3SZPA

Full-length structure of the vibrio cholerae virulence activator, aphb, a member of the lttr protein family
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
290
structure length
290
Chain Sequence
MKLDDLNLFRLVVENGSYTSTSKKTMIPVATITRRIQALEDSLNLRLLNRHARKLTLTEAGERFYKDCSPLLERLASMTEEITDECRGASGRIRISAPSNLTKRMMMPMFNAFMEKYPDIHIELMMSNQADDLDPTEWDVIFRVGPQRDSSLIARKIGEVKDILVASPQYLSSHPQPTHAEELHQHQLLKGYPLLKWQLTNSQGETVVNSDRGRFQASALNVVRSACSEGLGITLMPDVMLREFLEDGSLVQVLSDWSSNPRDIYMLYNHKDHQPEKVRLFIDFVIGYHL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
source organism Vibrio cholerae
publication title The crystal structure of AphB, a virulence gene activator from Vibrio cholerae, reveals residues that influence its response to oxygen and pH.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transcriptional regulator, LysR family
total genus 84
structure length 290
sequence length 290
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-07-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00126 HTH_1 Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family
A PF03466 LysR_substrate LysR substrate binding domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.10.10.10 Mainly Alpha Orthogonal Bundle Arc Repressor Mutant, subunit A Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain 3szpA01
3.40.190.290 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 3szpA02
4O3MA 1SMTA 5HLHA 2V1DA 3F72A 3E6MA 3N97A 3V8LA 2MBFA 4HDVA 2FBKA 1CF7A 1W5TA 1LNWA 2EA4A 5D4SA 5DUKA 1S7AA 3BY6A 4YIFA 5ILSA 1HXDA 3GXOA 2D1VA 1FBQA 4IXAA 3P9IA 2CG4A 2HYFA 2RNJA 3E3VA 1WSUA 2IA1A 2ZKZA 4CGZA 3ZP5A 2F2EA 1RZ4A 2OA4A 3O3KA 4HV6A 4M72A 1F4KA 3ISPA 4Q4ZF 2PMUA 4WXDA 1KQ8A 2A3SA 4DQ2A 2R7FA 1O3SA 3PQJA 4KIGA 5F6FA 4AIHA 5BQTA 1WWXA 3AAFA 2PLYA 1G3TA 3EETA 3N4MA 4IHTA 2ADUA 4G8XA 1SD5A 4EGYA 4ENJA 4L18B 1SFEA 2XIGA 4Q48A 2Z5UA 4OU0A 5HLGA 5E20A 4O5VA 3ZMVA 4G6DA 1W4MA 2LNBA 2OQGA 1Q1HA 2L4MA 3I5UA 2AS5F 1KU2A 2VOOA 1ZLKA 3HHHA 2VBYA 3KP5A 1MGTA 1ZRDA 3IWZA 3SHFA 1LDDA 1TTYA 5CLSA 3LAJA 4XLPF 3HRTA 1W7PA 3CDHA 3T1BA 3WGHA 3L2CA 1U5TB 3O2PE 2PBIA 5TRDA 2V6CA 1YIOA 4Q47A 2UWMA 5FLXZ 1DDNA 4A5MA 4HA8A 5CVVA 3QOPA 3GFIA 2D1HA 2QENA 1ZARA 3DQVC 3W6JB 5FO5A 4IVNA 4ENNA 4EM2A 4HZFA 1J9IA 1XSVA 3MQ0A 3FHZA 2XV4S 5LGNA 1T2KA 1FY7A 2GXBA 4B8XA 3RTRA 2YU3A 4PDKA 3EYIA 4JVDA 4BQAA 2E1CA 3K1PA 4CHUA 4EV0A 2PJPA 2OZUA 2A07F 2PG4A 2J5OA 1R1VA 1KU7A 4EJWA 2VBXA 2VONA 3ZN0A 5J8FA 3IRQA 4AD9A 2PN6A 2FMYA 4Y13A 2EFNA 1FC3A 3Q9SA 2Q0OA 5KVRA 3WE2A 2IA0A 4WWCA 2EFOA 2QQAA 5D5XB 4D0PA 1MD0A 1XSDA 3LSTA 1O7FA 2ZCWA 4I01A 2HKXA 4L0ZB 2WTEA 3RKWA 4U7DA 2MD5A 3DV8A 1KQ9A 3DEUA 1K6OA 2IJLA 3JTGA 1IN6A 1LJ9A 3HUGA 4PGHA 2HKOA 2YX7A 2A6EF 3BP8A 2XVCA 2G9WA 2CW0F 3ZPLA 1OYIA 1ZG5A 2DQRA 3L9FA 1B1BA 1E2XA 2TDXA 5DV5A 3DPTA 1Z05A 2XHKA 5L3BA 2RDPA 3C3WA 3WGIA 1YG2A 3K69A 3QP6A 3ZMUA 4B09A 3F8CA 1MKMA 5LRRA 3IRRA 5K1YA 1TBXA 1S7OA 3F8BA 1IXSB 1O57A 3H92A 4JQFA 3WG9A 5FD6A 1XSXA 3TOBA 1ULYA 2XAHA 3F6OA 4ZZDA 4LK0F 2H27A 1HW1A 5JI6A 2Y75A 3SXYA 2MC3A 2EFPA 4CXFA 3KP2A 3FMQA 1F5TA 3CUOA 2UZKA 1LEAA 2XGXA 1ZG3A 4PZJA 4RGUA 2EFWA 2DW4A 4WXHA 3ELKA 4KNYA 2P5VA 3C1DA 3T5XA 1UFMA 4JBAA 2OQRA 4FT8A 2HFHA 2ZMEA 1B9MA 2GAUA 1XGSA 1FX7A 3V7SA 4A2UA 1BI3A 4RB0A 5JR3A 2F5EA 5CVRA 3FMSA 4A0ZA 1U6GA 3IHUA 1P4XA 3P7NA 2GA2A 4BNCA 3KLOA 4A6DA 3H3UA 2LKPA 5ERIA 2F5FA 1BC8C 2VC0A 4ZH4F 2P4WA 1EH8A 3RI4A 3RKXA 4ENKA 1J59A 1SMYF 3R0AA 2A6HF 4HF1A 1JXSA 2IRFG 2CSOA 3KP3A 3FXRA 3BOQA 4GYGA 1FBUA 5L3GA 2M1BA 3E5UA 4KFCA 3SFZA 1O7LA 1HKSA 2Z33A 4ZZLA 3CO7C 4HQMA 2EB7A 4MQVA 1S29A 2BE5F 4UHTA 5JFRA 1EV7A 3HHGA 1ODDA 2FSWA 2CGPA 1A04A 3F21A 1R22A 2FBHA 4MNUA 2WWYA 4M73A 5HDKA 4IRIA 1LDKB 3G73A 3GZ5A 1LVAA 2VE8A 5D6EA 5H6RA 2JT1A 4HX4A 1W7PD 2MLKA 2MLGA 5FLXK 4EVIA 2XROA 2IP2A 3S2WA 2LDUA 1OMIA 1OYWA 5DCMA 1I27A 4S05A 3KEOA 3HSRA 5EEGA 3WE3A 3CJNA 3DXJF 1Z6TA 2VBZA 3FZVA 1KU3A 3CTAA 5DCFA 1SAXA 4KDPA 3RKYA 2X0LA 3LWFA 1IAWA 1U5TA 4CZZA 1BI1A 1XCVA 2L02A 1QQIA 1LDJA 1LEBA 2EV5A 3JSOA 3K2ZA 4KIBA 3B73A 1WQ2A 3BWGA 1ZH5A 3QP5A 2E7XA 2QM3A 1WRJA 3TO9A 5LBQA 1FP1D 2IT0A 3L00A 1KGSA 4YG2F 2MA3A 5ICEA 5ILVA 4L9TA 1YQAA 1YW7A 4LK1F 1MJBA 2COMA 3QRFF 2FNPA 1L0OC 5L3FA 1O3TA 1G3WA 2DK5A 2HQNA 4RGRA 3GFMA 1BBYA 2GZWA 2FMLA 2LF8A 2ZMEB 2M87A 3LFKA 1BI2A 1XN7A 4CO8A 1ON2A 2ISZA 5E1WA 1T6SA 4LB5A 4OMYA 2XUBA 1HSTA 2QZ8A 1P6RA 3HTUA 4KIFA 3BDDA 3VODA 4U7BA 4HX8A 3U2RA 2VOPA 1C0WA 5AIPA 1IZ1A 1KU9A 3RDIA 2CWEA 3COAC 4P5OA 3EYYA 4ASNA 3HSFA 1ZRFA 1R7JA 1XDUA 3I58A 5K5RA 2RV8A 5D4RA 4KICA 4EJUA 4GO1A 2K4BA 3TDUC 3NQOA 5DUIA 1AWCA 4BHPA 1ZYRF 4HBLA 4A12A 2KKOA 3H3ZA 1QGPA 3QPHA 4S04A 1IN7A 4XSZF 1D5VA 4MEYF 4I02A 2P8TA 3REOA 1U8RA 4MTDA 4IRGA 2VT2A 2O03A 3VB2A 4BYYA 2W24A 4BH9A 4HLXA 3KEQA 2BGCA 2M30A 4IHSA 3KP7A 1ON1A 2K4JA 2ZFWA 2YSRA 4N0BA 3F8MA 2L01A 1J0RA 2P7CB 2XASA 3E6CC 3M9AA 3O6BB 1USSA 3WTZA 5DDGA 2VT3A 3LA3A 5DCMB 1ZAOA 3TKYA 4RB2C 1K78A 4YFXF 3RPQA 3FXQA 3PQKA 3D0SA 2F5CA 2W85A 2E1NA 4EMSA 5H20A 1PDNC 2STTA 1IXCA 1IXRC 4WK8F 3HSEA 1XDSA 2HS5A 4I7HA 4OIRF 2NAZA 1P92A 1Z1DA 1I5ZA 2FNAA 2FE3A 1YFHA 4KMUX 1FPQA 3QU6A 1YS6A 4LJZF 1F1ZA 2OBPA 5DYMA 2ELHA 2RKHA 2G7UA 3GZ6A 2H6BA 2M8EA 4AWXB 2GWRA 3KZZA 4N9IA 2RGVA 2FEZA 5LGTA 3B02A 5BPIA 4P96A 4UUVA 1BI0A 1H9TA 2AXLA 4YFKF 2QWWA 3JSPA 4A5NA 4DNCA 3ABTA 5AONA 1YW9A 1FYKA 3K0LA 5HLIA 5FB2A 1I1SA 2L54A 3CUQB 5HOOA 3BPVA 2A61A 4ZYDA 3SZTA 3TDZC 1GHCA 2DI3A 4U0WA 1KQ0A 4L9VA 2JSCA 2YPRA 2ZJ2A 4M71A 4M6XA 3NEUA 3F3XA 1QBJA 1JE8A 2EV6A 5DD4A 3T0YA 2JPBA 1UCRA 2XAQA 3VOEA 3MFKA 1IRFA 1KA8A 3I64A 5E1ZB 2IW5A 4HF0A 2HEOA 1P2FA 1J2XA 2FOKA 2JTVA 4BHCA 3ULQB 2O3FA 3E5XA 3I4PA 3HTSB 2HYGD 3WTYC 4KT5C 2WV0A 3ZMDA 5JHUA 3DFGA 3CLOA 3GYHX 3OV8A 4CYDA 4IRHA 4CDGA 3QAHA 3V4GA 5LHHA 3HYIA 2BBYA 5HDNA 1HW5A 4L5IA 3V8JA 2RVCA 3GLXA 4I98B 1R1UA 3ML6A 4IJAA 3WU0A 1KYWA 1T0FA 3R0JA 3C18A 3LQRA 2IA2A 2KRFA 4PCQA 3FM5A 2ETHA 2PMHA 4G7HF 1OKRA 5BMZA 3I59A 3ECOA 1ZLJA 4A6EA 4ENMA 1V3FA 3HOSA 1HSJA 4RB3C 3E6DA 4YIIA 1UB9A 2PEXA 3HRMA 4L9NA 2J5PA 4G9YA 5H6QA 2HTJA 5BPDA 1P4WA 4QBAA 3ZMSA 1J5YA 4MHGA 2VN2A 5FGMA 1TNTA 3FMRA 3GFLA 3IWFA 5K5QA 1FSHA 3F8NA 4MGRA 4G94A 3FXUA 2XRNA 1K7AA 4UXNA 1K78B 2V1UA 5CYVA 2CO5A 3PFIA 1Z7UA 5LLQA 3C7JA 1FYLA 5E1XA 1RI7A 4O6JA 3T8RA 2FQ3A 2V1XA 1TW3A 5HDGA 1BIBA 4BHBA 1R1TA 3BJ6A 1QO0D 2OU2A 3GW2A 3M1EA 4UVBA 4CICA 4AIJA 2M5WA 1L3LA 4H0EA 3BZ6A 4Y15A 2K7LA 4OINF 1XGMA 3SQNA 3DKWA 2ZO4A 1Z9CA 3ZMZA 2R7DA 4A0YA 3P9CA 3ERED 4IF4A 3KLNA 3K1MA 3OOPA 2KIUA 5D5UB 4KA4A 2VODA 2Q8KA 4BAYA 1PP8F 4RGXA 2V9VA 1G6NA 4AIKA 1MJAA 1TQPA 2BYVE 4KYWA 2BEOA 4E70A 1O3RA 3HRUA 4M6YA 1U5TC 2ZNZA 4OOIA 2ACJA 4FX4A 1S3JA 3GVAA 5D6FA 4UV9A 3KETA 4I0AA 5K5OA 2QQ9A 3IKTA 3MZYA 3R60A 2O8XA 3E97A 1XCBA 3BJAA 2NYXA 4HV5A 4LD5A 4N9HA 3ROUA 3V7CA 1FNNA 3ZQ7A 4R1HA 3WTTC 2FRHA 2EV0A 4KUMA 1YTYA 4WXCA 2CQKA 2QUFA 1FZPB 1O3QA 2HZTA 1J75A 2NNNA 1FP2A 1TQMA 3ECHA 3KP6A 1HQCA 1D3YA 3LQQA 3MAJA 3BJOA 1RIOH 3TGNA 4TV7A 3K1NA 4M9ZA 1BN5A 3BROA 4GYIA 5ILUA 5DD8A 2B0LA 1Y0UA 3Q9VA 1QZZA 2ESHA 4G6QA 5BOXA 4OIQF 4L0YB 1TLHB 2NRAC 2EWNA 4HLYA 3I59B 2PI0A 2K86A 2UXXA 1B9NA 4HOBA 1IW7F 4M9SA 2STWA 5E17F 2H94A 1H0MA 1G3SA 1G4DA 5LEKA 1UHMA 4RS8A 2FBIA 3CUQA 5IT9Z 3WODF 3DF8A 2ZNYA 5CVJA 3P9KA 2DFIA 2LSOA 5KK1A 1SD6A 3I0TA 4UVAA 5J6XA 5ED4A 4HQEA 3M7GA 1R5GA 4PGGA 4UNOA 1HBXG 5J8CA 4R79A 3R6SA 1R58A 3KP4A 1OR7A 2PQ8A 2HQRA 1TNSA 3GX4X 1MJ9A 1IF1A 3R61A 5E8GA 1JHHA 4WF2A 4Q5SF 2H6CA 1TW2A 4K2EA 1S8NA 1DUXC 1U3EM 3KCCA 1NHAA 2P6TA 2HR3A 2DPUA 2FA5A 4M74A 4ESJA 5D5WB 1RUOA 1WI9A 4EGZA 3M8FA 3F22A 1CGPA 2GA1A 4JK1X 3I71A 2XKPA 3K9TA 3JAMZ 1HKTA 1Z91A 3LA7A 2DT5A 3FWEA 3R4KA 3EDPA 2QYOA 2W25A 2P7VB 1LQ1A 2YR2A 1FLIA 3U1DA 3WTWC 1YLFA 4Z2YA 3IC7A 2UXNA 3W6KB 3MWMA 2NS0A 1FSEA 3ZMTA 3RJPA 1ONVA 3RYRA 1I1GA 1KYZA 2FU4A 3TO7A 4XBFA 1JGSA 4OMZA 5TJJA 2HDCA 2EK5A 1Z6RA 5F1RA 2Q2EA 4LFUA 4EJTA 4AVPA 4I09A 4L5JA 4F7ZA 4HAMA 1DPUA 3HIFA 2H09A 4HX7A 2XAFA 5E18F 1EH7A 1QPMA 5D8LB 2VE9A 2K02A 1IN5A 2LF7A 5CJ9A 3JTHA 4NQWA 2P6SA 3IKVA 3U9GA 1RUNA 3L7WA 1WKMA 2RC4A 1EH6A 4Y17A 2OD5A 5A2QK 2DLLA 5HVQC 1IUYA 2L4AA 4M9XA 5F64A 2HOEA 2F5DA 1FWZA 5EEHA 3TO6A 5L3CA 4ZYEA 3D5LA 4P9FA 3V7RA 5D5VB 4U0YA 4LB6B 1S6LA 4L9JA 3I53A 4RAYA 2A68F 4MTEA 1RNLA 3WTVC 3TOAA 1G3YA 3E5QA 1QNTA 2VC1A 4RB1A 3KE2A 1R23A 1SD4A 3FF5A 1J7KA 1ZHFA 3L09A 4LG0A 1D8KA 1YYVA 1B6AA 3RPUA 2QVOA 4EJVA 3MEXA 3M8EA 4HDUA 3ZN1A 5BS6A 2DK8A 1BJAA 3J80K 4JVCA 2M45A 4GXOA 1XD7A 1USTA 2HXRA 1GXPA 2A5YB 2A69F 4UV8A 1R36A 2GIVA 2W84A 5FFZA 5L3EA 2MH2A 1MDMB 2QBYB 3EQLF 4LLNA 4EM0B 2FXAA 4HF2A 2EJRA 3LA2A 1ZRCA 1FYMA 4LGWA 4FX0A 3WTXC 3J7AO 4KN7X 2ISYA 1OYYA 2DBBA 4NHJA 1D8JA 1REPC 4RGSA 2Z99A 2XKOA 1CF7B 1HW2A 3F23A 1V4RA 3DPLC 3GUDA 3JW4A 4U88A 3LAPA 2C6YA 1K79A 2KIMA 1BM9A 2XAJA 4LLLA 5IT9K 3GWZA 1T98A 3J81Z 3ABUA 1TQIA 1ZN2A 3RIRA 1FOKA 5ICCA 3I54A 1OPCA 2RQPA 2VBWA 2XAGA 2ESNA 1HKQA 4GCVA 1BC7C 2KJBA 2HWVA 1B59A 1YO5C 1MZBA 5FFXA 4WCGA 3GFJA 1LB2A 2HGCA 2OAZA 3CO6C 2ZBKA 5HS7A 3BPXA 2O0YA 2Z9OA 1B4AA 3RYPA 3HOTA 4G7ZF 2OZ6A 2P5KA 5DEQA 3QPTA 4EQQA 2GQQA 1SFUA 1BIAA 4I0BA 3NRVA 2PFBA 1SFXA 2DPDA 3WGGA 1XMKA 3GF2A 1H9GA 4GGGA 3VFZA 4ZYHA 1P4AA 4I2OA 3MZHA 2K27A 2BV6A 1YS7A 3JAMK 1ZREA 1W7PB 5L3DA 1VTNC 1T38A 3WTUC 1IN8A 2CFXA 2KIFA 1T39A 5LGUA 1GVJA 1BOAA 2D2WA 2R3SA 4LMYA 3Q5FA 1XMAA 5HS9A 1PP7U 2IPQX 5A2QZ 2DAOA 5AIQA 4HYEA 1R5HA 3WU1B 4NB5A 2O6GE 4ESBA 1W5SA 4LG0B 6PAXA 1F9NA 2ZXJA 3DP7A 2KJCA 4YFNF 2EFQA 1E17A 4KN4X 3GO5A 3EUHA 5LHIA 1AOYA 5HS8A 5E8IA 3E6BA 5FD5A 4QLCU 2HTSA 2DQLA 1STZA 2X4HA 4ON0A 1SD7A 3KFWX 1I6XA 4IPAA 4ETSA 4A0XA 2D45A 5CVIA 2DO7A 3GEZA 2YX4A 2QLZA 1FT9A 2JPCA 1UHWA 4LLGF 4HW0A 2CYYA 4P55A 5LRSA 2Y48A 2VXZA 4XSXF 3KZYA 4G7OF 1GXQA 1QZYA 3CUQC 3F6VA 4ESFA 3J80Z 4R8HA 3FM3A 1IN4A 2P5LC 4MQ9F 4XLNF 4KMFA 5CVUA 1ZGAA 5ICGA 2QQBA 1XB4A 2V79A 2L3DA 2Z3YA 2NNYA 3IL2A 2O61A 3WTSC 4EJOA 2E7WA 1R00A 4FHTA 2DTRA 1XGNA 1ZGJA 1XGOA 3QU3A 3T8TA 4OIPF 2JRTA 4ZYGA 2IVMA 4MEXF 5LEJA 4JVIA 1ZG1A 5IT3A 1JHFA 3SZPA 4OIOF 1DPRA 2EA2A 1U78A 2GXGA 5LHGA 2RN7A 3HFUA 1IRGA 5ICFA 3V8KA 4UVCA 1YW8A 1DP7P 4EM1A 2MH9A 4P9UA 3F8FA 4BXUA 3VEPA 4RAZA 2G7HA 4QWQA 4U0VA 2W57A 2JZYA 3FX3A 3MCZA 2WC2A 1X3UA 2Y0MA 3G3ZA 2FF4A 3HRSA 4WX9A 5D8KB 1PUEE 3J81K 3TQNA 1U2WA 1MDMA 5JVTA 2DU9A 2QBYA 4XRFA 1FBSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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