3SQ0A

Dna polymerase(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp opposite da (mn2+)
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 321
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sq0A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sq0A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sq0A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sq0A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sq0A03
4CEQA 5FROA 1FK9A 4DFKA 4FJNA 4KTWA 4O4GA 3OS2A 1RCHA 1RDAA 3V81A 1NJZA 4Z4GA 2ATQA 4OKJA 1X9WA 1J5OA 1LWCA 3V9ZA 3M8SA 3THVA 2IAJA 1HYVA 3AVHA 3VQPA 4KHWA 5E41A 2QXFA 4JS4A 4EP5A 1F21A 4CIFA 3K57A 1TKTA 3HK2A 3KLHA 3L2WA 4DSLA 1FKOA 3QEPA 4IBNA 3DRSA 1R0AA 2D0AA 3I0RA 3HP9A 1D5AA 3DMJA 1QSLA 2D0BA 4NCBA 3I0SA 1LWFA 3LPTA 3VQDA 4OPKA 4AHVA 3JYTA 1RTHA 1B9DA 3NGYA 1J53A 3HVTA 4K8XA 1NK9A 4KAZA 3SJJA 4HVJA 1EXQA 1JLEA 3L3VA 2PY5A 1A5VA 3CM5A 1VSEA 1ZBUA 5CY4A 2G8KA 1LAWA 1SUQA 4FJMA 4CJWA 4E7JA 4FJ7A 3HPGA 3RR7A 3G10A 3K59A 3ZSQA 3QIOA 3HYFA 1JKHA 2VWJA 3SQ0A 1JL1A 2FBTA 2KTQA 2PZSA 1C0MA 4GW6A 2I5JA 3PO4A 1FKPA 3MAQA 5I42A 3OYBA 4QAGA 1JXEA 3P83D 4CFCA 3NE6A 4CF9A 4DSJA 3DLEA 1SKWA 3M8RA 3MXJA 4Y1CA 3OYIA 4DQPA 1WSJA 4CEBA 4N41A 5DK5A 3PY8A 3IRXA 2O4IA 4DS4A 4LH4A 1TL1A 4CGIA 3F73A 3CFPA 2G8WA 1G15A 3KLGA 5CZ1A 1TK5A 5KRSA 4NCAA 1I3AA 3CG7A 5JS2A 1KFSA 4KHNA 5C24A 3NAEA 3TR8A 3SV3A 1IKXA 1HRHA 1KRPA 4RG8A 4G1QA 1RT4A 1GOCA 3O3FA 1U47A 1BI4A 1DTTA 3H08A 1T8EA 4JRPA 4FXDA 1A5WA 4YFUA 4ELVA 3SPYA 1TV6A 4Z4CA 4CF1A 1T05A 4BE0A 3S9HA 1NKCA 4OLBA 3QESA 4PQUA 4AHCA 2DFEA 1NK8A 4B3OA 3KD1E 2G8FA 4DMNA 4KO0A 1RTIA 3LP0A 3AO5A 4FLWA 4DU3A 4FW2A 4E1NA 1NKEA 1KFDA 3KKRA 3SPZA 1HQEA 2YKMA 3KJVA 4I7FA 2YNHA 1SV5A 2RPIA 4PWDA 4Z4IA 3PX4A 1RT1A 2QK9A 5J1EA 4Z4FA 4RW4A 2G8UA 4KI6A 1EX4A 3CYMA 3CQ8A 1REVA 1S1VA 4B08A 2AJQA 1RTDA 3IS9A 1BCMA 4FM2A 3OYJA 2F8SA 4FJ8A 4DTNA 1UA0A 4E7HA 2LSNA 2W42A 4FW1A 4CJRA 4N5SA 3TAPA 3LZJA 3OJUA 2ETJA 1RILA 3AVFA 4KFBA 2IGIA 1LW2A 3DLHA 1QS4A 4FLUA 2X6SA 4J2EA 2IOCA 1ZBIA 4EZ6A 4J2BA 4C8LA 3SUOA 4CFAA 3VQBA 4FJIA 3HM9A 3NF9A 3TAEA 4UQGA 3K5NA 4DFMA 1W9HA 1XI1A 2PYLA 1S6QA 5I3UA 4ID1A 4H4MA 4MQ3A 3DLRA 1RT3A 2NUBA 3ZT1A 1VSMA 1CZ9A 5KI6A 1RTJA 3AA3A 3HPHA 3KLEA 3VA3A 3S3OA 1LV5A 4AHRA 3LWMA 3OVNA 4IKFA 4F8RA 3VQ8A 4DWIA 4CGGA 4FZXC 4L8RB 5KGWA 5HRSA 1ASUA 3OYMA 4DSFA 4JRQA 3L2VA 4CHPA 1TKDA 4IDKA 2KZMA 3TARA 4FLZA 4W5OA 1KVBA 4DTSA 2OZMA 2D5RA 4JLHA 4CK1A 4DS5A 4KV8A 4H8KA 4BDYA 1BIUA 1EETA 4IFVA 2HHQA 2G8HA 5HRPA 4DTJA 3K5OA 4CK3A 4M3XA 4FK2A 3L2QA 4BDZA 4DFPA 1IO2A 4CJVA 5C25A 4Y1DA 4FLYA 2HB5A 2IDOA 1IG9A 4CEZA 4ZTFA 1IH7A 1NOZA 4M42A 1Q9YA 1C1BA 3EY1A 3T3FA 2HHWA 1HNIA 4FJGA 1TAUA 3NDKA 4FJXA 1HPZA 2IS3A 1FXXA 3TAGA 1BQMA 2FC0A 3U3GA 3MXMA 4DSIA 2R7YA 2Q3SA 4CK2A 1WSHA 4EZ9A 1JLQA 4IG0A 2E6MA 4F2RA 1SL0A 3U6FA 1U4BA 3L8BA 4DTRA 1TKZA 3ZT0A 3ZT2A 3V9UA 1RDDA 1U49A 3VQ9A 1ASVA 1NK5A 4CJLA 2EHGA 4KHUA 1QSYA 3DOKA 1EKEA 1LWEA 4M3UA 3V9XA 4N56A 5CYQA 2ZQBA 1QE1A 2FBVA 1X9MA 4CHYA 2HVHA 5HRNA 1NOYA 1CLQA 2HHUA 1WSIA 4B9NA 4B9SA 4DF8A 4DQQA 4W5NA 3RMBA 4E1MA 5J2PA 4CEEA 3QINA 1D9DA 5HRRA 4B9VA 1UWBA 3AVAA 3VQCA 4ZHRA 5SWMA 4O44A 4F3TA 4ID5A 3HVRA 3OYGA 1XC9A 1QHTA 2GUIA 4FZYA 4C8KA 4LY7A 4DTXA 4FM0A 1L5UA 1SL1A 3AA2A 3AA4A 3C95A 1VK0A 3MEEA 3VQ6A 4W5QA 2VG7A 3KIOA 1J9AA 3L2UA 1XWLA 3V6DA 1DTQA 1KVCA 3LP2A 3RMAA 1RT6A 2WONA 4WE1A 1XHXA 3LP3A 1T7PA 5K14A 3ZSYA 4CF2A 4F2SA 4B8AB 1BGXT 4I2PA 3ZSXA 4CIGA 2XY7A 1N6QA 5FRMA 4O5BA 1TL3A 2OYQA 4CJKA 1C0UA 1GOAA 3O3GA 1L3UA 4KHYA 3NH1A 3OYEA 1JLFA 3RTVA 1U48A 1RBTA 1JLGA 4RW8A 1YTAA 1YT3A 4N47A 3KK1A 3VQ4A 3IG1A 4CGFA 3UIQA 2VG6A 3KLIA 3HT3A 4CHQA 5J2MA 2XY5A 2QKKA 1LW0A 1C1AA 1RBUA 4RW7A 3T19A 1HNVA 1RT7A 2YNGA 2Z1JA 2OPPA 3KLFA 2JLEA 5SZTA 3K2PA 1RT5A 1ZYQA 3AVKA 3ULDA 2QKBA 4JS5A 4DTOA 2P1JA 4FK0A 1JL2A 3JSMA 1W0HA 4HTUA 4Q0BA 1CXUA 4FVMA 4M3ZA 1C0TA 4DQIA 1BI4B 4W5RA 2XY6A 1VSDA 3OYNA 4K8ZA 1HQUA 3NF8A 3OYLA 3OYCA 1NJXA 3VQAA 3AVBA 5FDLA 1T03A 3OS0A 4HUFA 4KB0A 4CJ4A 1Q9XA 2O4GA 4KHQA 1X1PA 4O0JA 2X74A 5DMRA 4CESA 3OY9A 3K5LA 4DFJA 2DFFA 4KPYA 3LZIA 3SCXA 4HHTA 3DYAA 4DSEA 1MU2A 2B6AA 1L3VA 3TABA 3V1QA 2E6LA 4BWJA 3NBPA 4R5PA 3G0ZA 4E7KA 4ELTA 1Q8IA 1RBSA 3HL8A 1SL2A 2DFHA 1HJRA 4CJUA 3HPOA 4OVLA 3SUPA 2OPRA 3QETA 1J54A 4CERA 3BDPA 3KK3A 1YVUA 4C8NA 1RBVA 1VSIA 1UAXA 4BE1A 4FJJA 3O4NA 3QERA 1VRTA 4B9LA 4CHOA 2YHAA 4M3WA 2Z1HA 4FLTA 1B92A 3D45A 3PUFA 3VQQA 3OYAA 4DTPA 2F96A 4AHUA 4LD0A 4FJ5A 3HO1A 4FYDA 2VG5A 2HHVA 3ITHA 2EX3A 1S1TA 4FJKA 2P51A 3RRHA 1S1XA 3FFIA 2DTUA 3K5MA 2BDPA 3WNEA 1KTQA 1NK0A 1IKWA 3SI6A 4FJ9A 1B9FA 3ZSVA 2YHBA 4B9UA 3LAKA 1C6VA 1Y97A 2A1SA 1YTUA 3NH0A 1ZBLA 1TK8A 1VRUA 2RKIA 1ZBFA 3SQ1A 4Q5VA 4EP4A 2HHSA 3NFAA 4I9QA 3RMDA 3RWUA 3ALYA 2YNIA 3RRGA 3DM2A 3A2FA 2OA8A 3SQ2A 3DLKA 3SUQA 3VN5A 3EYZA 2Y1JA 4KB1A 2D0CA 4DG1A 4CGDA 2GV9A 3PO5A 4DTMA 5EU7A 3V9WA 3B6OA 4DSKA 3S3NA 4OGCA 4FLXA 1EP4A 2YNFA 3SV4A 2BGGA 3M8PA 3SZ2A 4B9TA 2FBXA 4FLVA 4PUOA 3LANA 4OPJA 1ZBHA 3QEXA 3DRRA 4IFYA 4Z0UA 3DLGA 3PX6A 3MEDA 1IKVA 4ELUA 1WSFA 3OYKA 4CHNA 4PY5A 1Z26A 2RF2A 4CCHA 4KHSA 4LSNA 2G8IA 3DRPA 1NJWA 3HSTB 4AHTA 1I39A 3V9SA 3B6PA 3RR8A 3MXIA 4E7LA 2HW3A 4E89A 5J2QA 1BISA 2HVIA 2HHTA 1TGOA 2XO7A 1D9FA 4F4KA 1NK7A 3L3UA 3L2RA 4FJHA 3HJFA 4I9LA 4DQRA 3LWLA 4CEAA 2GBZA 3AVLA 1C1CA 4CJEA 1A5XA 3QNOA 4Z4HA 5HROA 3TI0A 4FCYA 4CJ5A 4DU4A 3HXMA 1L3TA 3NCIA 3AO4A 3QEVA 3IAYA 4IG3A 3V1RA 4CFDA 3WNGA 4OJRA 4CEFA 3KKSA 2Z1IA 4GVMA 3AO2A 5KTQA 3V1OA 2F8TA 4W5TA 1KCFA 5CYMA 4CJTA 4CJFA 3NH2A 3TAQA 1RDCA 2BE2A 2KQ2A 2P5OA 2Z1GA 5C42A 1S6PA 3TANA 1LAVA 4ZTJA 4QOZB 2KFNA 2PYJA 1VSJA 4CFBA 4F3OA 3NF6A 1U04A 4CHZA 1ASWA 3AVJA 4TSXA 2HNYA 3WNHA 1JXBA 3VQ5A 4CECA 3OYFA 5HP1A 3WNFA 1D8YA 3NGZA 3AVCA 4KTQA 3CFOA 1VSKA 4B9MA 1ITGA 1UA1A 1X9SA 4PA1A 3ZSWA 4FJLA 4FZZA 4NCGA 1N5YA 2ZE2A 1K6YA 3O3HA 4CJSA 3HP6A 4LH5A 3ZSZA 3QEIA 2DY4A 1HYSA 5T7BA 1WAJA 3AVGA 1WSGA 1NK6A 5KRTA 1S1UA 4NYNA 3VQ7A 3ZSRA 3OYHA 1S5JA 4KI4A 1VSFA 3NGIA 2IC3A 3F9KA 1KVAA 3O4QA 3PV8A 1KLNA 2OPSA 1WSEA 1RDBA 3VQEA 4B8CA 3SUNA 3TWHA 3VA0A 3CFRA 2FBYA 1TVRA 4M45A 3QIPA 3DLBA 2B4JA 1IKYA 3DOLA 3AV9A 4LSLA 3AO3A 4CEOA 4DLEA 4DTUA 4E3SA 2P5GA 4J2DA 3LP1A 1WNSA 3CM6A 4HCCA 4KTZA 2WOMA 1S1WA 1XHZA 4KREA 2VWKA 1NK4A 4DLGA 3KD5E 4E19A 3K58A 4E0DA 4O55A 3M8QA 4AILC 3SQ4A 5HLFA 2X6NA 1NKBA 3LAMA 1HYZA 1QSSA 4FM1A 3U3YA 1CXQA 5FRNA 1SKSA 4M3RA 4H4OA 4BDPA 3OJSA 1VSLA 3C94A 2OPQA 1BIZA 5JS1A 1JLCA 3C6TA 3QNNA 2X78A 2B5JA 4CEDA 1KLMA 1S9GA 2BANA 3OS1A 4J2AA 1L3SA 2G8VA 3PX0A 4RW6A 2ZD1A 3RMCA 1RBRA 1TAQA 4NYFA 3SYZA 1U45A 3D0PA 3NHGA 1BQNA 2YKNA 2YV0X 3AVNA 2KW4A 3MEGA 4HUGA 4BACA 2HHXA 4M3TA 4FK4A 3LALA 4CJ3A 1Z25A 4OGEA 4OKEA 5D3GA 2KZZA 3BGRA 4CF8A 4CIEA 2E4LA 4DU1A 1HMVA 4M3YA 4O0IA 3OYDA 3AVMA 2HNDA 4AH9A 4HUEA 4MFBA 3V4IA 4DF4A 3AA5X 4N76A 3ASMA 3EZ5A 4RW9A 4C8OA 5CZ2A 1DLOA 3QO9A 1TKXA 2XY8A 4OLAA 2HMIA 4HCBA 2XHBA 4C8MA 5KGXA 4GMJB 4Z4EA 3ISNC 4QCLA 4CJPA 1QQCA 4M41A 1O1WA 4E7IA 2JGUA 1KSPA 1GOBA 2KFZA 1CZBA 1S9EA 2OZSA 2A1RA 2ITGA 1UOCA 4CJQA 1BCOA 4AHSA 3P1GA 1BHLA 1RT2A 4CGJA 4ICLA 3MECA 3ZCMA 1VSHA 4CE9A 3S3MA 3QEWA 1JLBA 1BL3A 5J2NA 3I8DA 3TAMA 1RNHA 3C6UA 3DI6A 3SNNA 2XRIA 1JLAA 3ZSOA 4CGHA 4XIUA 3T1AA 3KTQA 4DQSA 4KKOA 4CF0A 3KK2A 3P5JA 4KRFA 3LPUA 3NF7A 1WAFA 3E01A 4I2QA 3QLHA 3AO1A 3ZT4A 4BE2A 1NJYA 3AVIA 4YNQA 3LDSA 1WLJA 5HBMA 4OKKA 3TAFA 1SKRA 3ZT3A 2HNZA 2RN2A 1TK0A 1QTMA 2Y1IA 1WN7A 4BWMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3CCS N;  4JV5 K;  4FOI A;  2WUS A;  3P38 A;  4IOC L;  1NJZ A;  4Z4G A;  5M1Q A;  2GUP A;  1LWC A;  4YOV A;  3V9Z A;  3THV A;  2D0O A;  3AVH A;  3KWG A;  2ASP A;  5E41 A;  4CBX A;  1K8A O;  4LFC K;  3CC7 N;  1F21 A;  2OTL N;  2AA4 A;  3K57 A;  3L2W A;  3DXM A;  1R0A A;  3VET A;  4R79 A;  1FZ0 E;  3DMJ A;  4WYB A;  4H5V A;  5LJW A;  3DXK A;  1J53 A;  2VYP A;  3CQX A;  1NK9 A;  3WQU A;  1JLE A;  2PY5 A;  3CM5 A;  1VSE A;  1ZBU A;  5CY4 A;  4FJ7 A;  4DV6 K;  3A5N C;  3QIO A;  2VWJ A;  1EWQ A;  5A2Q O;  1HNW K;  5I42 A;  3VEN A;  2VCP A;  3G4S N;  4CFC A;  3NE6 A;  1TUU A;  4JKB A;  3OYI A;  5LMN K;  4BRK A;  4DQP A;  2E8A A;  2O8B B;  3KLG A;  1HKG A;  2W6L A;  4NCA A;  1I3A A;  3HGL A;  3CG7 A;  4KHN A;  3NAE A;  2VQE K;  3C6H A;  1HRH A;  2NRZ A;  1OH8 A;  1KRP A;  4RG8 A;  4G1Q A;  3MCP A;  1GOC A;  3O3F A;  4BG9 A;  4GAM C;  1T8E A;  4YFU A;  4ELV A;  2PAV A;  1XVG E;  1VQ5 N;  5CR4 A;  3L1N A;  3QES A;  4AHC A;  1NK8 A;  5C0Y A;  3LDB A;  4B1Y B;  2YKM A;  4WFN L;  4ADN A;  3CCV N;  1RT1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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