3SAFA

Crystal structure of the human rrp6 catalytic domain with d313n mutation in the active site
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
410
structure length
381
Chain Sequence
b'SIIRPQLKFREKIDNSNTPFLPKIFIKPNAQKPLPQALSKERRQDMFAHPYQYELNHFTPADAVLQKPQPQLYRPIEETPCHFISSLDELVELNEKLLNCQEFAVNLEHHSYRSFLGLTCLMQISTRTEDFIIDTLELRSDMYILNESLTDPAIVKVFHGADSDIEWLQKDFGLYVVNMFDTHQAARLLNLGRHSLDHLLKLYCNVDSNKQYQLADWRIRPLPEEMLSYARDDTHYLLYIYDKMRLEMWERGNGQPVQLQVVWQRSRDICLKKFIKPIFTDESYLELYRKQKKHLNTQQLTAFQLLFAWRDKTARREDESYGYVLPNHMMLKIAEELPKEPQGIIACCNPVPPLVRQQINEMHLLIQQAREMPLLKSEVAA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule keywords Exosome component 10
publication title Activities of human RRP6 and structure of the human RRP6 catalytic domain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Hydrolase
total genus 121
structure length 381
sequence length 410
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3safA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3safA01
5C0YA 2E1FA 2CPRA 1YT3A 2DGZA 2RRDA 1WUDA 4QIWF 2RHFA 3SAHA 2HBJA 4O3MA 3SAFA 4OO1J 4CDGA 2HBMA 1GO3F 3CYMA 2KV2A 4CGZA 1D8BA 2HBLA 2MA1A 3SAGA 4NLBA 2HBKA 4QJFB 2E1EA 4NLCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CB1A 1L3TA 1NOMA 3AVCA 4ELVA 2P9PB 1W9HA 2IS3A 3TFSA 2X78A 4XIUA 3N7PD 3WK4A 4IR1A 3AO2A 3KZIU 2I7PA 3V4IA 2ISPA 3M6KA 5J8YA 1NK4A 2HW3A 2JHDA 4XRHA 4F72A 2IAJA 1JLBA 1UCVA 5C25A 2R7YA 5FRNA 3T1HK 2BGGA 3A5LC 1CUKA 2B5JA 4BRQA 2W41A 4RQ4A 5K4LA 4YOXA 3U8XA 1ZQEA 3PO4A 1HNIA 2OM6A 3PZPA 1Q18A 5KFAA 2YB4A 4ECSA 1KCFA 2WUSA 4DV4K 1T7PA 5KFYA 1XS9D 4FS1A 1KQQA 3MCPA 2UYTA 4KRFA 4AYBF 4O0IA 5IWAK 3ISBA 1YT3A 3SQ0A 1WSGA 2PMZF 3SUOA 4CCHA 4X62K 2ZJAA 3SMVA 7ICSA 3KJVA 3UQ2A 1KQSM 2BPCA 3UIQA 1NGFA 1VQ7N 4RT2A 5IIJA 3PY8A 3THYA 3HILA 2W54A 2WF8A 4B9QA 2E2OA 1NG9A 4DTPA 3ZEUB 1NBWA 4OLBA 4FWOA 2BPFA 4CJ5A 3V6KA 5J2CA 2FPKA 3NRWA 5T7BA 5DB6A 4K41A 4CZIA 3KLHA 4YD1A 4US8A 4BRDA 4FLYA 1RBRA 1NGHA 2XVTA 3DI6A 3UQ0A 2V9WA 3AVAA 4CF5A 2XCAA 1HEKA 2XC9A 2UVUA 2XCPA 3HOSA 2Z1JA 4C8KA 5CP2A 1L7PA 3AVHA 5KFSA 4GXIA 1ZQKA 1YAGA 3CFPA 2KKVA 2NRHA 5KQ8A 5JVHL 1BDGA 1VSDA 2HOIA 5JMVA 4KLEA 4RPXA 3WK5A 4FPBA 4QAGA 4CJVA 4CBUA 3K5OA 4FLTA 1KC8O 3CJ1A 3H8SA 5AZJB 3CYMA 3OYNA 3QEXA 3SYZA 1BPDA 4I29A 2OZSA 2HNZA 4DR1K 3RSEA 4MF8A 3MDAA 4JB3A 1QZ5A 3BF3A 3H3NO 2RHKA 4ECUA 2HVIA 1V9PA 2YN4A 7ICEA 4IQWA 3G6EN 1O13A 4FJNA 3RMDA 5DQHA 3U4LA 3EW9A 4J9QA 2QA4N 3LP1A 4H0TB 1OUQA 4R65A 3EPIA 4UB6U 1S9EA 2O8DB 2D8CA 3SQ4A 1K1SA 2KHVA 1Y88A 4WFBL 4XQ8A 1HR0K 1Y97A 2D0PA 3H46O 2YY6A 1NKBA 1YXQA 3CJCA 4ZHRA 4DV5K 1O03A 1PVQA 3WKAA 3F5AA 4JKAA 3TAFA 4ID1A 4R79A 5AQMA 4BR0A 4FJ8A 3V1QA 5FPNA 3FFIA 4I7FA 3DYAA 4PGQA 3OYJA 1ZXOA 3OJSA 4CJSA 4JD2A 2F7TA 2VJ4A 1VDVA 4C4TA 3AAQA 4H8KA 2P5GA 3MX5A 2NRWA 3F5EA 4UB2A 1H38A 3O8MA 2Z1HA 9ICUA 4CZLA 5B66U 1ASWA 4JKCA 4OJOA 4MDAA 2F1IA 2XGQA 4JK7A 4BDPA 2W04A 3EZWA 3R1XA 3M8RA 2BCQA 3PMNA 4BRPA 2P9IB 1N5YA 3Q8MA 4LFCK 1KBUA 4BRGA 1XO1A 3B6PA 1EWQA 3ZT0A 5KFLA 2W6KA 1MWKA 5CZ1A 4JI5K 1K1QA 5CRXA 4E7KA 5B8HA 4OPHA 3ZSQA 4KLUA 3OVNA 1FJGK 3V1OA 4H5NA 1KAYA 5KTQA 2RQ5A 4UB5A 2BE2A 4DTNA 1DTTA 4RQ6A 1QS4A 3SQ2A 4B3MK 1XNQK 3HOTA 3I28A 3D6JA 4FZXC 2KP7A 3M9MB 4PPXA 4J9MA 3OHRA 4O55A 2HHVA 1WWVA 1IKWA 3LVWA 3GBTA 2PI4A 5AI8A 1MU2A 1XMOK 4MF2A 1DKGD 2G8KA 2DF4B 3AVNA 4JV5K 4DFJA 3CC2N 1I39A 2UXDK 4BC3A 2KK0A 4BVPA 2D4WA 4MFFA 3CMAN 4B9MA 1U2VA 3TAEA 3SUPA 3AY9A 3THVA 5F9NA 3DWLA 2NRXA 4C7ZA 4F4WA 1M90O 4J9RA 4KLLA 2NRRA 2AHOB 4CFBA 3UMBA 3DRRA 1J53A 3MAQA 4FK2A 1EETA 5AQVA 4YR0A 3TQ1A 4DQRA 2EANA 1U9LA 5AKGA 1TAMA 2E1FA 1WUAA 1S22A 3MDCA 2QWNA 1J6ZA 3MWTA 4CE6A 3NUQA 3RH4A 4M6WB 4M9NA 4O5KA 3VESA 4JLHA 1N8RO 3CCEN 2VCPA 1SKRA 1ZQTA 2ZTEA 2Y0SC 2X6NA 3NF6A 2VIXA 4JV2A 3O3FA 1J2MA 1RM6C 4Z4EA 4E1NA 4PZOA 3Q8PB 3LDQA 2RPIA 1UA0A 2WFBA 2WAQC 1F44A 2FSNA 2KKPA 1VK0A 3D2SA 3HK2A 4DL4A 3ZSWA 4Y1CA 2KIVA 2JH1A 3EUB2 3QINA 1XI1A 5MLCQ 4LFBK 4FWRA 4OCZA 4O3PA 2YB1A 3NS1A 5DGAA 3RAQA 2LMRA 3EWAA 3K4GA 1A77A 4IOXA 3NF7A 5ALFA 5KAFU 1PK1B 3BDPA 1X9JA 4JI0K 3JXUA 2KSOB 1BPXA 4EBDA 2ETJA 4Q0BA 1VSIA 2VG6A 1BISA 1DGJA 5J2PA 2ZUDA 3WK9A 2A5XA 5DG8A 3O4QA 2R8GA 2Q1NA 4WYBA 4NLNA 4ED2A 3SPYA 4QWAA 4BQLA 4RQ0A 3NVYA 4FK4A 1VLBA 3NBPA 1QE1A 1JL1A 4N5SA 3KK2A 3QFPA 3EY1A 2LPEA 2OCEA 7ICLA 5KFIA 4J9KA 4CEAA 4CEBA 4IEEA 4JS5A 3VC8A 1ED1A 2QLTA 1RDUA 5CYQA 2F76X 4BXOB 1RDDA 1T05A 1EQYA 4W5NA 4OJ5A 4EEYA 8ICLA 1DXSA 5EWFA 3GIKA 1MQ3A 9ICVA 4RCHA 3EE8A 4M41A 5AK4A 3UMCA 3RJFA 3QUBA 4FK0A 5L1KA 4KHUA 1S6QA 4Y1DA 2VGMA 5AKHA 3MECA 1NZBA 4OJRA 4NLGA 3VA3A 3NGZA 2LI6A 4I2FA 2JEIA 4JK1A 2HBKA 2YHYA 2FPLA 4G9BA 3HL8A 4DG1A 5AQHA 1Q8IA 1JUDA 4DCHA 2OPSA 3IRUA 4DTUA 4FZNA 4KKOA 2A3ZA 2YX6A 5KG4A 2H3GX 2FJ6A 3GIJA 1MC8A 3V72A 2VG7A 4YOVA 4LF8K 1QTMA 2E2NA 3V7KA 5EWEA 4FL9A 2RHFA 4ECRA 3NASA 1DTQA 2OXOA 1HYZA 4NB4A 3FR0A 5ALSA 3AV9A 2F8KA 4AYBC 4FJKA 5AZJA 7ICQA 5KPZA 2JGAA 1CZAN 4YOUA 2PMZC 4P0QB 4DL2A 3L2RA 4BR4A 5I9EB 4KHSA 5KL8B 1S5JA 3M5RA 4H0YB 1K8KA 3CG7A 3GG4A 4EELA 1IM4A 4GV9A 2XGPA 3MGHA 2F8TA 3F9KA 1KAXA 5FDLA 3V81A 2YMPA 1NGAA 3O5BA 2DPJA 4IWVA 1W0HA 4CJFA 4CNQA 4RQ3A 5J1EA 3ZX3A 1KRPA 1SL0A 3AO1A 4ZOHC 3Q7BA 4J2DA 5J0RA 1PK3A 2YQEA 3AVIA 3K1ZA 1UA1A 4O5CA 3TR8A 2EZZA 3R9KA 3C7NA 5SWMA 1K6YA 1BPZA 3HRDD 1RDWX 3DLKA 2F8SA 2B0CA 4CFAA 5KFXA 2Q0UA 3D2EB 1NOYA 5HR6A 1M1KO 8ICIA 3G6XA 4ELTA 8ICTA 3S9HA 1M6YA 4C7YA 3OYIA 5BPCA 4M9HA 3BZKA 1JLCA 3DOKA 4H0PA 5E79U 1DK2A 3CCQN 4BE1A 4KH4A 5AM3A 2D0OA 1WSEA 4PHEA 1VSEA 3PR4A 2JLEA 3FZLA 3CERA 4CIEA 1WSJA 2KJ8A 1YI2N 5JU5A 2UVVA 3MR2A 1VQ4N 2LKYA 5AM1A 1NNLA 3VGLA 1J54A 1IBKK 1YF5L 2FF3B 1ESVA 1QQMA 3E0FA 7ICNA 2XRIA 1YJWN 2I1QA 1XHXA 4FZYA 4ELUA 1S72N 1OH8A 1VJ5A 2JGUA 5DB9A 5G5HA 1VSJA 1KKXA 1JALA 4EZ6A 2FSJA 3O9TA 4B1ZA 4FZLA 2VGNA 1VQ6N 4FW2A 3EL2A 2UUBK 1RNHA 5J2DA 5ALIA 2O8FB 1T8EA 3WNEA 1NJWA 4K4IA 3RJHA 3ZYYX 2KZMA 4I27A 1EKEA 4J9NA 4IR9A 1B9DA 1N33K 5KT3A 4QWEA 2W9CB 3IS9A 4EHTA 3RBEA 2ZIXB 3KKRA 5AZIA 3RMBA 3F2CA 1HIWA 5EVZA 4OPJA 4YMNA 3QU2A 1HJOA 2W9AA 1ZQNA 5TKYA 3HX0A 3HRGA 5AI0A 1D9FA 4FLWA 1S8OA 5ALJA 3KHLA 4RG8A 2ITGA 4JAXA 5J0WA 1ZRNA 2YTUA 2E20A 4GXJA 3KOOA 3L3UA 1PUZA 2BQUA 2O6KA 3NVZA 3ISNC 5A2QO 3UXNA 1IXRA 3O4WA 4H0XB 5AQNA 5L1MA 1F0MA 2ZIVA 4EENA 4ECVA 2QKKA 3E01A 1BNOA 2B21A 4G3IA 5HRSA 3TI0A 4GMJB 2BDUA 2GBZA 4DS5A 1TKDA 4ECZA 1IO2A 3E9PA 3KLGA 4JV1A 5HMLA 3W3DA 4YQWA 3HXMA 3SNNA 4Y2PA 4DV6K 3FAHA 2V7YA 3T1AA 2WHEA 1S9GA 4QZ8A 5ALLA 1RILA 4DV7K 3V9UA 1Q3VA 2XICA 2BGWA 2G8IA 2ZTDA 5LJWA 4JI7K 1X6IA 4XH5A 4CHNA 5ALUA 3T3FA 3V9WA 4RQ1A 2D3DA 1Z3EB 3C21A 4F91B 2ASDA 2VA3A 1S6PA 3HP9A 4L8RB 1RGIA 2DBYA 3TANA 1JLGA 3K75D 4BUGA 3CRXA 2HF3A 3GOIA 4A8EA 4FM0A 1SV4A 4UAVA 4DSFA 2W55A 4O3RA 3K0SA 1X6JA 3OSNA 1NJZA 3V7LA 3VF4A 4I2EA 1QSSA 3O9SA 3MN6A 3DLGA 2VANA 2UXBK 4KX3A 2VA8A 5KFHA 4RQ5A 3LZJA 4U6PA 3GDXA 4J9LA 4I2QA 2P9LB 3CMEN 4BXOA 1WYGA 3MGVA 5KG2A 4QZBA 3TSPA 4Z4IA 3VGKA 1RTDA 4M2YA 2HOQA 5J0TA 4CBWA 1S9FA 3AGKA 3L3VA 3NMUA 2A1JB 3AVFA 2AGOA 4HTUA 4TQSA 1B0XA 2A1SA 1HKCA 1T6CA 3D0PA 4GXKA 1H1VA 5CYMA 1Q46A 4YHHK 4DQSA 1JCFA 4CGJA 2YX8A 2WF9A 3SBGA 3THYB 2QWQA 1XO0A 2G07A 2WC9A 1LWCA 3HJEA 4KMUA 2YNGA 1KVAA 4I9QA 1HMVA 4BY9C 3OS1A 3OA9A 1SWWA 3EPGA 5GADP 4YVZA 1RTIA 2E8NA 1BPBA 2BHNA 5HL7L 3OY9A 3SK3A 8ICSA 4UBBA 1L3UA 4C0ZA 3IG8A 3KK7A 3CCSN 3HKZF 1B92A 2BCRA 4UB3A 4JYAK 1HNXK 4CZFA 1VQMN 1BCOA 5J0QA 3VA0A 1OW5A 3V6JA 9ICHA 2VA2A 1QH9A 4QZGA 3QZ7A 5JRTA 4ED7A 4OD0A 4FWSA 4V19S 5BR9A 3H1QA 2ASLA 5AQFA 5I42A 1VQON 2KV2A 4AHRA 3GFKB 4LD0A 3O4NA 3ZSZA 3VQ6A 4FJHA 4CJ3A 1XMQK 5J0OA 3WXJA 3LDSA 1N6QA 2ZF5O 3RSEB 2PFOA 4PHTX 2R8KA 5AR0A 4JN4A 1VQ8N 5EXWA 4CW7B 4CD3A 2YNFA 4EIAA 2P6RA 4MEYA 4QW8A 4QW9A 2BTFA 3SUQA 1K5OA 4C8LA 4YOWA 5DM6L 4QZCA 5KG5A 4PL2A 3JPTA 4K43A 2JH7A 3QE9Y 4Z94A 2K4EA 2A41A 2HOFA 4JKEA 3ZSXA 3EO3A 3MEDA 4BVOA 1RYUA 3RJGA 1T44A 3ZT2A 3U26A 4BE2A 3S6JA 5DQGA 4EAHD 3ATUA 1DT9A 4Z6DA 1G15A 4KB0A 5JVGL 1Z6RA 4N41A 1ITGA 1NKCA 2HNYA 1C7YA 1RT2A 3F73A 4E7HA 1JXBA 3M3ZA 3LDOA 1IKXA 1X66A 8ICHA 1JLEA 2FC0A 1JRPA 4CDGA 3EKUA 2B6GA 4Y2VA 2ZQBA 3WT0A 4E7JA 3MBYA 2LSNA 1Z19A 2YI1A 4B6JA 4NYNA 1S0NA 4A2AA 4X5VA 4DV3K 3BQ2A 1ZQRA 1FO4A 3FZMA 2FBYA 9ICXA 4DU1A 4AHTA 4X64K 2AGQA 1ZQGA 4AHVA 2Y1JA 1ZETA 1ZQZA 1QQNA 2A3VA 1EXNA 5HP1A 3RF9A 5IINA 3P31A 3VQEA 2F44A 3D2QA 4IL6U 3AGRA 2NUBA 2HHSA 3IDHA 5BOLA 4AHUA 3G4SN 1QQ5A 3WKCA 5GAGP 9ICKA 3I0SA 5JTIA 2OPRA 1NKEA 3IRXA 5KRTA 3QEIA 1FK9A 3CQ8A 1HUXA 4I2BA 2Z7JA 3K2PA 2P9NB 1U2VB 1J5EK 2K89A 2VKQA 1JIHA 1PZNA 2RLTA 3AQEA 3P38A 4DMNA 1RBVA 2IIRA 2G0AA 4IO8A 1QQCA 2I6XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5C0Y A;  2E1F A;  2CPR A;  1YT3 A;  2DGZ A;  2RRD A;  1WUD A;  4QIW F;  2RHF A;  3SAH A;  2HBJ A;  4O3M A;  3SAF A;  4OO1 J;  4CDG A;  2HBM A;  1GO3 F;  3CYM A;  2KV2 A;  4CGZ A;  1D8B A;  2HBL A;  2MA1 A;  3SAG A;  4NLB A;  2HBK A;  4QJF B;  2E1E A;  4NLC A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2ZIX A;  1C0M A;  4DV0 K;  4MEX A;  2G5I B;  4I2H A;  5AQO A;  4BJQ A;  1X9X A;  3E2E A;  3QEP A;  2WAQ F;  3B6O A;  2KG5 A;  4YY3 K;  5GAH P;  4YMO A;  1TV6 A;  4PQU A;  3U9Z A;  2KIC A;  4NM1 A;  1UT8 A;  3TKA A;  1NMD A;  2YKM A;  2YKN A;  3C5F A;  4BC5 A;  5ALY A;  3ATV A;  1K73 O;  3HT3 A;  3HVR A;  4Q8F A;  2OTL N;  4UB1 A;  4FWL A;  2HHX A;  4DLE A;  2DWQ A;  2HND A;  4BR7 A;  4EX7 A;  3ZDB A;  3OJU A;  1WLJ A;  2IMW P;  1RFQ A;  5DG7 A;  2H3F A;  4Z6C A;  2P9U A;  4RNM A;  3IKM A;  4JKG B;  5KQD A;  5GTH U;  1HKB A;  5C0Y A;  3VQQ A;  2V52 B;  3WNF A;  4F92 B;  4E3S A;  3NGD A;  4LF4 K;  4B08 A;  4O3S A;  4B9L A;  4KMO B;  4CI6 A;  4E1M A;  3RB4 A;  5J8Y C;  1KLM A;  4KN4 A;  1CEZ A;  5AQY A;  4CZG A;  4PHP A;  4K4G A;  4TQR A;  3ALY A;  3FZH A;  4KFB A;  5TKW A;  4DTS A;  5AK5 A;  1HJR A;  1N63 A;  4F50 A;  2YJF A;  4QS8 A;  4BQZ A;  1TUU A;  4Z0U A;  2D0B A;  4FCY A;  4MLE A;  3T1Y K;  3QER A;  2QB0 B;  2QEX N;  2VYP A;  3BQT A;  4Q44 A;  1KLN A;  4KV8 A;  5LMU K;  1ZBL A;  1WG8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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