3SIZA

Crystal structure of the mutant s127a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor bmp
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMAHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title Crystal structure of the mutant S127A of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor BMP
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 84
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3sizA00
2XN1A 1QDSA 3G1SA 2RKXA 4JEQA 2VFFA 3C56A 4N02A 1XBVA 1GG1A 1KM2A 4MFEA 2YFOA 3GXNA 2CZEA 3GKFA 3W1TA 3TE9A 2ZZ1A 3R13A 3W7PA 3PC0A 2J24A 3GNNA 2QDHA 3FKRA 2Z1BA 3LXBA 1JJKA 2JGYA 3PG8A 3CB8A 4JDYA 3GDMA 4MZ8A 1TJRA 4MJZA 3LHTA 2J6XA 3B0VC 3L66A 4PEKA 2Q3OA 3I68A 3QPYA 1FUYA 2ZRZA 3T78A 5I3JA 1BWKA 1SO4A 4DF2A 3DHDA 3LBCA 3W2NA 3CIWA 2OX1A 2J9XA 3WJYA 2Z2UA 3EX4A 1VJIA 2B7NA 1FWWA 4NVTA 4AVFA 1SQ7A 3W7QA 2ZZ7A 2YPIA 2JBMA 1LOSA 4RLIA 4MYXA 4NZFA 4X2RA 4HNUA 3W7GA 5KZEA 4UFMA 2Q8LA 1U5JA 4HN4A 3MI2A 3G1DA 1TPH1 1WXJA 4MY9A 5AHEA 4P2VA 2ZZ5A 3S6DA 4BK9A 3NVTA 5K7JA 3HB9A 4LRTA 4HKPA 2Y70A 1T99A 3W75A 3PAJA 3JRKA 3NPVA 1LROA 3BW3A 5DY2A 3WFAA 2V81A 1RQBA 3S0CA 3NL2A 2R94A 3HPZA 3W9ZA 1HG3A 1F7BA 3NOEA 1UUOA 2Y61A 2Z0IA 3LHYA 2QUVA 3EXSA 5F2GA 4MIMA 5D02A 1H62A 3WJZA 1YXDA 2PCQA 4GWEA 1OG0A 1TREA 5D37A 2YDAA 3W76A 5HR7A 3P67A 4ZZ9A 5DBTA 4BI5A 2NZLA 4HHPA 4RK8A 5FEXA 3QH2A 5EMUA 4DPQA 3W7OA 3A21A 1H1ZA 2E6AA 4UFKA 4XZ9A 4UFLA 3R12A 3GR8A 5IBXC 2V5BA 1J5TA 3QYQA 1QNVA 3HJZA 4LUJA 3BG9A 3P80A 3QJAA 4HPXA 5D03A 2C16A 4PFMA 3TU9A 4A29A 1K8YA 4NUWA 4ML9A 1OHLA 3NQ6A 1DJNA 1SZGA 2QCHA 1ME7A 1LOQA 4DQWA 1TRIA 4FX6M 2WSQA 4K39A 3UWZA 4K8EA 1VZWA 1UASA 1KLYA 3GDRA 1WA3A 1S5TA 1KFLA 3GAKA 5HJLA 2NWSA 1NF7A 3AJXA 1ZY9A 4GFSA 1VC4A 1OK6A 5K9XA 1TIMA 3SZ8A 3VKJA 3EWZA 1XKYA 4JYDA 4Z1BA 1HTIA 3SFKA 1I2PA 1KFCA 4MKNA 3NPUA 4MVAA 2WSRA 3TC7A 4DF0A 1ME9A 2Y7GA 4M5PA 2WV8A 2A7PA 3C52A 2X1TA 3GDKA 4JX5A 5C55A 3P81A 4RXFA 4LV9A 3NPWA 4GUJA 5FESA 3IVSA 2CFFA 4NNAA 1H7XA 2QUTA 3N14A 2Y88A 3LTPA 4WY0F 3CIXA 3VE9A 1W5NA 1KW1A 1YTKA 4MOZA 1KTBA 3TJLA 3W22A 3LV5A 5HUPA 5EY5A 4EVZA 1VYSX 2TPSA 1XDMA 3M7WA 5DELA 2R14A 3TSBA 4JGDA 5C6MA 4L4LA 2BX7A 2YYTA 4S2CA 4AXKA 3HG5A 5LHEA 1GWJA 3PUOA 1U83A 4AWTA 2FB2A 1JCNA 2NUYA 3W1RA 5K9DA 3OEXA 3GZ3A 3QFEA 2GVJA 4LY8A 2BTMA 1DHPA 2C6QA 5CPNA 1TV8A 1OFRA 1OF6A 3MUXA 2ISVA 3G3MA 1NSJA 3HBLA 2YGYA 5CZ0A 1MEIA 4O50A 1K8XA 3I7RA 4OQVA 2BWGA 3UWWA 2EGZA 3G1VA 4JYEA 2H3BA 3ATYA 3QSTA 4LC8A 1ALDA 4Z1DA 1OX6A 3MP4A 3QQ1A 4GJ1A 4AH7A 3PBWA 3EKLA 4IOTA 1H50A 3LM7A 1E51A 4MJMA 3GIYA 5TIMA 2ZRWA 3MHGA 3R8RA 4DO5A 3C4UA 3QW3A 4LVGA 2E5BA 4JY8A 3G1FA 3GNDA 3O05A 1TPUA 3W2MA 3L9CA 3O1NA 1G4TA 3P84A 5CPLA 1BEUA 1OFPA 3G1HA 1KBIA 1VR6A 3R5EA 3NDOA 3MO7A 3QQ0A 1TO3A 3W72A 4A22A 3B0UX 1O5XA 3B06A 2ALDA 3G0SA 3O15A 4NJIA 1JUKA 4PH6A 4OBTA 1L6WA 3W83A 4N9DA 2CLFA 3TA6A 2HSAA 5HWNA 4N9BA 4HSOA 1W3IA 4LT9A 3A9IA 3G3DA 3C2OA 4E0CA 1YDVA 2CWNA 2B7OA 2PRLA 4MUZA 3DFPA 3GKAA 2G95A 1DORA 2PE4A 3VFLA 5AHFA 1KM3A 1H7NA 3UWUA 4KWWA 2DZUA 3KRSA 4E2DA 4AWUA 3CEPA 5D2XA 1S5VA 3PBYA 2J9ZA 2E09A 3N2XA 4Y9AA 2NXGA 1A5AA 1P0KA 3W86A 3PR2A 3LI1A 1GQNA 1XBYA 1IGSA 3V1PA 1WOBA 2HTMA 1MXSA 3BPWA 3U8GA 5AYYA 2GJLA 1PHQA 4QITA 2ZZ4A 2A2IA 2E5CA 1LLWA 2EKCA 4HIBA 2ZA2A 1SZFA 4CLMA 5D38A 2E77A 4JTLA 1G4SA 4IX0A 3TMQA 2VXNA 2WNQA 4LW7A 4X3ZA 1TV7A 3M5VA 1VRDA 4WZHA 1XUZA 4QIUA 4IMFA 3HGJA 4CCCA 4W9TA 5FF4A 4E2BA 3LCLA 2CZFA 4LS1A 1RQHA 4O4VA 5I3IA 2QF7A 2RDTA 5MHBA 3TR2A 1W5PA 4O11A 1EPXA 2RFGA 4DELA 5BW6A 5LNUA 1EIXA 3FFSA 1KLZA 4PCFA 3TKFA 3LX9A 3O6DA 3QF0A 4P61A 3S42A 2X1RA 2B7QA 3BVJA 4I9AA 3C2VA 2GQ9A 3FS2A 1SZEA 3RMJA 5CSSA 1FDZA 1PIIA 4UFJA 4TMBA 3TAOA 3TUUA 3TV8A 1I4NA 3K30A 4XTIA 4PL1A 5DLCA 3TDFA 1DV7A 1A50A 1W56A 2O7QA 4AEOA 2VEIA 3G8RA 3SJ3A 1KM0A 3MJYA 5I3KA 4JS3A 1AMKA 5HQEA 1QPQA 3O8AA 3W84A 3HG2A 2RDWA 4U4MA 3M41A 4FXSA 3UYCA 3G8EA 4TMCA 5KMYA 2WJZA 3PF3A 4WXYA 5HNRA 1F6KA 1VYRA 1LORA 1NVMA 4JIQA 1KM5A 3RF9A 3ZFHA 1TB3A 3IVTA 3W70A 3B04A 3N2MA 3TJXA 1L9WA 3R2GA 3L5LA 1SO5A 4QNEA 3NXFA 1GYNA 4UMCA 3TW6A 1IF2A 1L2UA 4UUIA 5CG7A 4UXDA 1ZJIA 5HUOA 2PURA 5G5IA 2WNNA 3W1AA 5F4XA 2YX0A 1S5WA 5C2XA 2QCDB 5FF2A 4BWLC 5CZTA 1ZAJA 1RD5A 2VFGA 5D05A 1J4EA 5D2VA 3MMTA 4O13A 1HO4A 4HT3A 2DZXA 4CNOA 3P5YA 2ABAA 3P74A 1ML1A 3IVUA 4IMDA 4DF1A 4RXGA 1BKSA 3NQEA 2Q3RA 1X1OA 1SFLA 4JTJA 3HGOA 4A3UA 2P0OA 3O16A 4JD4A 3HO8A 3WK0A 2QJIA 4A21A 3MI6A 1FDYA 2FDSA 1JUEA 2A6LA 4Z1CA 3ZS4A 3A5FA 3NL5A 4HNNA 2C18A 3RU6A 1FQ0A 1OFBA 1TCDA 2ZQ0A 3W7IA 4MYAA 4FNUA 3HGSA 4G1KA 4QQ3A 1EX5A 3W74A 3ZWSA 4NZJA 3W73A 3W7EA 4H3DA 1N8FA 3ABRA 3W87A 3IEBA 4MPQA 2AQWA 3L5AA 4Z1AA 1VGAA 2ATSA 3BG5A 3S1XA 2TYSA 1FX6A 2C15A 3E49A 4NU7A 3PVFA 4ORMA 3PY2A 1CI1A 1OJXA 2ZZ3A 2VFHA 3TSMA 5TQLA 1JRCA 1K7FA 2DJLA 3DBPA 4FNQA 2WNZA 3B8DA 2G5WA 5IM51 1I8JA 1RR2A 2VEKA 3QMSA 1JCLA 1W37A 2Y85A 4FIQA 3O6CA 2NUXA 1JULA 3RFAA 1KFJA 4JTSA 3PSVA 3W1MA 4FEZA 2A6NA 1B57A 3W1PA 4LC6A 1V5XA 2G97A 3LHWA 5U4NA 5LGZA 4MZYA 4OT7A 4OV4A 1KFKA 2C13A 3TFXA 3MP3A 5LGXA 1EWEA 2I9EA 1FWNA 2H8ZA 5G2HA 1TPVA 5CSRA 1O94A 2E6FA 1QCWA 3MBFA 4CNPA 7TIMA 3G22A 1DQWA 4UR7A 3W1QA 1XM3A 1OX4B 4ADSA 4O17A 5J5DA 3DU0A 1FBAA 5J5RA 3P5ZA 3PWAA 1JCXA 5EBUA 5F1VA 3S5YA 1H51A 3C0JA 4Y8FA 5LSMA 1AG1O 1OX4A 3EXRA 4LU0A 3BV4A 1FY6A 3C2EA 5KTLA 3GK0A 3P82A 1YXYA 4Q32A 2GVGA 2VFIA 4MY1A 1PV8A 2JKPA 2Q8ZA 2ZBTA 2NV1A 4BI6A 2ZRUA 4Z0SA 4ZQOA 3CLMA 3NQFA 3DI1A 1OFAA 1SSGA 2I14A 3P8JA 5AC6A 3TK7A 4M6QA 3IIZA 4FXRA 3IGUA 4UC5A 3M9YA 5CZJA 1SU5A 3W23A 3W2UA 4LV4A 4PL2A 1G6CA 5DXXA 5CPMA 3E9AA 2CLLA 1IXPA 2DU2A 1FXQA 1KV8A 4UFIA 4AHPA 1FXPA 1VCVA 3B4UA 5LZLA 1N55A 1RVGA 2FB3A 3TNOA 2YFNA 4JTKA 1I2NA 3FLUA 1TTIA 3PSWA 1I2OA 2DZSA 4Y90A 3T7VA 2DZVA 2YCEA 4BI7A 5EPDA 4FF7A 5I3HA 3PBUA 1YDOA 3A22A 4KKXA 2YW4A 1K02A 4IJBA 5K3VA 4RKAA 1AL8A 4UIOA 1ZFJA 1G67A 3GAYA 3TMLA 4O14A 2VKZG 1PL9A 1IXQA 1MSSA 4NJKA 4M19A 2HS8A 1K03A 2E6YA 1QPRA 1PCKA 5G4WA 3BGJA 1G4PA 1O95A 3Q37A 2AAMA 3CHVA 4Q4KA 2W6RA 2BXVA 2QJHA 3ATZA 5AOUA 4HNVA 4MY8A 1C29A 5FF3A 1OYCA 5AHMA 5BMWA 5EKYA 1KM4A 4CQ8A 2OMAA 4CQ9A 3TIMA 2C19A 3N3MA 1FDJA 5D33A 1TMHA 4ZL1A 4QSHA 1G4EA 1C9DA 3N19B 4DO6A 2VFDA 4TU1A 3SW6A 3W7CA 4YL2A 2GJNA 3W7DA 4OU1A 5KITA 1LDCA 1UB3A 1ZENA 4NNBA 4M6PA 3G18A 4M6VA 3C8FA 4JTGA 3W71A 2P1FA 5L9FA 4WY0B 3OVPA 4R53A 3WK1A 4IPJA 3LXCA 3DFQA 3QPZA 4EOUA 1LYXA 2C14A 1UCWA 3SSJA 5KZMA 1EA0A 2A7NA 4ICNA 1H7RA 4MZ1A 2AGKA 4PA8A 4WY0A 4OE7A 4ADTA 1KM1A 3H55A 3BG3A 3QM3A 1NF0A 3SI9A 2QCLA 2RHGA 2NUWA 2A21A 3MW7A 1Q3NA 3KX6A 3UXAA 4WXZA 4PODA 2QEZA 3HOJA 1TTJA 1F76A 1ADOA 1XXXA 3STCA 2YW3A 3EWYA 1A5BA 5FI8A 4K36A 3STFA 2V2HA 2H90A 2Y7FA 3PB0A 3L2IA 2X30A 3P60A 4XKYB 4WX2A 3UY7A 1YXCA 1SZNA 5E1QA 1B3OA 5EL1A 5SWUA 3I7SA 3BLFA 3SGUA 1GG0A 1Q6RA 3BO9A 3GR7A 1WDWA 4XKYA 3L68A 1B4KA 4JX6A 3GYEA 3UNDA 1GVQA 3DAQA 3QMRA 1A53A 2ZRXA 1JRBA 1FWSA 4R7JA 4LOCA 4O1DA 1JUBA 2ISWA 2JGQA 3LRLA 1QOPA 4X22A 2E5DA 4R34A 3LCFA 1RQEA 5CZSA 3F03K 2NXIA 3PG9A 3LBMA 2A7RA 3LI0A 3L0GA 2ZTJA 3CQ0A 3G0XA 4ZMGA 3VI2A 5AHLA 4CNNA 2BSLA 1V7YA 3EWXA 4NXKA 1HFBA 2HMCA 4UTWA 1TYGA 1X1ZA 3KXQA 1TRDA 3CTLA 1HUVA 5DCEA 2EAWA 2E1DA 1JCJA 3T55A 4GNJA 3TROA 1D9EA 3W1UA 5D2TA 5C5YA 1LCOA 4RZ4A 1AW5A 4EIVA 3GVGA 2NX1A 2FPVA 2Z6IA 3TQ0A 5LHFA 1FCQA 2CLHA 5K2ZA 3FEMA 2RDUA 3GLCA 3M43A 1Y0EA 4YCOA 1QO5A 3STGA 2OT1A 3EKZA 3QEZA 3OA3A 1I2QA 3THAA 4LNYA 1RPXA 2FFCA 2V2CA 5HMSA 3THQA 3B03A 1N7KA 2LLEA 3WJXA 1O60A 1H1YA 1F6PA 2OT0A 1W5OA 2CLOA 4RJEA 3IRDA 4WQ6A 2R91A 2GUUA 4UTTA 3I65A 3L21A 4MLRA 3MP5A 4NT0A 4NJHA 3OIXA 4OWGA 4AHOA 2A5HA 2VELA 1SUXA 5LNWA 3S5OA 4IWWA 3ABQA 4TO8A 4WJEA 1QOQA 2TRSA 1KM6A 4LVDA 3YPIA 2C3ZA 5KSWA 4ZQPA 4GXMA 1WAUA 4YXGA 2NXHA 5KINA 1GT8A 1SO6A 3E02A 3UWQA 3IIVA 1GEQA 2A85A 2DZTA 3BW2A 2FQIA 4RR4A 5A8GA 4I7UA 5LKYA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2VNC A;  3DBN A;  2VFF A;  3PZT A;  1QPK A;  1XBV A;  1GG1 A;  3BLL A;  3B8I A;  9RUB A;  3VNK A;  3MUA A;  4EPE C;  4PB5 A;  5GPR A;  4HCL A;  1W1B 1;  2Z1B A;  3CUG A;  4GQR A;  3POH A;  4MZ8 A;  1TJR A;  3LHT A;  1JYV A;  1J10 A;  2FHC A;  4W7W A;  3USZ A;  5GJN A;  4HU8 A;  1UIO A;  4GHR A;  3WJY A;  3SBF A;  1LF1 A;  3ARO A;  4MKV A;  4FS9 A;  1EJ7 L;  2WHK A;  4C6J A;  3W7Q A;  2EBN A;  2YPI A;  2JBM A;  2WMK A;  4MYX A;  3AS2 A;  2PMQ A;  2PD5 A;  4NZF A;  3PNZ A;  3GIQ A;  5T91 A;  2CKS A;  4L1W A;  4HN4 A;  1TEL A;  4MY9 A;  4MNK A;  2P53 A;  3S6D A;  3NVT A;  2WHJ A;  1CB2 A;  5CLW A;  1XW8 A;  2BY3 A;  4J40 A;  2INE A;  3DC8 A;  5T9C E;  5DY2 A;  5M5D A;  3FHQ A;  4S3B A;  3HPZ A;  1VD6 A;  1HG3 A;  1F7B A;  2Z0I A;  1J8V A;  3K8L A;  3H2A A;  2EJA A;  3GU2 A;  1M41 A;  2QUV A;  1SYT A;  3WBE A;  3L4W A;  4MIM A;  3WJZ A;  2J7D A;  3QQW A;  1UP0 A;  3K1G A;  2HZG A;  1OG0 A;  4AVO A;  2YDA A;  4E8G A;  5HR7 A;  2W92 A;  3P67 A;  4PUU A;  4BI5 A;  4W87 A;  5G4H C;  4IGS A;  3FND A; 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