3S43B

Hiv-1 protease triple mutants v32i, i47v, v82i with antiviral drug amprenavir
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTIIEEMSLPGRWKPKMVGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPINIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Critical differences in HIV-1 and HIV-2 protease specificity for clinical inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s43B00
5P71A 4NJSA 2NNKA 3LPIA 2IRZA 5P2BA 5OZ9A 3RTHA 2R9BA 3UDJA 3PSUA 2I1AA 2G1NA 5P5DA 2IGYA 5P1RA 2V00A 5P1AA 1SDTA 2F81A 3K5DA 2QZXA 2PK6A 5SZ9A 4Y4ZA 5P72A 3LNKA 5OZ7A 4X2LA 5P7PA 1BV7A 5P89A 3R4BA 1LF4A 1SDVA 5OZ6A 4EJKA 5P5KA 3CKPA 5P7UA 9HVPA 3EKVA 5P1DA 1HVLA 5P7BA 4EJLA 2FDPA 5P3HA 5DR4A 4PZWA 5P8BA 1D4SA 3K4VC 5OYRA 4M8XA 3ZPTA 3KT2A 2WEZA 4R92A 3EKXA 5P6OA 4XX3A 3KDCA 5P5OA 3OQAA 1BDQA 3IGBA 4DJPA 5P3SA 2PYMA 3NUJA 3D91A 3S85A 5P7VA 5OZ8A 5P0AA 5P1TA 4OBZB 2B8LA 3INDA 5P3TA 4CPRA 3PMYA 3SA6A 3WB4A 5P4IA 2BPYA 5P0HA 2AVMA 5HDXA 1AAQA 2ZJLA 5P5NA 2XFIA 4KE0A 1IZDA 2OF0A 5P0ZA 3T3CA 5P8AA 3ZOVA 3OADB 3PWRA 3QVCA 4L6BA 5P4CA 4OC6A 2ZJNA 4J0YA 3VYFA 5P24A 3QRSA 1WKRA 5OZ2A 5P3AA 2F3FA 4D89A 3EM4A 3OAGB 3PSGA 5P5YA 2F3EA 2PC0A 4EXGA 5AHAA 3RU1A 3SKFA 1KJFA 5OZ5A 3ZKGA 5P63A 4Y3NA 5P8GA 3DJKA 3ZKXA 1N49A 1A30A 4OBZA 5P60A 1EPOE 5OZFA 2WEAA 1GVUA 3ZKNA 4B1EA 4ER4E 5P4QA 1FMXA 5FIVA 1FG6C 5P82A 5P6EA 2G69A 3BC4A 1FLHA 3OADA 4Y3AA 5OYWA 5DPZA 1LYWB 2WF1A 2VNMA 2VJ7A 1FFIC 5P2SA 3VCMA 2AOHA 5P7TA 2RKGA 2OHSA 2VJ9A 1FKNA 2FXEA 5P65A 1TQFA 2ANLA 3BHEA 2QMDA 5P4EA 3WZ8A 3K5FA 4Y5PA 5P0LA 3OAGA 1LEEA 4FAFA 5HVPA 1HIHA 2QMPA 5P8EA 5P5MA 2ZE1A 5P1VA 5P3OA 2UY0A 4QLHA 5OZCA 5IVRA 3VSXA 4YOAA 1WBKA 1GKTA 5P5GA 5P83A 5P8KA 3S45A 5KR8A 2R38A 2PSGA 5P37A 1IBQA 3OXXA 4I12A 2IGXA 5P36A 1D4YA 2WL0A 3SO9A 3K5CA 5P3XA 1SMEA 2P4JA 1GVVA 1XL5A 1HVCA 3KDBA 4Y3HA 3O9CA 2WECA 2R3TA 4QJAA 5COKA 4Y3MA 1IDAA 4JECA 2VIYA 5P06A 4I8WA 5P10A 3EKQA 1K6VA 1KJ7A 1ZPKA 2VIEA 1FQ8A 3Q6YA 3AIDA 5P1EA 2PWCA 3O9GA 1ZAPA 4DQEA 2I0AA 3O9AA 1HWRA 5P4GA 2G94A 3HVGA 5P28A 3SACA 5P2XA 3SA8A 3PVKA 2PWRA 3TH9A 3OUAA 3RSVA 1RPIA 3I25A 2IS0A 1MRWA 5P6YA 4Y3TA 1SBGA 1LF3A 1PSNA 4YDFA 3EL5A 1J71A 3GGUA 4RRSA 1A94A 1META 2B60A 5P6SA 3KFNA 3BXRA 4KE1A 3QAAA 5P6XA 2F8GA 2UXZA 8HVPA 1HPVA 4QJ8A 4X7IA 4DJWA 2QMFA 3L59A 5HE4A 4B78A 1HSIA 1HSHA 5P7MA 4FAEA 5BWYA 1B6PA 2AVVA 4JPEA 4DPIA 4NPUA 5OZMA 4I0DA 2OHLA 4DJOA 2Q54A 1ODYA 1GNMA 4XXSA 5P6BA 5P44A 2O4SA 4K9HA 3OOTA 2Q64A 2ZYEA 1ZTZA 2WKZA 1PPME 4PHVA 3FSMA 4A4QA 2WHHA 3O9LB 1T7KA 4FL8A 5P4AA 5P59A 1XS7D 1B6KA 2ER9E 3PI0A 5DQ4A 2RKFA 5P1NA 3UDRA 3OHHA 2G27A 3LPJA 4ZLSA 3URIA 1FMBA 1TZSA 5DR7A 1QBRA 3U6AA 3LIVA 1MSNA 2QHCA 3APPA 3GI4A 4DPFA 5P75A 4Y4TA 5P8HA 3UDQA 4DJUA 4Q1WA 3EBZA 1ZJ7A 5P43A 1BAIA 3KDDA 3MXEA 5P0MA 5P2YA 3HAWA 3DM6A 5OZBA 5P49A 5P2FA 1PROA 2OHUA 3F9QA 2V16C 3SQFA 5E5KA 2BPWA 3ST5A 5P6KA 3S56A 3EKPA 3ZKMA 5P55A 4J1FA 5UPJA 3QI1A 1IIQA 5P0KA 3PI5A 3PRSA 3R2FA 2IKOA 4Y58A 5P6NA 3KFRA 1AM5A 1KJGA 2A4FA 3CYWA 4Y5CA 2WF0A 3LZSA 3SLZA 5P8QA 5AHBA 5P8FA 1EPRE 1MT8A 5OZLA 5P0NA 3QN8A 4H3IA 3OQ7A 2HB2A 3UCBA 5P56A 4LBTA 1FQXA 4I0EA 4F76A 3IA9A 4J1KA 2AOIA 5P33A 5P18A 1APVE 4ER2E 3ZKQA 1ME6A 5KR2A 3PWMA 1SIVA 3DCRA 5P1YA 4Y6MA 1A9MA 3VV8A 2AQUA 4KB9A 5OZPA 2AODA 1NPAA 2AVOA 5P69A 3UDHA 1NPWA 1BDLA 3URJA 4AA9A 3KT5A 4I0JA 4ZSQA 4H3JA 4PZXA 5E5JA 4EXHA 2QAKA 3KF0A 1AJXA 4Y3GA 4OBGA 2ZJKA 5P84A 5P4WA 1W51A 1APUE 5P0SA 1QDMA 4DJQA 4Y41A 2ZJMA 3OGQA 4DVFA 4Y36A 5P4JA 2WF2A 5P0EA 1DW6C 4J1CA 3NYGA 5P0DA 4PPHA 4QJ9A 2P83A 5P2DA 2IQGA 1AVFA 1FGCC 4J1IA 3QPJA 3B7VA 1AZ5A 5P01A 1Z1HA 3K5GA 5COPA 1A8KA 4FRSA 4CPWA 2CEMA 4Y3LA 2CENA 4Y3JA 5P0OA 3VLBA 5P7CA 5P86A 1LZQA 1D4LA 5AH6A 3OU1B 2HB3A 3L3AA 3PJ6A 4Y4XA 5OZWA 5P4LA 3NDUA 4K8SA 4YCKA 3TPLA 5OYYA 1ENTE 3WZ7A 3TKGA 5P3BA 4N00A 2P3AA 1E82E 2B7FA 3EKWA 4Y38A 4R91A 3FNTA 2V0ZC 1RQ9A 2PQZA 3TLHA 3HAUA 3TOFA 5P5WA 1EC0A 4HE9A 4J1HA 3IAWA 5P1PA 3PLDA 4AUCA 3OU4B 4R95A 1DPJA 5P8RA 5P8PA 5C9BA 4RVIA 1JLDA 4LL3A 5P5ZA 5P7KA 3O9FA 1BXQA 3TNEA 1MTRA 2RENA 4B72A 3S43B 5P22A 1SP5A 5P67A 4Y50A 4Y39A 5CLMA 5P3MA 4YD4A 5P5TA 2XYEA 5P1BA 4CPSA 3LZUA 5P2JA 4MC1A 1TW7A 3LZYA 3NDTA 5P6IA 2I0DA 3Q3TA 3SAAA 5OZXA 4HDFA 5DQ1A 5P35A 5P6VA 1MRXA 2PYNA 5APRE 1HVHA 3O9EA 4TVGA 5P15A 4J55A 5DQCA 1GVWA 1W5YA 1FQ4A 3G6ZA 5P2EA 1YTIA 2O4LA 5KQXA 5P54A 3VYDA 3OU4A 2H6SA 5P2CA 4APRE 4ZIPA 1FG8C 2J9JB 4Q1YA 2B42A 2QZWA 2OHNA 3EC0A 3JVYA 4IVSA 2XFKA 4Y4UA 5DR3A 5P0YA 3L38A 5P4KA 5P4XA 6FIVA 1BDRA 2OHTA 1HIIA 5OZDA 5P77A 5P6WA 4XKXA 3PMUA 5OZZA 5P8NA 3O9HA 3OUCA 5I3VA 4EQJA 2QU3A 5P8CA 2JYSA 5P1HA 4K4PA 2HPFA 1ZLFA 5JODA 4I11A 4L1AB 3OQFA 1B5FB 3DCKA 4FSLA 5ENMA 3L5CA 2JXRA 4LAPA 2Q5KA 2QCIA 4LXAA 4DUSA 3DUYA 1ZBGA 5EZZA 5OZKA 4GIDA 2ZJIA 3JW2A 2QI7A 4D85A 4RCFA 2QI0A 2Q3KA 4QJ7A 3BUFA 2B8VA 4Y37A 2VA6A 3PBDA 1W6HA 2J9KA 1MPPA 2G1OA 3S53A 4Y9WA 5P2VA 4EQ0A 1DIFA 1UH9A 1SH9A 5P6AA 2IEOA 1LYBB 5P6DA 3OGPA 3D1XA 4L7GA 1F34A 3R0YA 2J9JA 5P5HA 5F01A 3IN3A 1C6ZA 2IL2A 5P0VA 1BVEA 1IVQA 3O99A 1FB7A 4FGXA 5I3WA 2G20A 2AVQA 2QMGA 2BB9A 5P4ZA 4ZE6A 3OUDB 3NU9A 4QJ2A 3O9IA 5IVSA 1MVPA 4J1EA 5OZ0A 4K4RA 1B5FA 2P3CA 4Y3EA 5P29A 4GJCA 2ER0E 1HTEA 2HPEA 1EC3A 4R93A 5KQZA 5P2QA 5I3YA 1PPKE 2JJJA 5P6FA 3T7PA 2I4UA 4Y3DA 4LC7A 3H0BA 4Z50A 3OUBA 3LZVA 4F75A 3Q5HA 2G1SA 1APWE 4Y5BA 5P2TA 1RV7A 5P2LA 5P31A 7HVPA 4Z2ZA 5J25A 2Q63A 5P2IA 4BEKA 1GVXA 3SKGA 1TCWA 2QU2A 2ZHTA 3R1GB 2FNTA 3L5DA 5P4TA 4FRJA 1HVKA 3LIQA 5ISKA 3IVHA 5P5PA 3TL9A 1RNEA 3ZMGA 4DJRA 5P1XA 3KN0A 3QS1A 5OYTA 3TPJA 4Y4GA 3ZL7A 5OZEA 3CICA 3JVWA 3HD8A 4LHHA 1K6PA 3OUDA 4Y3XA 2ZGAA 1PPLE 4I0HA 4JP9A 4TRZA 1HPSA 4I0FA 3Q4BA 1MT7A 4HA5A 5I3XA 3G70A 1FQ7A 4DJVA 4NJTA 2QI4A 5P6JA 2VIJA 4Y51A 5DR0A 5AH8A 2VJ6A 5P3FA 5P68A 3GGXA 5P70A 2OAHA 3INFA 4A6CA 1LYWA 5P0IA 3UF3A 5P7EA 2V13A 1W50A 4PYVA 5P1KA 1VIJA 3NU5A 3SM2A 1B6JA 4TRWA 1B6MA 4Y43A 3SA4A 3OQDA 2G22A 3UDNA 4Z22A 5C9FA 1KZKA 5P48A 3QROA 1CPIA 1G0VA 3GI5A 6APRE 2BPXA 3HW1A 1HBVA 1AIDA 5P8IA 4L7HA 4ZPFA 5TOLA 5HTZA 4YOBA 2OHKA 1Z1RA 4OD9B 4R5NA 1A8GA 1K2CA 4GJBA 3QVIA 4ER1E 5P6LA 4GZFA 4CPQA 3L58A 4HVPA 4Y5KA 5KR0A 2P3BB 5P8LA 3S7LA 5P6HA 5P4VA 4DQGA 5P7QA 5P4DA 2FGUA 5KAOA 5P5EA 4YD6A 2F80A 5HE7A 4QGIA 1GNNA 5P40A 4Y3QA 5DQ5A 5P85A 3VEUA 2G24A 4YD7A 3OWNA 4J0ZA 5P03A 3ZPSA 4I0GA 5KQFA 3UFNA 4Y3SA 5CONA 4M8YA 3TPPA 4TRYA 3PWWA 3INHA 4Y56A 3DK1A 3URLA 3SA5A 5OZOA 4WY6A 5P39A 2OHQA 2NPHA 2BBBA 5P34A 4HDPA 4EHCA 5C9DA 3FKTA 4WY1A 3K1WA 3SA3A 4D8CA 2HB4A 5HCTA 5ENKA 4GB2A 4TVHA 1DP5A 3FV3A 5P04A 1EBWA 4GJ9A 4RRNA 3OU3A 4RCEA 2P3BA 3PEPA 5P74A 2ZJJA 2NXMA 5P02A 4H3FA 1OHRA 2P3DA 4LXMA 4YCYA 1NSOA 5P88A 2AOJA 2XFJA 3C9XA 3KA2A 5P3JA 1EBYA 3TOHA 2FS4A 1EPNE 4YDGA 3FX5A 2I4XA 2ZHUA 1CMSA 1TSQA 5P2KA 2VKMA 1HPOA 3EL9A 3NU3A 4Y4BA 4COEA 1RL8A 3GGAA 5P7OA 5HE5A 5T4SA 2R8NA 3FNSA 5P2UA 3LITA 3SA9A 4FCOA 5DGUA 3RTMA 1EC2A 5P64A 1SGZA 5P61A 3WZ6A 3O9LA 4AZYA 3KM4A 4Y57A 3OOZA 2HS2A 3HBOA 1PFZA 4ACUA 1YX9A 1WBMA 3OQKA 5P4PA 2QZKA 1QRPE 4BFDA 4Y5MA 6UPJA 3SFCA 5DGWA 5P7FA 1LV1A 3ER5E 1APTE 5P87A 3ER3E 2WJOA 5P51A 3NWXA 4DQBA 5P1QA 5P4NA 5P6ZA 3OXVA 5P2ZA 4D88A 3EXOA 4YBFA 5P2WA 3HZCA 1G35A 4Y5GA 1Q9PA 1BWBA 3N4LA 5OYVA 4GJAA 3GI6A 3BVBA 1MT9A 2Z4OA 3LHGA 1MERA 4CP7A 3NDXA 5P32A 3LIYA 1OEXA 4CKUA 5ER1E 3UDKA 3VFAA 2QK5A 4Y5NA 3NU6A 3D3TA 2FMBA 2A1EA 5P1GA 1HTGA 3S2OA 4Y3FA 1PSOE 5P80A 4MC2A 5P0WA 2QI6A 3PSYA 3IXJA 3CIBA 4RYGA 1QS8A 5OZVA 5P4RA 4NKKA 5P27A 3U71A 2ZDZA 5HDUA 5P3DA 5P0JA 2R5PA 3NXEA 2VA7A 4FSEA 4FM8A 5HD0A 5P0FA 4Y54A 5OYQA 2G1RA 4EWOA 2JE4A 5P5UA 2HAHA 2FDEA 1ZPAA 5P00A 4Y35A 5P2AA 2O4NA 1T3RA 4DQCA 3NDWA 1D4JA 2PSUA 4JOOA 1NPVA 5KOQA 4DI2A 1C6YA 1K6TA 3QBHA 4Y4JA 2R3WA 4YBIA 3BUGA 5P6CA 5OZSA 5HU0A 3EL0A 4HLAA 5P13A 1D4IA 2SAMA 3SABA 2AOCA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P71 A;  4NJS A;  2NNK A;  3LPI A;  2IRZ A;  5P2B A;  5OZ9 A;  3RTH A;  2R9B A;  3UDJ A;  3PSU A;  2I1A A;  2G1N A;  5P5D A;  2IGY A;  5P1R A;  2V00 A;  5P1A A;  1SDT A;  2F81 A;  3K5D A;  2QZX A;  2PK6 A;  5SZ9 A;  4Y4Z A;  5P72 A;  3LNK A;  5OZ7 A;  4X2L A;  5P7P A;  1BV7 A;  5P89 A;  3R4B A;  1LF4 A;  1SDV A;  5OZ6 A;  4EJK A;  5P5K A;  3CKP A;  5P7U A;  9HVP A;  3EKV A;  5P1D A;  1HVL A;  5P7B A;  4EJL A;  2FDP A;  5P3H A;  5DR4 A;  4PZW A;  5P8B A;  1D4S A;  3K4V C;  5OYR A;  4M8X A;  3ZPT A;  3KT2 A;  2WEZ A;  4R92 A;  3EKX A;  5P6O A;  4XX3 A;  3KDC A;  5P5O A;  3OQA A;  1BDQ A;  3IGB A;  4DJP A;  5P3S A;  2PYM A;  3NUJ A;  3D91 A;  3S85 A;  5P7V A;  5OZ8 A;  5P0A A;  5P1T A;  4OBZ B;  2B8L A;  3IND A;  5P3T A;  4CPR A;  3PMY A;  3SA6 A;  3WB4 A;  5P4I A;  2BPY A;  5P0H A;  2AVM A;  5HDX A;  1AAQ A;  2ZJL A;  5P5N A;  2XFI A;  4KE0 A;  1IZD A;  2OF0 A;  5P0Z A;  3T3C A;  5P8A A;  3ZOV A;  3OAD B;  3PWR A;  3QVC A;  4L6B A;  5P4C A;  4OC6 A;  2ZJN A;  4J0Y A;  3VYF A;  5P24 A;  3QRS A;  1WKR A;  5OZ2 A;  5P3A A;  2F3F A;  4D89 A;  3EM4 A;  3OAG B;  3PSG A;  5P5Y A;  2F3E A;  2PC0 A;  4EXG A;  5AHA A;  3RU1 A;  3SKF A;  1KJF A;  5OZ5 A;  3ZKG A;  5P63 A;  4Y3N A;  5P8G A;  3DJK A;  3ZKX A;  1N49 A;  1A30 A;  4OBZ A;  5P60 A;  1EPO E;  5OZF A;  2WEA A;  1GVU A;  3ZKN A;  4B1E A;  4ER4 E;  5P4Q A;  1FMX A;  5FIV A;  1FG6 C;  5P82 A;  5P6E A;  2G69 A;  3BC4 A;  1FLH A;  3OAD A;  4Y3A A;  5OYW A;  5DPZ A;  1LYW B;  2WF1 A;  2VNM A;  2VJ7 A;  1FFI C;  5P2S A;  3VCM A;  2AOH A;  5P7T A;  2RKG A;  2OHS A;  2VJ9 A;  1FKN A;  2FXE A;  5P65 A;  1TQF A;  2ANL A;  3BHE A;  2QMD A;  5P4E A;  3WZ8 A;  3K5F A;  4Y5P A;  5P0L A;  3OAG A;  1LEE A;  4FAF A;  5HVP A;  1HIH A;  2QMP A;  5P8E A;  5P5M A;  2ZE1 A;  5P1V A;  5P3O A;  2UY0 A;  4QLH A;  5OZC A;  5IVR A;  3VSX A;  4YOA A;  1WBK A;  1GKT A;  5P5G A;  5P83 A;  5P8K A;  3S45 A;  5KR8 A;  2R38 A;  2PSG A;  5P37 A;  1IBQ A;  3OXX A;  4I12 A;  2IGX A;  5P36 A;  1D4Y A;  2WL0 A;  3SO9 A;  3K5C A;  5P3X A;  1SME A;  2P4J A;  1GVV A;  1XL5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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