3S9EA

Crystal structure of the kainate receptor gluk3 ligand binding domain in complex with (s)-glutamate
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
256
structure length
253
Chain Sequence
GTNRSLIVTTLLEEPFVMFRKSDRTLYGNDRFEGYCIDLLKELAHILGFSYEIRLVEDGKYGAQDDKGQWNGMVKELIDHKADLAVAPLTITHVREKAIDFSKPFMTLGVSILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVKDGATMTFFKKSKISTFEKMWAFMSSKPSALVKNNEEGIQRTLTADYALLMESTTIEYITQRNCNLTQIGGLIDSKGYGIGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEDKLHIMKEKWWRCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Binding site and interlobe interactions of the ionotropic glutamate receptor GluK3 ligand binding domain revealed by high resolution crystal structure in complex with (S)-glutamate.
pubmed doi rcsb
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 3
total genus 82
structure length 253
sequence length 256
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9eA02
1M5FA 1R6ZA 1SVXB 1SYIA 2W7YA 1I69A 1RKMA 1HSEA 3C33A 1B0HA 2BJJX 3CVGA 3DP6A 3KG2A 4LZ7A 1NL5A 5EHSA 1B7HA 1SI1A 3PUWE 4GXAA 4ECFA 4NEDA 3VXBA 3OO8A 2OWSA 1B0LA 1MPCA 5KDTB 1TFAA 3FASA 1MXZA 2XXQA 3OELA 4F22A 2I0BA 4ZE8A 3VLVA 4JXIA 3T9UA 1PB9A 3FXUA 4EQ9A 1BKAA 1B51A 3A09A 3IB1A 4ZE9A 4OFOA 2XX9A 1SYHA 4JB7A 3C36A 1FQBA 4KD5A 4F29A 4F39A 2O69A 5K2XA 1DOTA 2I49A 4PP0A 4ESWA 2D5WA 3GLBA 3LSXA 5CMBA 4ZEIA 3TPAA 1OQHA 4TQUQ 4HCWA 1YAEA 4MFIA 1IXIA 2O7IA 4EF1A 1Y1ZA 2OJTA 1ZKBA 4ISUA 3PMWA 2A5TA 1UTBA 1DMBA 1UQWA 3K6VA 4GVOA 4H6DA 4JDFA 3VVDA 1M5CA 1USYH 4NF5A 3DLNA 3C34A 3TDJA 3MUQA 3W9VA 1LBBA 1UTHA 3MAMA 4XKPA 3H6UA 1ZTYA 2DS9A 1B5IA 1LAHE 3HHFA 3HSTA 2ONKE 4KCCA 3OEKA 1OQGA 4M1VA 4RNSA 4EDPA 1ZLQA 3M3KA 2Q8JA 4Z7EA 1IZ1A 4DXBA 1MXUA 1FQEA 2P2AA 2UYFA 4KR5A 4U21A 2QPQA 4IO6A 5I59B 5JK4A 1T0KA 3FIRA 3LUYA 4POXA 4YKPA 3MZBA 4AQ4A 5BUUA 1XOCA 1II5A 1SW4A 4R75A 2XX7A 3OSRA 2REGA 2VD2A 1A54A 4NTLA 5IAIA 2O7UA 2ZXTA 2VOZA 3SEXA 1F9BA 4G68A 4KQPA 3ILUB 4L17A 1UIVA 2R71A 1EU8A 4IB2A 4U23A 3R26A 1HSJA 2ESNA 3K1MA 3ONMA 3PMXA 5DTBA 3MZ9A 2VHAA 3O66A 1OLAA 1B5JA 2QS4A 3HO7A 4F1VA 2I6EA 4G4PA 4OEVA 3CG1A 5FTHA 4GIZA 4QSEA 2VD3A 3FV1A 3G3JA 2YJPA 3L6GA 2ANJA 5CBRA 5L8DA 3UA8A 1B3HA 3K00A 4OYVA 1EZ9A 3LR1A 3ZSFA 2RKMA 3PU5A 1MH3A 2AL4A 4YMAA 1OLCA 3GZGA 1FTOA 2PYYA 2ZNTA 4XKQA 4NE4A 3K6UA 4I62A 3UIFA 3S4UA 1MXVA 4GF8A 3N5LA 3VVEA 4E0WA 4RA1A 1ZJLA 1Y3NA 2ALUA 3FATA 4O3CA 5ICTA 1I6QA 4YB6A 4EQ7A 1ELJA 2D3IA 1N3XA 1AMFA 4NF4B 3UK4A 5DVJA 4KCDA 3I3VA 3WAFA 3K6WA 3TQWA 5CMCA 5ITPA 2G29A 4RPOA 4GD5A 3V8XB 3N6UA 1LSTA 2CMOA 2PMSA 2Z8FA 2ZNUA 3KJTA 3O6IA 3OENA 1VFEA 3QK6A 4N07A 1FTLA 2I4BA 3KN3A 3MWBA 3OMBA 3QUFA 1I6AA 2Q88A 2I3VA 1XVXA 3HCQA 3MJNA 4Q30B 1R1NA 2V93A 3TZAA 1NNFA 2M8CA 3V89B 2A5TB 3S9NC 2F6GA 3MQ9A 5I57B 3H6VA 3F11A 3MW0A 4U22A 2OLBA 3S9LC 1FTKA 3RT8A 1H43A 2I48A 2PVUA 4EUOA 4Z0IA 2GHAA 4R9GA 3U93A 1UTBB 2PX1A 3Q29A 2F35A 2DE4A 4OMBA 1FCKA 3FVGA 2VGQA 4H0WA 5CC2A 4JWOA 1A99A 2XHDA 3SKPA 4ZEKA 2GRVA 2DWAA 4PETA 4ZEFA 4FORA 1B4HA 1CE2A 3TTMA 3E4RA 1JQFA 4KYDA 1DSNA 3Q26A 4Q5TA 1IITA 1NH7A 4QFNA 5CMMA 3UP9A 3OEMA 1P1NA 1ZIUA 2H98A 3HV1A 2QJEA 1A8FA 1OIBA 4GL0A 3S2VA 5EYFA 4YKIA 5AA2A 4IO3A 2P0SA 4U1ZA 3RY3A 4R6YA 3W9WA 4LQ5A 3FXQA 3H06B 4GLIA 4ELRA 4KFQA 5I58B 2Q2CA 3KSXA 2Q9TA 3MPLA 1P1WA 4Q0CA 4X1DA 1QULA 3P7IA 4R72A 4BDRA 2AIXA 5AE4A 3O6HA 5H8HA 3WAEA 3TEPA 2B3FA 3MVWA 2O1MA 3B6WA 5H8QB 1J1NA 2F34A 2GFEA 2Z23A 3U8QA 3UORA 2Y7IA 1LCTA 3KSJA 4MLVA 3BFUA 1VFDA 1M5BA 1O63A 1Y3QA 4IGTA 1MPDA 4X48A 4OFLA 5K2YA 5A5XB 3EPEA 2F97A 4GWOA 1YCJA 5H8NA 3UN6A 3PPRA 4G8MA 4PFYA 3FJMA 3TCHA 1Q35A 3R6UA 1NKXA 1PB7A 1PBQA 5F1QA 3C35A 1US5A 3KN7A 4PQJA 4U4XA 1O64A 1B3FA 1N84A 1NNTA 2QMWA 1LB8A 2RCBA 5JEIA 1JW1A 2RF1A 4G8NA 4NMYA 1B52A 4G68C 4OFJA 4YB5A 5I58A 3MVZA 2DVCA 1WDNA 2PT1A 4I9DA 5H8SA 4R6HA 3RPWA 4GRKA 3VVFA 3BKIB 3RQTA 1IEJA 1KWHA 4R6KA 1TFDA 2GH9A 3MP1A 3N26A 4FEDA 3H4ZA 1MQHA 1XS5A 3LC8A 4EXKA 5B70A 5TP9A 5I56A 4ZEBA 4NF8B 3OO9A 3TQLA 1AIVA 3N94A 1A8EA 3K1PA 3MZ1A 3DP4A 2H4IA 1HSLA 4H67A 5CM6A 4GL8A 3LSFB 3TCFA 1B7UA 3TTLA 1GVCA 2DWIA 4F31B 2XXRA 2ONSA 1WODA 3HPIA 3V5AA 5H8NB 3PGFA 3R7XA 5H8FB 1JEVA 1LLSA 3PPQA 1Y9UA 2UYEA 1POTA 4GQOA 4XTCQ 3S9EA 3TTRA 1MY4A 1B7ZA 1O7TA 3GBAA 3PPOA 2Y84A 4R2FA 4MH5A 1OMPA 4YAHX 4F1UA 3EHTA 4FEBA 2UVHA 4I8CA 4HCYA 4KPTA 4BDOA 2I4CA 2XXIA 3G3GA 5AA4B 4LZ5A 4KHZE 5LOMA 4EXLA 2QS2A 3IK6B 3IORA 4KYSA 5CI5A 1FTMA 1VE4A 4UA8A 3RT6B 5I84A 4DDDA 3ZKKA 2VP1A 4ND9A 3T93B 3T66A 5I56B 3S9MC 3U1OA 4FE8A 4G68B 1B1HA 1SDXA 3FJ7A 3MVYA 2V3UA 3K2DA 4NF6B 3QIMA 4G8HA 4BDQA 1LAGE 3HN0A 4TOZA 2CZLA 2F78A 2XX8A 4U2RA 2O68A 4RK9A 1JEUA 2OCUA 2H99A 3G3FA 3KBRA 5KZTA 1P1UA 4OETA 5I57A 1AOVA 4FJPA 4ZDMA 1MQDA 1P99A 2UVJA 3JV9A 4F18A 2DE3A 4IY6A 5H8QA 4H5GA 1SBPA 4DXUA 1MDQA 1YTVA 4R9FA 5L9OA 3KEIA 3EHSA 1B5HA 3B6TA 3VDFA 3LSLA 1QVSA 4DE8A 1H3DA 1JW4A 1N04A 1QUJA 1LCFA 2QMXA 2XXPA 3VV5A 1ANFA 3I6VA 4OENA 4XKRA 2DWJA 2B3BA 1OVBA 4I1DA 3RN8A 2O51A 3TTNA 5H8FA 2DE2A 1XT8A 1ZMGA 2O1LA 2ZYNA 3B6QA 5ITOA 1DTGA 3IOTA 3K6XA 2F7CA 4NF6A 1Z7ME 3GBBA 3Q27A 1BLFA 3MPKA 4YKJA 2XD2A 3G3HA 2HFBA 4OXVA 4DIGA 3JZJA 4FAJA 1R9LA 2QS3A 3O28A 2HAUA 2H5YA 3SEUA 4DLDA 2QL3A 2GHBA 3ODBA 1JNFA 3SEYA 3LBSA 4NF8A 4THIA 4XXUA 5KCJA 2G93A 3PUYE 4H8IA 3PUXE 5H8HB 1UIUA 3TFLA 1URDA 1B1XA 1FTJA 1MM7A 2V3TA 4U4SA 3QYTA 2YPNA 4H65A 3O6GA 1JVYA 5DEXB 4ESXA 5HBCA 2B65A 4UACA 1JW5A 1N7WA 2Z8EA 1ZBMA 3C32A 5TPAB 1ZU0A 1Y1MA 2DXRA 1N7XA 4AB6A 3H7MA 2AYSA 5FHOA 3RTFB 2ZYMA 3O97A 3KN8A 1MG1A 4NF4A 1FQCA 4ONYA 3IOUA 2Z22A 1JVXA 1P1QA 2QSXA 3MBPA 3K4UA 3TCGA 2ABHA 1D9YA 1B3EA 1PB8A 1QKBA 2DSFA 2FNCA 2Q2AA 2XXTA 1SW2A 3D4GA 3MVXA 3OO7A 3SDFA 1B32A 4GOTA 4LP2B 4RK2A 3VE1B 1LAXA 4O3AA 2XXUA 3H6WA 3GXAA 5DVIA 3IB0A 4QFKA 3RLFE 4RYAA 3SEVA 1TXFA 4KI0E 3VLUA 3CG3A 2UVGA 4AB5A 3VXCA 5AA3A 1LAFE 4TLLB 1B46A 2O84X 3PPNA 1LFGA 1H45A 4BLAA 3QXMA 1PDAA 2DQVA 2PBWA 1B3LA 2RC9A 4C1TA 4DCYA 2P1SA 1TT1A 3RNNA 5M2VA 4WXJA 4OEUA 4KYEA 4RY1A 5F7VA 4C1UA 1MDP1 3EN3A 5AA2D 1QUKA 1MQGA 3G3IA 3E13X 5CMKA 3A3UA 4H5FA 4M4GA 3JYRA 1URSA 3DP8A 4GXSB 1EZPA 3ILTB 1YPNA 5DYHA 2IEEA 2WKYA 3EQ1A 3QUJA 4JWXA 2HXWA 3CRBA 3PD9A 5DT6A 1MRPA 5TP9B 3OD7A 5I2NB 3T9HB 2QS1A 5AA2B 3RUMA 1USYE 3PPPA 2OK2A 3K0VA 2DVZA 4QSDA 1NNKA 2X7PA 1DPPA 3H6TA 4OWDA 2ZNSA 3THIA 4ELQA 4G77A 4LONB 1NH8A 1RYOA 3PV0E 4K3FA 4DCXA 1R9QA 4ZZAA 2HQ0A 4G2ZA 2DWHA 4F19A 2HZKA 5DVFA 3SEWA 5J1DA 1FQFA 1A40A 1Y4CA 3IX1A 4QFLA 5I2KB 4BDNA 4IO5A 3SESA 1PC3A 1FW0A 1MQIA 3KGCA 1MY0A 2XXXA 3D4CA 1B2HA 1A55A 1GR2A 5ICQA 1MQJA 3EHUA 1VSOA 3TKDA 1PBPA 4YU0A 1SW1A 2RC8A 2DP8A 4NWDA 3IB2A 3N6TA 4C0RA 1Z7NE 1N3WA 2O6AA 5DEXA 3M8UA 1M5DA 2XXVA 2HEUA 5L9SA 4GFRA 1SD3A 4F3GA 3CI8A 1MXYA 4YB7A 4JSDA 4N13A 4DXCA 1AL3A 3PMVA 3TUSA 5ISUA 5IKBA 2FYIA 3V83A 3L6HA 3SERA 3O2AA 3U94A 1MPBA 4OHNA 3Q25A 4PFWA 4LUBA 2UXAA 2V25A 1S50A 2F5XA 4WKMA 4OZ9A 4RJZA 2NUVA 5CRYA 1BIYA 1NFTA 2QRYA 5I2KA 4EQBA 4ZS9A 3IJOB 4F3PA 4YKKA 1B40A 3IJXB 3T22A 1URGA 4P11A 3BFTA 4R2BA 1FQDA 4QRZA 2V3QA 1MY2A 1TWYA 3ZS6A 2OWTA 2RINA 4DZ1A 1GGGA 4IGRA 4E0XA 4FIMA 1ATGA 4N6PA 4PFUA 1B6HA 4IY5A 3OO6A 4WEPA 4MF3A 1IXHA 1B58A 3G3KA 4POWA 4IO4A 4F3SA 1D4NA 3IOWA 4LVQA 1GTKA 4QSCA 1SW5A 4WEDA 4XKNA 3FJGA 1NNPA 1AH5A 2THIA 3IR1A 2R6GE 1IXGA 1N0TA 2YLNA 3CFXA 4X1BA 2H9BA 1XVYA 3VFJA 1D3KA 1XHYA 2F36A 2FA7A 1LFIA 4NWCA 4BDLA 5I59A 4OTEA 3G7WA 3MP6A 3FV2A 2X26A 2X7QA 1OVTA 4QF9A 4F1YA 3PD8A 2OBGA 3CSBA 1A7LA 3A3CA 2REJA 2Q89A 3CFZA 4F2OA 2E0SA 3W15C 2ZMBA 1Y20A 3MC2A 4IO2A 3SETA 1MXWA 1H76A 5CBSA 4LQ2A 2DYXA 4MBPA 2ZYKA 1M5EA 4X9TA 1IIWA 3T9VA 1B9JA 2F7AA 3OOAA 4JSOA 3TAJA 3CSGA 3TELA 3TYHA 3U92A 4YMBA 1PEBA 3T96B 3CR9A 5A5XA 4NF5B 1N76A 4F2QA 3C31A 2AL5A 4LA9A 5ELVA 3OSQA 2DXYA 2H25A 1MS7A 3AXFA 4LATA 4H1XA 1QJMA 3B7DA 2Z8DA 1QUIA 4ZZEA 3E3KA 4IO7A 3KFMA 1QKAA 5TPAA 3I5OA 3Q28A 5JTYA 2I0CA 1MH4A 1XC1A 2I3WA 4RXLA 5JTYB 5FTIA 1L5TA 2XXWA 1LBCA 3IAZA 3K02A 3M3LA 2XD3A 2ZYOA 1SI0A 2F7BA 3FUZA 1GV8A 4MLQA 3KOSA 3TTKA 2V84A 3M3FA 2DOJA 3O29A 2Y7PA 1RYXA 5L9MA 5BWJA 1MXXA 1IQ7A 1BP5A 2F8DA 2XXYA 5KDTA 1WVJA 2IA4A 4OERA 5AA4A 4YICA 3H03A 4Q8RA 3BBRA 3FXRA 4TLMB 1IXCA 4HTGA 4BDMA 1Y4TA 1MY1A 4RPNA 4LZ8A 3IO6A 2Y7KA 3U72A 2HCAA 4O3BA 3LSWA 4R73A 3HHGA 1B4ZA 4ELPA 3VLWA 4F3BA 3FGSA 1EZOA 1EH3A 2UVIA 3FZVA 4HW8A 1FQAA 4JBZA 2E1SA 1DTZA 3E9XA 3K1NA 4P0GA 4EF2A 5HM4B 1DPEA 2I58A 3IO4A 5EHMA 1B05A 2A5SA 4OESA 2HAVA 3CFLA 3QAXA 4P0IA 2ONRA 5AA1A 3IOVA 3RGYA 3KZGA 2NOOA 4JWYA 1LB9A 3C9HA 3CIJA 2NWJA 2R9JA 3KJ7A 4QFOA 3TODA 4ZECA 2NXOA 2NVUB 2HZLA 1SQYA 1JETA 5TU0A 3RTWB 1Q1KA 3QSLA 3DELB 5FHMA 1QW0A 4OQOA 5I2NA 3K01A 3PUZE 1BTJA 3FD3A 1LGBC 3MP8A 1MM6A 2RCAA 4PFTA 3H3GA 4U1OA 3USDA 1POY1 4QFPA 4XIGQ 3FVKA 3IL1B 2F6PA 1H44A 1Y3PA 2KLFA 3DM0A 3FVNA 4HS7A 4PE5B 4R74A 2PT2A 3TMGA 1NMUA 1S9TA 3EF7A 3ZKLA 1B3GA 3PUVE 1IUDA 4YZZA 1P1OA 2XXHA 4ELOA 2OZZA 3FVOA 5HPQA 4ZEDA 4H8JA 1S7YA 2Y7RA 2Y7WA 3O9PA 1I6BA 4FECA 5B7DA 3C4MA 1MY3A 3OXNA 1US4A 1D9VA 1VR5A 2D21A 4OVJA 4QHQA 3T9XB 4FATA 2LAOA 5KCJB 2RC7A 1LFHA 3UGWA 3ECRA 3KOTA 1CB6A 5FHNA 1UTHB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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