3SJJA

Rb69 dna polymerase triple mutant (l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp and a deoxy-terminated primer in the presence of mn2+
Total Genus 309
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
309
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 309
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sjjA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sjjA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sjjA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sjjA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sjjA03
4Y1DA 1HMVA 1NOYA 1CXUA 4OGCA 3OYLA 1IKWA 3TR8A 3LZIA 3OYNA 4OLBA 3SQ4A 1NKCA 2HHTA 4Z4EA 5KRSA 3I8DA 2E4LA 1S9GA 5HLFA 1L3UA 4IKFA 5J2QA 4M41A 3UIQA 3TAMA 1Z25A 3AV9A 4CJQA 1NK4A 4RW4A 3DOLA 1T8EA 4MQ3A 4FCYA 3ZT4A 2WONA 3T3FA 4W5RA 4ICLA 4TSXA 3C95A 4B9NA 3KLIA 4CGFA 2D0BA 4ZHRA 3LPTA 3KK1A 1RILA 2PYJA 4FJIA 3ULDA 3ZSYA 3SV3A 2BANA 4DSIA 1J5OA 3HK2A 1WSIA 4CF1A 1T7PA 4B9SA 2QK9A 2EX3A 3AO3A 3SCXA 4PWDA 2VG5A 3MEGA 1Q9YA 1WSGA 3F73A 4B3OA 1HRHA 4FZXC 4ELVA 3LDSA 4CEFA 1K6YA 1REVA 3AVNA 2XO7A 3HSTB 3U3YA 4KTWA 4F4KA 4QOZB 3ZSVA 3NHGA 3TAFA 2O4GA 4DQQA 2HVIA 3SI6A 3OVNA 3AVMA 2OZMA 3VQ8A 4DTSA 1L3SA 1B9DA 4BE2A 3D45A 3V81A 4AHCA 4O55A 1QSYA 3DRPA 4KAZA 5FRNA 4KHWA 2YHBA 4BDPA 4Q0BA 4CJUA 1X1PA 2WOMA 4HCBA 3HVTA 4CGHA 3S9HA 3AVAA 4CFDA 4QCLA 1VSJA 5FRMA 1XHXA 4Z0UA 1JLGA 4M42A 4W5QA 1UAXA 5JS2A 1FKOA 4H4OA 5CZ2A 1ZBLA 3OYCA 4BWJA 2BGGA 2IC3A 4BWMA 4I2QA 1TK5A 4AHUA 4CEAA 3EZ5A 4JLHA 3WNHA 1KVCA 1RBUA 3DYAA 4K8XA 4ID5A 4CF8A 4B9UA 4PY5A 3S3MA 5CY4A 3O3FA 3MXMA 4CJ3A 1R0AA 4CGJA 4CHYA 1JLFA 4RW9A 3VQ9A 3RWUA 1LAVA 1RDAA 4GMJB 4KHUA 4H4MA 2OZSA 3V4IA 3L8BA 4OKEA 3PO4A 1RTDA 1T05A 4DTUA 1LWFA 4AH9A 3RMAA 4RW8A 2Z1GA 5HP1A 4FLTA 4DSEA 3NAEA 4CE9A 4C8OA 4Z4GA 1CLQA 4J2BA 3ZSQA 1ZBHA 2FBXA 5EU7A 3KLHA 2VG7A 3QEVA 3NF6A 4GVMA 2ETJA 3DLKA 4FLYA 4NCGA 4F3OA 3QESA 4J2EA 4HHTA 3NE6A 4CFCA 4W5NA 2OPQA 4KI6A 3CFOA 3RR8A 2YV0X 1ZBIA 3IG1A 1J53A 3L2WA 2GV9A 1QS4A 3NDKA 3HPGA 2F8SA 2VWJA 4CEOA 4O0JA 4DQRA 1X9WA 3OS2A 1XC9A 1TAQA 3HYFA 2G8WA 4DSJA 4B8AB 4DTPA 3U6FA 1X9SA 2P1JA 2BDPA 4AHTA 3HJFA 1T03A 1WSJA 3PY8A 4FXDA 3LWMA 3TANA 1VSLA 2HHQA 3KKSA 1BIZA 3VQBA 4GW6A 2HHVA 1CXQA 4IG3A 4CJWA 5KI6A 1D9FA 1FKPA 1ZYQA 1TK8A 1C1BA 3V9SA 4DFPA 2ITGA 4CEQA 4FJ7A 4BDYA 4FVMA 3AO4A 4OGEA 3OYAA 3V9XA 5HRRA 3DRSA 3VQ4A 3MEDA 1SKRA 1C1AA 4B08A 4DTMA 1HYZA 4DSFA 4N56A 1VSDA 4CJ4A 3OYFA 1JXEA 5C24A 4MFBA 1NJWA 2G8KA 1HJRA 1JLAA 3RMCA 4J2DA 4KO0A 2HW3A 4KHYA 3C6TA 3HP9A 3K5OA 1EETA 4L8RB 5CZ1A 4M3YA 1Z26A 4NCAA 1RDCA 4DFJA 4B9TA 3QEWA 3OJUA 3QEXA 1S1WA 1S6QA 3MAQA 3AVFA 1MU2A 4N76A 2X74A 1D8YA 2EHGA 1JXBA 3B6PA 4O4GA 3TARA 4F8RA 1W0HA 4CECA 4KFBA 3ZSRA 2HB5A 4FJ9A 1LAWA 3HM9A 1X9MA 4FLWA 2QXFA 2YNHA 4DLEA 3SUOA 3SQ1A 4FM2A 2X78A 3ZSOA 3QEPA 3DLGA 4ELUA 2JGUA 3LALA 1U48A 2DFEA 3C6UA 1C1CA 4FJNA 3V9UA 1HNIA 4N47A 3SV4A 4Z4HA 1KSPA 4DWIA 3IS9A 3P83D 1KLNA 5HRPA 2HHSA 4FJ8A 3LP0A 4DQIA 1ASWA 1KCFA 4ZTFA 4LH5A 5J2MA 3P5JA 2QKBA 2A1SA 3PUFA 2B4JA 3DMJA 3OY9A 3K59A 3PX6A 1QHTA 1RT3A 2P5OA 1YT3A 2DTUA 1W9HA 3HXMA 4FJGA 4PA1A 5FROA 4KB1A 1NK9A 1NOZA 3S3OA 4BACA 4KB0A 1XI1A 4C8LA 1S5JA 3L2UA 1N5YA 3BDPA 1JKHA 3KKRA 5DK5A 3KJVA 1ASUA 4JRQA 3AA2A 2Y1JA 1BGXT 2ZE2A 1S1VA 3O4NA 5HBMA 3ZT3A 3PX0A 4B9MA 2XY6A 4PQUA 3KD5E 3ASMA 3SPYA 2P51A 2XY8A 3ZCMA 4CESA 3CYMA 3KD1E 1SL2A 3CQ8A 1EX4A 3AVKA 3V1OA 2KFZA 3BGRA 4N41A 4CF9A 1ZBFA 4FLVA 2Q3SA 4E1MA 3HP6A 1BHLA 3HL8A 3TWHA 2D0AA 4FZZA 4JRPA 4KHQA 3QO9A 4KHSA 1KFSA 2FBTA 4FJHA 3V9WA 5J2NA 3AVCA 1TVRA 4KKOA 3IRXA 4YFUA 1TGOA 2G8VA 5K14A 2B5JA 3RRHA 3I0SA 4FJLA 1EP4A 2YHAA 1RBSA 3K57A 5I3UA 4CIEA 2NUBA 4E1NA 3NFAA 1ITGA 3L2RA 3OS0A 3KK3A 4LH4A 3PV8A 3OYJA 4FK4A 1HQEA 3G10A 3SUPA 4I9QA 3LAMA 3OJSA 2XRIA 1NKBA 5D3GA 3EY1A 2PY5A 1G15A 2VG6A 1RCHA 2KZZA 1NJZA 3C94A 1WNSA 2G8HA 2FBVA 3NF9A 1TKZA 1VSMA 1GOAA 1LWCA 2R7YA 3SNNA 1KTQA 1QSLA 4O0IA 2YNIA 1BIUA 4CJEA 4KTZA 4CIFA 1RBTA 4DF4A 1QTMA 4DU4A 2KFNA 3ZT2A 1RT6A 1JLEA 3O3GA 1U47A 1C6VA 5JS1A 2LSNA 1BQMA 4PUOA 2FC0A 1VSIA 1D9DA 4W5OA 1S9EA 3LANA 4CGDA 2JLEA 2RPIA 1C0MA 3CM6A 4M3XA 1UWBA 3S3NA 3AA3A 3RMDA 4LY7A 3JSMA 2I5JA 4HUGA 1A5WA 1QQCA 4CF2A 4DS4A 4FW2A 5KRTA 4CHNA 1LV5A 1JLCA 2RF2A 3ZT0A 3B6OA 4LD0A 4KV8A 3VQ5A 3DLBA 4O5BA 1BI4B 1TV6A 1HNVA 3OYBA 3OYEA 3DI6A 2DY4A 4Z4FA 3QERA 1RTHA 4CJSA 2HNDA 5HRNA 1HQUA 3D0PA 1SL1A 4CJTA 4RG8A 4I2PA 1CZ9A 1NJXA 4Q5VA 1NJYA 4OLAA 5C42A 2ATQA 3E01A 3QNOA 1BCMA 4KRFA 4CJFA 1VSEA 1WSHA 1XHZA 3TAEA 1I39A 3U3GA 3NH0A 3V1RA 4F2RA 1IKVA 3TAPA 2IAJA 1U49A 3VQPA 3O3HA 3M8PA 4H8KA 5HROA 2YKMA 4DU3A 3AVGA 1LW2A 4G1QA 3OYKA 4DS5A 2OA8A 1B92A 5J1EA 5SZTA 3V1QA 3MECA 4C8NA 4JS5A 3SZ2A 2HMIA 1YTUA 4OKJA 4AILC 1TL3A 1YTAA 3LWLA 1TL1A 3MXJA 5T7BA 1IKXA 4E3SA 1LWEA 2P5GA 3CFPA 1ASVA 1FXXA 3AVBA 3K2PA 1BCOA 3O4QA 4OPKA 3KK2A 3M8RA 4E7JA 1XWLA 2E6MA 3HO1A 1TKXA 4CEZA 4E7LA 2D0CA 3RTVA 1U04A 4XIUA 1HYSA 2RKIA 1JLBA 2DFHA 3ZSWA 3OYDA 1A5XA 2KTQA 2OPPA 1TAUA 2G8UA 1B9FA 5KTQA 1RBVA 3NH1A 4E19A 4LSLA 3IAYA 4HCCA 4DTNA 1RT2A 4RW6A 3NH2A 3V6DA 1UOCA 2ZD1A 3VQDA 4AHVA 1NK5A 4EP4A 2YNGA 2HHUA 1S1TA 3PX4A 1GOBA 3SYZA 3CG7A 2KZMA 1KLMA 3G0ZA 3DOKA 1WAFA 4OVLA 3OYGA 4FK0A 3L3VA 1UA1A 4BE0A 4CJ5A 3ZSXA 4M3WA 3SUQA 2Z1HA 3ZT1A 3QNNA 4E89A 2Y1IA 3LP2A 4BDZA 5KGXA 4IFYA 3M8QA 1FK9A 4FLUA 3AO2A 4OKKA 3AVHA 3VA3A 2VWKA 2B6AA 3SQ2A 2HNYA 4K8ZA 3T1AA 1F21A 1J9AA 3MEEA 3TABA 4CGIA 3TAQA 4Z4CA 3NGZA 4DQSA 4KHNA 3OYIA 1L3VA 3AO5A 4KI4A 4FJ5A 3HT3A 1O1WA 4R5PA 4E7HA 3KTQA 4I7FA 4RW7A 1D5AA 3KLGA 4ZTJA 4FZYA 4FJMA 1JLQA 4E7IA 3QEIA 1RT4A 5CYQA 1Y97A 3NGIA 4CJRA 3OYHA 1S6PA 1BQNA 1SKSA 4CK3A 5HRSA 3RRGA 4M3TA 1RDBA 3AVIA 1IH7A 4CJPA 4KTQA 4M3ZA 1VK0A 2F96A 4BE1A 3ISNC 4DFKA 1VSFA 2YNFA 1S1UA 2Z1IA 1IO2A 1S1XA 1BL3A 4DTXA 1YVUA 3SUNA 1KVBA 3VQQA 2PYLA 2W42A 3OS1A 1QE1A 1WLJA 3TI0A 1SUQA 3ALYA 3VA0A 1NKEA 4CHOA 4HVJA 4DTRA 2XY7A 3A2FA 4FJKA 3K5MA 3NBPA 3LAKA 4CK1A 4KPYA 4CFAA 2AJQA 1BI4A 1RTJA 1J54A 4LSNA 4QAGA 3RMBA 1JL2A 2KW4A 3NF7A 3WNGA 1U4BA 3K5NA 1LW0A 1DTTA 1RT5A 4DTJA 3M8SA 3PO5A 3HPHA 1L5UA 3NCIA 4DF8A 4FW1A 4JS4A 2X6NA 4B8CA 4YNQA 1Q9XA 1CZBA 2PZSA 4CHPA 3AO1A 1EXQA 2HHWA 3DLEA 4NCBA 1TKTA 4FK2A 4F2SA 3KLFA 4DFMA 4AHSA 3VQAA 2A1RA 4F3TA 4FJXA 3RR7A 2YKNA 2ZQBA 4B9VA 1BISA 2FBYA 3EYZA 3DLRA 4CIGA 4HTUA 5FDLA 3VQCA 3VQEA 3V9ZA 2HHXA 4J2AA 4IDKA 2O4IA 4IFVA 4CGGA 4CJLA 2IDOA 3LPUA 3VQ7A 1L3TA 3WNEA 4CJKA 3AA5X 3I0RA 4DTOA 1Q8IA 2HNZA 4CEBA 4B9LA 5SWMA 1KRPA 3AVLA 3LZJA 3KIOA 4M3UA 2IS3A 3THVA 1JL1A 1HPZA 1EKEA 1DTQA 4DSLA 4E0DA 4IBNA 1A5VA 4WE1A 4CEEA 3MXIA 3CFRA 2KQ2A 3SJJA 4NYFA 4O44A 5KGWA 3ZSZA 4CEDA 4HUFA 1N6QA 4ELTA 3HPOA 4DG1A 1RTIA 3L2VA 1WSFA 1WSEA 4CERA 4E7KA 2GUIA 4FYDA 3DM2A 3HVRA 1KVAA 2BE2A 3L3UA 3FFIA 4FJJA 1RT7A 4FM1A 2IGIA 2XY5A 2DFFA 4FLZA 1NK0A 2G8FA 3DLHA 2HVHA 1SKWA 2X6SA 4EZ9A 4W5TA 4OJRA 3QIPA 1QSSA 1WAJA 4AHRA 4DSKA 4M3RA 4KREA 4DU1A 4N5SA 3OYMA 2OPRA 5C25A 2D5RA 2OYQA 1U45A 2IOCA 1UA0A 4ID1A 4FLXA 3TAGA 1WN7A 3DRRA 1C0UA 4Y1CA 3VQ6A 2XHBA 3SQ0A 1RT1A 2Z1JA 3T19A 3JYTA 4OPJA 2F8TA 5I42A 4NYNA 2OPSA 3KLEA 3SPZA 1RDDA 1TKDA 1VRUA 2G8IA 2RN2A 1C0TA 3QIOA 4CK2A 3QETA 3NF8A 3WNFA 4DLGA 5J2PA 3CM5A 3H08A 3VN5A 5CYMA 3AA4A 4DMNA 3ITHA 4C8MA 3K5LA 1GOCA 3LP3A 3K58A 1SL0A 1DLOA 1KFDA 1SV5A 1VSHA 4C8KA 4M45A 1VRTA 5DMRA 4CHQA 4CHZA 4UQGA 1NK8A 4I9LA 4IG0A 4DQPA 4EZ6A 1IKYA 2E6LA 3F9KA 4Z4IA 3P1GA 4CJVA 1NK6A 5E41A 3QINA 4EP5A 2QKKA 1HYVA 3NGYA 4HUEA 1ZBUA 1VSKA 1IG9A 1RBRA 1RNHA 4CFBA 3AVJA 4CF0A 3L2QA 3QLHA 3LP1A 1TK0A 4CCHA 1I3AA 1NK7A 2GBZA 4FM0A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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