3S9EA

Crystal structure of the kainate receptor gluk3 ligand binding domain in complex with (s)-glutamate
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
256
structure length
253
Chain Sequence
GTNRSLIVTTLLEEPFVMFRKSDRTLYGNDRFEGYCIDLLKELAHILGFSYEIRLVEDGKYGAQDDKGQWNGMVKELIDHKADLAVAPLTITHVREKAIDFSKPFMTLGVSILYRKGTPIDSADDLAKQTKIEYGAVKDGATMTFFKKSKISTFEKMWAFMSSKPSALVKNNEEGIQRTLTADYALLMESTTIEYITQRNCNLTQIGGLIDSKGYGIGTPMGSPYRDKITIAILQLQEEDKLHIMKEKWWRCP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
publication title Binding site and interlobe interactions of the ionotropic glutamate receptor GluK3 ligand binding domain revealed by high resolution crystal structure in complex with (S)-glutamate.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Glutamate receptor, ionotropic kainate 3
total genus 82
structure length 253
sequence length 256
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9eA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9eA02
2VP1A 4G68A 4OETA 1MXYA 3UIFA 4ZS9A 2Z8DA 4LVQA 1OQGA 5FTIA 4OZ9A 2O84X 2GFEA 3SERA 5H8FB 3H6TA 3HHFA 1MY4A 1QUKA 3OO7A 3L6GA 4WKMA 4ZEDA 2YJPA 3RTFB 4O3AA 3TDJA 1URDA 4LATA 4GL0A 2Z8EA 1QKAA 1MDQA 1Y3NA 3IB1A 4HTGA 4BDNA 2ZYKA 1TXFA 3H6VA 4ZE9A 3M3KA 4FEDA 3TTMA 1XT8A 1B2HA 3OELA 4QFOA 1B1HA 2HAUA 4F31B 3KJTA 3W9WA 5H8QB 4H8JA 1FQAA 4OERA 1NFTA 3L6HA 2VD3A 3PPQA 4NTLA 4YKIA 1NKXA 3H6UA 2XXTA 1MM7A 3VE1B 4THIA 1UIVA 2BJJX 2NUVA 3TUSA 2XXXA 3IJXB 4OEVA 5L9MA 2GHAA 3AXFA 1MQDA 2H98A 5ITPA 1MY0A 3PUWE 1TWYA 3MWBA 1LGBC 1M5FA 1OLCA 3N6UA 5CMBA 1BKAA 1IXCA 3FASA 2IA4A 3RPWA 4OWDA 3E9XA 1MY1A 3SEWA 1P1WA 3SDFA 4EDPA 3IORA 3C31A 4BDRA 1H45A 4R75A 2GHBA 1N7WA 3W15C 3M3FA 5I57B 4ZDMA 4GOTA 2PT1A 4NWDA 4EUOA 4LQ2A 3EPEA 4F39A 4NF8A 3KFMA 2A5TA 2GH9A 1N84A 4XKNA 3SESA 1SBPA 5FHMA 3RUMA 1R6ZA 4IB2A 3RN8A 5CMMA 3RT8A 2UVIA 3TMGA 1IXHA 1UQWA 2XXYA 5I57A 3VDFA 3QXMA 3QSLA 4G8MA 3LSLA 1MXUA 1B3GA 2ESNA 4F22A 1JVYA 4QFLA 1SW4A 1N3WA 3C33A 1GV8A 2DS9A 5DT6A 1B6HA 5KCJB 3FIRA 5EHSA 1S9TA 3FATA 2B65A 3KEIA 1SW1A 3VLWA 3K02A 1MM6A 4IY6A 3QUJA 2ZNUA 1Z7ME 1M5BA 1UTHB 4ZEKA 3PUZE 3OD7A 5KCJA 2DQVA 1P99A 2OBGA 3TKDA 3R7XA 1B51A 2KLFA 2O1MA 1M5EA 4YKPA 3RTWB 3TTNA 2V3QA 3HCQA 1D9VA 5JTYA 3PV0E 4YKJA 4KYEA 4KPTA 1XOCA 2ANJA 4MLQA 3OO8A 2NXOA 4FORA 4FJPA 3P7IA 3MVZA 1IITA 3B7DA 1CB6A 1BIYA 1ZLQA 5IKBA 3I6VA 1DMBA 3KGCA 2DWIA 2DXRA 2QPQA 2DWAA 2UXAA 1ZKBA 2V25A 2VD2A 3G3FA 4MFIA 3CFXA 4G8HA 1SVXB 3PMXA 4OEUA 1QUJA 4YMBA 2Q9TA 5DYHA 2Y7IA 1LFGA 4RPOA 1TFDA 1JVXA 1P1QA 1AMFA 4PQJA 3TELA 3UA8A 1FTKA 3B6TA 4ELPA 4KCDA 3PMVA 5AA2B 2Z22A 4ZEBA 1RYOA 4R74A 4U23A 3HN0A 4KD5A 2F36A 3O29A 2I0BA 2XXHA 3FXRA 1PBPA 4LA9A 1Y4CA 1P1UA 4EF2A 1Q35A 4NF5B 2RCAA 3S9LC 1MPBA 2W7YA 5AA2A 4DXUA 3BKIB 2PX1A 4I9DA 4H5FA 4YKKA 3G3KA 4RA1A 4UACA 3V8XB 4KFQA 1YTVA 3U94A 4NF5A 1R9QA 2QS2A 1TFAA 2DE4A 3BBRA 3IAZA 2V84A 1SDXA 1MRPA 4F1YA 4AB6A 3O6GA 4LZ7A 4F2OA 5H8NB 4GD5A 4TLMB 3UP9A 1FQDA 4C0RA 3O2AA 4JB7A 4EXLA 1MS7A 3OMBA 4JSOA 3DELB 5TPAB 5CC2A 3Q25A 4BLAA 1PB9A 5I2NB 3K2DA 3T93B 5H8NA 1S50A 1F9BA 1B1XA 5AA3A 3T9HB 4OFJA 3RLFE 1MXZA 2G29A 3RNNA 1HSLA 4ONYA 5DVJA 3T66A 1DSNA 5TPAA 4BDMA 3PPRA 5TU0A 2QMXA 2AIXA 2UVHA 4KYDA 5I2NA 5H8SA 1II5A 4X1DA 3Q29A 2FA7A 1MDP1 1YCJA 1FQCA 3K00A 2THIA 5ITOA 1JETA 4NF6B 3C4MA 5JEIA 3WAEA 1LB9A 5I2KA 4GL8A 4EQ7A 3TTLA 4X1BA 4LONB 1DOTA 3SETA 1FQEA 4IO3A 3PPPA 2O69A 3E3KA 3MZ1A 3SEXA 1SI0A 3G7WA 4KQPA 5HPQA 4PFTA 1H3DA 4F3BA 2UYEA 3IB0A 1J1NA 4NF6A 3ZKLA 3CVGA 3K1NA 4JWOA 3UORA 3U1OA 5IAIA 5L8DA 4LP2B 2VGQA 4M1VA 3O6IA 4I1DA 2ZYNA 4XXUA 1XC1A 2Z23A 3PMWA 1S7YA 2QS3A 5AE4A 4P11A 4YB5A 1T0KA 3D4CA 4YU0A 4PFWA 3T9UA 4JDFA 4DE8A 4I8CA 2QRYA 1LAHE 2F7CA 3S9MC 2XXPA 5F7VA 1MH4A 3TCFA 4R2BA 3C34A 3ILUB 4ND9A 5K2XA 5AA1A 3SEYA 5KDTA 1US5A 4HCWA 3U93A 3K0VA 2OK2A 3FD3A 1GVCA 3DM0A 2DP8A 2F34A 4F3PA 3KJ7A 4LUBA 1M5DA 5AA4B 2OLBA 3MVWA 3FVKA 2O1LA 4ESXA 3DLNA 2Z8FA 2ZNTA 3TTRA 4DIGA 1MY2A 3K1MA 4H5GA 2DYXA 1NNPA 2ONSA 1BTJA 3LC8A 4M4GA 4WEPA 1JEUA 3VVEA 5AA4A 1ZMGA 4DXCA 2RC8A 2DOJA 2Y7PA 4OFLA 3G3IA 2P0SA 4NMYA 5FTHA 1ZTYA 5HBCA 4G4PA 4RXLA 3VFJA 4RYAA 4ELQA 4TOZA 4KCCA 1ZU0A 3UN6A 1Z7NE 4X9TA 3BFUA 2ABHA 1DTZA 4IO7A 5DTBA 2IEEA 2ZXTA 5L9SA 4NF8B 2NOOA 3LSWA 3OO9A 2A5TB 1VFDA 1FTMA 2B3BA 4ZEFA 1EZ9A 3TCHA 3FJGA 3Q28A 1MPCA 2XXRA 2UYFA 1YAEA 4RK2A 3TYHA 3HPIA 1OQHA 4RPNA 1WVJA 2XXQA 4H1XA 4IO4A 1Y1MA 4DZ1A 3FVGA 2PMSA 1US4A 5ELVA 2QS4A 2XXUA 3GLBA 1CE2A 1QVSA 3TCGA 1R9LA 2H5YA 2UVGA 1NL5A 2ONKE 1JNFA 3PD8A 3BFTA 3ODBA 3VVDA 4ZZAA 1GGGA 3Q26A 1ZJLA 2Q2CA 1A55A 1POTA 2HZKA 4XTCQ 2AL5A 3V83A 1B5JA 5AA2D 3MPKA 1FTOA 3FV2A 4R73A 3U72A 2LAOA 4F3GA 4N13A 4Q5TA 4JWXA 4U2RA 1RKMA 4U21A 2AYSA 4YICA 3B6WA 3MZBA 3M8UA 4IY5A 1XVXA 2VHAA 3QUFA 3R26A 3KG2A 4MLVA 5JTYB 4PP0A 1NNFA 4OXVA 5CBRA 3CR9A 3RGYA 3C36A 3VLVA 1LFHA 3O97A 3USDA 4FEBA 2A5SA 5HM4B 3O9PA 3MVXA 1O7TA 1SW2A 2P1SA 3IOVA 4U4XA 2X26A 3THIA 5EYFA 1LAXA 4RY1A 4HS7A 1I6AA 1USYE 4OQOA 4DCXA 1B3EA 1QUIA 1IXGA 1MXWA 1PBQA 1FCKA 1TT1A 4OVJA 4E0XA 4U4SA 3KN8A 3MJNA 1N0TA 4JSDA 5H8HB 3N26A 1VR5A 2D5WA 1L5TA 1GR2A 3FV1A 2XX9A 1SD3A 5ISUA 5LOMA 3S9EA 2D3IA 5I58B 2XXVA 3O6HA 1QW0A 3G3GA 1N76A 2F7BA 2I0CA 4YZZA 2P2AA 1Y1ZA 3RQTA 3MP6A 5M2VA 2HZLA 3TODA 1FTJA 3OEMA 4POXA 4HCYA 4DDDA 5H8HA 3HV1A 3KBRA 4RNSA 2F7AA 1OLAA 3WAFA 3H7MA 3KN3A 3KOTA 3S2VA 5I58A 4BDLA 3K01A 1ELJA 3S9NC 3MVYA 1VFEA 5J1DA 2DSFA 4NWCA 3GXAA 1AH5A 1PDAA 4F19A 4YMAA 4YB6A 1D3KA 4U1ZA 3RY3A 3GBBA 1KWHA 1ZIUA 2RC7A 3V89B 4R6KA 1B0LA 3G3JA 1P1OA 4FATA 4ZE8A 3IO4A 3A09A 1AOVA 1B3FA 1LAGE 3OSRA 4C1UA 5DEXB 4F29A 3C35A 4ESWA 2QS1A 3SEUA 5A5XA 2H25A 3OEKA 2XX7A 3IL1B 5K2YA 2DE3A 2F97A 3TEPA 4DLDA 1O64A 3KSJA 1ANFA 4EXKA 2X7PA 1Y4TA 3ECRA 3V5AA 5DEXA 5DVIA 1JQFA 3OSQA 1SW5A 1IEJA 3O66A 3W9VA 2RKMA 3TTKA 2Q88A 1A40A 2H99A 2F5XA 3LSFB 2R6GE 5I2KB 2I4BA 4P0IA 3EN3A 4Z7EA 1B3HA 2HFBA 1B05A 2HQ0A 1LFIA 3T22A 4IGRA 4H0WA 1B32A 4ISUA 4LZ5A 1LCFA 1HSEA 3LSXA 3KN7A 1I6BA 3MC2A 4X48A 5I84A 4PFUA 1QKBA 3PGFA 1I69A 4JWYA 2XXIA 3E4RA 3SEVA 3EF7A 3H03A 3FVNA 4KI0E 2V93A 3IOUA 2Y7KA 1WODA 1N3XA 1Y20A 2V3TA 3T9XB 4JBZA 1EU8A 2OCUA 2NVUB 4R72A 2Y7WA 1H44A 5CM6A 4GVOA 5I56B 4MF3A 1R1NA 3CFLA 3HHGA 3N94A 3K1PA 4NE4A 4WXJA 2UVJA 1BP5A 3U8QA 3KSXA 2F35A 3TQLA 2Q2AA 4GF8A 3IB2A 3H4ZA 2Q89A 5F1QA 2G93A 4ZECA 4QHQA 4GXAA 3Q27A 1MQGA 3K6VA 3DP4A 1Q1KA 1FQBA 4KR5A 5I56A 4LZ8A 3IK6B 4TLLB 3UGWA 1LLSA 1POY1 3N6TA 3VVFA 4I62A 5KDTB 1PEBA 4GQOA 1SYHA 2GRVA 3U92A 4POWA 2ZYMA 1B5HA 2VOZA 4L17A 2I3VA 2QMWA 1A99A 4Q0CA 3PPOA 1PC3A 3ZS6A 3HO7A 2DE2A 5CBSA 2FNCA 4FAJA 1YPNA 4MH5A 3PU5A 4F1UA 1IQ7A 3VLUA 1XS5A 2F78A 1PB8A 3OXNA 1FW0A 1DPPA 4OESA 4Z0IA 2DWJA 3JZJA 1MQJA 3MUQA 5H8FA 4U1OA 4EF1A 2YLNA 4Q8RA 4E0WA 4F18A 4ELRA 1NH7A 2PVUA 2E0SA 2DVZA 4XKPA 3EHSA 1JW1A 2FYIA 3PD9A 1B7ZA 3FVOA 4RK9A 4IO5A 4C1TA 4KYSA 3FJ7A 4YAHX 3IJOB 3CIJA 1B5IA 2CMOA 1B52A 1P1NA 1N7XA 3OENA 2OWSA 1LAFE 4FIMA 4NEDA 3K4UA 5CMCA 5H8QA 4R2FA 1A7LA 4G77A 2CZLA 1Y3QA 5L9OA 3T96B 1B9JA 1D4NA 1FTLA 3H6WA 1H76A 4KHZE 2YPNA 1BLFA 2PBWA 3T9VA 1NMUA 1MG1A 3JYRA 5I59B 4N07A 2HXWA 4XKRA 1MQHA 3VV5A 3KZGA 1N04A 2ZYOA 1SI1A 4QFNA 2Y7RA 4JXIA 3UK4A 1H43A 2ZNSA 3ONMA 1UIUA 1USYH 1OVBA 3QAXA 4WEDA 3F11A 1B46A 5I59A 2NWJA 4R6HA 1A8EA 1I6QA 2ALUA 2REJA 3I3VA 3IR1A 2F8DA 3TFLA 4OMBA 1ATGA 1MY3A 3CRBA 2PT2A 2RF1A 1NH8A 4BDOA 4GIZA 1A54A 4R9FA 5FHNA 1O63A 4QSEA 2OZZA 3LUYA 4N6PA 2RCBA 3E13X 4G8NA 3A3CA 3QYTA 2X7QA 2QSXA 4AB5A 3A3UA 1B0HA 1UTBB 3K6XA 5TP9B 4GWOA 1B4HA 5ICTA 4QFPA 4XKQA 1AIVA 4FE8A 4PETA 1A8FA 3FJMA 5B70A 3K6UA 4U22A 2HEUA 1UTBA 3DP6A 3MP1A 5TP9A 3CG3A 3M3LA 3TZAA 4IO6A 1EZPA 2XXWA 1D9YA 2I48A 3MW0A 4OTEA 4PE5B 2O68A 3JV9A 3R6UA 3CSGA 2O7UA 1B7HA 4F2QA 3MPLA 2V3UA 2XD3A 3PUYE 4ZZEA 1QJMA 2XD2A 1QULA 4R9GA 3CI8A 1UTHA 2Y84A 4H8IA 3IX1A 4G68C 4QSCA 4ECFA 2B3FA 1LSTA 2DWHA 3QK6A 2O6AA 4AQ4A 4GXSB 3OO6A 3C32A 2M8CA 2RC9A 4UA8A 4F1VA 1NNKA 5CI5A 3PUXE 4PFYA 1MQIA 4Q30B 3MAMA 1DPEA 3CG1A 4K3FA 1Y9UA 4OENA 3GBAA 4IGTA 2Q8JA 1EH3A 4LQ5A 2REGA 4H67A 1IIWA 1IUDA 3LR1A 1IZ1A 4QFKA 1B58A 2OJTA 3TAJA 3H3GA 4P0GA 4QSDA 4QF9A 2WKYA 5A5XB 1LCTA 3H06B 1JW4A 4EQBA 3S4UA 3K6WA 4MBPA 4ZEIA 3EHTA 4EQ9A 3SKPA 1OVTA 5KZTA 3O28A 1B7UA 1IXIA 3FXQA 3EQ1A 5DVFA 1RYXA 2OWTA 4IO2A 1DTGA 5BWJA 2R9JA 1NNTA 2H4IA 3KOSA 3OOAA 4G2ZA 3TPAA 3FUZA 1B4ZA 3RT6B 1SYIA 4ELOA 2PYYA 2O7IA 3C9HA 4H65A 3VXCA 3CFZA 3IOTA 2D21A 4NF4B 5JK4A 1B40A 2I58A 4DCYA 5ICQA 1VE4A 1LB8A 3MQ9A 2I6EA 4QRZA 2F6PA 3PUVE 1JEVA 4RJZA 2DXYA 2I3WA 3HSTA 4GRKA 1OMPA 2AL4A 2QJEA 4R6YA 4FECA 2XHDA 3VXBA 2ONRA 1MPDA 1XVYA 1ZBMA 4OHNA 4BDQA 2QL3A 4OYVA 1XHYA 4NF4A 1LBCA 3TQWA 2F6GA 1WDNA 3GZGA 5CMKA 2O51A 2I4CA 1URGA 3I5OA 1HSJA 5B7DA 4HW8A 3N5LA 1B3LA 2DVCA 4DXBA 3DP8A 1Y3PA 1SQYA 3CSBA 3ILTB 2H9BA 3G3HA 3B6QA 1JW5A 1OIBA 1EZOA 5CRYA 3FXUA 3MP8A 4F3SA 4YB7A 2R71A 2E1SA 1M5CA 3MBPA 3D4GA 1MXXA 1MXVA 2ZMBA 2I49A 2HAVA 3IO6A 2RINA 1AL3A 3EHUA 1GTKA 3ZSFA 3MZ9A 1MH3A 4O3BA 3FZVA 4OFOA 3LBSA 4H6DA 5FHOA 4G68B 2HCAA 3IOWA 4GFRA 1FQFA 1VSOA 1PB7A 4O3CA 5EHMA 1URSA 3QIMA 4XIGQ 3ZKKA 4GLIA 3FGSA 2XX8A 5BUUA 3PPNA 1LBBA 4TQUQ
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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