3S85A

Discovery of new hiv protease inhibitors with potential for convenient dosing and reduced side effects: a-790742 and a-792611.
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease/reverse transcriptase
publication title 2-Pyridyl P1'-substituted symmetry-based human immunodeficiency virus protease inhibitors (A-792611 and A-790742) with potential for convenient dosing and reduced side effects.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-05-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s85A00
3O9LB 2O4PA 4RYGA 4EJKA 5P77A 1NPAA 3EM4A 3LZUA 4XKXA 2AVMA 1HPXA 4B1EA 3NDTA 3OTYA 2O4LA 4ZSPA 1WBKA 1A9MA 3RTHA 2JJJA 5KR2A 1NSOA 1ZJ7A 3MWSA 4H3FA 2AOCA 4X2LA 4FRKA 5DQ2A 4DQHA 1B6LA 4YDFA 5P17A 5P0SA 3L59A 4FGXA 5P36A 3APPA 5FIVA 5P5VA 4CPXA 3OXWA 2OHMA 4Y39A 1M4HA 3FX5A 1QBUA 3O99A 4TVHA 3QP0A 4R5NA 5OZBA 1SGUA 2G21A 5C9BA 3DJKA 2OHTA 5OZCA 5P74A 4I0FA 4ER1E 5P4BA 1FB7A 2AQUA 4GJ7A 3LPIA 5P7KA 3UFLA 2HB4A 1SGZA 3RTMA 5TOLA 5P1XA 3L58A 2IDWA 3SM1A 4YE3A 2V11C 5OZLA 2HIZA 2I0AA 5P5EA 2F3EA 4BFBA 5P5QA 5P82A 5P65A 5P5OA 1W6IA 2BPWA 1SDVA 3TPPA 2WEDA 3PJ6A 2AZBA 5P09A 1MESA 2AVVA 5P0JA 3IVHA 2BJUA 1G2KA 5P31A 1EPPE 3CKTA 3PI5A 1MT8A 2QI1A 3PSYA 3SA8A 3G6ZA 4EJDA 2Q54A 1FQXA 3KF0A 4YD4A 3OHFA 1BXOA 5P8SA 4NPUA 3KFNA 3GI6A 3U7SA 3ZKXA 5EZXA 4GJ6A 4Y45A 4DI2A 2G20A 5P25A 4YD3A 5OZ0A 4S1GA 4OC6A 5P6CA 3VF7A 1C70A 1PROA 2B8VA 5P0YA 5P0VA 2QI7A 3KFRA 3CIBA 4NJTA 5P0GA 3SAAA 3I7EA 2NXLA 2FDDA 1FQ5A 1GVUA 3ZOVA 4XXSA 2QU3A 2I4VA 4WTUA 2AOHA 3S53A 3S2OA 4FCOA 1BDLA 1HVIA 1LYBB 1HIVA 2OHNA 3ZLQA 3DCRA 1HEGE 5P5XA 3SQFA 2I4DA 3DK1A 4FSEA 2HB3A 3VV8A 1BXQA 3FKTA 3LIZA 2PQZA 4J1IA 4YHQA 5OYXA 4YA8A 5DGWA 3UCBA 1XE5A 1MVPA 4I0ZA 1Z8CA 2ZHSA 4GJCA 4Q1XA 3O9LA 4Y36A 4Y3TA 5P1QA 1W51A 2PYNA 3WZ8A 5P07A 5P1RA 2F8GA 4ER4E 3FIVA 5P7TA 1TZSA 5P1BA 2CEJA 1LF3A 4EHCA 5P3VA 4QJ9A 5P4OA 5P5FA 1T7JA 3GI5A 4FM8A 1FGCC 2WF3A 3PSUA 4APRE 3NU5A 5P7HA 4ZSRA 2IQGA 2P3BB 3INEA 4YCYA 1D4YA 3PMUA 1T7KA 5P8UA 5DQ4A 2ANLA 5OYVA 5P0WA 5HU1A 4DV9A 4DJWA 3SABA 3K1WA 3Q70A 2WJOA 5P48A 3BHEA 5P4JA 2VKMA 5P86A 5SZ9A 5HE7A 4EPJA 2QZKA 3IGBA 3SA5A 4J1CA 5P3PA 1XL2A 3UQWA 4B0QA 4I10A 1T3RA 4Y54A 1QRPE 3K5GA 3D91A 3KMXA 1BWAA 3ZKMA 3CKPA 3QBHA 1HPSA 3PLDA 2HS1A 3OUDB 3I2LA 5OZFA 1AAQA 5KOSA 5P6NA 3PBDA 4TRWA 5P16A 3TOFA 2F80A 3TNEA 1YM4A 2P8HA 1IDAA 3T11A 5ER2E 2R9BA 5KQZA 4FM7A 1BDQA 3I8WA 3B80A 5P3NA 1YX9A 3INDA 5OZQA 2VJ9A 2AIDA 2AVQA 5P53A 3UTLA 5P02A 3EKWA 4B78A 1FMBA 4GJ5A 1W5WA 1EPQE 2WF1A 4AMTA 4CPQA 2F81A 1AVFA 5B18A 1ZBGA 1K6CA 4HVPA 1M0BA 4CPTA 1K2BA 1HIHA 3IA9A 3BUFA 2O4SA 5P10A 5P3HA 3U6AA 4J0VA 4N00A 1YG9A 1D4JA 5P2EA 4R93A 1XDHA 3HZCA 1XN2A 5OZEA 4A4QA 5P3ZA 3UDRA 2CEMA 5ISKA 5P0FA 1FIVA 2ZHVA 1T7IA 1LYBA 4R95A 4Y9WA 3TOHA 4ZSQA 4RGHA 4GYEA 4GZFA 5P4WA 5ISJA 1HIIA 3ZKNA 3EL9A 5P62A 5BRYA 1CMSA 2BPVA 3QVCA 3OQDA 5DR4A 2AOIA 1GVVA 5OZWA 1KJFA 3AIDA 3OAGA 1EBZA 4K8SA 3G70A 1FG8C 3IVIA 5P7QA 5P4AA 1EPNE 3R4BA 2WF4A 2P83A 5KAOA 1IZDA 4Y4WA 5P6EA 4QJ7A 5P3LA 3S54A 3U71A 2P3BA 4DUSA 5P6GA 5P0RA 2G24A 3S7MA 5P37A 4F74A 5P1IA 4RCDA 4EQ0A 5P0BA 2QHZA 3T7QA 1YTGA 3BXSA 4ZIPA 3NUOA 2SAMA 3VF5A 5HE4A 1FLHA 2VIJA 4RRNA 5HDVA 5P7BA 1TCXA 2AZ9A 1QBTA 1GKTA 4RRSA 2HB2A 1D4SA 4YDGA 3PHVA 3L3AA 3O9DA 5P3RA 5P4KA 5I3WA 4Y3SA 1KJ7A 1IVPA 3L5BA 4DFGA 4B72A 5P45A 3DOXA 1CZIE 5P6VA 2OHUA 4B05A 5IVQA 4Y58A 1PPKE 2FMBA 5SY2A 3KFSA 2IKUA 5P7IA 3IXKA 1AJVA 5P06A 5OYQA 5P22A 3G72A 4YD7A 3DUYA 4J0PA 9HVPA 3QS1A 4Y3XA 3Q4BA 3S85A 2HS2A 1HVRA 3LIXA 5P4VA 1B6KA 2QMFA 3UDHA 3OU3A 4D89A 3KFPA 2VIZA 1GNOA 4Y6MA 5P8NA 1BBSA 3JW2A 5P89A 4KB9A 1EBKC 4CP7A 1AIDA 2RMPA 2G1OA 3UDKA 1MPPA 3EKXA 4A6BA 4F73A 2QNQA 3PCZA 5HCTA 5P2NA 3RVIA 5P0XA 2O4KA 3ZKSA 2HC0A 1M43A 2XYEA 2CENA 1EC1A 1NH0A 4Y47A 4FLGA 5C9FA 1DP5A 5ER1E 2QZWA 5OZYA 3I25A 5C9DA 1HSHA 2NNKA 1RQ9A 5P4QA 2FXEA 1QBSA 2BPXA 3SA4A 8HVPA 4BEKA 4Y5PA 3OWNA 3NWXA 4YOBA 3PSGA 5P2MA 3NXNA 5P1SA 5P1PA 5F01A 5SY3A 1FG6C 2ZJLA 5JFUA 3KT2A 5OZXA 5P8PA 2PH6A 1MT7A 1APVE 3HLOA 5P51A 3PB5A 3VUCA 5P0OA 5P7GA 3UF3A 3TLHA 5I3VA 3K5FA 3UQXA 2UY0A 3GI0A 2XFKA 5P15A 1HOSA 4OC6B 5P6MA 5P52A 2BPZA 2WEAA 1D4HA 5P63A 2JXRA 3DV5A 4GJAA 4Y3FA 1UH7A 5P83A 4Y3ZA 4ER2E 2NTRA 5OZ9A 1C6XA 3VG1A 4RVXA 3ST5A 5P5DA 3INFA 1AM5A 2VIEA 2NXDA 4CMSA 1IBQA 5P24A 5P8CA 3KMYA 4Q1WA 4Y3QA 4Y3AA 3NWQA 5DPZA 3VFAA 3L5CA 1LS5A 2V10C 3URLA 5P66A 3LPJA 4D85A 5PEPA 3MXDA 4Z4XA 2FDPA 2IKOA 2ER0E 2Q64A 3TTPA 5P2SA 4DQFA 5IVRA 5OYZA 1OEXA 3TKGA 1FMXA 3GGUA 5P0HA 5P2KA 1T6GA 3JVYA 4DJUA 3KA2A 3SO9A 1AJXA 4Y3DA 1A94A 3OTSA 2H6SA 5P1VA 4RVJA 5P29A 3VYFA 2G94A 2B60A 5P2XA 5P73A 1DAZC 2J9JB 3MXEA 3R2FA 4ZEAA 1K6TA 5AH9A 1B6JA 1APWE 5P4ZA 1MSNA 4I8ZA 1HSGA 1FKNA 4FIVA 4AZYA 4OBFA 4IVSA 5OZ2A 4GJBA 5P6UA 2NPHA 4JPEA 1EAGA 4OBDA 5P4YA 5P6IA 2ZJJA 2G22A 5P7PA 5P4IA 4J55A 4QJ8A 1LEEA 5P3SA 3BUHA 2ER6E 4LBTA 1D4LA 1SDUA 1SP5A 3FNUA 3EL1A 5ENMA 5P2QA 1RPIA 2WEZA 3EKTA 5P5MA 7HVPA 1HXBA 4B1CA 4B00A 3D1YA 1TW7A 5P2AA 2FGUA 4Z2ZA 4J1KA 4AA9A 5P0PA 3OHHA 5P5LA 5DR7A 5P8LA 4PZWA 4GJDA 4Y4UA 3OOZA 3K4VA 3K5CA 4Y5EA 4E43A 2P4JA 5P1HA 3ZMGA 1IVQA 2BBBA 5P6HA 1HVKA 2NMYA 1EC0A 4EP3A 3SKGA 3VLAA 5P3GA 3GW5A 4J0YA 1MTRA 1UH9A 4EWOA 4OD9B 5HCOA 5HDXA 1MT9A 1QS8A 5P7DA 2ZDZA 1PFZA 5P1CA 5AHCA 3VEUA 5P1DA 3UQUA 1C6YA 2AVOA 3QROA 1MIQA 3ZKQA 5P6BA 2QZLA 3BRAA 1HPVA 5OZTA 3HBOA 3D3TA 1APUE 3QRVA 5P55A 5P1TA 4Q5MA 3TH9A 5P3WA 5P7NA 1RNEA 3CYXA 3GGXA 1WKRA 4Y5GA 1Q9PA 1VIJA 2G27A 2G1RA 5P5TA 5OZHA 1DW6C 4CPWA 3TPRA 4TRYA 5DQ5A 1Z1RA 4Y5AA 1W5YA 1ZP8A 3LITA 3O9FA 5IE1A 2FDEA 5OZ6A 4L1AA 5P60A 4DJQA 5P6KA 1BV7A 5P4FA 3AUPA 3QBFA 5OZAA 1Z1HA 4LC7A 3S8IA 2H6TA 4Y4ZA 3OAGB 5HU0A 3HW1A 3OXVA 2HM1A 5OZNA 2BPYA 3NU3A 4Y57A 4ACUA 4B77A 4DJRA 2QI3A 3UQRA 2QMDA 5P1JA 5P0ZA 5HTZA 3OADA 2J9JA 2ZHTA 5OYTA 5P2BA 1B6PA 5P2IA 2NXMA 4K4RA 5P01A 5OZSA 5P8DA 3EKQA 1IZHA 1A30A 4L6BA 1MERA 1HVJA 3EKYA 3LHGA 2WF0A 1UPJA 2AODA 5P5WA 2IENA 3OU1A 5E5KA 5P8OA 3SA7A 5P4LA 5IVSA 5KR1A 3KDCA 3PCWA 2QI6A 2NNPA 5P68A 4GJ9A 4MC2A 4JECA 5P03A 3VV7A 4HLAA 2WKZA 5P2GA 5P14A 4M8YA 5P6PA 5P0LA 3OXCA 4K4QA 5OZKA 3DM6A 5KQYA 5P2VA 1KJHA 3UDMA 4X7IA 2R8NA 3N3IA 4HDBA 5P57A 5P4UA 3FV3A 1IIQA 5AHBA 1FEJC 5P05A 4ZLSA 5P80A 1ZPKA 5COOA 4OD9A 5P4PA 4CPSA 4Z50A 3L5EA 2Z54A 1TQFA 3K5DA 3HD8A 2ZJIA 5P7OA 3UHLA 3OXXA 2PMAA 2FNTA 3PI0A 4Y4TA 5P7JA 4FAFA 3CMSA 5APRE 1MUIA 4I1CA 3RSVA 3PEPA 1HBVA 2OF0A 5I70A 3LPKA 3PWRA 5DGUA 2ASIA 3O9AA 1LF2A 3QN8A 5P23A 4COEA 3R0YA 1AZ5A 3RU1A 2O4NA 3MSJA 2QCIA 3KDBA 4LAPA 5BS4A 1QDMA 1JLDA 2ZJKA 4H3IA 5P7CA 4U7QA 3EKPA 2RSPA 5P8JA 4DQCA 4I0JA 5P8VA 4GJ8A 1HRNA 3C9XA 1GVWA 2FIVA 2ER9E 3LIYA 3MSLA 5P5HA 1N49A 5P2TA 1HVHA 2APRA 3WSJA 2P3DA 1PSOE 5P00A 2OHSA 5P1EA 5P5SA 3NUJA 3O9HA 1HHPA 1FFIC 2RKFA 3NU4A 4Y3WA 5P7AA 5P39A 3ER5E 5P71A 5I3XA 3T3CA 2G1YA 4Y4XA 5P61A 3OOTA 4LXKA 5AH6A 5OZPA 2AOGA 2Z4OA 3ZPUA 1HWRA 4RCFA 4HZTA 5OYSA 2FNSA 4DPIA 4AUCA 3SA3A 5P44A 5P8AA 3O9CA 4MC1A 3EM6A 2R5QA 3UDQA 2VNMA 5P7VA 3EC0A 2QMGA 5P47A 1FQ6A 3FNTA 4KE1A 3R0WA 5HE5A 1LYWB 3FNSA 5P7UA 3N4LA 1KJGA 1LF4A 3H0BA 1RV7A 5P2FA 1B6MA 5P0MA 4Y35A 5P5RA 5P34A 4YD6A 4JPCA 2PK5A 5P1ZA 2AVSA 2QAKA 4Y4DA 5P19A 5COPA 4IVTA 5P6FA 4EP2A 5P81A 5T4SA 3BGBA 4EJLA 5OZVA 5DR0A 1YTIA 4J0ZA 5P3MA 1DIFA 4GIDA 4I0IA 3L5FA 5P6AA 4Y43A 2ZJHA 3D1XA 3BXRA 3OUAA 5P76A 5OZIA 3UPJA 3EBZA 4Y3YA 2WHHA 3APRE 5P69A 3LIQA 1ENTE 5P49A 4FL8A 4LP9A 1SMEA 3HVGA 5OZ5A 1DPJA 4Y53A 4XX3A 1E81E 4ZE6A 1K1UA 3HAUA 3NU9A 5E5JA 5P6RA 3CIDA 4NJVA 5P2ZA 5P7ZA 5EZZA 4Y4EA 3ZPSA 2PWCA 1OHRA 5P5IA 2BKSA 3T7PA 2R38A 5P6LA 3UDJA 4Y48A 4RROA 2IS0A 5P4RA 2QMPA 2XFIA 2I4QA 4WY6A 5P46A 2JJIA 4L7HA 3SM2A 5CONA 2G69A 3PBZA 6FIVA 5SXNA 5P5GA 2ZJMA 3IN3A 1MRWA 5P1UA 4FS4A 4D83A 3S7LA 3Q3TA 1E82E 1GVTA 5P4MA 4DJOA 2QK5A 3I6OA 2ZGAA 2HPEA 3UDPA 3NXEA 1HTFA 5OZUA 1BV9A 5P11A 5OZZA 2ZJNA 5P3DA 5AGZA 3LINA 3F9QA 2PC0A 1F34A 4J0TA 4EXHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3O9L B;  2O4P A;  4RYG A;  4EJK A;  5P77 A;  1NPA A;  3EM4 A;  3LZU A;  4XKX A;  2AVM A;  1HPX A;  4B1E A;  3NDT A;  3OTY A;  2O4L A;  4ZSP A;  1WBK A;  1A9M A;  3RTH A;  2JJJ A;  5KR2 A;  1NSO A;  1ZJ7 A;  3MWS A;  4H3F A;  2AOC A;  4X2L A;  4FRK A;  5DQ2 A;  4DQH A;  1B6L A;  4YDF A;  5P17 A;  5P0S A;  3L59 A;  4FGX A;  5P36 A;  3APP A;  5FIV A;  5P5V A;  4CPX A;  3OXW A;  2OHM A;  4Y39 A;  1M4H A;  3FX5 A;  1QBU A;  3O99 A;  4TVH A;  3QP0 A;  4R5N A;  5OZB A;  1SGU A;  2G21 A;  5C9B A;  3DJK A;  2OHT A;  5OZC A;  5P74 A;  4I0F A;  4ER1 E;  5P4B A;  1FB7 A;  2AQU A;  4GJ7 A;  3LPI A;  5P7K A;  3UFL A;  2HB4 A;  1SGZ A;  3RTM A;  5TOL A;  5P1X A;  3L58 A;  2IDW A;  3SM1 A;  4YE3 A;  2V11 C;  5OZL A;  2HIZ A;  2I0A A;  5P5E A;  2F3E A;  4BFB A;  5P5Q A;  5P82 A;  5P65 A;  5P5O A;  1W6I A;  2BPW A;  1SDV A;  3TPP A;  2WED A;  3PJ6 A;  2AZB A;  5P09 A;  1MES A;  2AVV A;  5P0J A;  3IVH A;  2BJU A;  1G2K A;  5P31 A;  1EPP E;  3CKT A;  3PI5 A;  1MT8 A;  2QI1 A;  3PSY A;  3SA8 A;  3G6Z A;  4EJD A;  2Q54 A;  1FQX A;  3KF0 A;  4YD4 A;  3OHF A;  1BXO A;  5P8S A;  4NPU A;  3KFN A;  3GI6 A;  3U7S A;  3ZKX A;  5EZX A;  4GJ6 A;  4Y45 A;  4DI2 A;  2G20 A;  5P25 A;  4YD3 A;  5OZ0 A;  4S1G A;  4OC6 A;  5P6C A;  3VF7 A;  1C70 A;  1PRO A;  2B8V A;  5P0Y A;  5P0V A;  2QI7 A;  3KFR A;  3CIB A;  4NJT A;  5P0G A;  3SAA A;  3I7E A;  2NXL A;  2FDD A;  1FQ5 A;  1GVU A;  3ZOV A;  4XXS A;  2QU3 A;  2I4V A;  4WTU A;  2AOH A;  3S53 A;  3S2O A;  4FCO A;  1BDL A;  1HVI A;  1LYB B;  1HIV A;  2OHN A;  3ZLQ A;  3DCR A;  1HEG E;  5P5X A;  3SQF A;  2I4D A;  3DK1 A;  4FSE A;  2HB3 A;  3VV8 A;  1BXQ A;  3FKT A;  3LIZ A;  2PQZ A;  4J1I A;  4YHQ A;  5OYX A;  4YA8 A;  5DGW A;  3UCB A;  1XE5 A;  1MVP A;  4I0Z A;  1Z8C A;  2ZHS A;  4GJC A;  4Q1X A;  3O9L A;  4Y36 A;  4Y3T A;  5P1Q A;  1W51 A;  2PYN A;  3WZ8 A;  5P07 A;  5P1R A;  2F8G A;  4ER4 E;  3FIV A;  5P7T A;  1TZS A;  5P1B A;  2CEJ A;  1LF3 A;  4EHC A;  5P3V A;  4QJ9 A;  5P4O A;  5P5F A;  1T7J A;  3GI5 A;  4FM8 A;  1FGC C;  2WF3 A;  3PSU A;  4APR E;  3NU5 A;  5P7H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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