KAOA 5P22A 2CEJA 3ZKNA 5P2EA 2ANLA 5P4YA 1GNNA 2IDWA 5P7BA 3OOZA 5P5GA 3SABA 1DAZC 2P83A 2R3TA 3OU1A 4I0HA 5P8DA 2QI3A 4R95A 4GJCA 4OC6A 5P09A 4GJDA 5P01A 3VSXA 1FB7A 2AOJA 1FEJC 4OBZB 3R0WA 4ZSPA 2F3FA 1AZ5A 2NXLA 1HIIA 1SH9A 4YHQA 1EBZA 2WF4A 4JECA 4DJXA 1SBGA 2ER9E 4ZIPA 1META 3URJA 3Q4BA 5P45A 3PLLA 3DV5A 1HTEA 4Y3SA 1EPQE 1LYAA 3SA7A 2ZJLA 3OUAA 2G22A 5P4FA 5P4GA 5P0EA 5P1GA 4OBJA 5DR3A 2VA5A 5P2AA 3U71A 5HE7A 2QP8A 5CONA 5P4TA 4YE3A 5OZ5A 4RYCA 3IXKA 2QMFA 3KFRA 1SDTA 5P11A 5P6UA 3VFAA 5P5BA 4Q1YA 3OY4A 1N49A 5DGUA 4RVXA 2IGXA 5P66A 3L58A 3DV1A 5P6QA 4BFBA 4I0EA 1SGZA 4Y5AA 5P0AA 4Y3EA 5KR8A 1AJVA 5P1FA 3SA4A 4RRNA 3D91A 3OQ7A 3OU1B 1XL2A 5OZ1A 3PJ6A 3CIDA 4CPUA 5P31A 1LF2A 4OC6B 4YCKA 3GGVA 4Y37A 3LZUA 3R0YA 4HDBA 5HDZA 1BXOA 2IGYA 5OYZA 4GJ5A 5P5FA 3T7QA 3BUHA 3K1WA 5P2BA 5AH9A 4QJ9A 5P8AA 1APWE 2FIVA 1LV1A 5P32A 3HVPA 2B42A 5KR1A 2P3BA 3GI6A 5P0WA 2VS2A 1K1UA 5P3CA 5OYTA 1YM2A 4OBDA 4ER1E 4FRKA 1YTHA 5P8KA 1LYAB 3LZSA 3OGPA 5OZ9A 3QVIA 3UDNA 2WKZA 4X2LA 5P8OA 3OUDA 5OYUA 1YT9A 5P75A 5P0NA 3S7LA 3OQAA 5C9BA 1T7KA 3PCZA 1SDUA 3A2OA 1QDMA 4Y5GA 5P4CA 1YTGA 5OZWA 5ISKA 1FFFC 5P36A 2JJIA 1D4KA 1ENTE 4WY1A 4J1CA 5P7SA 2CEMA 5P4NA 4MC9A 2VA7A 2NNPA 2V0ZC 1U8GA 3WB5A 1EEDP 5P8FA 2G20A 2NXMA 5OZLA 2FLEA 1NH0A 5P0FA 2AODA 1IZDA 5DQCA 3CICA 5P2FA 3SO9A 3PB5A 3URIA 3ZMGA 3PEPA 2PQZA 2G1YA 3OTYA 1MRWA 3CKTA 2I4QA 5KOSA 5P5HA 2I0DA 1K6VA 5P5QA 3OXVA 2QI4A 5P53A 5P42A 5C9FA 1BDQA 3TPRA 5P77A 1EC1A 5P4QA 4Y56A 5P6IA 1MSNA 4D8CA 3OU4A 3PWWA 4GJ6A 3O9IA 5P8PA 5P62A 4L1AA 3VF3A 2WF0A 5P3RA 2I4DA 1EBKC 1HPXA 2PSGA 5P3KA 1ZPKA 4Q5MA 1GVWA 3OUDB 4B72A 4OBGA 4EWOA 3S45A 2QZKA 1M43A 2ER0E 1ZJ7A 3INFA 5P8LA 2G1SA 3LITA 2MIPA 2RKGA 3TKWA 3T6IA 1ODXA 3UDMA 2ZHTA 3UQXA 5COPA 4ACUA 2G94A 1IZHA 4AUCA 2G24A 5P3FA 1EBWA 1EPNE 4E43A 5P3JA 5P3QA 2AVVA 3JW2A 1LYBA 4Y3JA 3TKGA 3B80A 1D4LA 3OAGA 1PSNA 4Y3WA 2QHZA 3VYFA 4FRJA 4FAFA 3KYRA 1G6LA 5P7GA 3KM4A 5AHBA 2ZJJA 2WF3A 1HPOA 1PSOE 1ZLFA 5P4MA 5P6SA 1XE5A 2FGVA 2FDEA 2ZHUA 5KQXA 2AZ9A 5P2HA 2ZGAA 3OADA 1XL5A 3PHVA 3UQRA 5P28A 2I4VA 5P57A 3F9QA 5P1OA 4J1IA 3EKXA 5P5YA 2A4FA 5P1PA 4AA9A 5P88A 5P1EA 3FNUA 1A9MA 5P71A 4DPFA 4RCFA 1YTJA 4FS4A 2ASIA 2QZWA 3OU4B 4DJOA 5P29A 3M9FA 4L1AB 2QI5A 4YD7A 5OZ6A 5P1AA 2XYFA 3D3TA 3PSYA 6APRE 3UDKA 2QU2A 4TVHA 1MRXA 4EJLA 1MEUA 3OXCA 5P3BA 1IZEA 1CZIE 4U8WA 3NU3A 4Y5KA 5P1QA 3QBFA 3PI5A 1XN2A 5P0KA 4APEA 4QJ2A 4D83A 1EPOE 5P3NA 4HLAA 2I0AA 2QK5A 4OD9B 2V10C 3SKFA 3VG1A 3OAGB 4EXGA 3IVHA 2WHHA 4Y4JA 1WBMA 5P1VA 5P30A 2AVQA 3K5CA 4EQ0A 5OYWA 4AZYA 1RL8A 3HD8A 2HAHA 4FL8A 1GVXA 3SA5A 2HB2A 3OADB 4D88A 5P02A 3WZ6A 4NPUA 5P2KA 4YOBA 3K5GA 4EXHA 4ZSMA 1DPJA 3ECGA 5P7CA 1QBSA 5P6XA 1Q9PA 5P41A 1KJFA 4I0IA 3G6ZA 3EMYA 4J1FA 4J0PA 3PLDA 2FS4A 1NSOA 4CPWA 2BJUA 5P7AA 3DUYA 5P1SA 5SZ9A 1G0VA 4FE6A 5P7JA 2HM1A 2OHUA 3H0BA 2QI6A 3EM6A 5F01A 2ZYEA 5HCOA 3O99A 4Y3NA 2FXEA 5COKA 5P8RA 1MIQA 3EKPA 5P6EA 4K4RA 3C9XA 2RMPA 2AOFA 5P6CA 5P5SA 3I25A 5P2LA 1HHPA 5P3EA 4DQFA 5P52A 3ZKSA 2V16C 3VV6A 5P2GA 2HS1A 3QI1A 2I1AA 1AJXA 5P43A 3RTNA 2QI1A 3HDKA 1D4SA 1BILA 3BUFA 3BGCA 2PK5A 3ZKXA 2QI0A 3UCBA 4JPCA 3KA2A 4FCOA 4FM8A 3ER5E 5P7EA 4GZFA 5UPJA 5P1JA 2PSUA 1FMXA 5P3TA 5P33A 5P5IA 2AZBA 2QCIA 2VIJA 5P4DA 2HS2A 5DQ1A 2IRZA 4TRZA 3CYWA 3NWXA 4DJQA 1K1TA 5P64A 1B6LA 1PPLE 4Y57A 3SA9A 5EZZA 5P20A 5KR0A 4MC6A 1RPIA 2BPZA 3FSMA 5BS4A 5P07A 2OHSA 5P8NA 2JXRA 3OK9A 3VUCA 2F3EA 3MXEA 4Y4BA 4DJVA 2G26A 5P6ZA 5P48A 2VA6A 4EHCA 3KT5A 5P3MA 3TOFA 4HA5A 3KDDA 4GMIA 4M8XA 5P4EA 2R5PA 5P35A 4J1KA 5P7OA 1HEFE 3O9EA 1B6KA 2QD6A 1ER8E 1EPPE 2NR6A 1FLHA 2AVSA 3KF0A 1HSGA 3OHHA 5P2IA 4Y3QA 1NPWA 1M0BA 3QPJA 1TSUA 4H3IA 3O9DA 5P4KA 3NXNA 4Z50A 5P7WA 5P03A 4DFGA 2AOEA 3BXRA 5OZSA 3I7EA 2F8GA 5P5VA 4DQHA 3FNTA 4FSLA 5P7ZA 3L38A 5P0JA 4NJVA 5HE4A 3CKPA 4YBFA 1VIKA 1W5XA 2HC0A 3OUCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2WEB A;  5P23 A;  2ZJN A;  3APP A;  5P1D A;  2ZDZ A;  4Y3T A;  5APR E;  3TH9 A;  1HSI A;  1FQX A;  1IIQ A;  5P58 A;  5OZO A;  4Y3A A;  5P08 A;  5P5Z A;  5P6F A;  5P4Z A;  3FIV A;  5OZE A;  4ER4 E;  3NXE A;  4H3F A;  4R5N A;  5P10 A;  3VF5 A;  1G2K A;  4Y5B A;  3WZ8 A;  2V11 C;  2PC0 A;  5P0G A;  4H1E A;  5P46 A;  5P7Q A;  5P2N A;  4EYR A;  3OOT A;  1AXA A;  9HVP A;  3ER3 E;  3OTS A;  5P4A A;  5OZZ A;  4JP9 A;  3D1Z A;  2J9K A;  3KN0 A;  3FX5 A;  2QD7 A;  5P2T A;  2H6S A;  1EPM E;  3BGB A;  5P4L A;  1SMR A;  3IGB A;  2AVO A;  3NDT A;  1LEE A;  4Y51 A;  4A4Q A;  5P5L A;  2QZX A;  5P8I A;  1FGC C;  3OHF A;  2VKM A;  3K5D A;  5E5K A;  4F73 A;  3LZV A;  1NPA A;  5P00 A;  2V13 A;  4EP2 A;  4Y41 A;  1LYW A;  3HZC A;  4ACX A;  5P1W A;  4Y39 A;  5OZK A;  2HB4 A;  1MTR A;  3TOH A;  4PZW A;  4KE0 A;  1EC2 A;  3DM6 A;  2VNM A;  4AMT A;  2ER6 E;  1SME A;  5P4W A;  3UDP A;  3LPI A;  4B05 A;  1UH7 A;  4I11 A;  3RSV A;  5P2C A;  2P3D A;  5P3U A;  5P73 A;  2QMD A;  2UY0 A;  5P2M A;  5OZ3 A;  4JPE A;  5P04 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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