3SA7A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af55
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sa7A00
2FXDA 4J1IA 4Y6MA 5OZYA 1IIQA 5P7HA 3EM4A 3TL9A 4Y35A 2Q11A 3O9CA 4YD6A 2F80A 5P3TA 4Y5PA 2V16C 4QJ2A 1LYWB 5P0CA 1G0VA 3O9AA 3KDBA 1BIMA 5P1ZA 3UCBA 4Y36A 5P7FA 4NJSA 4FM6A 1FMBA 5P1JA 3NUJA 5P38A 4EJKA 1QBUA 3WZ8A 5P5HA 5P7RA 2P4JA 2AOJA 5P14A 2FNSA 4F75A 1HIVA 3OQ7A 2VA5A 5P0PA 3SA7A 3HDKA 2NMZA 4Y5EA 3OU4B 3D3TA 4DH6A 1PPKE 3TPRA 3OXCA 5P3HA 1A9MA 2BPXA 2G1YA 5P2LA 5OZXA 5P89A 4E43A 3TPPA 4Y48A 3KFSA 2NNPA 5P2OA 4ACXA 5OZTA 5AH9A 3ZPTA 3QRSA 2QNQA 5OYWA 2G1SA 3UDNA 3KT2A 3WB4A 5P3RA 3SA4A 2ZE1A 5P4XA 5P1YA 3ZMGA 5OZCA 2B7ZA 4Z50A 1ZPAA 2NMYA 5OZQA 3LITA 4APRE 4DVFA 5P74A 5P7SA 5OZUA 4RLDA 1B6JA 1UH7A 4MC1A 3VF5A 2G1NA 3CMSA 2QMDA 5P4OA 2G94A 2BBBA 2QI1A 1G2KA 3IAWA 3PCWA 3PM4A 3APPA 5P1KA 5OZ0A 6FIVA 2A1EA 2PC0A 1MSMA 5P0VA 1SMEA 4GJDA 2V13A 2RKFA 2PWRA 2ZHUA 5SY2A 5P61A 1UH8A 4I1CA 4DPIA 2FLEA 3NU5A 5P73A 5P50A 5OZPA 4RRNA 3GI0A 3EL9A 2QNNA 5JODA 3ZPSA 4TRWA 5P0LA 4J1KA 5OZDA 1BDRA 4B1EA 3QIHA 5OZNA 5KQZA 1U8GA 1QRPE 3EL1A 3NU3A 5P3ZA 4YCTA 3OTYA 5P3KA 3FX5A 2IENA 3RTNA 3ZPUA 5P4RA 1APTE 5P4PA 2G1RA 4CPUA 1FKNA 4FE6A 4APEA 3S53A 3KDDA 1D4HA 3VG1A 4Y51A 2VIZA 1RPIA 3TKWA 3K4VC 1YM4A 4YE3A 4Y5GA 4RYCA 3LIZA 2V10C 5P5EA 5P18A 5DQ2A 2RMPA 5P6OA 5SY3A 2HAHA 2ZHVA 3RTMA 5P3PA 1DIFA 4PPHA 2AIDA 1PSOE 3UFNA 5P7YA 3PI0A 4IVTA 3UDJA 5P3IA 4ZLSA 3KT5A 4F74A 1HOSA 1EEDP 2QI6A 2QI4A 4DQHA 4RYGA 5AHCA 1YTIA 5OZIA 1Z1HA 2QAKA 1ZPKA 3OQDA 4J0VA 4MC2A 3D1XA 4QJAA 3EMYA 3MSJA 4I0HA 3RSVA 5OYXA 2HB2A 5P84A 4FLGA 3GGVA 4Y56A 5P6XA 1T7IA 5IVTA 5OZEA 3GGAA 4DJRA 2PMAA 1DAZC 4LXAA 5JFPA 1K1TA 2IDWA 5OZOA 1ZLFA 3TLHA 4Y3QA 3QPJA 5DR8A 4CPXA 3LIVA 2PQZA 5P5TA 3IXKA 5OZ8A 2JJIA 5P5SA 2Q55A 2ZJIA 3INEA 4EXGA 3GW5A 5OZ6A 3DCKA 5KQYA 1TSUA 5P3JA 3U7SA 1QBRA 1K2BA 4PZWA 4KUPA 3BUGA 2FXEA 1WBMA 1B5FA 1LYAA 5P8LA 5P0TA 5P13A 3SACA 1FQ7A 4TRZA 5HVPA 4L7HA 5P37A 1XE6A 2B7FA 3O9EA 5P77A 3CICA 4Y37A 5P0UA 4EJLA 5P1TA 4A6CA 4ZEAA 1IDBA 4BELA 2OHUA 2V11C 4DQGA 3MXDA 1EPPE 1Z1RA 1C6YA 3EKYA 3OU1A 1HPSA 1TCXA 2QZWA 3VV6A 5P6MA 3H0BA 4WY6A 2AZ8A 3G6ZA 1HIHA 3OAGA 2I4UA 4XKXA 5HDUA 2HS2A 2RSPA 1PSAA 5P5VA 3EKPA 4H3FA 2ANLA 5P2NA 1M4HA 4R91A 5P7OA 3OUAA 4QGIA 3MSKA 3LNKA 2P3BA 4LL3A 2PSVA 1SP5A 2NXMA 3I7EA 5P24A 3CKPA 5P0MA 2ZHRA 2V00A 5UPJA 1LZQA 1B6MA 1NPVA 1XE5A 1EC3A 3HLOA 4WY1A 5F01A 3NYGA 5P1PA 5P2XA 4CKUA 4COEA 5P0FA 2QCIA 5P8FA 3WSJA 5HD0A 4JP9A 5OZ5A 4U8WA 5P0NA 1IZEA 4RVXA 5P64A 4Y4AA 3L3AA 2ZJKA 3NXEA 5CONA 5P8UA 3NDTA 4Y5MA 5P44A 5P30A 5P2SA 4EQJA 4U7VA 2CEMA 4ZSRA 1G6LA 2FGVA 5P4NA 1MT9A 5P2BA 1XS7D 5P3EA 1SGZA 4AZYA 4LAPA 2I4VA 5J25A 4DQBA 3ZKQA 4Y3NA 1HTRB 1TW7A 3FIVA 1HPVA 5OZBA 2I0AA 1DPJA 5P1SA 5P0XA 4DJYA 3DUYA 5P4YA 1E81E 3OADB 4Y4WA 1AXAA 4NPTA 5COPA 5HTZA 3EXOA 1FMUA 4DQCA 5OZZA 1HHPA 2QU2A 2AOEA 3OQAA 5KAOA 4GJBA 3UDKA 3VUCA 4GMIA 4Y3LA 5SZ9A 1JLDA 3S54A 5DR1A 3D91A 3ZL7A 4DJPA 3L5CA 1EPOE 1LS5A 1SBGA 1FB7A 4GIDA 2I4XA 2G1OA 5P8DA 5P48A 2Q5KA 2AZ9A 3O9LA 4I0FA 4ZSQA 1C6XA 1YTHA 4LXMA 1F34A 5AH6A 5JG1A 5P6IA 4ER1E 5DR4A 3OOTA 1B6KA 4NKKA 5OZGA 5P7JA 5P4MA 4D83A 4AUCA 1W5XA 4OBFA 1QBSA 5P2AA 3UQXA 3S45A 2G20A 4Y3PA 3BUHA 3UDRA 4FAFA 2SAMA 4OBZB 4J1EA 5P43A 5HDXA 3K5FA 1T7KA 4DV9A 4FCOA 4Q5MA 5P7XA 4QJ9A 5P4IA 4Y3TA 5P5AA 4B72A 1HSGA 3NWQA 1APWE 5P0GA 2NR6A 3L59A 4B70A 3L5EA 3CIDA 5E5JA 1A8GA 2ER7E 3BVAA 5P5RA 4HZTA 1MTBA 5P7UA 2G21A 3UFLA 1GVWA 3SO9A 1PPME 3VFBA 2AVQA 1M0BA 3MXEA 2BPWA 5I3YA 2HPFA 2J9JB 3DCRA 3NU9A 5P5LA 4FAEA 3LINA 5KQFA 2QMGA 1QBTA 5P59A 3N3IA 2QI5A 3G70A 5P0EA 1GKTA 2OHTA 5P28A 4R8YA 3LIXA 2XYEA 4B05A 5P02A 4K4PA 4H3JA 4J17A 5P7QA 1T7JA 1W5VA 1HXBA 2IL2A 2Q64A 4HLAA 3VV7A 4RROA 2VJ6A 4OC6B 5P2RA 4L6BA 3KA2A 5P3LA 1QDMA 5P3UA 1LV1A 1LF3A 3RTHA 2VJ9A 4LXKA 4BEKA 1MERA 5P6UA 4H3GA 3RU1A 5P39A 5P47A 4J1HA 4L1AB 1C70A 2FDPA 5P42A 1HVSA 3ZOVA 3PMYA 3VYDA 2FGUA 3VYEA 2VA7A 1E80E 3O9GA 2G27A 3EC0A 5P25A 1LF2A 1D4YA 3KFPA 5P1DA 3OHFA 1YX9A 3O9IA 4R5NA 4Y53A 4Y38A 5P2DA 3D1YA 4J55A 1SH9A 3O9DA 1AAQA 5P1VA 4YD7A 8HVPA 3KMXA 5P6DA 1EC2A 9HVPA 3QBFA 2ZJMA 5P7ZA 2G26A 3F9QA 3L5DA 4OBGA 1HVCA 4ER2E 4DPFA 5P31A 4GYEA 4A4QA 4XXSA 4R95A 1DP5A 3FKTA 5OZ2A 5P62A 3UQPA 4OD9A 1K6TA 3T7PA 1IZIA 1YTJA 5P7BA 1HIIA 5P2MA 1BBSA 4J1FA 5P8JA 3UHLA 5HU1A 2VIYA 4OBDA 3PWRA 4EHCA 5P6EA 5P7KA 4H3IA 3URIA 2VNNA 3KFNA 1GNNA 2PH8A 4DJWA 4FRSA 1MT8A 3UDYA 3IGBA 5C9FA 3KDCA 3OUDB 3TTPA 5P0SA 4QJ6A 1A8KA 5P5XA 4GJCA 5P75A 3R2FA 1GNMA 3LHGA 5ENMA 5HDVA 4Y5CA 1W6HA 4U7QA 4Q1WA 3TH9A 1W6IA 1ZJ7A 5P15A 1K6VA 2WEZA 5P05A 2BPVA 5HU0A 5P6CA 5P7AA 1VIKA 3GI5A 2IQGA 4CPQA 3OUBA 4Y3WA 5BS4A 3G72A 4PEPA 3QI1A 5P2YA 2VIJA 3CYXA 4Y41A 3UDPA 3OXVA 2V0ZC 5P27A 1A30A 1W50A 5APRE 4Y3DA 2PH6A 5P8AA 2PK6A 1EC0A 1EPLE 1KJ4A 2IEOA 5P08A 4JOOA 2F3KA 1FG6C 4YBIA 5P3XA 5DQ5A 5P2ZA 3VEUA 2IRZA 4CPTA 5P5KA 2IKUA 3N4LA 5HDZA 4KB9A 2MIPA 2WHHA 3O99A 1MESA 2R43A 1VIJA 3URLA 5P0YA 3SM1A 1YTGA 3B80A 4Y3YA 2ASIA 2UY0A 5P6AA 5P5CA 5P6HA 5P8MA 4UPJA 1FFFC 3SA9A 4JPCA 2QMFA 1HSIA 5P5NA 4MC6A 3CKTA 3OQKA 4IVSA 4TVGA 1APUE 5AHAA 5P45A 3JVYA 1GNOA 5OZHA 5P4HA 5P8RA 5IS4A 3VYFA 5HCOA 5P65A 5P7MA 1WKRA 3L5FA 3CKRA 4Y4EA 5P5JA 1CPIA 1NSOA 4Y4TA 5IVQA 4K4RA 5OZ7A 3BUFA 1BWAA 3GGXA 5P3AA 5P8EA 4HEGA 7HVPA 3PBDA 1LYBB 3HVGA 5P1XA 1ZSFA 2P3AA 1UH9A 1META 1B6LA 1FMXA 4GJAA 5P20A 5P0IA 4DJVA 2QI3A 1GVXA 1BV7A 2HS1A 2R38A 3UDMA 5P83A 4J0TA 2PSUA 5P0JA 2P3DA 1KZKA 4I11A 5EZXA 3S43B 5P1AA 3TOFA 1BXQA 3VCMA 3HBOA 4Y5AA 1T3RA 3KM4A 2OHPA 2P3CA 4EPJA 3OTSA 3CYWA 4PHVA 4I0IA 5KOSA 5P34A 5P56A 1K2CA 1W5YA 5P6JA 1HVHA 3NLSA 2F81A 1TCWA 1EBYA 2HIZA 3SAAA 1ZSRA 4GJ9A 2VIEA 1T6EX 5P88A 3ER5E 1OEWA 3LIYA 4S1GA 5P1RA 5ER1E 1OEXA 3SA8A 5P7VA 4Y5LA 5P1FA 5DQ4A 1EBZA 4Y5BA 3PJ6A 5P2VA 3T6IA 2XYFA 1BXOA 3GI6A 4EP3A 3EL0A 3BRAA 4FRKA 5KOQA 4HE9A 2Q15A 1SDUA 4Y4ZA 1EBWA 3I8WA 3PRSA 3FV3A 5P0KA 4DJUA 1ZAPA 3BGBA 3T7QA 5P8BA 3LPIA 3PEPA 4NJTA 4Y9WA 3TOHA 4PYVA 4AMTA 1FQ5A 1SDVA 3KFRA 4Y45A 4YHQA 2R5QA 2PK5A 1EAGA 4Y3GA 3K5CA 5P5IA 3QVCA 1FEJC 2WEDA 5P66A 1HSHA 3S56A 5P86A 4OBHA 2O40A 3OXXA 5P3GA 1HTFA 3K5DA 5P03A 5P8NA 3PCZA 1Q9PA 3RSXA 5C9DA 4FRIA 2O4SA 3QRMA 5P57A 5P85A 3VLBA 3GGUA 2QHCA 1DW6C 5P1QA 1MSNA 2ZHTA 1HWRA 3NDUA 1K6CA 4YDGA 5P3VA 2WKZA 1D4LA 2WJOA 5AHBA 2QI7A 5P81A 3FNSA 1A94A 3QN8A 3SLZA 1IZDA 3ZKXA 2AODA 5IE1A 2JJJA 1FFIC 1M43A 3D1ZA 5P3BA 5P32A 2QD8A 5DR0A 1EBKC 5CLMA 5P1HA 1XDHA 5TOLA 3IA9A 5DR3A 5OYTA 1Z8CA 1HRNA 3FSMA 5OYYA 3OU4A 1FLHA 1ZBGA 3OXWA 4Y3RA 3NU4A 5AGZA 5P80A 3DOXA 3PGIA 4DFGA 4J1CA 4CPSA 3LPJA 1KJ7A 3FNTA 4L7JA 5P78A 3ER3E 1YM2A 2BB9A 4KE1A 2HB4A 3LIQA 2AOCA 2AVOA 4I12A 4K8SA 4LC7A 5P8GA 1XL5A 5OZMA 5P3DA 4NJUA 1IVPA 4B1CA 2QP8A 2QHZA 1XN3A 4WTUA 2WEBA 5P2HA 4Y58A 3HW1A 2OHMA 2I4DA 5P6TA 4DJXA 4Z4XA 3L38A 3S8IA 1MUIA 3HVPA 3BHEA 4Y5NA 2VA6A 2XFJA 1BILA 4L7GA 3DJKA 5P4SA 1E82E 5EZZA 4RCEA 5P1NA 2HC0A 1HPXA 4B78A 4X2LA 5P0ZA 4GJ5A 5P0HA 2UXZA 5P70A 4Y4JA 3BC4A 5AH8A 1RL8A 4HDPA 5P41A 4XX4A 2F8GA 1AJVA 1TQFA 1NH0A 2JE4A 5P2WA 5P3FA 4J0YA 5OZAA 3UDHA 1D4JA 1SDTA 1PSNA 3NR6A 1TZSA 3OHHA 2ER0E 3R0YA 4Y39A 4KE0A 4J0ZA 4I0ZA 4B00A 3EKWA 4K4QA 1FIVA 5P4CA 2FS4A 1HVLA 3Q3TA 3OWNA 2NXLA 3EL4A 2J9KA 2F3EA 5P8IA 2A4FA 1IDAA 2PYMA 1MT7A 4DI2A 2B60A 3NU6A 1ME6A 5P72A 5DR7A 5P1WA 2FMBA 5P3QA 5KR1A 4ZPEA 2O4PA 4J54A 1KJHA 3JW2A 5OZJA 5P1UA 3O9BA 5P0AA 5P8PA 1B5FB 1GVTA 2OHQA 2HB3A 1LYAB 3IXOA 5P46A 2QI0A 1GVVA 5P1IA 5P0QA 3OK9A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2FXD A;  4J1I A;  4Y6M A;  5OZY A;  1IIQ A;  5P7H A;  3EM4 A;  3TL9 A;  4Y35 A;  2Q11 A;  3O9C A;  4YD6 A;  2F80 A;  5P3T A;  4Y5P A;  2V16 C;  4QJ2 A;  1LYW B;  5P0C A;  1G0V A;  3O9A A;  3KDB A;  1BIM A;  5P1Z A;  3UCB A;  4Y36 A;  5P7F A;  4NJS A;  4FM6 A;  1FMB A;  5P1J A;  3NUJ A;  5P38 A;  4EJK A;  1QBU A;  3WZ8 A;  5P5H A;  5P7R A;  2P4J A;  2AOJ A;  5P14 A;  2FNS A;  4F75 A;  1HIV A;  3OQ7 A;  2VA5 A;  5P0P A;  3SA7 A;  3HDK A;  2NMZ A;  4Y5E A;  3OU4 B;  3D3T A;  4DH6 A;  1PPK E;  3TPR A;  3OXC A;  5P3H A;  1A9M A;  2BPX A;  2G1Y A;  5P2L A;  5OZX A;  5P89 A;  4E43 A;  3TPP A;  4Y48 A;  3KFS A;  2NNP A;  5P2O A;  4ACX A;  5OZT A;  5AH9 A;  3ZPT A;  3QRS A;  2QNQ A;  5OYW A;  2G1S A;  3UDN A;  3KT2 A;  3WB4 A;  5P3R A;  3SA4 A;  2ZE1 A;  5P4X A;  5P1Y A;  3ZMG A;  5OZC A;  2B7Z A;  4Z50 A;  1ZPA A;  2NMY A;  5OZQ A;  3LIT A;  4APR E;  4DVF A;  5P74 A;  5P7S A;  5OZU A;  4RLD A;  1B6J A;  1UH7 A;  4MC1 A;  3VF5 A;  2G1N A;  3CMS A;  2QMD A;  5P4O A;  2G94 A;  2BBB A;  2QI1 A;  1G2K A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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