3SAFA

Crystal structure of the human rrp6 catalytic domain with d313n mutation in the active site
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
410
structure length
381
Chain Sequence
b'SIIRPQLKFREKIDNSNTPFLPKIFIKPNAQKPLPQALSKERRQDMFAHPYQYELNHFTPADAVLQKPQPQLYRPIEETPCHFISSLDELVELNEKLLNCQEFAVNLEHHSYRSFLGLTCLMQISTRTEDFIIDTLELRSDMYILNESLTDPAIVKVFHGADSDIEWLQKDFGLYVVNMFDTHQAARLLNLGRHSLDHLLKLYCNVDSNKQYQLADWRIRPLPEEMLSYARDDTHYLLYIYDKMRLEMWERGNGQPVQLQVVWQRSRDICLKKFIKPIFTDESYLELYRKQKKHLNTQQLTAFQLLFAWRDKTARREDESYGYVLPNHMMLKIAEELPKEPQGIIACCNPVPPLVRQQINEMHLLIQQAREMPLLKSEVAA'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Activities of human RRP6 and structure of the human RRP6 catalytic domain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Exosome component 10
source organism Homo sapiens
molecule tags Hydrolase
total genus 121
structure length 381
sequence length 410
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.13.-:
pdb deposition date 2011-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00570 HRDC HRDC domain
A PF01612 DNA_pol_A_exo1 3'-5' exonuclease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.150.80 Mainly Alpha Orthogonal Bundle DNA polymerase; domain 1 DNA polymerase; domain 1 3safA02
3.30.420.500 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Nucleotidyltransferase; domain 5 3safA01
4QJFB 2RRDA 2HBJA 2E1FA 2MA1A 1YT3A 3CYMA 5C0YA 4OO1J 2KV2A 4CGZA 2HBMA 3SAHA 1D8BA 2HBLA 4NLBA 4CDGA 4O3MA 2E1EA 2HBKA 4NLCA 2DGZA 2CPRA 1WUDA 1GO3F 2RHFA 4QIWF 3SAGA 3SAFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NVWA 4ECVA 1HUZA 4F2SA 3CJAA 1JN3A 5ALLA 3TSQA 3CMAN 1JL1A 2CGKA 4CBXA 1Y97A 1DK3A 5LL6Z 9ICLA 3L4PA 3MXIA 4ED2A 2OPQA 4I28A 2QWLA 1JALA 4DLEA 1VK0A 3TSPA 3WK4A 2YJEA 5AKEA 3JPRA 2EDUA 3PX4A 1KDHA 3N4QA 4DL3A 2VGMA 4O3SA 3OYJA 3HPGA 4JI8K 3SJHA 4KH5A 3CP8A 4Y2QA 1HUOA 5GTIU 9ICIA 2FSJA 4OD0A 3KWIA 3QNNA 3LPUA 4LF8K 1GOCA 2G09A 1SUQA 2K4HA 3LZJA 5D4BA 4QZBA 3O3GA 2RLTA 9ICOA 3CJBA 3UPQA 4I29A 4C7ZA 3TKAA 3MR2A 3LWLA 3T69A 1F44A 3NH1A 4BR5A 1ED1A 5CRXA 1W0HA 9ICPA 1M6YA 4FJXA 1RG6A 5JS2A 4KLLA 2UUCK 3MECA 1J97A 3CQYA 2G5IB 1B4FA 1YJNN 2DF4B 2ASOA 1GLEG 4NL9C 4BQLA 2XRIA 4MFAA 3PSIA 5E79U 4ISEA 5AJ3K 3WKDA 3VA0A 1VSEA 2NRVA 1WCNA 2AGPA 2Z1JA 3KKRA 3DYAA 3HM8A 5CY4A 4P0QA 3HYFA 4CK2A 4FZLA 2ITGA 1IBKK 2B21A 3PR4A 1NLVA 1RBRA 1A5WA 3QO9A 5F0XA 2D4WA 3JAMO 3FR0A 4Y2SA 2W8KA 4UB2A 3KZBA 2ALZA 4WFAL 1NK7A 3AVIA 4JKBA 2XC9A 4BRMA 3QEVA 2XICA 4NM1A 3CERA 9ICMA 1YVUA 1T8EA 3QLHA 5CZ2A 1SV4A 4JK9A 2FJ6A 3B9JA 3AV9A 4CJTA 3CC7N 2G0AA 2QLTA 3ZSYA 1Q9YA 4OJLA 3RAXA 1TKZA 2BHNA 7ICQA 2DKZA 2WB1C 2O4IA 2NRZA 3P4IA 2E8NA 3RFAA 5KFGA 4OJ6A 4I2CA 3BQ7A 3RJJA 1BWFO 4FLWA 3NGDA 1OUQA 2BGGA 1NZBA 3LZIA 4GXKA 1IKVA 4M7XA 5GADP 2A41A 3ZETB 2P9SA 4CF4A 3DRRA 3MEDA 2KKPA 5J8YC 4CJLA 2GTDA 1JCEA 1FKPA 3NGYA 4RT2A 4BRQA 5D46A 1WYGA 2AA4A 4E7HA 2BANA 4I6MB 2RHKA 5AQVA 4PQUA 3KLGA 1XC9A 2YY6A 1RT3A 1HNVA 2Q31A 2R18A 4BDPA 5KFKA 3SBTA 7ICJA 4K4IA 4F5NA 1EX4A 3EKUA 1Z25A 2ZJPL 3UKRA 1GLBG 3KHRA 3T1HK 4JAXA 4C23A 1HNXK 3L6QA 3HM9A 3BDPA 2F96A 3PIPL 2YCHA 2NRWA 4BE2A 1IIPA 4DFPA 1YT3A 2PAVA 3SLCA 5F9NA 2AHOB 1NJYA 3LP0A 1ATRA 3ZEUB 4BGBA 3KVGA 1ZQ1C 1TVRA 4X66K 2KV2A 4CE9A 3I55N 4WQ5C 2G8KA 1E3MA 1RTIA 4E7JA 4IXCA 3MGIA 4O0JA 3ZDBA 3L4QA 3AY9A 5KFAA 4B9LA 3OYFA 5KFYA 3I0RA 1S1WA 5AHXA 2FF6A 1TFRA 4Q44A 3MWTA 1KVBA 1KLNA 4OGEA 3WNGA 4Y2UA 5JMVA 5KFFA 5KG0A 1JCGA 4DUZK 1Q46A 4KREA 3B0YA 4Y2RA 4KI4A 1HJRA 1RZTA 1VAZA 3THXA 3NVVA 4JI1K 4KX5A 1UAXA 3NS1A 3T3FA 2KVSA 3JPSA 4B6JA 4DL7A 2CRXA 4O5KA 1ZD4A 1KAZA 1TUYA 4IKFA 4KHUA 4JD2B 5KFTA 4O3QA 5DM6L 4EZ9A 4XIUA 3P83D 4MHVA 1NGCA 1TYQA 3ZYYX 4B1VA 1IV0A 3FC4A 1EO1A 4UB3A 3ITHA 1NKBA 2R8GA 3UMGA 3M6GA 1T6DA 1HPMA 4LFCK 3CF5L 4M3WA 2VANA 5J29A 2W9CA 3SYZA 2QXLA 4KHYA 3OSPA 3UXPA 4ECSA 1Z3EB 5AK5A 3QZ7A 4UAZA 5ALEA 3IAYA 1GO3F 4GXIA 3H8WA 3U4LA 4HCCA 4K4HA 5CJ7A 2KVCA 2MUTA 2HNZA 3SMSA 2GV9A 4Z4EA 3OY9A 1ZBUA 2FDRA 3MN7A 4EENA 2WHEA 4CJPA 4KHNA 5KFJA 1Z26A 2PBDA 1LCUA 4CI6A 4Z94A 4F4XA 2O8FA 4QWAA 2NNWA 3C6AA 3SMVA 4WF9L 4FWMA 2YB1A 3OS0A 3PLAA 2WAQF 1RTDA 4FK4A 3SR6A 1VDVA 3V7LA 1TUUA 4M7YA 3DXKB 2W9MA 3QU4A 3IDHA 2IOCA 1Q82O 4DL4A 3Q8KA 1J53A 3BY5A 3C29A 5AKJA 2EANA 4QIWF 3C5GA 3BS5A 5L1JA 3I56N 3V81A 4JRPA 5DBAA 2JR5A 5DDYA 5ALQA 2B5JA 3UKUA 3PW7A 1NGJA 4M0AA 1WB9A 4ILHA 3WXJA 8ICNA 1OVYA 4M2YA 4EFHA 4IEIA 1TL1A 4C7YA 3VQCA 5FRNA 5HRRA 3T5HA 4BR2A 4IQTA 5DGAA 3GFKB 4MEYA 4BC4A 4EAHD 5FP0A 1MSWD 3CC4N 3NBPA 4CJQA 1BQNA 1Y64A 1KKXA 1XWLA 4RQ4A 1S9FA 1TK0A 4J03A 3QEPA 2Q36A 3GL1A 3ETLA 2HW3A 2XI9A 8ICTA 1Q86O 1ZQFA 1B9DA 2HHWA 3H3NO 3VC8A 2QB0A 2UVRA 4LVSA 4RQ7A 2OANA 2GX9A 3T19A 1U48A 2Y0SF 2J6UA 3ALYA 4Q0BA 2F76X 1ZQSA 1ZQVA 1Y88A 4OO1J 1DGKN 3BP8A 5L1KA 1QHTA 4RZRA 3AUOA 2Q4TA 1WUAA 3TTFA 3HOTA 5EU7A 1A5VA 4ID1A 1X9SA 4XQ8A 1BIZA 1WLJA 3RTVA 2VG5A 4IG0A 4H5VA 3THWA 1TL3A 3MDAA 4CGHA 1N60A 2WF9A 1I39A 3CHWA 2IIRA 1SB3C 5AQIA 4YMNA 2KMDA 4R65A 1X2IA 3PMNA 1FEZA 3IM1A 3ZT3A 4FVUA 1Q81O 1UA1A 5CYMA 3DLKA 3VOVA 4E1JA 2Y1IA 4PL2A 1TAQA 5F3XB 3KK1A 5EVZA 2HHXA 3ATVA 2OPPA 4WE1A 4WQ4A 1ZQEA 3G71N 2W7PA 4JI5K 5HR7A 3AARA 1S5JA 8ICQA 3G0ZA 3KZXA 3A0HU 1HRHA 1MN8A 2NRXA 3MN5A 5KI6A 3OYMA 5J2PA 4PGYA 5AQQA 3D2SA 3ZT2A 3OS1A 2BCSA 3QX7A 1ZQYA 3IG5A 4CF3A 3QDKA 4J9QA 4P0PB 2IAJA 3A8YA 4ECUA 3KK7A 5AI8A 4BQZA 3GG4A 9ICFA 1ZQMA 5BOLA 1T05A 1NJIO 5JLFA 1K1QA 1K8KA 4IO9L 1N48A 4HTUA 5AIBA 4QW9A 5AM2A 1NGEA 2RP5A 3DMJA 5HRNA 3G6EN 4HVJA 2GOLA 3NH2A 1COOA 1FIQA 3KD3A 4F71A 1V4TA 3A0IX 2UUBK 2LI6A 2H3GX 2JWLA 3LP2A 3MCPA 3LDSA 3C95A 3TAFA 1NJWA 4CEBA 3IFRA 1TVAA 3H45C 4ZOHC 3O4WA 5GIOA 2P6UA 3AN1A 4NLCA 2WF6A 5F9LA 1S6QA 4OKEA 1SV0C 7ICIA 4NXMK 2K8AA 5ALDA 5AQWA 2R7YA 3ALRA 2ZIVB 4LZGA 2W04A 1RDAA 9ICEA 5C25A 4ZTJA 1DKGD 4BROA 3ZSVA 2HVHA 2E4LA 5EXWA 5C42A 4A62A 2E1FA 1OKJA 3I8DA 5CA7A 2EZZA 1NMDA 1U2VB 2W9BB 1TAMA 3FZFA 3RMCA 3TFRA 3VQDA 3K58A 1RBVA 3L2UA 3IHQB 2VJ4A 2NO4A 3O4NA 5C2DA 2P9IA 1JX4A 3VEXA 4EBDA 2BQRA 1BHLA 4CK1A 4O0IA 1U9LA 4C8LA 4IWVA 3VF4A 2FBVA 5KQDA 4OVLA 2ESEA 4ILJA 1N5YA 2OTJN 3K57A 3MFHA 4C80A 1FW6A 2D8CA 4OKKA 5M1QA 2NLXA 3OYIA 2YX8A 2ES6A 1RGIA 3F5EA 1QVGM 5KRSA 4XA5A 4YD2A 5KAIU 4EBCA 2XY8A 2H3FA 3U9DA 4NWIA 4I2PA 4A2AA 1PZNA 2ZIUB 2R8HA 1YZ7A 2ZQBA 1JLEA 1K6YA 3R8EA 4O8KA 3WNFA 3F2BA 1YI2N 3VQ4A 1NU0A 4KLEA 4CHZA 3H7IA 1N33K 2H3IA 3DDHA 5DQIA 1Z00B 1V4SA 4CF2A 2YHYA 3FAHA 4ELTA 2J4RA 4CF8A 1BNOA 3L3FX 4C8NA 4F5RA 2BZFA 1SWWA 1VQLN 1NK4A 1ASWA 1ZJMA 3WXMB 3ZSOA 4QZAA 5HHHA 3KLEA 5L9XA 3N4PA 3V9XA 4NJ8A 2BDUA 3TADC 1HYVA 3RBEA 5BN9A 3D6RA 5KFSA 1NNEA 4JV1A 4YFKA 2KQ2A 1YUWA 1L7PA 1E4FT 4UW9A 4DLGA 1OH5A 2UYTA 1KVAA 2A40A 3RH6A 1Q3VA 1GLLO 4FBUA 4C4SA 3SK3A 3OGUA 4AM6A 2YMLA 3FE1A 2QEXN 4CZHA 4QNLA 2JZBA 3UQ0A 3KKAA 2B0CA 4DV5K 3QEBZ 4FWPA 3HSCA 3MMVA 1IG9A 1XUPO 2F7TA 3TQ1A 4OPAA 2GUIA 4CGZA 2R8IA 3OYLA 1SZ2A 3QICA 3L4IA 3LYSA 2ZM6K 2RPIA 3OHAA 4BRPA 5BRDA 4NO7A 1N61A 4CHOA 3FZMA 3DM2A 5IIIA 3CNHA 2VJ5A 4DQIA 5AK4A 2AU0A 3AAPA 1Q8KA 1LOTB 7ICSA 1X9WA 5EY4A 2PYLA 2GLEA 5ALNA 2KJ5A 2DPIA 4MF8A 2AP1A 3UE5A 1WSGA 4DR5K 3MR3A 2AGOA 4R79A 4N76A 2D3DA 2F1IA 4P0QB 2P9UA 4LC9B 2R8JA 3CI5A 3M9OB 3K1ZA 4IR9A 4CHYA 2UXDK 4CHPA 1QLNA 3QFPA 2E8PA 3K9JA 2ITMA 4Z6FA 3SQ2A 4R66A 3DLBA 4KI6A 3EPIA 1N2XA 5ALXA 5DQHA 4Y2VA 3V6KA 2HOFA 4F91B 5TKWA 1IV8A 4CNQA 3GZFA 4FJMA 2N1RA 3WUHA 2IGIA 2HHQA 4KLFA 3OVNA 3HP6A 4HAIA 2JEIA 8ICSA 1X3NA 1BIUA 1HLUA 2O8DA 1F5SA 3V72A 4RG8A 3VQAA 4H5TA 8ICHA 4B3SK 1RBSA 3SD7A 3ID6A 3V1OA 2LM1A 3H8MA 1FXXA 1ZQJA 4P4MA 4MFFA 4MF2A 5KL1B 4LFAK 2IOFA 3MEGA 2P51A 3O80A 2IMWP 2W40A 4IS7A 2BCVA 2EAMA 2RF2A 3TAGA 2PXIA 4FFDA 2P9SB 4DTJA 4J9KA 4CEDA 4UAVA 2QB1A 3KHYA 3WK6A 5ADXA 4FYDA 3IG8A 4O5EA 1N32K 3NASA 3QESA 5ALTA 3RMBA 1JLGA 4DTPA 4CBWA 4DR1K 2ZUCA 4FBTA 1G99A 5AR0A 3N28A 4FE3A 4OJRA 4ED0A 1KW4A 1DOQA 3TR8A 2E6MA 3AVAA 1S0VA 4E7LA 4QZHA 3J81j 3C5FA 3PV8A 1YHQN 1U45A 4RW8A 5FPMA 3ZLJA 3CD6N 4DQRA 2BH1A 2CGJA 3UKRB 4ECXA 3PNCA 3FGUA 2WF8A 5AI9A 3SQ4A 5DBCA 3RB4A 2P9KA 4E1NA 4GKKK 4PHPA 5FPDA 2W11A 2YMQA 5BOMA 1ITGA 2KEYA 4AP9A 2YHBA 2IS3A 1WSHA 4AHVA 3CM5A 5DB8A 3EY1A 3B6OA 5FDLA 3AQEA 4B3MK 2W41A 3HO1A 4R8UA 4NLKA 7ICUA 2HOQA 2JRZA 2Z1HA 1W7AA 4KN4A 4J9RA 2F9TA 4BR4A 1XMOK 3P31A 3H1QA 5J2DA 5EWGA 1NGHA 4J2BA 1QQ7A 4YFUA 2X6SA 2NRHA 4DV7K 2E5LK 3MBYA 3THXB 3S9HA 1YZ6A 4PKIA 4CZGA 5T14A 4M3YA 4B8AB 3PUFA 5C2FA 4C1NI 4AYBC 4IRCA 1DT9A 1VSMA 4ICLA 5FPEA 3ZCMA 5DDMA 1ZQHA 4DSJA 3V9WA 1TYQB 3NUQA 3KIOA 4CZEA 2QWRA 2P1JA 1COKA 3OJSA 1CZAN 4DU4A 2C28A 3HKZF 4EEKA 1LAVA 1QZ6A 3WKAA 4RCHA 2KP7A 2W9CB 2WTUA 2PMZC 4RPYA 4BG9A 3EZWA 5JVGL 1TE2A 2YTUA 1Z1VA 2W9BA 1SKWA 4DFJA 2HF3A 2MUTB 4YOUA 5H1SQ 8ICLA 3DXMA 4LH4A 5AQNA 2W54A 4FOEA 2I6XA 5C12A 3J8AA 4FM0A 1H38A 4PUOA 1D9DA 2BPGA 2KD1A 1V38A 4BWJA 2UVUA 1EWRA 2O8FB 4KLIA 3CMEN 1Z05A 1VRUA 4YCXA 1D4XA 2NYVA 3RJKA 4RPZA 1NJZA 2A3ZA 3SBGA 5AM4A 3PR5B 1NWKA 3OHRA 2B4JA 1ZQZA 3NE6A 4K25A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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3O9RA 2V52B 4AYBF 2A5XA 5KQ8A 4MLHA 4H0TB 1KQSM 1KXPA 4AF1A 3P38A 4BRFA 2E88A 3NMUA 2ZIVA 4AM7A 4ISFA 3TU5A 4FZMA 3SAGA 1YAGA 3D2FB 1U2VA 1NGGA 4K42A 4A61A 4DHYA 5AQJA 4FWSA 3C65A 3O9QA 2HMPA 5GAEP 2M0NA 4WJ3B 3D2QA 3WQUA 5KL8B 3LDNA 2E1EA 2HBKA 3H46O 2JH1A 3H3OB 5GINA 2E8AA 3NRWA 2HSTA 3LM2A 2KJ8A 5HL7L 4Y0WA 3ATUA 2ZIUA 1VQ6N 1VQ9N 2D6FC 5HR6A 3EE9A 3JS6A 3QFUA 1GLFO 2F9WA 4KBOA 4BR7A 3O5BA 4UY8O 3IMXA
chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4QJF B;  2RRD A;  2HBJ A;  2E1F A;  2MA1 A;  1YT3 A;  3CYM A;  5C0Y A;  4OO1 J;  2KV2 A;  4CGZ A;  2HBM A;  3SAH A;  1D8B A;  2HBL A;  4NLB A;  4CDG A;  4O3M A;  2E1E A;  2HBK A;  4NLC A;  2DGZ A;  2CPR A;  1WUD A;  1GO3 F;  2RHF A;  4QIW F;  3SAG A;  3SAF A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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