3SJJA

Rb69 dna polymerase triple mutant (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of mn2+
Total Genus 309
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
309
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 309
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sjjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sjjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sjjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sjjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sjjA03
3CFRA 2D0BA 4KTZA 2HNDA 4W5QA 4ZTJA 3ALYA 1FK9A 1NKCA 3RMCA 2OPQA 4H8KA 1RT5A 4ELVA 2IGIA 3SUPA 3VQ6A 1NOYA 5CYMA 4CEFA 3TANA 3V9SA 1VSIA 1BIUA 1C1CA 2G8KA 2LSNA 4KO0A 1IKVA 3HPGA 1KFSA 1DTTA 3K5OA 3OS0A 4BE1A 4Z4FA 2HHUA 1NK9A 1N6QA 4FJIA 3QEVA 1BI4A 3ZT1A 2HVHA 1ZYQA 4KHWA 4CEBA 3D45A 1WSGA 4DTMA 1U47A 4LSLA 1Q8IA 1HQEA 1EETA 4CIEA 4N41A 2D0CA 4HCBA 4Z4CA 4KFBA 3OYJA 4DTXA 3DLBA 4ICLA 4NYFA 5HROA 1U4BA 4HTUA 1G15A 2G8UA 4KB1A 2NUBA 2OPSA 1QSYA 4FLTA 4FM0A 4ZHRA 5JS1A 4CGFA 4M3ZA 5J1EA 3JYTA 1T7PA 4EP5A 4DQPA 2QK9A 1RTHA 3T1AA 3KJVA 1NJWA 4OGCA 4TSXA 3OYFA 4DSJA 3HJFA 4DU4A 2HHTA 4B9MA 4KHSA 4J2EA 4FW2A 4OPJA 3M8RA 3KLEA 1LW2A 1C0TA 4FJKA 3QEWA 2RPIA 4CEQA 1JLCA 3S3NA 3ZSYA 1WAFA 4CF0A 1TV6A 2B6AA 1CZ9A 1RNHA 3AVHA 4E7JA 1U48A 4I9QA 4LD0A 1NK5A 2BDPA 4K8XA 1EKEA 2P51A 4CF2A 4BE2A 1RBUA 4FXDA 1JLQA 4CJWA 1BCMA 3VQAA 3LZIA 3ZT0A 3U3GA 3ZSWA 3ZCMA 2X6SA 3O3GA 1SV5A 3NGYA 3VQ9A 1KTQA 3SQ4A 4CIGA 3KKSA 1D9FA 4B3OA 1F21A 1S5JA 3AVIA 4FK4A 1GOAA 4CEZA 1WSIA 1TKZA 2FBXA 1TL1A 5K14A 2HNZA 2Q3SA 1T8EA 2DFHA 2YV0X 3ULDA 4NCBA 1VSLA 4CJKA 4CCHA 1MU2A 2XHBA 3PUFA 1DLOA 3KK3A 4DTJA 2HHSA 3O4QA 4RW7A 3OYAA 1HYVA 3HXMA 1VSMA 5KI6A 3QIOA 2R7YA 4UQGA 1CXUA 4M3XA 2I5JA 3AO2A 5J2QA 1Z26A 4AHSA 4OPKA 1XHXA 3DOKA 4I2QA 3DOLA 1ASWA 2HB5A 1S1WA 4CEOA 3K5NA 1XHZA 5HRSA 3DYAA 1VK0A 3QEPA 3TABA 2IAJA 3MAQA 3F73A 1J9AA 1REVA 2Y1IA 1HYSA 4CFDA 4JS4A 3UIQA 1JLAA 1RBRA 4KREA 2G8WA 2EHGA 3L2QA 4OGEA 3RRGA 2PZSA 1HJRA 4CGHA 3U6FA 3B6OA 2RKIA 4B8CA 3RRHA 4BWJA 5EU7A 1LAWA 3HVRA 1ITGA 5J2PA 4FJ8A 3AVKA 4IG0A 2D0AA 1UA1A 4I9LA 4DLEA 1VSFA 3AVGA 3LZJA 1W0HA 1LW0A 1QHTA 4FLWA 1C6VA 1WSFA 3HYFA 3L3VA 4O55A 5FRMA 4DQSA 2F8TA 1HPZA 3IAYA 5FDLA 3CFOA 3V1QA 4DFKA 1J53A 4DSIA 1XI1A 1J5OA 3AVJA 3WNHA 1X9SA 1CZBA 3HPOA 1D8YA 1EP4A 4Z4GA 1X1PA 3WNGA 4CK1A 1S1XA 4EZ6A 3VQPA 1LV5A 3QLHA 3NFAA 4M45A 3TAGA 1JXEA 4CK3A 1S1VA 4OKKA 3OYMA 3OYKA 3ISNC 1TK0A 1GOCA 4HCCA 1TGOA 1TL3A 2O4GA 4Y1DA 3S3OA 2G8VA 1UAXA 2RN2A 4B9NA 3NGZA 1HMVA 4M42A 1WN7A 1JLGA 2HNYA 4MQ3A 2PYJA 4F8RA 3HPHA 3L2WA 4EZ9A 1ZBFA 2Z1GA 3WNEA 3HL8A 1QSLA 3B6PA 1YT3A 4FVMA 3OY9A 2HHXA 3C6UA 3DLKA 4DU1A 4FZYA 4B9VA 1L3VA 1IKXA 4ELTA 3O4NA 1L3TA 4CEAA 3SPYA 4KI4A 1VSKA 1Y97A 3AVBA 4QAGA 1JXBA 3ZSVA 2OZSA 4AHVA 1RT1A 3ZSQA 3MXIA 1FKOA 3KLHA 3TAPA 4CHNA 4KHNA 4C8OA 1T05A 4OVLA 4CFCA 3IG1A 4FLYA 3S3MA 3VA0A 3QNOA 4FK0A 1TAQA 4NCGA 4KV8A 4CF9A 3C95A 3OYLA 1KFDA 4B8AB 4HUFA 3RTVA 4PWDA 4NCAA 3OJSA 2KQ2A 3RR8A 1NK0A 4Q0BA 4KHUA 1I3AA 3V9UA 3IRXA 4C8NA 2ETJA 4OJRA 3EY1A 4JS5A 4N56A 1QSSA 3F9KA 1RDCA 1JL1A 3SUOA 4YNQA 1GOBA 2FBYA 2OZMA 4OLAA 3OYDA 1A5VA 3VN5A 2E6LA 3MXMA 4B9UA 2A1SA 4KB0A 3LANA 4M3WA 3SUQA 3I0RA 4HVJA 1NKEA 1JLEA 3DLRA 3QEXA 1WNSA 1S6QA 1TK5A 3IS9A 3M8PA 1W9HA 4CHZA 1TK8A 4CJFA 2O4IA 4DFJA 3MXJA 3OYIA 4FM2A 4CFBA 1B92A 4IBNA 3U3YA 1QTMA 4ID1A 2VWKA 2FC0A 5E41A 4PY5A 1U49A 2KZMA 3ZT2A 3AVNA 3H08A 4CEEA 2E6MA 2Z1JA 5SWMA 1QE1A 4FJLA 2QKKA 4DSEA 5DMRA 3TR8A 2KZZA 3QINA 3VQ4A 4RW4A 5KRTA 3OYCA 2VWJA 4CE9A 2FBTA 4Z4HA 4CGDA 3OYNA 3AVCA 2OPRA 3TAEA 1CXQA 3LPUA 4CJUA 3KLFA 2B4JA 3LALA 4FJGA 1XC9A 4KTQA 3HK2A 4FZXC 3QERA 3DMJA 3ZSZA 2HHWA 3LWLA 3WNFA 4N76A 1C1AA 4Z4IA 2DTUA 3OS2A 4AHRA 3OYBA 3DM2A 4DTNA 2YHAA 4RW6A 3P5JA 4ID5A 4CHYA 4CIFA 4PQUA 1JLBA 3P1GA 1SKRA 1B9DA 3NHGA 1HNIA 3JSMA 4FJMA 1UOCA 1IKWA 4CJ4A 3PO5A 5KTQA 1TVRA 4M3TA 3OJUA 2JLEA 2YKMA 3KD1E 2YNIA 2GV9A 2OA8A 3K57A 4CJ5A 1BQMA 3NGIA 4DSLA 2DFFA 4KAZA 4DTOA 1WLJA 2B5JA 4W5RA 3LWMA 3PO4A 1YTAA 4KPYA 4W5NA 3OYHA 2X74A 3V1RA 1BL3A 1RTDA 3EZ5A 1NKBA 1ZBHA 5T7BA 1TAUA 3HM9A 4F2SA 5J2NA 1IO2A 1XWLA 5FRNA 1ASUA 1QS4A 4E0DA 4N47A 3D0PA 1FXXA 4W5OA 4OKJA 5CZ2A 3KTQA 1S9EA 4E1MA 3V81A 5KRSA 3TAFA 1RTJA 3HSTB 3KD5E 4CGJA 1Q9XA 2ITGA 4DQIA 1IG9A 3T19A 3V9XA 2GBZA 2ATQA 5HP1A 1C0MA 1HNVA 3OYEA 4WE1A 4KTWA 4GMJB 4CESA 3I0SA 3LP0A 3VQDA 1TKDA 1T03A 1VSEA 3AVAA 3AA3A 3CYMA 4FJ9A 3DRSA 1KRPA 4O44A 4AHTA 5I42A 1SL1A 1L5UA 1B9FA 3PY8A 4EP4A 2X6NA 4FJHA 1BIZA 2ZE2A 5FROA 1VRTA 3CM6A 3KKRA 1HRHA 2D5RA 4CJTA 1CLQA 1HQUA 4BACA 3S9HA 3ITHA 4I7FA 4FYDA 3O3FA 4FJ7A 4CJRA 2VG6A 4HUGA 4DTSA 4FLZA 4G1QA 4CHOA 4DLGA 4FK2A 4AILC 4GW6A 3ZSRA 4KI6A 1KVAA 4M3RA 3LAMA 2YHBA 3THVA 3TARA 4FM1A 1YTUA 3QESA 4J2BA 4IG3A 4CHQA 3G10A 3AO3A 4BDZA 1A5WA 3CM5A 1RDBA 3T3FA 4DFPA 3HVTA 1RT2A 3L2UA 1KSPA 2HMIA 3M8QA 1X9MA 3AVMA 5CYQA 3SNNA 4IDKA 4BDYA 4CJSA 1L3SA 2AJQA 4E7KA 3HO1A 4O0JA 4W5TA 3HP6A 3VA3A 4FJJA 4H4OA 3TI0A 2QKBA 4AH9A 2G8HA 4R5PA 4ZTFA 1UA0A 3SUNA 4IKFA 4QCLA 3BDPA 3BGRA 3V9ZA 1LWCA 4RW8A 4CK2A 2XY8A 1JL2A 2WONA 3L3UA 3V6DA 4C8MA 5KGWA 1TKXA 2BE2A 3HP9A 1KVCA 2YKNA 4F3TA 4DTRA 3KK1A 3PV8A 2E4LA 1D9DA 3SI6A 3V1OA 4CF8A 5DK5A 3NF7A 2BANA 1A5XA 4KHYA 4RG8A 3E01A 3KLGA 2JGUA 1EXQA 1O1WA 4CGGA 4E1NA 3HT3A 4KKOA 1BCOA 4O4GA 1RCHA 3NAEA 1S1UA 3FFIA 4CFAA 3SCXA 4J2AA 2KFZA 4IFYA 3NH0A 4GVMA 3LP3A 4C8KA 3NDKA 1BGXT 2IC3A 3SYZA 1RTIA 3RMBA 2XRIA 2IDOA 3SQ2A 3MEGA 2OPPA 3AVFA 5SZTA 1VRUA 3K2PA 3TAMA 3SZ2A 1LWEA 2Y1JA 4DMNA 1K6YA 3L8BA 3PX6A 4LH5A 4CECA 3AVLA 2XY6A 2RF2A 3L2RA 4FCYA 2PY5A 1KLNA 2ZQBA 1S6PA 4M3UA 3VQEA 1U04A 1RBSA 3TWHA 4I2PA 1RDDA 3ZSOA 4E19A 4E7HA 4BWMA 3NE6A 3EYZA 4L8RB 3O3HA 3AA2A 3AO5A 4MFBA 4CGIA 5HLFA 4FJ5A 1VSDA 2YNFA 3LPTA 4E7IA 1JKHA 4C8LA 3K5MA 4ELUA 1WAJA 4CHPA 4DQRA 4FLUA 1RDAA 2EX3A 3NH1A 3RMAA 1ZBLA 4Z4EA 2XO7A 4F3OA 4M3YA 4E3SA 3G0ZA 1EX4A 1SL2A 1QQCA 3QNNA 3SV4A 1NK4A 2GUIA 1L3UA 4CJLA 3RWUA 3SQ1A 1WSJA 1C1BA 4NYNA 4CEDA 3CQ8A 4B08A 4AHCA 4O0IA 3NF9A 1LWFA 1IKYA 4DQQA 4PA1A 2XY7A 3DLGA 1YVUA 1Z25A 2A1RA 3DRPA 4RW9A 1SKSA 4BDPA 3QETA 3SPZA 4JLHA 4DG1A 2WOMA 3RR7A 3P83D 4H4MA 3NH2A 4DS4A 5C42A 2KTQA 3OVNA 1RT4A 1N5YA 4B9LA 3ZSXA 2DY4A 3K58A 4KRFA 2HW3A 4CJEA 5HRNA 2XY5A 4DF8A 4F2RA 2X78A 3ZT4A 4CF1A 1S9GA 2P1JA 3VQQA 4N5SA 4BE0A 4B9TA 2F8SA 1SUQA 3ZT3A 2HHVA 4F4KA 3RMDA 4HHTA 1ZBUA 3LP1A 4HUEA 4FZZA 4LSNA 3AO1A 1KCFA 1LAVA 4QOZB 4FW1A 4J2DA 3CFPA 3CG7A 2IS3A 4JRPA 4E89A 5I3UA 5J2MA 2F96A 1R0AA 4CJQA 5C24A 1WSEA 3C6TA 2YNGA 3MECA 1NJZA 1RT7A 4DS5A 3PX4A 1WSHA 3QEIA 4FJNA 2FBVA 3C94A 4LY7A 4O5BA 2KW4A 3SQ0A 4FLVA 3AV9A 3MEEA 3L2VA 3TAQA 2DFEA 3KLIA 3M8SA 1NJXA 1FKPA 1RILA 2HHQA 3NF8A 3V4IA 3SJJA 4JRQA 4DF4A 4M41A 4OKEA 3OYGA 1Q9YA 1BHLA 4YFUA 1S1TA 5HRRA 4CJPA 1IH7A 4XIUA 3KIOA 2W42A 3V9WA 3DI6A 1RT3A 2IOCA 3I8DA 4LH4A 3NF6A 3QIPA 5CZ1A 3DLHA 1BISA 1KLMA 2PYLA 1I39A 4DFMA 3NBPA 4DU3A 1HYZA 5CY4A 4E7LA 4PUOA 1RBTA 3QO9A 3VQ5A 2G8IA 4Y1CA 2VG5A 2KFNA 4OLBA 3DLEA 4CJ3A 3SV3A 2HVIA 1BQNA 3AA5X 1VSHA 1SKWA 2BGGA 3VQ7A 2P5OA 1KVBA 4DWIA 2P5GA 3AO4A 3LAKA 4DTUA 1C0UA 1NK6A 4CJVA 4DTPA 4KHQA 1U45A 4DSKA 1NK8A 3LDSA 3DRRA 1ASVA 4IFVA 5KGXA 1NJYA 4CERA 2VG7A 4K8ZA 4AHUA 1DTQA 1D5AA 1RBVA 3K5LA 3LP2A 5D3GA 3NCIA 3K59A 3ASMA 3VQBA 2Z1HA 4Q5VA 3PX0A 2YNHA 1VSJA 1RT6A 3VQCA 3AA4A 2ZD1A 3MEDA 5HBMA 1NK7A 1ZBIA 2QXFA 5HRPA 4B9SA 1UWBA 2Z1IA 1SL0A 2G8FA 3VQ8A 4FJXA 3A2FA 1J54A 5JS2A 1BI4B 3OS1A 4FLXA 4DSFA 3KK2A 1JLFA 1X9WA 5C25A 1TKTA 1NOZA 4Z0UA 2OYQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3NBP A;  4DU3 A;  1HYZ A;  5CY4 A;  4E7L A;  4PUO A;  1RBT A;  3QO9 A;  3VQ5 A;  2G8I A;  4Y1C A;  2VG5 A;  2KFN A;  4OLB A;  3DLE A;  4CJ3 A;  3SV3 A;  2HVI A;  1BQN A;  3AA5 X;  1VSH A;  1SKW A;  2BGG A;  3VQ7 A;  2P5O A;  1KVB A;  4DWI A;  2P5G A;  3AO4 A;  3LAK A;  4DTU A;  1C0U A;  1NK6 A;  4CJV A;  4DTP A;  4KHQ A;  1U45 A;  4DSK A;  1NK8 A;  3LDS A;  3DRR A;  1ASV A;  4IFV A;  5KGX A;  1NJY A;  4CER A;  2VG7 A;  4K8Z A;  4AHU A;  1DTQ A;  1D5A A;  1RBV A;  3K5L A;  3LP2 A;  5D3G A;  3NCI A;  3K59 A;  3ASM A;  3VQB A;  2Z1H A;  4Q5V A;  3PX0 A;  2YNH A;  1VSJ A;  1RT6 A;  3VQC A;  3AA4 A;  2ZD1 A;  3MED A;  5HBM A;  1NK7 A;  1ZBI A;  2QXF A;  5HRP A;  4B9S A;  1UWB A;  2Z1I A;  1SL0 A;  2G8F A;  3VQ8 A;  4FJX A;  3A2F A;  1J54 A;  5JS2 A;  1BI4 B;  3OS1 A;  4FLX A;  4DSF A;  3KK2 A;  1JLF A;  1X9W A;  5C25 A;  1TKT A;  1NOZ A;  4Z0U A;  2OYQ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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