3SJJA

Rb69 dna polymerase triple mutant (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of mn2+
Total Genus 309
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
309
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule keywords DNA polymerase
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 309
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sjjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sjjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sjjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sjjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sjjA03
3BGRA 1IG9A 3AO3A 1JL2A 4DF8A 4DTSA 4I7FA 3OS1A 1GOCA 1ZBHA 1FXXA 4CHZA 4FJJA 4C8NA 4O4GA 5C42A 3V81A 1JLAA 1S1VA 1HYVA 3AVBA 4KTZA 4CEQA 3LWMA 3UIQA 1FKPA 4CF0A 1T8EA 1L5UA 3DLBA 3RR8A 3I0SA 1CLQA 5KI6A 5T7BA 3NGIA 1U4BA 1X1PA 1T03A 2HHXA 2IS3A 2OYQA 1NKCA 1WSFA 1RT5A 1CZBA 1BL3A 1VSLA 3LWLA 1VSDA 1T05A 2OZSA 1LW0A 3LP3A 1C0MA 3L3UA 4DTOA 3V1QA 4CJFA 4BDYA 3DLEA 4IKFA 3VQ5A 3BDPA 3SQ4A 4CGDA 2XRIA 2ZQBA 4FM1A 3L3VA 3OYFA 4N5SA 1VSJA 3OYJA 3RMBA 1F21A 3TANA 3PY8A 4GW6A 3NBPA 4CEDA 3TWHA 3AVMA 4DTPA 4CJLA 2OZMA 4E7LA 1LAWA 3HPOA 4M42A 1D9DA 4DTUA 1CXQA 1JLFA 1NK5A 1X9SA 3C6TA 3C94A 3O4NA 4FJIA 2BDPA 4CJVA 4HUFA 5HRNA 1IKWA 1JLBA 3SQ1A 5KTQA 2QK9A 1A5XA 4DTRA 4OKJA 4CFCA 1BCMA 4F8RA 3HK2A 1SKSA 1L3VA 3AA3A 1LV5A 3QERA 4FJKA 2YHBA 4CEEA 1RT3A 4BDZA 1DLOA 1WSHA 2G8WA 4CEAA 4E7KA 1NK0A 1QE1A 4KI4A 5SWMA 2HVHA 4CJQA 1TK8A 2G8VA 4CGGA 5C25A 2PZSA 3VQ9A 3AO1A 3OYCA 3D0PA 1IO2A 1U47A 3B6OA 1UWBA 4KRFA 3M8SA 3ISNC 3L2UA 3K5NA 1TAQA 4I2QA 4F2RA 4Z4GA 4CJ5A 3SUOA 3VQQA 3LDSA 4QCLA 4FJ5A 4IBNA 5CZ2A 3HYFA 4I9LA 1HJRA 1JKHA 1JXBA 3DOLA 4CESA 1NJWA 1IKVA 5J2MA 4KHUA 2G8FA 4E19A 3ZSOA 1U04A 1HQUA 4F2SA 2B5JA 1QSSA 4TSXA 4CJWA 1U49A 3PV8A 4BE0A 3ZT0A 3ULDA 2G8HA 4CIGA 1RT6A 4OLBA 4IFVA 2IGIA 4ZTJA 3KK3A 2ITGA 3QEPA 3OS0A 4B8CA 3I0RA 1SUQA 3MAQA 2Z1IA 4YFUA 4KHNA 3NHGA 1NK8A 4ZTFA 4ELVA 3S9HA 4J2BA 2O4GA 5K14A 4BWMA 4Q5VA 4F4KA 3TAMA 3WNEA 4CF9A 1RDBA 2IDOA 3B6PA 2HHVA 3V9XA 3DMJA 1C0UA 3ZSQA 1Q9YA 3AVHA 1NOZA 3SUNA 2X74A 3T19A 5HRSA 1HNVA 1XHXA 1Q8IA 2I5JA 3NF9A 4WE1A 2F8TA 1QQCA 4FLVA 2A1SA 4CFBA 4CHOA 3OJUA 2YNIA 2FBVA 2Z1HA 3L2QA 1NK6A 1D9FA 3VQBA 3V1RA 1LAVA 3VQ8A 2KTQA 3OYGA 1WAFA 1NOYA 1CXUA 3SUQA 2E6MA 4DTXA 1RBUA 2OPQA 4KHQA 4O5BA 1RT7A 2HB5A 3KKSA 4RW8A 4PWDA 3OVNA 5FROA 4ID1A 1TL1A 4HCBA 1HNIA 4B08A 4FZXC 3ZSXA 4OGEA 2VWKA 3VQAA 4GMJB 3MEDA 2YNGA 4GVMA 1BGXT 3SV3A 3KK2A 4DQQA 2IC3A 4EP4A 4CJTA 3KLFA 2XY6A 1BIZA 4KHYA 1TKZA 4CECA 4DF4A 1KCFA 4CHYA 4QAGA 5KGWA 4M3UA 3AV9A 1HPZA 4CJRA 3TI0A 1SKWA 3HP6A 5CY4A 3ZSRA 4KB1A 1C0TA 3ZSZA 3V9SA 4E1NA 4PA1A 4Y1DA 4OGCA 3ZSYA 3RMCA 1B9DA 2OA8A 1WNSA 4KB0A 2HNYA 3RMAA 3OYLA 3RRGA 3QESA 5I42A 2P1JA 3RRHA 4BE1A 2VWJA 1RNHA 1WSEA 1S9GA 1NKEA 2YNHA 3VQCA 1RT4A 1Z26A 4CERA 2HHTA 3AVCA 4DTNA 3O3HA 3DRPA 1X9WA 4M3TA 4OLAA 3MEEA 4AHRA 4JS4A 3V9WA 1BI4A 3JSMA 3VQDA 4BACA 2VG6A 4FJMA 1JLEA 4CHQA 3TABA 4W5QA 3C95A 3NH2A 4CF8A 4JRPA 3SPZA 1TKTA 3DLKA 3O3GA 2E4LA 4KI6A 5HBMA 3CFOA 3U3GA 1NK7A 4OVLA 3VQ4A 1TK5A 3SQ0A 3DM2A 1J54A 5FRNA 1TK0A 2LSNA 1KVCA 5HRPA 3LZJA 3A2FA 3DLGA 4FK2A 3K58A 5HROA 3P83D 4CHNA 3L8BA 4HCCA 3IS9A 4E7IA 3VQPA 4HUGA 3QLHA 4DQIA 3OS2A 3SZ2A 2FC0A 4M3RA 1S9EA 1TVRA 5DMRA 3ASMA 1C6VA 3K5MA 1QSLA 1BHLA 4DQPA 3TAFA 2KZZA 3ZSVA 1EXQA 2ZE2A 4FJ9A 4YNQA 1Y97A 1ZYQA 4B8AB 2VG5A 2HHSA 4DFKA 1YTUA 2HHUA 4FLUA 1LW2A 3VN5A 4CJUA 4XIUA 2RKIA 4B9UA 4B9LA 4DSKA 4DSIA 2W42A 3OYAA 3VA3A 2BE2A 3QNOA 4LH4A 3HP9A 3V4IA 3S3NA 4KV8A 1VSMA 4DQSA 1VRUA 4E89A 3DLHA 3AVNA 1EP4A 1KVBA 1UAXA 3ITHA 4O44A 3THVA 4O0JA 4RW7A 4ELTA 2HHWA 4W5NA 4FLTA 3L2VA 3SV4A 1WSGA 1RDCA 4LH5A 3TAPA 3L2RA 3QEWA 4CK2A 1IKYA 2BANA 3VQEA 4KREA 4IG0A 2Y1JA 1KLNA 4FLZA 2IOCA 1JXEA 4NYNA 5DK5A 2NUBA 3KLHA 2IAJA 5D3GA 4FJLA 3SPYA 4O55A 4OPKA 1QS4A 1TV6A 1S1UA 3NCIA 1VK0A 4E1MA 1RTDA 4L8RB 1ASUA 1S6QA 3LP2A 3LP0A 1L3TA 3HVTA 2GUIA 4H4OA 2ETJA 4FLWA 4ICLA 2G8IA 1XI1A 3SCXA 2XY8A 3TAGA 1HYSA 2WOMA 4E3SA 1L3UA 1YTAA 3MXJA 1TKDA 2RPIA 2F8SA 3SYZA 4DLGA 2KW4A 2Q3SA 2X78A 4DU1A 2HMIA 1KLMA 3NFAA 3C6UA 1NK9A 4J2DA 1BCOA 3AVLA 3AO2A 4CJSA 4K8XA 1ZBLA 2YNFA 3PX6A 3KD5E 3DLRA 3T3FA 1SV5A 5C24A 2FBTA 3QEXA 2E6LA 1QTMA 5FRMA 4HVJA 1REVA 4Z4HA 4DS4A 3KIOA 3U6FA 1O1WA 1S6PA 3K59A 1EKEA 4ZHRA 3OYHA 1WAJA 3TR8A 1UA1A 1J5OA 3PO4A 3NF7A 3LAKA 1B92A 2KQ2A 3QIOA 3LAMA 4CJPA 3SNNA 4CF2A 4FK0A 4Q0BA 4Z4FA 3KTQA 2EX3A 2KZMA 3IG1A 4MQ3A 4CCHA 1JLGA 1G15A 1DTTA 3ZT1A 4EZ6A 4DU4A 1EETA 3DOKA 4DU3A 1BI4B 3QIPA 2XO7A 3M8RA 4FK4A 1S1XA 4M41A 3AO4A 1FK9A 4C8LA 1JLCA 3OJSA 2HVIA 1J9AA 1RDAA 4DMNA 4B9NA 2ATQA 4JRQA 2YV0X 1JLQA 1XWLA 3HM9A 4BE2A 3MECA 1RTJA 4DSFA 1WN7A 3V1OA 3ZT4A 4ELUA 2P51A 2QKKA 3ALYA 1FKOA 3VQ6A 1ITGA 4AILC 2DTUA 3AVKA 4FZZA 2PYLA 1C1BA 3PUFA 1RTIA 1RTHA 5CZ1A 3DRSA 1S1WA 3LP1A 1NJXA 4NCGA 2VG7A 1WSJA 3K5LA 3RMDA 1A5VA 4B9VA 1S5JA 2D5RA 4C8KA 3IRXA 1NJZA 1J53A 1QHTA 4CF1A 2Y1IA 3KLGA 3RTVA 4PQUA 3T1AA 3CYMA 4PUOA 4IFYA 1UA0A 4CJ4A 3OYEA 1U45A 1I3AA 4LD0A 1HQEA 4CE9A 5KGXA 4DG1A 4O0IA 3HPGA 3DYAA 3P1GA 1XHZA 1KSPA 3HO1A 3QETA 4E7JA 4OKEA 3HXMA 4EZ9A 4IDKA 4FJGA 3KKRA 1LWCA 1TGOA 3KLEA 3AVJA 2YKMA 2X6SA 4CJKA 4DLEA 4E7HA 1L3SA 1TKXA 4W5OA 2JLEA 3CFPA 5J1EA 2Z1GA 4W5RA 2HNZA 4AHUA 3MXMA 3V9ZA 2XY7A 5HRRA 1Z25A 1LWFA 1IKXA 3V6DA 4DFPA 4B3OA 5CYMA 4NCBA 2AJQA 5J2QA 3NAEA 3WNHA 4PY5A 4FJNA 4B9MA 4AHCA 1SL1A 4KFBA 4EP5A 4FJ8A 4KHSA 3HSTB 4CGIA 4FCYA 3ZT3A 1VRTA 3NH1A 1RDDA 3QINA 3NDKA 3WNFA 1CZ9A 4DS5A 1SL0A 4B9TA 4KAZA 3DRRA 3MEGA 3ZT2A 3I8DA 3HVRA 3AVAA 4RG8A 4HHTA 1IH7A 1WSIA 2DFEA 2WONA 4CEFA 1ZBIA 3S3MA 3F73A 4MFBA 4FJXA 3SI6A 1BISA 2DFFA 3K57A 1VSKA 3KK1A 4Z4IA 2FBYA 3LANA 4CJEA 1BIUA 4H8KA 2DFHA 3TARA 3RWUA 3HJFA 4M3WA 3PO5A 4FW1A 1D5AA 1YVUA 4CGHA 4CEZA 5HP1A 3L2WA 2XHBA 3VQ7A 1NJYA 1BQNA 4KTQA 3D45A 3LZIA 4J2AA 3FFIA 2PY5A 2YKNA 1Q9XA 1ASVA 4CEBA 3LALA 4DFMA 2QXFA 4RW9A 2D0AA 1MU2A 1VSEA 4Z4CA 4AH9A 1W0HA 4AHSA 1WLJA 2HHQA 5JS1A 1VSHA 4CGJA 3OYNA 2B6AA 1HRHA 3AVFA 4IG3A 2D0BA 4DSEA 3WNGA 3CG7A 4OJRA 5I3UA 3SUPA 4J2EA 3PX4A 3NF8A 4OKKA 4RW4A 3TAEA 4R5PA 5J2PA 3OYMA 1KTQA 1KFSA 3HL8A 1K6YA 4FJ7A 1N6QA 4FM0A 2D0CA 4C8OA 4DTJA 4I2PA 1RILA 1I39A 4JS5A 4KKOA 3ZSWA 1C1AA 4FLXA 1KVAA 3LPUA 1NK4A 4DWIA 4HUEA 3K5OA 3KD1E 3P5JA 1D8YA 4CGFA 3F9KA 3HPHA 1HMVA 2Z1JA 4H4MA 4CJ3A 3TAQA 1YT3A 5J2NA 4HTUA 2EHGA 4NYFA 4AHVA 4I9QA 2HW3A 2RF2A 4FW2A 4RW6A 4CEOA 4C8MA 3OYBA 1GOBA 3S3OA 4NCAA 2G8UA 4M45A 3SJJA 1JL1A 1RT2A 2OPSA 3AVIA 4G1QA 3V9UA 3ZCMA 4KPYA 4N76A 3NGYA 4B9SA 1RT1A 2QKBA 3DI6A 4CIFA 3KJVA 1SL2A 3CFRA 1TAUA 3NE6A 1RBSA 2X6NA 3EYZA 4F3OA 4DSJA 1VSFA 4M3ZA 3CM5A 4JLHA 5JS2A 1BQMA 1U48A 4K8ZA 2GBZA 3CQ8A 5E41A 3EY1A 4DFJA 1ASWA 1ZBUA 4BWJA 4FZYA 2P5OA 1LWEA 3RR7A 4FXDA 4N41A 4Y1CA 1C1CA 1A5WA 2FBXA 3AA5X 4M3XA 2HNDA 3OYDA 3H08A 3QNNA 2G8KA 1KFDA 4F3TA 3OYKA 4FM2A 2RN2A 3QEVA 2GV9A 4CIEA 3QEIA 3VA0A 3U3YA 2O4IA 1VSIA 3G10A 3M8PA 3CM6A 5SZTA 2A1RA 1KRPA 3AVGA 1HYZA 4E0DA 4LSLA 2YHAA 4Z4EA 4KHWA 4FLYA 3E01A 1RCHA 3NGZA 4OPJA 2F96A 4FVMA 5KRTA 3EZ5A 1W9HA 2BGGA 1XC9A 3AO5A 3NF6A 4Z0UA 4CHPA 3SQ2A 4W5TA 3OYIA 1NKBA 3HT3A 1RBVA 5KRSA 3M8QA 2JGUA 4CFDA 4N47A 3OY9A 3AA2A 4CFAA 3NH0A 4CK3A 2R7YA 2P5GA 3QO9A 1DTQA 1TL3A 4KTWA 1SKRA 2OPRA 2DY4A 5HLFA 4FYDA 1N5YA 3JYTA 4DQRA 4LSNA 1S1TA 4AHTA 4FJHA 1T7PA 4ID5A 3K2PA 5CYQA 1ZBFA 4CK1A 1GOAA 4DTMA 5FDLA 3KLIA 1R0AA 4KO0A 4DSLA 3PX0A 4BDPA 1QSYA 3O4QA 4N56A 3G0ZA 2B4JA 5EU7A 2KFNA 1UOCA 3O3FA 3AA4A 2XY5A 3MXIA 2KFZA 3IAYA 1RBTA 4LY7A 4QOZB 1EX4A 4UQGA 1X9MA 2ZD1A 3LPTA 4M3YA 2OPPA 1B9FA 2PYJA 1RBRA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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