3SBAA

Zn-mediated hexamer of t4 lysozyme r76h/r80h by synthetic symmetrization
Total Genus 53
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
53
sequence length
162
structure length
162
Chain Sequence
PMNIFEMLRIDEGLRLKIYKDTEGYYTIGIGHLLTKSPSLNAAKSELDKAIGRNTNGVITKDEAEKLFNQDVDAAVHGILHNAKLKPVYDSLDAVRRAALINMVFQMGETGVAGFTNSLRMLQQKRWDEAAVNLAKSRWYNQTPNRAKRVITTFRTGTWDAY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Lysozyme
publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage t4
total genus 53
structure length 162
sequence length 162
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00959 Phage_lysozyme Phage lysozyme
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.530.40 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Lysozyme Lysozyme 3sbaA00
1L43A 1C6TA 1L51A 1LPYA 1L97A 4ARMA 157LA 119LA 1L18A 1L86A 1CV3A 2F2QA 2OEAX 4ARQB 1SX2A 4DJHA 1L94A 1SSYA 4I7TA 4I7MA 142LA 4W55A 1L58A 1P2LA 160LA 1DYAA 178LA 1L0KA 1QUHA 2B6ZA 3C81A 2RBPA 156LA 1L22A 2RBNA 1L59A 1QTBA 4I7KA 1L32A 1T8GA 1L09A 3CDQA 187LA 4EXMA 3C80A 3C8QA 190LA 4W56A 3HUAA 120LA 3JR6A 189LA 177LA 164LA 1L84A 1L75A 241LA 3GULA 1CU5A 1CV1A 2B6XA 1G06A 1OV7A 122LA 249LA 1L27A 163LA 1LLHA 3C7WA 2RB1X 1L15A 103LA 1CU0A 1C6JA 2RBQA 3SB7A 1LYJA 102LA 1JTMA 3HU9A 149LA 1D2WA 1T8FA 222LA 1C66A 1L46A 2OTZX 4W53A 1KNIA 3HTBA 4ARMB 1EPYA 109LA 4OO9A 1L61A 128LA 4W51A 1D3FA 191LA 107LA 2L78A 1L20A 2LCBA 1CVKA 1L31A 3UONA 1ZYTA 1L56A 262LA 3PBLA 224LA 1L10A 244LA 1L89A 1KY1A 1C6PA 4EKQA 3L2XA 234LA 1LI6A 1L26A 1PQMA 1L0JA 2B6TA 2RAYX 243LA 3DN2A 1OV5A 3GUPA 3HH6A 1T8AA 211LA 2CUUA 236LA 4ARPA 228LA 3K2RA 1L42A 1QS5A 2O7AA 1CV4A 223LA 1L76A 1L60A 1L05A 2HUKA 1I6SA 1L29A 4LDOA 125LA 3C8SA 3CDVA 4I7QA 1L07A 1L96A 2F47A 2B70A 168LA 4EKSA 1L85A 1LGUA 184LA 1L17A 1XJTA 166LA 1C6LA 2OE7X 1L33A 4EPFA 4PJZA 123LA 2RH1A 1DYCA 186LA 1NHBA 1QUOA 1L57A 216LA 1L06A 1L36A 3SB9A 2B75A 2IGCA 2RBRA 199LA 1C69A 1L80A 1L92A 1CTWA 3SB8A 2HUMA 219LA 1L48A 127LA 1LGWA 1L70A 1PQKA 185LA 3DN4A 4YXAC 3HH4A 1L53A 1C6HA 1G07A 3HDFA 1CU3A 1QSQA 3OE6A 112LA 148LE 1L49A 197LA 1G0JA 4PK0A 1C6MA 3C83A 1L47A 3VW7A 1KY0A 1LW9A 1SSWA 1P5CA 3HH5A 3HWLA 1QT7A 1L54A 259LA 2F32A 4ZPUA 174LA 143LA 1QTHA 1D2YA 1QT3A 230LA 2B74A 1C6IA 2Q9EA 261LA 1L16A 1LYGA 3F9LA 1L03A 1L87A 1G1VA 1PQIA 4I7RA 180LA 4EPIA 245LA 1L19A 212LA 1L39A 3GUOA 1DYGA 1L88A 3PDSA 130LA 1C61A 1C6CA 1P2RA 1P7SA 3OE9A 1C6KA 1QUGA 1JQUA 1L99A 1D3JA 172LA 3HUQA 4LDEA 1DYBA 1L72A 1L44A 209LA 5LZMA 3DMXA 1L55A 162LA 1L82A 1CX6A 3QAKA 4IAPA 232LA 1L71A 2A4TA 1QSBA 2ANXA 3EMLA 1CV5A 198LA 2RB2X 1L30A 1L50A 3CDRA 1OWYA 231LA 3C8RA 137LA 4W54A 4ARLA 3HUKA 1KW7A 2B7XA 3DN8A 1G0MA 1G0LA 1C6QA 1C6BA 256LA 1XEPA 4S0WA 159LA 155LA 1G1WA 1L77A 1D9WA 240LA 258LA 2RAZX 3HTGA 4I7JA 2NTHA 217LA 181LA 2RB0X 3GUKA 4W59A 144LA 4AQNA 2QARC 3SB6A 1C6DA 3GUIA 3LZMA 215LA 2OU8A 1L12A 2RBOA 167LA 220LA 225LA 4LDLA 173LA 1OYUA 1QT8A 4K5YA 3V2WA 2NTGA 1G0QA 152LA 4YX7C 1L74A 1C67A 3G3XA 1L23A 1DYDA 1PQOA 195LA 3D4SA 1L81A 150LA 196LA 1L11A 3G3WA 3HT8A 3HH3A 3DN6A 118LA 1P36A 1P46A 1C65A 3C7YA 3DN1A 3SN6R 1LYIA 104LA 1L00A 3NY8A 1XJUA 1QUDA 1L21A 1L65A 1QT6A 1ZWNA 110LA 2B6YA 1KS3A 1QTDA 188LA 229LA 3SB5A 3V2YA 3GUJA 1C6FA 3HTDA 1B6IA 3HTFA 6LZMA 3DNAA 2O4WA 146LA 1CU6A 239LA 1C64A 1LYEA 3DMVA 1L35A 1L63A 2O79A 3ODUA 1CV0A 1CV6A 1C68A 1L02A 2OTYX 3SBBC 205LA 4DKLA 2ANVA 2LZMA 4GBRB 4EKPA 1DYFA 1L93A 3GUNA 176LA 1WTHA 1OVKA 182LA 1T97A 4DAJA 1P6YA 221LA 3F8VA 3C82A 206LA 4E97A 108LA 1LWGA 1L24A 1L66A 255LA 2B6WA 248LA 1C6AA 4GRVA 4W57A 158LA 1LGXA 1C6NA 131LA 1G0GA 1L01A 145LA 260LA 1L08A 4I7LA 1L98A 200LA 2OE9X 1L62A 161LA 1CX7A 4I7SA 3SBAA 1L25A 1OVJA 227LA 218LA 257LA 1C60A 1CUPA 1L28A 2B72A 1LYHA 1P64A 1JTNA 250LA 3NY9A 1L67A 4EJ4A 242LA 3HDEA 1LI3A 1L04A 253LA 1T6HA 2B73A 1C63A 175LA 3DN0A 1C62A 4I7OA 2LC9A 151LA 1L73A 115LA 138LA 1D3NA 3HT9A 171LA 1QT5A 1L64A 1LWKA 1CUQA 126LA 3NYAA 1L45A 213LA 1ZURA 1P56A 1QTCA 1SWZA 1L41A 2Z6BA 1P37A 3L64A 183LA 1L52A 1C6EA 247LA 169LA 3HT6A 1QS9A 246LA 113LA 4W52A 1OVHA 1L68A 3DN3A 1P3NA 170LA 2Q9DA 3FI5A 2OE4X 3G3VA 1L95A 1L13A 1L38A 237LA 111LA 4I7PA 141LA 214LA 1L69A 1G0KA 2HULA 3FADA 3FA0A 1G0PA 3GUMA 1D3MA 254LA 1SX7A 1PQDA 1QTZA 238LA 235LA 210LA 129LA 1CU2A 4ARQA 1OWZA 251LA 114LA 1KW5A 3HT7A 165LA 3DKEX 1TLAA 3OE8A 1L91A 3RUNA 1LYFA 4ARJA 2QB0B 252LA 1DYEA 1L40A 1K28A 1L14A 192LA 201LA 4LZMA 4EKRA 1L79A 3HU8A 2OU9A 1LI2A 1QT4A 5I14A 2OU0X 3DMZA 1QTVA 1LYDA 233LA 1PQJA 3CDTA 3CDOA 1L83A 1L37A 3RZEA 3C7ZA 3OE0A 4YXCA 147LA 1C6GA 4I7NA 139LA 140LA 1L34A 226LA 4W58A 1SWYA 1L90A 7LZMA 2RBSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1LPYA 157LA 119LA 1L18A 1L86A 1CJ6A 3A91A 1SSYA 4I7TA 2YDGA 1P2LA 3E3DA 3K3TA 178LA 1JEFA 1L0KA 1GF7A 5DM9A 1GE3A 4N1EI 1YAPA 3CT1A 3IWRA 1L32A 3CDQA 2RSCA 3C8QA 4H93A 5M1YA 120LA 1LJ3A 5DLAA 1L84A 4TSBA 2LYMA 3GULA 1CV1A 249LA 3A67Y 1GFKA 4NEBA 2HEDA 4LYOA 1C6JA 1GDWA 2RBQA 3SB7A 2BQNA 1YKXX 3HTBA 3AGGG 1EPYA 4II8A 4OO9A 2BQDA 107LA 5FEKA 3TMXA 2L78A 1IC7Y 3LYMA 1ZYTA 262LA 3PBLA 3M18B 4NWEA 1GBWA 3A90A 1L10A 244LA 1L89A 1KY1A 1C6PA 4H9AA 1L26A 1B7OA 5DN5A 3DN2A 3HH6A 4M4OA 6LYZA 236LA 3HFMY 4ARPA 3TXEA 3K2RA 2HEFA 1GFTA 2GV0A 1CV4A 4NSIA 1IP7A 4LYZA 1L60A 1I6SA 1G7MC 5K7OA 3CDVA 2HECA 1L96A 4EKSA 1L85A 184LA 1L17A 123LA 1GHLA 186LA 2FYDA 2MEIA 3WW5A 1NHBA 1GFRA 5EBHA 1HEMA 1LOZA 2DQAA 4HV2A 2IGCA 2Z37A 2A7FA 1L80A 1HEWA 4MR1A 3CSQA 2BQCA 219LA 1GDXA 1LGWA 1JPOA 1OUDA 4YXAC 1GF8A 1C6HA 5APFA 4WOAA 2DQIY 1HHLA 1IO5A 3WU8A 4B4IA 3EO5A 2CGIA 5IHGA 1YROA 1C6MA 5KXLA 1KY0A 1SSWA 3HH5A 3W6AA 1GAYA 1L54A 4ZPUA 3WUNA 174LA 3A34A 1HMKA 1QTHA 1D2YA 2B74A 1C6IA 3F9LA 1L87A 1G1VA 1PQIA 4ETBA 180LA 2BLXA 2YVBA 1L19A 1C6CA 2HEBA 1JQUA 3W3EA 2W1LA 3HBEX 162LA 2D4IA 1LTMA 3W6FA 1LZTA 1LZGA 1B7PA 4IAPA 1UIGA 1CKHA 2A4TA 1IP5A 2BQJA 1L30A 1L50A 4BAPA 3CDRA 1OWYA 3B0OA 1GFAA 231LA 2ZILA 2B7XA 3TXKA 3P65A 159LA 4YEMA 1G1WA 4AGAA 217LA 4W59A 4AQNA 2QARC 1TDYA 3LZMA 2RBOA 3A94A 3F6ZA 4LDLA 225LA 173LA 3B72A 1OYUA 1QT8A 4K5YA 5I5QA 4YX7C 1G0QA 1DYDA 4Z46A 195LA 150LA 196LA 1L11A 1B7NA 5C6LA 3DN6A 1P46A 3A3QA 1JKAA 3C7YA 3SN6R 1L00A 4B49A 3NY8A 3RW8A 1XJUA 1QUDA 4YOPA 1F10A 4I8SA 1B7LA 1QTDA 1JHLA 1IWXA 1LSNA 3HTDA 2LHMA 1YQVY 1TEWA 5B05A 4E3UA 1F0WA 3AYQA 2B5ZA 1XEIA 1CNSA 2DKVA 4P2EA 3ATNA 1DXJA 4GBRB 1GXV2 1LZBA 1WTHA 4Z98A 8LYZA 4H9EA 1OQMA 3TXDA 1LMCA 5APEA 3F8VA 1L24A 2HEEA 4YM8A 1DKKA 1L66A 4ANRA 248LA 4XJHA 1NMMA 4GRVA 4GLVA 1GF0A 1G0GA 4OWAA 260LA 161LA 1OVJA 1BVKC 1LZ1A 2BQAA 5HMVA 257LA 4HJVA 1V7TA 1L28A 1LSAA 1H87A 1JTNA 250LA 1LI3A 1L04A 3GXKA 253LA 3WUAA 1C62A 1DI3A 3W6EA 4I7OA 1L73A 115LA 2BQKA 1DI5A 1VEDA 2BPUA 1D3NA 1JJ0A 4NG1A 5KKJA 1CUQA 4H92A 126LA 3WU9A 2WARA 5FSTA 1QTCA 4GN5C 3OJPA 3N9AA 1LYSA 1GBXA 3M3UA 1CKGA 169LA 4LFXA 4LT3A 4WMGA 3HBDA 4W52A 113LA 1OVHA 1L68A 1IR8A 170LA 4ZFPA 1IOCA 4PPOA 1CJ8A 1L13A 1UC0A 1C46A 1G0KA 1LZCA 3GUMA 2Z18A 254LA 5D5CA 3TXFA 4TX7A 210LA 1BB7A 5KXYA 1WVVA 5LA5A 1TLAA 1BWJA 3G3AB 1IIZA 1F6RA 252LA 5KXZA 1DYEA 1IP3A 1OP9B 2FBDA 2ZYCA 2BLYA 1J1OY 1GF6A 7LYZA 1B5VA 233LA 1LHKA 4DD0A 140LA 4W58A 226LA 1WQMA 1LSMA 3QY4A 5C6JA 1GBOA 4WM6A 1LZEA 4NWHA 4ARMA 1KIQC 3W6CA 4DJHA 5ILCA 2YBLA 1G7HC 2BQOA 3AW7A 2DBTA 3A96A 1CJ9A 4NGLA 156LA 2D4KA 1HF4A 4PRUA 2RBNA 4I7KA 1L09A 1GE0A 190LA 1OUCA 5L9JA 3ZVQB 3HUAA 154LA 3JR6A 189LA 4MSTA 3P4ZA 1G06A 1FLQA 1GFHA 1KIPC 3QNGA 2RB1X 1L15A 1WQOA 103LA 1CKDA 1ALCA 5LXWA 102LA 3A93A 1SQ2L 3AZ7A 4BS7A 1C66A 4W53A 4WM5A 1RFPA 3TXGA 4W51A 5A3ZA 4J7VA 1EQEA 1L20A 4PRQA 3UONA 1L56A 4GN4A 4UWVA 4RW2A 3N9CA 1IEEA 1UCOA 4EKQA 1LI6A 1LSCA 1PQMA 2B6TA 1DPWA 243LA 2RAYX 1OV5A 5B1FA 211LA 4LZTA 1OUIA 228LA 1L42A 2O7AA 1L76A 1OUGA 4YEOA 1L05A 1L29A 1NDGC 2HTXA 3TXBA 1OUHA 3P66A 2BQHA 2F47A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1LPY A;  157L A;  119L A;  1L18 A;  1L86 A;  1CJ6 A;  3A91 A;  1SSY A;  4I7T A;  2YDG A;  1P2L A;  3E3D A;  3K3T A;  178L A;  1JEF A;  1L0K A;  1GF7 A;  5DM9 A;  1GE3 A;  4N1E I;  1YAP A;  3CT1 A;  3IWR A;  1L32 A;  3CDQ A;  2RSC A;  3C8Q A;  4H93 A;  5M1Y A;  120L A;  1LJ3 A;  5DLA A;  1L84 A;  4TSB A;  2LYM A;  3GUL A;  1CV1 A;  249L A;  3A67 Y;  1GFK A;  4NEB A;  2HED A;  4LYO A;  1C6J A;  1GDW A;  2RBQ A;  3SB7 A;  2BQN A;  1YKX X;  3HTB A;  3AGG G;  1EPY A;  4II8 A;  4OO9 A;  2BQD A;  107L A;  5FEK A;  3TMX A;  2L78 A;  1IC7 Y;  3LYM A;  1ZYT A;  262L A;  3PBL A;  3M18 B;  4NWE A;  1GBW A;  3A90 A;  1L10 A;  244L A;  1L89 A;  1KY1 A;  1C6P A;  4H9A A;  1L26 A;  1B7O A;  5DN5 A;  3DN2 A;  3HH6 A;  4M4O A;  6LYZ A;  236L A;  3HFM Y;  4ARP A;  3TXE A;  3K2R A;  2HEF A;  1GFT A;  2GV0 A;  1CV4 A;  4NSI A;  1IP7 A;  4LYZ A;  1L60 A;  1I6S A;  1G7M C;  5K7O A;  3CDV A;  2HEC A;  1L96 A;  4EKS A;  1L85 A;  184L A;  1L17 A;  123L A;  1GHL A;  186L A;  2FYD A;  2MEI A;  3WW5 A;  1NHB A;  1GFR A; 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