3SB5A

Zn-mediated trimer of t4 lysozyme r125c/e128c by synthetic symmetrization
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
GPMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKCWDCAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb5A00
1C6HA 1L63A 1DYFA 1OYUA 4IAPA 1G0PA 4ARQA 4OO9A 2RH1A 1L16A 206LA 211LA 178LA 1L04A 241LA 1L61A 1L0JA 1CUQA 1OV5A 1C63A 1KW5A 1L05A 3DMXA 125LA 1L72A 1C67A 1L91A 261LA 3C7YA 151LA 2B70A 2LCBA 4I7NA 1CU3A 4W55A 159LA 1L95A 4YXCA 3GUMA 1L26A 1L03A 104LA 1G0KA 175LA 1XJUA 4W51A 1SSWA 222LA 1L77A 251LA 1L15A 1L49A 223LA 2RBNA 1L30A 4EPIA 1C6MA 1T8GA 3HTBA 1OVJA 3RUNA 4ARPA 2O79A 1L51A 1L32A 1T8AA 1QT6A 107LA 1QTZA 1QT4A 1LGXA 4W54A 4W58A 4GRVA 3QAKA 228LA 1L55A 215LA 1L21A 186LA 149LA 1L43A 4I7TA 1L68A 4I7PA 2O4WA 187LA 1PQJA 3HUKA 146LA 167LA 3DN3A 162LA 1I6SA 1L34A 236LA 3DN8A 3DN4A 120LA 1L12A 1ZWNA 1L56A 1K28A 1CV4A 1D9WA 1G1WA 4DJHA 1QT8A 1L44A 1SWYA 1QTDA 3HU9A 3G3VA 7LZMA 2OE7X 1C66A 234LA 114LA 168LA 2OE4X 1CU6A 1LYJA 1T97A 3HUAA 4LDEA 1L00A 233LA 1C68A 1L71A 4DKLA 3HT9A 3GUNA 221LA 3SBBC 3HTFA 1L35A 1LYGA 142LA 185LA 1L98A 4E97A 239LA 131LA 4EKPA 212LA 4EKRA 1LPYA 230LA 3OE8A 184LA 1L62A 2OU8A 3C83A 169LA 216LA 118LA 1L53A 1C61A 1DYDA 4W57A 3SB8A 1C6NA 1G0MA 1JTNA 1JTMA 3HT7A 4LDLA 3CDVA 1D2YA 1L47A 1LGUA 1JQUA 1C6GA 245LA 103LA 102LA 3HTDA 1D2WA 1LI2A 242LA 1P6YA 1C6PA 4W56A 2RAYX 145LA 2OEAX 1L42A 2QARC 1B6IA 1PQIA 4ARMA 4I7MA 3C8RA 1L31A 1L17A 232LA 1LI6A 1L57A 1QTCA 1T8FA 2NTGA 112LA 3ODUA 213LA 3SB7A 1PQMA 147LA 1D3MA 1L22A 2OE9X 3NY8A 195LA 1L41A 4W59A 3UONA 250LA 1LW9A 210LA 174LA 4W53A 1L54A 164LA 3GUPA 6LZMA 1DYEA 1L86A 1L36A 1QSBA 111LA 172LA 1LYFA 1CUPA 235LA 2F2QA 3GUIA 1L07A 1LYDA 3C7WA 3CDOA 4YX7C 1LWGA 177LA 1QUOA 1QS5A 170LA 2A4TA 3NYAA 4EKSA 1DYGA 2OU9A 218LA 2CUUA 3CDRA 1L18A 4DAJA 3C8SA 1KNIA 1P64A 4K5YA 220LA 1L29A 1CU0A 2OU0X 3DN1A 3HH5A 227LA 1QTHA 1L64A 143LA 1SSYA 3OE0A 1L45A 196LA 163LA 1CV5A 3HH4A 3F9LA 1G07A 1L99A 1L59A 1C6AA 4ARMB 1NHBA 3DN2A 1C64A 1C6DA 115LA 2RB2X 3CDQA 2ANVA 1KW7A 1KY0A 244LA 141LA 3D4SA 158LA 3CDTA 192LA 1L65A 4LZMA 3GUKA 229LA 1XEPA 1QUHA 127LA 1L19A 190LA 1CTWA 3HWLA 1G0QA 2NTHA 3PDSA 1L13A 1G1VA 148LE 1L37A 2LZMA 3SBAA 199LA 1CV3A 1CV6A 138LA 4YXAC 1L25A 4PK0A 189LA 1KS3A 1L48A 3OE9A 3HH3A 173LA 2B6XA 2B6YA 3HH6A 3RZEA 157LA 3HDFA 1CX7A 1P46A 3C7ZA 3HT8A 3HT6A 1L82A 1L38A 1C62A 2B72A 225LA 1EPYA 1L33A 3DN6A 1L81A 2RBQA 205LA 1L46A 1C6TA 1G06A 122LA 224LA 1ZURA 3V2YA 1CU5A 1L58A 1QTVA 1C6EA 237LA 1DYCA 1WTHA 3C80A 1XJTA 4LDOA 123LA 1L10A 4EXMA 3HU8A 3SB5A 2B75A 1G0JA 3HUQA 1LYHA 1T6HA 4AQNA 1QT5A 2RAZX 4I7JA 2B6WA 1L01A 4I7RA 113LA 137LA 1L96A 1C6LA 1QTBA 182LA 1G0LA 2Q9EA 1L06A 155LA 3OE6A 1L39A 1C69A 255LA 1L89A 1P37A 1L69A 1P36A 130LA 3GUJA 1L27A 3FI5A 3HDEA 1L76A 183LA 2HUMA 191LA 4S0WA 4I7QA 166LA 3F8VA 214LA 156LA 1PQDA 3SB9A 4GBRB 4PJZA 129LA 254LA 2HUKA 3JR6A 1L20A 2B6TA 161LA 3L64A 1KY1A 231LA 144LA 3L2XA 248LA 1L67A 1ZYTA 1L87A 1L52A 1L28A 2OTYX 3K2RA 1D3NA 128LA 1LLHA 1L79A 209LA 2RBPA 1LGWA 1C6QA 2ANXA 4EJ4A 3DMZA 1L66A 1QS9A 1CU2A 1L97A 1LWKA 1L93A 238LA 2HULA 1TLAA 201LA 171LA 1P2LA 119LA 3GULA 140LA 200LA 139LA 2B7XA 1L80A 2RB1X 1L74A 180LA 1L08A 1DYAA 1SX2A 1C6CA 160LA 2RBOA 1SWZA 1P56A 188LA 181LA 1L24A 243LA 1D3FA 2F47A 262LA 3PBLA 1L92A 1C6JA 1L73A 2O7AA 1P7SA 1C65A 1CVKA 3C8QA 4I7KA 109LA 2QB0B 3DMVA 256LA 1P5CA 3DNAA 253LA 165LA 1L94A 1LI3A 259LA 1C6KA 2OTZX 3G3XA 1L90A 2IGCA 1OWZA 1QT3A 3SN6R 1L84A 1PQOA 126LA 247LA 3GUOA 4W52A 4I7SA 1QUGA 1L60A 1L85A 5LZMA 1OV7A 4ARQB 1L83A 3EMLA 1L09A 1LYIA 3HTGA 226LA 1CV1A 1D3JA 3VW7A 2L78A 3LZMA 1L40A 1SX7A 1CX6A 1C6FA 1DYBA 217LA 249LA 257LA 4ARLA 4ARJA 4EKQA 1G0GA 1L50A 1L11A 1OVHA 1P2RA 240LA 258LA 4ZPUA 246LA 2F32A 198LA 1L70A 2B74A 2B6ZA 1OVKA 1L14A 1C6BA 3FADA 1C6IA 3C81A 252LA 1OWYA 2RBRA 176LA 2Z6BA 3FA0A 3DKEX 152LA 260LA 1L88A 1QT7A 1CV0A 1L23A 3DN0A 1PQKA 3SB6A 110LA 1P3NA 150LA 1L0KA 4I7OA 1L02A 1LYEA 197LA 2Q9DA 2RB0X 1C60A 219LA 108LA 4EPFA 3G3WA 3C82A 3V2WA 5I14A 1QUDA 2B73A 1L75A 3NY9A 2LC9A 1QSQA 4I7LA 2RBSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4B4JA 3WPLA 3P64A 4H9HA 3RU5A 1G0PA 5LXWA 3ATOA 3K3TA 2RH1A 2BQBA 2BQCA 206LA 1B5YA 1L04A 1FDLY 1J1XY 4LFPA 1IOTA 4ET8A 1CUQA 3DMXA 4XJFA 4WLTA 1GFTA 1B0DA 261LA 1G7MC 1CKHA 1HFXA 5HLLA 159LA 5LYMA 104LA 3CB7A 4G9SA 1OUCA 2BQEA 3WUMA 175LA 1LMNA 4W51A 1SSWA 251LA 4B1AA 1L15A 1AT6A 4NFVA 223LA 3HTBA 1OVJA 3RUNA 107LA 1ZV5L 3FI7A 4W58A 1RI8B 2H9JA 1L21A 1L43A 3A67Y 4NHIA 3GXRA 4OW1A 2O4WA 4HJYA 2EKSC 1UBZA 1LJEA 2CJLA 3DN3A 1HF4A 4W96A 3WXUA 1L34A 1AKIA 2BQJA 3WU7A 1IWWA 4NWHA 1HEWA 3HU9A 2BQAA 7LZMA 234LA 1JEFA 1T97A 4LDEA 1L00A 233LA 4IATA 3EMSA 4YEMA 3TXHA 4B4IA 1ALCA 3B72A 3HT9A 3GUNA 1GB0A 1GB8A 4CGEA 142LA 1L98A 1GB6A 1E8LA 118LA 1A4VA 1GFKA 1L53A 1C61A 3W6EA 4LYCA 1C6NA 3SB8A 1G0MA 5DM9A 1GD6A 4WM3A 154LA 4PGJB 4HJVA 1WQMA 103LA 102LA 4LYBA 1GFJA 1BB3A 4NHPA 2RAYX 2OEAX 4NSIA 1CKDA 4ARMA 1I1ZA 2RSCA 4OWEA 2BQGA 2BLXA 232LA 1LI6A 2NTGA 4LYMA 5AMYA 5E4PA 1D3MA 2Z12A 1LSDA 3NY8A 1F6SA 3UONA 210LA 4H93A 1LZAA 164LA 4NGOA 2DQCY 3GUIA 4B49A 1WVUA 1GHLA 1L07A 1LYDA 4ZIXA 1GPQC 2DQJY 1LWGA 1QS5A 2A4TA 218LA 2CUUA 1L18A 4DAJA 1GFGA 4K5YA 1L29A 1CU0A 1YKYX 143LA 1SSYA 1L45A 3ZEKA 196LA 2F2NA 1CV5A 3VWOA 2ZIJA 3F9LA 4TWSA 4DDCA 1NHBA 1G7JC 1UUZC 2YSSC 1LHLA 3CDQA 244LA 1JTOL 4TSCA 1BB6A 3CDTA 5KXKA 5JENB 5I54A 1XEPA 5KXOA 3HWLA 1GF5A 1L13A 3LYOA 1ZVYB 1XGUC 4NWEA 1CV3A 138LA 4YXAC 1UIHA 4NGWA 1KS3A 2NWDX 3OE9A 1P46A 3HT8A 5APDA 1LTMA 4PPOA 3HT6A 1L82A 1L38A 3A96A 1HSWA 4HJZA 1GBOA 3DN6A 2RBQA 194LA 224LA 3AZ7A 2MEAA 1IP3A 1YILA 1CU5A 1C45A 1QTVA 5LVJA 4LFXA 1DYCA 3WU8A 2HEEA 2BQHA 4BAFA 1XSFA 1LYHA 2PC2A 4AQNA 5D5CA 2RAZX 1NF5A 3G3AB 4TTDA 1L96A 182LA 1L06A 1GDXA 1QSWA 255LA 1GXV2 5A3EA 3TXBA 5ILCA 3HDEA 2HUMA 2YBLA 191LA 156LA 1PQDA 1GDWA 4N8ZA 1GE2A 129LA 254LA 1HFYA 2Z37A 4OOTA 3A93A 3JR6A 161LA 1LSAA 1LJKA 1KY1A 231LA 4DD3A 5KXMA 1B7LA 1L52A 4NHQA 2OTYX 3WH1A 1L79A 4NIJA 2VB1A 2XJWA 1LGWA 1YQVY 1LJ3A 1L66A 1CU2A 153LA 4H9FA 3GULA 140LA 139LA 180LA 1GXXA 1KIRC 1SX2A 2RBOA 1SWZA 4DQ5A 1EQ5A 4G4CA 1L24A 2ZNXY 2XTHA 1GWDA 262LA 1C6JA 4YEOA 4I7KA 4TX7A 4KT3A 4KL7A 5B1GA 2C8PA 165LA 4OWCA 4N9RA 2Z39A 1QT3A 4NGJA 1PQOA 4LYTA 4W52A 4I7SA 1L60A 3ZVQB 1V7TA 3HTGA 1D3JA 3VW7A 2BQKA 1CX6A 1UIGA 3WL2A 1OUAA 1IP5A 4ARJA 1GB7A 4DD1A 4EKQA 1QUSA 1RFPA 1G0GA 1L50A 3N9CA 1L11A 4Z46A 2DQGY 1B7MA 5B06A 246LA 3OJPA 4J1AA 198LA 4NGIA 2B74A 1L14A 1C6IA 3C81A 1BWJA 3A90A 1LZGA 1B7RA 5A3ZA 2DQHY 2BQDA 2IFFY 2N5ZA 1L23A 1B5ZA 1NWGA 110LA 1P3NA 2YDGA 1L02A 5HMVA 1LYEA 4WLXA 1JWRA 2RB0X 4HV1A 108LA 3A91A 1B5UA 3B0OA 4N5RA 1LJJA 4H9CA 1HMLA 5IHGA 1NMMA 3TMXA 2RBSA 1B5VA 3WUAA 1IWZA 5KXZA 5II3A 1RCMA 5L3IA 3ZVQA 1HC0A 1JITA 4I8SA 1HEPA 4NSJA 6LYTA 3T6UA 1L16A 1LJNA 1HSXA 211LA 178LA 241LA 4TUNA 4LT2A 1L0JA 5LINA 5FEKA 1XEKA 4ETDA 1OV5A 4ML7A 5DL9A 1JJ3A 1L05A 1YL1X 4G49A 3FE0A 4H9AA 4E3UA 3C7YA 2LCBA 3W6DA 4I7NA 1CU3A 4NGZA 3SP3A 1HENA 1HNLA 1XJUA 2RBNA 1C6MA 1OUHA 3AB6A 4TSBA 2H5ZA 1QTZA 1QT4A 4GRVA 3QAKA 4D9ZA 228LA 132LA 215LA 2DQIY 4HPEA 4M4OA 4LYOA 1UIEA 1WVVA 187LA 3HUKA 3IJVA 1RJCB 1IP1A 1CV4A 1D9WA 1G1WA 2A7FA 1QT8A 1VAUA 1OUFA 3WYHA 4BS7A 1GB9A 3G3VA 1LOZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4B4J A;  3WPL A;  3P64 A;  4H9H A;  3RU5 A;  1G0P A;  5LXW A;  3ATO A;  3K3T A;  2RH1 A;  2BQB A;  2BQC A;  206L A;  1B5Y A;  1L04 A;  1FDL Y;  1J1X Y;  4LFP A;  1IOT A;  4ET8 A;  1CUQ A;  3DMX A;  4XJF A;  4WLT A;  1GFT A;  1B0D A;  261L A;  1G7M C;  1CKH A;  1HFX A;  5HLL A;  159L A;  5LYM A;  104L A;  3CB7 A;  4G9S A;  1OUC A;  2BQE A;  3WUM A;  175L A;  1LMN A;  4W51 A;  1SSW A;  251L A;  4B1A A;  1L15 A;  1AT6 A;  4NFV A;  223L A;  3HTB A;  1OVJ A;  3RUN A;  107L A;  1ZV5 L;  3FI7 A;  4W58 A;  1RI8 B;  2H9J A;  1L21 A;  1L43 A;  3A67 Y;  4NHI A;  3GXR A;  4OW1 A;  2O4W A;  4HJY A;  2EKS C;  1UBZ A;  1LJE A;  2CJL A;  3DN3 A;  1HF4 A;  4W96 A;  3WXU A;  1L34 A;  1AKI A;  2BQJ A;  3WU7 A;  1IWW A;  4NWH A;  1HEW A;  3HU9 A;  2BQA A;  7LZM A;  234L A;  1JEF A;  1T97 A;  4LDE A;  1L00 A;  233L A;  4IAT A;  3EMS A;  4YEM A;  3TXH A;  4B4I A;  1ALC A;  3B72 A;  3HT9 A;  3GUN A;  1GB0 A;  1GB8 A;  4CGE A;  142L A;  1L98 A;  1GB6 A;  1E8L A;  118L A;  1A4V A;  1GFK A;  1L53 A;  1C61 A;  3W6E A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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