3SA8A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with kb83
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sa8A00
2ASIA 4Z4XA 1SBGA 5HU1A 4FM7A 5P3WA 5P1OA 3OADA 4BELA 5OZFA 5P7KA 2Q54A 3L5EA 5P46A 5P86A 4ZE6A 5UPJA 3S43B 5P7YA 3SO9A 5P7XA 4KB9A 3ZKIA 4AA9A 2AVVA 4COEA 5P1QA 1YG9A 5P33A 5P66A 3QRSA 1LZQA 5P7WA 5P11A 4GJCA 5P6GA 3VYDA 5P8FA 2P83A 4Y3SA 3OQDA 4Y3MA 4YCYA 1IDAA 4H1EA 2NTRA 3PI5A 2R5PA 2WKZA 1YTGA 2I1AA 3S7MA 3NU3A 3LITA 5P3VA 3UQPA 3OOTA 3O99A 3LIQA 3OU4A 5DGWA 2QZKA 2J9JB 5P43A 4B70A 2QI5A 5P8TA 5P62A 2I4XA 4B1CA 1GVVA 4J1HA 3OAGB 3DCKA 3BXRA 4DJVA 2QK5A 3D91A 4I12A 2VJ6A 4Y5PA 5I3YA 1HTFA 4K4PA 3NDXA 5P5QA 5P8NA 1D4LA 3UTLA 3PVKA 5OZNA 5DQ2A 5P7ZA 1A8KA 1FGCC 3PB5A 5P74A 3MSLA 1HEFE 5OZCA 2ZJLA 4FAFA 5OZ1A 5E5KA 4EXHA 1A9MA 1BBSA 5P6YA 1MESA 1RQ9A 5P3AA 5P7PA 2HM1A 1EPOE 4Y3QA 4OC6B 2QAKA 4XX3A 1PPKE 3RSXA 2F8GA 4J1IA 5I3XA 4MC1A 3B7VA 2RENA 5P6RA 4XXSA 5P37A 2H6TA 3URJA 2FS4A 3KT2A 2FNTA 5P1AA 5P1UA 3WB5A 3ZLQA 1EC2A 1B6JA 1XL2A 3QVIA 5P3SA 3OQ7A 1G6LA 2P4JA 4FM8A 1PSAA 2FLEA 2WF1A 4ACXA 2PK5A 3QBHA 4ACUA 3QRMA 4RCFA 5P5CA 5P67A 4DI2A 5P7DA 1SMRA 3T11A 9HVPA 3ZKQA 1AZ5A 5P8UA 3D1ZA 3TLHA 5P4DA 5P4OA 4N00A 4RVIA 4YDFA 1EPLE 5P0JA 3UDMA 5P8RA 5OZMA 4PYVA 3QROA 3QRVA 3KM4A 3VUCA 5P4SA 2P3BA 5P12A 1D4IA 2AIDA 5OYRA 2HIZA 4EPJA 5P89A 1HTRB 3UFNA 3NXEA 5P7FA 5C9DA 3T7PA 2Q5KA 3ST5A 5P1CA 5P2GA 2P8HA 3UDQA 4Y36A 1YM2A 3SA3A 1QBRA 1E82E 5P4QA 1UH7A 3O9IA 4TRZA 3FIVA 1BXQA 2VIEA 3M9FA 4L7HA 5P7QA 4NJSA 5P47A 2OAHA 4YD4A 1K6CA 3WSJA 5P5DA 1HSIA 5IVQA 2Q63A 5OYXA 3VSXA 4YCTA 1T3RA 1NH0A 2ANLA 4HZTA 4MC9A 2A4FA 2QMGA 5KQYA 4R95A 4FGXA 5P7IA 3ZOVA 4D88A 4Y3FA 4R92A 2Z54A 4IVSA 1XE5A 2I4UA 2WJOA 2G24A 4FM6A 1U8GA 3HDKA 4Y41A 3K5DA 1BWAA 4Y37A 1FFIC 2BPWA 4Y4JA 2QI4A 2R9BA 2O4LA 3O9FA 5P56A 1QBUA 5P1RA 5ENKA 5OZWA 2FDPA 2O4NA 3QBFA 4Y5EA 5OYZA 5P22A 1FQ6A 3PCWA 5P7GA 4CP7A 5AH6A 4ER4E 4J0TA 3R4BA 5P6NA 5P8HA 5P19A 3VSWA 4NJVA 4Q1XA 1HIVA 2VIJA 3LPKA 5P4YA 5PEPA 4DJUA 5P4VA 5P72A 1OEWA 2I4QA 3WZ6A 1T7JA 1BV7A 3KF0A 5OZ6A 5HU0A 2ZHUA 5P4NA 2ZHRA 1J71A 5FIVA 4LL3A 5DR3A 3I8WA 2O4KA 4Y48A 1JLDA 1MIQA 1FMBA 4FRIA 2AZ8A 2NMYA 2IGYA 5OYWA 3RSVA 5P6OA 3SLZA 3IXJA 3ZL7A 4CKUA 5P7LA 1FG6C 5P5OA 2BPXA 2QZWA 4YHQA 4ZEAA 3VV8A 4I8ZA 5IE1A 3I25A 3OWNA 5P2LA 5P2CA 2CEJA 2G1OA 1DMPA 2ZHSA 4KE1A 4FS4A 4AZYA 5P09A 4Y53A 4QJAA 1BWBA 3HVPA 3QPJA 5P1VA 4Y3WA 4YOBA 5HVPA 3PSUA 5P3XA 4OBGA 3S8IA 5P3LA 4J0VA 3TPJA 5KR0A 5DQCA 5ER2E 1CPIA 3H5BA 5P0QA 3HVGA 5C9BA 4Q1WA 5P3UA 4B05A 1SMEA 4DH6A 2NXDA 5P78A 1APUE 4BEKA 5P7EA 4DPIA 4TRYA 5KQFA 3IN4A 3NDTA 2ZJJA 1FQ5A 4J1KA 5P25A 3O9LB 4OBHA 3OXXA 3FV3A 4PZXA 4WY1A 1LYBA 4RYGA 1W50A 4YOAA 2OHNA 2B7ZA 3JVWA 5P48A 4Q1YA 3PRSA 3I2LA 1APWE 5KR8A 4U7VA 1TQFA 5KR1A 1SH9A 4DQGA 2OHPA 2HS1A 5P3DA 3UDRA 5OZDA 4LBTA 1HVHA 5P2TA 2PYMA 5P0EA 4NJTA 4AUCA 5IVTA 2AOGA 3PGIA 2G26A 4LP9A 5P7NA 5OZUA 3VCMA 5P5IA 3NU9A 2FMBA 4EXGA 5P4XA 1YT9A 5F01A 1K2CA 1LYWB 4CPSA 6UPJA 5P16A 2QNQA 5AH9A 3EKPA 1IIQA 3L58A 5AHAA 5P6JA 4YD5A 2QHYA 4RZ1A 3PWWA 5P53A 2RMPA 1HHPA 3BRAA 5P1TA 4J0YA 4ER1E 2WHHA 3O9CA 2SAMA 5P0PA 1HSGA 5P6KA 1QS8A 1BVEA 3B80A 3SFCA 5P6WA 4Q1NA 4TVHA 5OZOA 1D4SA 3GGVA 3MXDA 5P4JA 3O9BA 2G20A 4X2LA 2NR6A 5P6CA 5OZXA 2BQVA 5P18A 2WEBA 5P6TA 3WZ8A 4AMTA 1B5FA 4FAEA 3MXEA 3IAWA 5HTZA 4Q5MA 5DGUA 2FXDA 3ZKSA 4Y4ZA 2QMPA 1HTGA 1LS5A 2XFKA 3BVBA 4RVJA 1AJXA 2RKGA 3IGBA 4YD6A 1F34A 4FIVA 5EZXA 3HD8A 5P4GA 1HXWA 3S56A 5P0SA 4Y45A 4LHHA 5P61A 3PBDA 1HRNA 3APRE 5AGZA 2ER7E 3CYXA 1FKNA 3OUBA 5P5KA 4KUPA 1PPLE 3CMSA 1QDMA 5P4TA 5P6SA 3PHVA 5P0XA 1FG8C 3L3AA 2AOJA 3KFRA 5OYQA 1KJ7A 1B6MA 4Y57A 1C6YA 2ZHTA 3SA7A 4I10A 4LXAA 2G21A 3BC4A 5P69A 2XYFA 5DQ5A 5P5LA 2QZLA 5OZKA 4M8XA 5OZSA 3OADB 4YD7A 5P1EA 4EP2A 3O9HA 5DR8A 3R2FA 4M8YA 5SY2A 5OZEA 3EKYA 4GYEA 1OEXA 3EMYA 4R93A 4FSEA 4R91A 2AODA 3MSJA 1EBYA 2R3TA 2V12C 5P7HA 1BDQA 4DJXA 5P5EA 3VF7A 1FMXA 1BIMA 2HB2A 3OTYA 3VG1A 1HVJA 3EBZA 3DV5A 4DUSA 1T7KA 1TW7A 4ZSRA 1UH8A 2FDDA 2JYSA 3PM4A 5OZPA 4EHCA 2QI0A 2VA5A 4QJ6A 1HPOA 3F9QA 3KMXA 2J9KA 4YCKA 1HIIA 2PH6A 1MT8A 2VJ7A 5P3QA 5EZZA 3NSHA 4RGHA 3SQFA 5TOLA 3OU4B 2WF3A 3SA4A 3EM3A 4ZLSA 2OF0A 1MSNA 2R5QA 2V16C 1TSUA 2PWCA 1Z1HA 3CICA 2WECA 1AM5A 5P80A 2Q55A 5P2BA 3TPRA 4GJBA 2BB9A 4EP3A 5P1PA 5P2KA 5HD0A 1HVRA 5ISKA 5P0LA 5P3FA 5P83A 3VV6A 2EWYA 2PSVA 3G72A 4I0FA 3S85A 4A4QA 2XYEA 2V00A 5CLMA 1KJGA 2NMZA 2QHCA 3MSKA 4Y3TA 4TRWA 3ZKNA 4EQJA 1TCWA 1B6PA 5P10A 3QAAA 2R43A 1FQXA 4K8SA 5P3HA 5JFUA 2VA7A 3HBOA 5P8DA 3PCZA 5OZLA 1B6KA 1UPJA 3EM4A 3Q70A 3EKWA 2I4WA 3OQKA 7UPJA 3UPJA 5P2IA 5P4PA 1SGZA 3KDCA 2HAHA 5DR7A 1LV1A 3OU1A 3EC0A 3NYGA 1TSQA 1HPSA 3SM2A 5P40A 3INHA 4OD9A 1LF3A 1NSOA 2A1EA 1IZHA 4D8CA 3GI0A 3PMUA 2QI1A 8HVPA 3CKTA 5P2JA 2O4PA 4DPFA 5P1FA 3FNTA 3L59A 5P6FA 5P6HA 3GGAA 5P77A 5P4IA 4J17A 5P4LA 3NDWA 2P3BB 1GVXA 5P3IA 2G1YA 1E80E 1MT7A 3QN8A 5AH7A 3U7SA 3K5FA 2QU3A 5P13A 5P5UA 4B77A 3PLLA 2BBBA 3NWXA 2P3CA 5P3NA 2QMDA 2JJIA 5P2AA 5P75A 4AA8A 5P0TA 3K1WA 1FB7A 3INEA 5P2QA 5P2SA 2IRZA 2Q15A 1SIPA 5P5XA 5DR1A 5P88A 3AIDA 1KJHA 5P39A 1ODXA 3KMYA 1EC3A 4Y3RA 2VS2A 1GVWA 5P49A 4K9HA 1C6ZA 4HDBA 5P03A 5P2EA 2PC0A 5P70A 5P1ZA 5IVRA 4Y38A 3RVIA 2AQUA 4RRNA 5P63A 2V13A 5P85A 3CIDA 5SZ9A 5HE7A 5OZQA 6APRE 1A30A 4J1CA 5P5RA 2XFIA 2FGUA 4LC7A 5P5BA 2WEZA 5OYSA 2QI3A 3NXNA 5P28A 4PPHA 2QP8A 3OXCA 2PMAA 1CZIE 4RCEA 1IVQA 5P0HA 2OHMA 4GJ5A 4GZFA 4Y3YA 1W6IA 5P0UA 5P4ZA 1W5XA 5AHCA 1Z1RA 2CENA 2IQGA 5P0NA 2IKUA 3LHGA 3G70A 5P34A 1CMSA 5OZVA 5P4BA 1FEJC 1M0BA 5P1MA 2H6SA 3BGCA 3TH9A 2FGVA 1AVFA 2BKSA 4ZPGA 5ER1E 5AH8A 4U7QA 1FQ8A 5I70A 5OZ8A 5P1KA 4J5JA 5P5AA 1MRWA 4R5NA 1ZPAA 2O40A 5P35A 4Y5BA 5P2WA 1YTIA 1LYAA 4ER2E 5P2VA 3LPIA 2APRA 4L6BA 1FMUA 4FSLA 3Q4BA 3Q3TA 2AOEA 3K5GA 5P54A 3DJKA 5P2FA 5BRYA 1RNEA 4EJDA 4OBDA 4JOOA 4J54A 1KJ4A 1MRXA 5P5WA 3SA8A 1SDTA 5P08A 4CPUA 1GNNA 3Q5HA 2G94A 1EBZA 2NPHA 3VFAA 5OZTA 5P2NA 4DQBA 3OUDA 5P3MA 1DP5A 5P3TA 4ZIPA 3U71A 1ODWA 1IDBA 3O9DA 3PBZA 2B42A 1MERA 3LIYA 4DJWA 3ZPSA 1META 1K1UA 3QVCA 4EJKA 4J1FA 5CONA 4Z22A 5P1JA 3O9AA 4EJLA 5OZ2A 5P14A 1ENTE 1MVPA 2QHZA 5P5VA 2NXMA 1A8GA 2G69A 3D20A 2ZJNA 2WEAA 3KN0A 2ZE1A 2AOFA 3EL4A 4U8WA 3PSYA 2ZHVA 2VIZA 5P4MA 4YBIA 3JW2A 1DAZC 4Y51A 1HVIA 5P4EA 4L1AA 3OGPA 3D3TA 1MPPA 1LYBB 3NDUA 4H3JA 3KA2A 3UDJA 1OD1A 4F73A 3OHFA 4BFDA 1APTE 1D4HA 1G35A 2O4SA 5P20A 2NNPA 5P1YA 1GNMA 3PSGA 3N4LA 5P5TA 4HDFA 2R38A 3OTSA 2IENA 3NU4A 5HCOA 3DOXA 5P0FA 1EPPE 4CPTA 2QU2A 3KDBA 5P7BA 1EPQE 5P05A 5P42A 3L5DA 1XDHA 5P0DA 4Y4TA 4B0QA 2OHTA 2CEMA 2ZJMA 4CPQA 1ZBGA 5B18A 5KAOA 3UCBA 5HE4A 5P2XA 4K4RA 4EWOA 3S2OA 5P51A 5P06A 5P52A 5P3JA 4OBZA 1UH9A 4Y39A 3OQFA 5P41A 3UHLA 3HAWA 5OZ4A 2BKTA 5P6BA 1FIVA 5COOA 3OXWA 4Y5AA 3BHEA 3EXOA 2VJ9A 5COKA 5BS4A 1GKTA 5KOSA 1ZPKA 5C9FA 3ECGA 1EPNE 1B11A 4DQHA 5P5FA 4Y3EA 5P5PA 4Y3NA 4Y47A 2ZYEA 5HCTA 1B5FB 5P5ZA 4F75A 4L7GA 5P6AA 2WEDA 5P79A 3TKWA 1APVE 2MIPA 4GMIA 3UQUA 4K4QA 3TPPA 1F7AA 4QGIA 1GVUA 3SKGA 3QIHA 1DPJA 2QI7A 3VFBA 4JECA 5P7AA 5P01A 4LXMA 1PPME 2G22A 2PSGA 3KFPA 5P0MA 5ISJA 2F80A 2ZJKA 2PYNA 4I0ZA 3L38A 1QBTA 4GJ7A 3ZPTA 1G2KA 4XX4A 3UF3A 3SA6A 2NXLA 4APEA 4B1EA 1XE6A 5P4UA 1HSHA 2I4VA 4Y3PA 5SXNA 3KT5A 5P3OA 2Q11A 2HC0A 5P4KA 1E81E 1KJFA 4Y4BA 5SY3A 2AVOA 1KZKA 5DQ1A 2QD6A 2IEOA 4YDGA 5P5SA 4DJOA 1ZTZA 5P0RA 1ZAPA 4I8WA 5JFPA 5P7OA 3BUGA 1OHRA 4QJ8A 3U6AA 4I0JA 3GGXA 1Q9PA 2HPEA 4Y4EA 4Y4XA 2OHSA 5P1IA 5P50A 3ZKMA 1XS7D 5P04A 5P73A 2QCIA 4NPTA 1FQ7A 4Y54A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ASI A;  4Z4X A;  1SBG A;  5HU1 A;  4FM7 A;  5P3W A;  5P1O A;  3OAD A;  4BEL A;  5OZF A;  5P7K A;  2Q54 A;  3L5E A;  5P46 A;  5P86 A;  4ZE6 A;  5UPJ A;  3S43 B;  5P7Y A;  3SO9 A;  5P7X A;  4KB9 A;  3ZKI A;  4AA9 A;  2AVV A;  4COE A;  5P1Q A;  1YG9 A;  5P33 A;  5P66 A;  3QRS A;  1LZQ A;  5P7W A;  5P11 A;  4GJC A;  5P6G A;  3VYD A;  5P8F A;  2P83 A;  4Y3S A;  3OQD A;  4Y3M A;  4YCY A;  1IDA A;  4H1E A;  2NTR A;  3PI5 A;  2R5P A;  2WKZ A;  1YTG A;  2I1A A;  3S7M A;  3NU3 A;  3LIT A;  5P3V A;  3UQP A;  3OOT A;  3O99 A;  3LIQ A;  3OU4 A;  5DGW A;  2QZK A;  2J9J B;  5P43 A;  4B70 A;  2QI5 A;  5P8T A;  5P62 A;  2I4X A;  4B1C A;  1GVV A;  4J1H A;  3OAG B;  3DCK A;  3BXR A;  4DJV A;  2QK5 A;  3D91 A;  4I12 A;  2VJ6 A;  4Y5P A;  5I3Y A;  1HTF A;  4K4P A;  3NDX A;  5P5Q A;  5P8N A;  1D4L A;  3UTL A;  3PVK A;  5OZN A;  5DQ2 A;  5P7Z A;  1A8K A;  1FGC C;  3PB5 A;  5P74 A;  3MSL A;  1HEF E;  5OZC A;  2ZJL A;  4FAF A;  5OZ1 A;  5E5K A;  4EXH A;  1A9M A;  1BBS A;  5P6Y A;  1MES A;  1RQ9 A;  5P3A A;  5P7P A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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