3SPYA

Rb69 dna polymerase(l415a/l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupcpp opposite da
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3spyA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3spyA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3spyA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3spyA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3spyA03
4DQQA 1HYSA 3ITHA 2Z1GA 3AVBA 3L2UA 4B9LA 2ZQBA 3L8BA 1B9DA 4FJIA 3O3FA 4ELUA 4Y1CA 1T8EA 2G8HA 4E0DA 1WAFA 1C1AA 1C0TA 3LP2A 3QIOA 2XY5A 3MXIA 1CXUA 4M3TA 3OVNA 3HPGA 3V1RA 2ZD1A 1S1UA 3SQ1A 4CJQA 3QLHA 4KHWA 1C1BA 1N6QA 1T03A 3QIPA 4K8ZA 2VG6A 1S1TA 1BCMA 3AO5A 4DQRA 3RRGA 1NOYA 4B08A 4W5TA 3S3MA 4KTQA 2E6MA 4FJXA 1LAVA 3EYZA 4N41A 1KLMA 2HHQA 5JS2A 1ASWA 1DTTA 3FFIA 1WNSA 3NGZA 4KI6A 4HHTA 1BL3A 4FZZA 3NAEA 2YKMA 4FCYA 1HNVA 4DTXA 4W5QA 4HUFA 1I3AA 2KZZA 1J53A 1VK0A 4IBNA 4KTZA 4O0JA 3NH2A 3NHGA 3L2RA 1ZBFA 2F8SA 3RMCA 2VWJA 1S6PA 2Q3SA 4DSKA 3ZSRA 4Z4CA 1QE1A 2A1RA 3SUNA 3SJJA 2WONA 4YNQA 4R5PA 3E01A 1L5UA 3DLKA 5E41A 3NGIA 2G8WA 4CHOA 4WE1A 4OLBA 4FLUA 1HQUA 3I0SA 4HUEA 1L3TA 5D3GA 1VSMA 2KW4A 1MU2A 3L3UA 1KSPA 2E6LA 4I9QA 2HHWA 3AVIA 3V9SA 1DTQA 1SUQA 4CJ4A 1D9DA 4CJSA 1UA1A 1SKSA 5SWMA 1J9AA 2P51A 3PX4A 2EX3A 2XY6A 4DU3A 3AA3A 4C8NA 3V6DA 3ZSQA 1JLCA 1X1PA 2Y1IA 3CFPA 3V9UA 1NJXA 4F3OA 3SI6A 2VG5A 4DTUA 3TAEA 4KI4A 3KKSA 4O4GA 3ZT0A 1TK5A 3JSMA 4C8OA 3HK2A 3K2PA 1CZBA 4HCCA 4N5SA 3L2VA 3D0PA 2BE2A 4DG1A 3QESA 4CEFA 4CJEA 3MEEA 2WOMA 2W42A 5CYQA 1QHTA 1WSHA 1JKHA 2YNHA 1KCFA 2DFHA 1VSFA 3C94A 4BE0A 5J2PA 4F8RA 1C1CA 4CHYA 3JYTA 3PY8A 1U4BA 3WNFA 3O3HA 1WN7A 4RW4A 2YHAA 3KTQA 4AHVA 4KREA 4HUGA 3G10A 3AO3A 3RMDA 3AA5X 3T19A 3TAFA 1C0UA 3ZT1A 4CESA 5HP1A 1FXXA 4RW7A 3HYFA 4CJ3A 3LALA 4Y1DA 4AILC 1HYZA 2YNFA 4CJPA 3ZSZA 1IG9A 4EP4A 3LWMA 4B9SA 1TAQA 3VN5A 4B8CA 3C95A 3P83D 4CEZA 4QAGA 1TKXA 1JLEA 3MEGA 4CEDA 1EETA 1HRHA 1Z26A 2OPRA 1RDAA 3LPTA 4NCGA 4B8AB 3K5LA 2XY7A 4ID1A 4CJFA 3OYLA 4FJ9A 3CFOA 3U6FA 1QSSA 2HW3A 2OYQA 3PV8A 1ZYQA 1IKYA 2P5OA 4E3SA 5HRRA 1U47A 1NK8A 1C0MA 2X6SA 2D0CA 4DU4A 3NCIA 1CLQA 1TL3A 3BGRA 3DRPA 5KGXA 3I8DA 4J2EA 4DU1A 4E19A 3ZSYA 4RW8A 2PYJA 3CM6A 4AHSA 2E4LA 3DLHA 2GBZA 1XI1A 2RKIA 2RPIA 3NF8A 3MXMA 1TAUA 4EP5A 4DQIA 4ID5A 4BE2A 1T05A 4FLTA 1KRPA 1J54A 2DY4A 4CK2A 1WSIA 4E7IA 3RR7A 4B9NA 4GVMA 4CEAA 3KK1A 2HB5A 4OPKA 3THVA 3SPYA 4FJGA 4LY7A 1LWEA 2KQ2A 4JS5A 1BI4A 4DQSA 3KK3A 4Z4FA 4IFYA 3VQ8A 1KVCA 1WSEA 1QSLA 4DF4A 3AVCA 5C25A 1X9SA 3KJVA 4N56A 1RT6A 1NK6A 4BDPA 4CJKA 4DFKA 1NKCA 4RW9A 4MFBA 4E89A 3NDKA 3ZT3A 4M41A 1RNHA 3ASMA 4PUOA 4FJKA 4E7JA 1IKXA 5FRNA 4Q0BA 3SQ0A 1RBVA 1A5WA 1RTIA 4NCBA 1TK0A 1EKEA 3AV9A 5KI6A 1IH7A 5K14A 3M8RA 1JL1A 3DM2A 4FJ7A 1FKPA 4CIFA 4KKOA 4CHZA 4KFBA 5T7BA 1CZ9A 1SL2A 2HHVA 4LD0A 5HLFA 2FBYA 1XC9A 4CE9A 4E7LA 3IG1A 1D8YA 3LAMA 2VWKA 3LZIA 3OS0A 3IRXA 1EX4A 1RT7A 3VQCA 1NJWA 4CF9A 2QK9A 4CJTA 4M3RA 3MAQA 3DOKA 1RT3A 4NYFA 3SV3A 1JLQA 4ELTA 4Z4IA 3MECA 2BGGA 1TKDA 1ZBIA 1BISA 3TAGA 4FJJA 4H8KA 1S1XA 5C24A 3V1QA 1RTHA 4QOZB 2B4JA 3WNEA 3BDPA 3OYAA 1SV5A 3ZT4A 4KB1A 1LWFA 2XY8A 1JLFA 4LSLA 3RWUA 1XHXA 3K59A 5J1EA 5CZ2A 4CFCA 1ASVA 4CF1A 1RBRA 1XWLA 3V9ZA 3AVLA 3TAPA 4CF2A 1A5VA 3SCXA 2QXFA 3VQ9A 3SUPA 3F9KA 3LP3A 1SKWA 1Q9XA 1GOBA 1L3UA 3G0ZA 4NYNA 4FK2A 1S1WA 1S9GA 3QEPA 3OY9A 3KLEA 3L2WA 4Q5VA 1BIZA 3EY1A 1IO2A 2OA8A 2A1SA 2G8VA 4CHPA 2P5GA 1ZBHA 2ZE2A 4CGGA 4M42A 4Z4GA 5C42A 4CGJA 4DFMA 1RT2A 4GW6A 3NF7A 3NH1A 4KHNA 1RTDA 3DLBA 1LW2A 2R7YA 1S9EA 4FJMA 5EU7A 3HM9A 4DTSA 4YFUA 4L8RB 3AVFA 1TKTA 4DLEA 3KK2A 3TI0A 4J2AA 1HNIA 2IDOA 4E7HA 2OPPA 4E1NA 1G15A 4CJLA 3V81A 3HVRA 1TL1A 1NK9A 4I9LA 3AA2A 4IDKA 3VQ4A 1RCHA 1I39A 3OYEA 4GMJB 1U48A 1W0HA 1D9FA 2HMIA 4EZ6A 4KRFA 1YTUA 2BDPA 1QTMA 3PO4A 5KGWA 4W5OA 3DLGA 2EHGA 1HMVA 4N76A 4BACA 1WSJA 2KFZA 4W5RA 1NOZA 5KTQA 4FJHA 3SNNA 1RBTA 4Z4HA 3TANA 1KFDA 2HNYA 3IS9A 3OYHA 5J2QA 1BQNA 2DFEA 2IAJA 3B6PA 2HHUA 4DTJA 4PY5A 4LH4A 4DTPA 4LH5A 3HJFA 4C8MA 4KPYA 5DK5A 2OZSA 1GOCA 3TWHA 3PX6A 1VSHA 2HNDA 4JLHA 3QEXA 1CXQA 4BWMA 2PYLA 1KLNA 3OYGA 3LANA 1JL2A 3NF9A 4FLWA 4DSJA 1U45A 1ASUA 4FM1A 2LSNA 3TABA 3KLFA 4DSIA 3HVTA 1A5XA 2D0AA 3VQAA 1SL1A 5HRSA 1TKZA 4J2BA 2IOCA 4KHQA 3AVHA 2OZMA 4DFJA 3PO5A 3NGYA 3LP1A 1X9WA 4O44A 3KLHA 1Q9YA 3O4NA 3AVJA 3VQQA 1FKOA 1BHLA 3ZSXA 1UOCA 3DYAA 4JRQA 3VQDA 2Z1HA 4CK1A 4ZTFA 1D5AA 4Z4EA 2FC0A 3NE6A 5JS1A 4FJ5A 1W9HA 4M3WA 3VQBA 3HXMA 1TV6A 4DTMA 1BI4B 2P1JA 4DFPA 2YHBA 3L2QA 4F4KA 1NK7A 4FLZA 3AVNA 4OKKA 3F73A 1KVAA 3QNOA 4CF8A 1YTAA 3CQ8A 4B9VA 4CGHA 2G8UA 2PZSA 2D5RA 4DSEA 1R0AA 4CEEA 3HL8A 4CIEA 4UQGA 1QQCA 5SZTA 2OPSA 2HHSA 2KFNA 4BDYA 3K5MA 4FYDA 1O1WA 3KLGA 4O55A 3TAMA 2G8IA 3QNNA 2YNIA 1K6YA 1BQMA 3S3OA 3AO2A 4FJ8A 3OS1A 1B9FA 3VQ6A 4CIGA 4F3TA 1VSKA 3S3NA 4PQUA 3VQEA 3V9WA 1LWCA 5DMRA 5J2NA 5I42A 1HQEA 3DMJA 2JLEA 3S9HA 3QETA 1YVUA 4I7FA 2F96A 3VA0A 4AHUA 1WAJA 3RTVA 4KHYA 1DLOA 1JXBA 4AHTA 3V9XA 3T3FA 1EXQA 3RR8A 1RDCA 3RMBA 2X78A 1J5OA 4AHCA 3AVAA 3KKRA 1NK5A 4CJRA 2G8FA 3OYIA 4FLXA 1VSJA 4B9TA 4XIUA 2G8KA 1L3SA 2PY5A 1RT4A 2JGUA 2RF2A 3LP0A 3HSTB 3CYMA 3MEDA 1WSGA 2GV9A 2ETJA 2Z1JA 3DRRA 3OYKA 4FLYA 4K8XA 3ZSOA 1KVBA 4PA1A 4CJVA 1L3VA 4KAZA 4KHUA 3SUOA 4IKFA 5I3UA 3HP6A 4CCHA 4DWIA 2GUIA 4CF0A 3O3GA 2OPQA 3QEIA 1FK9A 1WLJA 5KRSA 1YT3A 3NF6A 3AVGA 4FXDA 4DS4A 3PX0A 3K5OA 2F8TA 3TARA 3DLRA 4I2PA 1QSYA 4CEQA 4RG8A 3QERA 1F21A 4OVLA 5HBMA 1NJZA 3DRSA 1UWBA 1RBSA 4BDZA 3ZSWA 4KV8A 4MQ3A 2IGIA 1ITGA 4OGCA 3DOLA 4OGEA 4CFBA 3HPOA 1NK0A 3U3GA 2VG7A 3VA3A 4ICLA 3I0RA 4FK0A 3KIOA 3OYFA 4DSFA 4FVMA 4DTOA 1S5JA 2X74A 1SKRA 4DTNA 1JLBA 4FW1A 3AVKA 1Y97A 4H4MA 1IKWA 3C6TA 3P5JA 3WNGA 1RDDA 4NCAA 4QCLA 5CYMA 3PUFA 4OPJA 1TK8A 4M3XA 3K57A 4CHQA 2D0BA 5FDLA 2DTUA 4G1QA 3T1AA 3K58A 4ZTJA 4BWJA 3HPHA 1Z25A 1VRUA 1QS4A 4RW6A 4IFVA 4CGDA 3VQ5A 2HVIA 4FZYA 3WNHA 4CJWA 1NKEA 4F2SA 4DTRA 3OJSA 1XHZA 3ULDA 3V1OA 4FJLA 3KLIA 3NFAA 4AHRA 1RT1A 3ALYA 2KTQA 1U49A 4FM2A 1JXEA 1RILA 3SQ4A 1GOAA 3OYJA 1BIUA 1VSIA 2BANA 3QO9A 5FRMA 1NK4A 2QKKA 3C6UA 2FBVA 3QEWA 4ZHRA 1S1VA 4E1MA 3SPZA 1HJRA 4J2DA 3KD1E 3M8QA 4KO0A 2Y1JA 4M3YA 2HVHA 2YNGA 1IKVA 3QINA 1RDBA 3HP9A 3RMAA 3AA4A 3ZCMA 3EZ5A 3RRHA 1VSDA 4CJ5A 4DF8A 2KZMA 2AJQA 2XRIA 2HHXA 4HCBA 4IG3A 1VRTA 3CM5A 4CGFA 4DSLA 2XHBA 1C6VA 2I5JA 4N47A 2ATQA 4CFAA 3LZJA 1LAWA 2O4IA 3HT3A 4FJNA 1T7PA 4OLAA 3V4IA 4B3OA 2X6NA 4FLVA 2FBTA 4KB0A 4FZXC 4CECA 1ZBLA 1LV5A 3M8PA 2RN2A 3OS2A 3OJUA 4M3UA 3ISNC 3SZ2A 4DS5A 3LPUA 2HNZA 1REVA 1S6QA 4KTWA 3AO1A 4I2QA 3MXJA 2B6AA 3P1GA 3CFRA 1KTQA 4B9UA 2ITGA 4M3ZA 1TGOA 3A2FA 4O5BA 3OYDA 4H4OA 5HROA 3DI6A 4KHSA 4OKEA 1BGXT 1HYVA 1RT5A 4AH9A 4CEBA 4DLGA 1LW0A 1RTJA 3NBPA 5HRNA 2QKBA 3HO1A 3OYBA 3M8SA 3QEVA 3VQPA 1N5YA 1HPZA 3LAKA 1NJYA 1NKBA 4CFDA 3L3VA 3U3YA 4PWDA 1JLAA 3TR8A 3NH0A 3OYNA 3VQ7A 4F2RA 4Z0UA 3OYCA 4O0IA 4B9MA 4IG0A 3AVMA 3KD5E 2XO7A 4OJRA 2IC3A 4C8LA 2FBXA 3D45A 1BCOA 2NUBA 4JRPA 5KRTA 4ELVA 3K5NA 3ZT2A 4TSXA 3SYZA 3SQ2A 4DQPA 2DFFA 1SL0A 4W5NA 1EP4A 4HVJA 1VSLA 4CK3A 4CJUA 3CG7A 4OKJA 3TAQA 5HRPA 2IS3A 5FROA 1Q8IA 1TVRA 1U04A 3H08A 3ZSVA 3AO4A 3LWLA 3SUQA 4DMNA 2YV0X 1KFSA 5CY4A 1X9MA 4LSNA 3B6OA 1VSEA 5J2MA 4JS4A 4BE1A 2YKNA 4CGIA 1JLGA 4CHNA 3OYMA 2B5JA 3O4QA 4FW2A 4FM0A 4HTUA 2HHTA 3IAYA 2O4GA 5CZ1A 4E7KA 1WSFA 4CEOA 3UIQA 1B92A 1RBUA 4C8KA 4EZ9A 3LDSA 4CERA 1UAXA 4FK4A 1UA0A 2Z1IA 3SV4A 3DLEA 1ZBUA 4M45A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O9QA 4FPAA 3AVBA 3L8BA 3CCRN 3KHYA 1JCFA 4FWPA 1C1AA 3MXIA 2CGJA 3OGMB 4BR2A 3THXA 4M3TA 3HPGA 4R79A 2ZD1A 3CHWA 4CW7B 1N6QA 1RDUA 3G25A 3QIPA 4K8ZA 4DUZK 3MWPA 1BCMA 4NLCA 3AO5A 5C2FA 3CPWM 3S3MA 4WQ5A 5AQXA 1ASWA 2A3ZA 5H1SQ 1WNSA 4HHTA 3NAEA 1XMGE 1HNVA 4DTXA 3T1YK 1I3AA 2KZZA 4IBNA 4O0JA 4BG8A 3NHGA 1ZBFA 4XH5A 2E5LK 3IKMA 4Z4CA 1BWFO 4K43A 4R5PA 2HBJA 2IVOA 2ZWHA 1FZIE 3THWB 5F2RA 2P9LA 4BRFA 4CHOA 4H03B 3L4IA 1KSPA 2E6LA 1Q81O 1XMFE 1V4TA 2P1OB 3BUZB 1NGCA 2P51A 3PX4A 2XY6A 4IOAL 2ITMA 1T3VA 3H1QA 3ZSQA 4CD1A 2Y1IA 3CFPA 4LF5K 1FZ5E 2VJ4A 2VG5A 4HTLA 3TAEA 4O4GA 3CCEN 1XVGE 3HK2A 1FZ7E 1CZBA 4HCCA 3VPZA 5C10A 5F0XA 3L2VA 4EPHA 1R59O 2O8CA 3DXKB 4EP9A 1SS6A 1WSHA 4IZ9A 1FZ4E 2Q31A 1E3MA 1KCFA 4F8RA 2I7NA 4CHYA 1YVNA 2A41A 4WYBA 5AQKA 3WUHA 5AZJA 1W97L 2AA4A 1WN7A 2YHAA 1YI2N 2YJEA 3T19A 3TAFA 1C0UA 4CJ3A 4IOCL 3CCLN 3LALA 1HYZA 2YNFA 2PFUA 4YORA 3L4QA 4B8CA 3C95A 4FL9A 3CC7N 2OPRA 4B1UB 1V4SA 3MX5A 3CMEN 2HHHK 3IDHA 2IIRA 5HRRA 2E1YA 2X6SA 2D0CA 4DU4A 1N34K 3DRPA 1BOTO 1U6ZA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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