3SQ0A

Dna polymerase(l561a/s565g/y567a) ternary complex with dupnpp opposite da (mn2+)
Total Genus 321
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
321
sequence length
903
structure length
903
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKALINGLAGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMFDF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 321
structure length 903
sequence length 903
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sq0A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sq0A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sq0A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sq0A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sq0A03
1WSHA 3AO1A 4KAZA 4FCYA 3RR8A 4ELTA 5J1EA 3TARA 4KO0A 4DTOA 3OYNA 1IO2A 2BGGA 3F9KA 1WSGA 2ITGA 4KHYA 3LWMA 3OYGA 4DLGA 2BDPA 4KB1A 2OZMA 3LZJA 4DG1A 4E7KA 1WN7A 4HTUA 5FRMA 3OYJA 1L3UA 1U4BA 4WE1A 4DLEA 4Z4IA 1NJXA 4IBNA 4HVJA 3NF8A 1XWLA 4FLVA 1S1UA 1HMVA 3HJFA 4M41A 3KD1E 4BDPA 1HQUA 3HPHA 1C1AA 2RN2A 4OKJA 4RW8A 1GOAA 1CXUA 1ASVA 4IFVA 3LP2A 4EP5A 3HO1A 3AVLA 4CF1A 2F8TA 4CHOA 1TL1A 3SUOA 3HYFA 4CK3A 4Y1CA 4W5OA 3TI0A 1IKVA 3KK3A 1HJRA 4O5BA 2QXFA 2XO7A 5CYMA 1T05A 3ALYA 3TWHA 4FJMA 4KI6A 3AO2A 4OJRA 5C42A 3OYDA 1MU2A 4B9UA 2RPIA 1NK8A 4FLZA 3NGZA 4CGJA 2VG7A 2DY4A 4B8AB 2IAJA 4XIUA 3IG1A 1VSFA 3U6FA 4CF0A 2QKKA 3DOLA 2QK9A 5CZ2A 5I3UA 4C8NA 3NCIA 4FYDA 4OKEA 1C1CA 2HHWA 3V9ZA 5JS1A 4B9VA 1EETA 3K59A 3TANA 3HK2A 5KGXA 4PQUA 3IAYA 2P51A 1FXXA 3I8DA 4KTZA 3V81A 1JKHA 4F3TA 4IG3A 3G0ZA 3SQ4A 3KIOA 4DQRA 3LPTA 3NH2A 2HHQA 3P1GA 1WLJA 2FBVA 3L2UA 2Z1GA 1NKCA 4RG8A 1SL0A 1SL2A 4CESA 1TAUA 2DFHA 3AO3A 3KKSA 1KVBA 5K14A 4AHVA 4B9TA 1S1VA 4AH9A 3E01A 1GOCA 4BWMA 4I7FA 3SV3A 1Z26A 3VQDA 1TK5A 3RMBA 1W0HA 3KKRA 4NYNA 1NK0A 4AHUA 3OJSA 1B92A 2B5JA 2IS3A 4C8OA 4KB0A 5D3GA 3SUNA 4FJLA 1TVRA 3L3UA 1IKXA 2FC0A 4AHTA 4OPKA 4DSFA 3RR7A 4N76A 3CG7A 4M3WA 5KI6A 1JXBA 1CLQA 4DSKA 4FJNA 3OYLA 1RBTA 5FDLA 4LY7A 3G10A 3OS1A 3HL8A 3V9XA 3ZSOA 4CJEA 1T03A 3CQ8A 2YHBA 3QNNA 3DMJA 3HVTA 4E7LA 4DQQA 5KGWA 3TAMA 3SV4A 3B6PA 1IH7A 2Z1JA 3C94A 3NFAA 4ZHRA 4JRPA 1QSYA 3AVJA 3L2QA 4K8ZA 3WNGA 3NBPA 2A1SA 3CM6A 1U47A 4E7JA 4FZZA 4FM0A 4CGIA 2X6SA 3T19A 4DTUA 5DK5A 1S6QA 1SUQA 3ISNC 3RTVA 4EZ6A 4FW2A 3KTQA 3AA2A 4LH4A 3DRRA 4BE0A 4CHQA 4M3YA 3O4QA 3VA0A 3LDSA 3DLBA 1WNSA 1HRHA 1X9MA 1NOYA 1ZBUA 4H4MA 1BIUA 4FM2A 1VSEA 3KK1A 4H4OA 5HRNA 2OPSA 3EYZA 2G8UA 2AJQA 4KFBA 2F96A 1TKZA 4W5QA 1J5OA 2B4JA 3QETA 1RT4A 4O55A 4N5SA 3QEIA 3V1RA 3NF6A 3AVMA 4J2BA 3P5JA 3QO9A 4QAGA 1HQEA 2Z1IA 4DSEA 3LPUA 3RMAA 4M3XA 1DLOA 2O4GA 4CJ5A 1HYSA 3SCXA 3MXMA 2DTUA 3CFRA 1RT6A 4CEBA 1U04A 3KLEA 1XHZA 1L3SA 4OLBA 1C6VA 4I2PA 3OYAA 1KVCA 1O1WA 2FBYA 4R5PA 4NCBA 2E6MA 3V1OA 2HW3A 1J9AA 1ZBHA 4M45A 3HSTB 1WSFA 5SZTA 3NGIA 3DLGA 4FM1A 1BIZA 1ITGA 4CE9A 3HPOA 1BQNA 3HPGA 5CZ1A 2HVHA 2YNHA 1BL3A 2P5OA 4LSNA 1TV6A 3HXMA 4B9NA 4B9MA 3S3MA 1BI4A 1VSIA 1NK6A 4ELUA 3QESA 5I42A 1VSJA 3ASMA 4DU3A 3MAQA 3SYZA 1JLBA 1S1XA 5HLFA 4FJ5A 4DFKA 1LW2A 1SKWA 2WONA 3AVFA 1VSHA 2XY8A 4Z0UA 3PX0A 3AVBA 1WSJA 5SWMA 4NCAA 1FKPA 2P1JA 4ELVA 4CIFA 3KLHA 2XRIA 3NF9A 5CY4A 3TABA 1JXEA 3K58A 1I3AA 1XHXA 4DFMA 3MXIA 3DM2A 4FJ9A 3NGYA 4IDKA 3VQAA 5HP1A 3B6OA 2WOMA 4JS5A 4CHPA 3O4NA 4CJVA 1WAJA 1B9FA 4C8MA 4PA1A 4RW7A 1CZBA 1LAWA 3MXJA 1L5UA 5J2QA 2G8VA 2VWJA 3PV8A 1TGOA 2PYLA 1BQMA 2VWKA 3ZSYA 3SJJA 4CJPA 4E1NA 1X9WA 1RT3A 4CFBA 3SPYA 4DMNA 2BANA 4E1MA 1RDAA 1CZ9A 3IS9A 2PZSA 3AA5X 4CJTA 4KKOA 1REVA 4K8XA 3CFOA 3KLFA 1WSEA 4CK1A 4RW4A 3V4IA 3NAEA 2Y1IA 5EU7A 4CJKA 1NKBA 2QKBA 3DYAA 1S1WA 3RRGA 3M8QA 1EKEA 3O3GA 4LD0A 3JYTA 4CJQA 2KFZA 3OYIA 1KTQA 4AILC 1ASUA 4AHCA 3CYMA 3NF7A 5E41A 2LSNA 3V9UA 1JL1A 1JLAA 1UA1A 3QERA 4FLTA 3AO4A 3QEVA 2HB5A 3BDPA 2GUIA 4CEQA 1IKYA 1RTHA 3VQ9A 3HVRA 3SZ2A 4DQPA 1RBUA 3U3GA 4KHQA 3LANA 3RRHA 5HRRA 3DRSA 3VQQA 2HNZA 4N56A 4B3OA 2YHAA 4KHNA 4BE1A 2P5GA 1TKDA 3RWUA 2ATQA 4M3UA 1QS4A 1XI1A 1TKXA 4JRQA 1NKEA 1NK7A 2OPRA 3AV9A 2VG6A 3T3FA 2HNYA 4O44A 4DWIA 3DLKA 3WNEA 2X74A 1A5XA 4FLXA 1RNHA 3ZSXA 4DTPA 4O0JA 1EP4A 1ASWA 4DTJA 1JLQA 3HT3A 2D0CA 3AA3A 2PY5A 4F2SA 4HCCA 1ZBIA 4CHNA 1GOBA 4CJRA 3LWLA 4E0DA 3L2VA 3VQPA 4MQ3A 3KLIA 4DTRA 1HNIA 4CHZA 1SKSA 2Z1HA 4CJWA 4FLYA 3LZIA 4JS4A 3TAGA 4KHSA 1BGXT 3VQCA 3O3HA 2Q3SA 3SI6A 4DFPA 1QTMA 3SNNA 3QEWA 2YKNA 3AVAA 4CEOA 4Z4HA 3L2RA 4DF8A 3AVGA 4LSLA 4ICLA 1Q9XA 4EP4A 1SV5A 4DS4A 2OPPA 3KD5E 4H8KA 4B08A 4FZYA 3MEGA 4FK2A 1FKOA 4DTMA 1ZBLA 4L8RB 1G15A 4CJLA 4DTXA 1Q9YA 1RTDA 1QSLA 3QEPA 4CERA 4CEDA 4ID5A 4FW1A 4AHRA 4KHWA 4RW9A 2X78A 3S3OA 4KREA 3D0PA 1RBVA 4DS5A 4W5NA 3KK2A 1YT3A 4KTWA 1VSMA 1QE1A 1NK4A 3OYKA 4ID1A 1BHLA 2IGIA 3C95A 2A1RA 1ZYQA 4DSLA 4ZTJA 3PO4A 4F3OA 2VG5A 4OGEA 3TAFA 1K6YA 3C6UA 2PYJA 4KTQA 1S1TA 1X1PA 1CXQA 2EHGA 4Z4CA 3HP6A 4OPJA 2HHUA 1DTTA 4BDYA 2HVIA 3M8SA 2XHBA 3QNOA 2GV9A 1RT1A 1JLCA 4NYFA 3K2PA 4CF9A 1VSLA 4FLWA 4AHSA 4E7HA 3M8RA 2DFEA 3AVHA 2IC3A 4BDZA 4CGHA 4ZTFA 1U48A 4GMJB 2G8KA 3PUFA 4FJGA 3D45A 3CM5A 3WNFA 4B9SA 1VSKA 3L8BA 3QIOA 5DMRA 4DQSA 4UQGA 5HROA 4F2RA 4CEAA 4FZXC 3UIQA 4CFAA 4DU4A 3AVIA 3DLEA 3VA3A 1TKTA 4TSXA 4BWJA 3ZT3A 4N41A 3AVNA 1NJYA 3SUQA 3VQ8A 4CCHA 1DTQA 3ZT2A 3SQ2A 1TL3A 5FROA 3V9SA 3OJUA 1KVAA 4G1QA 4FJIA 2D0BA 5C24A 3AO5A 3VQ5A 3QINA 1UA0A 4KV8A 1KRPA 3VQBA 3AVCA 3DLRA 3JSMA 4HUEA 1KSPA 4IG0A 1Y97A 3TAPA 3PY8A 4FVMA 5KRSA 1RBSA 3QEXA 4GW6A 4CJFA 2HHTA 4LH5A 4CECA 5C25A 4Z4FA 1S9GA 3KJVA 3F73A 3ZSZA 1U45A 3RMCA 1NJWA 1RT2A 4HUGA 2Y1JA 1L3TA 1IKWA 1RILA 3DRPA 2DFFA 4MFBA 1EX4A 3ZSWA 2IOCA 4B9LA 4CGGA 2YNGA 2ETJA 2JLEA 1KLNA 1S5JA 1RTJA 4DTSA 3I0SA 3VQ7A 4CJUA 2G8IA 2OZSA 4I9LA 1BCOA 4CF2A 3PX4A 4FJXA 4J2AA 1JL2A 3VQ4A 1RDDA 3MECA 5HBMA 3ZSVA 3OY9A 1L3VA 3S3NA 1YTAA 1IG9A 1JLFA 4FJJA 1ZBFA 2RKIA 4Q0BA 1KFDA 1Z25A 3O3FA 3C6TA 3PX6A 1QSSA 5KTQA 1QHTA 1JLGA 3OS2A 5HRPA 2R7YA 1KCFA 2X6NA 2ZQBA 3DI6A 1BCMA 4J2EA 1VSDA 2I5JA 1LW0A 4DF4A 4PY5A 3NH1A 2O4IA 3V6DA 2RF2A 2G8HA 2ZD1A 4CEEA 4BE2A 1BISA 3K5MA 1TK0A 1B9DA 1C0UA 2YV0X 4KRFA 4OKKA 1TK8A 3SQ1A 1D5AA 1C0MA 1RTIA 2GBZA 4OGCA 3ZSQA 3L2WA 1D8YA 1BI4B 3V1QA 3VN5A 2E6LA 2G8WA 4I2QA 1HPZA 2G8FA 4E7IA 4M3ZA 2YNFA 4F4KA 3TAQA 1D9DA 3K5NA 1SKRA 4YNQA 5CYQA 1RBRA 2XY5A 2HNDA 1VK0A 3K57A 3P83D 4DFJA 3OYBA 3PO5A 3RMDA 2BE2A 4I9QA 3OVNA 4KPYA 1UWBA 1VRUA 1S9EA 1S6PA 4GVMA 4IKFA 4CF8A 4C8KA 3ZT0A 2KZZA 2OPQA 3MEEA 1NK5A 3NH0A 3LAKA 4M42A 3OYHA 1YVUA 1XC9A 1LV5A 4FK0A 3VQEA 4HHTA 4FXDA 4DSJA 1YTUA 2FBXA 1KFSA 1WSIA 4CJSA 4CK2A 3DLHA 3OYCA 1LWFA 4J2DA 4CIEA 1RDCA 1R0AA 1J53A 1LWEA 3DOKA 2HHXA 3VQ6A 2OYQA 1J54A 1LWCA 1EXQA 3AA4A 4IFYA 3ZT1A 4BACA 3TAEA 2XY7A 1LAVA 3LP1A 2HMIA 5T7BA 3THVA 1RT5A 3LAMA 1C1BA 3ZSRA 1A5WA 3BGRA 4F8RA 4CIGA 4CFDA 3SQ0A 4Q5VA 4PWDA 4QCLA 4OVLA 2KTQA 3NE6A 1KLMA 1C0TA 1Q8IA 3M8PA 2YKMA 3U3YA 1HNVA 4QOZB 4FJHA 4M3RA 3FFIA 2F8SA 2EX3A 4W5RA 4FJKA 4EZ9A 4KHUA 4RW6A 3ZCMA 2IDOA 1TAQA 3LP0A 3MEDA 3TR8A 4O0IA 2YNIA 4NCGA 1JLEA 2KZMA 3AVKA 4FJ8A 4CFCA 4DQIA 3EZ5A 1WAFA 1FK9A 1A5VA 1SL1A 3QLHA 2KFNA 1D9FA 3A2FA 3OYEA 2OA8A 2ZE2A 4Z4GA 2E4LA 2FBTA 4DTNA 4N47A 4CJ4A 4Y1DA 4E19A 4E89A 2XY6A 1T7PA 3NHGA 4PUOA 1RDBA 1W9HA 4YFUA 1I39A 2D0AA 1VRTA 4FK4A 2B6AA 3HP9A 2W42A 5J2PA 2KQ2A 3OYMA 3OYFA 3EY1A 1RCHA 3WNHA 3LALA 4CGDA 4CEZA 1F21A 3ITHA 1HYZA 3L3VA 5J2MA 5FRNA 1N6QA 3K5OA 3LP3A 4DSIA 4HUFA 2D5RA 1T8EA 4E3SA 3OS0A 4M3TA 3H08A 4CGFA 4OLAA 4FLUA 3I0RA 4B8CA 1X9SA 1NOZA 3CFPA 3IRXA 4JLHA 3HM9A 4O4GA 1N5YA 1UAXA 4FJ7A 2JGUA 3ZT4A 4CJ3A 3K5LA 3ULDA 4DU1A 1RT7A 3QIPA 5J2NA 4KI4A 4Z4EA 5HRSA 4HCBA 4CEFA 3NDKA 3KLGA 1NJZA 1QQCA 3S9HA 4C8LA 2HHVA 1U49A 3SUPA 5JS2A 2NUBA 1UOCA 5KRTA 4W5TA 3V9WA 4CHYA 1HYVA 2KW4A 2HHSA 1NK9A 3SPZA 3T1AA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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1VSEA 3KK1A 2AJQA 1GLBG 4KFBA 2UXBK 2F96A 1TKZA 1J5OA 2B4JA 1RT4A 4O55A 3QEIA 3V1RA 4BREA 3P5JA 4QAGA 2I7PA 2Z1IA 4DSEA 4BRNA 3RMAA 4M3XA 3NVKA 2DTUA 3CFRA 2MMBA 2VGNA 1XHZA 4CZKA 2D0PA 1C6VA 4I2PA 3OYAA 4OPHA 2HW3A 1ZBHA 4M45A 2HBLA 3CPEA 4FM1A 4CE9A 3UO3A 5F0XA 2P5OA 4B9NA 1TV6A 4JD2A 3S3MA 1BI4A 1VQMN 1VSIA 4GV3A 2P9UA 1NK6A 3QESA 5I42A 4DFKA 2A5XA 2PFUA 4EPHA 5SWMA 3LM9A 1X9JA 2XRIA 4K43A 2LF6A 2F9WA 3NF9A 5CY4A 1K73O 4WQ5A 3C65A 3JAMO 5IBKB 3P38A 2WOMA 4DR1K 1XU3E 4RNGA 4RW7A 1LAWA 1L5UA 1WOQA 1BQMA 4CZMA 3ZSYA 4E1MA 3THWA 2JHAA 1VQPN 3DXMA 3AA5X 4CJTA 4KKOA 4BR9A 4CZJA 2F9TA 4CK1A 3K2OA 2Y1IA 1LDKE 4CJKA 4I6JB 2RE2A 4FWMA 2ASMA 1ASUA 3CYMA 4A5AA 1YVNA 2LSNA 5AFUH 1JL1A 3L2OB 3BDPA 1IKYA 4YDUC 3OA9A 3VQ9A 3A5OC 3HM8A 5F2RA 3DRSA 1J5EK 3UB5A 3VEZA 1NGAA 4B3OA 4BE1A 1TKDA 3VF2A 1QS4A 1TKXA 2BH1A 4ISGA 1RGIA 4O44A 1XUPO 1A5XA 4FLXA 4EFHA 1RNHA 4DTPA 1HKCA 4CVNE 4DTJA 4F2SA 2PY5A 3LDBA 4CHNA 1GOBA 5FPMA 3VQPA 4MQ3A 4CHZA 1SKSA 4CZHA 5C2DA 2V51B 4LF9K 4CJWA 1MMOG 2Q3SA 1VQ5N 3ZETB 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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