3SB6A

Cu-mediated dimer of t4 lysozyme d61h/k65h/r76h/r80h by synthetic symmetrization
Total Genus 56
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
56
sequence length
164
structure length
164
Chain Sequence
GPMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKHEAEHLFNQDVDAAVHGILHNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 56
structure length 164
sequence length 164
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb6A00
3C8RA 1G07A 3HT7A 4EJ4A 1LYJA 1L33A 4EKSA 1CV6A 142LA 2B6WA 4I7JA 120LA 240LA 167LA 1QT4A 115LA 1CUPA 4ARLA 1L07A 1L83A 262LA 3EMLA 150LA 1OV7A 1L41A 4GBRB 2B72A 1C68A 1C61A 1QUOA 4I7LA 2NTHA 1QS9A 3SB6A 1EPYA 189LA 1C6EA 5LZMA 1XEPA 212LA 201LA 1P6YA 1OV5A 3GUNA 1DYCA 1OVJA 4I7MA 1SWYA 1CV3A 3NY9A 2O7AA 1L09A 215LA 4W59A 3L64A 1SX7A 3HTDA 1L72A 1LGWA 3L2XA 1C6TA 1L10A 155LA 211LA 2B73A 161LA 1L35A 222LA 4EPIA 1LI3A 2OTYX 103LA 4S0WA 171LA 1L03A 1OVKA 160LA 188LA 3HH6A 260LA 144LA 1G1WA 210LA 252LA 1L92A 113LA 3C81A 228LA 1OYUA 3HDFA 1L19A 4I7TA 3DN2A 1L80A 3HH5A 4W56A 1JTMA 1L95A 3VW7A 1L70A 227LA 1LYHA 242LA 145LA 1K28A 1P3NA 2QB0B 1C62A 2RB2X 3CDOA 3SB9A 3F9LA 1L53A 1L58A 1SSYA 2B6YA 1L66A 1G0KA 1L24A 4IAPA 1L75A 1L57A 1DYBA 1L02A 233LA 4I7RA 3DMZA 181LA 102LA 1L99A 1P2LA 245LA 110LA 2F32A 1LYDA 257LA 3HUQA 4LDEA 3LZMA 236LA 1P37A 1QT7A 107LA 1L38A 3G3XA 1CVKA 4K5YA 158LA 1L56A 104LA 178LA 2RH1A 259LA 4YXCA 205LA 184LA 2NTGA 149LA 1C6NA 1L26A 1KY1A 1C67A 1L50A 1L61A 1L48A 3DN4A 151LA 1QTHA 3FA0A 1PQKA 4ARQA 1L39A 1L20A 1L12A 220LA 1L13A 1QT5A 1L54A 1P2RA 1XJUA 177LA 1L79A 1L91A 244LA 2CUUA 4PK0A 1L68A 216LA 1L23A 4W58A 4ZPUA 3SN6R 2LC9A 1C6AA 3C7WA 2B7XA 3CDTA 1C69A 169LA 1D2YA 1I6SA 2B74A 3C7ZA 1L25A 1TLAA 1KW7A 3HU8A 1QTCA 1LYFA 246LA 1L84A 4DKLA 148LE 226LA 1CV1A 1CX7A 1C6HA 3G3VA 4LDLA 1L94A 1G06A 3HT9A 1L06A 2QARC 1L51A 1L87A 1C6IA 3HH4A 198LA 1D9WA 3GUKA 1OWZA 1P36A 1PQOA 172LA 3NYAA 3C8SA 1L01A 2B6XA 4DAJA 2RAZX 1LI6A 1L74A 1D3MA 197LA 4PJZA 2LCBA 1QUHA 6LZMA 126LA 1QTZA 156LA 3DN1A 1L45A 1C6KA 1JQUA 249LA 1D3JA 1C6DA 214LA 170LA 2OE7X 137LA 3PBLA 2RBRA 140LA 187LA 3SB8A 3NY8A 1G1VA 1L40A 1C64A 173LA 4LZMA 147LA 1L22A 3HT8A 1C6LA 3OE8A 3DN6A 3OE6A 230LA 2RBSA 1B6IA 1CU6A 165LA 4W51A 4EKQA 4EXMA 2B70A 162LA 1C63A 1L62A 1L11A 2Q9EA 1NHBA 1P64A 3F8VA 3DKEX 1L43A 1OVHA 1C66A 1LYIA 2B75A 1L86A 1ZYTA 243LA 4W53A 1L67A 1C6JA 1DYEA 195LA 131LA 1DYFA 1QSQA 256LA 3DN0A 241LA 1L55A 3HTGA 3PDSA 182LA 234LA 1L77A 180LA 1KY0A 3FI5A 2OEAX 3JR6A 1SWZA 3D4SA 4AQNA 1QT6A 1CX6A 2HUKA 2RB1X 1QTBA 1L89A 1L69A 4EPFA 3HTBA 2ANXA 2B6ZA 4I7SA 2OU9A 3DN3A 2Z6BA 1CU5A 127LA 3K2RA 1L32A 1G0PA 250LA 1PQMA 3GULA 4EKPA 3SB7A 1QT3A 1L36A 3CDQA 1L0KA 1SX2A 3GUPA 1L65A 1LGXA 1L0JA 2RBNA 261LA 229LA 4I7NA 200LA 237LA 129LA 192LA 239LA 139LA 1D3NA 1SSWA 1P56A 141LA 3G3WA 152LA 1L15A 1PQIA 238LA 3C82A 1LLHA 4YXAC 3UONA 1CV5A 1C6BA 3ODUA 7LZMA 1WTHA 2OE4X 3HT6A 4ARPA 1CV4A 3C83A 1L81A 1L16A 190LA 1CU0A 112LA 1QTVA 1QTDA 206LA 1L73A 1T8FA 4I7QA 1L17A 183LA 109LA 1L30A 1G0QA 3RUNA 1XJTA 1QUGA 2OU0X 191LA 1PQDA 251LA 3RZEA 199LA 209LA 143LA 2B6TA 125LA 4ARMB 176LA 119LA 1ZWNA 164LA 1C6PA 3HH3A 3SBBC 255LA 3C7YA 4ARJA 1DYDA 163LA 1C6GA 1QSBA 1DYAA 2OTZX 1LGUA 1L88A 3HWLA 2ANVA 175LA 1C65A 1L71A 1LPYA 3CDVA 253LA 174LA 1L29A 1LI2A 231LA 2LZMA 3OE0A 4OO9A 258LA 1LYGA 4E97A 2OE9X 3HDEA 1L46A 1T8GA 235LA 2HUMA 1PQJA 1C6MA 1KS3A 1P5CA 224LA 4I7OA 3HUAA 1CU2A 3DMVA 1C6FA 1P46A 4ARMA 4EKRA 4W52A 4I7KA 1C60A 2A4TA 3OE9A 1G0JA 2O4WA 168LA 1D2WA 1LYEA 1QS5A 2RBOA 128LA 3QAKA 122LA 221LA 1L00A 1QT8A 2RB0X 1L05A 247LA 1L97A 1T97A 3HTFA 213LA 1QUDA 1T8AA 3GUJA 3CDRA 4W54A 1OWYA 1L08A 111LA 1ZURA 1G0LA 1P7SA 3DN8A 1L28A 1LW9A 1L49A 2RBPA 1L14A 3SB5A 1L60A 1L52A 186LA 1L85A 4LDOA 1CUQA 225LA 3V2YA 157LA 1T6HA 4ARQB 1L96A 1C6CA 232LA 1D3FA 3HU9A 1CU3A 2L78A 1CV0A 217LA 1L21A 166LA 4DJHA 254LA 1L04A 1CTWA 1L34A 218LA 114LA 1L90A 2HULA 3FADA 159LA 185LA 1L31A 2RBQA 1L98A 4W57A 4W55A 248LA 1L76A 5I14A 196LA 1L82A 1LWKA 2O79A 1G0GA 3SBAA 1C6QA 4YX7C 3GUOA 138LA 1LWGA 130LA 1L27A 3DMXA 1L59A 1L63A 123LA 1DYGA 1L93A 1KW5A 2F2QA 3HUKA 2Q9DA 1KNIA 223LA 2F47A 146LA 3GUMA 2RAYX 1L47A 3C8QA 4I7PA 3V2WA 219LA 118LA 2OU8A 3GUIA 1L18A 1L37A 108LA 1L44A 1L42A 1L64A 1G0MA 3DNAA 4GRVA 2IGCA 3C80A 1JTNA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NHSA 3C8RA 1GBSA 4EJ4A 2G4QA 4QDNA 4B4IA 142LA 1KIRC 3B0OA 1LCNA 2FYCA 4ARLA 2I26L 262LA 1GXV2 1C68A 2X0AA 1QTEA 2LZTA 1XEPA 1GF8A 4DQ7A 4H9AA 4PJ2C 1J1OY 1OV5A 2BQBA 1HFYA 1GE1A 1GEZA 1VFBC 3NY9A 2DQFC 4HP0A 1L09A 4OWAA 5I5QA 1L72A 1LZ5A 2D4JA 1L10A 1T6VL 211LA 2B73A 4BS7A 1YROA 1HENA 1L35A 2HEAA 2OTYX 4S0WA 5T3FA 5DM9A 1G7HC 4HJYA 1B7RA 3HH6A 260LA 144LA 1DPXA 252LA 4HTQA 1L19A 2ZIJA 4I7TA 3DN2A 1LZTA 1GF7A 1LYHA 145LA 1K28A 2QB0B 1GE4A 3CT5A 1BHZA 2MEDA 2Y8PA 4G9SA 1L57A 2F4GA 1L02A 4I7RA 3D9AC 1IOSA 2FYDA 3AZ4A 4GLAA 1B7MA 1IEEA 4YEMA 1RCMA 257LA 5KXMA 1LZDA 4LDEA 3WXUA 1GDWA 1QT7A 1L38A 1UIFA 1CJ7A 1LHKA 1CJ8A 4DYGA 4YEOA 2Z38A 1L56A 178LA 259LA 2ZYCA 1C6NA 3WXTA 1C67A 1NKHA 1OUFA 1L39A 1L20A 220LA 1QT5A 4DC4A 2LYZA 1P2RA 5IHGA 1IIZA 1L79A 2F30A 2CDSA 4OOTA 1BGIA 2CUUA 4PK0A 3B72A 1GB3A 1DZBX 2LC9A 4KL7A 2B7XA 4GCFA 3RZ4A 3CDTA 1YAOA 9LYZA 1I6SA 3C7ZA 3CQLA 1L25A 1QTCA 1N4FA 5KXZA 3GXRA 4TTDA 5KKJA 1C6HA 1REYA 1OUIA 1L06A 3TMWA 3HH4A 1KIQC 1GEVA 1GB6A 1QUSA 1OWZA 2LYMA 1GBXA 1JWRA 3C8SA 4WM1A 1L01A 1B5YA 1D3MA 3ATOA 197LA 2LCBA 1IOTA 3P4ZA 1C6KA 1JQUA 249LA 5F14A 2BQIA 2BQNA 5KXPA 3AZ6A 1CNSA 140LA 2BQKA 1XGTC 1IY3A 3FI7A 2IFFY 1C64A 207LA 4P2EA 2HEDA 4LYMA 2D4IA 1C6LA 230LA 1GFRA 1QDRA 4W51A 4EKQA 2HEEA 4HTKA 1JKAA 1L11A 1VDTA 1B2KA 3F8VA 2WARA 1OVHA 1GDXA 4ETBA 3LYTA 1L86A 243LA 4Z46A 1LZCA 195LA 2BQAA 1LSDA 2DQCY 1QSQA 256LA 1KIPC 4NSHA 2MEAA 1D9UA 4Z3MA 234LA 1CKHA 4MSTA 4AQNA 4NSIA 1CX6A 5FSTA 5C6IA 2RB1X 1QTBA 3EXDA 2YVBA 4XN6A 4DDBA 3TXIA 2BLYA 2B6ZA 4EOFA 2OU9A 2VB1A 2DQGY 2BQHA 3AB6A 250LA 3A95A 1AKIA 1HC0A 4WLDA 1DQJC 5JENB 4NEBA 1QTKA 2RBNA 261LA 237LA 129LA 1D3NA 3D3DA 1L15A 238LA 1H87A 4UWVA 5F81A 4G4CA 1C6BA 3ODUA 4ZEEA 3P66A 3HT6A 1WTHA 7LZMA 1CV4A 1DXJA 1B0DA 1GE0A 112LA 1L73A 1L17A 1BVKC 3RUNA 1D6PA 1B7SA 4LYTA 3CT0A 199LA 209LA 143LA 3ZVQA 4ETCA 125LA 132LA 119LA 2EKSC 3TXJA 2XBRA 1ZV5L 1ZWNA 1GWDA 2I6ZA 1LMQA 2ZYPA 255LA 1LHHA 1KXWA 4A7DA 163LA 3LYMA 1VDPA 2BQGA 2OTZX 1LGUA 3HWLA 1YAQA 5C6JA 2EQLA 2HU3A 4GCEA 3J4GA 4DD1A 3LN2A 2D4KA 3F6ZA 3CDVA 1GB8A 1LI2A 2LZMA 1GFHA 4NGKA 4ET9A 3CSRA 1XGPC 2HUMA 1PQJA 3TXKA 1P46A 4W52A 1C60A 3BKVA 1GBYA 128LA 2YBJA 4HTNA 3W6FA 4WM5A 1WVVA 3LZTA 1T97A 1HHLA 4KT3A 5KY1A 1LSMA 1ZURA 1LSYA 3HBDA 1P7SA 1LYSA 1L14A 1LSGA 1JSFA 186LA 1CUQA 3V2YA 2GV0A 1T6HA 1YQVY 1D0LA 4ARQB 1T3PA 4WOAA 1L96A 1F0WA 1C6CA 1GF3A 3HU9A 1NWGA 1HEPA 4B4EA 1LSBA 5FEKA 4DJHA 1GF4A 3WMKA 1HEWA 218LA 114LA 2HULA 1FBIX 1QSAA 4OWBA 4W57A 4WM6A 3BKHA 3GUOA 5B05A 4FJRA 1AT5A 1L27A 3DMXA 4B1AA 1XEJA 123LA 1RI8B 146LA 1UCOA 1BWHA 3C8QA 1JPOA 1G7IC 1FN5A 1L44A 2PC2A 1IP4A 2IGCA 1XEKA 4TX7A 1LMAA 3HT7A 4EKSA 2HEBA 120LA 153LA 167LA 1QT4A 1L07A 5KKIA 1L83A 3EMLA 4GBRB 4IATA 1C61A 2NTHA 4OW1A 1EPYA 2BLXA 1EL1A 2ZILA 212LA 3GUNA 1WQPA 1OVJA 4DD0A 1LZYA 4PPOA 2O7AA 3L64A 1SX7A 3HTDA 3WU9A 3L2XA 1C6TA 155LA 4GLVA 5DL9A 1IO5A 4LFXA 1UIBA 222LA 4EPIA 1OUEA 1LI3A 1D6QA 5II3A 1IWXA 171LA 1CKCA 1L03A 2DQDY 5HMVA 154LA 1G1WA 1L92A 2NWDX 113LA 4WG1A 3WPKA 1J1XY 4I8SA 3FE0A 1L80A 242LA 1P3NA 3SP3A 3CDOA 2ZIKA 1L53A 1L58A 1SSYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4NHS A;  3C8R A;  1GBS A;  4EJ4 A;  2G4Q A;  4QDN A;  4B4I A;  142L A;  1KIR C;  3B0O A;  1LCN A;  2FYC A;  4ARL A;  2I26 L;  262L A;  1GXV 2;  1C68 A;  2X0A A;  1QTE A;  2LZT A;  1XEP A;  1GF8 A;  4DQ7 A;  4H9A A;  4PJ2 C;  1J1O Y;  1OV5 A;  2BQB A;  1HFY A;  1GE1 A;  1GEZ A;  1VFB C;  3NY9 A;  2DQF C;  4HP0 A;  1L09 A;  4OWA A;  5I5Q A;  1L72 A;  1LZ5 A;  2D4J A;  1L10 A;  1T6V L;  211L A;  2B73 A;  4BS7 A;  1YRO A;  1HEN A;  1L35 A;  2HEA A;  2OTY X;  4S0W A;  5T3F A;  5DM9 A;  1G7H C;  4HJY A;  1B7R A;  3HH6 A;  260L A;  144L A;  1DPX A;  252L A;  4HTQ A;  1L19 A;  2ZIJ A;  4I7T A;  3DN2 A;  1LZT A;  1GF7 A;  1LYH A;  145L A;  1K28 A;  2QB0 B;  1GE4 A;  3CT5 A;  1BHZ A;  2MED A;  2Y8P A;  4G9S A;  1L57 A;  2F4G A;  1L02 A;  4I7R A;  3D9A C;  1IOS A;  2FYD A;  3AZ4 A;  4GLA A;  1B7M A;  1IEE A;  4YEM A;  1RCM A;  257L A;  5KXM A;  1LZD A;  4LDE A;  3WXU A;  1GDW A;  1QT7 A;  1L38 A;  1UIF A;  1CJ7 A;  1LHK A;  1CJ8 A;  4DYG A;  4YEO A;  2Z38 A;  1L56 A;  178L A;  259L A;  2ZYC A;  1C6N A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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