3SEVA

Zn-mediated trimer of maltose-binding protein e310h/k314h by synthetic symmetrization
Total Genus 120
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
120
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
KIEEGKLVIWINGDKGYNGLAEVGKKFEKDTGIKVTVEHPDKLEEKFPQVAATGDGPDIIFWAHDRFGGYAQSGLLAEITPDKAFQDKLYPFTWDAVRYNGKLIAYPIAVEALSLIYNKDLLPNPPKTWEEIPALDKELKAKGKSALMFNLQEPYFTWPLIAADGGYAFKYENGKYDIKDVGVDNAGAKAGLTFLVDLIKNKHMNADTDYSIAEAAFNKGETAMTINGPWAWSNIDTSKVNYGVTVLPTFKGQPSKPFVGVLSAGINAASPNKELAKEFLENYLLTDEGLEAVNKDKPLGAVALKSYEHELAHDPRIAATMENAQKGEIMPNIPQMSAFWYAVRTAVINAASGRQTVDAALAAAQTNAAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title An approach to crystallizing proteins by metal-mediated synthetic symmetrization.
pubmed doi rcsb
molecule tags Sugar binding protein
source organism Escherichia coli
molecule keywords Maltose-binding periplasmic protein
total genus 120
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence C, E
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01547 SBP_bac_1 Bacterial extracellular solute-binding protein
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3sevA02
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3sevA01
2H9BA 3DP8A 4F19A 3CFZA 3JZJA 3Q27A 4R72A 4F18A 3GBBA 4AQ4A 2XXRA 4MFIA 2Y7RA 2I4BA 2DOJA 4G2ZA 2I0BA 4XTCQ 1Q35A 2RCAA 4YMBA 3KN8A 3O29A 4TLLB 3KN3A 2HAUA 1PC3A 4F1YA 3TCHA 3OOAA 4IO7A 4RK2A 1SDXA 1ZTYA 3TTRA 4FE8A 1DTZA 4EF1A 4LA9A 4KYDA 1PB9A 1MDP1 2ONRA 1Y3PA 1D3KA 1LAXA 4ZS9A 1ZLQA 1P1OA 3TPAA 3U94A 3OSRA 1XHYA 5I56A 2Y84A 2DE3A 3PUXE 3E9XA 3FUZA 3RTWB 3KSJA 3Q28A 5KZTA 3B6QA 4R2FA 1H44A 4GD5A 4OTEA 2OCUA 2O84X 5DVIA 4QRZA 4ZE8A 4QSCA 4R6YA 1LFHA 2QRYA 4F2OA 4PP0A 3V5AA 4IO6A 3G3IA 5DVFA 2H4IA 3SDFA 2XXHA 3G3GA 4LATA 1MY3A 3WAEA 5I59A 1B4HA 1XT8A 1ZKBA 1YTVA 1MY0A 3IB0A 2DXYA 3U93A 2QS3A 3PMXA 2A5SA 3RT8A 1JQFA 2YLNA 4MLVA 2O7UA 2R9JA 1IZ1A 4F22A 4NE4A 1IITA 4DXBA 3OMBA 5J1DA 1MXXA 1B3LA 1FQDA 3M8UA 1JEVA 1CB6A 1Y1ZA 3W9WA 2DQVA 4F3BA 3TAJA 1OVBA 3TODA 3HCQA 1B1XA 2G29A 1MM6A 3K6WA 5I2NA 1H45A 3R6UA 2OWTA 4IO3A 3QXMA 2GH9A 3PUZE 3MAMA 2F34A 5EHMA 4P0IA 3SERA 5I57A 2D5WA 1SW2A 3GZGA 2Q2AA 1UTBA 4LQ2A 2IA4A 4M4GA 4DXCA 1LAGE 1B3HA 2F5XA 3G3JA 3KG2A 1MQGA 4GF8A 1T0KA 1FTJA 5M2VA 2QS1A 4N13A 3G7WA 3LR1A 3T9VA 4R9FA 3PV0E 2OJTA 5KCJB 4NF4B 2QSXA 3QUFA 2A5TB 3F11A 1AH5A 1OQHA 2THIA 4GL8A 4RPNA 3H3GA 3S9MC 5A5XA 3K6UA 1SW4A 2B3FA 1M5EA 2E1SA 4JDFA 3PUYE 3LSFB 3S9LC 2FA7A 3MVZA 4F1UA 3A09A 2HEUA 5DT6A 3HO7A 4TOZA 3KEIA 3KSXA 3QK6A 3BKIB 4KQPA 4KCCA 4U21A 4NEDA 3MP6A 4THIA 3CG3A 4LP2B 5H8FA 1FQBA 1CE2A 3PPPA 1SVXB 1A8FA 1NKXA 4OETA 2XXPA 4HTGA 4GXSB 3U72A 1UTHB 5L8DA 1QW0A 2HZLA 3CSGA 4ELRA 3OEKA 4Q30B 3O66A 3C33A 3TELA 3D4CA 1QVSA 4G8MA 3CRBA 4ONYA 4IO2A 1B5IA 1IQ7A 1B46A 4WKMA 2X26A 4X1BA 1EZOA 3Q26A 3FIRA 2Q8JA 1ANFA 1I6BA 2ZNUA 1NNKA 4NF6A 5ITOA 4JWOA 2I58A 4ECFA 3TTMA 4YKPA 1LGBC 1LLSA 3IB2A 4G4PA 2HQ0A 1B05A 1P99A 3FGSA 1SI1A 1VFEA 4OYVA 3C4MA 4YKKA 1LB9A 2PX1A 5I56B 4XIGQ 4GFRA 4X1DA 3N5LA 1POY1 4QFPA 4QFKA 4O3BA 3MC2A 3PMWA 2QS4A 4R6HA 2DE4A 4G68A 1WVJA 4F3GA 4MH5A 3FVOA 1YAEA 5L9OA 3KBRA 3G3FA 3PMVA 3V89B 1NL5A 4IGTA 1N7XA 3R7XA 3FVGA 3N6UA 5I59B 2O69A 2V3UA 1FQCA 1UIVA 4ZZAA 1HSJA 1US4A 1MQJA 3MZ9A 1USYE 2O51A 1XS5A 5CM6A 4LQ5A 5JTYA 1S9TA 2RF1A 3EHUA 5B70A 4E0WA 1N3WA 3EHSA 3O9PA 1MH3A 3QIMA 4NMYA 2KLFA 2YPNA 3JYRA 4MLQA 1VE4A 4O3AA 1MDQA 3ZSFA 2Q9TA 3EPEA 4PFTA 4Q8RA 3DLNA 3SESA 2Y7IA 3LSWA 3TCFA 1MXVA 2ZYNA 4O3CA 4Q0CA 5HPQA 4GL0A 3R26A 4RYAA 2PBWA 1PB7A 2VOZA 1YCJA 2UYFA 1UTBB 4NTLA 2HXWA 3FATA 2V84A 1RYXA 3IX1A 2OK2A 2ALUA 2PVUA 4KFQA 4FORA 2I0CA 1PBPA 2ONSA 3FD3A 3RN8A 5H8QA 1MS7A 2ESNA 1AL3A 4ESXA 5AA2D 1B0HA 4U2RA 1US5A 4WEPA 2I3VA 3K01A 3UA8A 3FV2A 4F2QA 3CR9A 3MPLA 3KJTA 4LUBA 3THIA 5A5XB 3CVGA 4M1VA 4OFJA 3KZGA 4YB7A 1HSEA 2DWHA 5CMMA 1RYOA 3IAZA 4EF2A 4PFUA 5TPAA 3ZS6A 1Y3NA 3H03A 4DDDA 1MG1A 3KOTA 4TQUQ 4EQBA 5H8FB 3SEUA 4DCYA 1QKAA 4FEBA 2QJEA 5FHOA 1MXZA 3PPNA 3ODBA 1FCKA 3PU5A 1L5TA 5FTIA 1B3EA 2BJJX 3C34A 1H3DA 2VD3A 3TEPA 2I48A 1URSA 3DELB 2UYEA 3MP1A 4YKJA 4U4SA 3CI8A 3RQTA 2ABHA 1O7TA 5HBCA 1JETA 4YAHX 3E4RA 4KI0E 1TFAA 1B0LA 3OO8A 4X48A 4JSOA 2GRVA 4ZEBA 4RNSA 2R6GE 4F1VA 3T96B 5JEIA 1FTOA 5F7VA 2XX7A 3T93B 4H5GA 4R73A 1SYIA 1B7HA 4QSEA 3VLVA 4NF6B 2PMSA 3BFUA 1USYH 1H76A 4E0XA 3TTKA 1B52A 4Q5TA 4KD5A 2CZLA 4JWXA 1F9BA 3KFMA 1ZU0A 3RY3A 5BWJA 3IK6B 1MH4A 1SD3A 3FVKA 1GVCA 1S50A 3SEXA 1UIUA 2NXOA 4WEDA 2F8DA 1XVXA 4YU0A 5HM4B 2CMOA 1ZBMA 3TTNA 2B65A 1P1NA 5CBRA 4G8HA 3VFJA 1MY1A 4FAJA 4G68B 3ILUB 1QULA 4JB7A 3HSTA 5FHNA 4RY1A 2O1LA 4I62A 4POWA 1ATGA 1PDAA 2B3BA 2ZYKA 1JW1A 2XXTA 4IO5A 3OO9A 3OENA 3FJ7A 3PUWE 1TT1A 2XD3A 1SI0A 3IR1A 5JTYB 4EXLA 3TQWA 4BDQA 4UA8A 2F7AA 2WKYA 4LVQA 3FXUA 4DZ1A 1R1NA 1N0TA 2GHAA 1I69A 3QUJA 2W7YA 1MXYA 2ANJA 1IXIA 3MWBA 2I49A 4RPOA 3T9HB 1QUKA 1B5HA 4F3PA 5I2KA 2LAOA 2NUVA 3IOVA 4PQJA 2NWJA 2H25A 2UVGA 2DSFA 3B6TA 2QPQA 4DCXA 1N04A 5JK4A 4U1ZA 3RPWA 4GRKA 3HN0A 2F35A 2DYXA 1D4NA 1Y4CA 1UQWA 2O68A 4R75A 4YMAA 5DVJA 2XXXA 3VLUA 3C9HA 4OENA 1Z7NE 2O7IA 5AA4B 1IEJA 3UK4A 3DP4A 4IB2A 4OFLA 3QAXA 1AIVA 4GLIA 3K6XA 2P2AA 3BBRA 1FTMA 4N07A 3HHGA 1P1UA 3OD7A 3FJMA 3MW0A 1LCFA 2F6GA 2PYYA 3H6UA 2RC7A 1QKBA 2ZNSA 5H8QB 1FQFA 3MVXA 2DWAA 4G68C 2V3TA 3FVNA 4H5FA 5CBSA 3FXQA 2HZKA 1NNFA 1R9LA 4DLDA 2HCAA 2I3WA 4IY5A 4LZ5A 3UGWA 1DOTA 5AA3A 2H98A 1O63A 3KOSA 4XKNA 2UVIA 3PD8A 5TPAB 3N6TA 3UP9A 3MQ9A 5EHSA 5IKBA 1URGA 3EHTA 2Y7WA 1HSLA 3OXNA 4KCDA 5IAIA 2UXAA 3TFLA 3QSLA 3N26A 3T66A 1B51A 4JXIA 1QJMA 1NNPA 3BFTA 3RGYA 2PT1A 2XX8A 4R9GA 2DWJA 1KWHA 3H6VA 1AMFA 4EQ7A 3KJ7A 1Y1MA 3MVWA 3S9NC 3TYHA 4H65A 3RT6B 3O97A 3SEWA 1DPEA 2Q88A 5CI5A 2ZYMA 5CRYA 1MXWA 4L17A 1GTKA 4LZ7A 1URDA 3JV9A 1M5FA 2YJPA 2GHBA 5L9MA 2AL4A 3B7DA 2DXRA 3O2AA 1Y4TA 3MBPA 1JEUA 3OO7A 5H8HA 4Z0IA 5LOMA 3M3KA 3USDA 4OEUA 4R74A 3LUYA 3D4GA 4H1XA 4FECA 1EZPA 3PD9A 2M8CA 1TXFA 1POTA 1LAHE 4EUOA 4U23A 2ZXTA 4GXAA 2XXUA 4C1UA 3P7IA 3PUVE 1IUDA 1FTKA 4GQOA 4I8CA 2R71A 4BDLA 3ZKLA 1B3FA 3Q29A 3E13X 3K2DA 3PPQA 4MBPA 2QMXA 5TU0A 1A54A 1B3GA 3GBAA 1B58A 2DWIA 1MQHA 1WODA 1MXUA 1DSNA 3OEMA 2VHAA 1Y3QA 4JBZA 3G3HA 2XXIA 3Q25A 4YB5A 1Y20A 1IIWA 1M5CA 4G77A 3FASA 3GLBA 1MM7A 2XXWA 1XOCA 1LAFE 4KR5A 3VXCA 2FYIA 1M5DA 1GR2A 1XVYA 4OZ9A 3H4ZA 5AA4A 3VV5A 2Z23A 2OBGA 3HV1A 4IY6A 2OLBA 5I2KB 1OLAA 2VP1A 1ZJLA 1SYHA 4ZEKA 4QFOA 1FW0A 3B6WA 4BDOA 4FIMA 3L6HA 1Q1KA 3MP8A 3W15C 3SKPA 1GGGA 1LB8A 5ITPA 4KYEA 3VVDA 3TUSA 2F7CA 2AL5A 4DIGA 4HCWA 1JNFA 2REJA 1A55A 3FXRA 1N3XA 3MZBA 2AIXA 4H6DA 4OERA 3W9VA 2UVJA 4OHNA 3O6IA 1Z7ME 2GFEA 5AE4A 3DM0A 4ZE9A 3T9XB 4RA1A 2XXVA 3OO6A 4G8NA 3KGCA 3O28A 4UACA 3H6TA 3EQ1A 4NF5A 4P11A 3IOTA 4FEDA 3I6VA 3U1OA 3UORA 5L9SA 3UIFA 1Y9UA 3CIJA 2D3IA 4C1TA 1B1HA 2DS9A 2Y7KA 3O6GA 1MQDA 4KHZE 5CMBA 1N76A 3RTFB 3VVEA 4ELPA 5DTBA 1SBPA 3OELA 2RINA 1II5A 2X7QA 1D9YA 4FJPA 3S2VA 3TZAA 4Z7EA 2HAVA 1NMUA 4FATA 2Q2CA 5KDTA 2V25A 3TCGA 4ESWA 4ZEIA 4BDRA 3I3VA 3UN6A 4F3SA 4LZ8A 1AOVA 1XC1A 3IO6A 4MF3A 1VFDA 4NF8A 3K1MA 1A40A 4U22A 1P1WA 2XD2A 5EYFA 1SW1A 1R6ZA 3IL1B 1DMBA 3RUMA 1EU8A 1GV8A 5AA2A 3T9UA 4KYSA 5TP9B 4IO4A 2Z8EA 4XXUA 4QFLA 1B9JA 1PEBA 4JWYA 5H8HB 1H43A 1B5JA 4OEVA 3LSLA 5ELVA 1O64A 2REGA 3VXBA 4RK9A 5K2XA 4ZZEA 4OMBA 2ZYOA 3LBSA 3SEVA 2ZNTA 4R2BA 1LFIA 4ZECA 1MRPA 2XXQA 1LBBA 1WDNA 3ONMA 2XXYA 4K3FA 5AA1A 3CSBA 3H06B 2VD2A 4I1DA 1BTJA 1DTGA 5DEXB 4OESA 4TLMB 1DPPA 4GIZA 2Q89A 4YB6A 3TTLA 5I58A 4ELQA 1NNTA 2RKMA 3IJXB 5B7DA 1BIYA 5H8NB 1IXGA 2Z8FA 2AYSA 3H7MA 3C35A 4HCYA 4ZEDA 3LSXA 4LONB 3PPOA 2DP8A 2Y7PA 1MY2A 2FNCA 2Z22A 1ZMGA 4F39A 1NH7A 4NWDA 4H8JA 3N94A 1VSOA 1IXCA 4DXUA 2NOOA 3QYTA 1S7YA 2DVZA 2ZMBA 4ND9A 2OZZA 3L6GA 3SETA 1FTLA 4ZEFA 1EH3A 3MZ1A 3C36A 2DE2A 2VGQA 1JVYA 1N84A 3IORA 4ELOA 3K00A 4R6KA 1B7UA 3A3UA 1VR5A 5F1QA 2RC8A 3WAFA 4ZDMA 1SQYA 3IO4A 1B4ZA 3PPRA 3TMGA 4BDNA 1MY4A 4KPTA 4PE5B 3U8QA 4OVJA 1LFGA 1RKMA 3VLWA 1BKAA 1BP5A 3FJGA 4YZZA 3RNNA 5BUUA 3HHFA 3MVYA 2F7BA 5I84A 3IOWA 4HW8A 1OMPA 3U92A 1J1NA 3KN7A 1QUIA 4C0RA 1I6QA 4OQOA 5FHMA 1JVXA 2F36A 4H8IA 4IGRA 3C32A 2UVHA 3GXAA 3MJNA 4NF5B 5K2YA 2H99A 3CFXA 2V93A 4XKRA 4AB5A 2QL3A 1N7WA 4XKPA 4DE8A 3H6WA 2DVCA 4N6PA 2O6AA 3LC8A 4QFNA 4OXVA 3G3KA 4H67A 4JSDA 2G93A 3K6VA 4OWDA 1M5BA 4PETA 5TP9A 4U1OA 3TKDA 3CFLA 1EZ9A 2NVUB 2Z8DA 5KDTB 2F78A 1ZIUA 4ISUA 3HPIA 4NWCA 2ONKE 4GOTA 4NF8B 4GWOA 4F31B 1R9QA 1YPNA 3IJOB 1BLFA 4AB6A 2I4CA 4XKQA 2QMWA 1MPDA 1P1QA 4HS7A 5AA2B 2IEEA 3K4UA 4POXA 5FTHA 1SW5A 4RJZA 3T22A 5ISUA 1B2HA 4BLAA 2P0SA 4EXKA 1PB8A 5CMKA 3E3KA 3K1NA 4QSDA 3ILTB 1LBCA 4PFWA 1TWYA 1NFTA 2H5YA 5DEXA 3V83A 3TQLA 3C31A 2D21A 1MPCA 3M3FA 3MUQA 3O6HA 1OVTA 3S4UA 1A7LA 3OSQA 3K1PA 3VVFA 4P0GA 3DP6A 4BDMA 1PBQA 4PFYA 3K0VA 4EQ9A 1B40A 1NH8A 2F97A 4I9DA 3VDFA 2RCBA 4H0WA 3MPKA 5H8NA 4YKIA 1QUJA 4QHQA 4OFOA 4F29A 2OWSA 1JW4A 2XX9A 3EN3A 1A99A 1MPBA 4RXLA 1ELJA 2F6PA 3PGFA 3A3CA 2PT2A 5CMCA 1MQIA 1A8EA 3ECRA 4X9TA 5KCJA 5I2NB 4NF4A 5CC2A 4U4XA 3K02A 2RC9A 3M3LA 2A5TA 1TFDA 1FQAA 5I58B 2O1MA 3I5OA 1OQGA 3IOUA 4QF9A 5I57B 3AXFA 3IB1A 5ICQA 3EF7A 1OIBA 2QS2A 1B6HA 3FZVA 1LSTA 4GVOA 1B32A 3FV1A 1I6AA 5ICTA 3RLFE 2I6EA 3VE1B 4WXJA 3V8XB 5DYHA 1D9VA 1B7ZA 4YICA 3TDJA 3SEYA 2HFBA 3S9EA 3ZKKA 2V3QA 5H8SA 1LCTA 2X7PA 1UTHA 3CG1A 2E0SA 2P1SA 4EDPA 1IXHA 2XHDA 1FQEA 1JW5A 1OLCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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