3SKPA

The structure of apo-human transferrin c-lobe with bound sulfate ions
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
338
structure length
338
Chain Sequence
CKPVKWCALSHHERLKCDEWSVNSVGKIECVSAETTEDCIAKIMNGEADAMSLDGGFVYIAGKCGLVPVLAENYNKSDNCEDTPEAGYFAVAVVKKSASDLTWDNLKGKKSCHTAVGRTAGWNIPMGLLYNKINHCRFDEFFSEGCAPGSKKDSSLCKLCMGSGLNLCEPNNKEGYYGYTGAFRCLVEKGDVAFVKHQTVPQNTGGKNPDPWAKNLNEKDYELLCLDGTRKPVEEYANCHLARAPNHAVVTRKDKEACVHKILRQQQHLFGSNVTDCSGNFCLFRSETKDLLFRDDTVCLAKLHDRNTYEKYLGEEYVKAVGNLRKCSTSSLLEACTF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Serotransferrin
publication title Structural basis for iron piracy by pathogenic Neisseria.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Metal binding protein
total genus 113
structure length 338
sequence length 338
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-06-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00405 Transferrin Transferrin
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3skpA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3skpA02
4GVOA 3M8UA 3SETA 4G77A 3PMXA 4QHQA 1J1NA 3KG2A 1FW0A 3SEXA 4EQ7A 1US5A 2R6GE 4NF5B 2ZNTA 4C1TA 1FTOA 1ELJA 1MY4A 3LUYA 2VD2A 5I59A 4Q0CA 5H8QA 5TU0A 3C35A 1OVBA 1PB7A 5JTYA 2PX1A 1PBPA 4E0WA 4DXBA 4YKJA 2V3UA 3H06B 5TPAB 2QPQA 2ONRA 5ITOA 1I6QA 2B3FA 3K1MA 1QULA 4KYSA 3RLFE 4MLVA 2UVHA 1QVSA 4ESWA 2O7IA 3H7MA 3GXAA 2XXVA 4FEDA 5K2YA 4QSDA 2F34A 2ZYNA 2I58A 5DEXB 4LZ5A 2ZNUA 1FTKA 3MZ9A 3QUJA 1UIVA 1R9LA 4OYVA 3H03A 3CFZA 3DP4A 4FECA 4EQBA 4LATA 2F6GA 4DZ1A 3OO6A 3TFLA 3RPWA 3K2DA 2XXWA 2F8DA 3RY3A 3TCHA 1KWHA 3QYTA 4PFUA 3G3KA 1WODA 4U1ZA 3IOTA 3ECRA 1MXUA 1BTJA 4F1YA 4PETA 3IOWA 1Y9UA 1OQHA 1IXHA 4BDLA 3H6TA 3QUFA 4KD5A 3O6GA 1OMPA 1B40A 3BKIB 4R6YA 2LAOA 4K3FA 1Z7NE 1B9JA 1IXGA 3EHSA 3HHFA 3C9HA 1B0HA 4EF2A 4OHNA 1JW1A 1GVCA 3WAEA 4DCYA 4Z0IA 2H98A 4FATA 3S9LC 2QMXA 1XVYA 4ESXA 1B4HA 2IA4A 4R75A 1AL3A 3QSLA 4NTLA 2REJA 4WXJA 3PUVE 1GV8A 1P1OA 4OZ9A 4NEDA 3T9UA 3HPIA 3VLUA 3GLBA 4NWDA 5ISUA 4G8HA 4UACA 4KHZE 3T9XB 1Y3NA 1NMUA 3LC8A 2OK2A 4U2RA 1O63A 4H67A 4U1OA 1M5CA 1YPNA 1FQFA 2DQVA 3W9VA 3ILTB 4MF3A 5I2KB 3EPEA 1ZBMA 5FHNA 2F7BA 4JSOA 2REGA 2RINA 4MH5A 3LSWA 4TOZA 3KOSA 1A55A 3W9WA 3S9EA 5H8HA 5CBSA 4RYAA 5CMCA 1MXXA 2XXHA 4MLQA 3HV1A 3K6XA 5I84A 3O2AA 5KCJB 4LVQA 4Z7EA 3MWBA 1B3EA 1FTLA 2AL4A 3FIRA 3TDJA 3ZKLA 3MVXA 3B6TA 3RT8A 1N7XA 4KPTA 4POWA 5CI5A 1URGA 1Z7ME 1JEUA 1TWYA 3FASA 1YCJA 1R9QA 4XKQA 1P99A 5I56A 4FIMA 1A7LA 1URDA 2RCBA 4QFOA 3FXRA 2O6AA 5I2NA 3HSTA 5JK4A 3U94A 3CRBA 4F1VA 4NF4B 5H8NB 2DXYA 4P0IA 4U4SA 1GGGA 5AE4A 1MY0A 3C32A 4YB5A 2OWSA 4YMBA 4BLAA 4WEPA 3V5AA 1H43A 1M5EA 1LSTA 2I48A 2GH9A 2OCUA 4JB7A 1MQDA 4FJPA 1S7YA 1MPBA 3PU5A 1LFIA 3BBRA 3EN3A 2O51A 2DE2A 1YTVA 4IB2A 1IZ1A 3G7WA 1Q35A 1SI1A 1OVTA 1IITA 1PBQA 3MVWA 4GOTA 2ZYOA 3T9HB 2KLFA 4C0RA 5H8FB 2XX7A 4IO4A 3E3KA 4TLMB 1B5IA 3PGFA 4Q30B 3H6VA 4O3CA 4LONB 2XX8A 4GL0A 4P11A 5AA4B 3KZGA 3TQWA 1B3HA 1ATGA 2H9BA 3VFJA 3OENA 3FD3A 4GXSB 1N84A 3HHGA 4G68B 4U23A 4XXUA 4G8NA 2I0BA 2Y84A 2V25A 3UGWA 1B58A 3O6IA 4NF6B 1SVXB 3K1PA 3TCGA 5AA3A 1MG1A 3OOAA 4ZE8A 3DELB 1NNFA 4ZEFA 3T96B 1B05A 4IO3A 3D4CA 1II5A 1SI0A 2XXUA 3U92A 3FJ7A 1H45A 1HSEA 4LQ2A 3TAJA 1D4NA 2XX9A 4EF1A 3K02A 4IO2A 2HAUA 2HXWA 4DE8A 4F3SA 4PE5B 3PUZE 1P1NA 3ZS6A 1A40A 2VHAA 3H4ZA 1I6AA 3SDFA 2ONSA 4OVJA 5F1QA 1UTHB 3MVYA 4HS7A 3P7IA 4NF8A 5LOMA 1HSLA 1BP5A 4FE8A 2VD3A 1B1XA 5L8DA 4GF8A 3TPAA 1M5DA 1NNPA 2RC8A 3VXBA 2Q9TA 1JVYA 1VFEA 4ZZEA 3TODA 2ZNSA 1NH8A 1QJMA 2OWTA 1USYE 2A5SA 1BKAA 1LAHE 2DVZA 4AB6A 3VLVA 3TMGA 1VSOA 3TTMA 4XIGQ 5ITPA 1LB8A 3MP6A 2NVUB 5EYFA 5FHMA 4R9FA 2DE4A 2XXYA 3K6WA 4GD5A 4OFLA 4GWOA 5EHSA 1SW1A 4OEUA 2X26A 3G3JA 4YKIA 1URSA 4OTEA 3TTKA 2ABHA 4QF9A 3I6VA 3C34A 1S9TA 1A8EA 2Y7PA 2HCAA 3FVNA 4H5GA 4THIA 3M3FA 1EH3A 2F35A 3KFMA 2NUVA 2Y7WA 1I6BA 3MQ9A 3K6VA 1A54A 4KYEA 1FQCA 2D3IA 1UTBA 4KCDA 1DPPA 1LCTA 1B7ZA 3K1NA 3VDFA 2R71A 4DDDA 4BDMA 3RNNA 5TP9A 3OXNA 5BUUA 2I4BA 2UVGA 4ND9A 5HPQA 4U21A 4R74A 2I4CA 3I3VA 3FXQA 4RK2A 1PB9A 2ZMBA 4HW8A 1JQFA 2O84X 4G2ZA 3RQTA 3UA8A 2CZLA 2I3WA 2D5WA 3B6WA 5I57B 3OO8A 2QJEA 1POY1 3Q26A 1XVXA 1A99A 1MQGA 5EHMA 4U22A 1B7HA 4LQ5A 2FNCA 3T9VA 5AA2A 1IIWA 4F2QA 2PMSA 1LLSA 3A3UA 1NH7A 5I58B 1LCFA 3AXFA 2QS2A 3A09A 1EZOA 2M8CA 4GRKA 4DLDA 1M5BA 1N3WA 2DVCA 4X9TA 2AIXA 1B4ZA 1NNTA 4WEDA 2F7CA 1RKMA 5DVIA 5IKBA 4ZEDA 3E9XA 3SERA 3Q25A 1LB9A 5HBCA 5A5XB 1ZTYA 1I69A 4P0GA 4M4GA 1LBBA 3CR9A 4C1UA 1PB8A 2F36A 2OJTA 4R72A 3IO6A 2YLNA 3CSBA 2B65A 4JWOA 2I49A 3OSQA 2HZKA 1SW2A 5ELVA 3O66A 3D4GA 3S9MC 1S50A 2HEUA 3MUQA 3PUXE 4GIZA 1XHYA 5KDTA 3VE1B 1EZPA 3FJGA 5IAIA 4GXAA 1UQWA 2QRYA 3DP8A 3GZGA 1EU8A 3CFXA 3FUZA 4XKNA 3CG3A 2H5YA 1VE4A 2A5TB 3IOUA 4IY6A 3CI8A 1Y4CA 2XD2A 4QFKA 3EHTA 4F3PA 4BDQA 4QFPA 3PD8A 4LP2B 2DXRA 3PPQA 2X7PA 2Y7IA 1LGBC 1OQGA 1H3DA 2Q88A 2AL5A 3PPPA 3OSRA 4Q8RA 3N5LA 3MP8A 1Y3QA 2XXPA 1QKAA 1SQYA 4ISUA 1MQIA 2GFEA 5K2XA 1FCKA 4KYDA 2XXIA 3G3GA 3C36A 2O1LA 1SD3A 1DTGA 4MFIA 1AOVA 4H0WA 4OERA 1EZ9A 5I59B 5H8QB 1US4A 1MXYA 1LFHA 4DIGA 4HCWA 2OBGA 3KJ7A 3OD7A 5JTYB 4FEBA 4JWXA 3FV2A 4YKKA 3LR1A 3CSGA 4AQ4A 4YU0A 4RNSA 2DOJA 2Q8JA 2DWIA 2HQ0A 3QAXA 3G3FA 3S2VA 4R6HA 3KJTA 2GHBA 1N7WA 4XKPA 3N26A 3U1OA 1PDAA 3T22A 4F39A 2Q2AA 4FORA 4BDOA 3QXMA 2ANJA 1LAGE 5CRYA 3UK4A 3SEWA 5FTHA 2VP1A 3RT6B 3IK6B 2HFBA 4RPOA 4YAHX 5L9MA 2WKYA 4G8MA 4O3BA 2G29A 4YICA 4KCCA 4X1DA 3H3GA 3FGSA 3IB0A 5JEIA 1B32A 1WDNA 2YPNA 3IO4A 1FTMA 1XC1A 3MZ1A 4XKRA 4RJZA 4IO6A 3IL1B 3TTNA 2Z8FA 2HZLA 5ICTA 4NF5A 1DMBA 1JNFA 3KBRA 4G4PA 4XTCQ 3TELA 1N04A 5J1DA 5KZTA 3OEMA 4ECFA 2O1MA 2P2AA 1FQDA 4JBZA 4OESA 3ONMA 2F5XA 3TQLA 3T93B 2DYXA 4LZ7A 2VOZA 3VV5A 1QUKA 1MPDA 3O97A 4TQUQ 2PT2A 5TPAA 3FZVA 1DTZA 4BDRA 1D3KA 4EXKA 2Z8DA 3U93A 2QS4A 4QFLA 1VR5A 2I6EA 2RCAA 3Q28A 1Q1KA 4PFTA 3IAZA 4OQOA 1Y1MA 2PVUA 3VVFA 4OXVA 3VLWA 1B46A 1M5FA 1SDXA 2NOOA 5DEXA 3U8QA 4F29A 1LBCA 3MPKA 1XOCA 1QW0A 3FATA 1ZKBA 4KFQA 1POTA 3TYHA 3LSLA 3K01A 3UN6A 1PEBA 4QFNA 3IR1A 1QUJA 1CE2A 2R9JA 3Q29A 4DXCA 3MBPA 4YKPA 4N13A 2Z8EA 4H1XA 2RC9A 5H8HB 1MQJA 3V83A 1OLCA 3C33A 1TXFA 3MAMA 2AYSA 3GBAA 3MP1A 1AMFA 5DVFA 1IQ7A 5CBRA 3G3IA 3SEYA 1Y20A 4QSEA 3ILUB 3GBBA 4ELRA 4RY1A 4OEVA 1HSJA 4IO7A 3K6UA 4H8IA 2F78A 1JETA 4IY5A 1B52A 2XHDA 4M1VA 4ZZAA 2B3BA 2XXQA 3FVGA 4I9DA 2OZZA 3LSFB 5I56B 4YZZA 4GFRA 3IX1A 3OELA 3LBSA 2UYFA 2GHAA 3TTRA 2I0CA 4H8JA 5L9OA 3KSJA 4O3AA 4ELQA 4EXLA 5I2NB 1XT8A 3EF7A 1LAFE 1NNKA 1QKBA 3N6UA 4F2OA 3JV9A 1SYIA 4R9GA 3SESA 3UIFA 3QK6A 2Y7KA 3HO7A 3HCQA 2E1SA 4U4XA 1JVXA 1ZIUA 5I2KA 3I5OA 3S4UA 5H8SA 1IEJA 3USDA 3TUSA 4LZ8A 1NL5A 4NMYA 4R2BA 2DSFA 3VXCA 2Q2CA 4UA8A 4LA9A 2DWJA 3FVKA 3L6HA 4F31B 2IEEA 2XXRA 5KCJA 1B5JA 3KN3A 2P1SA 4F22A 2V84A 4I1DA 1MXZA 3FVOA 1SW4A 4IGTA 4YB6A 4FAJA 5DYHA 3SKPA 4RA1A 1D9YA 5AA2D 1D9VA 1QUIA 3MC2A 1SYHA 2RKMA 1N3XA 4KR5A 3CFLA 1MM7A 4QSCA 2H25A 3PD9A 3JZJA 3A3CA 4AB5A 5CMKA 3ODBA 3MW0A 2DWHA 2I3VA 3LSXA 5M2VA 5F7VA 4ELPA 4JXIA 3O28A 3RTFB 2H4IA 1GTKA 5FTIA 4KQPA 2V93A 4NF4A 1MXVA 2O69A 5H8NA 4R6KA 2XD3A 1MY2A 1VFDA 3OMBA 5AA1A 1NKXA 4Q5TA 2F7AA 2FA7A 4F18A 1B2HA 3TCFA 2CMOA 4ZEBA 3T66A 3MPLA 4ZE9A 1P1QA 1IUDA 4YMAA 3MZBA 1MRPA 3EQ1A 2RF1A 4JDFA 1JEVA 1P1WA 2O68A 4NF8B 4OENA 3ZKKA 4DCXA 1TFDA 3IORA 1P1UA 1MQHA 5B70A 1MH3A 4HTGA 4PP0A 1ANFA 3BFTA 2THIA 5H8FA 3B7DA 3PUYE 3OO7A 5CMBA 3CIJA 3PPOA 4PFYA 1RYXA 3V8XB 1FQEA 3MVZA 1B3FA 1ZMGA 3K0VA 1B51A 3C31A 4NWCA 3VVDA 3FV1A 4F3BA 5AA4A 2H99A 3KSXA 4GL8A 3ZSFA 4OETA 4ONYA 4OMBA 4H65A 3U72A 3H6WA 2ZYMA 3PPRA 2DE3A 4I62A 3UP9A 4QRZA 4G68A 3N94A 3TZAA 1GR2A 2ZXTA 1H44A 4NF6A 4IGRA 1O64A 1DPEA 1MDP1 2PT1A 2QMWA 2YJPA 3TKDA 4KI0E 5CC2A 1LFGA 2ONKE 4X1BA 3PMWA 4H5FA 3Q27A 2ESNA 1LAXA 3RTWB 3KGCA 2Y7RA 4YB7A 3CG1A 2UVJA 3CVGA 1UTBB 3OO9A 3K00A 1MH4A 1UTHA 3JYRA 4JWYA 5B7DA 1JW5A 1NFTA 3H6UA 3HN0A 4RPNA 1AIVA 5TP9B 1A8FA 1Y4TA 5L9SA 2OLBA 3V89B 4R73A 3IB1A 1BLFA 2FYIA 1DOTA 3THIA 3PUWE 1AH5A 3SEUA 3UORA 2F97A 4OWDA 1B7UA 3G3HA 2Q89A 3OEKA 4ELOA 1Y3PA 3VVEA 1N76A 1SBPA 1Y1ZA 2W7YA 1B5HA 1MPCA 3M3KA 4WKMA 5ICQA 1MY1A 5AA2B 1FQAA 3IJXB 2RC7A 1H76A 3QIMA 2UVIA 4PFWA 4EUOA 4R2FA 3RN8A 3R6UA 3FJMA 4POXA 1MXWA 3E13X 2G93A 2QL3A 2GRVA 1YAEA 2Z23A 3RUMA 1B6HA 1ZJLA 2BJJX 4GLIA 1FQBA 4ZEIA 5DVJA 3FXUA 3TEPA 2HAVA 3M3LA 3PPNA 5HM4B 3F11A 2XXTA 4F1UA 1UIUA 4PQJA 3O9PA 1N0TA 3E4RA 4ZS9A 2O7UA 2VGQA 3KN8A 3N6TA 1IXCA 3KN7A 2Z22A 3KOTA 1ZU0A 1USYH 2E0SA 3DP6A 2QSXA 5KDTB 4IO5A 1DSNA 1BIYA 1IXIA 4OFOA 1R6ZA 2QS1A 4EQ9A 5DTBA 1XS5A 1RYOA 5DT6A 4N6PA 5I57A 4ZDMA 1FTJA 2NWJA 3PV0E 3W15C 2UYEA 2QS3A 1L5TA 2ZYKA 5FHOA 4ZECA 4GQOA 3IB2A 2PYYA 1WVJA 1PC3A 2V3TA 4EDPA 4H6DA 2ALUA 1MDQA 5CM6A 2DP8A 2X7QA 4L17A 3IJOB 5I58A 3S9NC 1JW4A 1TFAA 3B6QA 4G68C 3SEVA 1ZLQA 4LUBA 2F6PA 1T0KA 3K4UA 1MY3A 1CB6A 2NXOA 2XXXA 1TT1A 1SW5A 1B1HA 3DLNA 1OLAA 3IOVA 5A5XA 5CMMA 2UXAA 3PMVA 3O29A 5BWJA 3DM0A 3R26A 4HCYA 2DS9A 4NE4A 1B3GA 3TTLA 4X48A 3C4MA 1R1NA 4E0XA 1MS7A 2V3QA 4ZEKA 4MBPA 1B3LA 3L6GA 4RXLA 2DWAA 3O6HA 3R7XA 2PBWA 4OFJA 4F3GA 4RK9A 1F9BA 4TLLB 2P0SA 1MM6A 4I8CA 1B0LA 3EHUA 3RGYA 2A5TA 1O7TA 3KEIA 3BFUA 3MJNA 4N07A 4BDNA 1OIBA 4JSDA 4DXUA 4F19A 2D21A 3WAFA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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2REJA 4WXJA 3PUVE 1GV8A 1P1OA 4OZ9A 4MIJA 3MYUA 4NEDA 3T9UA 3HPIA 3VLUA 3GLBA 4MAGA 4NWDA 5ISUA 4G8HA 4UACA 4KHZE 3T9XB 1Y3NA 2CZIA 2WX9A 1IMBA 1FPLA 5DW8A 1NMUA 3LC8A 2OK2A 4U2RA 1O63A 4H67A 4U1OA 4PBHA 1M5CA 1YPNA 1FQFA 2DQVA 3W9VA 3ILTB 4MF3A 5I2KB 3EPEA 1ZBMA 5FHNA 2F7BA 4JSOA 2REGA 2RINA 4MH5A 3LSWA 4TOZA 2ZZWA 3KOSA 5IZ3B 1A55A 1CNQA 3W9WA 3S9EA 5H8HA 5CBSA 4RYAA 5CMCA 4MNPA 1MXXA 2XXHA 4MLQA 3HV1A 3K6XA 5I84A 3O2AA 5KCJB 4LVQA 1EYKA 4Z7EA 3MWBA 1B3EA 1FTLA 3KC0A 2AL4A 1YYZA 3FIRA 3TDJA 4JVCA 3ZKLA 3MVXA 2FIEA 3B6TA 2HPGA 3RT8A 1N7XA 4JVIA 4KPTA 4POWA 5CI5A 1URGA 1Z7ME 1JEUA 1TWYA 3FASA 1YCJA 1XI6A 1FBFA 1R9QA 4XKQA 1P99A 5I56A 4FIMA 1A7LA 1URDA 2JJKA 2RCBA 4QFOA 3FXRA 2O6AA 5I2NA 3HSTA 5JK4A 3U94A 3CRBA 4F1VA 4LN5A 4NF4B 5H8NB 2DXYA 4P0IA 4U4SA 1NV0A 1GGGA 5AE4A 1MY0A 3C32A 4YB5A 2OWSA 4YMBA 4BLAA 4WEPA 3V5AA 1H43A 1M5EA 1LSTA 2I48A 1FBDA 2GH9A 2OCUA 2R8TA 4JB7A 1MQDA 4FJPA 5ET8A 1FBHA 1S7YA 1IMAA 5LTCA 1MPBA 3PU5A 1LFIA 3BBRA 3EN3A 4UABA 2O51A 2DE2A 1YTVA 4P56A 4IB2A 1IZ1A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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