3SABA

Crystal structure of wild-type hiv-1 protease in complex with af78
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Protease Inhibitors that protrude out from substrate envelope are more susceptible to developing drug resistance
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3sabA00
4RCEA 1EBYA 5COPA 2Q64A 2PYNA 5P5RA 3OY4A 3CKPA 5P2SA 1HVHA 2CEJA 3L5DA 2I0AA 4YE3A 5P6TA 4B00A 3LIXA 2WF2A 3ZPSA 2A4FA 3FNUA 1RV7A 1FKNA 2QHCA 3GW5A 1VIJA 4CPQA 2JXRA 1KJFA 5KQZA 2I4VA 3QROA 4I0EA 4R93A 4YCTA 2WEZA 1QS8A 1MSNA 2O4KA 4AA8A 3WZ6A 2ASIA 3PWRA 5ER1E 5F01A 3LZSA 5P2YA 2R9BA 2I0DA 1FQ8A 3F9QA 4QJAA 4JOOA 5OZYA 5P7KA 3SM1A 4QJ2A 2F3FA 3LPIA 3OOTA 4ZIPA 3UFNA 3GGXA 7UPJA 3UQXA 1G0VA 3LZYA 2UXZA 2NR6A 3C9XA 6APRE 3OADB 4RRSA 5P4UA 5IVSA 2OF0A 3EKVA 4Y3WA 1K6TA 3INEA 1W6IA 3O99A 5P5KA 3ER3E 1LS5A 1LEEA 2P3BB 4I0ZA 3EMYA 4U7QA 1A8KA 2H6SA 5P82A 3NDWA 2XYEA 2HB2A 2ZDZA 2AZ8A 3MSKA 5P2GA 2O4NA 5P0SA 2RKFA 2ZHSA 1M43A 2FDEA 5P4EA 3NU4A 3U7SA 4I12A 5AH7A 4RCDA 5P6EA 2EWYA 4YHQA 5P13A 2I4XA 1ODYA 5P7JA 4OD9A 4Y48A 5P47A 5P35A 2VIJA 2WEBA 2QK5A 3VLAA 4ZSRA 1EPRE 2VIEA 2NMYA 4QJ8A 4YCYA 3HDKA 5P46A 3SA3A 2ZHVA 2QI3A 3IGBA 5P0EA 3VEUA 3FKTA 1BDRA 5P09A 3HW1A 5P2LA 1YX9A 3KFSA 5OZVA 4DJWA 1NPVA 1GNNA 3LZUA 3OAGA 5P5HA 1FLHA 3FNSA 3OXXA 3EM6A 2FLEA 5T4SA 4L1AA 3SA4A 1IIQA 4EXHA 5P5JA 1W5WA 5P8NA 2QD6A 4D85A 1C6ZA 5P5MA 5P8PA 1MT7A 2CEMA 3OHFA 5KQFA 5P7NA 4N00A 3ZPUA 5P25A 5P8JA 3QP0A 3T11A 5ISKA 2G26A 1FMXA 4Y3FA 4DVFA 4Y3RA 4GJBA 3QBHA 4MC6A 1HXWA 6UPJA 5DR7A 5P1KA 1HVIA 1WBKA 4WTUA 3QVCA 4S1GA 4Y5GA 2B7ZA 2QNPA 1YM2A 5P4NA 4FRKA 3HVGA 1FQ5A 3S43A 3K5DA 2PWRA 4NJVA 5P02A 2I4WA 2Q54A 5P7AA 5P3IA 4ER1E 1Z1RA 5P8BA 4F73A 1B6KA 5P75A 5P7UA 1MESA 4WY6A 5P3WA 1G35A 5P2FA 3NR6A 3NU6A 1FGCC 5OZDA 2QI6A 3Q5HA 3D1YA 3T7XA 5P8GA 4Y3XA 4UPJA 3HD8A 5OYYA 1GVWA 5P36A 3TTPA 5KR2A 5P43A 5P8DA 3CYWA 5P1CA 5P0BA 2PSVA 3PB5A 5P6NA 3PHVA 4Y45A 1RL8A 4YD5A 4I10A 2Z54A 2QMDA 4RLDA 3GGAA 5OZ5A 5P5AA 4Y47A 2HIZA 1AJXA 5OZZA 5P3OA 4DJXA 3UDNA 1SGUA 4J0TA 5HDXA 4J17A 2FXEA 4CMSA 3IXJA 1HVJA 5P7EA 5PEPA 3ZKSA 2HPFA 2QMPA 3UHLA 1LYBB 4H3FA 4FL8A 4XX4A 5P70A 5P44A 5P08A 1K6PA 5P6BA 1QDMA 2H6TA 3DM6A 1XS7D 2Q15A 1FQ6A 3IA9A 2QMFA 3RTHA 4Y54A 3L38A 3S56A 4B1CA 3T7PA 1MPPA 2J9KA 3QPJA 5P20A 5P26A 1MTRA 4Y3ZA 1HBVA 1CMSA 1TCXA 5P3DA 4IVTA 2FIVA 5P4MA 3SQFA 1APWE 4FIVA 1EC0A 1M4HA 4Y51A 1A8GA 3TKGA 3R0WA 3TPLA 5P68A 2OAHA 1Q9PA 3KT5A 2O4PA 5P7FA 1WKRA 3R2FA 3NU5A 5P3CA 1HSGA 4RZ1A 4Q1WA 5P67A 3QN8A 4LXAA 4TRWA 1HXBA 5P4OA 5P3MA 5OYRA 3PSGA 3NDTA 2QI5A 3L5FA 3EBZA 5OZ8A 1FFFC 4J0PA 1MRXA 4Q5MA 2V16C 5P1IA 4ER4E 2B8VA 4Y4TA 2G24A 5P3UA 1WBMA 3S45A 1PFZA 3HVPA 5P50A 3ZKQA 2IENA 3BC4A 5OZ1A 3LHGA 1FF0C 5P4KA 1ZPKA 5SY3A 3TKWA 4Y5LA 1IBQA 5OZEA 4CPWA 4DPIA 3R1GB 4B1DA 5P3ZA 2XFIA 4LL3A 2V11C 3NXEA 3INHA 4DUSA 6FIVA 1HTEA 2BBBA 2OHMA 4Y38A 5HU0A 5P1MA 1HSHA 5P0QA 2NTRA 5P1BA 1LF3A 4A6BA 3S8IA 4H3GA 5P4WA 4DQGA 5P62A 2HS1A 3VYFA 5P6PA 3OU1B 5OZ9A 2P3AA 2F81A 4X7IA 3S85A 5KR0A 2VJ7A 5P8SA 5OZRA 5J25A 5OYSA 3DV1A 2QZXA 4FS4A 1W6HA 3UTLA 2RSPA 5P8KA 3O9IA 4Y3TA 4J0ZA 1AAQA 1EPQE 5P4TA 3EM3A 3ZL7A 2BPVA 4Z22A 4L7HA 5DQ2A 5P7SA 3NLSA 4YD4A 5P8AA 5ER2E 2PK5A 4DJYA 3HLOA 3EKPA 5P5FA 5ENMA 5P72A 3IXOA 4CPRA 3OTSA 3HAWA 5P3GA 5AH8A 1TCWA 1RPIA 4FRSA 2FDDA 2Q11A 3WB4A 1FIVA 4GIDA 3NXNA 1SDUA 4M8YA 1HPXA 5P5QA 3SKFA 1XDHA 2ZJJA 3DCRA 3DK1A 1YTHA 4GZFA 4HA5A 4H3JA 4OBKA 3RTNA 4ZSQA 5HVPA 2QAKA 5P55A 3L5BA 1D4KA 1AM5A 2BPWA 5P49A 2IDWA 3ZPTA 1D4LA 4TRZA 5P7QA 4AUCA 5P8OA 5F00A 1MUIA 4YD7A 5P2TA 2FMBA 4HE9A 3GGVA 4F74A 1ZJ7A 2ZYEA 2PH6A 2HB4A 3VV8A 1KJHA 3OQAA 2AOIA 5JFUA 3BUGA 2G1NA 2PYMA 5P7GA 3EL1A 4NKKA 5P6JA 3MXEA 5P6YA 1OHRA 3PBZA 3PLDA 5P1RA 1JLDA 3K4VA 1ZSRA 3OUCA 5HE7A 3IN4A 5HE4A 1FG8C 3TOFA 1D4YA 4FSEA 1HVSA 5P23A 1MIQA 1XN2A 2IKOA 4JPCA 5P7CA 5P5UA 4ZPEA 5P6IA 4Z2ZA 2PK6A 2VKMA 1FB7A 4GJ7A 4GJAA 5KOQA 3LZVA 5P14A 5P8CA 4B1EA 2HB3A 3TPPA 1W5VA 1HVKA 5P3KA 5P0IA 1YTJA 5I3VA 5P61A 4AA9A 1ER8E 5P29A 4EP2A 1XE6A 4OC6B 5P4LA 4RROA 1N49A 1LZQA 5DQ1A 3SO9A 2BJUA 2QI7A 5P59A 3UPJA 5P7VA 3U6AA 1VIKA 5EZZA 1RQ9A 4CPUA 3URJA 4OBGA 1YM4A 5P4VA 1GVXA 5P51A 1LYAA 4DJPA 2OHKA 5OZQA 5P1ZA 5P0JA 5P2JA 4Y53A 1MEUA 5TOLA 1UH8A 5OZ4A 2RMPA 3NU3A 3ZKIA 3QVIA 3WB5A 2RKGA 4U8WA 5P6KA 3OGQA 1HHPA 3GI4A 3WZ7A 1DMPA 2G22A 5P18A 5OZLA 4LAPA 1TW7A 3SABA 3VUCA 5P0KA 2XFJA 1A30A 5P7BA 4DQFA 5P2VA 1YTGA 5P54A 5HU1A 4Y44A 5P3TA 4Y3GA 2FDPA 5P00A 1HTRB 3BVAA 1EPNE 5HE5A 2XYFA 2QD8A 2IQGA 5P6UA 2B8LA 5APRE 3EKQA 4Y5EA 2IKUA 1DW6C 2HM1A 5CLMA 5ENKA 2I1AA 2VJ6A 4I0JA 2AVVA 1T7JA 5DR1A 3VG1A 3SFCA 3TL9A 3ZLQA 4OBZB 5P6CA 3FX5A 3QAAA 4MC2A 1E80E 3CKTA 4GJ6A 4ZPFA 1TSUA 1PPME 3R4BA 1FQ7A 2PC0A 1YG9A 5P4BA 2P4JA 5P3HA 3SLZA 1ZAPA 5P42A 5P89A 1C70A 1SMRA 5P87A 4JECA 5P5BA 5OYZA 4DQEA 2HAHA 3PBDA 1HPSA 5P8FA 2QD7A 5OZSA 3TNEA 1SMEA 2BQVA 3OUAA 5SY2A 3B7VA 4J1EA 5P0NA 3UCBA 1HEFE 1META 4FLGA 5P7XA 3BGBA 1K6CA 4HDFA 5P3EA 5P5TA 1B6JA 1LF2A 4K4PA 1MTBA 3OQDA 3NSHA 5P6OA 4ER2E 5E5KA 1J71A 3I8WA 1EEDP 3VF7A 1GKTA 3D20A 1CPIA 3IVHA 5OZXA 3VCMA 3SA6A 3JVWA 1ZPAA 4D8CA 3RU1A 2ER6E 4OBHA 4NJSA 1TQFA 1APUE 2APRA 3T6IA 3T7QA 3SM2A 4B78A 1LYBA 2BB9A 4X2LA 5HD0A 5COOA 4DQHA 4EQ0A 5P8IA 5P71A 3PWMA 4FRIA 3KA2A 5P32A 5P6ZA 4Y3DA 5C9FA 5CONA 5UPJA 2XFKA 4D89A 2PH8A 5P2MA 2FS4A 5P8UA 3VFBA 2P8HA 5P0FA 4A6CA 4R8YA 3VFAA 5P1VA 3OK9A 4DV9A 5P5EA 5BWYA 5P6LA 5B18A 2BKSA 5P6VA 1CZIE 3KF0A 3CKRA 3LIVA 3Q70A 2CENA 1UH9A 2G1OA 4Y58A 3O9HA 5KAOA 1E81E 4XXSA 2VA7A 3SA7A 3UFLA 2ER0E 1RNEA 1OD1A 3CIDA 5P3VA 4YBFA 4OBJA 5P3RA 2V13A 5P7YA 3NU9A 3ECGA 3DJKA 3S2OA 1ODWA 5OZ0A 2JJJA 2IGYA 1YTIA 2O40A 5COKA 5OZKA 5P78A 3TLHA 3UDHA 2OHRA 5P1GA 3M9FA 5P85A 4B72A 1FG6C 5P01A 2ZJIA 2QP8A 1SDVA 5P63A 2FGUA 4YA8A 5DGUA 5P34A 2JJIA 5P0OA 4DJOA 5OYVA 4Y57A 2ZHUA 5P2XA 2NNPA 5P4PA 5P6FA 1SH9A 1B6LA 3PI5A 5JG1A 4B0QA 3ER5E 5P6XA 2AVOA 3OTYA 4EXGA 5P06A 4Y37A 5IE1A 5OYQA 5ISJA 4K9HA 5OZWA 2HC0A 4FE6A 3NWQA 5P0UA 3GI5A 4R92A 4ZLSA 1LYWA 2R3TA 5P6QA 5P17A 3LITA 3FIVA 3Q4BA 5DQCA 4Y50A 1DPJA 4LXKA 2NNKA 3U71A 2WEDA 3PVKA 3OU1A 8HVPA 1T6EX 2WECA 3SKGA 4RRNA 5P56A 3MWSA 2QI0A 5SZ9A 5P1OA 5P4IA 4FCOA 4GJDA 3LINA 3VSXA 3OAGB 4Y56A 4F75A 1PPKE 5P5XA 5SXNA 5P5CA 2VIYA 3LIYA 3I7EA 3L59A 4L1AB 4ACUA 4Y3MA 3TOGA 2NMZA 3BXRA 4Y5BA 5P27A 3PI0A 1NH0A 2WF1A 4Y3NA 5P2EA 3APRE 1G6LA 3FV3A 5OZBA 4BFDA 5P7LA 4YOBA 4J1CA 1HSIA 1EC2A 4R91A 4QJ9A 5DPZA 3FSMA 2VA6A 4Y4DA 1BDQA 1Z1HA 3K5GA 5OZAA 2OHQA 5P4RA 3ZMGA 1NPWA 1APTE 1DAZC 2BPYA 3RSXA 3HBOA 5P4FA 4LC7A 3VYEA 1K1TA 3NDUA 3IVIA 5HDVA 4J1FA 4R5NA 1HIHA 1HPVA 4HLAA 3OGPA 1SBGA 3H0BA 5P88A 2OHTA 2AZ9A 5P4DA 5P6AA 4CP7A 3EKWA 5P57A 3RVIA 4I0HA 5P1WA 4BEKA 4K4QA 3BVBA 3KYRA 5P8VA 5I70A 5P0ZA 5P5SA 4ZE6A 4EJLA 5DQ5A 3INFA 4LBTA 2J9JA 5P2RA 3BXSA 1UPJA 4Y4XA 2Q5KA 4Y3PA 3QRSA 4EJDA 2FNTA 4LHHA 2P83A 1MSMA 4Y35A 4YD3A 1HIVA 3EXOA 4QGIA 4Y4GA 3JVYA 3AUPA 5OZHA 4DH6A 1B6PA 2G1YA 2FGVA 4FRJA 1IVQA 5IS4A 2WEAA 5P0AA 4CPXA 5KR8A 4L7JA 5KR1A 3BHEA 4Y3QA 4COEA 3CICA 4Y5KA 5P7TA 4WY1A 3OUDA 2PWCA 4Q1YA 1TSQA 4YDGA 2HPEA 2I4QA 2VNNA 5P6GA 2Q63A 3ZKNA 2VA5A 4PYVA 4Y4UA 3PM4A 4YBIA 5P7MA 3OQFA 1KZKA 3OWNA 2QCIA 3KDBA 4U7VA 5P1QA 1EC3A 3PMUA 4M8XA 1C6XA 5OZPA 1KJGA 1MT8A 5P0RA 2B7FA 1BWAA 5P24A 1K2BA 3L3AA 5P0GA 4B70A 5DGWA 3KT2A 3LIZA 5P15A 5P5ZA 2QNQA 2QZLA 1DP5A 5OYWA 1FMBA 5P4XA 2ZJHA 1SGZA 2OHSA 3NWXA 3NUJA 5P19A 5P7HA 4GJCA 1SDTA 4YCKA 5JFPA 4Y5MA 5P2OA 3RTMA 2V00A 4CPTA 2V10C 3UQWA 1NPAA 5P8HA 5P6HA 5P0CA 3HAUA 5P2QA 5EZXA 5P7WA 4PPHA 4I0DA 5OZMA 3TOHA 5P74A 5P1PA 5P5LA 5P48A 5HDUA 4R95A 5DR3A 3UQRA 2ER9E 4AMTA 5P8MA 1QBUA 3PWWA 4Y39A 5P37A 2PMAA 5P8EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RCE A;  1EBY A;  5COP A;  2Q64 A;  2PYN A;  5P5R A;  3OY4 A;  3CKP A;  5P2S A;  1HVH A;  2CEJ A;  3L5D A;  2I0A A;  4YE3 A;  5P6T A;  4B00 A;  3LIX A;  2WF2 A;  3ZPS A;  2A4F A;  3FNU A;  1RV7 A;  1FKN A;  2QHC A;  3GW5 A;  1VIJ A;  4CPQ A;  2JXR A;  1KJF A;  5KQZ A;  2I4V A;  3QRO A;  4I0E A;  4R93 A;  4YCT A;  2WEZ A;  1QS8 A;  1MSN A;  2O4K A;  4AA8 A;  3WZ6 A;  2ASI A;  3PWR A;  5ER1 E;  5F01 A;  3LZS A;  5P2Y A;  2R9B A;  2I0D A;  1FQ8 A;  3F9Q A;  4QJA A;  4JOO A;  5OZY A;  5P7K A;  3SM1 A;  4QJ2 A;  2F3F A;  3LPI A;  3OOT A;  4ZIP A;  3UFN A;  3GGX A;  7UPJ A;  3UQX A;  1G0V A;  3LZY A;  2UXZ A;  2NR6 A;  3C9X A;  6APR E;  3OAD B;  4RRS A;  5P4U A;  5IVS A;  2OF0 A;  3EKV A;  4Y3W A;  1K6T A;  3INE A;  1W6I A;  3O99 A;  5P5K A;  3ER3 E;  1LS5 A;  1LEE A;  2P3B B;  4I0Z A;  3EMY A;  4U7Q A;  1A8K A;  2H6S A;  5P82 A;  3NDW A;  2XYE A;  2HB2 A;  2ZDZ A;  2AZ8 A;  3MSK A;  5P2G A;  2O4N A;  5P0S A;  2RKF A;  2ZHS A;  1M43 A;  2FDE A;  5P4E A;  3NU4 A;  3U7S A;  4I12 A;  5AH7 A;  4RCD A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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