3SKGA

Crystal structure of beta-site app-cleaving enzyme 1 (bace-wt) complex with (2s)-2-((3r)-3-acetamido-3-isobutyl-2-oxo-1-pyrrolidinyl)-n-((1s,2r)-1-(3,5-difluorobenzyl)-2-hydroxy-2-(1,2,3,4-tetrahydro-3-isoquinolinyl)ethyl)-4-phenylbutanamide
Total Genus 86
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
86
sequence length
386
structure length
386
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Synthesis and in vivo evaluation of cyclic diaminopropane BACE-1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 86
structure length 386
sequence length 386
chains with identical sequence B, D, E
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3skgA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3skgA02
4Z4XA 2QCIA 3UQUA 3VLBA 2J9JB 3NDTA 5P0FA 5IS4A 3SA8A 3ECGA 3BUFA 5P3DA 2P3DA 5IVQA 3MWSA 4COEA 2QNNA 3PGIA 4OBGA 2ASIA 2ZHRA 5DR3A 1D4IA 2R8NA 3OQFA 4LXAA 5P70A 1W5YA 5P5PA 4L7GA 2Q55A 4AZYA 5P75A 5IE1A 5P7OA 5P34A 1K6TA 2AOFA 4PEPA 5P4LA 3VEUA 3TPRA 2WF4A 1RPIA 1NPWA 2ZHTA 2ER9E 5P07A 2VA6A 2OHQA 4TVGA 1FB7A 3RVIA 3NXNA 3UFLA 1AJVA 1DMPA 2J9JA 2QMGA 5P22A 2AZCA 3OQAA 5P5QA 5P5FA 3N4LA 3K5CA 5OZ7A 5P6AA 4QGIA 5P1NA 5P8SA 1D4HA 5P0PA 4H3JA 4HLAA 2V00A 2R43A 4H1EA 1D4SA 4DQGA 5P6WA 3RTNA 1LYWB 1HEGE 5P6KA 4LP9A 4AUCA 4EHCA 1QBRA 2R5QA 1Z1RA 3APPA 4Y3MA 2VJ9A 5P6LA 3U71A 1WBKA 5P06A 2CENA 1W6IA 2QZXA 1FQ5A 1B6LA 1DP5A 2G21A 4Y36A 1QRPE 1HVLA 5P1ZA 3UQPA 3OUBA 2O4NA 1BDRA 2G1RA 3VYEA 5P4FA 5P16A 3PMUA 1EPPE 1Q9PA 4Y3YA 4Y4AA 4DJXA 2PYNA 4BFDA 3OXXA 3FIVA 5P42A 5P89A 4Y5EA 1HTFA 5P27A 5P4OA 5P1OA 3I25A 5P85A 5P0QA 3TLHA 3NR6A 5P4VA 5P0HA 1A9MA 3FNTA 2AVVA 5OZBA 5BS4A 5P83A 5P8AA 3PB5A 6FIVA 1LYWA 5P3ZA 2AOHA 5OYQA 2Q63A 1ME6A 4Y38A 3UQXA 1SMEA 1ODYA 4Y3HA 5P0TA 3O9IA 3PWMA 3INDA 5P2OA 3VV8A 4QJ9A 4OBZB 5P5UA 1HBVA 5BRYA 1HTEA 3KM4A 5ISKA 5KR2A 4Y4BA 4J1IA 4GJCA 2G1SA 3TPLA 3LPKA 4Y3PA 4YD6A 5P5RA 3BGBA 2VNMA 2WECA 5P8VA 5P3LA 1FGCC 5HDXA 2WJOA 4GJ6A 1T3RA 5P7YA 1ER8E 3QAAA 4ZLSA 1BWAA 4I8ZA 5HCOA 4DI2A 1HVKA 2ZJMA 1T7KA 1XS7D 2ZJHA 4Y6MA 2BJUA 2WL0A 1TZSA 4I0EA 3FNUA 4J5JA 5OZHA 2NMZA 1BV7A 3LZVA 5AH6A 2PK6A 1RV7A 5P18A 5P0YA 1EBZA 4FL8A 5P7MA 1KJ4A 4GIDA 5P3IA 3TPPA 1APVE 5P3AA 3D1XA 4B78A 4QJ6A 5P3MA 4OBZA 3I2LA 2O4KA 3RU1A 4B1CA 5P0XA 4J1HA 4Y56A 1IDBA 1MUIA 5P3QA 1T6EX 5P60A 5P4NA 4I10A 4DV9A 4DJYA 4Y3QA 2QMFA 4KE0A 4GB2A 5P2UA 3JW2A 5P57A 1HPVA 3SA7A 4XX4A 5P6QA 3OY4A 4M8YA 3UQWA 3F9QA 2XFKA 5P0KA 5IVRA 5OZEA 5P4BA 4B72A 5P6YA 3UDQA 2RMPA 2QNQA 3BVBA 4Y50A 5P7DA 1UH8A 5SZ9A 3ZKQA 5P23A 5P0AA 1RL8A 2WEZA 5P1AA 5P7SA 4I0ZA 1FKNA 3VCMA 5P1EA 1VIKA 4B00A 1FQXA 1TSQA 2BPXA 5T4SA 3LPIA 3KYRA 1PPKE 5P31A 5P5BA 4ZSMA 4U8WA 4XX3A 2VA7A 5PEPA 3SM1A 5P6DA 5P7QA 5P44A 5OZPA 5P04A 1ZTZA 1YTHA 1W51A 3RTMA 1IBQA 5P35A 1G6LA 5P19A 4Y3FA 5KR1A 2QZLA 4KUPA 4GYEA 1MRXA 3VG1A 5P0WA 3T3CA 1MRWA 3WZ7A 3EC0A 4R93A 4Y5NA 3R1GB 2QI0A 3ZKGA 4ACUA 3D1YA 5J25A 3OADB 4Y41A 1NSOA 5P58A 5KAOA 3KT5A 5P2MA 2ZYEA 5P7XA 1KJGA 3OTSA 2PK5A 3O9CA 3VSXA 5HVPA 3IN4A 1HVRA 4EXGA 4U7QA 3ZL7A 4BFBA 1XDHA 1EBYA 3JVWA 5P8BA 4Z2ZA 3DV5A 3L5CA 3LITA 1QBTA 2VNNA 2OHTA 5B18A 1IIQA 5P4CA 3K4VA 2B7ZA 1D4LA 3DK1A 5P48A 5P6MA 1ZSRA 5SXNA 3EL5A 4A6CA 4ZSQA 4H3FA 3A2OA 5P3RA 1CMSA 4EP3A 4F76A 3OQDA 3ZKSA 4QJ8A 1ZSFA 3RSVA 5OZDA 3OHFA 4MC2A 4RCFA 3SABA 2V0ZC 1A8KA 2H6TA 3U7SA 2NTRA 4QJ7A 5P38A 1APWE 3OADA 1ZBGA 1ODWA 2PH6A 4FM6A 1SGUA 2QHZA 4LXKA 3ZKIA 5OZ2A 5P7ZA 5P67A 1GVVA 4YD3A 1IZDA 1BIMA 4CPQA 3TOGA 3CIDA 1G2KA 5DQ1A 1SGZA 3EXOA 1BWBA 2Q15A 5P6BA 2F81A 2R3WA 4X2LA 5I70A 3PLDA 1YM2A 5AHCA 4DQCA 2FGVA 1C6ZA 1MT8A 2BPZA 4OD9B 2OHKA 1TSUA 2WF1A 1BBSA 2UPJA 4YD4A 5P4KA 2BB9A 1OHRA 4DQFA 1G0VA 4Y4ZA 1FMUA 2AODA 3NDUA 9HVPA 3HD8A 5P1UA 1HPXA 1NH0A 3LPJA 2XFIA 4QLHA 3EKVA 3TOFA 2OHUA 3BVAA 4YCKA 5P05A 4LAPA 1UH9A 5P6IA 1C6YA 4EJKA 4FCOA 1HXWA 3EM4A 4L6BA 2BBBA 3L5BA 2ZJLA 4NJTA 5P3HA 1DPJA 4Y5LA 4DJQA 2CEJA 3Q70A 4YCTA 3VUCA 4RYGA 5OZSA 2F8GA 3TKWA 3LIXA 4CPSA 5P5LA 1HVJA 1HHPA 3S45A 3QRVA 1FQ7A 5P25A 4EXHA 5OYVA 5OZQA 1AJXA 1KJ7A 3KT2A 1QS8A 5P7LA 1EEDP 5P2CA 2Q5KA 2BQVA 3JVYA 4RROA 5P4YA 5P6RA 5P01A 5P7PA 5P8EA 5JODA 3S2OA 5P1FA 3Q5HA 5C9FA 5P1JA 1TW7A 2AIDA 3QVCA 3ZPSA 5P2XA 4MC6A 2VIYA 3FKTA 4E43A 5P65A 5P87A 5P52A 1LV1A 3I8WA 5P49A 4CPXA 4Y4UA 2WEAA 1A94A 2HC0A 5IVTA 3NWQA 5P7NA 3EKYA 3S8IA 1IVPA 5KOQA 4L7JA 2ZJKA 5OYXA 5OZFA 3EL0A 3SM2A 2H6SA 3BUGA 5DQ2A 3CIBA 3ZMGA 4F73A 5OZYA 4HDBA 2OHNA 3AIDA 3S56A 3WZ8A 1FMXA 1TCWA 5P4WA 5P12A 5HDUA 2A1EA 3HZCA 3QRSA 2P8HA 3IXJA 2ER0E 3NUOA 4FRSA 4EQ0A 5P47A 5P03A 5P0VA 1XN2A 3PM4A 2QI1A 3SKFA 5P5AA 2IRZA 5P0RA 3HBOA 4CPTA 3QPJA 4PZXA 3BGCA 5P74A 3O9LA 4DJOA 5P3FA 1SIVA 5OZ3A 4DFGA 4GJAA 4B1DA 5P40A 2F3FA 2AQUA 2IENA 2QNPA 1W5XA 3I6OA 3GGXA 4PPHA 5COKA 5HDZA 3UFNA 3QIHA 2WKZA 3IA9A 4JPEA 3PMYA 1Z1HA 1JLDA 5P3EA 5P2WA 1HVSA 2B60A 5JFPA 1LF3A 4D8CA 3LIYA 1APUE 2IEOA 2IKOA 5P6JA 4NKKA 2AVSA 5KQZA 4DJUA 1K6PA 3OQKA 3Q6YA 4Q5MA 2B42A 5P79A 2QD6A 5P4MA 3WB4A 5P7CA 4NPUA 3NSHA 5COPA 5P46A 1FG6C 3MSLA 5P8JA 4F75A 2QHCA 2JYSA 4EPJA 5P28A 3OXCA 2AVQA 4OBHA 4RRSA 5P8DA 4FIVA 4YD7A 1BDLA 3SACA 4I0JA 1XL5A 4Y5AA 5P8CA 5AHBA 3INFA 2G22A 2P3BB 5P7IA 5P8LA 1F34A 5P0UA 3INHA 2VJ6A 5OZ6A 1PPME 5P1BA 1HVHA 4GJ9A 5P0IA 3SFCA 3S53A 5SY2A 4J1KA 5P14A 3OXWA 3KA2A 2R5PA 4GJBA 5P6TA 3IGBA 2G20A 5P09A 1IZHA 1HSGA 1SMRA 3C9XA 1OD1A 4IVTA 1K6VA 2P83A 3LZUA 4I0FA 1BAIA 1TCXA 3TL9A 3I7EA 3DM6A 5P0LA 5ENKA 1BXOA 2BPVA 1PROA 3EKPA 2RKFA 1KZKA 3IAWA 3QP0A 3LIZA 1FQ8A 4RVJA 1UPJA 1NPVA 3S54A 3VF7A 4Y5KA 3QROA 5F00A 3L38A 4M8XA 5P6NA 2QU2A 4Y3SA 4Y3NA 1EC2A 2P3BA 1MTRA 5P4SA 1FMBA 3QS1A 5BWYA 5KQXA 4Q1WA 3KFRA 2BKTA 4Q1XA 4GJDA 5AH7A 3ZPUA 5P00A 2VIJA 5P53A 3OUCA 5OZ1A 4RCEA 1VIJA 3PSYA 1HEFE 4FE6A 4LC7A 1MTBA 3BHEA 4JECA 5P8IA 2IDWA 3SPKA 5CLMA 2B8VA 2QK5A 5P6FA 1SDUA 2V11C 5P4UA 5P77A 4YDGA 4DQHA 5P43A 3D3TA 5OZOA 2F3EA 5P5OA 5P5ZA 1OEXA 5OZGA 3KDBA 3VF5A 4YDFA 5P1TA 4J1EA 3NUJA 3Q3TA 4K4RA 2P4JA 5KQYA 2O4LA 4QJ2A 1FLHA 3BXSA 1MIQA 4HZTA 3MXDA 4DJWA 5P5SA 1M0BA 2FXEA 3K5GA 5P2QA 1MSMA 5P5MA 5P5CA 2V12C 3G72A 3K4VC 3T7QA 5P8MA 3ZKNA 5P3YA 2AVMA 3VYFA 1GNMA 2PQZA 3D91A 3KDDA 3IVIA 1BVEA 5P5YA 5P26A 4Y3RA 1G35A 3BUHA 4GZFA 2I4QA 5P7JA 2Q64A 1EPRE 2G27A 3B7VA 4Q1YA 1LYAB 4Y5PA 4R91A 5P2YA 2Q3KA 1APTE 5P5VA 2IQGA 2IGYA 5ER2E 4FSLA 5P1DA 5P68A 3BC4A 4B70A 4FRJA 3PBDA 2HS2A 5P2ZA 5P63A 1QBSA 4YA8A 2OHMA 1E82E 1YTJA 4CP7A 4D85A 1D4YA 5P5WA 3U6AA 4FSEA 3EKTA 2F3KA 5P78A 1MT7A 1EC1A 1W50A 4CPWA 5EZZA 5P2GA 1SDVA 5P6ZA 1FFFC 4HDFA 2FDPA 5DQ5A 4RGHA 2AOJA 2ZJIA 1HPOA 3HLOA 4TRZA 4NJVA 5DR8A 5P2VA 1LYAA 3K5FA 3OTYA 5P1XA 3KN0A 5HD0A 3VV7A 5P8TA 5P1GA 2OHSA 4PYVA 5HE4A 4KE1A 4H3GA 2Z4OA 5ISJA 1FFIC 2WEBA 2XFJA 4Y48A 3K1WA 3PLLA 4A4QA 5P8PA 5IVSA 5P3GA 2WF3A 2ZDZA 1MERA 4PZWA 3QBHA 3CMSA 1DW6C 2AZ8A 4ZPGA 3OGPA 3HVPA 1A8GA 3GI6A 5I3WA 5FIVA 1W5VA 5P2FA 4Y53A 2ZHUA 1C6XA 5P7RA 4Y47A 5P3UA 2IL2A 2XYFA 4Z22A 5P61A 2BKSA 3PHVA 5P8FA 4MC9A 4Y4JA 2QZKA 1ZPKA 3N3IA 3URIA 4YBFA 2I0DA 3OOTA 3PRSA 2NNKA 1IDAA 4OBKA 5P3CA 5P4EA 4CKUA 5P4AA 1K6CA 5P17A 1MESA 2RSPA 3SLZA 3HAWA 3WSJA 5JFUA 5HTZA 1AXAA 4OC6B 4XXSA 3EKQA 3APRE 1B6JA 5OZWA 3R0WA 3LIQA 4Y45A 1DIFA 2FIVA 4HEGA 5P1KA 2HB4A 5P6HA 3OQ7A 5P6OA 4LXMA 1EC3A 4LL3A 2PH8A 2HS1A 3TPJA 3FNSA 5P6PA 5P3OA 2AOIA 5P0GA 4YOBA 3VLAA 5P8HA 1AM5A 5P73A 5P76A 5P20A 5P24A 2ER6E 3O9AA 3PWWA 1XN3A 3IXOA 2OHRA 2HB3A 3KF0A 5P6UA 2G26A 4B1EA 5DR4A 4J0VA 4TRWA 4K8SA 4RCDA 1LYBB 2PC0A 3SA9A 2JJJA 6UPJA 3PI5A 4YBIA 2V13A 3NDWA 4Y58A 5F01A 4OC6A 2Q54A 5P69A 4RYCA 1WBMA 4LBTA 4Y4XA 4Y3WA 5P7UA 1XL2A 4Y3XA 5P2HA 5P8RA 4EJ8A 1YG9A 3OHHA 3SKGA 1N49A 3O9EA 5DQ4A 3O99A 3WZ6A 4EJDA 1ZAPA 5P5HA 5UPJA 4I0IA 5P5GA 2FLEA 5P29A 3G70A 2PSVA 3VFBA 1YX9A 4Y39A 4NPTA 2HAHA 4TRYA 5P86A 1MVPA 5P13A 1BILA 4OD9A 3NWXA 4R8YA 3ER5E 2IKUA 1BVGA 1IZIA 2V10C 1YTGA 1LYBA 5P5JA 5OYWA 5KR0A 5P4JA 1OEWA 4Y3LA 5P3VA 4AA9A 5P5EA 1PSNA 3R2FA 3L5FA 4K9HA 1GNNA 4J0ZA 2QMDA 3TTPA 2RENA 3ZLQA 3GGVA 4NJUA 4FM8A 5OZZA 5P0MA 2AVOA 3PEPA 3OOZA 5P0ZA 5P6EA 5P56A 3UF3A 3T7PA 4Y4WA 2UY0A 5APRE 1HSIA 5EZXA 2Q11A 1HOSA 4Y3DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Z4X A;  2QCI A;  3UQU A;  3VLB A;  2J9J B;  3NDT A;  5P0F A;  5IS4 A;  3SA8 A;  3ECG A;  3BUF A;  5P3D A;  2P3D A;  5IVQ A;  3MWS A;  4COE A;  2QNN A;  3PGI A;  4OBG A;  2ASI A;  2ZHR A;  5DR3 A;  1D4I A;  2R8N A;  3OQF A;  4LXA A;  5P70 A;  1W5Y A;  5P5P A;  4L7G A;  2Q55 A;  4AZY A;  5P75 A;  5IE1 A;  5P7O A;  5P34 A;  1K6T A;  2AOF A;  4PEP A;  5P4L A;  3VEU A;  3TPR A;  2WF4 A;  1RPI A;  1NPW A;  2ZHT A;  2ER9 E;  5P07 A;  2VA6 A;  2OHQ A;  4TVG A;  1FB7 A;  3RVI A;  3NXN A;  3UFL A;  1AJV A;  1DMP A;  2J9J A;  2QMG A;  5P22 A;  2AZC A;  3OQA A;  5P5Q A;  5P5F A;  3N4L A;  3K5C A;  5OZ7 A;  5P6A A;  4QGI A;  5P1N A;  5P8S A;  1D4H A;  5P0P A;  4H3J A;  4HLA A;  2V00 A;  2R43 A;  4H1E A;  1D4S A;  4DQG A;  5P6W A;  3RTN A;  1LYW B;  1HEG E;  5P6K A;  4LP9 A;  4AUC A;  4EHC A;  1QBR A;  2R5Q A;  1Z1R A;  3APP A;  4Y3M A;  2VJ9 A;  5P6L A;  3U71 A;  1WBK A;  5P06 A;  2CEN A;  1W6I A;  2QZX A;  1FQ5 A;  1B6L A;  1DP5 A;  2G21 A;  4Y36 A;  1QRP E;  1HVL A;  5P1Z A;  3UQP A;  3OUB A;  2O4N A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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