3SQ1A

Rb69 dna polymerase ternary complex with dupcpp opposite da
Total Genus 324
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
324
sequence length
901
structure length
901
Chain Sequence
b'MKEFYLTVEQIGDSIFERYIDSNGRERTREVEYKPSLFAHCPESQATKYFDIYGKPCTRKLFANMRDASQWIKRMEDIGLEALGMDDFKLAYLSDTYNYEIKYDHTKIRVANFDIEVTSPDGFPEPSQAKHPIDAITHYDSIDDRFYVFDLLNSPYGNVEEWSIEIAAKLQEQGGDEVPSEIIDKIIYMPFDNEKELLMEYLNFWQQKTPVILTGWNVESFAIPYVYNRIKNIFGESTAKRLSPHRKTRVKVIENMYGSREIITLFGISVLDYIDLYKKFSFTNQPSYSLDYISEFELNVGKLKYDGPISKLRESNHQRYISYNIIAVYRVLQIDAKRQFINLSLDMGYYAKIQIQSVFSPIKTWDAIIFNSLKEQNKVIPQGRSHPVQPYPGAFVKEPIPNRYKYVMSFDLTSLYPSIIRQVNISPETIAGTFKVAPLHDYINAVAERPSDVYSCSPNGMMYYKDRDGVVPTEITKVFNQRKEHKGYMLAAQRNGEIIKEALHNPNLSVDEPLDVDYRFDFSDEIKEKIKKLSAKSLNEMLFRAQRTEVAGMTAQINRKLLINSLYGALGNVWFRYYDLRNATAITTFGQMALQWIERKVNEYLNEVCGTEGEAFVLYGDTDSIYVSADKIIDKVGESKFRDTNHWVDFLDKFARERMEPAIDRGFREMCEYMNNKQHLMFMDREAIAGPPLGSKGIGGFWTGKKRYALNVWDMEGTRYAEPKLKIMGLETQKSSTPKAVQKALKECIRRMLQEGEESLQEYFKEFEKEFRQLNYISIASVSSANNIAKYDVGGFPGPKCPFHIRGILTYNRAIKGNIDAPQVVEGEKVYVLPLREGNPFGDKCIAWPSGTEITDLIKDDVLHWMDYTVLLEKTFIKPLEGFTSAAKLDYEKKASLFDMF'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords DNA polymerase
publication title Structural Insights into Complete Metal Ion Coordination from Ternary Complexes of B Family RB69 DNA Polymerase.
pubmed doi rcsb
source organism Enterobacteria phage rb69
molecule tags Transferase/dna
total genus 324
structure length 901
sequence length 901
ec nomenclature ec 2.7.7.7: DNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00136 DNA_pol_B DNA polymerase family B
A PF03104 DNA_pol_B_exo1 DNA polymerase family B, exonuclease domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.300 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 3sq1A05
3.30.342.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich DNA Polymerase; Chain A, domain 1 DNA Polymerase, chain B, domain 1 3sq1A01
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 3sq1A02
3.40.1820.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich Ribonuclease H-like motif DnaQ-like 3'-5' exonuclease 3sq1A06
3.90.1600.20 Alpha Beta Alpha-Beta Complex Palm domain of DNA polymerase Palm domain of DNA polymerase 3sq1A03
4DFMA 3CFOA 4ICLA 3V9ZA 3S3NA 1ZYQA 3NF8A 2RKIA 4I2QA 1HNIA 4M3YA 1IKXA 2IAJA 3ASMA 3VA0A 4CF2A 4CHZA 4W5OA 3HVRA 3SI6A 3OYBA 1JXBA 4I7FA 3AV9A 3WNGA 3SQ2A 4FJKA 3LANA 1NOYA 4MFBA 1VSJA 4M41A 4J2EA 3AO5A 4CEDA 4WE1A 4NYNA 1HJRA 4CFBA 2DY4A 4KV8A 3V9XA 1BL3A 2YHAA 3OYDA 3S3MA 1D9FA 4KB1A 3ZCMA 4BDZA 3SV4A 4FZZA 4B9LA 3QNOA 3ZSXA 4CGFA 4Z4HA 1BGXT 2GV9A 1DTQA 3PX0A 4FZXC 4I9QA 4F4KA 3ZSWA 4KAZA 4DMNA 1VSFA 3WNEA 3KKSA 3NDKA 3C6UA 4CHYA 3O4NA 1S6QA 2EHGA 4CEOA 4ID1A 4FLUA 4RW8A 3HP6A 5E41A 4M45A 4M3XA 4NCBA 4ELUA 3DRRA 4F8RA 4FVMA 4KTWA 2XY7A 2OZMA 4FW2A 3OJSA 1A5XA 3DYAA 3MEDA 3QEWA 4FW1A 4RW6A 4I9LA 4CJFA 2I5JA 1LAWA 3O3HA 3KK2A 4B8CA 2ATQA 3HYFA 3OYJA 4C8OA 3P83D 4E1MA 2XY5A 2D0CA 3QEIA 5HLFA 5CY4A 3VQ7A 4AHSA 3HPOA 3I0RA 4IFYA 3B6PA 3NGZA 3OJUA 5KRTA 4LY7A 2OYQA 3TAQA 2DFEA 4CGGA 3ZSYA 3OYMA 2W42A 3VQ5A 2O4IA 4OPJA 4E3SA 4DTNA 4NYFA 4DS5A 2VWJA 3SUNA 5C42A 4CGIA 4PY5A 1VSMA 3ALYA 4K8XA 3AO3A 4DQIA 1BCOA 1UAXA 1YVUA 3TAGA 3OYGA 1C0TA 1YTUA 2X6NA 4KHNA 1A5VA 3U3YA 3VQ9A 2G8VA 3VQCA 1S6PA 2PYJA 4IBNA 3VQBA 4FJLA 1VSEA 1W9HA 3LP2A 4CEBA 3DLRA 3ISNC 4AH9A 2Z1HA 1WN7A 4HHTA 4B8AB 4DFJA 4B9NA 4W5QA 2ITGA 1QE1A 4Z4FA 4CIGA 2HNYA 4E7JA 4N47A 2HMIA 3P1GA 1X1PA 3SCXA 1B92A 1KVBA 4O0IA 3T19A 3V1QA 4DQSA 1LV5A 1TVRA 4DTUA 4KI4A 3IAYA 2FBVA 3PUFA 4E89A 4HVJA 1NKCA 3WNFA 1NK0A 1KVAA 2ETJA 3VQ4A 2QK9A 1TAUA 4FM0A 3HO1A 1LWCA 3E01A 3HJFA 5CZ2A 1RTJA 3H08A 1RT4A 3K58A 4FJXA 1LW0A 5C25A 1QSLA 2KTQA 4DG1A 2YHBA 4AILC 1S9GA 4HUEA 1KRPA 1C0UA 3MXIA 4EZ6A 1RTIA 1RDAA 3L2WA 4DSFA 4PA1A 2IOCA 3PO5A 3NH0A 4E7HA 3AVCA 1D8YA 3C6TA 1T7PA 1TK8A 3NHGA 3RMDA 4IG0A 1CLQA 2D0BA 1RT7A 3ZT4A 1WSIA 2KW4A 4J2DA 1GOBA 4CK1A 3VA3A 2ZQBA 1BIZA 3BDPA 3KD1E 4DU4A 3LP0A 1RTDA 3ITHA 3OYAA 2P5OA 3RWUA 3LWLA 3JSMA 4DLGA 3M8QA 4FM1A 3TAMA 2P5GA 2BGGA 1WSFA 3QESA 3QO9A 4KTZA 2PZSA 4J2AA 3AVNA 4E7LA 4M3TA 1BI4A 4CF9A 4BDPA 4TSXA 3O3FA 3DLKA 3RMAA 3AO4A 4XIUA 1BISA 1K6YA 4ZTJA 2YNFA 2HHXA 4CERA 3NF7A 4IFVA 2RF2A 4CIEA 1JLQA 1JLCA 1TV6A 2GBZA 4CFAA 3RR8A 1NK8A 1DTTA 1IG9A 4CESA 3NH1A 1TKDA 3SQ4A 1YT3A 2WONA 1FK9A 4E7IA 2FBXA 1UA0A 4BE2A 4GW6A 3KLFA 2DFFA 2RN2A 1VSDA 2F96A 3IRXA 4OKKA 3OYCA 3G10A 3ZT0A 1QQCA 4HUGA 1B9DA 4FLZA 2JLEA 2NUBA 2RPIA 1ASWA 4H4MA 1RT6A 1BCMA 3MEEA 1EX4A 1ZBIA 1L3SA 2G8KA 4KRFA 1Z25A 4PWDA 4CJTA 1RT1A 5HRRA 1HMVA 3SPYA 2AJQA 1FXXA 1SKRA 3K59A 1IO2A 4IG3A 1RBUA 3ZSRA 4CJUA 2YNIA 1VRUA 3MEGA 5KI6A 3RRHA 4QOZB 3DLBA 2JGUA 4HCBA 4RG8A 3AVBA 3AVAA 4CHNA 3OYNA 1S1VA 5T7BA 1XHZA 1TKZA 2YNHA 2QKKA 4O55A 2KFZA 2HHSA 4CE9A 4JS5A 5KGXA 4BACA 4FJ9A 3QERA 4KPYA 2DFHA 3T1AA 3DRSA 1RDCA 3DOKA 3KTQA 3NCIA 4B9VA 5J2QA 1ASUA 3V81A 3SJJA 3K5LA 4DLEA 1TL1A 4OLBA 4ZTFA 3AVFA 3PO4A 2G8WA 2G8UA 4C8KA 3QIOA 4DSIA 1REVA 1NJYA 1KSPA 2IGIA 4NCGA 4OKEA 4LH4A 3AVKA 4KTQA 3PY8A 3HVTA 3QEVA 3CM6A 3NF9A 4I2PA 3PX4A 1NKEA 1J5OA 3RMBA 1HYSA 1T05A 2OPRA 4Z4EA 3QETA 4CGJA 3O3GA 4B9UA 4FJMA 3ZSQA 4J2BA 4DU3A 2XY6A 1WNSA 3K5NA 1L3TA 4FK2A 1IKYA 3LP3A 1UWBA 5JS1A 3QNNA 4AHRA 4FJ5A 1S1WA 3KD5E 2X78A 1XC9A 4QCLA 2FBYA 1LW2A 1BI4B 1WSGA 2YKNA 4DQRA 3SQ1A 2ZD1A 3AA5X 1X9SA 1C0MA 4B9SA 4L8RB 3HK2A 3D0PA 1TKXA 3L3VA 3OYIA 3I8DA 2HHWA 5FRMA 1VRTA 4EP4A 1T03A 4O5BA 3LWMA 4DSEA 4DSJA 2Y1IA 4FJGA 1ASVA 4CJRA 4Z4GA 2P51A 3VQ8A 2A1SA 3DI6A 1JL2A 3PV8A 3VQEA 2HHTA 3TAFA 1U48A 1U45A 4CJWA 4M3WA 4FJ8A 2A1RA 3SNNA 1U4BA 4W5NA 3DM2A 3HM9A 4DTRA 4Z0UA 3ZT2A 1RDBA 3DLGA 3CQ8A 1WSHA 1Z26A 3VN5A 4CJVA 1BHLA 5DK5A 3K5MA 4DF8A 4DQQA 2OPPA 1S1UA 1TAQA 5FDLA 3MAQA 4JRPA 4W5TA 5SZTA 2GUIA 1VSIA 1NJWA 4B9MA 4W5RA 1SKWA 1TKTA 5KGWA 2Z1JA 3KLGA 4FLTA 1MU2A 4CEQA 2EX3A 5EU7A 3DLEA 4K8ZA 3V1OA 1B9FA 2G8FA 3DLHA 5HROA 2KZZA 1KFSA 4UQGA 5KRSA 3L2UA 1R0AA 4PQUA 1HYVA 2ZE2A 4CGHA 3ZSZA 4AHCA 2PYLA 2E6LA 1KVCA 2IC3A 3VQDA 3V9WA 1JKHA 3HXMA 1Q9YA 2OZSA 3F9KA 4E7KA 5I42A 1NK4A 3OY9A 2VG7A 4O4GA 1NK7A 4CJLA 4C8MA 1RT5A 1QHTA 2QXFA 3OS2A 4HUFA 4CFCA 2DTUA 1RBSA 1VK0A 2KQ2A 4DTJA 4OGCA 1GOAA 1VSLA 3TABA 1RT2A 4RW9A 4CF8A 2HHVA 1C1BA 1I3AA 2XHBA 3AVIA 4BWJA 3NF6A 3DOLA 1HNVA 1ZBLA 4M3ZA 4CGDA 1CXQA 1RBRA 1LWEA 1RBVA 1S9EA 3QINA 3V1RA 1C1CA 4ZHRA 3LZIA 1JLGA 3K2PA 4CJPA 1IKVA 1FKOA 2IS3A 1HQUA 4CJ3A 1KTQA 4FZYA 3L8BA 1YTAA 3AO1A 5C24A 2BDPA 3RTVA 4KHYA 3OYHA 1CZBA 4FLVA 1BQMA 1DLOA 1HRHA 3K57A 1NK5A 1Q8IA 1U04A 5HBMA 2XO7A 2YNGA 3WNHA 1O1WA 3SZ2A 1S1XA 4LD0A 3OYLA 3NE6A 3JYTA 3KK1A 4FLWA 4MQ3A 3HSTB 4CEAA 2XY8A 3FFIA 2Y1JA 3IG1A 4LH5A 2E6MA 3L2RA 4KB0A 2KFNA 1W0HA 4FJJA 3F73A 4DS4A 3V4IA 3S3OA 2G8HA 4AHUA 3KLHA 3ZT1A 3EYZA 2B6AA 3CFRA 4FLYA 1Q9XA 3EY1A 4F3OA 1F21A 1RT3A 3SPZA 3SUPA 3AVGA 4GVMA 1QSSA 4BDYA 4CF0A 1NJZA 3NGYA 4DSLA 4YNQA 1NK9A 4PUOA 2HVIA 1JLAA 2Z1IA 1ZBHA 4R5PA 2HB5A 4QAGA 5J2MA 2VG6A 4N5SA 4OGEA 3DRPA 4CHOA 4Y1CA 3LP1A 3TARA 1NK6A 4EP5A 4FYDA 3A2FA 5JS2A 1NKBA 3C94A 1HQEA 1D5AA 3LAMA 3TAEA 2WOMA 2YKMA 3VQQA 4CEZA 4BE1A 4F2SA 3NFAA 3QEPA 1WSJA 3AA3A 3LPTA 4E19A 1C6VA 1XI1A 2P1JA 4GMJB 1HYZA 4RW7A 3CG7A 4IDKA 5J1EA 3NBPA 1UOCA 3L2VA 1WLJA 1JXEA 3TI0A 1G15A 4CJQA 3QLHA 1VSHA 4FJHA 3U3GA 2HNZA 1I39A 3IS9A 1VSKA 1WSEA 2VG5A 3ZSVA 3U6FA 3PX6A 1N6QA 4KHUA 3B6OA 5DMRA 3QEXA 3M8PA 2F8SA 1TL3A 1JLEA 3O4QA 2HVHA 2IDOA 3VQPA 1WAFA 1KCFA 3QIPA 4OJRA 5HRSA 4DSKA 4CJ5A 4Z4IA 4CFDA 1QS4A 4KI6A 3HPGA 3LPUA 4DFKA 3LDSA 1SL2A 3UIQA 1NOZA 2D5RA 5K14A 4C8LA 5CYQA 4RW4A 4FK0A 1EP4A 1XWLA 3D45A 2LSNA 4H4OA 5CYMA 1JLBA 3DMJA 2FBTA 1XHXA 4OLAA 4YFUA 3S9HA 4KREA 3M8SA 4KHQA 3KIOA 4FCYA 3ULDA 3KK3A 2PY5A 1KFDA 4N56A 4ELVA 3L2QA 3OS0A 1L5UA 3LALA 3KLEA 5D3GA 2FC0A 3CFPA 3KKRA 4DTOA 4LSNA 3HL8A 4CJEA 1BIUA 3T3FA 3I0SA 3VQAA 4DQPA 3OS1A 3TWHA 4ELTA 3V9UA 3ZT3A 5HRNA 3OYFA 5J2NA 3AVHA 1U49A 2Z1GA 3TANA 3K5OA 1JL1A 4B08A 4FXDA 4OKJA 2X6SA 3NGIA 4CK3A 4F2RA 2HW3A 4AHVA 4O44A 4B3OA 1CZ9A 3AO2A 2VWKA 1KLMA 3P5JA 1S5JA 5FROA 4FJIA 4KHWA 4CIFA 4Y1DA 3CYMA 2HNDA 1QSYA 4E0DA 2G8IA 3AVLA 1RILA 1JLFA 1RTHA 4AHTA 4CHQA 4Q0BA 4CK2A 2BANA 1KLNA 2OPQA 4O0JA 1RBTA 4CF1A 4HTUA 2D0AA 4BWMA 1ZBFA 4CCHA 3HPHA 5HRPA 2QKBA 1BQNA 4DTPA 3NH2A 3M8RA 5I3UA 3EZ5A 5FRNA 3AVMA 3HP9A 4M42A 2XRIA 4ID5A 4FM2A 4Z4CA 3THVA 1L3VA 3SUQA 4DFPA 3SQ0A 1N5YA 3RR7A 1NJXA 4N41A 4JLHA 3TAPA 1X9MA 1SUQA 4CJKA 4CJ4A 3VQ6A 3CM5A 4G1QA 3LZJA 2B5JA 5J2PA 1D9DA 1LAVA 2E4LA 4Q5VA 3G0ZA 3NAEA 5CZ1A 1IH7A 4JRQA 1EETA 2HHQA 1EXQA 3SUOA 4FJ7A 3OYKA 1CXUA 3TR8A 4DTSA 4F3TA 3MXMA 1ZBUA 4FLXA 3AA4A 4KKOA 3MECA 3BGRA 4H8KA 1RCHA 4CJSA 4IKFA 2Q3SA 1TK0A 4KFBA 1U47A 1X9WA 2BE2A 4KO0A 3AA2A 1FKPA 4OVLA 1SL1A 3LAKA 1TK5A 4HCCA 1A5WA 1ITGA 4FK4A 4CHPA 2X74A 4KHSA 4CECA 3HT3A 4JS4A 1SV5A 3V9SA 4DTMA 1EKEA 3AVJA 1J53A 3KLIA 2HHUA 3L3UA 2O4GA 1RNHA 3ZSOA 3KJVA 1T8EA 1WAJA 1C1AA 4NCAA 1S1TA 4E1NA 2R7YA 4DF4A 1RDDA 1J9AA 1HPZA 4M3UA 4CEFA 4EZ9A 2KZMA 4BE0A 5HP1A 4N76A 1LWFA 3OYEA 2OA8A 1J54A 2YV0X 3SV3A 1Y97A 1UA1A 4C8NA 3SYZA 4B9TA 3OVNA 4LSLA 4DU1A 4FJNA 4CEEA 4DWIA 5SWMA 3RRGA 1SL0A 3V6DA 1SKSA 1L3UA 4OPKA 1QTMA 3RMCA 5KTQA 1IKWA 1TGOA 3C95A 4M3RA 2B4JA 1GOCA 4DTXA 3MXJA 2OPSA 2F8TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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