3SB6A

Cu-mediated dimer of t4 lysozyme d61h/k65h/r76h/r80h by synthetic symmetrization
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
GPMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKHEAEHLFNQDVDAAVHGILHNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
molecule keywords Lysozyme
total genus 56
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb6A00
1L43A 4EKQA 1C6IA 113LA 4E97A 2RB1X 1D3FA 1G07A 240LA 3PDSA 142LA 1XJTA 4I7MA 160LA 147LA 183LA 211LA 1KY1A 3EMLA 4EKRA 150LA 1L58A 2LCBA 256LA 2RAZX 1G1WA 3HH3A 2QB0B 3SBAA 3C8RA 4GRVA 189LA 1C6DA 2RBSA 3DNAA 218LA 128LA 3HH4A 4W54A 1JQUA 159LA 4GBRB 173LA 161LA 1L35A 3HH5A 1L52A 4ARJA 144LA 4EXMA 3D4SA 2OTZX 3C82A 1QTBA 104LA 3SB7A 1QT7A 170LA 223LA 2OEAX 3G3VA 1CUQA 1L62A 2B6XA 3V2WA 112LA 1C6KA 231LA 2A4TA 2CUUA 199LA 1C6GA 138LA 1L0JA 1QSQA 1D2YA 1G0KA 4I7SA 1OWYA 1ZYTA 158LA 1LI3A 3OE8A 111LA 4ARPA 1L76A 3FADA 2RAYX 1L18A 3NY8A 1QTDA 2ANVA 2RBRA 1CVKA 3C7WA 1SWZA 108LA 4PJZA 1L99A 221LA 4W55A 1C6JA 3NY9A 222LA 3SN6R 1C6MA 1D2WA 137LA 2OE9X 3C83A 4YX7C 1L71A 1L05A 1L75A 1C6LA 172LA 1OV7A 4W56A 3OE6A 107LA 1P2LA 1L16A 1QS5A 175LA 1NHBA 217LA 1T8FA 3SB5A 230LA 1L60A 1L57A 1L41A 1XEPA 3HU8A 1P64A 1PQDA 1G0JA 1CU3A 3HTGA 1CX6A 2B6YA 4I7RA 220LA 2B6ZA 2LC9A 1C69A 178LA 1L69A 3SB6A 2NTHA 3SB9A 1LGWA 163LA 251LA 245LA 3HUKA 1CU6A 205LA 2L78A 2RBPA 1L89A 1PQJA 1L46A 123LA 1L12A 1CV0A 1P3NA 3HUQA 3G3WA 4K5YA 2O7AA 3GUIA 155LA 1DYEA 3CDTA 1LLHA 1P46A 1L50A 3DMZA 4W57A 1T97A 103LA 1SX7A 2OE4X 1L33A 254LA 1C6TA 3GUKA 119LA 1CUPA 1SWYA 3HT9A 1L36A 181LA 244LA 237LA 1L83A 1L28A 1L42A 4ZPUA 1L32A 243LA 1G0PA 247LA 4LZMA 4DAJA 255LA 1L26A 250LA 3DN3A 1QSBA 2B70A 1L15A 1L67A 4ARMA 2OU8A 1CV1A 1KS3A 236LA 164LA 3C81A 4W53A 1L01A 1L59A 4I7QA 1L17A 1C6BA 1L10A 1L82A 3K2RA 140LA 1L55A 1L84A 1CU2A 2HUKA 4I7TA 5LZMA 1OVHA 209LA 216LA 102LA 3C8QA 3ODUA 1OVJA 192LA 235LA 1C66A 4PK0A 1LPYA 1P7SA 3CDOA 2B75A 3OE9A 3GUJA 1L98A 3L2XA 1CV4A 1D3NA 2OU9A 3DMXA 1L77A 1L79A 1L90A 190LA 1L0KA 1OWZA 3GUOA 2RBNA 1L87A 4EPFA 118LA 1LWGA 5I14A 141LA 1L14A 1CV3A 3DN1A 197LA 1CX7A 1L20A 1LYEA 1G1VA 1KNIA 2B73A 4I7NA 3HDFA 260LA 1L54A 1L07A 3JR6A 1C6QA 1L08A 1L31A 1L95A 114LA 1JTMA 187LA 1QT8A 2F47A 3RZEA 1PQIA 2Q9DA 131LA 241LA 1SX2A 4DJHA 1WTHA 166LA 2B74A 3OE0A 4W51A 4EKPA 3C7ZA 2O79A 3SBBC 1C64A 213LA 2OU0X 3UONA 1C6EA 1C67A 1OVKA 1PQMA 7LZMA 242LA 176LA 3DN8A 3HT8A 3HUAA 1KY0A 219LA 2Q9EA 1TLAA 1C63A 1SSWA 1L91A 3DMVA 261LA 1L70A 1JTNA 171LA 1L51A 214LA 186LA 1PQOA 4LDLA 215LA 4LDEA 1L30A 2RB0X 1D3JA 125LA 3HU9A 200LA 234LA 1L38A 233LA 1L06A 3NYAA 1L93A 3V2YA 1CU0A 1L96A 4IAPA 1L13A 1C60A 1L34A 2O4WA 212LA 3RUNA 3GUPA 1C6PA 246LA 225LA 1PQKA 6LZMA 1LYJA 4I7OA 232LA 3C7YA 1L92A 3HTDA 165LA 257LA 1DYFA 184LA 1QUGA 1T8AA 227LA 2F2QA 3G3XA 3DN0A 157LA 1P6YA 1QT4A 3F9LA 1L72A 3HH6A 1L64A 4W59A 248LA 1L66A 174LA 3CDVA 3HT6A 162LA 238LA 249LA 127LA 2F32A 1ZURA 2RB2X 3PBLA 4I7JA 4I7PA 1XJUA 4ARMB 252LA 259LA 1G0MA 1LYDA 191LA 2RBOA 3DKEX 229LA 126LA 1L37A 1L63A 1QT5A 1L09A 1L29A 1C6NA 4W52A 177LA 3GUMA 2RH1A 1LI6A 2HULA 3C8SA 156LA 2OE7X 3DN6A 1D9WA 196LA 1L49A 3GUNA 1L68A 110LA 1C62A 1CU5A 3DN4A 4EKSA 1ZWNA 2NTGA 3C80A 1LYIA 1QTVA 4EJ4A 3SB8A 3HTBA 2B6TA 4ARQA 1P5CA 1L88A 1C6AA 1L21A 4ARQB 1L85A 1L61A 1L97A 1L22A 1G0GA 2B72A 1L86A 1I6SA 1QTHA 1G06A 226LA 1LYHA 4AQNA 3CDRA 2IGCA 2Z6BA 3F8VA 1L19A 180LA 1C61A 1L80A 1KW7A 1DYBA 149LA 182LA 3FA0A 198LA 1P2RA 1C65A 1P37A 1QUOA 1QUDA 1L48A 1L73A 1LI2A 1C6HA 1L24A 195LA 1LW9A 1QT3A 1C68A 228LA 2B6WA 169LA 1EPYA 2QARC 3FI5A 139LA 151LA 152LA 1L25A 4S0WA 1LGXA 1DYAA 1QUHA 1QTZA 1L11A 1OV5A 3DN2A 3L64A 1L53A 1P56A 1CV6A 130LA 206LA 1QS9A 1D3MA 4ARLA 1C6CA 1CTWA 1QTCA 4W58A 1C6FA 1L39A 1B6IA 1LYFA 2B7XA 167LA 185LA 1CV5A 3HT7A 2HUMA 210LA 2LZMA 3HTFA 1L27A 3HWLA 115LA 120LA 4YXCA 1L56A 253LA 1L03A 3VW7A 1LGUA 1P36A 3GULA 2OTYX 1L74A 1T6HA 3QAKA 1DYGA 1SSYA 109LA 1LWKA 4I7LA 1LYGA 143LA 148LE 224LA 3HDEA 145LA 1L47A 1L45A 1KW5A 1L40A 1L65A 1G0QA 239LA 146LA 1OYUA 4LDOA 1L81A 2RBQA 1DYCA 129LA 1L00A 122LA 262LA 4YXAC 4DKLA 1L02A 4I7KA 1T8GA 168LA 1DYDA 1L04A 2ANXA 1G0LA 1L44A 3CDQA 1L94A 3LZMA 4OO9A 1L23A 258LA 188LA 1QT6A 1K28A 201LA 4EPIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4BADA 1C6IA 1XEKA 113LA 1B7SA 4NFVA 240LA 4DT3A 4WL6A 2IFFY 4H94A 5LA8A 1LSEA 4QEQA 1D6PA 3HH3A 2QB0B 3SBAA 4GRVA 3WULA 4LYTA 3WVYA 4W54A 5KXWA 1JQUA 4GBRB 1LJ3A 161LA 1L35A 3HH5A 2YBIA 3LZ2A 3AJNA 1HELA 4ARJA 3C82A 1BB7A 170LA 2FBDA 3G3VA 112LA 2XBSA 2G4NA 1DKKA 1QSQA 1UIGA 4RDSA 5LAFA 3RU5A 4WMGA 2FYDA 4O34A 2AUBA 4OOTA 1QTDA 2ANVA 2RBRA 5LVJA 4GCEA 1CVKA 3C7WA 3A92A 1SWZA 3HBEX 4G4HA 221LA 4ET9A 1XEIA 1C6JA 4W94A 137LA 2OE9X 3C83A 1GBYA 1L71A 1BGIA 1OV7A 4W56A 1QIOA 1L16A 1LZ1A 1NHBA 2F2NA 3FI7A 3M3UA 1LSYA 5L9JA 1H87A 3QY4A 1KXWA 5I54A 1GAZA 1PQDA 3CT1A 1G0JA 3W6AA 3TXGA 3WXUA 3HTGA 2A7DA 5LVHA 4I7RA 3SB6A 178LA 3HBDA 2BQHA 1GFVA 1LMQA 245LA 205LA 1G7HC 3EXDA 4ETDA 3ZVQB 3ZEKA 1P3NA 1HERA 4H9CA 3G3WA 2O7AA 1IWWA 1SLYA 3DMZA 1T97A 103LA 2I6ZA 254LA 1V7TA 3P68A 1RFPA 3GUKA 5B1GA 1CUPA 154LA 3HT9A 1IP1A 4BAFA 3FE0A 244LA 4CGEA 2Z2FA 3SP3A 4PGJB 4IJ4A 5D5CA 3RZ4A 2B70A 3F6ZA 1FLUA 1B5UA 1L59A 1L17A 1L82A 1B9OA 4QDNA 3K2RA 1L55A 2HUKA 4NEBA 2W1MA 1FLYA 1LSPA 102LA 4WM6A 1RE2A 1OVJA 4D9ZA 192LA 4PK0A 1LPYA 1B5VA 1OUJA 4H9FA 1P7SA 3WW5A 2RSCA 3DMXA 190LA 2RBNA 4UWNA 1L87A 1LWGA 5I14A 141LA 1LSDA 5KXZA 2HEEA 2B5ZA 1TEWA 2B73A 1QSAA 1LPIA 5LYZA 1A4VA 1HC0A 5ILFA 3WYHA 1C6QA 4DYGA 1JTMA 1QT8A 2BQOA 3RZEA 2Q9DA 131LA 1LHIA 4YEMA 1LTMA 5LXWA 2BQDA 2CGIA 3MGWA 2B74A 4KPMA 1GXV2 4W51A 3QE8A 1LSCA 2O79A 3SBBC 213LA 1LZSA 207LA 1B7MA 1C6EA 5FELA 4ETEA 1OVKA 1PQMA 176LA 1B7NA 1LJJA 1GEZA 1KY0A 1ZVYB 1B5XA 2Q9EA 4GCDA 2MEDA 1XGRC 3ATOA 3AW6A 1SSWA 1LZRA 1L91A 4KT3A 2BQBA 3DMVA 1VDQA 1JTNA 2CDSA 1L51A 186LA 1LJEA 4I0CA 3WL2A 3HU9A 1L06A 1QSWA 4M6DA 1CU0A 1XSFA 1L13A 1C60A 212LA 5IELA 1GHLA 1PQKA 2Z37A 1OUDA 6LZMA 4I7OA 3C7YA 1L92A 3CSRA 1IWTA 5I53A 4WO6A 1G7LC 5J7CA 1RI8B 4OWBA 1T8AA 3G3XA 3F9LA 4U3XB 248LA 1L66A 174LA 3CDVA 1PS5A 238LA 5II3A 127LA 2F32A 1ZURA 2RB2X 4RLMA 2HEBA 3CB7A 2A7FA 252LA 1G0MA 1LYDA 1LYSA 2VB1A 4NGVA 1OUAA 1JISA 1LZ9A 2MEEA 1B5WA 3CT5A 3IJVA 4RLNA 3TXJA 1ZMYL 1YAOA 156LA 1GF6A 2OE7X 3DN6A 4XJGA 3GUNA 4HP0A 1L68A 4DD2A 1O23A 4H9AA 4EKSA 1ZWNA 1CJ7A 3WXTA 3C80A 1QTVA 3AGHA 2Z18A 1BVKC 4NGLA 1GB0A 1G0GA 3A93A 1L86A 4N5RA 1LYHA 5E4PA 4I8SA 3W3EA 1WQRA 4UWUA 1IC5Y 2Z6BA 3F8VA 1L19A 4LT3A 4BAPA 1P2RA 1P37A 4C5FA 3T6UA 1QUOA 1QUDA 2H9KA 1LI2A 5B1FA 5ILCA 1L24A 3G3BB 1IWZA 1GBOA 4XYYA 1OUGA 4H9HA 1IOTA 2C8PA 1QTZA 1QDTA 1L53A 1LMNA 4FJRA 1GXXA 130LA 206LA 1QS9A 4ET8A 1IR9A 1HFYA 1B6IA 4GLAA 2B7XA 167LA 1CV5A 210LA 3HWLA 1GE1A 3HTFA 1HSXA 120LA 1L03A 2XQOA 3VW7A 1LJGA 4Z3MA 5DN5A 1L74A 1T6HA 3W6EA 5M1YA 4J1AA 1HEOA 1LWKA 4NGOA 5LVKA 5C6LA 1OUHA 4WLXA 3TXEA 1XGPC 3HDEA 2BQFA 5B07A 5B59A 4WG7A 239LA 1B0DA 4YXAC 3LYZA 4B4JA 1KIPC 1G7JC 4NIJA 4HV1A 1BHZA 1LSBA 1L44A 1J1OY 1LMAA 1L94A 2MEBA 4OO9A 1IORA 1K28A 1JUGA 2RB1X 4I7MA 147LA 4LT1A 1KY1A 2X0AA 150LA 2LCBA 256LA 1GF4A 4XJFA 1YQVY 5LAGA 128LA 3HH4A 4MSTA 2BLYA 2MEAA 159LA 1VDPA 2MECA 1LZCA 4OW1A 3E3DA 1IX0A 4N0JA 4GN4A 1KXYA 3SB7A 2ZIKA 1GFTA 2OEAX 1LJNA 2A4TA 1HFZA 138LA 2D4IA 4I7SA 2C8OA 158LA 1INUA 1A2YC 111LA 3A3QA 3FADA 1L18A 3NY8A 1GE3A 1L99A 3AZ4A 1GBXA 2BPUA 4NG1A 3NY9A 3SN6R 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4BAD A;  1C6I A;  1XEK A;  113L A;  1B7S A;  4NFV A;  240L A;  4DT3 A;  4WL6 A;  2IFF Y;  4H94 A;  5LA8 A;  1LSE A;  4QEQ A;  1D6P A;  3HH3 A;  2QB0 B;  3SBA A;  4GRV A;  3WUL A;  4LYT A;  3WVY A;  4W54 A;  5KXW A;  1JQU A;  4GBR B;  1LJ3 A;  161L A;  1L35 A;  3HH5 A;  2YBI A;  3LZ2 A;  3AJN A;  1HEL A;  4ARJ A;  3C82 A;  1BB7 A;  170L A;  2FBD A;  3G3V A;  112L A;  2XBS A;  2G4N A;  1DKK A;  1QSQ A;  1UIG A;  4RDS A;  5LAF A;  3RU5 A;  4WMG A;  2FYD A;  4O34 A;  2AUB A;  4OOT A;  1QTD A;  2ANV A;  2RBR A;  5LVJ A;  4GCE A;  1CVK A;  3C7W A;  3A92 A;  1SWZ A;  3HBE X;  4G4H A;  221L A;  4ET9 A;  1XEI A;  1C6J A;  4W94 A;  137L A;  2OE9 X;  3C83 A;  1GBY A;  1L71 A;  1BGI A;  1OV7 A;  4W56 A;  1QIO A;  1L16 A;  1LZ1 A;  1NHB A;  2F2N A;  3FI7 A;  3M3U A;  1LSY A;  5L9J A;  1H87 A;  3QY4 A;  1KXW A;  5I54 A;  1GAZ A;  1PQD A;  3CT1 A;  1G0J A;  3W6A A;  3TXG A;  3WXU A;  3HTG A;  2A7D A;  5LVH A;  4I7R A;  3SB6 A;  178L A;  3HBD A;  2BQH A;  1GFV A;  1LMQ A;  245L A;  205L A;  1G7H C;  3EXD A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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