3S9NC

Complex between transferrin receptor 1 and transferrin with iron in the n-lobe, room temperature
Total Genus 115
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
115
sequence length
674
structure length
511
Chain Sequence
KTVRWCAVSEHEATKCQSFRDHMKSVIPSDGPSVACVKKASYLDCIRAIAANEADAVTLDAGLVYDAYLAPNNLKPVVAEFYGSKEDPQTFYYAVAVVKKDSGFQMNQLRGKKSCHTGLGRSAGWNIPIGLLYCDLPEPRKPLEKAVANFFSGSCAPCADGTDFPQLCQLCPGCGCSTLNQYFGYSGAFKCLKDGAGDVAFVKHSTIFENLANKADRDQYELLCLDNTRKPVDEYKDCHLAQVPSHTVVARSMGGKEDLIWELLNQAQEHFGKDKSKEFQLFSSPHGKDLLFKDSAHGFLKVPPRMDAKMYLGYEYVTAIRNLREGTCECKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYDKSDNCEDTPEAGPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSDVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTFR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title How the binding of human transferrin primes the transferrin receptor potentiating iron release at endosomal pH.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transferrin receptor protein 1
source organism Homo sapiens
molecule tags Transport protein
total genus 115
structure length 511
sequence length 674
chains with identical sequence D
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
C PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9nC02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9nC01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3s9nC03
1MH3A 4F29A 4NMYA 4MH5A 5TPAA 4KI0E 1M5DA 2QMWA 1UIUA 3E13X 5L9MA 5KZTA 4R73A 1WDNA 4F3BA 4TLLB 1UQWA 4GF8A 2CMOA 3A3CA 1IITA 5KCJA 3OO6A 3F11A 4WEDA 1EH3A 2PMSA 2Z8EA 1KWHA 3D4CA 2FYIA 5I59A 2F5XA 1SQYA 4PFUA 5FTIA 1B3GA 4NF8A 2PX1A 1MQJA 3FVOA 3OO8A 3CG1A 4LONB 5L8DA 1GGGA 4JSOA 4ESWA 1MXZA 4HS7A 3ONMA 2VD2A 1NNTA 2VD3A 1HSEA 5H8SA 3OEMA 5TU0A 3BFUA 1Y4TA 2THIA 3BKIB 1Y1MA 4BDRA 3ILUB 4XKQA 1B0LA 3M3FA 2ONSA 2Q89A 3UIFA 2XXVA 2HAUA 3PV0E 4PFWA 4KD5A 2HFBA 1RYXA 4U1OA 1B05A 1OVBA 3EHUA 4RPNA 3U92A 1QKAA 1FQDA 2YLNA 4EF1A 3T66A 3I3VA 2F36A 3V8XB 2QMXA 2QSXA 5B70A 4Q8RA 3GLBA 3FVKA 4EQBA 1JNFA 1ZJLA 1PB8A 3H4ZA 2DXRA 4F2QA 5JEIA 3OENA 4AQ4A 3CVGA 4E0XA 1JQFA 3FXUA 4ZZEA 4KHZE 1S7YA 4G2ZA 4FECA 4OZ9A 2ZNTA 4O3AA 2O6AA 4U21A 4EF2A 2D3IA 5K2YA 2Q2AA 4EUOA 2XXUA 1N7XA 3VFJA 1AH5A 3K2DA 4KYDA 1MXXA 1B1HA 5DVJA 4Z0IA 1R1NA 1H45A 2XXXA 1SYHA 2P0SA 4FE8A 2Z8FA 1MY0A 3A3UA 4IGTA 1MY1A 2V93A 5KDTB 1I69A 4DE8A 4X1BA 4NF4A 4KCCA 2DP8A 3C33A 2REJA 4M4GA 2QS1A 4G68C 3FIRA 2OCUA 4XKRA 3G3JA 4OERA 2XXTA 3LSFB 2O1MA 3H3GA 5H8HA 2DWHA 3V5AA 1ZTYA 4F18A 4EDPA 3FV2A 1N76A 1QULA 2QPQA 4Q0CA 1BP5A 1PB9A 4LA9A 4H5FA 3TTLA 1XVYA 2BJJX 1ZBMA 5FHMA 4GXSB 3OO7A 2F6GA 3LC8A 2XXRA 3EF7A 3SKPA 2O7IA 4GLIA 3TTMA 1SVXB 4LP2B 1FTMA 4DLDA 3VVEA 1NNPA 2UVIA 1JW5A 1BTJA 1M5BA 1S50A 3RQTA 3UK4A 2HQ0A 2DQVA 3MC2A 1CE2A 2LAOA 1B51A 3PMXA 1F9BA 1MM7A 2DWAA 4BDQA 3N6UA 1N7WA 3HN0A 2I58A 4RK2A 3MJNA 4H5GA 4C1TA 2HZLA 3S2VA 4UACA 2ZYMA 4OMBA 1XVXA 1US5A 1IUDA 1AMFA 5I56B 4OEVA 4ESXA 1MPBA 3KGCA 5CC2A 3MP8A 3RLFE 4ZEKA 4H6DA 3TCGA 1LBBA 4IGRA 1Y3NA 1MRPA 1NNFA 2F78A 2G93A 2REGA 5AE4A 4JWYA 4P0IA 3S4UA 3TYHA 1LCTA 3CFXA 4EXLA 5HBCA 4OEUA 4MBPA 3H6UA 2I0CA 3MP6A 2GFEA 1XHYA 4IY6A 4PE5B 3G3HA 3CR9A 3S9EA 1B3HA 1H44A 5I58B 1TWYA 4ZEIA 2HEUA 3K6UA 2Y7IA 2F6PA 2FNCA 3KN7A 1MY4A 4HCYA 2P2AA 5B7DA 2DSFA 3I5OA 2FA7A 3OSQA 1A55A 4YKIA 1Y1ZA 2V3TA 1FQBA 1MXVA 5H8QB 5DT6A 3MAMA 3TUSA 3MPLA 3TPAA 4ZE9A 3TDJA 4FORA 3FGSA 2OJTA 1ZLQA 4I9DA 4THIA 2D5WA 3PMVA 1J1NA 3L6GA 2O84X 2H4IA 3HO7A 4F2OA 3SEYA 3MBPA 4ZZAA 4XKPA 5DVIA 3MUQA 2V3UA 4YKJA 4QHQA 3FXRA 4NF6B 3PUYE 3R26A 3VXCA 3H06B 4LATA 3CG3A 3T9XB 4NEDA 3G3KA 3CIJA 3ZS6A 5TPAB 3AXFA 4H65A 5I57B 1I6QA 2GHBA 1FQAA 3OO9A 1L5TA 5AA2A 1M5EA 4RA1A 1NL5A 4OTEA 4E0WA 4I62A 5KCJB 3M3KA 3V89B 3TFLA 4PP0A 1FTJA 4U23A 4DXCA 4WEPA 1XC1A 2RKMA 5FHNA 4JB7A 1OLCA 1JW4A 5CMCA 3EQ1A 4NF8B 3ECRA 3C9HA 2PT1A 3H7MA 1B5JA 3RN8A 2VP1A 4R9GA 5EYFA 3SETA 1SW5A 3H6TA 3PGFA 4BDLA 4FAJA 2F35A 2ZNUA 3QSLA 5I57A 3O2AA 3U1OA 2Y7PA 1B7ZA 2Z23A 3MZ1A 3MVXA 3TTNA 4U4SA 3EHTA 1ANFA 3IB1A 3PPNA 1QKBA 2Q88A 1NKXA 1IXGA 1UTHA 4H67A 3IL1B 1MG1A 2I0BA 5DVFA 4ZEBA 1B3LA 4F1VA 2AL5A 4ECFA 1RKMA 3FJMA 4BDNA 1CB6A 3FVNA 4O3CA 1Q35A 4BDOA 1B6HA 1UTBB 3LSWA 5BUUA 1MXYA 5CM6A 1AIVA 2DVZA 2H98A 3JZJA 2F7BA 3TCFA 2I6EA 1D4NA 3CRBA 5BWJA 3C34A 5F7VA 3O6IA 5DTBA 2O69A 4UA8A 3E9XA 5CI5A 2ZNSA 2RF1A 3UN6A 5I2KB 3SEVA 3IB2A 2QS3A 4QFNA 4WKMA 1LFGA 2V84A 1MH4A 2RINA 3KOSA 4YKKA 1ZKBA 4H0WA 5DEXA 4LZ5A 1RYOA 5CRYA 3FASA 1URSA 2R71A 2HXWA 3W15C 3OEKA 3KOTA 3DP8A 2UYFA 4LVQA 2DYXA 3GBAA 4GRKA 4HW8A 5FHOA 3PMWA 1UTBA 1P1QA 4NF4B 3TZAA 3KJ7A 3C35A 1B5HA 4HCWA 3SESA 2QL3A 2ONKE 1B7HA 4GL0A 2H9BA 3PU5A 1LBCA 2RC9A 3FVGA 3V83A 2YJPA 1OMPA 3IOTA 5H8HB 1FQEA 1PDAA 4FIMA 1B1XA 5AA4A 3EN3A 4H8JA 1Z7ME 4AB6A 4R75A 4C0RA 5I2KA 4ZEFA 5H8FA 4KYEA 1TT1A 3HV1A 3HHFA 4QFLA 5ISUA 1GTKA 2VOZA 3G3GA 4KFQA 5CBRA 4N13A 4IO6A 1NNKA 1B3EA 1TFAA 1MPCA 5TP9A 3SEWA 3PD9A 4GL8A 1IQ7A 3LSLA 2ESNA 2NUVA 1JETA 4AB5A 4QF9A 4F3SA 2QJEA 3DELB 1O63A 5EHMA 1T0KA 4ZDMA 2O51A 1P1WA 4IO3A 2AIXA 3VVFA 3JV9A 4LQ2A 2DE3A 4OQOA 4MLVA 1HSJA 4POWA 1MXUA 4KYSA 5I2NA 2X7QA 4XIGQ 4PFYA 1M5FA 5A5XB 3VLWA 3T22A 3B7DA 1IXCA 1DPPA 2WKYA 1R6ZA 4RNSA 1N84A 4TQUQ 1MQHA 3TAJA 3LR1A 3FJGA 5L9SA 3P7IA 3IOUA 4OXVA 2AL4A 2YPNA 1IIWA 4NWDA 1P1NA 3ZKKA 1II5A 3UP9A 2ZYOA 5JK4A 1S9TA 3GBBA 4DXUA 1Z7NE 4BDMA 3FJ7A 3H6WA 5EHSA 5F1QA 2XXPA 4DIGA 3TKDA 1O64A 1ATGA 3ILTB 4LZ7A 3A09A 4NF5A 1GVCA 4JSDA 1DTZA 1N3WA 3K6VA 5A5XA 3KBRA 3QIMA 4ONYA 2Q9TA 1ZIUA 4MLQA 1MXWA 3KN3A 1ZMGA 2O68A 1MQDA 3B6WA 2W7YA 2A5SA 2H5YA 3VVDA 2X7PA 3OELA 4Q30B 2A5TA 2I48A 3RT6B 4F3GA 4XXUA 4TLMB 3IX1A 4OFLA 4WXJA 4RY1A 1GR2A 1LB8A 3OMBA 3K6XA 3O6GA 3IO6A 1VR5A 4GVOA 3QAXA 2I49A 1SW1A 2R6GE 3TTKA 3USDA 1FW0A 1LFHA 3PUVE 1DOTA 3OXNA 4DXBA 4YKPA 4KPTA 1HSLA 4QFPA 2RCBA 2I4CA 5FTHA 3MQ9A 4U4XA 2D21A 4KCDA 3K4UA 1BIYA 2Y7WA 4OYVA 2F8DA 3H03A 3MVYA 4EQ7A 3IORA 3M3LA 1R9QA 2ZYNA 3VLVA 4H8IA 3LUYA 2I3VA 1I6BA 1USYE 2XX8A 1H76A 2X26A 5CMBA 2DE4A 2ZMBA 5AA1A 4ZEDA 1B4HA 3O9PA 1Y20A 3UA8A 2OWSA 3OSRA 4NTLA 4U1ZA 4Q5TA 5AA2B 3O29A 1MS7A 2VHAA 2OLBA 1JEUA 2HZKA 4GD5A 1B32A 3SEUA 1EZ9A 1MDQA 3H6VA 1WVJA 4ZECA 4XKNA 3TMGA 4YU0A 3M8UA 3E4RA 3RTFB 5ICQA 1SW2A 2PBWA 2R9JA 3LBSA 1B5IA 3RUMA 3S9MC 1SDXA 4PETA 5ITOA 4MF3A 3CFZA 4N07A 1B46A 2B3BA 3KJTA 4BLAA 3MW0A 4TOZA 1YAEA 1VFEA 1PC3A 2Z8DA 1H3DA 4F19A 2Q8JA 5CMMA 4PQJA 3VV5A 2DWJA 3MZBA 2CZLA 1Y4CA 4R6KA 4R74A 4OETA 4OWDA 4JWOA 1EU8A 2Z22A 1A40A 1UTHB 2ONRA 3KZGA 3IO4A 1OQGA 1FTOA 4ELRA 4ZE8A 4YICA 3CFLA 1JVXA 1FQCA 3Q28A 4F3PA 3DM0A 3MZ9A 4OENA 4JWXA 1N3XA 1DPEA 1GV8A 1VFDA 3TEPA 3R6UA 1SI1A 3KG2A 1A8EA 1OLAA 4Z7EA 1PEBA 2UXAA 3R7XA 1DTGA 3SERA 3O66A 3B6TA 3VE1B 4H1XA 3RY3A 2DXYA 1LLSA 3KFMA 3EPEA 1NFTA 3SEXA 4YB6A 1YPNA 4R9FA 5H8NA 4F1YA 1MY3A 2NWJA 1XT8A 2XXQA 3N94A 1DMBA 2DE2A 3HCQA 3KSXA 4OESA 3K02A 2QS2A 3K00A 1OVTA 2DOJA 4IO4A 5DEXB 5L9OA 3CI8A 3RPWA 3IJOB 2F34A 1WODA 2O7UA 4YAHX 3MPKA 1POTA 3LSXA 4IY5A 2XXHA 4G68A 4R72A 3O28A 1SBPA 3KN8A 3TELA 4FATA 2P1SA 4R6HA 1IXHA 4U22A 1D9YA 4POXA 3BBRA 3WAEA 3QYTA 2DWIA 1TFDA 3FATA 1MM6A 1BLFA 3D4GA 5AA4B 1LCFA 4F22A 1IZ1A 1IEJA 3C36A 3U8QA 3HHGA 5H8FB 1JW1A 3CSGA 3THIA 1JEVA 1EZOA 3CSBA 4K3FA 4OFJA 3G3IA 1IXIA 2KLFA 1XS5A 3MP1A 5TP9B 3WAFA 2NXOA 2ALUA 4G8MA 4KR5A 2H25A 3GXAA 1PBQA 2XD2A 5CBSA 3K01A 4LQ5A 4NE4A 3JYRA 1LFIA 4G4PA 5I2NB 3MVZA 1OIBA 2PVUA 4DCXA 1Y3PA 3N6TA 3K1MA 2HAVA 4RPOA 1BKAA 1MQGA 3G3FA 3IOWA 4QSEA 3N26A 2Y7RA 3PPPA 2XXIA 2H99A 4ND9A 3PPRA 3BFTA 1R9LA 4F31B 4RK9A 4ELOA 5HM4B 1SYIA 4QRZA 1N0TA 2Y7KA 4X9TA 3IR1A 2OWTA 3PUXE 1LAGE 1H43A 1PBPA 3FUZA 4QFKA 5LOMA 4P0GA 2RC7A 4FEDA 1DSNA 4X1DA 3UGWA 3I6VA 5ICTA 1Y9UA 3OOAA 1B4ZA 3KEIA 3Q29A 4PFTA 4NF5B 2XXYA 1B58A 4MFIA 4YZZA 1EZPA 2V3QA 5IAIA 1MDP1 1XOCA 1B7UA 1AL3A 2XHDA 4QSCA 3S9LC 1NH8A 1B2HA 1QVSA 4YMAA 1A54A 3QUJA 2IEEA 2UYEA 1AOVA 1PB7A 3K1PA 2I4BA 3FXQA 4OFOA 2GHAA 1NMUA 2UVHA 1QJMA 3T96B 2A5TB 4C1UA 4JDFA 1FTKA 4R2FA 3E3KA 2OZZA 1O7TA 4ELPA 2UVJA 2E1SA 5M2VA 1SW4A 3S9NC 2G29A 2Y84A 1QW0A 3GZGA 3TODA 3O6HA 4F1UA 4LUBA 1A7LA 1VSOA 4KQPA 1FCKA 3KSJA 1Q1KA 1UIVA 2UVGA 1QUKA 2O1LA 2AYSA 3VXBA 4JBZA 4OVJA 4GOTA 3FV1A 5ELVA 3VDFA 3U93A 1SI0A 3TTRA 3OD7A 1LSTA 5KDTA 2XD3A 3VLUA 4QSDA 3T9VA 3Q27A 1VE4A 1P1UA 1FTLA 4EXKA 2ABHA 3C4MA 3IK6B 1OQHA 2IA4A 5K2XA 3IOVA 1B40A 4FJPA 4GFRA 2DS9A 1SD3A 5DYHA 3TQWA 3G7WA 3QUFA 4GWOA 5JTYB 4P11A 4N6PA 3ZKLA 3HSTA 4DCYA 1LAHE 3C32A 4GXAA 3PPQA 1YCJA 4I8CA 3L6HA 1QUJA 1P1OA 5HPQA 2OK2A 2XX7A 3O97A 3HPIA 2B65A 2PYYA 2M8CA 1M5CA 4O3BA 2F97A 3U94A 2Q2CA 3K1NA 3TCHA 1JVYA 3FZVA 3W9VA 1B9JA 1LGBC 4EQ9A 4JXIA 2GH9A 2PT2A 4L17A 5AA2D 3FD3A 1YTVA 3TQLA 3ZSFA 3RTWB 2DVCA 1LB9A 4YB7A 4G8HA 3PUWE 3K6WA 5ITPA 3DP4A 4NWCA 2RCAA 5JTYA 3PUZE 4ISUA 4YMBA 5I56A 1TXFA 4DZ1A 4ELQA 4IO7A 4YB5A 4RYAA 4G8NA 4FEBA 4F39A 3Q26A 4U2RA 5IKBA 1D3KA 1Y3QA 2NOOA 5AA3A 4X48A 3B6QA 5CMKA 4XTCQ 2E0SA 1P99A 4RXLA 2HCAA 1MQIA 3PPOA 1N04A 3PD8A 1B3FA 4GQOA 2VGQA 5I58A 1B0HA 3IJXB 4M1VA 2ANJA 1USYH 1MY2A 2NVUB 3T9HB 4GIZA 3MWBA 3W9WA 3N5LA 1US4A 2XXWA 3DP6A 4RJZA 2XX9A 3DLNA 4G77A 1POY1 1A8FA 1NH7A 3Q25A 2OBGA 5H8NB 4LZ8A 2F7AA 2RC8A 2B3FA 2QS4A 2GRVA 4IO2A 3QXMA 5H8QA 3RT8A 3IB0A 1LAFE 4R2BA 4IB2A 3UORA 1I6AA 3ODBA 3IAZA 1A99A 1ELJA 4I1DA 1FQFA 1URDA 3C31A 4ZS9A 2V25A 4DDDA 3MVWA 3EHSA 4G68B 3U72A 4QFOA 3RGYA 4OHNA 1LAXA 2F7CA 5I59B 2ZYKA 3T93B 5J1DA 1D9VA 3K0VA 1MPDA 1B52A 4HTGA 4IO5A 5I84A 1URGA 4NF6A 2ZXTA 1ZU0A 1QUIA 2QRYA 3SDFA 3QK6A 2I3WA 3T9UA 3RNNA 4R6YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1MH3A 4F29A 4NMYA 4MH5A 5TPAA 1FBPA 4KI0E 1M5DA 2QMWA 1UIUA 3E13X 5L9MA 4XFEA 5KZTA 4R73A 1WDNA 4F3BA 4NHBA 4TLLB 1UQWA 4GF8A 2CMOA 3A3CA 1IITA 1FBEA 5KCJA 1FRPA 3OO6A 3F11A 4WEDA 3BIGA 3GYYA 4X8RA 1EH3A 2PMSA 2Z8EA 1KWHA 3D4CA 1NV1A 4MMPA 2FYIA 2ZZVA 2F5XA 5I59A 1SQYA 4PFUA 5FTIA 1B3GA 4NF8A 2PX1A 1MQJA 3FVOA 3OO8A 3CG1A 4LONB 5L8DA 1GGGA 4JSOA 4ESWA 1MXZA 4HS7A 3ONMA 2VD2A 1NNTA 2VD3A 1HSEA 1LEVA 5H8SA 3OEMA 5TU0A 3BFUA 1Y4TA 1G0HA 2THIA 3BKIB 1Y1MA 4BDRA 3ILUB 4XKQA 1B0LA 3M3FA 2ONSA 2Q89A 3UIFA 2XXVA 2HAUA 3PV0E 4PFWA 1NUZA 4KD5A 2HFBA 1RYXA 4U1OA 1INPA 5J16A 1B05A 1OVBA 3EHUA 4RPNA 3U92A 1QKAA 1FQDA 2YLNA 4JVCA 4EF1A 3T66A 3I3VA 1NV0A 2F36A 3V8XB 2PFYA 2QMXA 2QSXA 5B70A 4Q8RA 1IMAA 3GLBA 3FVKA 4EQBA 1JNFA 1ZJLA 1PB8A 3H4ZA 2DXRA 4F2QA 5JEIA 3OENA 4AQ4A 1XI6A 3CVGA 4E0XA 1JQFA 3FXUA 4ZZEA 4KHZE 2P3VA 1S7YA 4G2ZA 4N81A 4FECA 4OZ9A 2ZNTA 4O3AA 2O6AA 4U21A 4EF2A 1NV7A 1NV2A 2D3IA 5K2YA 2Q2AA 4EUOA 2XXUA 1N7XA 3VFJA 3FBPA 1AH5A 5EQ8A 3K2DA 4KYDA 1MXXA 2PCRA 1B1HA 5DVJA 3ROJA 4Z0IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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