3SQ0A

Dna polymerase(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp opposite da (mn2+)
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords DNA polymerase
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 321
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sq0A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sq0A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sq0A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sq0A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sq0A03
4FJIA 3AO3A 2O4IA 2R7YA 1HRHA 2E4LA 2Q3SA 5I3UA 4RW8A 1JLQA 4FM2A 4B9MA 1TKTA 3AVHA 3ZSWA 5CZ1A 4F2SA 4DTMA 5E41A 4M3XA 2F96A 3DLEA 3CFRA 4N76A 3QERA 3LPUA 3SUOA 1BL3A 4N5SA 4AHCA 3L3UA 4DU1A 2G8WA 3PX0A 3M8PA 3ZT3A 1KFSA 1C0TA 1U45A 4EP4A 3K2PA 2HHTA 2X74A 4H4MA 2RF2A 3HP6A 4DTOA 4FJ8A 1MU2A 4CIGA 4YNQA 1IG9A 3DLKA 1HNIA 4KHYA 1XHXA 3TAEA 2QKKA 1G15A 4DFJA 1WSFA 2HNYA 3QESA 3L2QA 4E1NA 4QOZB 1LWEA 2FBVA 3WNGA 4OKKA 1Q9XA 1WSJA 4CK2A 3DLBA 1SKSA 1SKRA 3AA2A 3BGRA 1ZYQA 5FRMA 5J2MA 3C95A 2HHWA 3T19A 3NGYA 2HNDA 1EX4A 3O4QA 2YKNA 3OYBA 1B9FA 2RN2A 4Y1CA 3M8SA 1WAFA 3ZT2A 4AHVA 4HHTA 1T03A 4DMNA 1RT3A 3AVLA 3K5NA 2ITGA 3TAFA 1BI4A 4CEOA 4CFBA 1L3VA 5KTQA 3PY8A 1IO2A 3I0SA 3NFAA 4C8KA 2HVHA 3SQ2A 2DFFA 3G0ZA 4FVMA 3KJVA 3F73A 2I5JA 5J1EA 1UA0A 5KI6A 3PX6A 5KRTA 2HMIA 4DQIA 1JLAA 3OYHA 1EP4A 1S1VA 4W5OA 4E7KA 4F3OA 1W9HA 3NGZA 1RDAA 1N6QA 4B9LA 4OLAA 3ZSYA 3U3YA 2PY5A 3L2VA 3DYAA 5HP1A 4CJLA 1L3TA 1JL1A 4FK4A 2VG6A 1J53A 1LW0A 1YT3A 3KD5E 4FLXA 5DMRA 3ZSVA 1X9WA 1RBSA 2OA8A 3ITHA 1JKHA 3CM5A 3KK3A 3V4IA 3KKRA 2P1JA 4CF0A 2HW3A 3AO1A 5HRNA 4BWMA 4J2AA 2DTUA 4DTNA 3LZJA 4O55A 3VQQA 4DQRA 3OS2A 3RRHA 1NK9A 4LY7A 3QEWA 3UIQA 3U3GA 2KFNA 1ZBLA 4O0JA 1U49A 4L8RB 2HB5A 4PUOA 3KK2A 1S9GA 4CE9A 4JS4A 3OYCA 4FZYA 3HXMA 4M3YA 4FLWA 3LANA 4CHZA 3RTVA 4FJ9A 4FJ5A 1WSHA 1NJWA 1D5AA 3KLIA 4ID1A 3ZSZA 1BCMA 4CHYA 4IFVA 3L2RA 2PZSA 4LSNA 4CF1A 4CHOA 1NK7A 4KPYA 1LWFA 3V9SA 1HPZA 1B92A 4B3OA 2E6MA 4CJWA 3WNHA 3K59A 3TAPA 3LAMA 3AVBA 4DF4A 2YNFA 3VQ9A 1JLBA 4DLEA 1C1AA 3FFIA 1VSEA 2KQ2A 3AVMA 2X78A 4DTPA 4CEFA 4ELUA 3LP1A 3HPHA 4N56A 4ELTA 4OJRA 3L8BA 1XHZA 1LW2A 3OJSA 1A5VA 3QEPA 1RDBA 1C6VA 4AHSA 3LWLA 1WSEA 3HYFA 3QNOA 5KGXA 3L2WA 3DMJA 3ZSRA 3LP2A 3AA3A 4IBNA 3RRGA 4PWDA 3HPGA 3ISNC 3KLFA 1ITGA 1I39A 2OZSA 1VRUA 2ZQBA 1S5JA 2B4JA 3D0PA 4FZXC 3F9KA 1VSLA 3OYEA 2HNZA 4M3WA 4NCAA 1KTQA 2Z1IA 3HM9A 1C1BA 1IKXA 4XIUA 2XY6A 3U6FA 4FW2A 4CJUA 3HL8A 5J2QA 3NF8A 2XY8A 1L3SA 4M3RA 2DY4A 2IAJA 3VA3A 3TAQA 3LZIA 2IDOA 2IC3A 4W5NA 3QO9A 3EY1A 3CM6A 1C0UA 1TKZA 2Y1JA 2BDPA 4Z0UA 5K14A 1U47A 4NYFA 2HHXA 4CIEA 4DF8A 4M41A 3SQ4A 4Z4CA 4DU4A 4IFYA 4I2QA 3ZSOA 1D9DA 1ZBHA 4Q0BA 3NCIA 2HHUA 4PQUA 1Z25A 3AVJA 3DLRA 1UWBA 4DFKA 2HHQA 1LAVA 4EZ9A 4CGHA 3QEIA 1DTTA 5HLFA 1SL2A 1TK5A 3MEGA 4ZHRA 3MXJA 3NE6A 2XRIA 4DSJA 3ASMA 4FCYA 4DQSA 4E3SA 1QSSA 4PY5A 1D8YA 4KHQA 3V1QA 4FLYA 1BQMA 2D5RA 3PO5A 4FW1A 1RTJA 1VSFA 1YVUA 3OY9A 4CEZA 2JGUA 3OS1A 4M42A 2GV9A 1NKBA 2Z1JA 3V1OA 1ZBFA 4KFBA 4KTQA 5HRPA 2EHGA 4E7IA 4OPKA 1T8EA 4HUFA 4OGCA 4ID5A 3VQAA 3ZT4A 2DFHA 3H08A 1B9DA 4MFBA 4KRFA 3VQ4A 4CK1A 1JL2A 4DTJA 4CFCA 4C8LA 2YNIA 5CZ2A 3V9XA 4E7LA 4KTWA 2XY7A 3DRSA 2HHSA 3NF9A 1GOAA 4KB1A 3IRXA 4DSEA 4FLZA 1A5XA 3K57A 1HNVA 1RT7A 3O3GA 4OGEA 4OVLA 3VQCA 2A1RA 4EZ6A 1XC9A 2B5JA 1NJXA 1VSMA 1TGOA 3SUQA 4BE1A 3OYJA 1RBRA 3CFPA 3DOKA 3AVFA 3TANA 2IGIA 2OPQA 4Z4IA 1JLEA 3TAMA 3OYIA 3DLGA 2G8VA 4DTSA 4DLGA 3O4NA 4DS5A 3SQ1A 2Y1IA 3IS9A 4CEEA 4DQQA 3HO1A 1RBVA 1WLJA 3M8RA 3DI6A 3OJUA 2QKBA 2F8TA 3OYFA 4CFDA 4E7HA 3NF7A 3MXIA 3NGIA 2G8UA 3AVIA 1CZ9A 4N41A 2OPPA 5JS2A 2FBXA 2VG5A 3WNEA 2D0AA 2W42A 2P5OA 3AV9A 3TWHA 5C25A 1O1WA 4OKJA 1KVCA 1GOBA 1WSGA 4HCCA 3QETA 1RT6A 3SUNA 3PUFA 1KCFA 1RNHA 3V81A 4JS5A 4B08A 4DSKA 4UQGA 3DM2A 4RW7A 3CQ8A 4FYDA 3HVTA 5HRSA 3SV4A 1L5UA 1SV5A 1J9AA 1Q8IA 3VQ6A 3PX4A 4Z4EA 4CJKA 4NCGA 1S6PA 1HJRA 2VWJA 1X9MA 1RDCA 2XO7A 3EYZA 4KHSA 3LP3A 3S9HA 4Q5VA 3OS0A 3CFOA 3HPOA 2BANA 3K58A 5JS1A 4G1QA 1UA1A 3RMBA 4I7FA 1W0HA 3WNFA 3BDPA 4KI6A 4FK2A 4CEBA 4DFPA 4E7JA 3LP0A 1CLQA 4FM1A 4CHQA 2FBYA 3V9WA 4W5TA 1VRTA 4FJNA 4AHRA 3OYLA 4JRQA 4C8OA 2BGGA 4KHNA 1VSIA 3ULDA 2G8FA 4MQ3A 2DFEA 4B8CA 4BE0A 4CJVA 3SPYA 3P83D 4CERA 3PV8A 2KW4A 4R5PA 1NJYA 1FKPA 4HUGA 1SKWA 1RT4A 1UAXA 2YV0X 4O0IA 5HRRA 3MEEA 3L2UA 1QTMA 1KRPA 1KLMA 1FXXA 4I9LA 3AO5A 5FRNA 4WE1A 2ATQA 3LAKA 1ASWA 1KVBA 4QAGA 4CJ5A 4FJKA 4CGFA 1JLGA 5I42A 3TABA 1HYZA 1TVRA 2OPRA 3KIOA 2Z1GA 1QHTA 4RW4A 3V9UA 4O5BA 4O44A 3SI6A 2OPSA 3P5JA 4DTXA 1N5YA 1HYVA 5FROA 3NHGA 1NK4A 3HP9A 2VG7A 2G8HA 4KHUA 2NUBA 4BE2A 3TI0A 1TKDA 3ZSXA 3IG1A 4I9QA 3KLGA 3QNNA 1NK0A 1C0MA 4BDYA 2XHBA 1NK6A 4CF8A 3RR7A 4E89A 2AJQA 4ZTJA 3S3MA 3MAQA 2KTQA 3AVCA 4B9VA 3NAEA 4FM0A 3LALA 3QIOA 4Y1DA 3T1AA 1CXQA 3RMCA 4F3TA 4FJLA 5J2PA 3B6OA 1HQEA 4B9SA 3IAYA 3AVGA 3QIPA 4HUEA 1FKOA 3VQ5A 4LD0A 4CK3A 1YTAA 3OYKA 1RTDA 1SL0A 5CYQA 5C24A 4CJQA 1WN7A 4RW9A 3E01A 4H8KA 1JLFA 4M45A 4YFUA 1UOCA 1Q9YA 4ICLA 1S9EA 3I0RA 4GW6A 2B6AA 3KD1E 2EX3A 3AO2A 4N47A 4M3ZA 3RMDA 2GUIA 1BGXT 3ZT1A 1NKCA 1QQCA 2GBZA 4HCBA 3RMAA 1BCOA 4HVJA 3RR8A 2G8KA 4RW6A 3TARA 4M3UA 1DLOA 1QE1A 3HSTB 1Y97A 3OYDA 4CJFA 3M8QA 3SPZA 3C6UA 2G8IA 4IG3A 1R0AA 1LAWA 1XI1A 4FJMA 3ALYA 4FJJA 1KVAA 1VK0A 4FLTA 4CESA 3KKSA 4BDPA 4CJSA 4CHPA 4CJ3A 1EETA 1VSDA 3NF6A 1J54A 4KI4A 4KAZA 3L3VA 1RTHA 4CF2A 3B6PA 4DSLA 1TK0A 1FK9A 2D0BA 2YHAA 2F8SA 4FK0A 2P51A 5HROA 3T3FA 4FJGA 3RWUA 1EKEA 4CCHA 4FJ7A 2RPIA 3LPTA 2XY5A 4CGJA 2E6LA 1J5OA 1KFDA 3I8DA 1EXQA 1RBUA 4JLHA 1IKYA 3SCXA 5HBMA 3CYMA 4FJHA 5SZTA 1HMVA 5CY4A 4JRPA 1QSYA 3TAGA 3QLHA 3V1RA 3HT3A 4ZTFA 4J2BA 4K8ZA 1DTQA 4Z4HA 3O3FA 4FXDA 3AA4A 3OVNA 1HQUA 3VQEA 1T05A 3KTQA 4RG8A 3EZ5A 4ELVA 4E0DA 1RBTA 4F4KA 3K5LA 4FJXA 2JLEA 1I3AA 4E1MA 3QEXA 1S1TA 1VSJA 1U48A 4B8AB 1IKWA 1U4BA 2OZMA 4GVMA 3SV3A 4CEAA 4KKOA 3OYNA 4KO0A 3ZSQA 3P1GA 3AA5X 1TAUA 2ZD1A 4AILC 1TL1A 3ZCMA 1TAQA 4DG1A 1RT2A 4B9UA 2HHVA 4OKEA 3OYAA 1KSPA 1ZBIA 4O4GA 4AHTA 2X6NA 1NOZA 1CZBA 1NK8A 3AVNA 3MECA 1NK5A 1TK8A 1BQNA 1QSLA 3HK2A 1LWCA 4FLVA 4FZZA 1GOCA 1BIZA 3DRPA 2RKIA 4B9NA 4IDKA 4CEDA 1S1XA 4TSXA 4DWIA 4EP5A 2YNGA 1X1PA 2YKMA 3VQBA 1X9SA 1IH7A 3PO4A 3QEVA 3SYZA 3QINA 1NOYA 5EU7A 3OYGA 1VSKA 3SZ2A 2QK9A 1HYSA 4F2RA 1YTUA 4QCLA 1REVA 1RILA 5T7BA 3LWMA 4IG0A 2WONA 4FLUA 1RCHA 2A1SA 4AHUA 3K5OA 4CGDA 4CJEA 4BACA 2FBTA 1F21A 3MXMA 1K6YA 4LH4A 1Z26A 1S1WA 3VQ8A 4CJ4A 2KZMA 4K8XA 1WSIA 1WAJA 4CGIA 2O4GA 1T7PA 4Z4GA 3SUPA 5D3GA 4CECA 2LSNA 2WOMA 3V6DA 4I2PA 1ASUA 3VQ7A 1JLCA 2BE2A 4LSLA 3SNNA 4CJRA 3S3NA 3DLHA 2PYLA 4CIFA 2X6SA 4DSIA 1IKVA 4B9TA 3VA0A 2KFZA 2FC0A 2IOCA 3DOLA 1LV5A 3JYTA 4DQPA 1C1CA 4CGGA 1L3UA 2HVIA 3C94A 2ETJA 3VQDA 4NYNA 3HJFA 5FDLA 1RT5A 4W5RA 3OYMA 1WNSA 4DTUA 4LH5A 4F8RA 3VN5A 4PA1A 1BIUA 2OYQA 3K5MA 3LDSA 1S1UA 4DTRA 2D0CA 3MEDA 1NJZA 4H4OA 5DK5A 4BWJA 1BI4B 3VQPA 4DS4A 2YHBA 2PYJA 3V9ZA 3NH1A 2YNHA 1NKEA 4AH9A 3S3OA 1RT1A 4KREA 4M3TA 3JSMA 3SJJA 1RDDA 3AVKA 4CFAA 5J2NA 3THVA 1A5WA 2KZZA 1RTIA 3C6TA 4J2DA 1JXBA 4DSFA 4KTZA 4CF9A 2QXFA 3NH0A 4C8MA 4OPJA 1QS4A 4W5QA 3KK1A 4NCBA 4DU3A 4KV8A 4C8NA 1VSHA 4HTUA 3O3HA 4OLBA 3TR8A 1ZBUA 1CXUA 1TKXA 1KLNA 2VWKA 3A2FA 1ASVA 2P5GA 1S6QA 1TL3A 1TV6A 4CHNA 3ZT0A 4CJPA 5SWMA 3HVRA 4IKFA 4Z4FA 4DFMA 4CEQA 2Z1HA 4J2EA 5C42A 3KLEA 1D9FA 4GMJB 4KHWA 4CJTA 3NDKA 5KRSA 3DRRA 2IS3A 1U04A 3D45A 3NH2A 3CG7A 4KB0A 5CYMA 1JXEA 4BDZA 3KLHA 4E19A 3AVAA 1SUQA 3AO4A 1BISA 3NBPA 3SQ0A 5KGWA 1SL1A 1XWLA 3G10A 2ZE2A 1BHLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4ISEA 4W5NA 1Z6RA 4WCEL 1TKZA 4DF8A 1D9DA 4JI6K 1ZBHA 2O8DA 2NRWA 3OGMB 2A6AA 3DLRA 3EZWA 1LAVA 4CGHA 1DTTA 5HLFA 3FZFA 1TK5A 1E3MA 4GVEA 3NE6A 3TSUA 2XRIA 4DSJA 4FCYA 3ENHA 1QSSA 4PY5A 4IJAA 3PO5A 1BQMA 4FW1A 2P9IB 4B3RK 3OY9A 4IEIA 3K2OA 1NKBA 2Z1JA 4KTQA 3E9LA 4OGCA 3ZT4A 3WEEB 1QHAA 5CR4A 4MFBA 4BRLA 4KRFA 4BRAA 4CK1A 4EAHD 2YNIA 5CZ2A 3V9XA 2ZJQL 5AQOA 2P1PB 4KB1A 4FLZA 5HL7L 1NGIA 3K57A 1HNVA 4JD2A 4DR6K 4EZ6A 1NGGA 1TGOA 4BE1A 5ADXH 4WYBA 3CFPA 3DOKA 2OPQA 1VQON 3DLGA 3HZ6A 4MO5A 3O4NA 4DS5A 3SQ1A 1WLJA 4B1WB 3KWGA 3O9RA 1X3NA 3Q7CA 4CFDA 5BPMA 4MDBA 3BZCA 2OPPA 4IOAL 2JH9A 1U6ZA 2FBXA 3WNEA 2O8FA 4EHTA 3SLCA 1FZ6E 5C25A 4GKKK 1VAZA 3TSPA 3A8YA 3MCPA 4JK8A 2QA4N 3EN9A 1RT6A 5M1QA 3W3DA 4KBOA 1DT9A 5C10A 1RNHA 4GV3A 3DM2A 3U9ZA 3HVTA 4FYDA 4XEIA 5HRSA 3EO3A 3QMLA 3VTHA 5IT9O 3VQ6A 1VQ5N 2FLOA 4OX9K 4CVNE 3L4QA 1S6PA 2ASPA 2VWJA 2EWSA 3CPEA 4KHSA 1TUUA 4B1XB 3S9HA 3O08A 2VQEK 4FPBA 4ADOA 3K58A 2BANA 1FZ3E 4WFNL 1UA1A 4BRIA 4KI6A 5JVHL 4H0YB 3LP0A 4DR1K 2FBYA 3C7NA 4W5TA 1VRTA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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