3SB5A

Zn-mediated trimer of t4 lysozyme r125c/e128c by synthetic symmetrization
Total Genus 58
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
58
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
GPMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVRGILRNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKCWDCAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 58
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb5A00
1QUGA 2OE9X 1L80A 3HH6A 1L94A 1L14A 2F47A 222LA 1C66A 1CV1A 1KS3A 1P46A 2ANVA 4ARQA 1G07A 1QT6A 4LZMA 1LYDA 1P5CA 3C8SA 4I7QA 1L11A 1L83A 1TLAA 164LA 4ARQB 1P7SA 1L73A 1C6AA 2B6WA 1C6FA 232LA 1P2LA 115LA 2O7AA 1L92A 1L04A 1SSWA 1L17A 1L91A 2RBSA 3HWLA 1L57A 3DN1A 180LA 3QAKA 4ARPA 1QUHA 3V2YA 4OO9A 128LA 103LA 2OEAX 206LA 1CV5A 1L74A 3C7ZA 3OE0A 1T8FA 1D2WA 258LA 174LA 3SBBC 1QTBA 1DYBA 1L87A 4S0WA 1DYAA 1LW9A 188LA 3CDQA 4GBRB 1CU0A 3HH5A 1SX2A 1C65A 3HUQA 253LA 1D3JA 1L16A 246LA 1LLHA 199LA 4LDEA 1L62A 2HUMA 158LA 3DKEX 1L07A 3L2XA 3PBLA 1L27A 2ANXA 1QT3A 1L44A 4EPFA 1P56A 1T8GA 2RB0X 1L85A 1L84A 1PQDA 4I7KA 150LA 3EMLA 1L45A 1XJUA 3FADA 3SBAA 1G0JA 3C8RA 1L86A 215LA 1L43A 249LA 3DN3A 166LA 4EKQA 1QUDA 1L35A 152LA 1C69A 1LI3A 2B6XA 1CU3A 1L24A 3DN2A 3JR6A 3NYAA 255LA 3D4SA 1L77A 4LDLA 1PQIA 2RBNA 131LA 2A4TA 1NHBA 1L06A 4I7RA 1L0KA 1SWYA 155LA 1D2YA 3K2RA 1L00A 1B6IA 231LA 3SN6R 3C7YA 4DKLA 1L54A 1L69A 4YXCA 1C60A 168LA 2B6ZA 2OE7X 1JTMA 1QT4A 2O4WA 4K5YA 3V2WA 1P3NA 1T97A 161LA 1KY0A 172LA 3GUMA 3HU9A 1LYJA 1L89A 1OWYA 3DMVA 4YX7C 3SB9A 162LA 3HT9A 2B7XA 1LGUA 3UONA 247LA 157LA 4AQNA 1L51A 237LA 3SB5A 3L64A 1L25A 1KW7A 1D3NA 144LA 3C83A 130LA 122LA 1L93A 3OE8A 175LA 1C6GA 1OWZA 2RBQA 1C67A 1KW5A 1SX7A 4I7PA 1P64A 170LA 1C6MA 1LWKA 1L20A 4ZPUA 1D3FA 1C6KA 6LZMA 182LA 3SB6A 176LA 1L63A 1C6QA 142LA 1C6DA 1PQJA 1L42A 1L39A 1LYGA 2LC9A 254LA 2B6YA 1L47A 3OE9A 1QTHA 1QSQA 1L41A 4I7SA 1G0PA 140LA 201LA 3C81A 3HH4A 3HT7A 2F2QA 1QS9A 169LA 1L72A 123LA 137LA 2F32A 1SSYA 2RB2X 1L0JA 1CV6A 1L30A 109LA 1K28A 4W57A 1L64A 4I7MA 181LA 3HH3A 2OU8A 1G0MA 107LA 2NTGA 112LA 1L60A 221LA 3HUKA 1P2RA 146LA 1QTDA 171LA 4I7TA 2Q9DA 3HTDA 4LDOA 151LA 160LA 1XEPA 3GUIA 163LA 3G3XA 1C64A 4W55A 1LGWA 4W51A 184LA 238LA 1LWGA 4DJHA 1G0QA 2LCBA 1L79A 1L53A 110LA 1LGXA 1OVKA 3OE6A 1L13A 1C68A 2QB0B 167LA 1DYEA 1G0GA 3FI5A 120LA 1C6NA 4W58A 1L58A 4YXAC 1QTCA 4ARMA 4ARJA 127LA 119LA 1CUQA 2B74A 1OVJA 2RB1X 209LA 4EXMA 2RBRA 4W56A 1LYHA 1CV3A 1L82A 260LA 1DYCA 4I7OA 3G3VA 138LA 226LA 1L12A 1KY1A 1G0KA 178LA 1QTVA 2B75A 1XJTA 1G1VA 219LA 1QTZA 3GUNA 1L38A 248LA 1CVKA 216LA 261LA 1OV7A 1L33A 233LA 1L95A 1LYIA 4IAPA 1L22A 1L34A 129LA 143LA 195LA 3HTFA 220LA 2IGCA 2B72A 189LA 1L31A 1L61A 4GRVA 250LA 244LA 4W52A 1QUOA 3DN6A 211LA 148LE 228LA 3DN8A 1LYEA 2RH1A 242LA 2QARC 3GUPA 239LA 3DN0A 1CX6A 3SB7A 104LA 1L21A 1L66A 1QSBA 1WTHA 234LA 229LA 111LA 1JQUA 3C7WA 2RBOA 3HU8A 141LA 3CDOA 4EPIA 213LA 3RUNA 1P36A 1LYFA 227LA 4W53A 2RAYX 1L52A 1L98A 1L19A 190LA 118LA 1D3MA 1L55A 1JTNA 1L05A 1T8AA 3RZEA 257LA 210LA 3F9LA 3HDFA 1C6BA 1CU6A 1L09A 1L70A 3HT8A 1ZWNA 3FA0A 3DNAA 1C6PA 108LA 197LA 145LA 1L90A 212LA 4EKRA 2OU9A 1L26A 235LA 1C63A 1L03A 1L56A 1ZURA 1L36A 1L28A 1L29A 3CDRA 4EKSA 1L99A 1L37A 173LA 3HUAA 126LA 1DYGA 2L78A 1L49A 1L88A 1G1WA 3DN4A 1CU5A 1L08A 252LA 3DMZA 1QT5A 139LA 2HULA 2RBPA 3GUOA 224LA 4I7JA 1L97A 2NTHA 2OTZX 4ARLA 1CV0A 1L46A 1C6EA 3HTBA 3NY9A 4I7NA 196LA 214LA 2Z6BA 3GUKA 3SB8A 3NY8A 1T6HA 2LZMA 243LA 1L10A 3HDEA 1G0LA 2O79A 4PJZA 1OYUA 1L71A 1QT8A 1L65A 3CDVA 1C61A 1L81A 262LA 3LZMA 1C6LA 245LA 2RAZX 2OTYX 4I7LA 1L40A 114LA 125LA 1C6CA 223LA 1QT7A 185LA 1KNIA 1LPYA 1EPYA 1P6YA 198LA 1OV5A 186LA 3ODUA 1D9WA 5LZMA 1OVHA 256LA 1LI2A 2B6TA 1G06A 1L59A 1LI6A 1P37A 4EKPA 4ARMB 191LA 3C8QA 1PQMA 2CUUA 1L76A 4PK0A 1L23A 156LA 3C80A 102LA 113LA 1C6TA 1L01A 149LA 2B73A 3PDSA 225LA 240LA 1L18A 1I6SA 4EJ4A 2OE4X 4W54A 205LA 177LA 1CUPA 1L96A 218LA 251LA 1C6HA 2Q9EA 1L48A 1C6JA 5I14A 187LA 200LA 1L68A 1ZYTA 3GUJA 7LZMA 217LA 236LA 1CU2A 1L67A 192LA 159LA 1C6IA 1PQOA 4DAJA 2B70A 1CTWA 3DMXA 3GULA 1QS5A 3HT6A 1DYFA 3G3WA 3C82A 4W59A 2OU0X 3CDTA 147LA 3VW7A 183LA 1C62A 1PQKA 1DYDA 1L75A 241LA 230LA 165LA 1L02A 259LA 1CV4A 3HTGA 4E97A 1SWZA 1L32A 1L15A 1CX7A 3F8VA 1L50A 2HUKA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4ET8A 3HH6A 1L94A 3RT5X 4DQJA 4GCEA 222LA 1C46A 1C66A 1CV1A 2ANVA 4ARQA 5FSTA 2Z37A 1AT5A 3C8SA 1L83A 1TLAA 4YOPA 4ARQB 1DZBX 2B6WA 2O7AA 1BVKC 4CJ2A 3A8ZA 4N8ZA 1FBIX 1GEVA 3V2YA 4OO9A 2OEAX 3AZ7A 1L74A 3W3EA 5B07A 3C7ZA 3OE0A 4EOFA 1WQRA 3SBBC 1GBXA 4J7VA 1DYAA 188LA 1QDTA 3CDQA 1QDRA 4LYMA 1CU0A 5B05A 2A7DA 253LA 3N9EA 1DI5A 199LA 4H9AA 158LA 3DKEX 1IC5Y 3AGIA 1P56A 4OWHA 1OUFA 1DPWA 2RB0X 3B0IA 1PQDA 3LN2A 1L45A 1XJUA 3J4GA 3FADA 1LHMA 4UWVA 5F81A 4QDNA 4C5FA 215LA 4Z98A 2X0AA 249LA 3QE8A 1QTKA 3ATOA 1B7OA 1LSEA 4GCBA 1CJ8A 4Z46A 5T3FA 1OUEA 1LI3A 1L24A 3NYAA 1B5YA 1DQJC 1VAUA 1A4VA 1D6QA 1L77A 3D4SA 4LDLA 5KXXA 1UIDA 1XGTC 4RW2A 1IWYA 2A4TA 3ZVQA 1LHJA 1LZAA 1SWYA 1CKCA 1L00A 1LTMA 231LA 3C7YA 4DKLA 1REZA 4TSCA 1L54A 2HEBA 4HJVA 1XEIA 4BAPA 1WTNA 4B4EA 2Z38A 3V2WA 161LA 4H9CA 3HU9A 1LYJA 1OWYA 4YX7C 3SB9A 4B1AA 1VFBC 1CJ6A 2I6ZA 2AUBA 1L51A 3K3TA 4NWHA 3N9AA 1BB5A 2H9KA 1KW7A 1D3NA 144LA 1L93A 5I5QA 3OE8A 4PRQA 3TXGA 1TDYA 2A7FA 3IWRA 1SX7A 1FKQA 2Z2EA 4ZPUA 1C6KA 5KXYA 4NGIA 182LA 1V7TA 1L63A 2LYMA 1NDGC 2D91A 3WPKA 1YQVY 3GXRA 1I20A 2ZWBA 3OE9A 1QSQA 4I7SA 3D9AC 1NMMA 1G0PA 1QS9A 4MCKA 1L72A 153LA 1GB0A 137LA 1SSYA 1CV6A 2YBMA 109LA 2MEDA 1JWRA 4OWBA 181LA 4DYGA 4AGAA 1G0MA 1P2RA 1QTDA 4HPEA 151LA 1HSWA 2FBBA 2I26L 5II3A 1HEWA 2YBIA 163LA 4OOTA 5FELA 1LMAA 1LWGA 2HEFA 4J1AA 1EQ4A 3WPJA 4U3XB 2QB0B 1DYEA 5C6IA 4IJ4A 4W58A 1GDXA 1L58A 2BQEA 4H1PA 1JEFA 2Z19A 2RB1X 4ETBA 4FJRA 1LZNA 1D0LA 1GF6A 1GFAA 138LA 1L12A 1KY1A 1QTVA 2HECA 4HTQA 1G1VA 1QTZA 1L38A 4R0FA 1HMLA 1OV7A 1BHZA 1L95A 3A6BY 3A93A 1B7PA 5HNLA 220LA 189LA 1L31A 1CKGA 3TMWA 4XYYA 211LA 148LE 4W96A 4G4BA 4YM8A 1IOQA 1LMPA 4DD1A 1GB9A 4G49A 4NGZA 3TMVA 4CFOA 3AGGG 111LA 1JQUA 4NGWA 3C7WA 3FI7A 1P36A 1HMKA 227LA 1FLUA 1L52A 1L98A 1XGQC 1LYOA 4R6CA 190LA 1D3MA 1L05A 1JTNA 1T8AA 4LYZA 4B49A 3WUAA 4NFVA 1L70A 3HT8A 1ZWNA 1UBZA 2D4JA 5LXWA 1IR9A 1L26A 3A6CY 3P66A 3QNGA 2G4NA 3CQLA 1L56A 1F10A 4EKSA 1IORA 1L99A 1L37A 1LZRA 3HUAA 1LOZA 1DYGA 1AKIA 1BVXA 3DN4A 3DMZA 4OWAA 139LA 2RBPA 224LA 4WM4A 1YAPA 4M4OA 1L97A 3A96A 1L46A 1C6EA 1UIHA 1LZBA 4EMNA 1GB5A 3SB8A 4NY5A 2HUBA 243LA 1L10A 1OUDA 4PJZA 2O79A 3B0KA 5LAFA 4YEMA 3B6LA 262LA 1C6LA 2BQAA 4ETAA 1C6CA 5KXOA 2D4IA 1OV5A 1D9WA 1UACY 1LI2A 256LA 2D4KA 1TAYA 1LZDA 1B7NA 1HEQA 4ANRA 4QEQA 3TXIA 3C8QA 1GFVA 208LA 2MECA 2Z12A 6LYZA 1OUHA 4WLTA 1C6TA 1GB2A 3RNXA 1L01A 4YF2A 3AYQA 225LA 1I6SA 1D6PA 2EPEA 3A67Y 1L96A 5APEA 1C6HA 1BB3A 4H8ZA 1C6JA 4I8SA 1LZCA 1GFJA 4H9BA 1L68A 1Z55A 2BQHA 236LA 2BQMA 1W08A 1OUIA 5LINA 192LA 1H87A 1IWZA 1OUAA 5ILCA 3GULA 1FLQA 2DQAA 3HT6A 1NQIA 1DYFA 1DKJA 4W59A 1IEEA 147LA 3VW7A 1XGUC 1C62A 1L75A 230LA 1L02A 1CV4A 3HTGA 4TWSA 4E97A 5E9RA 1L15A 1GWDA 3A3QA 5C6JA 4UWUA 1DXJA 2F4GA 2D6BA 4GLAA 4QGZA 1P46A 1P5CA 4I7QA 1LSDA 1LSNA 164LA 4TSBA 5LYTA 1C6AA 232LA 1P2LA 115LA 1YL0X 1L04A 1SSWA 1L17A 9LYZA 1LJKA 3HWLA 1REYA 1GAYA 5FDJA 128LA 103LA 1FN5A 258LA 174LA 1QTBA 1IP3A 3OK0A 1LW9A 3ZEKA 2ZNWY 7LYZA 3HH5A 2BQKA 3QY4A 1C65A 1EQ5A 4NSHA 1LZEA 1GFHA 4LDEA 5HNCA 4ZIXA 1QUSA 4TX7A 5IDDA 3PBLA 2XTHA 2ZQ3A 1QT3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4ET8 A;  3HH6 A;  1L94 A;  3RT5 X;  4DQJ A;  4GCE A;  222L A;  1C46 A;  1C66 A;  1CV1 A;  2ANV A;  4ARQ A;  5FST A;  2Z37 A;  1AT5 A;  3C8S A;  1L83 A;  1TLA A;  4YOP A;  4ARQ B;  1DZB X;  2B6W A;  2O7A A;  1BVK C;  4CJ2 A;  3A8Z A;  4N8Z A;  1FBI X;  1GEV A;  3V2Y A;  4OO9 A;  2OEA X;  3AZ7 A;  1L74 A;  3W3E A;  5B07 A;  3C7Z A;  3OE0 A;  4EOF A;  1WQR A;  3SBB C;  1GBX A;  4J7V A;  1DYA A;  188L A;  1QDT A;  3CDQ A;  1QDR A;  4LYM A;  1CU0 A;  5B05 A;  2A7D A;  253L A;  3N9E A;  1DI5 A;  199L A;  4H9A A;  158L A;  3DKE X;  1IC5 Y;  3AGI A;  1P56 A;  4OWH A;  1OUF A;  1DPW A;  2RB0 X;  3B0I A;  1PQD A;  3LN2 A;  1L45 A;  1XJU A;  3J4G A;  3FAD A;  1LHM A;  4UWV A;  5F81 A;  4QDN A;  4C5F A;  215L A;  4Z98 A;  2X0A A;  249L A;  3QE8 A;  1QTK A;  3ATO A;  1B7O A;  1LSE A;  4GCB A;  1CJ8 A;  4Z46 A;  5T3F A;  1OUE A;  1LI3 A;  1L24 A;  3NYA A;  1B5Y A;  1DQJ C;  1VAU A;  1A4V A;  1D6Q A;  1L77 A;  3D4S A;  4LDL A;  5KXX A;  1UID A;  1XGT C;  4RW2 A;  1IWY A;  2A4T A;  3ZVQ A;  1LHJ A;  1LZA A; 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