3SA9A

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af68
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sa9A00
2AZBA 3GGVA 5P7DA 2ZJHA 2QZXA 3OUCA 3HAWA 5ER1E 3B7VA 3PSGA 5P0HA 3OQ7A 5DGWA 5OZAA 4ZLSA 1HVIA 3UDJA 4B05A 3S7LA 1ZTZA 1HPOA 3KMYA 3VYDA 1KJHA 4F74A 5OZEA 5E5JA 4AA8A 3G70A 5P3CA 1K2BA 1DP5A 2OHPA 3GGUA 4GJDA 2ER7E 3QVCA 3IAWA 5OZ8A 8HVPA 4IVSA 1YX9A 1LEEA 5P7IA 3IN3A 5P2CA 5P89A 2WL0A 5P7GA 4Y4GA 2ZJNA 3ZKMA 4CP7A 3OU1A 3FX5A 5OYUA 3UDQA 4BEKA 4CPRA 3S56A 5AH9A 3PEPA 5P1AA 2QNNA 5I3XA 3PMYA 3S2OA 5COKA 2ZGAA 4A6BA 4L7HA 3URJA 3NYGA 5P7QA 3K5CA 5P5LA 4GJBA 4I1CA 2ZE1A 2P3BB 2OHTA 1APTE 4ZIPA 2HIZA 4DJUA 4YCTA 3WZ8A 2QD7A 3OU4A 4QJ2A 1MSNA 5P0SA 4TVGA 2PK5A 2VIJA 3SO9A 2F3KA 1D4SA 2G1SA 4AZYA 1TW7A 2VJ6A 5P0RA 2IGYA 3OU3A 4EJLA 3SACA 1IDBA 3OGPA 5P8BA 2QI0A 4I0ZA 5P2KA 3F9QA 3KMXA 3SFCA 1SBGA 2J9JB 1HTFA 5DR7A 4K9HA 2V13A 3EC0A 2AOIA 2JYSA 4QJ6A 4D83A 4X2LA 4OBGA 4EXGA 5C9DA 4Y4DA 3KFSA 5HCTA 1G6LA 4OBJA 3OQFA 1BDRA 5P6AA 1FFFC 3SKGA 3L59A 1HSGA 1W6IA 2R3TA 4Y58A 3RVIA 5P3BA 3OUBA 4RVXA 2JJJA 3SA9A 3GW5A 5P2TA 3Q70A 5P4NA 1EPRE 1BVEA 5P4HA 4BFDA 5P3EA 1ZJ7A 4ZPFA 5P0EA 5P7PA 1DPJA 5P86A 5P01A 1AAQA 1M4HA 2FDPA 3VYFA 5JFPA 5I3WA 2F80A 3CKTA 5P3VA 5P4DA 4Y4AA 5AH6A 4YBFA 4D88A 4FM7A 5P0TA 1ENTE 5P4SA 4R92A 4YOBA 3HAUA 3UQPA 1B6KA 3OHHA 1B5FB 4XKXA 1ZPAA 5P1BA 1YM2A 1EPNE 1QBSA 1TSUA 2O4KA 3VV8A 2AOHA 3UFLA 4I0FA 4Y36A 3GI6A 1C70A 1G35A 4AUCA 5HDXA 3K1WA 3EKPA 5P6QA 3INEA 5P46A 1A9MA 3SA6A 4J0PA 3AIDA 4F75A 3Q5HA 4I0JA 4X7IA 1SGUA 2BBBA 3LPIA 5P53A 5P4RA 5P2DA 4CMSA 4L6BA 1W5YA 4FSLA 1QBTA 5P6IA 4A6CA 2AOEA 4DJRA 5P0GA 5P7LA 5P4TA 1Z8CA 4Y4ZA 5OYYA 1FG6C 3CYWA 2FXEA 3OTYA 4QJAA 2JE4A 4DJYA 4DQFA 1UPJA 9HVPA 1MERA 1C6YA 5P2MA 4YD3A 1EPME 5KOSA 3SAAA 2FXDA 5P07A 5P50A 3MSKA 2AVOA 5P4JA 2HC0A 1FQXA 1FGCC 3QPJA 5EZXA 3L3AA 1BWBA 4Y5CA 1B6MA 3NDXA 3S43A 1KJFA 5ENKA 3WB4A 5AGZA 2WEZA 3DOXA 3OY4A 1A8KA 4I0GA 5KOQA 5OZ7A 5P8RA 4Q1XA 2QMFA 4Y43A 5J25A 4Y3JA 4B1CA 2HPEA 5P5NA 5OYZA 4ZSQA 3UF3A 1DAZC 5IVTA 4FCOA 1B6JA 4Y3MA 3H0BA 5P25A 5P09A 5P83A 4EPJA 1Z1HA 5AHAA 3NXNA 1K6CA 3ZKGA 3ER3E 2WF1A 5P44A 4H3FA 1FQ5A 3K5DA 5OZQA 1SDUA 3LPKA 2QNPA 5P8CA 5P64A 1KJ4A 3IXKA 1BXOA 3FNTA 4I0HA 3LHGA 1MVPA 4Y57A 4EQ0A 1LYAA 4DQBA 5P3GA 3SA8A 4Y35A 2G27A 2AVMA 2QHCA 4CPTA 5P84A 2R5PA 4RCDA 4J55A 5OZ5A 2NXMA 1ZBGA 5P5CA 1OEWA 5P2QA 4YHQA 5P1NA 1YM4A 5P02A 2WHHA 4Z4XA 4YCKA 3G72A 3HBOA 3A2OA 3I25A 4Y5MA 5OZDA 3BGCA 1N49A 4Z2ZA 5P30A 4NPUA 5P61A 3PI5A 3T3CA 4Y3YA 2FLEA 1SMRA 4FRJA 5P41A 2QHYA 4PYVA 7HVPA 5P39A 5P4IA 2BJUA 5AHBA 3QN8A 5P4CA 4PPHA 5JFUA 1QBRA 2G1NA 2H6SA 4K4RA 4S1GA 5P1TA 1GKTA 2V16C 1BILA 4FAEA 5P10A 2B8LA 5P33A 2P3AA 3LIXA 3R1GB 4EJDA 1WBKA 5OZOA 5P81A 4DH6A 4Y9WA 5T4SA 5P37A 5OZVA 4EP2A 3L58A 2VA7A 5P34A 4I0DA 4ZE6A 2OHQA 1SDVA 4MC6A 2O4PA 4OC6A 4Y3FA 3ZPUA 4OBHA 3SA4A 5ENMA 5I70A 1GVUA 1LF4A 5P5XA 2FDDA 5P5DA 5IVRA 5ISJA 4HEGA 3JW2A 5P4MA 3GI0A 4A4QA 5P5PA 1MESA 3IVHA 3SM1A 1QS8A 2ZHTA 1ZSRA 3L5FA 4GB2A 1IVPA 2QAKA 5OZGA 5DQ5A 4ER4E 2BPYA 1PPKE 2FIVA 3CIBA 1ODYA 5P4GA 3EKWA 1KJGA 1NPWA 5P7YA 3PB5A 3O9LA 1HVKA 3EM4A 3QBHA 2RSPA 2Q3KA 2AVQA 4U7VA 5BRYA 5P05A 3OUAA 4Y3WA 1EC0A 2ER0E 4PHVA 1ZAPA 3SQFA 3FSMA 5P78A 5BS4A 5P1FA 4KE0A 3QAAA 5P48A 1EBWA 1K6TA 5P71A 3HLOA 5P79A 1UH7A 1XS7D 3Q3TA 1IIQA 5P82A 5P8OA 1A8GA 5P0MA 5P3MA 5P13A 1BBSA 1FFIC 4J0YA 5P2HA 3ZL7A 5P1GA 1EPPE 6FIVA 5P5RA 1JLDA 2BQVA 3FIVA 5P2XA 1Q9PA 3H5BA 3UDRA 2HB3A 5IVQA 2FMBA 5P26A 5P40A 4LBTA 5P1UA 5P68A 3TOGA 3BVBA 5DR4A 5P66A 1ZSFA 3GGXA 1LYWA 3NUJA 4ACXA 5P2SA 5P36A 1HOSA 3ZLQA 1FMBA 2V12C 4NJTA 5P6LA 4CPQA 3S7MA 4Y51A 5P88A 3SA5A 4PZXA 3LZYA 3RSVA 4GYEA 2B42A 5P6BA 4MC9A 5AH7A 3D1XA 5HU0A 3BC4A 3R2FA 3L38A 5P3AA 5P45A 5P0DA 5HVPA 4LC7A 3OQKA 2V10C 3VCMA 1MUIA 4Y5NA 1D4YA 5P73A 5P6JA 4ER2E 4FAFA 5OZ0A 3NDTA 5P1CA 4FM8A 2VIYA 3EL9A 1APUE 3QBFA 4FE6A 3VEUA 1EPOE 2BPXA 5APRE 3IN4A 4Y47A 4F76A 2I4XA 1HVLA 4GZFA 4CKUA 2OHLA 4YE3A 4L1AA 4DQGA 1YG9A 5OZJA 3D3TA 5KAOA 4QLHA 1DIFA 3D91A 5P60A 3RU1A 4XXSA 4B70A 1W50A 5P4WA 5P1SA 3INHA 3SA7A 1F7AA 4DJWA 3OADB 1FEJC 5P7NA 5P8TA 3INDA 3B80A 1IZEA 4OBZB 5P8IA 2ZHUA 5P8LA 2I4DA 1FIVA 4I10A 3RSXA 3U6AA 4YD5A 2FNTA 3IA9A 3HW1A 5P0XA 4JPCA 2IS0A 1YTIA 2ZHSA 4YD4A 5C9BA 5P67A 5P1YA 1ME6A 3IVIA 2NMZA 5P77A 1MT9A 2Q54A 4CPSA 2FDEA 4EYRA 5HDZA 5P5YA 5P5OA 2FS4A 3O9CA 4KB9A 5P8HA 5COPA 1HPXA 3S53A 5AH8A 5P3RA 4J0VA 5P3JA 2QI7A 5KQZA 4Y48A 4Y41A 4DV9A 5P57A 4TVHA 5P3LA 3BUFA 5HE5A 5P8MA 5P6TA 5P8VA 1D4LA 3U71A 4Y5EA 2AODA 1ODWA 2IKOA 3BVAA 4Y4EA 1T7IA 1J71A 5P0WA 4GIDA 1AZ5A 5P2RA 1W6HA 4YCYA 3C9XA 3NDWA 4FIVA 5OZMA 2IL2A 2HB2A 3U7SA 1HXBA 5P29A 1DW6C 4J17A 5P8FA 4UPJA 4HDBA 5P4AA 5DR3A 5P3HA 5KQFA 3OADA 4Y39A 4NPTA 1XN3A 5P8KA 5P2ZA 4OBZA 3T11A 4Y3LA 3JVYA 5P54A 5P1PA 3OXXA 5OZUA 2B60A 3T7PA 1K6VA 4Y5GA 1SP5A 5P11A 3FV3A 4J1HA 3NWXA 1IZIA 2G1YA 2HM1A 2IDWA 2J9KA 1D4JA 3WZ6A 1FQ6A 2QHZA 1HTEA 2VIZA 1EEDP 2I1AA 3S54A 5P5ZA 6APRE 2BKTA 5P7SA 1D4HA 2I4UA 1HVSA 3VFAA 4NJVA 1LZQA 2O40A 5P32A 3QVIA 5P3XA 2PWRA 1QRPE 5P2EA 2PQZA 5P7JA 3OXVA 5P38A 3HZCA 1MT7A 5OZRA 3HVPA 3M9FA 2Q11A 2ER6E 3K4VA 3T6IA 4RROA 3TL9A 4Y37A 4LAPA 1TZSA 1DMPA 2QI5A 4NJUA 2PSVA 5OZ1A 5P0IA 2P3BA 5P7XA 3OXCA 3PBZA 5P3NA 4J1KA 1MSMA 5P3ZA 3S8IA 1AJXA 1YTGA 1RNEA 3BGBA 1HSHA 2WEDA 3NXEA 4LHHA 5P3KA 1ZPKA 5P2VA 1XDHA 1EBKC 5P1XA 5P76A 5OZWA 3L5EA 2QU3A 5P1DA 4EP3A 2Z54A 4I8WA 2QI3A 5P62A 1IZDA 2V0ZC 4GMIA 5OYTA 3APPA 3EL5A 5P3IA 4H1EA 5P6VA 1GNNA 4Q1NA 4B77A 1GVTA 2PH8A 2XYEA 5P5SA 3ZPTA 2J9JA 3KF0A 4Y50A 1APWE 2OHSA 5P06A 4Y4UA 2G1OA 3URIA 4AMTA 4YD6A 1FQ8A 2VJ7A 3URLA 4RRNA 1K6PA 2QMGA 4YBIA 1VIJA 2HAHA 4R5NA 4U7QA 3TPRA 1EPQE 3LPJA 5ER2E 2AOFA 4WY6A 3CMSA 5P23A 1EC2A 1EC1A 4LP9A 5P35A 5P6CA 3UFNA 2R9BA 4HA5A 5P8UA 4FRKA 2RENA 5CLMA 3PCZA 5P7EA 4B78A 1IBQA 2O4LA 2O4NA 4DJVA 4J54A 5P70A 3CICA 4Q5MA 4GJ6A 4OBFA 5OZ3A 5P2IA 5P24A 2RKFA 5P1RA 2H6TA 1G2KA 3O9DA 3OTSA 1ZLFA 2QMDA 5P2JA 4TRWA 5P0PA 5P0BA 5AHCA 3OUDB 3ZKQA 3VYEA 4Y4XA 2OHRA 1MIQA 4XX4A 4J1FA 2NTRA 2IQGA 5P00A 1EBYA 3EBZA 1FB7A 2JXRA 1B5FA 5P4ZA 5C9FA 1CMSA 4ZSRA 4Z22A 2XYFA 2NNPA 4K4QA 4Y3AA 5P6RA 2EWYA 1IDAA 4J0TA 3CYXA 1TCWA 1K1TA 3FNSA 5P1LA 2R3WA 5P4VA 5P3YA 3TH9A 5P6YA 5P75A 2ZJIA 3OK9A 1E5OE 3PI0A 4OD9B 3UHLA 3PLDA 2G94A 5KR1A 5JG1A 4H3GA 4NKKA 3S85A 1LYBB 5B18A 2P3DA 4Y44A 5P4KA 2AZ9A 2VIEA 5OZKA 4Q1WA 1HSIA 5P8JA 1C6ZA 5P2BA 5P5AA 2NXLA 5P8NA 5P18A 4BFBA 5IE1A 3EKVA 3IGBA 3K5FA 1TQFA 2OF0A 3RTNA 3EM6A 1E82E 3EKYA 1NH0A 5P7FA 3LZVA 2A1EA 3D1ZA 3KYRA 2FGVA 3KN0A 3OQDA 5P56A 3PLLA 3IXJA 3NSHA 4M8XA 2G1RA 4Y56A 2HB4A 5P22A 2UXZA 4Y3SA 5P1EA 1SDTA 5IVSA 1FLHA 3FKTA 4BELA 5P4YA 5P2WA 4Y6MA 3TLHA 5P5IA 2PMAA 3EKTA 3TPLA 3DJKA 1FQ4A 5OZZA 4CPXA 2HS1A 2ER9E 4QJ9A 3LIQA 1G0VA 1RV7A 3DM6A 5HD0A 3QRMA 5P04A 1UH8A 5OZNA 5P2AA 5I3YA 2R5QA 3MXEA 2IEOA 4FSEA 1EAGA 2Q15A 5P3UA 4DJQA 3L5BA 5P4QA 5P8PA 1MPPA 2AOGA 4HE9A 4N00A 1HVRA 5P12A 2QK5A 4PEPA 2I4WA 5P7UA 2O4SA 4H3JA 5KQYA 1RQ9A 1LV1A 3DV1A 2IENA 5P8AA 5P2YA 5I3VA 1B11A 3VFBA 5P43A 1D4IA 4B00A 3O9HA 1GVWA 4Y4JA 3TPPA 3KFNA 4Y3NA 5P1WA 5P20A 1KZKA 3EMYA 4DPIA 3PBDA 4GJ8A 1HIHA 5P6PA 5P6FA 5P27A 2BPVA 3T7QA 3NWQA 4HDFA 1SMEA 3BRAA 3HVGA 5F00A 4RZ1A 2VKMA 5P4XA 5P2UA 3BXRA 2AZ8A 2AOCA 2NMYA 3UDNA 3UTLA 4EHCA 4JP9A 2G20A 3O9GA 1K1UA 4DJXA 1BAIA 5OYSA 2AVSA 2AZCA 1AVFA 5P42A 4PZWA 2R38A 4D85A 4HZTA 1GNOA 1HWRA 5P4UA 3O9BA 1B6LA 4B72A 4Y54A 3AUPA 1HBVA 3WSJA 4ZSPA 3R4BA 3PMUA 4JOOA 3D20A 1UH9A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AZB A;  3GGV A;  5P7D A;  2ZJH A;  2QZX A;  3OUC A;  3HAW A;  5ER1 E;  3B7V A;  3PSG A;  5P0H A;  3OQ7 A;  5DGW A;  5OZA A;  4ZLS A;  1HVI A;  3UDJ A;  4B05 A;  3S7L A;  1ZTZ A;  1HPO A;  3KMY A;  3VYD A;  1KJH A;  4F74 A;  5OZE A;  5E5J A;  4AA8 A;  3G70 A;  5P3C A;  1K2B A;  1DP5 A;  2OHP A;  3GGU A;  4GJD A;  2ER7 E;  3QVC A;  3IAW A;  5OZ8 A;  8HVP A;  4IVS A;  1YX9 A;  1LEE A;  5P7I A;  3IN3 A;  5P2C A;  5P89 A;  2WL0 A;  5P7G A;  4Y4G A;  2ZJN A;  3ZKM A;  4CP7 A;  3OU1 A;  3FX5 A;  5OYU A;  3UDQ A;  4BEK A;  4CPR A;  3S56 A;  5AH9 A;  3PEP A;  5P1A A;  2QNN A;  5I3X A;  3PMY A;  3S2O A;  5COK A;  2ZGA A;  4A6B A;  4L7H A;  3URJ A;  3NYG A;  5P7Q A;  3K5C A;  5P5L A;  4GJB A;  4I1C A;  2ZE1 A;  2P3B B;  2OHT A;  1APT E;  4ZIP A;  2HIZ A;  4DJU A;  4YCT A;  3WZ8 A;  2QD7 A;  3OU4 A;  4QJ2 A;  1MSN A;  5P0S A;  4TVG A;  2PK5 A;  2VIJ A;  3SO9 A;  2F3K A;  1D4S A;  2G1S A;  4AZY A;  1TW7 A;  2VJ6 A;  5P0R A;  2IGY A;  3OU3 A;  4EJL A;  3SAC A;  1IDB A;  3OGP A;  5P8B A;  2QI0 A;  4I0Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3BUG A;  5SXN A;  3I8W A;  5P69 A;  3MXD A;  2PYN A;  3PSY A;  3LIY A;  4Y3X A;  4RVJ A;  5SZ9 A;  1PSN A;  1LYW B;  5P8D A;  3L5C A;  2WEB A;  1ZP8 A;  4YDG A;  5P4E A;  1GVV A;  1TCX A;  3I6O A;  5P72 A;  1NPV A;  3SLZ A;  4U8W A;  3RTH A;  1APV E;  4GJ7 A;  1BIM A;  2WEA A;  4Y3Z A;  3I2L A;  4I0I A;  5P7Z A;  4DQE A;  5P59 A;  5P1O A;  4HLA A;  5HTZ A;  1PPL E;  3WZ7 A;  1W51 A;  1D4K A;  2G24 A;  4DQC A;  2Q63 A;  4MC1 A;  5P7A A;  3TOF A;  3CID A;  4Y5L A;  5P7K A;  2OHN A;  2XFI A;  3UPJ A;  5DQ4 A;  2QMP A;  1BXQ A;  4DUS A;  1KJ7 A;  4E43 A;  1HEG E;  2CEN A;  3K5G A;  3VSW A;  3QIH A;  3VSX A;  4Q1Y A;  1HRN A;  3KM4 A;  1MTB A;  4L1A B;  4OBK A;  4L7G A;  1EPL E;  2ZJL A;  2IRZ A;  5P6E A;  3OGQ A;  5KR8 A;  2VNM A;  3MSL A;  1SGZ A;  3LZS A;  1HTR B;  5HE4 A;  5P03 A;  3BXS A;  4HVP A;  3EKX A;  5P6O A;  2ASI A;  4YA8 A;  4CPW A;  2QNQ A;  5JOD A;  3GI5 A;  2PK6 A;  1LF3 A;  5P5U A;  2VA6 A;  5HDV A;  5P5Q A;  5P2N A;  1T7J A;  3T7X A;  5P14 A;  1EBZ A;  2ZHR A;  4Y53 A;  5OZX A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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