3SAFA

Crystal structure of the human rrp6 catalytic domain with d313n mutation in the active site
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
410
structure length
381
Chain Sequence
SIIRPQLKFREKIDNSNTPFLPKIFIKPNAQKPLPQALSKERRQDMFAHPYQYELNHFTPADAVLQKPQPQLYRPIEETPCHFISSLDELVELNEKLLNCQEFAVNLEHHSYRSFLGLTCLMQISTRTEDFIIDTLELRSDMYILNESLTDPAIVKVFHGADSDIEWLQKDFGLYVVNMFDTHQAARLLNLGRHSLDHLLKLYCNVDSNKQYQLADWRIRPLPEEMLSYARDDTHYLLYIYDKMRLEMWERGNGQPVQLQVVWQRSRDICLKKFIKPIFTDESYLELYRKQKKHLNTQQLTAFQLLFAWRDKTARREDESYGYVLPNHMMLKIAEELPKEPQGIIACCNPVPPLVRQQINEMHLLIQQAREMPLLKSEVAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Activities of human RRP6 and structure of the human RRP6 catalytic domain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Exosome component 10
total genus 121
structure length 381
sequence length 410
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3safA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3safA01
2CPRA 3SAGA 2E1FA 3SAHA 4NLBA 2HBLA 5C0YA 4O3MA 2DGZA 2RRDA 2MA1A 2E1EA 1WUDA 1GO3F 1YT3A 2RHFA 3SAFA 4OO1J 3CYMA 4CGZA 2KV2A 2HBJA 4CDGA 4QJFB 2HBMA 1D8BA 4NLCA 2HBKA 4QIWF
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4DQ8A 4LF5K 5J0PA 5ALYA 5FPDA 1CRXA 2WFAA 4BGBA 3J7YP 1U2VA 2QLTA 3FZFA 1IJJA 1NGFA 5M1QA 5KAFU 2C2DA 5J0RA 1BPBA 2P9UA 1A5XA 4B3MK 4Z6EA 3ZSQA 4ILJA 4QS9A 3UQ2A 3O9QA 3ZEUA 4FJNA 4KBOA 3NUQA 4TSXA 4RT2A 4BC2A 3VQ6A 3PO4A 3DYAA 4JLHA 4F3TA 1B22A 4CZIA 2YY6A 4BVPA 1K9MO 2EX3A 5KI6A 2JHDA 3ZT3A 4DV0K 4RQ6A 5CR4A 4CK2A 4BRPA 7ICNA 3QUBA 5DBAA 3OYNA 1NGDA 4MDAA 4GLXA 2D0PA 3OYGA 4UAVA 1GOAA 5EE1A 3IKMA 5JRTA 3V4IA 1CLQA 1MSWD 4YOVA 1Q9YA 4YMMA 4LF4K 1JLFA 1XQSC 3MGIA 3TARA 2DTUA 4O9MA 1T6DA 2MSNA 2VJ4A 1B9FA 3TSUA 4WFAL 2A1JA 4AP9A 3M5RA 1HKCA 5AI0A 4ECYA 3RJHA 2PAVA 1WYGA 3CC2N 3CPWM 1LWEA 1FJGK 1QE1A 1VSDA 3C6UA 4H5VA 1K73O 3AU2A 1IKVA 2W9BB 1BPYA 3KWIA 5JUMA 3VTIA 4E1JA 3HO1A 4JN4A 3C65A 2ZJRL 4WFNL 4PL1A 4DCHA 3PMNA 4DOCA 4Y2RA 3C5FA 4A5AA 5IIKA 4YY3K 2K4EA 4GVMA 1QVFM 5HP4A 3GIKA 1ZQHA 4DV7K 3MXJA 3VETA 1Q8KA 5J2EA 3GBTA 1UT5A 2MU2A 4XUSA 1FFVA 1TAQA 4QZGA 3PX6A 2AGPA 4FS2A 4FVMA 4I6MA 3SYZA 4JKBA 3V1QA 5D49A 5FP0A 1WLJA 1VQLN 2QKQA 3QYPA 1COOA 4DV4K 3PSIA 3MDCA 4RPZA 5JICA 2UUAK 2ATLA 4BJQA 2M9NA 5CB1A 1ZD5A 3HWTA 2O4GA 5AQUA 4EX6A 4ED8A 4K4IA 3K59A 4YR3A 3TAFA 8ICNA 1A5VA 3QU9A 1KCFA 3SUPA 3NS1A 1BDGA 3OYFA 4IWVA 3TACB 4JAXA 3TTCA 3BDPA 4I2GA 1YTAA 4C8KA 1KLNA 1I3AA 2EANA 4EEYA 2VANA 1GLCG 2A42A 4H8KA 4IOCL 4J2AA 5L1KA 3AVGA 1HQEA 2NO5A 4B3OA 4N41A 1TK8A 2KV2A 2M0NA 4KITB 3D6JA 5J2NA 2PFOA 5AQPA 4FJGA 1VSJA 4ILHA 4NM1A 3V1RA 2QARA 3QNOA 4I28A 3I28A 3QFPA 3IG8A 1GOBA 3CNHA 4R63A 1YVNA 2P9LB 4YXJA 3KTQA 4WQ4C 5KFGA 3JPTA 4LF6K 1X6JA 1BNOA 3PSPA 1UA1A 3CMAN 3MEEA 3V7LA 5AQQA 5J0WA 1J6ZA 7ICMA 1JROA 5EOYA 3WK5A 4IBNA 2KZMA 1ATNA 4RW4A 4DV2K 5JTIA 2YHXA 2FMSA 2E20A 4DR3K 2JZBA 3ZT0A 1NBWA 1ZQ1C 1TUYA 1N5YA 4KFBA 3AGKA 5F0XA 1M90O 5GAHP 2ZUDA 2IA6A 4CJFA 3ASMA 4CJ7A 2W8KA 4BX9C 1Z4OA 1S0OA 2XY7A 2OPSA 2X78A 3D2FA 3MWTA 5AQWA 4YMOA 4RG8A 2OHFA 3PW4A 3A5NC 5HRSA 5LMNK 1S9FA 2YMLA 2Q2RA 8ICTA 3L2UA 1RT7A 3HKZF 4LF7K 4FM0A 3LDSA 4PY5A 2MUTB 3HJFA 3F5AA 1S9EA 5K14A 1RT6A 4Y0WA 2KE7A 2YNFA 5CHIA 3NGYA 1SQKA 2QKBA 4F4KA 1LKYB 4NCAA 5KFOA 1TAUA 3A5OC 5ALPA 2KVSA 4JUZA 5L1JA 2XICA 2D8CA 5H1SQ 4C7YA 3DLRA 4CECA 5AICA 1WSGA 3FZLA 3NE6A 3WNFA 5ELZA 5AI5A 5KFKA 1CZ9A 5DGAA 4PL2A 5EX5A 1XSLA 4XH1A 4J9PA 3QMLA 4Y2PA 1M6YA 2QB0A 4NLCA 3BEXA 2PMZC 4QCLA 2VA3A 2YMPA 4XA5A 2YMQA 4OCZA 3QUTA 3WK9A 3WKBA 2RLTA 5IWAK 4F93B 3BQ2A 3V1OA 1K1SA 2OM6A 3OPXA 1VHXA 4PZNA 1F21A 1N36K 1RTDA 2A6AA 4NXZA 3AA5X 3QFUA 1G99A 2HMPA 3WQTA 1P90A 1TKTA 4DUZK 1QTMA 2VIXA 3L3UA 2W6LA 4IDHA 4FZXC 2W9MA 1TFRA 3AM9A 1L7OA 3H7IA 2BZFA 5ADXA 1IKWA 5ALQA 3AVKA 2Y1IA 4I6MB 3CCLN 3MDQA 4HVJA 2B4JA 2WB1C 2V4QA 3S41A 1QSSA 1RDWX 1VRUA 1SIJA 1XSNA 4OKEA 3VESA 2MUTA 3V6DA 2R8KA 1RBUA 4MO5A 2RRDA 1X9MA 3QEAZ 2KEYA 1BQNA 4OJ5A 3OS2A 2HCFA 5JLFA 4M3UA 4B3RK 3K1RB 2JEJA 9ICTA 2Z1GA 4IEIA 4DV6K 1SWWA 2VG7A 4JWNA 1EETA 2DKZA 9ICIA 2GBZA 5KFDA 3G71N 4QS8A 5AZJA 1IKYA 4NB4A 5CJ7A 3OYBA 5JVHL 2BE2A 2ZUBA 4OGCA 5J0OA 4YMNA 3H3OB 3GL1A 4FZNA 4NYNA 1NMDA 1EQYA 4M2YA 5E84A 5AKHA 1RNHA 3CG7A 4DTSA 4JI2K 4BRQA 1MQ3A 3A2FA 3QUCA 1LAWA 2G5IB 1IO2A 1NKEA 2XGPA 4CFCA 1ZRMA 3UPQA 2PFUA 3FLCO 1N8RO 2F8SA 4YD1A 1SZPA 4LJXA 4KH4A 3AQEA 2YMMA 3GDXA 3QERA 1DK3A 2QEXN 4IRKA 3KLGA 1PVPA 4KHNA 3AVIA 4DTUA 3M6ZA 3H6EA 1RZTA 4C4TA 3F2DA 1RT4A 8ICSA 1C0FA 1WWUA 3PNCA 3HKZC 3HP6A 1TV9A 2OH2A 5AQHA 2RE2A 4DG1A 1IIPA 5KFCA 3EZ5A 2G8FA 4X66K 3E58A 3S6JA 2WOMA 4QS7A 1O03A 5GINA 2ASDA 5CA7A 4IQUA 4M41A 4Z0UA 4UB4A 3O3HA 1LB2B 4QZIA 4M9HA 4WJ3B 2DF4B 1RDAA 2O8FA 2PKEA 2FPMA 4ECWA 3FZHA 4CW7B 4DU1A 1K8AO 3M8QA 2H3ZA 5KT3A 1JLBA 3FFIA 5AQYA 5AQLA 5BREA 2HBJA 1NK4A 2KICA 3O5BA 5J0YA 4CF0A 3K75D 4A62A 3H8JA 1UOCA 3E0FA 7ICSA 2AH5A 1ZQKA 3WXKA 4M45A 3O8MA 4MDBA 3KWGA 4OVLA 4YDUA 3HRGA 4BDZA 3SPYA 3RFAA 1C0GA 2J6UA 4F5PA 4F2RA 3R9KA 2YHWA 4DFMA 4QNLA 4CGDA 3MN5A 5DGBA 1XI1A 1X40A 4PJ0U 3F5TA 1T4GA 5HL7L 3SQ4A 3QZ8A 3Q7BA 5F9NA 2Q0UA 3DLEA 4C8MA 3F9MA 3THWA 4OPHA 1XNRK 4QZBA 4R79A 4BRLA 3HT3A 1RBSA 2DKXA 3AVCA 1PUZA 4IQWA 5AQFA 5AFUA 4KREA 4MLHA 1JRPA 3QO9A 3P5JA 4CZGA 5KG0A 1RG6A 1CI4A 4OJOA 2W9AA 1F44A 4Z4EA 2V4RA 4GMJB 5CHGA 3T5HA 2D5RA 1PK1B 4BGAA 5KFRA 4F92B 3QBWA 4DQIA 4FJJA 3WXMB 7ICHA 4NLBA 4UAWA 3MFHA 4DF8A 3TAPA 4EYIB 1T05A 1BPZA 3JAMO 2KQ2A 3EZWA 3VQ5A 4JK7A 1OVQA 2VQFK 1T3NA 3CI5A 1SKWA 1MU2A 2E8AA 1NK5A 3U9DA 4JV5K 3IS9A 3L6QA 1DTQA 2OPQA 2RHFA 4E0DA 1KL9A 1BQMA 1WN7A 3RWUA 1SV5A 3CERA 1HYSA 3LWLA 4F4WA 3ZETA 2DY4A 4XQ8A 2GEMA 3CCQN 2P9NB 2VG5A 1ZBHA 4RQ4A 1RPLA 3BZKA 4PHPA 3QU7A 4C4RA 4BREA 4I2FA 4AH9A 1QQ6A 2JMGA 3B8AX 3BF1A 3QIOA 2F4VK 5J2CA 4ED1A 4LFAK 3NVVA 4EYHB 2F9TA 4UB6U 1V38A 4CEEA 4KV8A 1YT3A 1IV0A 4MLEA 4U7BA 1C0TA 8ICIA 4NXMK 5AQMA 1WUAA 4UB2A 1ZBLA 3AVFA 2QXLA 3QB0A 3MR6A 3EE9A 3SBTA 2JWLA 3OBWA 4BC4A 4JB3A 3H0MB 5C2DA 4DUYK 2WBNA 1SKSA 3M1YA 5C5JA 2Q3SA 3NAEA 1HIWA 2WC9A 4FWRA 4CJQA 1QQ5A 1ZQMA 3DXMA 3SMSA 5KGXA 1HNIA 1QQCA 5TKYA 1ZD4A 2W9BA 4IFYA 2I6XA 3WKAA 4J9KA 1ZJMA 4M3XA 5ALJA 2F44A 4KLQA 5BN8A 3OYIA 2WONA 1UA0A 3MXIA 4F71A 3QLHA 2I7NA 3CQ8A 9ICMA 3C23A 1TKZA 3SZ2A 4QZDA 1SXEA 2Z7JA 2DUYA 3KZXA 1U45A 4YFUA 4DFPA 1LOTB 5IILA 1O1WA 3W3DA 1S72N 4BXOA 3VQBA 2OCEA 4BR7A 3T7ZA 2F76X 4B9MA 2I7PA 3SJJA 4J2EA 2RN2A 5I9EB 4BRAA 1YHQN 3UB5A 3MXMA 3Q8PB 3QICA 4JKCA 3J81O 4IJNA 2DFLA 3RSEA 2JEFA 2IOCA 4GKJK 5CR0A 3CFOA 4ICLA 5KFPA 5KG3A 3A0IX 4OJLA 1S5LU 2LYBA 2HBLA 2JH7A 5AK4A 4JNEA 3ZEUB 3L2VA 5GIPA 3K5MA 3A5MC 5E79U 4RQ8A 4DQRA 2HNZA 2WAQC 3F2BA 3KKSA 3QEVA 4J2BA 8ICLA 2XRIA 3MX2A 3RMCA 5BRHA 5BN9A 3A0BU 4E7LA 3EPIA 1U04A 4ED7A 2YKNA 4Y1DA 3VMFB 3EN9A 2OPRA 1UT8A 1S97A 7ICPA 1ZC6A 3ALYA 4BQLA 3UKRB 2KMDA 1XNSA 4CZFA 2GTDA 2LM1A 3D2EB 1LWFA 5HR7A 4PHEA 4JKDA 4W5RA 1SKRA 8ICCA 4B9UA 4I2JA 5AQXA 4HUGA 1LAVA 5DG7A 1UPHA 4KB1A 2FF6A 3H0LB 3D2SA 1HX1A 4A61A 3L0QA 1S0NA 4K41A 4EBEA 4K8XA 2R8HA 5J2BA 1OH6A 3HP9A 4BRCA 4CBWA 3QUQA 4CCHA 2ZGYA 5BPMA 1WNSA 2R18A 1MQ2A 2JGUA 3GILA 1Y88A 8ICMA 5FROA 4J9MA 4MFFA 5A2QO 4WCEL 4I2HA 1B4FA 1JLAA 4FLVA 2A5XA 4BQZA 3F2KA 4M63C 1TL3A 5EVZA 4O0JA 2PYLA 3DJCA 5AR0A 3TANA 1L8OA 4JRPA 1IBLK 4EP4A 1S1TA 2E5LK 4BG9A 5EE9A 3ZSRA 9ICUA 2YJFA 4YHHK 4I2AA 4B3TK 3DRPA 3HM8A 2FE9A 2ETJA 1HPMA 3AEVA 3KLHA 2P6RA 4W5TA 4UARA 4B6JA 2A1SA 3J80O 4F50A 5AM3A 4C8LA 3H8SA 2BANA 2E1EA 2F1IA 4KI4A 1IV8A 3VF6A 2C2RA 2UVWA 3O1WA 4BC3A 1HNWK 4JI1K 2E2NA 4EBCA 4J9NA 3KLIA 1HRHA 4BRNA 4B1WB 4CD1A 4OO1J 4YFKA 2MAXA 3BP8A 5I42A 5ADXH 1GLLO 2XO7A 4KRFA 3VEOA 4KHQA 1UQVA 5B5EU 3VGLA 4WQ4A 4UASA 3EKUA 5AM5A 1B43A 3QEWA 4YOTA 3FZMA 1ZQZA 2EAMA 2FMQA 3AA3A 5AQGA 7ICQA 5J0TA 3FE1A 2ZJ5A 1ZD2P 2ISOA 4YOWA 5DQIA 4FWSA 3G6YA 2K89A 3P39A 3HXMA 5KG1A 5KNIA 1IBMK 3BY5A 3NHGA 1VQ6N 1ZXIA 1X2IA 3OYEA 2KP7A 4FYDA 5KFQA 4ELVA 2Z1IA 1BI4A 2KN7A 4UB3A 3GOIA 4E89A 2GWSA 3TADA 4FFDA 1C7YA 4KH6A 4ELTA 1O08A 3M6GA 2UXCK 4NV0A 2P51A 3IHQB 2UVVA 4FVUA 7ICTA 1Y97A 1FXXA 3A5LC 2OXOA 4B3SK 4C23A 3U6FA 3N4PA 3SMPA 4AHTA 4R5PA 2NRZA 1NNLA 4B1VA 3RJKA 4BRDA 2ALZA 4IFEA 4YP3A 1VQMN 4KLHA 4P0PA 2IOHA 2KKZA 4CBUA 4LVSA 5KPZA 2NV3A 4IC9A 4FK2A 1VSMA 4FLZA 1QH9A 1GOCA 4CHPA 9ICCA 3L8BA 3WNHA 2A1AA 3BS5A 2Z1HA 1EP4A 1JI7A 4RW7A 3ZYYX 4GXKA 1PK1A 2HHTA 3FFKB 4FBTA 1PVRA 2VGMA 4FLYA 2WHEA 4E3SA 2VQEK 1ZBFA 1ZQFA 2Y0SC 3U4LA 4BRMA 4Y2TA 1IKXA 3NDKA 5KL1B 3PX4A 2P9SB 4KHWA 5ALWA 5KFHA 4LC9B 1QSYA 1JN3A 2W9CA 2KZZA 4YR2A 3MFIA 5AQKA 9ICSA 2W11A 4PZOA 4CJWA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2CPR A;  3SAG A;  2E1F A;  3SAH A;  4NLB A;  2HBL A;  5C0Y A;  4O3M A;  2DGZ A;  2RRD A;  2MA1 A;  2E1E A;  1WUD A;  1GO3 F;  1YT3 A;  2RHF A;  3SAF A;  4OO1 J;  3CYM A;  4CGZ A;  2KV2 A;  2HBJ A;  4CDG A;  4QJF B;  2HBM A;  1D8B A;  4NLC A;  2HBK A;  4QIW F; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4E1J A;  3HO1 A;  4JN4 A;  3C65 A;  2ZJR L;  4WFN L;  4PL1 A;  4DCH A;  3PMN A;  4DOC A;  4Y2R A;  3C5F A;  4A5A A;  5IIK A;  4YY3 K;  2K4E A;  4GVM A;  1QVF M;  5HP4 A;  3GIK A;  1ZQH A;  4DV7 K;  3MXJ A;  3VET A;  1Q8K A;  5J2E A;  3GBT A;  1UT5 A;  2MU2 A;  4XUS A;  1FFV A;  1TAQ A;  4QZG A;  3PX6 A;  2AGP A;  4FS2 A;  4FVM A;  4I6M A;  3SYZ A;  4JKB A;  3V1Q A;  5D49 A;  5FP0 A;  1WLJ A;  1VQL N;  2QKQ A;  3QYP A;  1COO A;  4DV4 K;  3PSI A;  3MDC A;  4RPZ A;  5JIC A;  2UUA K;  2ATL A;  4BJQ A;  2M9N A;  5CB1 A;  1ZD5 A;  3HWT A;  2O4G A;  5AQU A;  4EX6 A;  4ED8 A;  4K4I A;  3K59 A;  4YR3 A;  3TAF A;  8ICN A;  1A5V A;  3QU9 A;  1KCF A;  3SUP A;  3NS1 A;  1BDG A;  3OYF A;  4IWV A;  3TAC B;  4JAX A;  3TTC A;  3BDP A;  4I2G A;  1YTA A;  4C8K A;  1KLN A;  1I3A A;  2EAN A;  4EEY A;  2VAN A;  1GLC G;  2A42 A;  4H8K A;  4IOC L;  4J2A A;  5L1K A;  3AVG A;  1HQE A;  2NO5 A;  4B3O A;  4N41 A;  1TK8 A;  2KV2 A;  2M0N A;  4KIT B;  3D6J A;  5J2N A;  2PFO A;  5AQP A;  4FJG A;  1VSJ A;  4ILH A;  4NM1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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