3SB7A

Cu-mediated trimer of t4 lysozyme d61h/k65h/r76h/r80h by synthetic symmetrization
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
163
structure length
163
Chain Sequence
PMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKHEAEHLFNQDVDAAVHGILHNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Enterobacteria phage t4
publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Lysozyme
total genus 54
structure length 163
sequence length 163
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sb7A00
4EXMA 111LA 1LYFA 3NYAA 180LA 1C65A 227LA 114LA 222LA 3OE8A 2B6ZA 123LA 4W51A 4YXCA 1L55A 216LA 1L82A 130LA 2RBRA 1KW5A 3DN3A 1L22A 1DYFA 1C63A 213LA 215LA 234LA 2B6YA 3DN4A 1L75A 1L74A 2RH1A 1P7SA 1L58A 1C6AA 3C80A 1OVHA 2O79A 1QS5A 4GBRB 3HWLA 2Q9DA 138LA 149LA 1L15A 245LA 209LA 1LGXA 5I14A 1P3NA 4I7PA 1CV0A 4ARMB 1CU0A 260LA 3L2XA 1L63A 1L80A 243LA 2OTYX 237LA 1L81A 1I6SA 200LA 1QT8A 1L0JA 3HDFA 1L41A 3HUKA 1LPYA 225LA 155LA 1G0MA 2L78A 2Q9EA 3D4SA 196LA 254LA 2LZMA 3HT8A 4ARLA 1P2RA 125LA 1QUDA 3GUIA 3CDOA 3QAKA 1L57A 1L53A 128LA 3SB7A 1XEPA 1KNIA 3K2RA 2RBNA 1JTMA 1QTDA 1JQUA 176LA 1L35A 241LA 1CX6A 1L23A 255LA 1L60A 3F8VA 3HTFA 1L16A 1L67A 4ARQA 4ARPA 1L70A 1QT6A 4W58A 1G0KA 4I7KA 1L45A 4EKPA 218LA 1D2WA 1L72A 122LA 131LA 3C7WA 2RB2X 150LA 261LA 1L28A 2OU0X 1WTHA 4EPIA 257LA 199LA 235LA 184LA 220LA 3HH4A 1L03A 1SSYA 109LA 3DNAA 3L64A 1L42A 2QB0B 162LA 1L86A 3HH3A 3HUQA 1LLHA 1LYJA 3SB8A 3C8RA 140LA 2CUUA 2OEAX 1LYDA 253LA 1CX7A 4IAPA 1L06A 4EJ4A 1CU3A 110LA 1L27A 1C62A 1L31A 1T6HA 4EKQA 4ARMA 1G1VA 4DAJA 3DKEX 107LA 4ZPUA 3GUMA 1DYAA 1K28A 3HT6A 166LA 1CU6A 3GUKA 1L49A 165LA 1L94A 1L05A 3DMVA 3V2YA 3LZMA 3HU9A 3V2WA 256LA 1OYUA 1L44A 1LYGA 1L61A 1PQMA 2B72A 3CDTA 1L51A 2F47A 1L21A 1L93A 236LA 4LDEA 1QS9A 1QUGA 102LA 192LA 1C64A 3DN2A 1P2LA 1C6MA 3OE0A 1P37A 1XJUA 151LA 3C8QA 139LA 4W54A 1ZURA 1LI2A 3C7ZA 1CV3A 1ZWNA 2LC9A 112LA 1CTWA 3GUJA 1C6FA 4S0WA 4W57A 4ARJA 1DYCA 156LA 1PQKA 4I7LA 1G0PA 4EPFA 1L07A 1L11A 1P64A 3HT9A 189LA 2ANVA 1G06A 3C7YA 3DMZA 1C69A 1G07A 214LA 1C6LA 2HULA 3C82A 7LZMA 171LA 4LDOA 1SSWA 158LA 3SB6A 1C6EA 3JR6A 3NY9A 248LA 4W55A 230LA 103LA 252LA 1L90A 1L92A 1L20A 2B6WA 221LA 2RBOA 129LA 1L89A 1JTNA 1CV5A 1QT5A 1KW7A 4K5YA 1L95A 3EMLA 3GUOA 1KY1A 191LA 1L24A 1P5CA 3HUAA 1OWYA 228LA 1L56A 1C6QA 1L29A 2OE7X 126LA 3DMXA 1L69A 3HH5A 2RBPA 4YXAC 1L38A 1NHBA 4EKRA 3HTGA 1LWGA 144LA 2RAYX 2NTHA 1CV4A 1L17A 1C6KA 233LA 183LA 1QSBA 3GUPA 1L26A 224LA 4W56A 159LA 3FA0A 1EPYA 118LA 4I7TA 1D3NA 1L99A 1SX2A 6LZMA 1T8AA 2RBSA 1L08A 1L48A 113LA 1L36A 1L76A 1G0JA 1CUPA 1T97A 2Z6BA 186LA 1ZYTA 2OU8A 1LYEA 1L96A 178LA 4YX7C 119LA 1XJTA 242LA 2OU9A 1OWZA 4EKSA 1C6JA 1C6TA 1OVKA 1DYGA 1L97A 1C6DA 3HU8A 1L39A 1L33A 104LA 4GRVA 1QT3A 2LCBA 143LA 2RBQA 160LA 3OE6A 2B73A 2RB0X 1SWZA 1T8GA 168LA 1PQIA 3NY8A 1L02A 4LDLA 1L77A 1L01A 4W53A 3OE9A 3UONA 2A4TA 1D3MA 1L59A 258LA 157LA 1C67A 3DN1A 3CDRA 4W52A 1L10A 1CV6A 1L85A 1QTHA 3G3XA 4DKLA 2B6XA 212LA 1PQJA 1L12A 1DYEA 1L68A 217LA 147LA 231LA 3FADA 1L0KA 2F2QA 182LA 4I7MA 1L37A 1L91A 1C66A 142LA 169LA 3GUNA 3SN6R 249LA 1L88A 1CUQA 3CDVA 5LZMA 1L43A 187LA 2B74A 1CU2A 1DYDA 1L34A 2OE4X 1OV5A 1C6CA 4I7NA 1D3FA 244LA 3VW7A 3PDSA 1L79A 1L09A 1LW9A 2B70A 1LI3A 1G0LA 3C8SA 4E97A 1L14A 108LA 173LA 3HTDA 1QTBA 1LYIA 3GULA 3G3VA 152LA 1C68A 4I7SA 1CU5A 1LGUA 190LA 1P56A 226LA 170LA 1QUOA 141LA 1L19A 1C6GA 1QTCA 1D3JA 229LA 251LA 1SX7A 1P46A 1L84A 1L65A 115LA 195LA 211LA 259LA 1QSQA 185LA 1TLAA 4AQNA 1P36A 146LA 3G3WA 3RUNA 246LA 1OVJA 3PBLA 1L83A 2O7AA 1C60A 1CV1A 1QT4A 1L64A 3DN0A 206LA 232LA 167LA 1D2YA 188LA 1C6BA 1PQOA 3HH6A 1B6IA 2HUMA 1D9WA 1L66A 2B7XA 3F9LA 2NTGA 3C83A 177LA 1C6HA 205LA 163LA 1L71A 137LA 2B6TA 1L62A 4LZMA 197LA 4OO9A 1LGWA 250LA 3DN8A 4I7QA 175LA 1L47A 1T8FA 1L13A 1C61A 172LA 1C6NA 1L00A 1KY0A 2ANXA 4I7OA 3FI5A 1L52A 2OTZX 1QT7A 1C6PA 210LA 2O4WA 1DYBA 1QTVA 181LA 3SB9A 239LA 1L98A 3C81A 1OV7A 120LA 1L50A 1LI6A 2B75A 1L18A 4PJZA 1KS3A 3HDEA 3DN6A 1SWYA 2RB1X 247LA 161LA 1L73A 1P6YA 1LYHA 2IGCA 1G0GA 3SBAA 4PK0A 1L40A 238LA 1L46A 1L04A 2OE9X 1LWKA 262LA 1L30A 174LA 2HUKA 2F32A 2QARC 3CDQA 1CVKA 240LA 1G1WA 201LA 164LA 1L54A 219LA 1QUHA 1L87A 1C6IA 2RAZX 3SB5A 145LA 127LA 148LE 3HTBA 4W59A 1QTZA 3HT7A 3ODUA 1L32A 1PQDA 3RZEA 4I7RA 4I7JA 4DJHA 223LA 1L25A 3SBBC 4ARQB 198LA 1G0QA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1BWHA 3RW8A 227LA 4C3WA 1I56A 4HTNA 207LA 1L55A 4WM1A 1B5YA 130LA 2ZQ3A 5HNLA 215LA 1DYFA 1C63A 234LA 4H8ZA 1L75A 1SLYA 1D0LA 1DQJC 3WULA 3AB6A 138LA 4G4BA 4KPMA 3AW7A 1KIRC 4I7PA 1JJ0A 4ARMB 1XEIA 5KXRA 3W6CA 1IOQA 3WXUA 3A34A 3A67Y 1L81A 1L0JA 3N9CA 3W6FA 5A3EA 1HSXA 1HNLA 2L78A 2Q9EA 4DYGA 196LA 4G4CA 1L57A 1LCNA 2DQGY 4MR1A 1YL0X 2RBNA 1JQUA 4D9ZA 4C5FA 3F8VA 4ARQA 5B06A 1HEOA 1GB0A 2HTXA 4W58A 3WPJA 3LN2A 3A95A 1DZBX 1GAYA 1L28A 220LA 2QB0B 1IY3A 1HF4A 1LLHA 1LYJA 4QDNA 1UIHA 5LYZA 140LA 2CUUA 1LYDA 1L06A 4XADA 4EKQA 1EQEA 3AW6A 2MEHA 1CU6A 1D0MA 3GUKA 1E8LA 1GBZA 165LA 2MEGA 4G49A 3V2YA 4CJ2A 4NHPA 2YBJA 4H1PA 1L44A 3CDTA 5KXTA 1VATA 2F47A 3VWOA 2H9KA 4B0DA 4WO9A 1D6QA 3DN2A 4NGYA 4B4IA 1P2LA 5KXMA 132LA 1XJUA 2Z2EA 3C8QA 139LA 3ZVQB 3C7ZA 1IWUA 1CV3A 1B5WA 1IO5A 4J0LA 112LA 1C6FA 156LA 1G0PA 1BB5A 4EPFA 1L11A 4NY5A 2ANVA 3DMZA 4NG1A 5ILCA 1OP9B 7LZMA 171LA 1IX0A 4NIJA 4NG8A 4NHSA 3B6LA 1CKFA 4NSHA 1OUHA 1JSFA 3NY9A 1LYZA 1GFEA 4XJIA 1L92A 3RZ4A 4OOOA 1L20A 1LJNA 2B6WA 5DN4A 2RBOA 2HECA 1XEKA 4B4JA 1KW7A 2DQAA 3TXFA 4OOTA 1JKDA 1L24A 1P5CA 3M18B 4I0CA 126LA 3G3BB 5LAFA 2RAYX 5HQ1A 2NTHA 5FDJA 4W94A 1LHJA 233LA 4DDCA 224LA 4ET8A 4XN6A 3FA0A 1D3NA 4GN5C 2RBSA 1L08A 1WTNA 4RLMA 1GFAA 4G4HA 4KXIA 1W08A 3P66A 154LA 3B0IA 3OK0A 119LA 1OUGA 1IP1A 1XJTA 1C6TA 1DYGA 1JJ1A 1UACY 2EIZC 4GRVA 1L33A 1WQPA 143LA 1RFPA 1SWZA 3GXKA 2X0AA 1L02A 5LYMA 3WVXA 1L59A 4ETCA 157LA 1QTKA 4R0FA 2ZNWY 1L10A 1IWXA 1GDXA 1V7TA 1JKCA 1L68A 217LA 4PRQA 1L0KA 2FBDA 4GLVA 1GB5A 1L37A 4WO6A 1C66A 142LA 5M1YA 1VFBC 1L88A 3IWRA 3N9AA 1CU2A 3WVYA 5B1GA 1Z55A 2OE4X 244LA 3VW7A 3PDSA 1L79A 1L09A 2BQJA 1G0LA 2YDGA 1JTPL 135LA 2HEAA 3GULA 3AZ6A 2D91A 3G3VA 2H9JA 1C68A 4MSTA 5HNCA 1I1ZA 4NWEA 1CU5A 1EQ4A 3IJVA 4GN3A 1P56A 7LYZA 3A94A 170LA 1LHIA 1LZYA 141LA 1L19A 1D3JA 1GB6A 1F0WA 1GE0A 1GFHA 1L65A 1L84A 195LA 4WG7A 4EOFA 4LGKA 1HEPA 1P36A 1ZV5L 3G3WA 3RUNA 2HUBA 2O7AA 1LJIA 3IJUA 1GF3A 5D5CA 3SP3A 1BWIA 1L64A 1IC4Y 4HSFA 188LA 1B6IA 3F6ZA 2XJWA 1L66A 3EMSA 4NGJA 2ZYCA 1L71A 4ETDA 3A8ZA 137LA 4DD1A 1SQ2L 4OO9A 2W1MA 5I4XA 1F6SA 1L47A 4DDBA 1L13A 1TEWA 1LOZA 1C61A 1L00A 1HSWA 2ANXA 3FI5A 8LYZA 1BWJA 210LA 1KIQC 1PS5A 1LPIA 1H6MA 3W3EA 4N9RA 2CDSA 1LI6A 2B75A 1FKVA 1KS3A 5JENB 3HDEA 3CT0A 1YQVY 5APFA 3DN6A 5LVHA 1P6YA 1LYHA 1JISA 1G0GA 6LYZA 4PK0A 3D3DA 1UIBA 4I8SA 3A92A 1LWKA 2BQLA 2HU1A 1LAAA 4WL7A 1GFVA 2F32A 5APCA 3QNGA 1CKCA 1GAZA 1GFGA 240LA 1DPWA 127LA 4DQ5A 1L32A 1A4VA 1RCMA 1JSEA 4I7JA 1OUJA 2A7FA 3T36A 4EXMA 222LA 1UA6Y 4FDYA 2B6ZA 123LA 4W51A 4GLAA 4PGJB 1AT6A 3RNXA 1IOSA 4GN4A 1AZFA 213LA 5B05A 134LA 5E9RA 3ULRA 1QS5A 5IHGA 1L15A 4NHTA 2MEFA 5APEA 2ZILA 1P3NA 1CV0A 1LHLA 260LA 1O23A 2OTYX 2YVBA 2LYZA 1I6SA 2XBSA 1B7PA 5KXPA 3HDFA 1L41A 5EBHA 2BAAA 2BQBA 1YILA 1JHLA 5L3HA 1OQMA 3TXGA 2WARA 1D9UA 2FYCA 1WQOA 4QEQA 1I20A 1L53A 1XEPA 1KNIA 4WG1A 241LA 1FLUA 3LYMA 2ZIKA 255LA 1NHEA 1GHLA 3HTFA 4WLTA 1LZ1A 1L16A 1VDPA 4DWXA 4OWBA 1QT6A 1G0KA 4I7KA 4NSIA 4EKPA 218LA 2XBRA 131LA 1LJ3A 2EKSC 1VDTA 3C7WA 1GE4A 2RB2X 1LJEA 1DKKA 1IWTA 261LA 5C6LA 2ZQ4A 4BS7A 1WTHA 4TTDA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1BWH A;  3RW8 A;  227L A;  4C3W A;  1I56 A;  4HTN A;  207L A;  1L55 A;  4WM1 A;  1B5Y A;  130L A;  2ZQ3 A;  5HNL A;  215L A;  1DYF A;  1C63 A;  234L A;  4H8Z A;  1L75 A;  1SLY A;  1D0L A;  1DQJ C;  3WUL A;  3AB6 A;  138L A;  4G4B A;  4KPM A;  3AW7 A;  1KIR C;  4I7P A;  1JJ0 A;  4ARM B;  1XEI A;  5KXR A;  3W6C A;  1IOQ A;  3WXU A;  3A34 A;  3A67 Y;  1L81 A;  1L0J A;  3N9C A;  3W6F A;  5A3E A;  1HSX A;  1HNL A;  2L78 A;  2Q9E A;  4DYG A;  196L A;  4G4C A;  1L57 A;  1LCN A;  2DQG Y;  4MR1 A;  1YL0 X;  2RBN A;  1JQU A;  4D9Z A;  4C5F A;  3F8V A;  4ARQ A;  5B06 A;  1HEO A;  1GB0 A;  2HTX A;  4W58 A;  3WPJ A;  3LN2 A;  3A95 A;  1DZB X;  1GAY A;  1L28 A;  220L A;  2QB0 B;  1IY3 A;  1HF4 A;  1LLH A;  1LYJ A;  4QDN A;  1UIH A;  5LYZ A;  140L A;  2CUU A;  1LYD A;  1L06 A;  4XAD A;  4EKQ A;  1EQE A;  3AW6 A;  2MEH A;  1CU6 A;  1D0M A;  3GUK A;  1E8L A;  1GBZ A;  165L A;  2MEG A;  4G49 A;  3V2Y A;  4CJ2 A;  4NHP A;  2YBJ A;  4H1P A;  1L44 A;  3CDT A;  5KXT A;  1VAT A;  2F47 A;  3VWO A;  2H9K A;  4B0D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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