3S5N | Genus

Total Genus 112

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	112
sequence length	295
structure length	295
Chain Sequence	VDIAGIYPPVTTPFTATAEVDYGKLEENLHKLGTFPFRGFVVQGSNGEFPFLTSSERLEVVSRVRQAMPKNRLLLAGSGCESTQATVEMTVSMAQVGADAAMVVTPCYYRGRMSSAALIHHYTKVADLSPIPVVLYSVPANTGLDLPVDAVVTLSQHPNIVGMKDSGGDVTRIGLIVHKTRKQDFQVLAGSAGFLMASYALGAVGGVCALANVLGAQVCQLERLCCTGQWEDAQKLQHRLIEPNAAVTRRFGIPGLKKIMDWFGYYGGPCRAPLQELSPAEEEALRMDFTSNGWL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural and Biochemical Studies of Human 4-hydroxy-2-oxoglutarate Aldolase: Implications for Hydroxyproline Metabolism in Primary Hyperoxaluria. pubmed doi rcsb
molecule keywords	4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase, mitochondrial
total genus	112
structure length	295
sequence length	295
ec nomenclature	ec 4.1.3.16: 4-hydroxy-2-oxoglutarate aldolase.
pdb deposition date	2011-05-23

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3s5nA00

1MSSA 3DFNA 5DXXA 3W1TA 3F03K 3DHDA 2OJPA 3DFSA 3I68A 3M47A 2OT1A 1VQTA 3QH2A 2JGYA 2V8ZA 3A21A 2J6XA 2TYSA 3NQCA 3GDTA 2VXNA 4H3DA 3NQFA 5DY2A 2RH9A 1TO3A 3M16A 3M43A 4MZYA 2FB3A 1QOQA 3P7YA 3BG9A 3G1DA 3OVPA 5LGXA 1W5PA 3E9AA 3SGUA 3W1NA 3GAYA 1KV5A 3LRKA 4N6FA 4O16A 3OG3A 4RZ5A 3GB6A 3S6DA 3A23A 3G3DA 4UMBA 1OK6A 1X8FA 3DFQA 4S1FA 1T8XA 3HPXA 5AHMA 2ISVA 1YXYA 3NQMA 1TMHA 2JKPA 1VC4A 2AQWA 3I7QA 4K7YA 2E6FA 1S5WA 4NJJA 1MEIA 3LRLA 4JTSA 1F6KA 3O05A 3GDRA 3QMSA 4LT9A 4WQ6A 3GXNA 4NZFA 1KTBA 1P5BA 4K6AA 4WD0A 4O13A 2WO5A 2TPSA 4JEQA 1EP3A 4WY0B 4TMCA 3YPIA 5L9FA 1B4EA 1HTIA 3NQVA 1ME8A 3C2VA 3G1HA 5CG7A 4BFAA 5AFDA 1YLVA 1GJPA 2RKXA 4UTUA 1OG0A 1KV8A 3B0UX 1IXPA 1SZFA 5DBTA 1B4KA 4I9AA 2A21A 3W76A 5KZMA 1XFBA 1XBXA 3GVGA 5SWUA 3D0CA 4OQVA 1XI3A 5FEZA 4BI5A 4XKYA 3TQVA 3UWWA 3V1PA 4RK8A 3A5FA 4Z0JA 3RK8A 5CSRA 1BWKA 4QISA 2VKZG 3W7KA 3T55A 1JCMP 2CLIA 2V9DA 2CWNA 4JD4A 1TQJA 1BWLA 3UQNA 1UCWA 3CU2A 3ATYA 3FJ6A 2YXGA 3NZ1A 4CCEA 5F4SA 2E1DA 2E5BA 1ZHAA 1GZGA 5LHFA 3HO8A 2F84A 2FPTA 1G69A 2EF9A 1JUKA 1EWEA 3MW7A 2WSRA 3LV5A 2X1UA 1G7UA 3MYPA 4I7WA 4EIVA 5DCDA 2QKFA 2Z6JA 2YFNA 3FLUA 2CLFA 2I9EA 1KTCA 5FI8A 3MHFA 2OX1A 5AOUA 2XN0A 2GJLA 3UY7A 2TRSA 4BF9A 3S42A 5HWNA 1GOXA 4Z0SA 3W7LA 1GWJA 1AW1A 4UNLA 1WQ5A 1EUNA 3HQ1A 1DHPA 1WOBA 2NV1A 4ONVA 2FFCA 4HKPA 4LVAA 2QCGA 5CPMA 1BTMA 3PVFA 4H4IA 1KM0A 2NXGA 3QSRA 1JUEA 3S5OA 1JUBA 1G6CA 1U83A 1M6JA 1UJPA 1LTDA 4GJ1A 3LXCA 4JIQA 4M7SA 2BZNA 4O52A 4A3UA 3B03A 3W9ZA 3S1VA 1Q6QA 1SU5A 4A2SA 4O14A 1VZWA 4PCFA 4P2VA 4O28A 3GXTA 1HG3A 3W1PA 3NL2A 4NXSA 2A6NA 6ALDA 2PURA 3P5YA 4TR9A 1K8YA 5AHEA 5FF2A 4MKNA 3OA3A 2H6RA 4Z1BA 3O06A 4HNNA 2V2DA 4XBSA 4UTIA 1G4EA 3C2FA 2CZ5A 4ADUA 2ZQ0A 4TX9A 2P0OA 3QRHA 3STGA 2FIQA 3STCA 3TA6A 2KZHA 4BK9A 1W0MA 4Y9AA 4JX4A 4GUIA 4K8EA 3DFTA 4JR5A 3FS2A 2FTPA 4Y90A 4S2CA 2A7PA 4IWWA 1GTEA 3FEMA 2V2CA 4AHPA 1QR7A 1EP1A 1SQ7A 3CC1A 4R7JA 3QZEA 5T26A 1NF7A 3L67A 3R13A 4JTKA 3BK0A 3SZ8A 3QEZA 4RV8A 3MHGA 1OFDA 4MLRA 4DEFA 1RD5A 3G24A 1KBJA 3LCXA 1YDVA 1F05A 1L6SA 5I3KA 4QAIA 2J9XA 3EWBX 1DOSA 3L68A 3G0SA 2ZRZA 2VEKA 4LVFA 1NEYA 1TV8A 1Z41A 4O1DA 4MZ8A 3W75A 3CPRA 1GEQA 3SI9A 3BLFA 1OYCA 1ZENA 1LM1A 4ZMGA 5G2HA 4QNEA 1IXOA 3QJAA 3UPWA 1H7XA 4AHQA 5F2GA 3GK0A 1KBIA 4JYEA 3W71A 1PE1A 5AN7A 2XN1A 1XL9A 2QR6A 3NEVA 4JTGA 1X1ZA 5HUPA 1JCYA 4KFPA 3NPXA 4JTFA 5F4WA 1LZOA 2R14A 2QUVA 4MYAA 1GVRA 3KX6A 3NQAA 3DKJA 1TV7A 3FYOA 3NVTA 4LVBA 2DZPA 2X1RA 2G97A 3ELFA 3PM6A 2AGKA 4YLWA 1G4SA 4UUIA 3V75A 2ZBTA 1QPOA 1V5XA 2V0TA 5IBXC 1BEUA 3CTLA 4CNPA 2VFIA 3ABOA 1V7YA 2C1HA 1VHNA 2NV2A 3EB2A 1GVSA 3IGUA 3QMRA 4TIMA 2Y70A 3G0UA 3LGEA 4UFMA 4O8RA 3LCLA 3G8EA 3S0CA 1SFJA 1AW2A 2C6QA 1ZY9A 3BW3A 2P10A 1N8FA 1Q6OA 3W7GA 1W3NA 4GBUA 5F4XA 4XTIA 2H90A 1IXNA 5CZTA 3DFPA 3TIMA 1ONRA 2G5WA 4IQLA 4LC6A 3R5EA 4GUJA 1P0NA 3W07A 4LU0A 5DBUA 3B04A 3TR2A 1K7EA 3RF9A 1ADOA 3TK7A 3KXQA 3LXAA 3OEXA 5MHBA 2ZRWA 3P84A 1T96A 3C2EA 3MUXA 3PUEA 3G22A 3TW7A 3W2LA 1OX6A 2E77A 2F7FA 5C2XA 1XC4A 5KMYA 4PODA 4WY0A 4IMFA 3NPUA 4HSNA 4N6EA 4IUOA 5D2XA 3TW6A 3QYQA 4PL2A 1XBYA 5A8GA 3TMLA 1YTDA 3EWXA 5LZLA 5CSSA 3KVKA 2O7QA 5J5RA 1JULA 4IMCA 1F5ZA 5D37A 1OABA 1F74A 3PC0A 2BSLA 3TAKA 5HR6A 3P8JA 5K9DA 4IPIA 2A7RA 3UWVA 1EWDA 1EP2A 1S5VA 1UASA 5CPLA 5DY3A 1DV7A 3WK1A 4OV4A 3NXFA 1VCFA 1YTEA 2PRLA 4L4LA 4NJIA 2W0UA 2UV8G 2ZYFA 4ADTA 1JQXA 3A24A 5I3HA 2YCEA 1ML1A 1VHCA 4EF8A 4MY1A 5EYWA 1OK4A 3RNDA 1H62A 3TJXA 2V82A 1NVMA 1PHWA 4X3ZA 1R2SA 1I2OA 2A6LA 4LWWA 4OHQA 4Y8FA 2VFGA 4KFNA 1LYXA 2YX0A 1W5OA 4AHOA 3ABRA 1D3HA 1R47A 2B4GA 3EEGA 2BLEA 2CFFA 4I7UA 4MUZA 2GUUA 1SO6A 3MMTA 1I2QA 3ABSA 4TO8A 3G1VA 1W3IA 1LRNA 3KRSA 5AHFA 2I14A 5LHEA 1GG0A 3G1AA 3KAOA 1S3HA 1MO0A 5HWJA 3PF3A 1L2UA 2PRHA 1CW2A 1OFQA 4HT3A 4NVTA 1XBVA 3C61A 5EA9A 3TC7A 4UMCA 3TAOA 4RR4A 3G1XA 4FX6M 1P4CA 3O07A 5DLCA 3W23A 3ZWTA 3GLCA 4O10A 5IM51 1P0KA 2WSQA 1W5MA 1DJNA 2GQ9A 3KVMA 2TMDA 5HULA 3LLFA 1H7NA 1N7KA 1QPRA 4J9JA 1DQXA 2A2IA 3K30A 3PB2A 4WJEA 1N55A 3LHTA 2AAMA 4DF0A 5CKSA 3MP5A 3P81A 3ATZA 3A22A 1TPDA 1OFOA 1H60A 3W85A 1FXQA 3QMTA 2WKJA 3PBVA 4RZ6A 4NJHA 3PWAA 4O50A 5HNRA 3P82A 1TJRA 4UFIA 2GVGA 1W5QA 4LVGA 3VNDA 4C1KA 1K7XA 4DF1A 4O4WA 3BG5A 2CLEA 1FUYA 1LROA 3Q58A 4OV9A 5FF4A 3MHUA 4E2BA 1MEHA 1AMKA 2ABAA 2NX9A 1NSJA 4MLJA 1TREA 2C14A 3PR2A 4QM1A 4DBDA 3INPA 2CZDA 3QPZA 1I8JA 4O4VA 5KZEA 3W22A 1QAPA 3UWQA 3NQDA 2NUXA 1X1OA 4XQ6A 1RQEA 2W6RA 2NZLA 3W7EA 4M6PA 5D38A 4CQAA 3W7RA 1RVGA 1SZNA 3NYZA 1TPB1 1TTIA 2QAPA 4HNTA 1GYLA 1EEPA 3NR0A 4E2DA 1KFCA 3UWYA 2NX3A 4WZHA 1DKWA 4HNVA 3OBKA 5D2YA 4NX0A 1WDWA 5H91A 4MJZA 4HPJA 2A5HA 4GNJA 5AHNA 2RFGA 3W1XA 1SUXA 5CZ0A 3E12A 3RLVA 3E0IA 4OWGA 1CX9A 3VFLA 5A5WA 1TPFA 3M5ZA 4UTLA 1GT8A 5CPOA 3LXBA 3BARA 1H51A 3MBDA 2RDUA 2VOMA 2PRMA 4O54A 3FA5A 3W7MA 1I45A 4M6VA 3W88A 2DZXA 3EKZA 3LOTA 2QF7A 1OJXA 3PSWA 3E02A 4Q32A 1ME9A 3C56A 1WXJA 1LLZA 1WBJA 1W5NA 3DXIA 2DORA 1FWRA 1KLZA 4QSHA 3FOKA 1VPXA 5CGQA 1D9EA 1YXDA 3DI1A 4IMGA 4LS1A 1PCWA 4XBKA 3FJLA 3TSBA 4O1BA 3W7JA 3PG9A 4O19A 2G96A 1VH7A 3M5VA 2ALDA 3PULA 1SPQA 2YSWA 2EKCA 4WY0F 3NQ7A 3ABQA 4R33A 3SW6A 1Z42A 3PAJA 3DZ1A 1PL9A 4OE7A 5D02A 4OU1A 3EX4A 3LB0A 4GFSA 4MIMA 1RQBA 5LNUA 4GWEA 4UTMA 4GUHA 2W79A 1F2JA 3HGRA 1TTJA 1G7VA 2QCCA 2ZFAA 2QDHA 1OX5A 5FESA 4LVDA 2QJIA 4JICA 3TH6A 3S5ZA 2WQPA 2YW4A 4MZ1A 3SECA 1SR9A 1KM1A 1EA0A 1FWNA 2GJNA 1YYAA 1HFBA 1QO5A 1H1YA 4ORMA 3T4CA 4ZQRA 1M5WA 2VEMA 1J5TA 3NNTA 3S8HA 2QJGA 1ZALA 1FCQA 3CEPA 1LRQA 3DH7A 3KHJA 5G4EA 3RLUA 3WJSA 3I7SA 1RPXA 2CLKA 4FB7A 2WV8A 1K8ZA 1A5AA 2B7NA 2ZZ7A 2XN2A 1AK5A 3MI2A 1KTNA 3BG3A 3SFKA 3W2JA 1QO2A 4UTTA 1SSGA 3TXVA 4GUFA 3BGGA 1R2RA 2ABBA 3DFOA 1QPQA 3PSVA 3BGJA 3W7HA 1Y0EA 4X9SA 5C5YA 2I1OA 3Q2DA 5F1VA 3MJYA 3BO9A 1L6YA 1ZJIA 1L6WA 2J9YA 2R8WA 4K7VA 2NLIA 1QOPA 3EWZA 3HJZA 4JY9A 2OCZA 5C55A 1MXSA 1WYIA 1H63A 3P62A 5CZSA 2V81A 2HS6A 4ZQMA 3DKLA 3NPVA 4AB4A 1EUAA 1D3GA 2HMCA 3LRMA 1G4TA 1QFEA 3IIVA 3QC3A 3M44A 4UTWA 4Z1CA 1THFD 3NDOA 1VS1A 3WK0A 1RV8A 2BXVA 2WOQA 4MPQA 4WOZA 3AJXA 2E5DA 4JDBA 2OT0A 4U28A 5I3GA 4FF7A 3HGOA 3PS7A 2HS8A 3IIPA 3SSJA 3B06A 2A7NA 4JTIA 5HUOA 3LHWA 3P67A 3TV8A 3MBFA 3O16A 1FX6A 4JNMA 4UCGA 1HO4A 3TNOA 2HTMA 4JN6A 1TB3A 1FQ0A 5HQEA 3BW2A 3GZ3A 2DZWA 1W31A 2C18A 3LCHA 4NUWA 3F1QA 4JYFA 2J9ZA 5J5DA 4AMAA 1O4UA 4EVZA 5HINA 3G1YA 2NUWA 4O12A 1FCBA 3CHVA 2E6YA 1H5YA 3PBYA 1HUVA 1ICQA 4PH6A 2BX7A 3TMQA 4JDYA 4JX5A 5AB3A 3GR8A 1KM3A 4RJEA 4HNUA 5BMXA 4LS0A 3LI0A 2E6DA 1KM6A 1JJKA 4FXSA 5ABTA 4IOTA 2RDWA 3O1NA 4LRTA 5G2IA 3LCGA 4RX0A 5LKYA 4N2YA 3SY5A 5C6MA 5EBUA 3L0KA 4UNKA 4JY8A 1SZEA 2YYUA 4RLIA 3P5ZA 3C3NA 4PL1A 2A0NA 2NXIA 4JXCA 3W87A 2QCNA 2CZEA 4CQ9A 4JTTA 2QCDB 2QCEA 4ZZ9A 1FY6A 1FWTA 2FB2A 2VFDA 2Y88A 3EX1A 4MY9A 3A9IA 2DU2A 3OHIA 4IPJA 1VYRA 4HN4A 3L0GA 4DO5A 3TROA 2QDGA 3T7VA 1TPH1 2FLIA 3KRZA 3QM3A 4NJKA 4A22A 1F73A 2O7SA 2C13A 1ZAJA 2Z0IA 5LGZA 3QQ0A 2ZRUA 4O0ZA 4S2BA 3TFCA 1B3OA 3LCIA 1KA9F 1UB3A 4LUIA 4O0KA 2QCHA 1K02A 3F4NA 2WJZA 1QMLA 3IIOA 1TPC1 3TE9A 3Q94A 2YYTA 4QQ3A 1JCJA 4M6QA 5BOOA 4OGZA 3HG3A 4UR7A 3GNDA 1TYGA 4NXKA 1GVOA 3OVRA 5LNWA 3N9RA 3PBWA 5K2ZA 3W2KA 5DCBA 3G8RA 2ZRXA 3OVQA 4KWVA 2E6AA 4LC8A 2OMAA 3FFSA 1I4NA 3GXPA 4KWWA 1FWWA 5TIMA 4FNUA 1EB3A 4LS2A 3S5YA 4UIOA 5K9CA 1Z48A 3STEA 4UFLA 4DELA 4GRSA 2NX1A 1TSIA 4UFJA 3GX9A 2RDTA 3H55A 1H50A 3BVJA 4ZQPA 3N34A 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3HPSA 2DZUA 4PA8A 1FDYA 4DPPA 3EKLA 3N3MA 3MP4A 3WFAA 3P8IA 3MO7A 1OHLA 5D2TA 1YADA 2CLLA 1TV5A 3HOJA 3TQKA 2WSYA 3LTPA 4AWUA 3C52A 4XUGA 1ALDA 4RCXA 3M5YA 1CI1A 3R89A 4N9EA 2ISSA 3DGRA 1ZNNA 3LX9A 1AL7A 2YGYA 5FEPA 4TU1A 1H7WA 3M9YA 1VYSX 3O6DA 4LW7A 1VLIA 3LHZA 1K03A 2Z2UA 4EF9A 3KOFA 3L9CA 3DENA 3PB0A 3DBPA 3NGJA 2YZRA 1A50A 5D2VA 3LV6A 1P1XA 3W7DA 4JTUA 1O5KA 1GVQA 2ZA1A 4DPQA 3MI6A 1F76A 5DCEA 3HG5A 3VKJA 4M5PA 1LP6A 1MZHA 2YPIA 3WJXA 4ZQOA 2ATSA 1QNVA 4JTHA 2DZTA 5G1YA 3TCEA 4YXGA 3MP3A 3BLIA 4NQ1A 4FHAA 2G95A 4O18A 3O15A 4FEZA 4DBEA 3USBA 3L2IA 3CIWA 2QAFA 1OFRA 2H3DA 4JIPA 1VCVA 3AO0A 3W2UA 3W7QA 2DJXA 1DVJA 1G4PA 4YCOA 1R2TA 2EAWA 3C2OA 4POCA 1XM3A 5F2LA 1A53A 3P74A 1SO3A 2GVJA 3EXTA 4IXHA 2ISWA 1A5BA 4UTKA 3EX2A 4BR1A 2C3ZA 5L6UA 3QPYA 4ADSA 4ML9A 2QCDA 2VFFA 3T78A 1FCUA 1JCNA 4GUGA 4YL2A 3VE7A 4FNQA 1J2WA 1H7RA 3ZFHA 1ME7A 4IX0A 3TC6A 3PG8A 5FF7A 5K3VA 1RQHA 1OF6A 1YPIA 4FX8A 3W7CA 4XZ9A 1WOAA 2X1TA 2Y6ZA 4FNSA 5I3IA 3CEUA 4AF0A 2E09A 5G4WA 1ICPA 1O95A 3NM3A 1OFEA 3NQEA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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