3SPYA

Rb69 dna polymerase(l415a/l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupcpp opposite da
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSAYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3spyA05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3spyA01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3spyA02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3spyA06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3spyA03
2Z1HA 4N56A 3K5MA 3M8QA 3P83D 5HP1A 4CJRA 1HYSA 3QEWA 3VQ8A 3G10A 3OYCA 3ZSQA 4KI4A 5T7BA 1S1UA 3VQDA 2WONA 3K5NA 5I42A 3TAPA 3TANA 1SKWA 1JXBA 1G15A 4LH4A 4QCLA 1JL2A 4DFKA 4M3WA 4FJGA 1VSHA 4CEQA 1JLAA 4DF8A 1KRPA 2HNDA 2DY4A 1HQEA 4Y1CA 4N47A 3P1GA 4CGHA 3QESA 3VA0A 4NCBA 4NYFA 2KTQA 1W0HA 4Q5VA 3OYIA 4DQSA 4O44A 4CK3A 1FKPA 3SQ0A 1IO2A 1HQUA 1EKEA 1RCHA 1WSHA 3KKSA 4CEEA 1A5XA 2FBTA 2HW3A 4FCYA 2DFFA 3O4NA 3LAMA 4B9LA 4XIUA 2IC3A 4FZYA 4JRQA 1C0MA 3RR7A 1NK6A 4M3RA 1IKVA 1RDBA 4AH9A 1B9FA 2Z1IA 1JLQA 4IFYA 4NYNA 3P5JA 4DQIA 4CF2A 3ITHA 4CF9A 1IKYA 3UIQA 1TKZA 1KVBA 4DTMA 4CEAA 3S3NA 1RBUA 3HO1A 1EX4A 3KD5E 4KHSA 2D5RA 3MECA 4E1MA 1WSJA 1RDAA 3SV3A 3OY9A 5KRSA 3EY1A 4DSEA 5JS1A 2IOCA 1J5OA 3ZSXA 1WN7A 4BDPA 5C42A 4E89A 3OYAA 3NDKA 3CM5A 4L8RB 3AO2A 1YTUA 4CJVA 5CY4A 1UA0A 1L3VA 1JL1A 1ASWA 4CJTA 2E4LA 3ULDA 3VQ7A 4Z4CA 4E7JA 1L5UA 3SUNA 1A5VA 3JSMA 4HUEA 4E7IA 4FJ7A 1L3TA 4KTQA 3TAEA 3HYFA 4BE2A 1VSFA 4LH5A 3VQQA 3MEEA 1JLBA 4C8MA 3OJSA 1A5WA 3OYLA 1NKEA 1D8YA 3QIOA 1XHXA 4E19A 1U45A 4FM2A 3D0PA 1KVCA 1KCFA 1RT7A 4FK2A 4CFAA 5HLFA 2P1JA 5J2NA 1S1XA 1QQCA 3DOLA 3DRSA 3KLHA 1U48A 5FRMA 3T3FA 4M45A 4W5TA 1TV6A 2YKNA 2Z1GA 3AVFA 4EZ9A 1Q9XA 3FFIA 4CJ4A 3RMAA 1T7PA 1TAUA 4GW6A 5KGWA 3OYKA 4O0IA 4FZZA 3ZCMA 2HHWA 1NJZA 4H4MA 4CJ5A 4HCBA 1QHTA 1S1WA 4CK1A 3OYNA 1XWLA 3ZT0A 3RMCA 2YNFA 3LWMA 4CEOA 3OVNA 4RW8A 1RDCA 3M8SA 4CGDA 4Z4EA 3V9UA 2XY6A 2QKBA 3K58A 4FJ8A 1K6YA 2YHAA 4CCHA 4CJUA 2W42A 3U3GA 1W9HA 4DTUA 2HVIA 4FJNA 1TL1A 4W5QA 3L8BA 4HHTA 3KTQA 2OA8A 4J2DA 3TAQA 3S3MA 4F3TA 1JLFA 1SUQA 5KGXA 1WSGA 3KKRA 3CFOA 3LWLA 1XC9A 4J2BA 4KHUA 3VQEA 4FJMA 1NKBA 4KREA 2HHQA 2KQ2A 4CJ3A 3IAYA 4DSLA 2AJQA 2DTUA 3F9KA 3F73A 1IKWA 2XO7A 1QSLA 1T8EA 4FK0A 2IAJA 3SJJA 3L3VA 3HSTB 4WE1A 2X6SA 4OGEA 1YVUA 4CIEA 1RILA 4CJLA 1XHZA 4DSIA 3SUQA 1LWEA 1SL2A 3KLFA 4I2QA 1TGOA 1REVA 2QXFA 4W5RA 3OYDA 4CEFA 3E01A 1X9SA 3O4QA 3HP6A 3L2UA 1RT4A 2VG7A 1FXXA 4CJSA 4ELVA 5C24A 4HUGA 1LW2A 2HMIA 3AO3A 4CHZA 4ICLA 3NF6A 4Z0UA 1L3SA 2P51A 3LPTA 2FBVA 4GVMA 3K5OA 3NH1A 1NJXA 2I5JA 3SQ4A 4FLUA 3M8RA 4OLBA 1LWFA 5HRPA 3OS1A 4IFVA 4FM1A 1TKXA 3QEIA 5HRRA 3OS0A 5CZ1A 4C8LA 3DLHA 3OJUA 3NH2A 4E1NA 2X6NA 1RT1A 2DFHA 2XY8A 4BDZA 4Z4GA 4KB1A 4E7KA 4FK4A 2YKMA 1S6QA 4CHYA 4C8OA 1BQNA 4H4OA 4DTXA 4N5SA 3ZSVA 3QNOA 3DRRA 4OKEA 1N5YA 3RRGA 3AO5A 3RR8A 4DWIA 4C8KA 1TK0A 4KB0A 3V1OA 4AILC 2Q3SA 1NK4A 3SQ2A 4B9SA 4FM0A 5HRSA 4DQPA 3C6UA 2IGIA 3I0RA 4CGGA 2OPQA 3AVGA 4FLTA 3L2QA 4F2SA 1ZBLA 2VWJA 1RTHA 1D9FA 4JS5A 2O4GA 1HRHA 1SKSA 3V1QA 3SV4A 3CQ8A 2HB5A 2KW4A 1NK8A 3A2FA 3AA2A 3MXIA 4Y1DA 4BE1A 3TAGA 2BANA 3NGYA 2EX3A 1UOCA 3TAMA 4N76A 2JGUA 3V9XA 4RW7A 1C1BA 2OPRA 5CYMA 2DFEA 1RTIA 3VQ6A 1JLCA 1HJRA 3DI6A 4ZHRA 3L2VA 3DLEA 4CJEA 2G8KA 3AVCA 4CJFA 2YHBA 4DSJA 2RKIA 1YT3A 4I7FA 4CFDA 1ZBFA 1R0AA 4IDKA 1NOZA 3SQ1A 4C8NA 3KK3A 3M8PA 1SL1A 4LSNA 2G8VA 4DLEA 5J1EA 4DU3A 2B6AA 3OYMA 1LAWA 4CFCA 4W5OA 4DFJA 3TABA 4YFUA 2PY5A 4BWMA 5FROA 2PYJA 2HHUA 4FJ9A 4BACA 3BGRA 5CZ2A 3SUPA 1S1TA 3I8DA 4FLZA 3AVAA 2FC0A 1TL3A 4Z4HA 3NHGA 4J2AA 3PX6A 2G8HA 1Q9YA 2D0BA 1NK7A 3MXMA 1KTQA 3KIOA 4BDYA 1S6PA 1XI1A 4E7LA 4MFBA 4Q0BA 4AHRA 5HBMA 5J2MA 3CG7A 4CEBA 4CHQA 2X78A 3TI0A 5DK5A 4M3XA 3LZIA 1CZ9A 4CHNA 1RTJA 4KPYA 3AV9A 5I3UA 1ITGA 1Z25A 4I9LA 2Y1JA 4B9TA 1S9GA 1RT5A 1TVRA 1BIUA 3OYGA 5JS2A 2BGGA 5C25A 4FJKA 3L2WA 1BL3A 3V9SA 1C1AA 4CECA 3QNNA 1VK0A 2E6LA 2G8FA 4EZ6A 1JLEA 3O3GA 2XRIA 3NAEA 3VQ9A 1S5JA 3HL8A 4DMNA 4B8CA 1C6VA 5D3GA 3RRHA 1SL0A 1F21A 3AO4A 4CF0A 1BQMA 2G8UA 1X9MA 4EP4A 2KFZA 4R5PA 3K5LA 4KO0A 4HUFA 4DQQA 2Y1IA 2G8IA 2QK9A 3AO1A 3OS2A 3KLEA 4M3TA 1BCMA 3HPHA 1HNVA 1D9DA 3AVKA 3OYBA 1BHLA 3HVTA 3ZT4A 3C94A 5J2QA 4N41A 3AVMA 4DF4A 2JLEA 4O0JA 1GOCA 2OPPA 3RMBA 3T1AA 3HPOA 1U47A 2FBXA 3SI6A 1N6QA 2GV9A 3MXJA 2XHBA 2OZSA 1QSYA 4OLAA 1GOAA 4FJXA 5SWMA 2RPIA 4G1QA 3LP2A 2R7YA 4BE0A 4KFBA 4ZTJA 1TKDA 4AHCA 1VSDA 1L3UA 1T03A 4DTJA 4B9VA 2F8TA 4RW9A 3IG1A 1CXQA 5E41A 4IKFA 4KHQA 3RWUA 2FBYA 3LDSA 2Z1JA 3DLGA 1CZBA 3L3UA 3WNEA 2QKKA 4M42A 2HVHA 3KD1E 4OGCA 4CK2A 2EHGA 3NGIA 3NH0A 4OKKA 3EYZA 3AVJA 2F96A 4B9UA 1ZBIA 4PQUA 1HNIA 3OYJA 4M41A 2D0CA 3NGZA 1SV5A 1EETA 3ISNC 4CJPA 4DSFA 4FVMA 4ELUA 4AHVA 1HPZA 1BI4A 1FK9A 1QTMA 1RBTA 1B9DA 1BIZA 4E3SA 3SCXA 1RBVA 4CGFA 3AVBA 4CJQA 3PV8A 4PA1A 1ZYQA 1TK5A 5CYQA 3V6DA 4FJJA 1RTDA 3WNHA 4CESA 1EXQA 1WNSA 1GOBA 1VSLA 2P5GA 3T19A 4I2PA 3ZT2A 3DYAA 1QSSA 4KHNA 3WNFA 4DU1A 4J2EA 4EP5A 3O3HA 2HHXA 4KAZA 4F8RA 3WNGA 3TARA 4F3OA 3B6PA 1WAFA 4LSLA 3VQPA 3JYTA 1Y97A 2YNGA 4QAGA 3ZSRA 1NJWA 3DLRA 3AA3A 3SZ2A 3AVIA 4HCCA 1JLGA 4DTPA 3HPGA 3V81A 3DLBA 4CF8A 3TWHA 3CFPA 1VRTA 3S3OA 1FKOA 3MEDA 4KI6A 3K57A 3KLGA 1WSFA 2PYLA 3H08A 4JLHA 1B92A 1HYVA 4FXDA 4PWDA 2OYQA 2XY5A 2LSNA 3VQAA 3EZ5A 3QIPA 3KK1A 3IS9A 3L2RA 2X74A 3AA5X 2VG5A 3VQBA 1UA1A 4JRPA 4QOZB 4CJWA 4DFPA 1J54A 3KJVA 1IG9A 3QEXA 3ZT3A 4O4GA 1QS4A 4CIGA 2IS3A 3RTVA 3TR8A 3THVA 1NK0A 4FJHA 4K8ZA 1U04A 1WSEA 3K59A 1TK8A 3LALA 1WLJA 1S9EA 3BDPA 4FLYA 1S1VA 1TAQA 3LP3A 2KFNA 3PY8A 1ASVA 1X9WA 3G0ZA 4ID1A 4I9QA 1RT3A 3VQ4A 4DTOA 3LAKA 1VSMA 2YNHA 3ASMA 4F4KA 4CIFA 5FRNA 4IG3A 4DU4A 3HVRA 2ITGA 3QINA 4O5BA 1VSJA 3PX0A 1DTQA 4HTUA 1TKTA 3U3YA 2ATQA 4CJKA 4Z4FA 3MEGA 4UQGA 4AHTA 1CLQA 1JKHA 2GUIA 3PX4A 3SUOA 2B4JA 4CEDA 1KVAA 2KZMA 4W5NA 2BE2A 3C95A 4Z4IA 4FJLA 1DTTA 4FW2A 3V9WA 4FZXC 4PY5A 4DSKA 3HK2A 1EP4A 1BCOA 1BGXT 4IBNA 3MAQA 3SYZA 1D5AA 3ZSWA 2YV0X 4KHWA 3KK2A 3PO5A 1WSIA 3ZT1A 3QEPA 2RN2A 1RDDA 2KZZA 3VQCA 4ELTA 1C0UA 3RMDA 5KTQA 1KLNA 1RBRA 1O1WA 3QLHA 4DS4A 3HXMA 4F2RA 1C1CA 3CM6A 2G8WA 2WOMA 3ZSOA 1WAJA 2VG6A 3SNNA 4FLWA 1RT2A 3PUFA 4KKOA 3LZJA 1X1PA 3S9HA 3B6OA 4OJRA 4FYDA 4FW1A 4IG0A 5SZTA 4OPJA 4DQRA 2HHSA 4FJ5A 1RT6A 3VA3A 4DS5A 3QEVA 3AVNA 3NCIA 4CGIA 3OYFA 3ZSZA 4DFMA 3NBPA 4DG1A 4H8KA 1Q8IA 1ASUA 1ZBUA 5DMRA 2ZE2A 3NF9A 4TSXA 3VQ5A 4B9MA 3IRXA 1VRUA 4KTZA 4B08A 3AVHA 2IDOA 4FJIA 1BISA 4OKJA 3C6TA 4FLVA 1CXUA 1RBSA 1LAVA 4B8AB 4DTSA 4ID5A 3AA4A 1JXEA 2F8SA 4K8XA 1BI4B 2BDPA 4CEZA 2GBZA 4NCAA 1NJYA 3DLKA 1LW0A 3D45A 5J2PA 1T05A 3OYEA 3LP1A 4CHOA 2P5OA 4JS4A 3NF7A 4DLGA 3O3FA 1NK5A 1NK9A 1KFSA 2ETJA 1RNHA 4LD0A 5FDLA 4YNQA 1HMVA 4M3UA 3LANA 1VSIA 4E7HA 4ZTFA 3I0SA 1I39A 3HT3A 2HNZA 5HROA 4KRFA 3K2PA 3NF8A 2ZQBA 3DMJA 1U49A 1NOYA 2YNIA 4KTWA 2D0AA 1NKCA 5KRTA 1I3AA 3LP0A 3DM2A 5EU7A 5HRNA 3U6FA 4E0DA 1KFDA 1IKXA 2NUBA 4CE9A 4PUOA 4CHPA 1UWBA 2A1RA 1J9AA 4CGJA 4OVLA 4NCGA 3PO4A 3QERA 4CFBA 1LWCA 4RW6A 3VN5A 4M3YA 5KI6A 4LY7A 1QE1A 3DOKA 5K14A 1U4BA 4AHSA 1LV5A 3LPUA 1YTAA 1KLMA 1J53A 1UAXA 2OPSA 3NFAA 1SKRA 2O4IA 3QETA 4DTNA 3SPYA 2VWKA 4OPKA 2HNYA 2B5JA 1VSKA 3V9ZA 3ALYA 4O55A 1DLOA 3HJFA 4BWJA 3ZSYA 4B9NA 1HYZA 2XY7A 3TAFA 4KV8A 4M3ZA 1C0TA 4RW4A 4HVJA 4FLXA 3DRPA 1VSEA 3HM9A 4GMJB 4MQ3A 3CYMA 1KSPA 3OYHA 1MU2A 1IH7A 2PZSA 1ZBHA 2RF2A 1Z26A 2OZMA 3V4IA 3SPZA 4AHUA 2E6MA 3KLIA 2A1SA 4CERA 2HHVA 4DTRA 4RG8A 4CF1A 3V1RA 3QO9A 4KHYA 3AVLA 4B3OA 2ZD1A 2HHTA 3CFRA 3NE6A 3HP9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1SS6A 1VQ8N 3O4QA 3ZETA 3AO3A 2HBKA 1HJOA 3RSEA 3BUZB 3N1BA 4JK7A 2P51A 3LPTA 2OTJN 5BR8K 3GOIA 3M8RA 4NXNK 1LWFA 2FYOA 2QWQA 4IFVA 5AQKA 3OJUA 3LDPA 4BRFA 1N36K 4BDZA 1QVGM 2B7MA 4CHYA 4N5SA 4WQ5C 1ILYA 1OVQA 4C8KA 2Q3SA 3CJCA 4FM0A 5HRSA 3ZX3A 4FLTA 4H03B 4HTLA 1ZBLA 3V1QA 2KW4A 2VQEK 4KH5A 1QQOA 3CJ9A 4YORA 5AQIA 4BE1A 3TAGA 3NGYA 4A57A 4JN4A 4ILHA 1RFQA 3AAQA 3S41A 2JGUA 4YHHK 2OPRA 4ZHRA 2E8AA 1HJRA 4GNIA 3DLEA 2YHBA 1M1KO 1ZBFA 4IDKA 4F9OA 4FOEA 1GLDG 4M7XA 4GV9A 4FL9A 3DAWA 3KK3A 1YVNA 5J1EA 5KPTA 2B6AA 3OYMA 4CZJA 3CCVN 4AKIA 4U67L 4BWMA 4JI0K 4BACA 3BGRA 5GAEP 1NGGA 3AVAA 1TL3A 4E4BA 4Z4HA 2G8HA 4YOUA 1IBLK 4JAXA 1NK7A 3U9ZA 3THWB 3F5TA 4BDYA 4Q0BA 1XI1A 4AHRA 3LL3A 5EY4A 4CHQA 5M1NA 4BC4A 1IBKK 2X78A 5DK5A 3LZIA 1CZ9A 4NO7A 1RTJA 4DV4K 3O9RA 1Z25A 4MDAA 2I7NA 3L2WA 4IEIA 4B1YB 3QNNA 2E2NA 3NAEA 3VQ9A 5H1SQ 3RRHA 1SL0A 2G8UA 4R5PA 2Y1IA 2QK9A 3AO1A 3ZETB 3OS2A 1ESVA 4M3TA 1BCMA 3J2PA 3FR0A 3VEZA 2VCPA 4RWTA 2E5LK 3RSEB 4CZFA 3ZT4A 5J2QA 4N41A 1U47A 2GUPA 1GOCA 2OPPA 3RMBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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