3S9EA

Crystal structure of the kainate receptor gluk3 ligand binding domain in complex with (s)-glutamate
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
256
structure length
253
Chain Sequence
b'GTNRSLIVTTLLEEPFVMFRKSDRTLYGNDRFEGYCIDLLKELAHILGFSYEIRLVEDGKYGAQDDKGQWNGMVKELIDHKADLAVAPLTITHVREKAIDFSKPFMTLGVSILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVKDGATMTFFKKSKISTFEKMWAFMSSKPSALVKNNEEGIQRTLTADYALLMESTTIEYITQRNCNLTQIGGLIDSKGYGIGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEDKLHIMKEKWWRCP'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Binding site and interlobe interactions of the ionotropic glutamate receptor GluK3 ligand binding domain revealed by high resolution crystal structure in complex with (S)-glutamate.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 3
source organism Rattus norvegicus
molecule tags Membrane protein
total genus 82
structure length 253
sequence length 256
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9eA02
3O6IA 3T9UA 4ISUA 3MPKA 2X7PA 5DEXA 1TT1A 3CVGA 4QSDA 3Q29A 5I58B 4PFTA 4KCDA 2F7BA 2PYYA 1DPPA 5DTBA 4OEUA 3G3JA 4XKRA 4XTCQ 3T9XB 3KSJA 2P1SA 1O7TA 2XXWA 2NVUB 3K6WA 1MDP1 3IJXB 3VVDA 1B32A 4R72A 2QS3A 4NMYA 3H6WA 2W7YA 4YAHX 3LR1A 2F97A 3MPLA 5EYFA 1II5A 1XC1A 1HSJA 1B05A 1SW2A 2XX9A 4R9FA 3RPWA 2H9BA 2V3QA 2RCAA 4NE4A 3TQLA 4MLQA 1IZ1A 1QKBA 5I57B 3CSBA 1YCJA 4H67A 1IIWA 4JSOA 5KDTA 3TFLA 2O68A 2ZXTA 3S9EA 3K02A 3SETA 3OD7A 3CFZA 3OENA 3MP6A 3OSQA 1EZ9A 4TLMB 4ZEFA 5K2XA 4GOTA 1B1HA 5H8HA 2A5SA 3MP8A 3ZKKA 3H03A 1XS5A 3OELA 4C1UA 4R6HA 4AB5A 4BDOA 2DXYA 4R6KA 3TZAA 4ZEIA 1TFAA 3IOTA 4GL8A 2D3IA 3RNNA 5LOMA 4O3BA 3TMGA 2F7CA 1H43A 5CRYA 5DVIA 1MPBA 2DWIA 3QUFA 4E0XA 3U72A 2UXAA 2GRVA 3LSWA 2ONKE 4UA8A 2OWTA 4MH5A 3N5LA 4F19A 1B7UA 5H8NA 4OEVA 2QL3A 4BLAA 2XD3A 1NNFA 5CMKA 1QJMA 4IO3A 3K6UA 3F11A 3PUYE 4QFPA 5FTIA 1IXGA 3TTKA 2F78A 3VLUA 5L9OA 5KDTB 1DOTA 4NF8B 5K2YA 4LVQA 4M1VA 4RJZA 5AA2D 4YKJA 3UP9A 3B6QA 2NOOA 3ILTB 1FTOA 4NF6A 4EQ7A 5CM6A 2RINA 5ICTA 1WVJA 5H8HB 1OLCA 3G3GA 2XXRA 2H99A 3CG3A 2G93A 3MP1A 4Q8RA 4YKPA 2OBGA 3S9NC 4BDRA 1ZMGA 2QSXA 3VLWA 4F2QA 2B3BA 3OOAA 4KHZE 2DYXA 4XKPA 1Y3NA 5CC2A 3MAMA 3A3UA 2QRYA 3KBRA 1B46A 5JTYA 3C36A 5CMMA 3PUVE 4OFOA 1I69A 3M3LA 2F34A 3KEIA 1PC3A 4YB5A 4FECA 1A54A 1B3HA 4WXJA 1T0KA 2V93A 4KPTA 5H8NB 3IO4A 4GF8A 4RXLA 1B58A 3KN7A 4OFLA 3R7XA 4ND9A 1B3FA 5TP9B 4QFKA 3C32A 3M8UA 5AA4B 3RLFE 3D4CA 4GFRA 1URSA 4NF6B 4TLLB 4P0GA 2O7IA 2RC8A 4DXCA 3HHFA 5CMCA 4FORA 4G68C 4HTGA 1DSNA 3USDA 1USYH 1GR2A 4IY6A 3EHSA 4Z0IA 3FV1A 1XT8A 1OIBA 1BKAA 2I4BA 3OO7A 2A5TB 5JTYB 2VOZA 4ZECA 1R1NA 1Z7ME 3OSRA 3M3FA 1JEVA 3TELA 4RNSA 4ZZAA 1B2HA 1QUJA 2I48A 5ICQA 2UYEA 4F3GA 4QSCA 5I2KA 1XHYA 1JVYA 2YPNA 4Z7EA 3I3VA 2GHAA 3G3KA 4G2ZA 2F8DA 4DXBA 3W15C 4BDNA 2DE2A 3S4UA 1DMBA 3VE1B 1P1NA 5L8DA 3MZ9A 4ELQA 2HAUA 1NH8A 4EQ9A 5H8QB 3N6UA 1LLSA 4U23A 2AL5A 3WAEA 2XHDA 2REGA 1DPEA 1D9YA 3IORA 5A5XA 1JVXA 3W9VA 3IL1B 4THIA 4GQOA 1FTMA 1B5HA 2VP1A 1B5JA 3OMBA 1R6ZA 4IO4A 1H44A 1Y9UA 4OZ9A 2Q88A 3KN3A 1Y3PA 4JSDA 1D9VA 3OEMA 4DCYA 3K01A 4LONB 3Q28A 2XXPA 5BWJA 2UYFA 1B6HA 1JEUA 1OVBA 3KJTA 2ONSA 1MXXA 4PFYA 4F22A 5I2KB 4YB7A 4ZE9A 4IB2A 4R6YA 3QIMA 2F5XA 4U4SA 4X9TA 4QHQA 1MXVA 3FUZA 2I3WA 3EQ1A 4LA9A 1O64A 2QS4A 3FXRA 3PV0E 3LUYA 2O84X 1N3XA 4M4GA 3C35A 3N26A 3IOUA 2R71A 4KYSA 3RT8A 3MW0A 1MQDA 1SW1A 3SEWA 1MY0A 4F29A 1H76A 3K1NA 3CSGA 4FEBA 5A5XB 1B9JA 2F6PA 2Q89A 3FVOA 3SKPA 2F6GA 3RT6B 4TOZA 1RYOA 1QVSA 4GD5A 2RC7A 1Y20A 4LATA 4BDLA 3IAZA 1MH3A 1LB9A 3O29A 1MXZA 2LAOA 4H5FA 3JV9A 4WEPA 3EN3A 1UIUA 4PFUA 4GIZA 4I62A 4ESWA 1SI1A 5I57A 2GHBA 3HN0A 3U94A 1ZIUA 2CMOA 3LSXA 3SDFA 3CIJA 1PB9A 5DVJA 1QUIA 1VR5A 1D4NA 2H4IA 4YU0A 3V83A 1M5FA 1BLFA 3UA8A 1B52A 2UVJA 3C33A 3C4MA 1N76A 3FJMA 5AA1A 5HPQA 2Q8JA 3RTWB 1YAEA 3K6VA 3R26A 2D5WA 3LBSA 5CMBA 1B51A 2Z8FA 4H8IA 2ONRA 1N7XA 3E4RA 4QF9A 4ECFA 1B5IA 4KFQA 2O6AA 1LB8A 1P1WA 1HSLA 4FEDA 1AL3A 2Q2AA 3IOWA 3K2DA 4OTEA 2H5YA 1POY1 3VXCA 1XVXA 5M2VA 3VFJA 3T9VA 3T9HB 1XVYA 5H8FB 3OEKA 3TYHA 2OJTA 4NF8A 1MY3A 3KFMA 3FVGA 3K4UA 1P1OA 5FHOA 4F1UA 3TDJA 4RPNA 4U22A 3TTNA 1A55A 2I4CA 3LC8A 2Y7KA 3K6XA 1PEBA 2RC9A 4R73A 3HO7A 2AYSA 1PBQA 2DXRA 4NWDA 3O6HA 5L9MA 3IK6B 3C34A 1EZOA 2HCAA 1MPDA 3FXQA 2E1SA 1GV8A 1URDA 3EF7A 4KYDA 5ISUA 2Q2CA 4YMBA 3BKIB 4I1DA 5AA2A 4QFLA 3RUMA 4IO7A 1IQ7A 1OQHA 4UACA 1FQBA 3CR9A 4Q0CA 3PMVA 2Y7RA 3TCHA 3QAXA 4R2FA 1B7ZA 1TXFA 2DWAA 4LUBA 1B1XA 1IXCA 3TUSA 1HSEA 4R9GA 4RK2A 2XXXA 3Q27A 3UORA 3DELB 3L6GA 2NWJA 1M5CA 5TP9A 3IB0A 3CI8A 4KQPA 4G8NA 5AA4A 4H0WA 3IB2A 4TQUQ 4YMAA 1FTKA 3A09A 4R74A 3PPOA 4IO5A 2Y84A 1POTA 4BDMA 4PQJA 2ZYOA 2XX7A 3HSTA 4OHNA 4JWOA 3O6GA 2V3TA 1MXWA 3V5AA 3DP8A 1B3EA 2ZNTA 4F3BA 4DE8A 4F1VA 3G3IA 2RCBA 3PUWE 2A5TA 2RF1A 3CFLA 3FGSA 4QFNA 3TCFA 3FIRA 4N6PA 4G77A 5AA2B 4LZ5A 3B7DA 2O7UA 4RK9A 4NF4A 4DIGA 1SYIA 3BBRA 1MRPA 3OXNA 2F35A 3PUZE 4PP0A 3B6TA 1ZBMA 1SW4A 4IY5A 4N07A 3TTLA 1QULA 2Q9TA 4YB6A 1MQIA 1LFHA 2B65A 1NNTA 2PVUA 1UQWA 2I3VA 2DE4A 5H8QA 3THIA 1ANFA 3SEVA 3O97A 1SVXB 4ESXA 3S9LC 4KCCA 1AOVA 2R6GE 3DP6A 4G8HA 4JBZA 3E9XA 3OO6A 3IO6A 2DSFA 2Y7WA 3HPIA 4E0WA 2M8CA 3EHTA 4YKKA 2O69A 4GVOA 4NF4B 1A40A 1N3WA 3QXMA 1MXYA 3ZSFA 3VVFA 2Z23A 3ZKLA 1NFTA 4U1OA 1H3DA 2IEEA 1GTKA 2DS9A 4IGRA 1B3GA 2AIXA 5DVFA 1MQGA 4OESA 3PPNA 1A8FA 1A7LA 1DTZA 3RGYA 1TFDA 4O3AA 4PETA 1FW0A 4ZZEA 3Q25A 4BDQA 4ZEDA 2ANJA 3O9PA 4DZ1A 3GLBA 1WDNA 4HS7A 3HV1A 2OZZA 4HCYA 1ZLQA 4X48A 5DYHA 4F3SA 3PPRA 2I6EA 2QJEA 4EDPA 5I56A 1LSTA 1WODA 3S9MC 2XXYA 2YLNA 3KZGA 5H8SA 5TU0A 1NNKA 3C9HA 4JXIA 1CE2A 3U93A 1S7YA 3ZS6A 4RY1A 2Z8DA 1FTLA 2YJPA 4JDFA 2PT2A 3TEPA 5TPAA 1UTBA 1FQDA 3QK6A 3S2VA 5IKBA 2F36A 3I5OA 3MWBA 4OETA 3MVXA 4F3PA 3T96B 1MXUA 2DWJA 3MZ1A 5EHMA 4F18A 3BFUA 3Q26A 3KG2A 3PD9A 5I2NB 2H25A 4NWCA 1JQFA 4U1ZA 4I9DA 2HEUA 5FHMA 1EU8A 2ZNUA 2P0SA 3VLVA 3K1MA 1JW5A 1MG1A 1GVCA 1S9TA 1N0TA 3GBAA 4R2BA 5I56B 2UVIA 1PBPA 4H5GA 4DDDA 3EPEA 5FTHA 1FQCA 3P7IA 4L17A 2X7QA 1SDXA 4HW8A 3R6UA 1DTGA 4MBPA 4EF2A 2ALUA 1ZTYA 2B3FA 3PPQA 2UVHA 1M5DA 1OMPA 3KSXA 1R9QA 4WEDA 1LAFE 5I59A 4I8CA 1I6BA 4EF1A 3FZVA 4ZEBA 2XXTA 5TPAB 1XOCA 4EUOA 3CRBA 5F1QA 1UTBB 1MM6A 4QRZA 4F39A 4RA1A 2XXUA 1SYHA 1AH5A 3FXUA 2VD2A 3TAJA 5H8FA 4IO6A 4GL0A 2RKMA 4ZS9A 1F9BA 3MVYA 3UIFA 4LZ8A 1ATGA 1B0HA 3SESA 3PPPA 2GH9A 1US5A 4U4XA 1JW1A 1Y4CA 3TKDA 1LBBA 3H3GA 4EXKA 1L5TA 4LQ5A 2DOJA 4IGTA 1MY2A 1YPNA 3O28A 3GZGA 1RYXA 2VGQA 3G7WA 1JETA 3E13X 3O66A 4N13A 1MM7A 1LCFA 2Z8EA 2I0BA 2R9JA 2PMSA 3AXFA 2HQ0A 5I59B 2DVZA 4MF3A 1B40A 3WAFA 3TCGA 4GRKA 1P1UA 1LFIA 2HZLA 4OVJA 3IB1A 1YTVA 3OO9A 1MQJA 1Y1MA 1NMUA 4RYAA 1VSOA 5ITOA 1VFDA 2E0SA 2O1LA 4KI0E 1B7HA 3FVKA 3VXBA 1IXHA 2VHAA 5KZTA 2THIA 2ZMBA 3MUQA 2DP8A 3QYTA 3MVZA 4NTLA 4G68A 1QUKA 3T66A 4FATA 4XKQA 1UIVA 5HM4B 4KYEA 4OYVA 4XIGQ 3UK4A 4NEDA 3VVEA 4YKIA 1N7WA 4R75A 2ZYKA 4AB6A 1BTJA 4QFOA 4X1DA 2FA7A 1A8EA 3FJGA 4EQBA 1EH3A 5HBCA 5DEXB 4F1YA 4OXVA 4C1TA 4OENA 3H6TA 3QUJA 4ELPA 1N04A 4FIMA 4H1XA 1OQGA 4ZE8A 1NKXA 2PX1A 1IUDA 4XKNA 3D4GA 3RN8A 4JWXA 1EZPA 1M5EA 4ZDMA 3RY3A 3N94A 1FCKA 5B7DA 2HFBA 3O2AA 2ZYMA 4H6DA 4IO2A 1I6QA 1D3KA 3PD8A 1LAHE 2OLBA 2V84A 3C31A 3JZJA 3H7MA 3LSLA 3TTRA 1AMFA 4GXSB 2VD3A 3RQTA 2Z22A 2QMXA 4RPOA 3KN8A 3IR1A 4H65A 1P99A 3GBBA 4G68B 1KWHA 4YZZA 1AIVA 1B4ZA 4LQ2A 1P1QA 3LSFB 3TTMA 1LBCA 2F7AA 4JWYA 2ZNSA 4OMBA 5EHSA 3K00A 4PE5B 3DM0A 2I58A 2DWHA 3SEYA 5FHNA 5AE4A 5B70A 1LFGA 1SI0A 2I49A 5BUUA 1QKAA 4O3CA 3M3KA 3VDFA 4G8MA 3I6VA 5IAIA 4P11A 1MDQA 1NL5A 3TQWA 4F2OA 2H98A 3K0VA 1UTHA 3MQ9A 4OERA 3H6VA 1B0LA 1MPCA 1Q35A 3ILUB 1R9LA 1FQFA 4FAJA 3IX1A 3MJNA 1Z7NE 4C0RA 1Q1KA 4WKMA 3V89B 5DT6A 1OLAA 2HXWA 3PGFA 4KR5A 3N6TA 1MY1A 3BFTA 2WKYA 1O63A 3U1OA 1NNPA 2O51A 1H45A 3ONMA 3IJOB 3FV2A 1Y4TA 3SEUA 4AQ4A 2GFEA 3KGCA 3DLNA 4GWOA 1VE4A 1LAXA 2AL4A 2XXQA 2XXVA 1IXIA 4EXLA 1LGBC 4Q5TA 3MZBA 5J1DA 2FYIA 1SW5A 3DP4A 2ABHA 1LCTA 1IITA 2V3UA 4DXUA 1UTHB 5F7VA 1Y1ZA 3VV5A 2I0CA 2KLFA 3SERA 5ELVA 3KOSA 1JNFA 3KJ7A 3HHGA 3L6HA 3PU5A 3RTFB 5CBSA 2UVGA 3PMWA 3T93B 1BIYA 3H6UA 2V25A 4ELRA 2O1MA 1URGA 5I2NA 1SQYA 2REJA 1SBPA 1JW4A 1NH7A 1A99A 3FVNA 4H8JA 1FQAA 1VFEA 4QSEA 4OWDA 4G4PA 4HCWA 3KOTA 2FNCA 3JYRA 5CBRA 3H06B 4DCXA 4KD5A 2QS1A 4NF5A 5JK4A 1RKMA 2CZLA 2P2AA 4U21A 2BJJX 3T22A 3EHUA 4GLIA 1Y3QA 1ZKBA 3E3KA 1M5BA 1PB8A 3MVWA 5I84A 2IA4A 4POWA 4OQOA 3CFXA 1J1NA 2OWSA 3FD3A 3ECRA 2HAVA 3UGWA 1LAGE 1TWYA 1USYE 4YICA 4GXAA 3UN6A 2XXHA 1GGGA 4ONYA 1QW0A 3SEXA 4XXUA 1N84A 5ITPA 3A3CA 5JEIA 1PB7A 1MH4A 2QMWA 4Q30B 2ESNA 2G29A 2PT1A 4PFWA 4MLVA 3CG1A 4X1BA 4LP2B 2ZYNA 1ZU0A 3B6WA 2OK2A 3U92A 1S50A 3FASA 2X26A 5KCJA 2XXIA 2Y7PA 4NF5B 3IOVA 4ELOA 1US4A 2D21A 1I6AA 1MS7A 3TPAA 3QSLA 1B4HA 1PDAA 1FTJA 4F31B 1SD3A 4DLDA 5I58A 3GXAA 2NUVA 3OO8A 3W9WA 2OCUA 3HCQA 2XD2A 3PMXA 3K1PA 3PUXE 1MQHA 4U2RA 1B3LA 3U8QA 2DQVA 4MFIA 2QS2A 4K3FA 2XX8A 1CB6A 4FJPA 2DVCA 2PBWA 1ELJA 3G3FA 3MBPA 4ZEKA 3FATA 4POXA 1ZJLA 3G3HA 2DE3A 1FQEA 2NXOA 1OVTA 3FJ7A 5CI5A 1IEJA 4JB7A 1BP5A 5AA3A 4OFJA 4FE8A 3V8XB 2QPQA 2HZKA 5L9SA 3ODBA 4P0IA 5KCJB 3H4ZA 3TODA 2Y7IA 4LZ7A 1MY4A 3MC2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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