3SPYA

Rb69 dna polymerase(l415a/l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupcpp opposite da
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
molecule tags Transferase/dna
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3spyA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3spyA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3spyA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3spyA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3spyA03
2ATQA 4RW9A 3RR7A 1X9SA 4CHZA 3RMCA 2OPSA 3ZT1A 3ITHA 3QETA 1DLOA 3HPHA 1BIUA 1RCHA 1RT7A 2OZSA 4E1NA 4OPKA 4I9QA 1X9MA 4CECA 1BISA 1T05A 1T7PA 3NE6A 4H4MA 1Q9YA 2LSNA 4QOZB 1W0HA 3O4QA 3P1GA 5I42A 4PA1A 1UA1A 4QAGA 4BE0A 4J2BA 3DLRA 3DRPA 4BWMA 3VA0A 4FJNA 4KAZA 4BDYA 1KLMA 3DRRA 3AVCA 1U49A 1BGXT 1HYZA 4CEZA 1WLJA 4AHSA 4W5OA 3QIPA 5HBMA 3ZSZA 3ISNC 4CF1A 4W5TA 1B92A 4IBNA 5FRMA 4CJ4A 5J1EA 3AVBA 1WNSA 1SKWA 3NFAA 5DK5A 3VQEA 5D3GA 3IAYA 3VN5A 3ZSRA 5HP1A 1MU2A 3AVGA 3OS2A 2KZZA 1QTMA 4NYFA 1NK8A 1BQNA 2HHVA 4O55A 4AH9A 3I8DA 2HHQA 3SQ2A 2ZE2A 4DQQA 5SZTA 2VWJA 2GBZA 1L3VA 4M3TA 1HPZA 3AVNA 1JXEA 3OYAA 4KHUA 4DTJA 2PYJA 3ZSYA 3TAEA 4CJWA 2HB5A 1EXQA 3LAMA 1TL1A 3OJUA 4HUEA 3ZSVA 1JKHA 4KHNA 3NF6A 1EETA 3KLHA 4C8LA 3V1RA 3VA3A 3VQPA 1ZYQA 4KKOA 3PO5A 4CF2A 2BANA 3VQ5A 4M3ZA 1NJYA 2YHAA 4DSKA 4JLHA 1BI4A 3F73A 3DLEA 5HRNA 4O0JA 4CFCA 1KVBA 3ZSWA 1JL2A 1VK0A 3QEWA 4YNQA 1D9FA 3C94A 2HHXA 3NH0A 3V9ZA 4CF8A 3T3FA 4W5NA 4IG3A 2X74A 2KFZA 4DSLA 3K5LA 3SUPA 4BDZA 3PUFA 1S6QA 4OKKA 2YNIA 4KI6A 4CIEA 4C8OA 1XHZA 3KLIA 1RDAA 1NK4A 3LP0A 4RW6A 1IO2A 4CJPA 3SJJA 1VSDA 2AJQA 2HMIA 3KKRA 2G8HA 1JLCA 2KZMA 2Q3SA 3K5MA 4I9LA 1VRUA 3DMJA 4OJRA 2YHBA 1NJXA 4G1QA 3G0ZA 4I2QA 4CIFA 3LAKA 3OYBA 3NGIA 3V9SA 4KB0A 5FRNA 4CGHA 4PWDA 4AHUA 1TKTA 4KTZA 3L8BA 3OYHA 4CFAA 3K57A 1D5AA 3SQ0A 4DSFA 4E0DA 1I3AA 3AO2A 1WSHA 4OGCA 4W5QA 1T03A 1D8YA 3I0SA 4NYNA 1RTIA 1JLGA 3P83D 4CESA 3HO1A 2VG6A 1CLQA 3JSMA 1F21A 4F8RA 3SQ4A 1NJZA 5CY4A 1ZBUA 4KREA 4FLUA 1HMVA 1GOAA 2YNHA 3D45A 2KTQA 3LZIA 1EX4A 2KQ2A 3RMBA 4UQGA 3HT3A 1RTJA 3SZ2A 1QSSA 1WSGA 4I2PA 4AHVA 4HTUA 3HPOA 5HLFA 4B8CA 3C6UA 1RT1A 3AO4A 4B9SA 3CFRA 2RKIA 3VQ7A 2DY4A 3AA2A 3LDSA 3ZT2A 4AHRA 2G8KA 4M45A 3MECA 3V6DA 1DTQA 2FBXA 1NJWA 3U6FA 1HNVA 1S1TA 2D0BA 3O4NA 3AVHA 4RW7A 3OYGA 3HM9A 4BE2A 4CIGA 1LV5A 2HHUA 2P51A 4H4OA 3L2RA 4RW4A 5CZ1A 1JLQA 1NK9A 1O1WA 4FLWA 4E3SA 3IG1A 1JLBA 5HRSA 4E7LA 3RMAA 4CGGA 3FFIA 1UOCA 3QNNA 1IKWA 2XO7A 4RG8A 1JLAA 3KJVA 3B6OA 4CJ3A 4DQPA 3AA5X 1LW0A 1HYVA 4Y1CA 4CERA 1RILA 3QERA 5J2PA 4CJSA 2XRIA 4OKJA 2OYQA 2GV9A 3S3OA 4JRQA 5DMRA 3OS0A 4DSIA 4Y1DA 4B08A 3PX0A 3RRHA 4JS4A 4CEEA 2EHGA 3VQCA 1HQUA 4CGFA 3V81A 1C6VA 4CEFA 3SUQA 3K2PA 3VQ8A 1A5XA 1A5WA 2E4LA 1S6PA 3NF8A 1VSJA 3AVAA 4E7JA 4NCAA 2ETJA 3ZT4A 1RT2A 1VSEA 3M8PA 3RR8A 4CEDA 2KW4A 1LAVA 2Z1IA 3LZJA 1WN7A 3HVRA 2IGIA 4CGJA 4CJUA 3ALYA 1QS4A 3QLHA 3KK3A 1XC9A 4CHYA 3TAFA 5FDLA 2OZMA 3CQ8A 3OYIA 4C8NA 2F96A 2HHTA 4W5RA 1BCMA 2G8VA 2VG5A 3SYZA 2DFHA 3L2UA 3JYTA 1XI1A 1NK7A 3OY9A 2WOMA 4FK4A 3TABA 3HP6A 2XY5A 1C1CA 1DTTA 4AILC 4FLVA 3K5OA 3HVTA 3P5JA 4B9UA 1IH7A 1L3TA 3IS9A 4CK2A 1RDDA 1SKRA 1SL2A 4I7FA 4Z4HA 5CYMA 4K8XA 3QEPA 2FBVA 3EYZA 1D9DA 1LW2A 4DF8A 4O44A 4DTPA 1X1PA 4N5SA 5EU7A 4E7IA 3K59A 2IOCA 1ITGA 1RT4A 4YFUA 2Y1IA 3KTQA 1HYSA 2QK9A 3RRGA 4IDKA 3HXMA 4KPYA 2XY8A 3AVIA 4LH5A 3A2FA 2QXFA 3H08A 4LH4A 4BE1A 5J2NA 3S3NA 1U48A 4F3TA 4ELUA 4OKEA 1U4BA 3O3FA 3DM2A 4M3RA 3OJSA 3LALA 3KK1A 2E6LA 2X6NA 3NH1A 3D0PA 1GOCA 4WE1A 2PYLA 3HP9A 1FK9A 4FCYA 4FLYA 1L3UA 2B6AA 1RBUA 3CFOA 3L2QA 4J2EA 2XY7A 1QE1A 1WAJA 3MEEA 3PX6A 4CJEA 4CFDA 3SV4A 2Y1JA 4Z4IA 5C25A 4E1MA 1VSFA 1QQCA 3ZCMA 3SPYA 4CE9A 4CK1A 4B9VA 4KI4A 1SUQA 4DFMA 4FJKA 3AVLA 1X9WA 3DOKA 2HVIA 1HRHA 4ZTJA 2IS3A 4C8MA 1G15A 2YNFA 4OLBA 3RMDA 3KD5E 3C6TA 4DSEA 4Z4GA 2EX3A 4ID5A 1BL3A 1SL0A 4FJ8A 2HW3A 2QKBA 3NDKA 4KV8A 4F2RA 1TAUA 2HNZA 1TGOA 4GMJB 1TK5A 4FYDA 2VG7A 4TSXA 1S1XA 3UIQA 1TK0A 2G8WA 1EP4A 1FKOA 1TV6A 4CEAA 2D0CA 2A1RA 4EP4A 4DTOA 1TKZA 4KHYA 1C0MA 3CM5A 4CGDA 3LP3A 5SWMA 2O4GA 3TWHA 3TI0A 4CGIA 4L8RB 3TAPA 4CJ5A 4CCHA 2DFFA 4GVMA 4LSLA 4J2DA 4BWJA 5CYQA 1VSKA 3DYAA 1WSJA 1IKXA 1KCFA 1RDCA 4DFPA 4C8KA 4ELTA 1Z26A 3SUNA 3SV3A 4M42A 3ZSOA 4MQ3A 3OYNA 1QSLA 2X78A 3DLKA 2P5OA 4CF9A 4PQUA 5KRSA 3F9KA 4B8AB 2ITGA 4KFBA 1W9HA 3AA4A 2RF2A 5HROA 2PY5A 1LWFA 4KB1A 5JS1A 2JLEA 4CJLA 1UAXA 4KTWA 1REVA 3C95A 4N47A 3U3YA 4DFJA 4Z4CA 4DSJA 3RTVA 4NCBA 4PY5A 3V1QA 2DFEA 3SPZA 3HPGA 1B9DA 3QNOA 1IG9A 1KVCA 1NK6A 1L5UA 4ID1A 4DTMA 1RT5A 4ZHRA 4AHTA 3HL8A 3T1AA 3TAMA 1Y97A 3OYEA 1U04A 3K5NA 4DQRA 4BDPA 4FVMA 2G8IA 1VSHA 1Z25A 3VQ6A 3KIOA 4NCGA 1J9AA 4OVLA 2D5RA 1U47A 2P5GA 4CHQA 1ASWA 4KHWA 3VQ4A 2WONA 5J2QA 4O0IA 4Z4FA 3QEVA 4CEOA 1NOYA 4M3WA 1XHXA 2X6SA 3SQ1A 1RDBA 3OYKA 4CHNA 1NKEA 4CHPA 3ULDA 1T8EA 1J54A 4FK2A 1C0UA 1RTHA 3IRXA 4FM2A 1RNHA 4FW1A 2NUBA 4H8KA 4CJTA 4DTNA 4DMNA 1NOZA 2XHBA 5CZ2A 3VQBA 2F8TA 4FJLA 3M8RA 3DLBA 3MAQA 1TL3A 4O5BA 1RBSA 3CYMA 1BI4B 3QIOA 4FZXC 4DTXA 1WAFA 3SUOA 3PO4A 3TR8A 3WNHA 1TKDA 4FJXA 1R0AA 3KKSA 4PUOA 1SV5A 4FK0A 2FBYA 4ICLA 3TANA 3MXMA 4M3XA 1KFSA 1XWLA 2VWKA 1KVAA 4K8ZA 4CJFA 4O4GA 2G8UA 1GOBA 4HCBA 3B6PA 4E89A 1LWCA 3V9XA 1NK5A 4LSNA 5JS2A 1SL1A 1C1BA 2KFNA 3VQQA 3AO3A 1ASUA 3AVJA 3OS1A 2IC3A 3LWLA 1RTDA 4GW6A 2F8SA 4N41A 3CM6A 1U45A 3VQ9A 1WSFA 1VSIA 4CJKA 4Q5VA 3L2VA 4DFKA 2W42A 1JXBA 3KLFA 4DS5A 2YV0X 2JGUA 3AA3A 3DLGA 5I3UA 3S3MA 1NKCA 3ASMA 1UA0A 3ZT3A 3BGRA 3L2WA 2RN2A 2OPQA 4IG0A 3KLGA 1N6QA 1L3SA 4CFBA 4E7KA 3QEXA 2G8FA 1KTQA 1N5YA 4EZ6A 3NAEA 2FC0A 2BDPA 4DWIA 2IDOA 4FW2A 3QO9A 4QCLA 1HJRA 1Q8IA 4Z0UA 3OVNA 2YKNA 3HK2A 1LAWA 4IFVA 4CF0A 1BQMA 3OYFA 1RBTA 4CK3A 4B9TA 4FJ7A 1RBRA 4FZZA 4Z4EA 3QEIA 5C24A 4KHQA 1S1UA 3HYFA 3OYCA 4FJMA 3K58A 4E7HA 3NCIA 3MXJA 4B9MA 4DTUA 3LPTA 5KGWA 2HHSA 3V4IA 1KRPA 3DLHA 4IKFA 3V9UA 1S1VA 2BE2A 3BDPA 3RWUA 4HUFA 4FLTA 3PX4A 2ZD1A 2I5JA 4F4KA 2YKMA 1EKEA 4IFYA 2HNYA 1RT3A 1QSYA 4FJJA 4XIUA 3KLEA 1Q9XA 4CEBA 4DTSA 3SNNA 1LWEA 3VQAA 4B9NA 3G10A 3NHGA 1RBVA 3EY1A 1WSEA 2HNDA 3MXIA 4DLGA 4HCCA 4FLXA 1TAQA 5HRRA 3AV9A 4M3UA 3DOLA 4F3OA 1IKYA 3DI6A 3QINA 4MFBA 4FJHA 1CZ9A 2OPRA 2DTUA 3QESA 4AHCA 3ZSQA 3OYMA 4JRPA 3PY8A 4EZ9A 4KTQA 1HQEA 2PZSA 4J2AA 4M3YA 2B4JA 3LPUA 3PV8A 1BHLA 2HHWA 3O3GA 2P1JA 1S5JA 3OYJA 1VSMA 4EP5A 4DTRA 2Z1HA 3SCXA 5KRTA 1ZBHA 4DLEA 3NGYA 4ZTFA 3M8QA 1C1AA 3ZT0A 3HJFA 3VQDA 1TK8A 4FZYA 5HRPA 4LY7A 4FJIA 4BACA 3THVA 1BCOA 1YT3A 4DQIA 4N56A 1YTAA 5K14A 1BIZA 3ZSXA 3V9WA 1B9FA 1JL1A 3LP1A 2IAJA 3AVKA 5J2MA 3TAQA 1NKBA 4B9LA 2ZQBA 5KI6A 5C42A 1NK0A 2B5JA 3HSTB 1CZBA 1FXXA 2Z1GA 3WNFA 4FLZA 3M8SA 4FXDA 4KRFA 2E6MA 4KO0A 4KHSA 1YVUA 1J53A 3EZ5A 1ASVA 1FKPA 3CG7A 4CHOA 3AVMA 3NF7A 3AO1A 3L3VA 2BGGA 4R5PA 1TVRA 4LD0A 4DU1A 4E19A 4M41A 3KD1E 1ZBIA 3OYLA 1S1WA 3MEDA 1IKVA 2A1SA 3WNGA 3WNEA 3OYDA 4HVJA 4OPJA 3LWMA 1RT6A 1S9GA 3NF9A 4DS4A 2QKKA 1K6YA 3CFPA 3T19A 1KLNA 1JLEA 4DU3A 3LANA 1CXQA 3TAGA 4OGEA 4Q0BA 2HVHA 3LP2A 2Z1JA 2XY6A 3U3GA 1ZBFA 4FJ5A 3AO5A 4B3OA 1C0TA 5E41A 3E01A 1YTUA 4DU4A 1I39A 3NH2A 2YNGA 1QHTA 3NBPA 3O3HA 1JLFA 5KTQA 4CJQA 4FJ9A 1J5OA 4FM1A 4FJGA 4CJVA 1UWBA 4HHTA 2R7YA 4DQSA 1S9EA 5KGXA 1CXUA 2O4IA 1SKSA 3V1OA 4JS5A 4DF4A 3I0RA 2OA8A 2RPIA 4OLAA 3NGZA 1KFDA 3SI6A 1KSPA 3KK2A 1VRTA 4FM0A 4N76A 4RW8A 2FBTA 1VSLA 3DRSA 5FROA 4DG1A 5T7BA 4ELVA 1A5VA 2GUIA 4F2SA 2D0AA 3MEGA 3AVFA 3L3UA 2OPPA 4CJRA 4HUGA 1ZBLA 1WSIA 3TARA 1TKXA 4CEQA 3S9HA 1HNIA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3QML A;  3KK7 A;  4DR2 K;  3L0M A;  2QWP A;  2Q0U A;  1MHY G;  1RT7 A;  2B1E A;  1X9M A;  1BIS A;  4H4M A;  3NVM A;  1YIJ N;  4QOZ B;  2GUP A;  3THY B;  2OTL N;  1KLM A;  3EKU A;  2RHK A;  1KAZ A;  3AVC A;  4BVP A;  1K9M O;  1HYZ A;  1WLJ A;  3QIP A;  5HBM A;  3ISN C;  2YJE A;  3D7E O;  5J1E A;  5KQ8 A;  1WNS A;  3VN5 A;  3AVG A;  3OS2 A;  2YI1 A;  1QTM A;  5AJ3 K;  2HHV A;  4GV6 A;  1NGA A;  1ATN A;  1NBW A;  3I8D A;  2HHQ A;  2GBZ A;  1K8A O;  1L3V A;  2H4T A;  1Y64 A;  3AVN A;  1JXE A;  3EEQ A;  4KHU A;  3OYA A;  4FWQ A;  3ZSV A;  5M1Q A;  5TKW A;  3QFU A;  3KLH A;  4C8L A;  3V1R A;  4NXN K;  3VQP A;  3PO5 A;  4ICG C;  4DUY K;  4JLH A;  4JAX A;  5HRN A;  4CFC A;  3ZSW A;  1S22 A;  1FZ4 E;  3QEW A;  1BG3 A;  3R6M A;  5AQP A;  4YNQ A;  3LM2 A;  4W5N A;  1W7A A;  4DSL A;  3K5L A;  3SUP A;  4BDZ A;  1FZH E;  3CJC A;  1S6Q A;  3CJA A;  1KD1 O;  2P9L A;  1XHZ A;  4CZE A;  4H0O A;  3K9K A;  5M1O A;  1HNX K;  4CJP A;  2AJQ A;  1VSD A;  3K9J A;  5FPN A;  3K5M A;  2YHB A;  1TYQ A;  2E88 A;  4JI4 K; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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