3SZ8A

Crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from burkholderia pseudomallei
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
279
structure length
264
Chain Sequence
SMNVAISPGVTAGNSLPFVLFGGINVLESLDFTLDVCGEYVAVTRKLGIPFVFKASFDKANRSSIHSYRGVGLDEGLKIFAEVKARFGVPVITDVHEAEQAAPVAEIADVLQVPAFLARQTDLVVAIAKAGKPVNVKKPQFMSPTQLKHVVSKCGEVGNDRVMLCERGSSFGYDNLVVDMLGFRQMAETTGGCPVIFDVTHSLQVLDLARAGIAVGIAGLFLEAHPDPDRARCDGPSALPLHQLEGLLSQMKAIDDLVKRMPAL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Burkholderia pseudomallei
publication title Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 2
total genus 81
structure length 264
sequence length 279
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3sz8A00
1G4PA 4RXFA 2A2IA 1TQXA 3PBVA 5K9XA 2I1OA 5LHEA 1SFLA 3BO9A 3KOFA 3TX9A 4NU7A 1W5NA 5G4WA 1Q6QA 5F4SA 3SGUA 1YXDA 2E6FA 3M1ZA 3W1TA 1K02A 1O94A 2E6DA 3NQ6A 3VI2A 4O0ZA 3N9SA 4PCFA 4JIPA 1LRNA 1YYAA 5CPLA 4WQ6A 1JCJA 2CLFA 4MVAA 1KFLA 3LXCA 1OHLA 2QCMA 3I7RA 2WOQA 1EPXA 1ZALA 1OK6A 1PHWA 3E49A 3TV8A 2NX9A 3HG2A 3MHGA 2ZZ4A 3GZ3A 4JTLA 1QO5A 2B7QA 3RNDA 4X22A 3G24A 3S42A 1KTCA 5C5YA 3CWNA 3G1YA 1IXPA 2E1DA 4MLJA 4UR8A 1OK4A 1FWRA 3RMJA 3PR2A 5T26A 4JTUA 2A85A 4H3DA 3DFNA 3EXTA 3UWQA 2FLIA 3DI1A 1W1ZA 4LVAA 1OFAA 3TXVA 1VRDA 3CHVA 1GT8A 3B0UX 3PM6A 2KZHA 1KV5A 3PBWA 3BW2A 3W7OA 3G1AA 4JTJA 1QFEA 2Q3RA 2PURA 2DJLA 1SO3A 5LKYA 3O63A 3OBKA 1DQXA 4AHPA 1VPXA 3W7CA 3PVFA 3NQEA 4EF9A 3SSJA 4I7UA 4EF8A 1HUVA 1U83A 1WBJA 3GDMA 1SW7A 3S0CA 1B4EA 1JUBA 2HS6A 2BSLA 1G67A 1SZGA 3L5LA 2OT0A 4UTUA 2QKFA 3IIVA 1JQXA 3O6CA 3EXRA 3TAOA 1LBFA 5D02A 2ATMA 4O4WA 4FNPA 4OE7A 1VLWA 3VE7A 4LT9A 2YYUA 1TV8A 4NXKA 3CLMA 1H63A 4OV4A 3NQ7A 1SW3A 2I9EA 3WJYA 4XKYA 3QMTA 4QAIA 3KVKA 2V2HA 3F03K 2ZRYA 2DJXA 4WY0A 5AHLA 3UNDA 5KITA 4MFEA 4PTNA 3W7EA 3NM3A 4N02A 2Z1BA 1NSJA 1M7OA 4WX2A 2YDAA 2GVJA 4LTSA 3UY7A 3C61A 1I2NA 3RLUA 3UZ5A 1UBSA 3PULA 1JCXA 4EIVA 3WK0A 1MSSA 4JD4A 2V8ZA 2ZRZA 2VELA 1GG1A 2ISVA 4TX9A 4YMZA 1W8SA 1YTDA 3G8RA 3BVJA 3A9IA 3ZFHA 1EUAA 2Y89A 1PIIA 3L9CA 2YYTA 4MY9A 3LTPA 4M6QA 2B4GA 3W1NA 4XWUA 3LI0A 3QM3A 4ORIA 4WJEA 4IXHA 1QR7A 4QJ1A 2VC6A 4U4MA 4ADTA 5SWUA 3STCA 1MO0A 2WSRA 3EX6A 4BI6A 3IGUA 3DKLA 1VLIA 3KVMA 4MZ1A 1LRQA 1Z41A 2O7QA 1LORA 5C55A 3B8DA 1JRCA 3F1QA 4JNMA 4BWLC 4HSNA 3LHWA 1IXQA 4K36A 5FF4A 1F5ZA 1JULA 3N2MA 3C0JA 1XXXA 4YCPA 4A21A 1YDVA 2P1FA 4KFPA 4NQ1A 3C4UA 3LX9A 4O19A 4I7WA 1TRDA 1W0MA 4WUIA 2Z0IA 3S6DA 4MY1A 1CW2A 3TAKA 1PL9A 2V81A 2DP3A 3TC6A 1W5MA 4PA8A 4TR9A 1IXNA 1VYSX 2WO5A 3CIXA 2Y62A 3W9ZA 4GJ1A 3W2LA 1KM4A 3HG3A 4HKPA 1D9EA 3V1PA 4FNTA 3E0IA 2DZVA 1RQBA 2CLKA 1O5KA 1GVFA 2QCEA 3UPWA 3W2NA 3CEPA 3PBYA 4IPIA 3LLFA 1MEIA 2DZWA 3CT7A 4FHAA 2QJIA 4K39A 5EMUA 1TCDA 4P2VA 3KHJA 3W7KA 3ZWSA 4N2YA 3M5YA 1N7KA 2PE4A 4K6AA 3GX9A 4LVDA 3C3NA 3INPA 1T99A 3YPIA 1AW1A 1OX5A 3SGZA 5HR7A 2OT1A 3MP3A 3B05A 5KMYA 1TV7A 2RH9A 5BW6A 2OCZA 1JVNA 4LS2A 3GKFA 3NM1A 5K3VA 3N34A 2NXIA 4IOTA 4QM1A 1WQ5A 2P10A 4K37A 3P5YA 3CWOX 4GNJA 2Y7DA 4GUFA 5D38A 3QQ1A 4X3ZA 3TFXA 4CQ9A 1FQ0A 3KVJA 5DLCA 1F05A 1XI3A 3W2KA 3LCXA 3L2IA 4O17A 3KXQA 1DV7A 2W6RA 4M19A 3MW7A 3QW4B 3M47A 3UWWA 1F7BA 3S1XA 1F73A 3H54A 4O12A 3ZWTA 4FNUA 3QPYA 3D0CA 3G0UA 4AH7A 4AHOA 3IV3A 3MYPA 5HJLA 3A5VA 1IGSA 3O16A 5G1YA 3MMTA 1RR2A 1AL7A 2WNZA 4JTTA 1LOSA 3WK2A 3MI6A 2E09A 2GQ9A 4UFIA 2NUXA 2TYSA 4WOQA 4K7VA 3M41A 3L5MA 1G4SA 4JTKA 3EWWA 3GDTA 4IMCA 1QO2A 3NDOA 3BLFA 1KV8A 3UYCA 1EWDA 4C1KA 1FCBA 3GIYA 2Y61A 2VOMA 2QR6A 3DGRA 3RFAA 1SR9A 4UNKA 3OEXA 3VE9A 1TJPA 4LC8A 3KFTA 3S5ZA 4EOUA 3W1AA 3I7QA 5AFDA 1LYXA 3UZJA 2DZXA 3M44A 2C1HA 3TMQA 1J2WA 3NL2A 2YFOA 3IVUA 4ADUA 2R14A 2CLLA 3PG9A 3IGSA 1NF7A 3PB2A 2VEPA 5HWNA 4QISA 1KM5A 1I2OA 1JUEA 4DELA 1TMHA 2QCFA 3L68A 3TSMA 4RXGA 3SR7A 1GJPA 3W2UA 3ABRA 1UUOA 1YTKA 3MP4A 2X2GA 1FUYA 4UTJA 3S9YA 3W7MA 5FF2A 2F7FA 4EWND 4LWWA 5MHBA 4FX6M 2FPYA 2X1UA 4RZ6A 4FXRA 5HWJA 5KZDA 5DCBA 1MZHA 4UTLA 3NQ8A 1UASA 4UTKA 1YXCA 3OVPA 1GYNA 4BK9A 3DHDA 3P67A 2HSAA 3LBMA 1OFDA 4RX0A 1ZNNA 2G5WA 1H61A 3I65A 4HN4A 1GVSA 1EP2A 3T4CA 4UC5A 2C15A 2VEKA 4K8HA 4XKYB 4X9SA 3FFSA 5BNKA 1SPQA 3KX6A 5LGXA 1WX0A 1TPFA 5J5RA 1X8FA 5HWMA 4JX4A 3O05A 1FWTA 3OVRA 1SSGA 2XN2A 2VFEA 3PSVA 1GEQA 5AHNA 3NAVA 3NR0A 2NZLA 2J88A 4A29A 3O15A 3HF3A 2C19A 3O07A 4Q32A 3L21A 4OV9A 4JX6A 4JIQA 1VH7A 1RQHA 4LUJA 4R34A 1GVRA 1XBVA 2BXVA 3P62A 4J9JA 1Q6LA 1G6CA 4FX7A 4JYEA 4HNVA 5KZMA 3HPSA 2VFHA 2QDHA 2J9ZA 4GXMA 5FEZA 3STGA 1HFBA 3MI3A 1SZFA 1LCOA 1W3TA 2FDSA 6TIMA 2PC4A 3T7VA 4MZYA 3DFSA 1L2UA 1LBMA 3L0GA 5E1QA 2UV8G 3PF3A 3W7GA 2GJNA 1SUXA 4CQ8A 4FF7A 3QJAA 4O4VA 5LNUA 4AWUA 3T44A 2TRSA 3B06A 5LNSA 1X6UA 3OVQA 4GUGA 4O10A 4UFJA 5EPDA 5DBTA 1KTBA 1W56A 1G4EA 3O06A 3G3DA 3W85A 2JGQA 1OF6A 4C1LA 1PCWA 5LNRA 2C3ZA 3G22A 2WNQA 4NX5A 4AXKA 2TPSA 2ZZ6A 3LXAA 3W22A 3TQKA 1Z48A 1Z44A 2A7NA 1ZAJA 1PE1A 2RKXA 3Q58A 2A7PA 4QNEA 3W75A 2ZZ5A 3FYPA 3KRSA 1F76A 2W0UA 3STFA 2BTMA 3VNDA 1DBTA 4LS0A 2XN0A 3WJWA 3DENA 5U7SA 4JXCA 4N9EA 2YXGA 1H60A 1EA0A 1K7XA 5CZTA 2Z6JA 3W73A 2ZQ0A 2CZFA 4YWIA 1HO1A 3LV5A 4R53A 4S1FA 5LSMA 1VCFA 3ATZA 2YX0A 4E2DA 4GC4A 1ZAIA 2A5HA 2ZRXA 3S8HA 2ZZ7A 2QCNA 4HNNA 1FCQA 1KM0A 3W7RA 2ZCGA 2FQIA 1W31A 1RV8A 1H1YA 1SO4A 3UXDA 1KFKA 2J6XA 4HPJA 3W1PA 4N6FA 2A7RA 3LTYA 2ZRWA 1TRIA 1ICQA 4JTIA 5DBUA 4UXDA 2ZFAA 4JN6A 4MYXA 3M6YA 3G1FA 1I8JA 3B04A 1KA9F 5L6UA 1N8FA 3E02A 1I2PA 3IIPA 1H50A 2ZYFA 1KM1A 1VS1A 3TXZA 1XUUA 4AVFA 4TO8A 4YL2A 1H7PA 5EA9A 4MFDA 2DZSA 4IXXA 2YGYA 2OMAA 2FFCA 4FIQA 4HNTA 4YCOA 4O15A 4DF0A 5D09A 3DHFA 1C29A 3PB0A 2NXGA 1DJQA 1I2RA 1TTQA 1VQTA 2E5CA 4NVTA 4LUIA 1EUNA 2Q8LA 3M7WA 3W1XA 2RDTA 1L6SA 1WBHA 1FBAA 3JR2A 3NZ1A 5CPMA 2QCLA 1WA3A 3EX1A 2WQPA 3F4WA 3M0ZA 4O1CA 2BWGA 4M6PA 5I3GA 5GVJA 3MHUA 4JTEA 4O52A 4IMFA 3NQDA 1ZENA 2WKJA 1ME7A 4DBEA 5D37A 3DZ1A 3AO0A 1TPB1 2ABAA 3R5EA 3FKRA 2BLEA 3W23A 2YZRA 3S1UA 3HIJA 2QAFA 3OHIA 1WYIA 3IIXA 3NQVA 1TIMA 5LHFA 1NVMA 4Y9AA 1EX5A 1R2SA 1S5WA 4BR1A 1Q45A 3HB9A 3BLEA 3IVSA 4XTDA 3MI2A 3L66A 1UB3A 2ZBTA 1UJPA 3PWAA 1EIXA 4L4MA 1QCWA 4IX2A 2EF9A 1YDNA 1G7UA 3ABOA 3LHUA 5CGQA 4NZJA 5CSSA 5D2TA 1R2RA 3TC7A 1SU5A 5DN1A 4FNSA 3FA5A 1P5BA 4CCEA 2CLOA 1KFBA 5K9CA 4RK8A 3S5OA 1H7WA 1B9BA 2QCCA 3BK0A 3FIGA 3JS3A 4KWWA 3HJZA 4QNWA 4UFLA 4DO4A 3GKAA 1WXJA 1XDLA 4UTHA 4X2RA 5AC7A 1K8YA 3LHTA 5AYYA 4R7JA 3DFPA 3HMJG 3C2EA 4UUIA 3W7DA 2CWNA 1W5PA 3DFOA 5F2GA 3NQCA 3P80A 5BOOA 5K4ZA 5G1TA 1J5TA 3UWYA 1OFEA 2YSWA 4FNRA 1TPDA 4CQAA 1G7VA 3QMRA 1O95A 3ZR4A 2V5BA 4B5NA 5FEPA 1LZOA 5D2XA 1VYRA 1M6JA 1Q6OA 4UNLA 2NWSA 2QUVA 3NPUA 1VCVA 5H91A 3C2VA 4TMCA 2O7SA 2GVGA 4AEOA 6ALDA 3HO8A 1VC4A 2H8ZA 2DZUA 2W79A 4GWEA 4NJJA 4ZQPA 1JJKA 3IGXA 4DO5A 4GFSA 2DU2A 3G3MA 1JUKA 1H7NA 3DFTA 4UFMA 1OX4A 3NQAA 1XFBA 5HINA 1XBZA 3TFCA 1LRTA 3FJLA 5HR6A 1XBYA 1A5SA 4YXGA 3A22A 1H51A 3L67A 1YADA 5BMWA 1JCYA 1FWNA 8TIMA 4BFAA 4JDBA 2GJLA 5FEWA 1AMKA 1EEPA 3W74A 5EKYA 1N55A 3GNNA 4DF2A 3QW3A 7TIMA 3FLUA 4IQLA 5IM51 4AB4A 3KRUA 3RF9A 4PC8A 4GRSA 1XBXA 3Q37A 4HHPA 4QSHA 4ZQNA 3UXAA 2I14A 3OIXA 1YLVA 4OU1A 2E6AA 2VFIA 2A21A 2A6LA 3W83A 4ORMA 4AHQA 2WPBA 5AHMA 2Z2UA 4IX0A 3EWZA 3ZS4A 3NQFA 1OFPA 1TREA 3NQMA 2G97A 1L9WA 3S1VA 1HTIA 3DU0A 3G1HA 4O18A 4QQ3A 4D2JA 3MO7A 4TU1A 3W6YA 4A22A 3HG5A 5CZ0A 4Y6GA 2ISWA 4WOZA 2EAWA 4JTFA 5LNVA 2GUUA 5EL1A 3T40A 4BI7A 1QPQA 3GAYA 3TA6A 3QFEA 5HNRA 1WOBA 3HBLA 2B7OA 5K2ZA 2GOUA 4ZVJA 1FWSA 1LROA 1DHPA 3TUUA 2E77A 1OVDA 3FS2A 1WOAA 2CLIA 1YDOA 4QIUA 1OJXA 3NPWA 4K8EA 5D05A 1O4UA 5C54A 3LRLA 1MEWA 4TMBA 4MUZA 3NPVA 2GQ8A 4O1AA 4IJBA 3U2OA 3WJZA 4IPJA 2GPTA 3THAA 1K8ZA 1YPIA 4JTSA 1WV2A 5CKSA 5DXYA 3MP5A 4JTGA 3G1SA 3IEBA 4OT7A 1QMLA 5DY2A 3EX2A 5FF0A 2A4AA 2J9XA 4JTHA 4WZHA 1FX6A 1XC4A 1IXOA 3P82A 1GYLA 4Y8FA 4I7VA 4OBTA 3BW4A 3CIWA 1QPRA 3LHZA 4AF0A 1DJNA 5FEXA 1A53A 1GWJA 1O60A 2H6RA 4XBSA 3IIOA 3C6CA 2EGZA 2CLEA 2RFGA 2WV8A 5AOUA 1GOXA 4Q4KA 3QEZA 4ONVA 3SFKA 3LI1A 2J24A 2QF7A 1BEUA 1J4EA 2NX1A 3FKKA 3W1LA 3M16A 4NNAA 4RZ5A 1NEYA 1P0KA 1V7YA 2G96A 4QITA 5EYWA 1EP3A 2DZPA 3TMLA 3A23A 4JICA 4UTIA 3W7HA 5K7JA 2BZNA 4O14A 3FYOA 3P8IA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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