3T11A

Dimeric inhibitor of hiv-1 protease.
Total Genus 14
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
14
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Dimeric inhibitor of HIV-1 protease.
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 14
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3t11A00
1SIVA 5P29A 5P4VA 2F3KA 2QZXA 5P4OA 4Y54A 1K1TA 1HVCA 2R3WA 2R8NA 4Y43A 1K6VA 5P4MA 1EPPE 1K6CA 2IGXA 5P8IA 1D4SA 3OQ7A 4Y48A 1W6IA 3K4VC 3TKWA 1DPJA 1NH0A 5OZRA 5P7OA 2O4LA 4Y3RA 3PLLA 2FDEA 1APVE 2Q55A 5P1NA 4ZSPA 3IXJA 5DR4A 1HPVA 5P74A 5P6VA 3KDBA 4FRKA 3TPLA 3UQXA 4EJLA 4GZFA 4CPQA 2UY0A 5OYRA 5P4KA 5P7VA 4DJWA 2ER7E 5AH6A 4M8YA 4I10A 1JLDA 3SM2A 2VKMA 2IKUA 1RL8A 3EKQA 4S1GA 2FS4A 2Q63A 2EWYA 5P8MA 5P89A 1B6KA 3GGXA 3L3AA 3OK9A 4I8ZA 2PC0A 2OHTA 4IVSA 3QRVA 5P30A 5P1DA 1DW6C 5P7WA 2FGUA 3TPPA 5P8TA 4DQFA 4NJSA 2WF0A 5P5ZA 4OC6B 2IDWA 4J1CA 5P5MA 1QBTA 4EP3A 1ZP8A 2HAHA 6APRE 1TW7A 4Y3QA 5P60A 5AHBA 3EM4A 1RPIA 2FIVA 2R38A 5P4UA 1MERA 1LYBB 5AH8A 2NR6A 4Y3ZA 3BRAA 5P23A 3PHVA 5P36A 4EQ0A 4F73A 3VFAA 5P19A 4L1AB 1PSNA 2FNTA 3I8WA 5KR0A 3VG1A 5OZ1A 3VYDA 5P0YA 3OUAA 2F81A 3KMYA 2ZJHA 5P27A 4GJCA 4Y5BA 5P1KA 5OZYA 3UQUA 5P7DA 3MSKA 3OXWA 1EPRE 4DQCA 3O9LA 1A8GA 1IVQA 2QI6A 1XN3A 2IQGA 4J1KA 4Y5AA 5P1OA 4EXGA 1D4JA 3IGBA 1SIPA 1B6PA 3HD8A 5DQ1A 1MIQA 4GJDA 4R8YA 5P86A 2I0DA 4Y5MA 4DI2A 5IVQA 5P2DA 4DJQA 5P7MA 3EKYA 1HHPA 3VSWA 5P06A 4TVGA 1QBSA 4FSLA 3KFPA 4Y5EA 1HVKA 2WEAA 1FQ7A 4HVPA 1RQ9A 5P1ZA 1B5FA 5P5QA 3ZL7A 2NTRA 4FAEA 3IVHA 2FDDA 3URLA 4RGHA 5KQXA 4WTUA 4Y5NA 1VIKA 3PVKA 4U7VA 4I11A 4Y3NA 4ZPGA 4YD3A 3LZVA 1MPPA 3VF3A 5P69A 3EKPA 2OHNA 2HB2A 5P7UA 4J5JA 1BVGA 1MTRA 1A94A 3NXEA 1Z1HA 1FIVA 4Y5KA 3D1ZA 5P1LA 4RRNA 5P58A 2G21A 3R2FA 4Y3FA 2G94A 3B7VA 3D1YA 5P4AA 5P2RA 3MSLA 3LPKA 3N4LA 5OYUA 5P71A 5HCOA 1T7KA 3QI1A 3NR6A 1MESA 5HDUA 5P5TA 5P8PA 4AZYA 1D4IA 4R5NA 4BFDA 1BDQA 4CPTA 2VIEA 2WEBA 4FRJA 4EXHA 4FM8A 2ZHUA 5OYWA 5P0RA 1CPIA 5P5CA 3UDHA 2Q3KA 1LF2A 3NDXA 5P61A 5FIVA 5P25A 3EM6A 5P4ZA 5P4BA 4CPWA 4FS4A 1SDVA 5AGZA 4I0EA 5P12A 5P8NA 5C9DA 5JFPA 2A1EA 2VJ7A 5P1PA 4PEPA 2J9KA 5OZEA 3OQDA 4XKXA 2QAKA 4MC6A 3UQRA 5ER2E 5P0SA 3I6OA 4BEKA 4J0VA 1UPJA 1U8GA 5P1EA 2OHMA 4Y3HA 5P0BA 4EJDA 5P6MA 5P1BA 3M9FA 3SFCA 1FKNA 3UF3A 4DJUA 5P5KA 5BS4A 3NWXA 5P7BA 1GKTA 2P3AA 3VUCA 5CLMA 3SACA 1W6HA 1HXBA 4CPSA 3TKGA 2I4VA 2QU2A 1F34A 2JYSA 2QMFA 1ZTZA 1LV1A 1EBWA 1XL2A 4FSEA 3CKTA 2NXMA 2WF1A 5P2TA 4DV9A 5P3RA 4AA8A 3AUPA 5P7GA 1NPVA 3HZCA 2NXDA 5P1QA 4XX4A 5P7NA 4B78A 2BPXA 1ZJ7A 3KM4A 5P38A 5OYYA 4EJKA 5P3ZA 4J0ZA 1IBQA 4B77A 1EPME 3O9HA 5P39A 5DR1A 4ER2E 5P8QA 2XYEA 5P7SA 4GJ9A 5P22A 3INHA 4NJTA 1QRPE 3S45A 5P66A 4L7GA 4RRSA 1A8KA 5P3AA 4Y3MA 1ZLFA 2WJOA 1HTGA 4COEA 3DV5A 1YM4A 4YHQA 4U7QA 5P03A 3QRSA 1BXOA 5HU1A 1M0BA 4LXAA 5OZQA 4E43A 1OD1A 5P8RA 1MSMA 3PI0A 1HVRA 3IVIA 3QROA 3ECGA 1HRNA 5P37A 4LL3A 4YA8A 2XYFA 5OYVA 5P7HA 3BVAA 5P83A 3S7LA 4Y3PA 2VNNA 3NDWA 4DPFA 2QI5A 2CENA 3K5CA 3OWNA 3L38A 4I1CA 3SKGA 5F00A 3OGQA 3O9BA 4EP2A 3VLBA 3BC4A 1C6XA 5OZSA 4WY6A 5P0VA 3OUBA 1LF4A 3O9AA 4RYGA 5DGUA 2Q64A 5P4DA 5HTZA 3VLAA 5C9BA 5SY3A 2HS2A 4FL8A 1GNNA 2ZHTA 5P48A 3O9CA 3FSMA 4Y4AA 1K2CA 5P5SA 1ODYA 5I70A 1K6TA 5ISJA 5P2IA 5T4SA 3PJ6A 5P17A 1K1UA 4OC6A 3ZKIA 2IL2A 3K5FA 2QZKA 3PLDA 5P45A 4OD9B 1EPOE 3URJA 3ZKGA 2QHCA 1IDAA 2A4FA 4OBFA 2B7FA 2IS0A 3FV3A 5P2BA 3OQFA 4Q1XA 2RSPA 1SH9A 2OHPA 2QCIA 5HDXA 2B8VA 3EL9A 1NSOA 3FIVA 4L1AA 1HPOA 4Y53A 5P26A 3RTHA 1GVWA 3KDCA 2G1OA 4RVIA 2VJ9A 4KE0A 4DJOA 3ZKNA 1D4LA 3T3CA 5P0UA 5KR8A 1BIMA 5P1XA 3ZMGA 1HEFE 5ER1E 5EZXA 4DFGA 4AMTA 3L5FA 1ZSRA 2WEZA 1AM5A 1NPAA 4D8CA 3K5DA 2VA5A 3UPJA 1E81E 2PWRA 3EXOA 5P4CA 5P7QA 2I4QA 2ZE1A 1YG9A 5HD0A 2VJ6A 2WF2A 4JP9A 4Y4EA 3DCRA 5OZHA 5P31A 1MT8A 5P4YA 4K8SA 2I4XA 3CMSA 5OZPA 3CIBA 1EPNE 4K4PA 2HIZA 3MSJA 1ER8E 2HC0A 3PWWA 4DQGA 1LEEA 1IZEA 1SGUA 1YTGA 4Y4ZA 1D4HA 3O9IA 1HTFA 5P1GA 4Y9WA 3DCKA 5P8BA 3A2OA 4Q1NA 2AVMA 2H6SA 2V11C 5COPA 3SA6A 4RLDA 3RU1A 4D83A 3SO9A 4Y3EA 1T6EX 5P4NA 5P0ZA 3SAAA 1ZAPA 4RYCA 5SZ9A 5DR8A 1GNMA 3KFNA 3IXOA 3G70A 4APEA 2P8HA 1W50A 4K9HA 5P4EA 3T7QA 1FFIC 1C6ZA 4ZPFA 5HVPA 5ISKA 3H5BA 3OQAA 5P1YA 3ZKSA 5C9FA 2IENA 5P6PA 4R93A 3FNSA 5P0EA 3NYGA 5P75A 3UFNA 1SMEA 4F76A 3TL9A 5TOLA 1FQ4A 1KJ4A 3EKVA 3MWSA 4H3IA 1FQXA 4Y3AA 3L58A 5P7IA 4Y4WA 3L5DA 5P3FA 5P5FA 1FMXA 5P3SA 2FGVA 2P83A 3T11A 2ZJIA 3SABA 5P0PA 2FLEA 2VNMA 2Q15A 5P2FA 3O9EA 4J0PA 4LHHA 3U7SA 3BXRA 4Y4TA 4Q1YA 3VF7A 5P5GA 5P85A 1BDLA 3R4BA 4ZEAA 2AOCA 3OU1B 4J0TA 4Y5LA 3HVPA 3KYRA 5HCTA 5P3EA 4HDFA 4YE3A 1LF3A 5EZZA 5P77A 5P04A 5P76A 3KFRA 5P3KA 2AOGA 5P1VA 2H6TA 5P3BA 5P6TA 1LS5A 4DJPA 1FLHA 4HDPA 3HAUA 1OEWA 2B42A 4B70A 2ZHSA 5P8GA 5P7LA 3BVBA 4QJAA 4ZE6A 1BBSA 3NSHA 1A30A 1HXWA 3BGBA 2PSVA 3LITA 5P2HA 3ST5A 5P5HA 3Q4BA 5P1JA 8HVPA 3RTMA 1BILA 5E5KA 3PEPA 5OYSA 2ZDZA 1XE6A 2G20A 3NU9A 5P81A 3S43B 9HVPA 5OZXA 5P32A 5P6OA 5JG1A 4X7IA 2ZJJA 5P0FA 3GI6A 3INEA 5HU0A 2V16C 3K4VA 1Z1RA 3KMXA 3LIQA 4NJVA 1YX9A 2BQVA 1TZSA 1DMPA 1MRWA 3T7XA 2QI7A 4H1EA 1M43A 4FAFA 4U8WA 4Y3JA 4QJ6A 1HVSA 4GJAA 5P7FA 3TOHA 5P8EA 3EL1A 5P1UA 5P00A 5F01A 4OBDA 2BPYA 2QD6A 5P8FA 1MEUA 3TOGA 3SQFA 3I25A 3URIA 5OZAA 5P3OA 3SA5A 4K4QA 3UDJA 5P5RA 3NU6A 1Q9PA 5P70A 1IZIA 4D85A 2HPEA 1FQ6A 2FMBA 3OUDA 5P2WA 4FRIA 5E5JA 3U71A 1EBYA 4FRSA 4Y5CA 3D91A 5OZJA 3VYFA 3GW5A 5P09A 1PFZA 3PBDA 1D4YA 3OGPA 4JPEA 4B1CA 5OYZA 3JVYA 4Y45A 4LP9A 5P7YA 3OQKA 3SA4A 5P7EA 5P1WA 3OOTA 3PMYA 4Z4XA 3HLOA 5KR2A 5OZZA 3LZYA 5SXNA 1HIVA 4ER4E 4FLGA 1ZSFA 3GGUA 4AA9A 5P16A 5P2UA 5P6KA 1F7AA 1EC0A 4TRZA 1TSUA 1W51A 3OU3A 4B1DA 2Q11A 2ZJKA 1EC3A 2R43A 5P6FA 4ZIPA 3WZ6A 1EEDP 5OZ3A 3NUJA 5P8VA 2FNSA 5P6BA 4EPJA 1E5OE 5P6AA 3WZ7A 2RMPA 3L59A 5P0NA 1IIQA 3KFSA 3D1XA 5P40A 3L5BA 3TNEA 5P0OA 2NMYA 7HVPA 2PK5A 5OZLA 4MC2A 3NUOA 3OTYA 5P55A 2OHSA 2BBBA 5IVSA 4B1EA 4Y6MA 1B11A 1AAQA 5OZ6A 5P2NA 4KB9A 4Y50A 4JPCA 2Z4OA 5P6HA 1ZPKA 4Y3YA 2IRZA 1YM2A 5P5LA 3BUFA 5P6DA 3CICA 4PHVA 2AOEA 3UDQA 3DM6A 5P28A 1BV9A 3INDA 3RTNA 4ZSMA 1MRXA 4YCYA 5OZKA 5OZGA 3NU4A 3KN0A 3S2OA 5ENKA 1G35A 3OOZA 3R0WA 2WF3A 4XXSA 4Y35A 5P6GA 2Z54A 3PWMA 2NNPA 1FG8C 3LZSA 4DQHA 4Q1WA 1B6MA 4Y4UA 1META 1MVPA 5P59A 3QPJA 4OBJA 3OHFA 5P1FA 5P64A 4I0IA 5P87A 2HM1A 6FIVA 3S54A 4B00A 5P7CA 3QBHA 5P4TA 2F3EA 3EKXA 3PMUA 5KOQA 3O9LB 3ZKQA 2G1SA 4DJYA 4DUSA 4UPJA 2F80A 3BHEA 4B0QA 5IVTA 4Y51A 2XFIA 5P1HA 1IVPA 3UDNA 3BUHA 1G6LA 2AZ8A 4FE6A 5OZ8A 5OZDA 1FGCC 2IEOA 5P0QA 3UDMA 5P5IA 1W5VA 5P6IA 5P0GA 5P3DA 5P50A 5P4PA 1W5YA 3UQWA 2QNQA 4Y3WA 4ER1E 5P3NA 5ENMA 3JVWA 2OAHA 5P2MA 4Y5PA 3VV7A 5P4GA 4I0GA 3BGCA 3PCZA 1HEGE 1HVHA 3MXDA 3OAGB 5P5WA 5P2AA 2Q5KA 2G26A 2CEMA 5P1MA 1EPQE 2J9JB 5P80A 1GVXA 2P3BB 3R1GB 4LXKA 5P5JA 5P6ZA 3SA7A 1RV7A 4YBFA 5OZUA 4DH6A 3H0BA 4FM6A 4BFBA 1TQFA 3EL0A 5P5DA 4FIVA 5P51A 5P65A 2AZ9A 1BV7A 4FM7A 2VA7A 3N3IA 2FXDA 2R9BA 3QS1A 5I3XA 5OZ5A 5P1TA 4HLAA 4I0DA 1EC2A 2RENA 3LIVA 1CMSA 2QZWA 4LC7A 3OHHA 1C70A 1HBVA 5P5BA 4QJ9A 3ZLQA 5P2EA 4TVHA 1IDBA 5P0LA 3B80A 4Y37A 4GJ7A 3INFA 4DPIA 4Y3DA 2ZGAA 1AXAA 1LYBA 1HWRA 4CMSA 4Y47A 2MIPA 3IA9A 2OHKA 4I0ZA 2R5QA 4PPHA 5P3CA 4J54A 5P4HA 4A6BA 4J1HA 1LYAB 3U6AA 1W5XA 5P02A 5P0KA 5I3WA 1HVIA 4FCOA 4GJ5A 1HIIA 5P7PA 1LYWB 5P8CA 4B72A 2ZHVA 4RCFA 2AIDA 2AOFA 4APRE 2R5PA 4MC1A 3S43A 2QP8A 4H3GA 5HE4A 2QI0A 4RCEA 4JOOA 4Y4JA 4FGXA 5P8DA 4YD5A 3UCBA 2NMZA 5P6LA 5P10A 5P4JA 3SLZA 5OZWA 1W5WA 5P6CA 5P3TA 3MXEA 3OADB 3O9FA 1QBRA 1ENTE 4J17A 1FEJC 5OZ9A 3GGVA 3KA2A 1QS8A 2QNNA 3EBZA 4L7JA 2RKFA 3FNTA 5P3YA 5P0HA 2VIYA 4H3FA 3Q6YA 4KUPA 5IS4A 5OZOA 1APUE 3PGIA 5AH7A 2V00A 4DJRA 4PZXA 1VIJA 3LZUA 4L6BA 4R95A 3UTLA 1K2BA 3HBOA 5APRE 1SDUA 2ZHRA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1SIV A;  5P29 A;  5P4V A;  2F3K A;  2QZX A;  5P4O A;  4Y54 A;  1K1T A;  1HVC A;  2R3W A;  2R8N A;  4Y43 A;  1K6V A;  5P4M A;  1EPP E;  1K6C A;  2IGX A;  5P8I A;  1D4S A;  3OQ7 A;  4Y48 A;  1W6I A;  3K4V C;  3TKW A;  1DPJ A;  1NH0 A;  5OZR A;  5P7O A;  2O4L A;  4Y3R A;  3PLL A;  2FDE A;  1APV E;  2Q55 A;  5P1N A;  4ZSP A;  3IXJ A;  5DR4 A;  1HPV A;  5P74 A;  5P6V A;  3KDB A;  4FRK A;  3TPL A;  3UQX A;  4EJL A;  4GZF A;  4CPQ A;  2UY0 A;  5OYR A;  5P4K A;  5P7V A;  4DJW A;  2ER7 E;  5AH6 A;  4M8Y A;  4I10 A;  1JLD A;  3SM2 A;  2VKM A;  2IKU A;  1RL8 A;  3EKQ A;  4S1G A;  2FS4 A;  2Q63 A;  2EWY A;  5P8M A;  5P89 A;  1B6K A;  3GGX A;  3L3A A;  3OK9 A;  4I8Z A;  2PC0 A;  2OHT A;  4IVS A;  3QRV A;  5P30 A;  5P1D A;  1DW6 C;  5P7W A;  2FGU A;  3TPP A;  5P8T A;  4DQF A;  4NJS A;  2WF0 A;  5P5Z A;  4OC6 B;  2IDW A;  4J1C A;  5P5M A;  1QBT A;  4EP3 A;  1ZP8 A;  2HAH A;  6APR E;  1TW7 A;  4Y3Q A;  5P60 A;  5AHB A;  3EM4 A;  1RPI A;  2FIV A;  2R38 A;  5P4U A;  1MER A;  1LYB B;  5AH8 A;  2NR6 A;  4Y3Z A;  3BRA A;  5P23 A;  3PHV A;  5P36 A;  4EQ0 A;  4F73 A;  3VFA A;  5P19 A;  4L1A B;  1PSN A;  2FNT A;  3I8W A;  5KR0 A;  3VG1 A;  5OZ1 A;  3VYD A;  5P0Y A;  3OUA A;  2F81 A;  3KMY A;  2ZJH A;  5P27 A;  4GJC A;  4Y5B A;  5P1K A;  5OZY A;  3UQU A;  5P7D A;  3MSK A;  3OXW A;  1EPR E;  4DQC A;  3O9L A;  1A8G A;  1IVQ A;  2QI6 A;  1XN3 A;  2IQG A;  4J1K A;  4Y5A A;  5P1O A;  4EXG A;  1D4J A;  3IGB A;  1SIP A;  1B6P A;  3HD8 A;  5DQ1 A;  1MIQ A;  4GJD A;  4R8Y A;  5P86 A;  2I0D A;  4Y5M A;  4DI2 A;  5IVQ A;  5P2D A;  4DJQ A;  5P7M A;  3EKY A;  1HHP A;  3VSW A;  5P06 A;  4TVG A;  1QBS A;  4FSL A;  3KFP A;  4Y5E A;  1HVK A;  2WEA A;  1FQ7 A;  4HVP A;  1RQ9 A;  5P1Z A;  1B5F A;  5P5Q A;  3ZL7 A;  2NTR A;  4FAE A;  3IVH A;  2FDD A;  3URL A;  4RGH A;  5KQX A;  4WTU A;  4Y5N A;  1VIK A;  3PVK A;  4U7V A;  4I11 A;  4Y3N A;  4ZPG A;  4YD3 A;  3LZV A;  1MPP A;  3VF3 A;  5P69 A;  3EKP A;  2OHN A;  2HB2 A;  5P7U A;  4J5J A;  1BVG A;  1MTR A;  1A94 A;  3NXE A;  1Z1H A;  1FIV A;  4Y5K A;  3D1Z A;  5P1L A;  4RRN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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