3SQ1A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dupcpp opposite da
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sq1A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sq1A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sq1A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sq1A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sq1A03
3MXJA 2D0CA 3UIQA 3ZSOA 3V9WA 4W5TA 4FCYA 4OPKA 2ZE2A 4FJ8A 3M8RA 3O4NA 1JXEA 4FK0A 2BDPA 1ZBHA 2XY6A 4KPYA 2HHTA 3AVFA 4FJMA 1BGXT 3SPYA 3PX0A 4AHSA 4AHUA 4CJRA 2OZMA 4KHWA 1WSIA 1FXXA 3OS2A 1UAXA 4M3WA 3PV8A 3VA3A 1NK4A 2A1SA 3HP9A 4I2QA 3QNNA 1WN7A 4CEAA 4EZ6A 1HYZA 3LALA 1RBRA 3V1QA 1CZ9A 3KJVA 5CY4A 1VSFA 1TK8A 4LD0A 4JRPA 1D5AA 1SL2A 4LH5A 4FZZA 4CJSA 4AHCA 3TAEA 3ITHA 1GOAA 4CGJA 1TGOA 5KI6A 5CZ1A 2XO7A 2YKMA 4KHNA 3HPGA 3P83D 3OYJA 1U04A 4OLAA 3VQQA 4IBNA 3KKRA 3AO1A 3KD1E 4BWJA 3AVLA 4IFVA 2ATQA 3ZT1A 1TAUA 4CJQA 2Z1IA 4KKOA 2IDOA 3OYMA 1X9WA 1EX4A 4DQPA 5FDLA 1CXUA 1LW0A 1RBTA 1BIUA 2EX3A 1VSMA 3V9SA 4M3UA 2HNZA 5C25A 4DQIA 3L2RA 4C8OA 4CEDA 1RNHA 4DF8A 1NK8A 3TI0A 1JLFA 2YV0X 3QLHA 4J2AA 1A5XA 3DM2A 3V4IA 1NKCA 1YVUA 4CECA 1S9EA 2OYQA 5SZTA 4E7LA 4FW1A 2RPIA 5C24A 3CG7A 3LPTA 2BANA 5HBMA 2XHBA 1S1WA 4CJ4A 3K59A 4I2PA 1I3AA 1BI4B 1NJXA 4FM2A 5D3GA 2HMIA 2GBZA 1Q8IA 4FLWA 2VWKA 2YHAA 2HNDA 1RT2A 2HNYA 4KREA 2VG6A 3VQDA 3AA3A 3V81A 3DOLA 4FJIA 1C1AA 4E1MA 4CHQA 1TVRA 3DRRA 1VRTA 3C6UA 4FZYA 5SWMA 1C0MA 1RDCA 3ZT2A 3AO2A 4QAGA 3LZIA 1X1PA 4CJEA 4EP4A 1HYSA 2BGGA 4CIEA 3QETA 4DS4A 4CJFA 4B9VA 3CM6A 5FROA 1IKVA 1TK0A 2RN2A 4UQGA 3L3UA 1KLNA 4PUOA 3PUFA 4E19A 1NK9A 4DFMA 1O1WA 4CF9A 3AA4A 4HTUA 1NJYA 3AVIA 4LSLA 3DOKA 5C42A 4RG8A 3RMAA 3AVJA 3VQBA 3PX6A 4CEBA 4I9QA 3NFAA 2KZMA 1U49A 1W0HA 3G0ZA 4CK2A 3NGZA 3V9XA 1ASUA 4GW6A 2XY7A 1NOZA 3NH2A 3SV4A 4QOZB 2WOMA 3K2PA 3LP0A 4F8RA 1R0AA 4B9UA 5EU7A 2G8FA 1T8EA 2X6SA 3SQ4A 1NKEA 2E6LA 3IAYA 1SKRA 3OVNA 3VQ9A 4NCGA 4CF8A 4CESA 4C8MA 1SKWA 1KLMA 3MXIA 1UA1A 5I42A 4BDYA 4M45A 1CLQA 4EP5A 2YNFA 1RTHA 2YNHA 4BE1A 3THVA 1C1CA 3DRSA 4ZTFA 3CFRA 1KCFA 1EKEA 4FM0A 1J9AA 1HQUA 1NOYA 1S5JA 1YTUA 1WNSA 4CF2A 4L8RB 2HVIA 1HNVA 3C6TA 2ZQBA 4Z4HA 1WAFA 3L2UA 3TAFA 2Y1IA 1LW2A 5J2PA 5I3UA 4TSXA 3VQ7A 3DRPA 3VQEA 2VG5A 2HVHA 3CM5A 3AVAA 1TKZA 3WNEA 3HVRA 4KHQA 3RMBA 3DYAA 1XC9A 1X9MA 1NK7A 3FFIA 1VSKA 3LP3A 5KRSA 4ZTJA 2KZZA 2JGUA 4M3ZA 3KK3A 3SJJA 1C6VA 3ZSXA 4Z4EA 4CFCA 4FK4A 4BE2A 4CF1A 2GV9A 3G10A 4GMJB 1BI4A 1RDBA 3ALYA 4E89A 4M41A 1KVCA 3NF9A 4AH9A 3O3GA 5J2QA 4B9SA 4AILC 5K14A 1WSHA 2I5JA 1B9FA 3K57A 1VSIA 4OVLA 3PO4A 1JL2A 4DSKA 2QXFA 3NCIA 4C8KA 4DTPA 1B92A 1HQEA 3AVKA 4IDKA 1IKWA 3KK2A 4M3RA 1BIZA 3NAEA 3K5NA 3RRGA 4E7IA 4Z4GA 4H4OA 1GOBA 4O44A 1RTIA 4NYNA 1D9DA 3NF8A 1RBSA 4LSNA 1TKDA 1SV5A 1RT1A 2KTQA 2KQ2A 4CEFA 1C1BA 3QINA 1S6PA 1JLBA 4HUGA 4CE9A 1RILA 4DQSA 4JRQA 2ZD1A 2VG7A 4O0JA 3AVMA 3HPOA 5KGXA 2IAJA 5T7BA 3KKSA 1KFSA 3M8QA 3CFOA 1S9GA 3L2WA 4O4GA 1VSLA 2HHQA 4GVMA 3NF6A 1U48A 1CZBA 2G8IA 2P5GA 3MEGA 3D0PA 2AJQA 2DY4A 2OPSA 4Z4CA 3NDKA 5J1EA 4E7JA 1W9HA 1RTJA 3KIOA 3I0SA 2XY5A 1QSLA 3LZJA 3U3GA 1RBUA 4ICLA 2PYLA 4H4MA 4E7HA 3HSTB 1WSJA 3EYZA 3D45A 1HMVA 1ASWA 3MECA 4N41A 1L3UA 4HUEA 3TAMA 3OS0A 3OYCA 3TARA 1KRPA 4CF0A 3HL8A 4FK2A 5CYMA 2X74A 3SQ1A 2QKKA 1NJZA 4C8NA 4E3SA 4W5NA 1U45A 4OLBA 4LY7A 1FKPA 4XIUA 3V1OA 5KGWA 2F8SA 2D0BA 4KFBA 1LV5A 3B6PA 4CJKA 2PZSA 4CERA 4CJWA 1J54A 1KTQA 3B6OA 4G1QA 3ZSQA 1Z25A 3U6FA 2HB5A 3PX4A 1QSSA 1HRHA 1C0TA 4E7KA 3MXMA 3ZT0A 3K5LA 4M3YA 3O3HA 3DLBA 5J2NA 3NHGA 2FBYA 5CYQA 2G8VA 4DTRA 4DSJA 1IG9A 3SQ0A 1HNIA 2QK9A 2IOCA 1DTTA 2YHBA 1FKOA 1JLGA 4J2BA 3C95A 4HHTA 1DLOA 3QEPA 3LPUA 4W5QA 1EETA 2OPRA 4CHPA 3BGRA 3RTVA 4FJ5A 3SYZA 4DTOA 2X6NA 4OGCA 1QE1A 4DSIA 4I9LA 1F21A 5JS2A 4B8AB 3EZ5A 2R7YA 1IKXA 4JLHA 3LP1A 1J53A 4IG0A 4FJNA 4CEEA 4CGGA 4R5PA 4KRFA 4Q5VA 3OYGA 1SUQA 3AO4A 3KLGA 4CGIA 4CIGA 3AA2A 1TKTA 3LP2A 3OYHA 4DFJA 4B9MA 3VQCA 1T05A 2HHUA 3HM9A 1HJRA 4KV8A 4K8ZA 5HP1A 4DU1A 4HCBA 3SUNA 3NGIA 2JLEA 3OJUA 3RR7A 3EY1A 4B3OA 4DTNA 2O4IA 1K6YA 1VSDA 3OYIA 3DMJA 3BDPA 3NGYA 1RDAA 1L3TA 2O4GA 4FXDA 3CYMA 4HVJA 3O3FA 4KI6A 2F96A 3DLHA 2P51A 4CJVA 4DMNA 1D8YA 4FJHA 2GUIA 3MAQA 3S3OA 4FJJA 2Q3SA 3AO3A 3ZT4A 4ELUA 1L5UA 4OKJA 1UA0A 3F9KA 1ASVA 3QESA 4KTWA 2E6MA 5HLFA 4O5BA 4CGDA 1TL3A 2Z1JA 3ZSWA 4FJLA 3KLIA 4B08A 1DTQA 3NH1A 3T3FA 1HYVA 2PYJA 2HHSA 3KTQA 4DLGA 3LAKA 3PY8A 1TK5A 4BACA 4M3XA 3SPZA 1QHTA 3IS9A 1RT4A 4H8KA 1XI1A 1QQCA 5HRSA 3VQ8A 4ELVA 3TAQA 1ITGA 1S6QA 4FLYA 3WNFA 3IRXA 4OGEA 2Y1JA 1TV6A 2VWJA 1CXQA 4FYDA 3ZSVA 3V1RA 3TANA 4KTZA 3MEEA 4CK3A 3AVNA 4BE0A 1JLAA 4JS4A 3QO9A 1D9FA 3NH0A 5FRMA 1JXBA 3L8BA 2IGIA 3VA0A 4KB0A 4NCBA 4DU3A 3QEWA 4FJKA 2QKBA 4KHSA 5JS1A 3HVTA 4DFPA 5J2MA 1A5WA 4AHVA 3OY9A 2RF2A 4F2SA 4CIFA 1KSPA 3CQ8A 1VSEA 2W42A 4CJ3A 2OZSA 4RW6A 4BDZA 2OPQA 4HCCA 3P5JA 3LDSA 3V9ZA 1BL3A 1WLJA 2E4LA 1JLQA 4AHTA 4FJ9A 1BCMA 2DTUA 4DLEA 4MFBA 1EXQA 2G8KA 2KFZA 4B9TA 1Q9YA 1U4BA 3QEIA 2P1JA 2Z1GA 2YNIA 3DLGA 4F3OA 4CHOA 3SNNA 3ZSZA 3KK1A 4CJ5A 1YT3A 1KFDA 2G8UA 4QCLA 4NCAA 3OYDA 2FBVA 1TKXA 3M8PA 3K58A 2IS3A 4W5OA 4CJUA 4J2EA 4BDPA 4OKKA 2XY8A 3NE6A 3VQAA 4FJGA 3AVHA 5HROA 4DQQA 4NYFA 1S1VA 3JSMA 3SI6A 1WSEA 4J2DA 2B5JA 3I8DA 3L2VA 3OYNA 1N5YA 1VK0A 2HW3A 4DTSA 1RDDA 2FBXA 2NUBA 3DLRA 4JS5A 4YNQA 1NKBA 1J5OA 4ID1A 4DTMA 3QIPA 4FZXC 4B9NA 1MU2A 3VQPA 1KVBA 1RT5A 4IFYA 3HJFA 2YNGA 1WAJA 1BQMA 4CHZA 4CGFA 4Z4IA 3MEDA 1Z26A 3F73A 3HXMA 1VSHA 1S1XA 2DFHA 1U47A 4RW9A 5CZ2A 1I39A 1WSFA 1L3VA 3TWHA 1BHLA 2DFEA 4CFAA 3VQ6A 4CFDA 4CGHA 3L3VA 2IC3A 3OS1A 4F3TA 4CJLA 4DF4A 1ZBLA 1RT3A 2EHGA 1B9DA 3OYFA 1N6QA 2HHVA 3OJSA 4CK1A 4PA1A 5KRTA 3ULDA 1JKHA 2ITGA 4DTJA 3NBPA 5HRNA 3LWMA 2LSNA 1QTMA 4FVMA 1JLCA 3VQ5A 4FW2A 3E01A 4HUFA 1NJWA 4FJ7A 1XHZA 4B8CA 4E1NA 1SL0A 2HHWA 4FM1A 3SCXA 1X9SA 4E0DA 1UOCA 1XHXA 3AVCA 3RRHA 1UWBA 4FJXA 3KD5E 3DLKA 3K5MA 4M42A 4Y1DA 2OA8A 1FK9A 3M8SA 1T03A 2FBTA 3A2FA 3OYLA 3HYFA 3SV3A 1BQNA 1WSGA 3SUOA 4DFKA 4RW8A 4N5SA 3AVBA 1G15A 4KHYA 2WONA 3T19A 4ZHRA 3S3NA 4KTQA 4Z4FA 4CFBA 1BCOA 5KTQA 2Z1HA 3HK2A 2P5OA 1HPZA 4LH4A 4OJRA 1VSJA 4YFUA 3TAGA 4RW4A 4CHNA 4K8XA 1BISA 4ELTA 3HP6A 4N76A 3OYBA 4WE1A 1NK5A 1IO2A 3VQ4A 3SUPA 4KO0A 3ISNC 4N47A 3C94A 4RW7A 5HRRA 4CHYA 4F2RA 4Q0BA 4CEZA 4PQUA 3NF7A 2RKIA 3SQ2A 2D0AA 3LAMA 1L3SA 4DG1A 4PY5A 1A5VA 1LAWA 1Q9XA 1QSYA 1LAVA 4DQRA 4DTXA 3QEVA 3OYAA 1RT6A 4CEQA 1TAQA 3OYKA 2BE2A 1S1TA 3RWUA 3V6DA 4DTUA 3HPHA 2XRIA 1IKYA 1REVA 3T1AA 2OPPA 1RT7A 3TR8A 4B9LA 4O55A 3U3YA 2DFFA 1LWFA 1GOCA 4DSEA 3DLEA 3OYEA 2G8HA 1LWEA 4IG3A 1RTDA 3S9HA 3AO5A 4N56A 3KLEA 1ZBFA 3WNGA 3QNOA 3SUQA 1JL1A 4FLUA 4KB1A 1Y97A 4I7FA 2HHXA 4IKFA 5DK5A 2D5RA 2G8WA 2F8TA 3ASMA 3AA5X 3SZ2A 3DI6A 1LWCA 3QEXA 3K5OA 3RMDA 4C8LA 4F4KA 3PO5A 1YTAA 4O0IA 3LWLA 5HRPA 4DWIA 1ZBIA 3ZCMA 2FC0A 5FRNA 3AV9A 2X78A 1EP4A 3RR8A 1JLEA 2ETJA 1SKSA 4M3TA 4KI4A 3KLHA 4DSFA 3ZSRA 3QIOA 3QERA 4AHRA 4CEOA 4DS5A 3KLFA 2A1RA 4FLTA 4CCHA 1C0UA 4FLZA 4DSLA 3I0RA 3O4QA 3TAPA 3HT3A 1NK0A 3RMCA 1XWLA 2YKNA 5DMRA 1S1UA 3LANA 3CFPA 2B6AA 1RCHA 3TABA 4KAZA 4Z0UA 4Y1CA 3V9UA 3L2QA 1ZYQA 1IH7A 1ZBUA 4OPJA 2KW4A 4OKEA 5E41A 4KHUA 4ID5A 3JYTA 1T7PA 3WNHA 4PWDA 3HO1A 2KFNA 1TL1A 4EZ9A 3AVGA 3H08A 1SL1A 2B4JA 1QS4A 3P1GA 3ZT3A 4DU4A 4CJPA 4MQ3A 4W5RA 1NK6A 2PY5A 4CJTA 3ZSYA 1VRUA 3S3MA 4FLXA 4BWMA 3VN5A 3IG1A 4FLVA 1KVAA 1RBVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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4CFCA 4O8UA 4X5MA 4B9SA 1EWRA 3EEQA 1K8KA 4KPYA 3K57A 3PO4A 2YCHA 4C8KA 4FO0A 4XH5A 3UKRA 4O5FA 1B92A 5KPZA 2PFTA 2NZTA 2QWPA 1IKWA 1MA9B 4NLCA 4M3RA 3K5NA 1R59O 4Z4GA 4H4OA 1XL3C 5AQSA 3ENOA 4BQLA 4O44A 1RTIA 5LJVA 1BO5O 1IG8A 4LF6K 1C1BA 3QINA 1JLBA 4HUGA 5AQJA 2VG7A 3QBXA 2YHYA 3ENBA 3UO3A 1KFSA 3M8QA 4O4GA 5F2RA 3FZFA 1O13A 2G8IA 3CCJN 4HWIA 2AJQA 2PFUA 5J1EA 2IVNA 3U3GA 1RBUA 4H4MA 3D45A 3MECA 4N41A 4X5NA 4JV5K 3TAMA 3OYCA 2P9SA 1OH8A 3SVIA 3M5RA 4OLBA 4JI3K 3V1OA 5KGWA 1LV5A 3B6PA 3TTCA 3ZSQA 2HB5A 3MXMA 3NHGA 5HL7L 1WBDA 2G8VA 4DTRA 1VAZA 5AQFA 1IG9A 4DSJA 1HNIA 5BPLA 4J8FA 1JLGA 3U4LA 3PIPL 3LPUA 1IJJA 1FZ8E 2HF4A 3RTVA 3THWB 4DTOA 4B8AB 2HF3A 1T05A 4KH4A 2HHUA 2UXCK 3NGIA 3OJUA 3RR7A 3RVCA 2FF6A 3IUCA 5BREA 3ZETB 4DMNA 3O80A 2GUIA 5C15A 4FJJA 3KZBA 1UA0A 4KTWA 1WBBA 5HLFA 3H6EA 1TL3A 5EX5A 2HHSA 4CBUA 1HYVA 3CJBA 1XQSC 1X3MA 3LAKA 1XNRK 4M3XA 3VPZA 3D2FA 4IEEA 5HRSA 1EQYA 1ITGA 1S6QA 3PSIA 3WNFA 4OGEA 2VWJA 5C12A 2E8AA 3UKUA 5JICA 4B1YB 1JLAA 4JS4A 3G25A 1RDWX 4NCBA 2IGIA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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