3SQ0A

Dna polymerase(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp opposite da (mn2+)
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase/dna
molecule keywords DNA polymerase
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
total genus 321
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sq0A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sq0A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sq0A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sq0A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sq0A03
4CECA 1TK5A 4DU4A 3IG1A 5DK5A 1RNHA 1S9EA 4CGFA 4DS4A 2BGGA 2ATQA 3G10A 3O3GA 4HHTA 2OYQA 1I3AA 4EP5A 3NH0A 4Z4IA 4M3RA 1NKBA 1ZBHA 1LW0A 1K6YA 2R7YA 4KB1A 4ICLA 4RW4A 3ZSVA 4B8CA 3T1AA 1NK8A 1KFSA 2KQ2A 4J2AA 1S1WA 3S3OA 1C1CA 3IRXA 1YTAA 4G1QA 1VSDA 4IDKA 4CJFA 4LSNA 4CK3A 1ZYQA 2FC0A 3HPHA 5FROA 4CHPA 3SPYA 1W9HA 3TAFA 5HRNA 4FXDA 4CGGA 1S1XA 3KIOA 3O4QA 3OYFA 3TAEA 4DSEA 1TKTA 2Y1JA 3K57A 4N47A 4FJLA 3MXMA 2FBYA 1U45A 1ASVA 1WN7A 1D8YA 4QAGA 4F4KA 2O4IA 1RILA 2YKNA 2HB5A 4CJVA 3QEIA 1F21A 3KJVA 4BDPA 4E1NA 1T03A 4OJRA 1X1PA 2OPQA 4PQUA 2BE2A 4CGIA 1T05A 3SI6A 3ZT3A 3RMAA 3UIQA 3BGRA 1VSHA 1B9FA 1A5WA 3CYMA 3LP0A 2XY6A 3HVRA 3PO4A 1REVA 4KB0A 4KHWA 5FRNA 4TSXA 2KFNA 3DLKA 3VQCA 2Z1HA 3L2WA 3OYKA 1DTTA 1HNVA 3F9KA 1NJWA 3QNNA 5HBMA 1RT1A 3M8PA 3SV3A 3ZT4A 1ASWA 4CHQA 3V4IA 2IC3A 3NH2A 3KK2A 3QNOA 2IOCA 1D5AA 4KKOA 4DTUA 2BANA 2X78A 3ZSZA 1GOBA 2KTQA 2WOMA 1YVUA 3PUFA 4AILC 3AA3A 5HP1A 3WNHA 1RTDA 4CJTA 4QCLA 3SJJA 1JKHA 4IKFA 4E7IA 3AVAA 3E01A 3OJUA 2Y1IA 4LSLA 4DTSA 4H4MA 1HJRA 1TAUA 4FLUA 2YNIA 3TAQA 2G8IA 3KLGA 1RT6A 3LP2A 4CJSA 3RR7A 4OGCA 2A1RA 4OKKA 3AA5X 3OJSA 3L2UA 5KRTA 1KRPA 4F2RA 3CG7A 3NAEA 4BE1A 3QO9A 4B9SA 1Y97A 5E41A 1TK0A 3QEPA 1KLNA 2QXFA 4KTZA 4CCHA 4CESA 1Z25A 3NF8A 3JYTA 4J2BA 1RT3A 3VA0A 4ZTFA 3NF6A 4LH5A 3OYCA 4B9TA 1BI4A 4KHSA 2GBZA 3AVKA 3I0RA 2XY5A 3RRHA 1QSLA 3LAMA 4CJLA 3PO5A 4FJJA 3OYLA 4DTPA 5KTQA 1NKCA 3OYNA 3L2RA 1LW2A 4C8NA 5KI6A 1J5OA 1WSGA 2BDPA 3DOKA 3HO1A 3I0SA 3MAQA 3SYZA 2G8UA 4CHNA 4Q5VA 3CM5A 1DLOA 5HROA 2HVIA 5HLFA 3DLHA 4Z4GA 3ZSQA 4Z4CA 1JLCA 3RMDA 4O55A 1C0TA 5C24A 1VSFA 4KRFA 1JXBA 1UAXA 3T19A 1X9SA 4DF8A 1FK9A 1NK4A 4LD0A 5C25A 3CFPA 1U04A 4M3UA 4CEFA 4EP4A 4W5QA 4FCYA 4DQPA 1VK0A 4OPKA 1RTJA 3DLEA 1BIUA 1U4BA 1IKWA 4BWJA 3ZSRA 1KTQA 4OKJA 4M42A 5HRPA 3V9XA 1GOCA 3L3UA 1HYZA 1WSEA 1WSFA 4E7LA 4PY5A 3HVTA 4KHYA 3LDSA 1J9AA 4OGEA 5SWMA 1VRTA 1VSIA 4DQIA 3OVNA 1DTQA 4O4GA 3T3FA 2KZMA 4FJ5A 2HHVA 4CEEA 1L3UA 4FJ8A 4KHUA 4E89A 3HXMA 4ID1A 4NCGA 3VQ4A 3OYHA 3RR8A 3HK2A 4W5RA 3KD1E 1JXEA 3QEXA 1CZBA 2I5JA 4R5PA 1T7PA 4C8KA 2E4LA 2GUIA 1TKDA 1TL1A 1HPZA 1GOAA 5I42A 1VSKA 3VQBA 3K59A 3KLEA 1BL3A 3WNEA 2P51A 4DLGA 4DFJA 4E1MA 3AVBA 4BACA 1N6QA 3VQ7A 3MXJA 4DTOA 4EZ6A 4FLXA 1QQCA 3ULDA 3VQ9A 4W5TA 1JL1A 4I9QA 5CY4A 4BWMA 1Q9XA 3AVIA 4M3ZA 2VWJA 3LWLA 2PYJA 3ZSYA 4DTXA 3FFIA 4I2PA 1B9DA 3AVGA 4PA1A 4CJKA 2D5RA 1KVCA 3QLHA 4F3OA 3M8SA 2B6AA 4W5OA 3C94A 4B9VA 4Z4EA 3ZT0A 3VN5A 1NK0A 4ZTJA 2HW3A 4NCBA 4LH4A 2HMIA 4IG0A 2AJQA 1RCHA 3D0PA 4B08A 3SZ2A 5JS2A 4B9NA 3SUOA 5DMRA 4DTRA 3DLRA 1FKOA 3V9WA 1X9WA 1RDAA 3ASMA 2EHGA 4C8MA 1JLGA 3KLIA 4JS5A 4CJ4A 3CFOA 4KHNA 1L3TA 1IO2A 4DTNA 4CK1A 4DFPA 1LV5A 4CFDA 3L2VA 3NE6A 2E6MA 4CJQA 3D45A 4FJIA 2G8HA 3NH1A 4FK2A 4KTQA 2YHAA 4O0JA 4FK4A 1LWEA 1UA1A 2PZSA 3OS2A 2PY5A 2YHBA 4KO0A 3RWUA 2XY7A 4CGHA 2YNFA 4GMJB 3HP6A 4WE1A 4NYFA 4ELTA 3PX0A 3DLBA 1HQEA 3DRSA 4DSKA 4NCAA 5CZ2A 4L8RB 4DQSA 3SPZA 2VWKA 2X6SA 5KRSA 3VQ6A 1CXUA 4B9UA 1WSHA 3DRRA 1NJYA 5JS1A 4FJXA 1A5XA 4FM0A 1O1WA 3LPUA 4AH9A 3NGIA 1CZ9A 1TAQA 1NJZA 3NGZA 3C95A 4CEQA 3TI0A 3AO5A 1LAVA 4CJEA 3TANA 1NK9A 4CF0A 3V9SA 4FVMA 2F8TA 4K8ZA 2D0CA 4H8KA 1SL0A 2W42A 3QINA 3CFRA 4CEBA 3PY8A 2YKMA 1ZBFA 3LAKA 3HYFA 4AHSA 1RTHA 4JRQA 1RBTA 4N5SA 2YNGA 4FK0A 2XHBA 1HNIA 3K5LA 4B3OA 3EY1A 1ITGA 1L5UA 4AHCA 3EZ5A 4IG3A 1SL1A 3KTQA 1SKRA 4FLTA 3SQ4A 2ETJA 1KLMA 4FZXC 3TAGA 3DLGA 4RW6A 2KZZA 5CZ1A 3AVJA 4Z0UA 4CFCA 5FDLA 2D0BA 4M3TA 4FW1A 1JLEA 4C8LA 4ELUA 1J53A 4CERA 1S6QA 1KVBA 1N5YA 2RKIA 3AO4A 3QIPA 4OLBA 1R0AA 4RG8A 5J2NA 4DS5A 3AA2A 3OYGA 4BDZA 4DU3A 1WSIA 3BDPA 1S9GA 2G8WA 3LP1A 4KV8A 1S6PA 4E7JA 4M3YA 4BE0A 4CIGA 4DF4A 3MEDA 3KLFA 4CEZA 1NK6A 4HVJA 1ASUA 3NDKA 4W5NA 2G8VA 1BIZA 3WNFA 3OY9A 4DU1A 2IS3A 1RT2A 1WAJA 1MU2A 3HL8A 4KREA 3C6UA 1FKPA 4M3WA 2OPSA 4ZHRA 2D0AA 4OKEA 3JSMA 3PX6A 3ALYA 3LZIA 3K5OA 3LWMA 3AO1A 3NFAA 4CF8A 1S1UA 4GW6A 3KKSA 4I7FA 3K58A 4CFBA 3F73A 4F2SA 2HHWA 2HNZA 4N56A 1WLJA 3OYEA 2ZQBA 3PX4A 4CEDA 1QTMA 1BCOA 4FM1A 3OYBA 2P5OA 1Z26A 3IS9A 3S3MA 3RMBA 1BI4B 1J54A 2IGIA 4FLVA 3LPTA 1FXXA 1BHLA 3QETA 1NOZA 1RT7A 4CGJA 4CEOA 1SL2A 1KVAA 3THVA 4CE9A 2RN2A 4DSIA 4CF1A 4IFYA 1C6VA 3CQ8A 1LWFA 3QESA 2NUBA 3LALA 4HUFA 3DI6A 4FM2A 1C1BA 4E7KA 1TL3A 1UWBA 4M41A 5KGXA 4KFBA 4HCBA 2HVHA 4FZZA 4AHRA 4Q0BA 2VG7A 3HP9A 4DQQA 4C8OA 1S1VA 3NBPA 3VQPA 2ZE2A 2YV0X 3PV8A 5HRSA 4RW9A 4CJ5A 1G15A 1RDCA 4O0IA 2HHSA 4FLWA 1BCMA 4FJ7A 2HNDA 3LZJA 3TAMA 4CHZA 3O3FA 4JLHA 4Y1CA 4KTWA 3RTVA 3C6TA 1U49A 4IBNA 2FBVA 3TR8A 4UQGA 4YNQA 3HPGA 3SUQA 2HNYA 1C0UA 1U47A 3AV9A 2A1SA 2X6NA 1RBSA 4GVMA 4FJKA 4KI4A 2DFEA 3NGYA 1QE1A 3OYDA 4E7HA 4KPYA 1KFDA 1JLAA 2RPIA 2YNHA 4DLEA 4DSFA 2KW4A 2B5JA 4J2EA 3QEVA 1EX4A 3ZT1A 3V81A 1SUQA 3VQDA 4KI6A 1WNSA 1ZBUA 2Z1IA 3AA4A 3ZT2A 4DFKA 1D9DA 4EZ9A 4H4OA 3S3NA 3O4NA 3TWHA 2HHXA 4NYNA 4K8XA 1JLFA 4B9MA 4KAZA 2OPRA 1C1AA 3ZCMA 3A2FA 4ELVA 1KCFA 3SNNA 2GV9A 3NF9A 2Z1JA 4MQ3A 5KGWA 3MECA 3P5JA 5I3UA 2DY4A 4CHYA 3U3GA 1BISA 2JGUA 3P1GA 1IKXA 4O5BA 1VSMA 2HHQA 4BE2A 1QSYA 5J2QA 3ITHA 2EX3A 4E19A 2OZSA 1HRHA 5EU7A 5C42A 2F8SA 4M3XA 4QOZB 4B9LA 2IAJA 3WNGA 5J2PA 1VSEA 2OZMA 2Q3SA 1YT3A 3MXIA 4CFAA 4DMNA 1ZBLA 1S5JA 4RW7A 3ZSXA 3VA3A 3NF7A 2DTUA 1JLBA 4KHQA 4OPJA 1CXQA 1EKEA 5SZTA 4O44A 4F8RA 3ZSOA 3B6PA 1TKXA 1EXQA 3AVHA 3LANA 1D9FA 4CF2A 2QKKA 1HYSA 2IDOA 2ZD1A 3HM9A 3MEGA 3SQ2A 2VG6A 1VSJA 3VQAA 3V1QA 3H08A 3KK3A 1EETA 3M8RA 3SUPA 4J2DA 1RT5A 2X74A 4IFVA 1JLQA 3ISNC 4FW2A 1BQMA 2FBTA 3ZSWA 1U48A 1L3SA 3SQ1A 2XRIA 4FYDA 4CJUA 1IH7A 3HT3A 4FJMA 5K14A 2O4GA 2PYLA 2QK9A 1TVRA 4HTUA 4CK2A 4AHUA 2XO7A 4HUGA 3P83D 1Q9YA 3K5NA 1YTUA 3DOLA 4M45A 3TABA 4LY7A 4BDYA 4AHVA 3K5MA 4N41A 3SUNA 3NCIA 4AHTA 1UOCA 4PUOA 4I2QA 1RBRA 4DG1A 1NK7A 4F3TA 4I9LA 4JS4A 2RF2A 3I8DA 4RW8A 3SV4A 4FZYA 3U3YA 4FJHA 3VQQA 1ZBIA 1HYVA 4DQRA 1IKVA 1VSLA 2Z1GA 2HHUA 2XY8A 4N76A 2HHTA 2P1JA 2FBXA 1LAWA 3RRGA 1XI1A 3QERA 3AO3A 3DM2A 3V9ZA 3AVLA 4DTMA 1RBUA 3OYMA 4OVLA 3KD5E 3AVNA 1A5VA 3S9HA 4FLYA 2WONA 3OYJA 5J2MA 3KK1A 3HSTB 4XIUA 1XC9A 4CIFA 3OS1A 4CHOA 3L2QA 1C0MA 1EP4A 1TV6A 3VQ8A 4JRPA 1BQNA 1W0HA 1SV5A 4Z4HA 5D3GA 4PWDA 1XWLA 2JLEA 4DSLA 4CIEA 3HPOA 3QEWA 1NJXA 3VQEA 2QKBA 3EYZA 2OPPA 1HQUA 1Q8IA 3RMCA 4FJ9A 4E0DA 5FRMA 1S1TA 4CJRA 1BGXT 4CJ3A 3TARA 3L8BA 4CGDA 2E6LA 3V1OA 3M8QA 3V1RA 4YFUA 2F96A 4FLZA 4B8AB 3QIOA 1RDBA 2DFHA 4CJPA 2G8FA 4DSJA 2B4JA 4ID5A 1NK5A 4Y1DA 1CLQA 1WAFA 1VRUA 3AO2A 5T7BA 3AVFA 3OS0A 2ITGA 4CEAA 1RBVA 1IG9A 1RT4A 3V6DA 3SCXA 1TK8A 5CYQA 3OYAA 2VG5A 1KSPA 1B92A 3AVCA 1T8EA 2DFFA 3KLHA 1LWCA 3LP3A 4FJGA 4CF9A 3KKRA 1WSJA 4MFBA 3TAPA 3DRPA 1UA0A 4HUEA 1RDDA 4Z4FA 3AVMA 1QS4A 3DMJA 5HRRA 3V9UA 1RTIA 4DFMA 1QSSA 4DTJA 1HMVA 3MEEA 1JL2A 1XHZA 4HCCA 4E3SA 2P5GA 3NHGA 4FJNA 3G0ZA 3K2PA 2OA8A 3CM6A 1SKWA 4CJWA 3L3VA 1TKZA 2LSNA 3OYIA 3DYAA 3VQ5A 1QHTA 3SQ0A 3O3HA 5J1EA 1L3VA 2G8KA 1NOYA 3HJFA 1I39A 4DWIA 3U6FA 1NKEA 5CYMA 3B6OA 1X9MA 4OLAA 1XHXA 1SKSA 2KFZA 3IAYA 1TGOA 1IKYA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4R5PA 2GUIA 1TL1A 1HPZA 2AA4A 3FE1A 3VEWA 3VQBA 4CZJA 3KLEA 3W0LA 3WNEA 4DFJA 4E1MA 2F9TA 5KPRA 3ATVA 3ZX3A 2YJEA 1FZ2E 3MXJA 3VQ7A 4FLXA 3ENOA 4MDBA 5E26A 5D3GA 2PYJA 4PA1A 3FFIA 4DR6K 4K41A 1XMHE 2V52B 5EXWA 2YCHA 4F3OA 5EVZA 4WCEL 4B9VA 3VN5A 3D2FB 3M3ZA 3Q7CA 2HMIA 2AJQA 3C6HA 1EO1A 4B9NA 5JS2A 1FZHE 5DMRA 4C1NK 3QICA 4CK1A 3NE6A 2E6MA 1BU6O 3D45A 5EY4A 4CJQA 2YI1A 2G8HA 4KTQA 4YOUA 3JAMO 2PZSA 3OS2A 1NBWA 4NYFA 4ELTA 2HBKA 2H4TA 3DRSA 1WUAA 3SPZA 1N34K 2X6SA 1CXUA 5AQOA 1WSHA 3DRRA 2F4VK 3A5MC 3E4YA 2HBJA 3LPUA 2OVQB 1TAQA 3NGZA 4CEQA 4BRHA 1GLEG 5A2QO 1SL0A 4IOXA 2YKMA 1ZBFA 4AHSA 3K5LA 2O8CA 3SLCA 1YF5L 3OGLB 4FO0A 1XU3E 1KLMA 4FZXC 3JXUA 1KQSM 4ILJA 2RCUA 3O9RA 1IG8A 5FDLA 3VEZA 4ELUA 1J53A 5M1PA 3QIPA 4OLBA 1Z05A 1JCFA 3E66A 4RG8A 4A59A 5J2NA 2YB5A 5C10A 3KWGA 3J27A 5M1OA 2J4RA 4CIGA 3MEDA 2YHWA 4JKAA 1NK6A 1ASUA 5AJ3K 1E3MA 3VESA 2IVNA 3R8EA 3K9JA 4DU1A 4KREA 1WAJA 5IREA 1MU2A 3DXMB 1Y64A 1FKPA 1XL3C 3ALYA 3LZIA 1YIJN 5M1NA 4PL8A 4F2SA 4CFBA 1WLJA 4Y0WA 2ZQBA 1BCOA 3S3MA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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