3SY5A

Crystal structure of the mutant s127a of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor 6azaump
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
220
structure length
220
Chain Sequence
DVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMAHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus str. delta h
publication title Crystal structure of the mutant S127A of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with the inhibitor 6azaUMP
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 83
structure length 220
sequence length 220
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-07-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3sy5A00
1ZCOA 1IIGA 5LNUA 3HPZA 3EX2A 5CZ0A 2A6LA 4R53A 3QMTA 3NL3A 3NGJA 1TRIA 4ZZ9A 3Q2DA 2Z1BA 2YYTA 2Z6IA 1K7XA 3M5YA 4Y8FA 2EGZA 3NG3A 5HWJA 4OT7A 1QCWA 4QITA 3H55A 3TJXA 1J5TA 3NPWA 1YYAA 2JBMA 3KX6A 2ZA1A 3NA8A 5E93A 2YR1A 3D0CA 4M19A 1VYSX 1XBYA 1OFDA 3GB6A 4LVDA 3LRLA 1QDSA 3T7VA 3NL2A 1LRTA 2ZDRA 2XN0A 3O8AA 1NAL1 4UTWC 3V1PA 3E96A 5G1YA 2DORA 1ME9A 3E9AA 3OVRA 1XI3A 1KM5A 1UASA 1OK4A 2B4GA 3QPZA 2V30A 1E51A 2X1RA 1TTJA 2A85A 2G96A 2GQ8A 3GIYA 1P1XA 1PIIA 2HTMA 6ALDA 4WY0F 4AWSA 1H7WA 2TYSA 3UWWA 1DOSA 4M7TA 2E6DA 5HINA 3G1AA 2RFGA 3TIMA 3M5ZA 4A21A 3W2LA 5HWNA 2J9YA 3A5VA 1YXYA 3L5LA 3GXPA 3KXQA 3WJSA 3P82A 3RFAA 3QQ0A 4BI6A 3GXNA 4HKPA 1HTIA 1EX5A 3W7PA 5G4EA 3B0PA 3JRKA 4LTSA 4RV8A 4ADUA 3W1MA 1IXQA 4MYXA 1AMKA 4K38A 3QFEA 3GK0A 1HG3A 3UXDA 4IXXA 5T26A 2Z0IA 2AGKA 3LHZA 3THQA 2Y70A 3SSJA 1Z41A 3ATYA 3EWXA 3GKAA 2B7NA 4WJEA 5FEXA 4N2YA 3W1XA 1A5SA 1Z44A 4QQ3A 1RZMA 3NYZA 3GVGA 5D04C 5EPDA 4BWLC 5AYYA 3LCLA 4PA8A 2DZTA 3NQ2A 3IIXA 1JUKA 4DO5A 1O5XA 3T78A 2YXGA 4PL2A 4AHPA 3NO5A 1OK6A 2FJKA 1W8SA 3T40A 1VH7A 4K37A 4P61A 4NNAA 3LXCA 3W74A 5HULA 1G4PA 3S5OA 3TUUA 1KBIA 3EKLA 3BW4A 2TMDA 2X1TA 2YCEA 1VQTA 5I3FA 5U7SA 1M6JA 4LNYA 1ML1A 1I2NA 4M6VA 5CPOA 3UWVA 3W7GA 4E0CA 3PB2A 3T44A 4B5NA 1F7BA 3STFA 1JUEA 1CX9A 5AC7A 2QDHA 4JX4A 1G67A 3SECA 3CT7A 3THAA 2GVGA 5DCBA 4NQ1A 2BWGA 3BVJA 4UNKA 1ICPA 3KOFA 3GLCA 3N9RA 3ZWTA 2EAWA 3PC0A 5D05A 3TU9A 2E5CA 5D2XA 1SW0A 1TTIA 3PVFA 4GE8A 4A2RA 2C1HA 3SJ3A 2DZPA 5DY3A 3BARA 2RH9A 3MYOA 4ZQMA 4UTIA 3L21A 3BG3A 4XBSA 3M5VA 3E0IA 4JDYA 3LCXA 2E5BA 1WX0A 2DZVA 2QAFA 2XFWA 3WK2A 4H3DA 4X22A 2G5WA 2ZZ1A 3HQ1A 3P67A 3TMQA 5BMXA 3GDRA 3TSMA 3LHUA 3BW2A 3LLDA 4IXHA 2DZSA 4EF8A 3GDLA 3G0UA 5DY2A 3WK3A 1NF7A 1H7NA 1BKSA 2QR6A 2WQPA 4CQ9A 2ZZ5A 5H2ZA 3DFQA 4MLRA 3G3DA 2QDGA 5L6UA 3HJZA 4N9EA 1LROA 2ZA3A 3C3NA 3OIXA 1SZNA 5EBUA 2E6AA 1YDVA 8TIMA 5I3GA 3RLVA 2VEMA 4IMFA 2W0UA 4AWUA 2ZYFA 1DHPA 4Q4KA 3BV4A 2VOMA 5D02A 3SW6A 3IVUA 5K4XA 4JTJA 3L5MA 4AWTA 4UTLA 2V81A 1JCLA 1DQXA 3IEBA 4XKYA 1B4KA 4LS0A 3TR2A 3KHJA 5DELA 3G0XA 4EWND 3BW3A 3TJLA 1UB3A 3C0JA 2VC6A 2ZCGA 3G1HA 3OVQA 2Y61A 4I7VA 3F03K 1OVDA 3NPVA 2QCDB 4JN6A 5SWUA 3L68A 1ZY9A 1TPUA 4O18A 3DI0A 4UMAA 3NM1A 3GNNA 3W9ZA 5EA9A 3VCRA 1KM1A 1SUXA 2QCMA 2FB2A 3FKRA 3W72A 2FPYA 1H7OA 3FEMA 3UWYA 2WOQA 3DAQA 4JR5A 4UTUA 3MP5A 3AO0A 3U6WA 4ZQPA 3G8RA 3PG8A 2OZ0A 3EXSA 3TSBA 3NQ8A 1SO4A 4MUZA 4X9SA 4LS2A 4K36A 2H90A 2A7PA 1RPXA 4O52A 3C2RA 3W7NA 1T96A 1H63A 2FDSA 3TMLA 5BNKA 4FNPA 5C5YA 1LOSA 3MI3A 3PBVA 4GRSA 5EL1A 2J9ZA 1QAPA 3NVTA 3NZRA 1GG0A 1SW3A 3HG5A 5FI8A 3UWZA 2JKAA 3W2MA 3G1YA 4R33A 4DQWA 2OJPA 4H6KA 1GTHA 3MMTA 4S1FA 6TIMA 3M9YA 2GJNA 4A3UA 4LVGA 1MEHA 4O8RA 1X8FA 1SO6A 1I45A 2J6XA 1JR1A 1ALDA 5DXXA 2VEKA 2J9XA 3HPSA 4TX9A 3NM3A 5IBXA 2A2IA 2QEZA 3N9SA 3NQMA 1RQHA 3KRSA 1N7KA 3MI6A 4LW7A 4BI7A 4JTEA 1TV7A 4LVFA 1JRCA 2C15A 1FWNA 3S0CA 1KTBA 4YWIA 3P61A 5HMSA 2DU2A 4JGDA 1TV5A 3OHIA 1EPXA 4GBUA 3W7OA 4GC4A 4W9TA 4JTFA 3G22A 1KFLA 5DBUA 4FNSA 2O7SA 1YXCA 1KFEA 1PL9A 3T55A 1B4EA 1T0OA 1TQJA 4CNPA 2QCGA 5ABTA 1GT8A 1IXPA 1YADA 5KMYA 2NUXA 1FDJA 4AMAA 1VHCA 3OVPA 3W85A 3P80A 2VFDA 3W2KA 3EEGA 4ZQOA 3NPUA 1F76A 3GDTA 3I68A 3G1XA 3KVJA 2VFEA 4UFKA 1O4UA 1HO4A 3VKJA 5D09A 4WXYA 2NLIA 1YLVA 1AG1O 1TB3A 1TRDA 4DEFA 3NQCA 4MFEA 3WK0A 4ZQNA 2GQ9A 1RVGA 1Y0EA 1JCNA 3A21A 4FIQA 1ICSA 3MI2A 4NX5A 1H50A 1P0KA 4HNNA 4OBTA 3S8HA 3CEPA 4RCXA 3RK8A 3DFOA 1I2QA 3O63A 4LV9A 2PC4A 4CLMA 1P0NA 2I1OA 3PSWA 4M7SA 3PBYA 3PUEA 4FNTA 3V75A 2J27A 4RJEA 1SR9A 1U5JA 4LWWA 4XKYB 1OX4A 2VFFA 3PY2A 3T4CA 3NQDA 4GXMA 2C19A 2RDWA 3W7CA 1D3HA 2Y7FA 3CM4A 3M41A 4WX2A 3W1PA 3BLEA 5G5IA 3DI1A 2ATSA 2OT0A 3G1DA 3QH2A 3QW4B 3HG4A 5KITA 4K7VA 4A22A 4NJIA 2BX7A 3W1LA 5LHFA 1D3GA 1PCKA 2WNNA 5E1QA 1KFKA 1FUYA 2E09A 4MIMA 3CIWA 3P8JA 4NJGA 3MHFA 1P4CA 3R2GA 2CLKA 4PCFA 5G4WA 1KTNA 2CLIA 3QEZA 3HB9A 2ZBTA 3TAOA 1H62A 5G2IA 1T99A 3FIGA 2WSRA 4MZ8A 2G95A 4DF1A 1WQ5A 3KRUA 5IBXC 1NEYA 4GNJA 3CQ0A 1Q45A 4O15A 4JYEA 3LRMA 4JY9A 3BO9A 3W2JA 1RR2A 2EF9A 3S1WA 2E1DA 3UY7A 3N2XA 4M5PA 1X1OA 2NX3A 4NU7A 3QM3A 2H3DA 2OT1A 1SZGA 4S2CA 3SGUA 5CGQA 4CCEA 1TCDA 3TFCA 4NJKA 3UWUA 1VHNA 5DXYA 4XTDA 1HO1A 1FDYA 4RX0A 3W73A 3B8DA 2DZXA 3GR8A 3FKKA 2V2DA 4UMBA 2LLEA 2C3ZA 2VFIA 4IX2A 3CPRA 4JEQA 4M6QA 1MZHA 1ZJIA 1W5OA 3TW6A 1QPOA 3W7LA 3BG5A 5LSMA 3BGJA 4GWEA 4RXGA 1FXQA 3VNDA 1YPIA 2R94A 1OFQA 2NUYA 4RR4A 3L0NA 2Y85A 3LXBA 2A0NA 5E0KA 5I3KA 1KV5A 5GVJA 4YLWA 4RXFA 3LHYA 4AHOA 3W7DA 5HR6A 1EIXA 3NQEA 5F2LA 4FX8A 4JNMA 3P74A 4O53A 1L2UA 1LORA 1PHQA 2CZFA 4Z1CA 5CPNA 5KSWA 3HGRA 4Q33A 3GYEA 1Z42A 2RDUA 3A24A 4OV4A 4FO4A 1TREA 3ABOA 4HPXA 3EWZA 5AN7A 2WO5A 2C14A 4YCPA 4N9DA 3TH6A 3QZEA 3EX1A 3TXZA 5AYXA 1EUAA 4MZ1A 2FIQA 3LTPA 1CW2A 1SW7A 2R91A 3NQGA 4E2BA 1W3NA 1I2RA 2ZZ6A 1LTDA 2CZ5A 1M7OA 1UUOA 3W83A 1LRQA 3TK7A 1NVMA 4AH7A 1BWKA 1LOLA 3LBCA 1K3UA 4D2JA 4BI5A 3R8RA 4O19A 1HL2A 4FNUA 2FQIA 1G4SA 2JGYA 1LRNA 4FEZA 4MJMA 5FF3A 4AF0A 1RQBA 3F1QA 4NT0A 5CG7A 3A23A 1SSGA 3O06A 4KFOA 4IMDA 1UBSA 1YTDA 3C8FA 2R8WA 2AQWA 3KRZA 2ZZ7A 2J88A 3SGZA 3PBUA 1HUVA 2C16A 4GUJA 3LHTA 3HGOA 4M6PA 5BW6A 5F1VA 5K4ZA 4UIOA 2E6YA 1D9EA 2W79A 2DJLA 4Y90A 1EB3A 5KZEA 2RKXA 2E68A 5CZSA 5KTLA 1LOQA 2OMAA 3HO8A 1X1ZA 1QPQA 3W7IA 4MLJA 2WNQA 4HNUA 1C9DA 4GJ1A 3QRHA 3QPYA 2I14A 1GYLA 1I8JA 3NL5A 3HOJA 4ALDA 1RQEA 4YCOA 5DBTA 1WAUA 1OX4B 1KM3A 4LV4A 4PODA 2Z2UA 1QNVA 5AB3A 2OX1A 1OFBA 2O7QA 4UC5A 1FWSA 4O16A 4U28A 3KFTA 3STGA 3LDVA 1EEPA 2H8XA 3HF3A 5DCDA 2GVLA 2RHGA 5EYWA 1ZAJA 1PV8A 1LZOA 1NF0A 4UNLA 4UFMA 1ZAHA 3QF0A 4JIQA 3JR2A 5EY5A 1K8XA 2ZA2A 3KVLA 3O15A 4CCCA 4GUFA 1L6SA 3A9IA 4IGHA 3UD6A 3O6DA 1XXXA 3IVTA 1Q3NA 4O1AA 1PS9A 3L5AA 1I2PA 3PS7A 4ADSA 3WJWA 1WV2A 1SSDA 2X30A 3UXAA 1RV8A 1KFBA 3S5NA 4FIRA 3QQ1A 3TSDA 1OX5A 2ZQ0A 3DGRA 1SU5A 3O1NA 3PR2A 1IF2A 4MJZA 4XBKA 3TC7A 3UPBA 1FCUA 1YTKA 2A7RA 1YDOA 4X2RA 5EKYA 3EKZA 3JS3A 3DXIA 2X2GA 2RDTA 3C6CA 3EX6A 1IXOA 4HNTA 5LNSA 4WOZA 4ORMA 1XDMA 3U8GA 5F2MA 1ADOA 4O1DA 5G2HA 1OFEA 4JTUA 4KWWA 2R14A 1IXNA 1TPFA 1VC4A 2ZRYA 4FX6M 4GUIA 2AAMA 3M6YA 5D2YA 3S5ZA 1VLWA 4JX6A 1XBVA 5LGZA 4UFHA 2YPIA 4IMEA 3UPWA 1SZEA 3EX3A 3N14A 4C1KA 2PCQA 1G4EA 4AEOA 1VYPX 3E49A 3UZ5A 2WSQA 1SPQA 1G7UA 3M1ZA 4LS1A 3GKFA 3LM7A 4UCGA 3MHGA 2E5DA 1JQXA 3W7MA 1V5XA 1LP6A 4ICNA 2P1FA 3B04A 3NZ1A 2ATMA 4O12A 1MO0A 3U2OA 1H1ZA 1WYIA 2E77A 4L4MA 2NX9A 2V5LA 2Y6ZA 4LC6A 1JCXA 3O6CA 3LX9A 2H8ZA 3W7HA 4UMCA 1OG0A 5AHEA 1YDNA 3IIPA 5D2WA 4PTNA 1TYGA 1W5NA 2H6RA 1KM4A 2WSYA 4O11A 1DV7A 3C56A 1O95A 4GFSA 3PSVA 3UYCA 1DL3A 3P60A 1BWLA 5C6MA 3EWWA 3ABSA 2V9DA 3B0VC 3GDKA 3MWAA 1XM3A 1I4NA 4OQVA 4BF9A 3USBA 1R30A 2ABBA 5AHNA 5DCEA 3W86A 3LOTA 5HQEA 2HMCA 1G6CA 1JVNA 5HNRA 3C2EA 3W6YA 2CLOA 3Q94A 3DFTA 3S9YA 1LYXA 2QCNA 3M5XA 2Y7DA 4Y6GA 4EIVA 4LC8A 4FF7A 1ZENA 1F5ZA 5K2ZA 4QSHA 2YGYA 5C55A 3TNOA 3WJXA 4IJBA 3NEVA 1EWDA 2CU0A 1XFBA 3LCIA 3VE7A 5TIMA 1OHLA 4JTIA 4K8HA 1VCVA 2C13A 4P2VA 3UQNA 3PBWA 3I65A 3W87A 4ZQCA 4O17A 1JQVA 3TQ0A 5D2VA 3W1RA 1M5WA 3O6YX 4AF0B 3E02A 1RD5A 2DZWA 2GQAA 3SFKA 1A53A 2B0MA 1K8YA 3HGJA 3N73A 4MY8A 3W75A 1IGSA 2ZTJA 2FFCA 2QJHA 5FEPA 1K7EA 1T8XA 7TIMA 1DJNA 4WUIA 4KKXA 4MY9A 4JICA 2QCCA 2ABAA 3P5YA 3TFXA 1GEQA 4ZQRA 1K03A 2Q3RA 1VPXA 1K8ZA 4DBDA 1X7FA 5AHMA 5F2GA 2P0OA 3IGXA 5BMWA 1R46A 1FWTA 4Z1DA 1F05A 1W5QA 4NJJA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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