3SJJA

Rb69 dna polymerase triple mutant (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of mn2+
Total Genus 309
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
309
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
total genus 309
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sjjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sjjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sjjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sjjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sjjA03
1RT3A 4F3TA 4AHVA 3DOKA 1U48A 2G8HA 3CFRA 1EKEA 3PX4A 4KB0A 1S1UA 3QIOA 3TI0A 3KKSA 3M8PA 1CXQA 4CESA 4E1NA 2XO7A 1JLAA 3ZT4A 2G8VA 4DF4A 1KSPA 2G8UA 2BDPA 1ZBHA 1WLJA 3RRHA 2ZQBA 1HNVA 4PWDA 2VWKA 3OJUA 1HQUA 1QSSA 3AA3A 3ZSRA 1S9EA 4IBNA 1RBUA 3O3HA 1KRPA 3DRRA 4NYNA 1TK8A 4B9NA 3C94A 4CIGA 1NK8A 1RDAA 1TKZA 3K5LA 1HYSA 2HMIA 1JLFA 3OS2A 3ZT1A 4FJLA 3T19A 3ZSQA 4K8XA 1GOBA 4GMJB 2VG5A 3VQ7A 4OVLA 4CEOA 5KRSA 4CFBA 4WE1A 4Q0BA 4CEFA 3SNNA 1IG9A 2FBTA 4J2DA 2LSNA 1LAWA 1UA1A 1ZBLA 1VK0A 4JLHA 3CG7A 1NK0A 1HQEA 1RBTA 2JLEA 2JGUA 1TL1A 3P1GA 4NCGA 3OY9A 4JRQA 1QSLA 3TAPA 4AHUA 3RWUA 2KZMA 1LAVA 3VQQA 3LWMA 1RBRA 3AVAA 3IRXA 3V1OA 3LP2A 3MEGA 4Z0UA 1U4BA 3OYLA 3OYCA 3LAMA 1XC9A 3OYGA 4FJMA 4PA1A 2Y1IA 4CEBA 4CJ5A 3LALA 3B6OA 3T1AA 3VQ9A 3KIOA 3G10A 3OS1A 3QNOA 1RTJA 3O4QA 4FLWA 2EX3A 2ITGA 5CY4A 3L2QA 4AHRA 4DTMA 3TAFA 5HRRA 2HHVA 1RTHA 5HRSA 3OYBA 1SV5A 3U3YA 3V6DA 5FDLA 2NUBA 4C8OA 4IFVA 2DTUA 4KI4A 1NK7A 3EYZA 3UIQA 4FJKA 4CHOA 1L5UA 4B9MA 1REVA 1LV5A 4RW7A 3TAQA 1BHLA 5HRPA 4DQPA 4FLYA 1IKWA 1NK6A 2XHBA 1VSDA 4O4GA 5C42A 4OLBA 3P83D 1HRHA 4FLTA 3F73A 3L3UA 4J2AA 4AILC 1VSFA 3I8DA 4CGIA 4DFKA 2G8IA 3C6UA 4EP5A 4EZ6A 3B6PA 1NOZA 4K8ZA 2OZSA 1KFDA 4CERA 4CGHA 3HPOA 3LANA 2W42A 4DFMA 4KO0A 4CF8A 3HVTA 3NF7A 4CF1A 3I0RA 4CFAA 4W5QA 4CECA 3KLFA 1ZBUA 3KD1E 4FJ9A 1TKDA 4M41A 3CM5A 3SI6A 4G1QA 3VQ5A 3VQCA 3JSMA 4DFPA 1N5YA 3BDPA 4MQ3A 2D0AA 3HPHA 3AVBA 5J2QA 3KJVA 4M3YA 4E7IA 4CHNA 5E41A 3S3OA 1BQMA 2O4GA 2E6LA 4E89A 5J1EA 1RDCA 2D5RA 4PY5A 2YHAA 1L3SA 4C8NA 4YNQA 1WAJA 1T05A 4FJGA 4FZXC 1JKHA 4Y1CA 1MU2A 4J2EA 3LP0A 4I9LA 1SKWA 4FJ8A 4L8RB 4W5OA 4M3XA 3EY1A 2KZZA 4HUEA 3TAGA 4KKOA 3IS9A 4CJWA 1BGXT 4IDKA 4W5TA 3THVA 1UA0A 2HHTA 1KLMA 3DYAA 1RDDA 3DLBA 1NJZA 3NGYA 1S1VA 5J2PA 2HVIA 3U3GA 1VSLA 2KW4A 4DS4A 3LWLA 3CQ8A 3HK2A 1ASVA 1LWFA 1RBSA 2O4IA 5KGWA 3MEDA 4LSNA 2YKNA 4ZHRA 4OLAA 2FBYA 3AVLA 1S9GA 4B9SA 2WOMA 3SUPA 3C95A 3LP1A 1HNIA 1S1TA 4OGCA 3AA2A 1J9AA 3KLGA 4I9QA 1Y97A 4KTQA 3V9ZA 2OPQA 5KRTA 3HT3A 4DSIA 4FK2A 3ZSWA 4CCHA 3SQ2A 4F2SA 2AJQA 4C8LA 4KTWA 4JS5A 3KTQA 4DMNA 3KK2A 1WSFA 4EP4A 3LDSA 3SPZA 4DTPA 1RT4A 1NJWA 3QO9A 1T7PA 3TWHA 1W0HA 3OYNA 2IAJA 3MECA 4LH5A 1SL1A 2KQ2A 4RW4A 3DM2A 3MAQA 3OYAA 1S1WA 3OYMA 3LAKA 3VQDA 1NKBA 2OPRA 5KTQA 3AA4A 4CFCA 3KLHA 3HXMA 4DS5A 2HHUA 4I2PA 1J5OA 3SUOA 4Q5VA 3SYZA 5I3UA 4B9LA 1KCFA 4KV8A 3ZSVA 3OYFA 3HM9A 4OPKA 4IKFA 3PY8A 3S9HA 4ID5A 5K14A 2ETJA 3AO3A 4BDYA 1XHZA 3SCXA 1S5JA 1HYVA 1JL1A 5KI6A 1QQCA 4CF0A 2HHSA 4GW6A 1TKTA 4LY7A 3HO1A 3RMDA 1L3VA 1Q8IA 1TAQA 4DU4A 2HNDA 2BE2A 2Z1IA 3HL8A 1R0AA 1L3UA 3AVNA 3D45A 3DLEA 1RCHA 3WNHA 4CJFA 3ZSZA 3C6TA 2I5JA 2RF2A 4FCYA 1KVCA 3AVMA 4CGDA 3VA3A 1HPZA 1SUQA 3QEWA 1TK5A 2ZD1A 3H08A 1YTUA 1FK9A 4AHSA 4B08A 3HJFA 4N5SA 4CE9A 4O0IA 1U04A 2A1RA 2PYJA 3QERA 1HYZA 4FJHA 2PZSA 1TV6A 1ITGA 1GOAA 1RT5A 4FXDA 3CFOA 1HMVA 4DTJA 1N6QA 4RW8A 1I39A 2F96A 3NF9A 4M3UA 4AHCA 1C1BA 4C8KA 1IH7A 3TAEA 2YKMA 4UQGA 1SKRA 5DMRA 3NBPA 2BGGA 3PO5A 3K2PA 1J54A 2P5GA 3L8BA 1JXBA 3P5JA 1VSKA 3QINA 4CJPA 3DLRA 4HTUA 4OKKA 4W5RA 4DQSA 3VA0A 3VQAA 4AHTA 3RMAA 4DTSA 1YT3A 3QLHA 3KD5E 4DLEA 4LSLA 1Q9YA 3OVNA 4YFUA 3QEVA 4M3ZA 4HUFA 1K6YA 2X74A 3ITHA 3L2RA 3NGZA 4FVMA 3DRPA 1WSIA 1QS4A 1S1XA 1BIUA 2WONA 4OGEA 4CHYA 1VSJA 3TAMA 4CJSA 1SKSA 1TK0A 4KAZA 4BDZA 1NK9A 3CYMA 1S6PA 2OPSA 1RT1A 1JLEA 3FFIA 2F8SA 2DFFA 4CEZA 2KTQA 1IO2A 4FJXA 2IS3A 4CGGA 3M8QA 3AVIA 3HVRA 3LP3A 3V9XA 3PX6A 3NF6A 3V1RA 3D0PA 4DFJA 3CFPA 3QETA 1FXXA 4F8RA 1XWLA 4FZYA 5FROA 1KVAA 3MXMA 3VQ6A 4B8CA 4CJ4A 4M45A 3KKRA 3ZCMA 3NH1A 4FM0A 3K5OA 4M3WA 1XI1A 3OYIA 1ZBIA 1NK4A 3SV3A 2VG7A 4IG3A 1RBVA 3AVCA 4BDPA 4IFYA 3AVFA 3BGRA 3SQ4A 5J2MA 1EX4A 1WN7A 4N47A 5HROA 5KGXA 1KLNA 3IAYA 1O1WA 1C1CA 1C0UA 1JLQA 3AVKA 1Q9XA 1T03A 4EZ9A 3JYTA 1BCMA 4CEAA 4Y1DA 4DF8A 5FRMA 3ZSYA 4FM1A 4OKJA 4FLXA 1LW0A 3LZJA 4DTNA 5JS2A 1WSHA 3S3MA 5HRNA 4E0DA 4ELVA 4ICLA 3DMJA 3SJJA 4CK1A 1BI4B 3DOLA 4M3TA 4FYDA 1JLCA 4KTZA 4M42A 5C24A 2OZMA 3VQ8A 2VG6A 2D0BA 3MXIA 3G0ZA 2HVHA 4E7HA 2YV0X 3RTVA 4NCAA 1VSMA 2B6AA 2ZE2A 1J53A 4OJRA 4PUOA 4JS4A 2YNIA 5CYQA 3VQEA 1CLQA 5J2NA 4E7KA 2ATQA 4O0JA 4DSJA 1BCOA 3QEXA 4NCBA 3NFAA 1VRUA 2G8FA 3WNGA 5C25A 3NE6A 1B9DA 3DI6A 4DQQA 2Y1JA 2DFHA 3V9SA 4J2BA 1RTDA 3S3NA 1QTMA 2FBVA 3QIPA 4FJ5A 3KLEA 2HNYA 3O3GA 2G8WA 4DSEA 1D9DA 2PYLA 4KREA 1CZBA 3DRSA 1KVBA 1JXEA 4FK4A 4BWMA 3ULDA 3K5MA 4DTRA 3LZIA 1GOCA 4DG1A 1X1PA 3M8RA 4BE1A 3TARA 2HHWA 3HP6A 1KTQA 3NHGA 4JRPA 1I3AA 4I7FA 4CEDA 4B9VA 3DLGA 4DSKA 3SQ1A 2YNHA 3RRGA 1C0TA 1RT6A 4DQRA 1L3TA 4BACA 5CZ1A 4CEEA 1FKOA 3OS0A 4FM2A 2BANA 2IDOA 4IG0A 1TKXA 4KB1A 4N76A 1IKXA 1SL2A 3OYEA 1QHTA 3SV4A 3O4NA 4QCLA 4CHPA 3EZ5A 3QEIA 4FLUA 3CM6A 4ZTFA 4XIUA 1C0MA 3V9UA 3V81A 3ZT0A 2XY5A 3L2WA 3AO1A 2DY4A 1WNSA 2RPIA 3VN5A 1CZ9A 4FW2A 4HUGA 3VQ4A 2YHBA 3AVHA 4TSXA 1NKCA 1VSHA 4LH4A 2XY6A 4E7LA 1T8EA 3QNNA 3DLKA 1IKVA 3RMCA 4FLZA 4O5BA 4MFBA 3TR8A 3OYKA 3M8SA 3F9KA 3IG1A 4QOZB 2GV9A 2OA8A 3U6FA 2QKKA 2P51A 1EXQA 3L3VA 3QESA 3ZT3A 3ZT2A 3OYJA 2Z1HA 4R5PA 5FRNA 3VQBA 1BI4A 3WNEA 1U45A 1WSEA 4QAGA 4FJJA 4PQUA 1LWEA 4CJTA 1WAFA 1NJYA 2HHQA 4DQIA 4DTXA 3SQ0A 4N41A 4FW1A 4H4OA 1U47A 1RT2A 1RILA 3VQPA 3V9WA 1DTQA 1RT7A 2X6SA 1Z26A 2IC3A 1YVUA 3HP9A 3PX0A 1X9MA 4M3RA 1JL2A 3L2UA 4HCCA 4LD0A 2E6MA 1NKEA 3NH2A 3TABA 4CJQA 4CF9A 4KHSA 2P1JA 1U49A 4DSLA 1BISA 3ISNC 3V1QA 1TAUA 3ALYA 2HW3A 1A5WA 3OJSA 1UOCA 1IKYA 1B9FA 2FBXA 2KFNA 3K59A 1UWBA 2IGIA 2IOCA 1VSIA 4RW6A 2XY8A 2R7YA 1HJRA 4CJEA 4E7JA 4KHNA 2KFZA 4KFBA 4H4MA 3OYHA 4B9TA 4F3OA 1D5AA 1RDBA 5CZ2A 1SL0A 4FJNA 3HYFA 4B9UA 4Z4HA 1NJXA 4B8AB 4CJLA 3KLIA 3SUNA 2RN2A 1RTIA 4E19A 4DTUA 4F2RA 4CEQA 1ZBFA 1Z25A 2X78A 3RR8A 4DWIA 1BQNA 3HPGA 3AA5X 4CJ3A 4DU3A 4CGJA 3K57A 4FLVA 1G15A 1XHXA 1QSYA 2D0CA 4KI6A 1F21A 2YNFA 3PUFA 3NGIA 2RKIA 3AVGA 1W9HA 4CJKA 4DTOA 3AV9A 3PV8A 1X9WA 4HHTA 1A5XA 1C1AA 1DLOA 1JLBA 2HNZA 4CIFA 4E1MA 4CK3A 4KHQA 4BE0A 3PO4A 4F4KA 1QE1A 4H8KA 3RMBA 1ZYQA 4CGFA 5HBMA 2GBZA 4CIEA 3TANA 4KRFA 1VRTA 1CXUA 1RNHA 1LW2A 1A5VA 2E4LA 2FC0A 4OPJA 3MEEA 4N56A 4ELTA 3A2FA 3SZ2A 4KHWA 1BIZA 2X6NA 2DFEA 2QXFA 4CHZA 3K58A 4FJ7A 3KK3A 1YTAA 3OYDA 4CHQA 1X9SA 2F8TA 2Z1GA 2QKBA 4NYFA 4Z4CA 4ZTJA 1KFSA 1NK5A 4GVMA 3L2VA 4KHUA 3I0SA 4DSFA 1TGOA 3RR7A 4HVJA 1ASWA 4Z4GA 2XRIA 2PY5A 5CYMA 1UAXA 1D9FA 4E3SA 5JS1A 4O44A 3T3FA 2XY7A 2QK9A 3ASMA 4ID1A 3AO5A 1EP4A 2HB5A 1B92A 1S6QA 4KPYA 2HHXA 3K5NA 3NF8A 1JLGA 3NH0A 3KK1A 1TVRA 3NAEA 4CJUA 5HLFA 4KHYA 4AH9A 4FK0A 3AO4A 5I42A 3V4IA 1C6VA 3WNFA 4CFDA 1WSJA 4I2QA 3ZSOA 4BE2A 5D3GA 4O55A 4CJRA 3HSTB 5T7BA 3SUQA 2Q3SA 2P5OA 2EHGA 4CK2A 5SWMA 3NDKA 3SPYA 1LWCA 3AVJA 2VWJA 1TL3A 1ASUA 1EETA 4HCBA 4C8MA 4OKEA 3QEPA 5EU7A 4CJVA 5SZTA 5HP1A 1D8YA 4RG8A 5DK5A 3DLHA 4ELUA 4FZZA 3AO2A 3E01A 3ZSXA 1NOYA 4Z4FA 2GUIA 2A1SA 4DU1A 2YNGA 3LPUA 4CF2A 3O3FA 2G8KA 4Z4EA 4B3OA 4BWJA 4Z4IA 2B5JA 4FJIA 3MXJA 1FKPA 4W5NA 2Z1JA 2OYQA 1VSEA 3NCIA 2OPPA 4DLGA 4RW9A 1WSGA 3LPTA 1DTTA 1BL3A 2B4JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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