The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
93
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sequence length |
447
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structure length |
447
|
Chain Sequence |
CGAPVHDPDYIGGIGKELIVDDTSDVTSFYPSAFQEHLNFIPAPTTGSGCTRIPSFDMSATHCYTHNVIFSGCRDHSHSHQYLALGVLRTSATGRVFFSTLRSINLDDTQNRKSCSVSATPLGCDMLCSKVTETEEEDYNSVIPTSMVHGRLGFDGQYHEKDLDVTTLFGDWVANYPGVGGGSFIDNRVWFPVYGGLKPSSPSDTAQEGRYVIYKRYNDTCPDEQDYQIRMAKSSYKPGRFGGKRVQQAILSIKVSTSLGEDPVLTIPPNTVTLMGAEGRVLTVGTSHFLYQRGSSYFSPALLYPMTVNNNTATLHSPYTFNAFTRPGSVPCQASARCPNSCVTGVYTDPYPLVFHRNHTLRGVFGTMLDDEQARLNLVSAVFDNISRSRITRVSSSRTKAAYTTSTCFKVVKTNKTYCLSIAEISNTLFGEFRIVPLLVEILKDDG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Newcastle disease virus hemagglutinin-neuraminidase (HN) ectodomain reveals a four-helix bundle stalk.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Hemagglutinin-neuraminidase
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| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Newcastle disease virus
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| total genus |
93
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| structure length |
447
|
| sequence length |
447
|
| chains with identical sequence |
B, E, F
|
| ec nomenclature |
ec
3.2.1.18: Exo-alpha-sialidase. |
| pdb deposition date | 2011-07-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | 6 Propeller | Neuraminidase | Neuraminidase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4YZ1 A; 4D8S A; 4WEF A; 4CPL A; 2XZI A; 1Z4W A; 4K1H A; 1F8D A; 2AEP A; 2QWE A; 4FP2 A; 2HTR A; 2CML A; 3T1E A; 2A75 A; 4GZW A; 4QN7 A; 4MWQ A; 1EUT A; 3TIB A; 3H73 A; 4B7R A; 3H72 A; 4XJA A; 1A4Q A; 1L7G A; 4FPK A; 1MS3 A; 2FHR A; 4QN6 A; 3A72 A; 1NNC A; 2VWD A; 1DIL A; 4J9T A; 2QWC A; 4I00 A; 4B7N A; 4FPJ A; 4FPE A; 3O9K A; 1NN2 A; 4FOW A; 2HT7 A; 2VW1 A; 1EUR A; 2HTV A; 4HIZ A; 4HZZ A; 1V3D A; 4MZA A; 1W21 A; 2F13 A; 2QWH A; 1NCA N; 1NNA A; 4FP3 A; 3TIA A; 4Q6K A; 2W5N A; 4FVK A; 4FPG A; 2X9M A; 3H6J A; 1MS1 A; 4GB1 A; 1W0P A; 1ING A; 4MX0 A; 4FPF A; 2F12 A; 2SIM A; 1V0Z A; 2F28 A; 4XIK A; 5M1Z A; 1NCB N; 2YA4 A; 1WCS A; 3A71 A; 1MS8 A; 4XHB A; 4FPO B; 1SO7 A; 2BAT A; 1MS4 A; 1INW A; 5B2C A; 4JF7 A; 4NCS A; 1IVB A; 2VW2 A; 4NC5 A; 1Z4Y A; 4FOY A; 5HX0 A; 4MWU A; 5HUN A; 4MWR A; 4FPY A; 2SIL A; 4K1K A; 4MWY A; 4YW1 A; 4WA5 A; 5HUM A; 1B9S A; 4MZE A; 3K37 A; 3D12 A; 2SLI A; 3K38 A; 4MC7 A; 1E8U A; 1INX A; 4XJZ A; 1KIT A; 2AGS A; 4MWV A; 4WA4 A; 4B7J A; 2QWD A; 3B69 A; 3CL0 A; 4H53 A; 4XJ9 A; 4X49 A; 2HU0 A; 2C4L A; 2YA5 A; 3GVJ A; 1Z4X A; 1S0J A; 1L7F A; 2F29 A; 2YA6 A; 1NMC A; 2HT8 A; 2VK6 A; 4HZY A; 4QN5 A; 3SAN A; 3NSS A; 3TI4 A; 4QN3 A; 1E8V A; 1B9T A; 4GEZ A; 2QWI A; 4KS3 A; 2VVZ A; 4YW2 A; 2YDT A; 4GZP A; 4K1I A; 3TI5 A; 4XIL A; 1MS9 A; 3BEQ A; 4XJ8 A; 2F0Z A; 3ALX A; 4BBW A; 2HTQ A; 4CPN A; 2AEQ A; 2F24 A; 2HT5 A; 1MS0 A; 3GVL A; 1N1T A; 4XOG A; 2HTY A; 3PJQ A; 3CKZ A; 1V3E A; 1A4G A; 2F26 A; 2QWG A; 1V3B A; 1INV A; 2QWA A; 2XZK A; 7NN9 A; 1NNB A; 2VK5 A; 2HTW A; 1N1S A; 1EUS A; 4KS1 A; 4YZ3 A; 2QWB A; 4HZV A; 1A14 N; 2VW0 A; 4FPH A; 3TI3 A; 1XOE A; 4XMI A; 3TI8 A; 4GZX A; 2B8H A; 2ZB5 A; 2JKB A; 4B7Q A; 2YA8 A; 3B7E A; 2HTU A; 4XMA A; 4H52 A; 1N1Y A; 4HZW A; 2W38 A; 4YZ2 A; 1L7H A; 3SIL A; 1NMA N; 1INH A; 1Z4V A; 2YDP A; 4MJV A; 4UF7 A; 3H71 A; 4X4A A; 4CPY A; 1S0I A; 4XJW A; 2F25 A; 1VCU A; 1N1V A; 1WCQ A; 4FJ6 A; 4GDI A; 4GZS A; 3K36 A; 4K3Y A; 4SLI A; 4YW3 A; 1V3C A; 5NN9 A; 4CPZ A; 4CPM A; 4X47 A; 1DIM A; 4KS4 A; 4GZT A; 3TI6 A; 1NSD A; 5B2D A; 5HUK A; 1F8B A; 1MWE A; 4FOV A; 1USR A; 3TIC A; 1IVG A; 6NN9 A; 1MZ6 A; 2HU4 A; 4GZQ A; 4K1J A; 3ALW A; 3K3A A; 4FPC A; 4XJQ A; 4XJR A; 1V2I A; 2AH2 A; 2VSM A; 1NSC A; 4CPO A; 3CL2 A; 3W09 A; 4XHX A; 4YW4 A; 4M3M A; 4YZ4 A; 2BF6 A; 3NN9 A; 4KS2 A; 2W20 A; 4GJT A; 4X6K A; 5JYY A; 3GVK A; 2BZD A; 4M4N A; 4M4U A; 4HZX A; 1W20 A; 4MWX A; 1B9V A; 3SAL A; 4DGR A; 4FOQ A; 4YW5 A; 1SLI A; 4XIO A; 1V0E A; 1INF A; 4XJU A; 1V0F A; 2W5O A; 1IVE A; 1MR5 A; 2QWK A; 4XE9 A; 1F8E A; 2XZJ A; 1W0O A; 2VSK A; 1INY A; 4FZH A; 4MWW A; 1MZ5 A; 3JU4 A; 2F11 A; 2QWF A; 5HUG A; 2BER A; 5F9T A; 4QNP A; 4M4V A; 4MWJ A; 3OPZ A; 1EUU A; 1SNT A; 4FQ4 A; 3D11 A; 4NN9 A; 1XOG A; 4WA3 A; 2XCY A; 1NSB A; 2YA7 A; 1NMB N; 3INB A; 3O9J A; 2F27 A; 4MWL A; 1F8C A; 1NCD N; 2QWJ A; 1MS5 A; 4FPL A; 1BJI A; 3CYE A; 1W8N A; 2VK7 A; 1Z4Z A; 1E8T A; 1IVD A; 1W1X A; 2F10 A; 1NCC N; 2RKC A; 4WEG A; 2C4A A; 4MJU A; 3SLI A; 4B7M A; 1VCJ A; 4KS5 A; 1USX A; 4YZ5 A; 3K39 A; 4GZO A; 4QN4 A; 2ZB6 A; 1IVF A; 4XYX A; 4GDJ A; 1IVC A; 1SLL A; 1Z50 A; 1W8O A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4YZ1 A; 4IFJ A; 4D8S A; 4WEF A; 1X2J A; 3P5B L; 3AMS A; 5FNU A; 4CPL A; 2XZI A; 1Z4W A; 4K1H A; 1F8D A; 2AEP A; 3KYA A; 2QWE A; 4FP2 A; 4AGT A; 2HTR A; 4D4U A; 2CML A; 3T1E A; 3VNG A; 2A75 A; 5H47 A; 5D9D A; 4GZW A; 4QN7 A; 2DG1 A; 4MWQ A; 1EUT A; 4HHO A; 3TIB A; 3H73 A; 4B7R A; 1WP5 A; 3H72 A; 4XJA A; 1A4Q A; 3WN7 A; 1L7G A; 4FPK A; 2FPC A; 1MS3 A; 2ISM A; 2FHR A; 4QN6 A; 3A72 A; 3G4H A; 1NNC A; 2VWD A; 1DIL A; 1N6E A; 4J9T A; 2QWC A; 4I00 A; 4B7N A; 4FPJ A; 2FPB A; 4FPE A; 3O9K A; 1NN2 A; 4FOW A; 4IQK A; 2HT7 A; 2VW1 A; 3UC1 A; 1EUR A; 4CH9 A; 2HTV A; 4HIZ A; 2IAQ A; 4D52 B; 4HZZ A; 1V3D A; 2Z32 A; 4MZA A; 1W21 A; 4HHQ A; 2WOZ A; 2F13 A; 2QWH A; 1NCA N; 5GX4 A; 2FP8 A; 1NNA A; 4FP3 A; 3TIA A; 4Q6K A; 3L6V A; 2W5N A; 4FVK A; 3TC9 A; 4FPG A; 2X9M A; 3H6J A; 1MS1 A; 5GTQ A; 4GB1 A; 1W0P A; 1ING A; 4MX0 A; 4FPF A; 2F12 A; 2DSO A; 2IAR A; 4L7D A; 2SIM A; 1V0Z A; 1QLG A; 2F28 A; 4XIK A; 4GNB A; 1OFZ A; 3LI4 A; 5M1Z A; 1NCB N; 4ASC A; 4ZLR A; 2YA4 A; 5CGJ A; 1WCS A; 3A71 A; 1MS8 A; 4XHB A; 4FPO B; 1SO7 A; 2GVX A; 2BAT A; 1MS4 A; 1INW A; 2IAS A; 4JF7 A; 5B2C A; 4NCS A; 1IVB A; 2VW2 A; 1POO A; 3SOV A; 4YY8 A; 1CQ1 A; 1Z4Y A; 4NC5 A; 4FOY A; 4ZY3 A; 2V91 A; 5HX0 A; 4MWU A; 5HUN A; 4MWR A; 4FPY A; 2SIL A; 3WWA A; 4K1K A; 4MWY A; 1V04 A; 4YW1 A; 4WA5 A; 5HUM A; 1B9S A; 1N6D A; 4MZE A; 3S8V A; 3SRG A; 3K37 A; 3D12 A; 2SLI A; 2FP9 A; 3II7 A; 3K38 A; 4MC7 A; 2IAT A; 1E8U A; 1INX A; 4XJZ A; 4IMB A; 1KIT A; 2AGS A; 4MWV A; 3LI5 A; 4WA4 A; 4B7J A; 2QWD A; 3B69 A; 4IN4 A; 3CL0 A; 4H53 A; 3KGG A; 4XJ9 A; 3S8Z A; 4X49 A; 4C1Y B; 2HU0 A; 5FNR A; 3U0S A; 2C4L A; 2YA5 A; 3GVJ A; 1Z4X A; 1S0J A; 4GN7 A; 1L7F A; 3G4E A; 2F29 A; 2YA6 A; 1RWL A; 1NMC A; 2HT8 A; 2VK6 A; 4HZY A; 4QN5 A; 2IAV A; 3SAN A; 3NSS A; 3TI4 A; 5F72 C; 4QN3 A; 1E8V A; 1B9T A; 3Q6T A; 2GHS A; 4GEZ A; 1ZI0 A; 2QWI A; 4KS3 A; 2VVZ A; 4YW2 A; 2YDT A; 4GZP A; 4K1I A; 3TI5 A; 4XIL A; 1MS9 A; 3BEQ A; 3BYC A; 4AH4 A; 1IUC A; 4XJ8 A; 2F0Z A; 4GNA A; 3SOB B; 3ALX A; 5EO7 A; 4BBW A; 2HTQ A; 4CPN A; 2AEQ A; 2F24 A; 2HT5 A; 3IAX A; 1MS0 A; 3GVL A; 2G8S A; 2IAU A; 2ZWA A; 5D9B A; 1N1T A; 4XOG A; 3Q6K A; 5GX3 A; 1RWI A; 2HTY A; 3PJQ A; 3CKZ A; 1V3E A; 1A4G A; 2F26 A; 2QWG A; 3ADE A; 1V3B A; 3FW0 A; 1INV A; 3E5Z A; 2QWA A; 1ZGK A; 3ZGD A; 2XZK A; 4O5S A; 7NN9 A; 1NNB A; 2VK5 A; 4C1Y A; 2HTW A; 4Q1U A; 1C9U A; 1N1S A; 1N7D A; 3DAS A; 1EUS A; 4D52 C; 4KS1 A; 4YZ3 A; 4IYG A; 2QWB A; 4HZV A; 2IAX A; 1A14 N; 2VW0 A; 4FPH A; 3TI3 A; 1C5K A; 1H6L A; 1XOE A; 4GN8 A; 4XMI A; 3TI8 A; 4GZX A; 4IFL X; 2B8H A; 4PWZ A; 2ZB5 A; 2JKB A; 4B7Q A; 2YA8 A; 3B7E A; 2HTU A; 4XMA A; 3FVZ A; 1N1Y A; 3AMR A; 4H52 A; 5EX7 A; 4HZW A; 2W38 A; 4YZ2 A; 1L7H A; 3A9G A; 3SIL A; 1NMA N; 1INH A; 1Z4V A; 2YDP A; 4MJV A; 5FNQ A; 4UF7 A; 4G3N A; 3H71 A; 2IAO A; 1IUB A; 1QBI A; 1U6D X; 4X4A A; 4XMB A; 1PJX A; 4CHB A; 4CPY A; 5EO8 A; 1S0I A; 4XJW A; 1IJQ A; 2F25 A; 1VCU A; 4DG6 A; 1N1V A; 3I1C A; 2GVW A; 1WCQ A; 4FJ6 A; 4ZGC A; 4GDI A; 1S1D A; 4GZS A; 3K36 A; 3V1S A; 4K3Y A; 2VAQ A; 3Q6P A; 4SLI A; 4YW3 A; 1V3C A; 2W8B B; 5NN9 A; 4CPZ A; 3S2K A; 4CPM A; 2GVU A; 4X47 A; 1X2R A; 4GNC A; 1DIM A; 4KS4 A; 4GZT A; 3TI6 A; 2ZW9 A; 1NSD A; 5B2D A; 5HUK A; 1F8B A; 1MWE A; 3HLH A; 4FOV A; 2IVZ A; 2H2N A; 4AGI A; 1USR A; 2GVV A; 3A9H A; 2ZZK A; 3S94 A; 2XN4 A; 3TIC A; 4AHA A; 1IVG A; 6NN9 A; 1MZ6 A; 3HLI A; 4CSD A; 2HU4 A; 4GZQ A; 1Q7F A; 4K1J A; 1CVM A; 3ALW A; 3K3A A; 4HW6 A; 3WDZ A; 1SUU A; 1E1A A; 2OJH A; 2IAW A; 4FPC A; 4XJQ A; 3ZGC A; 4XJR A; 1CRZ A; 1V2I A; 2AH2 A; 2VSM A; 1NSC A; 4CPO A; 3CL2 A; 2QE8 A; 4L7C A; 3W09 A; 4XHX A; 4YW4 A; 4M3M A; 4YZ4 A; 2IAP A; 2BF6 A; 3NN9 A; 4KS2 A; 5GX2 A; 2W20 A; 4GN9 A; 4GJT A; 4X6K A; 5JYY A; 3SRE A; 2W8B A; 3GVK A; 2BZD A; 4M4N A; 5FZJ A; 1K32 A; 3O4P A; 4M4U A; 3SOQ A; 4HZX A; 1W20 A; 4MWX A; 1B9V A; 2DYH A; 3SAL A; 4DGR A; 5GX1 A; 4FOQ A; 4YW5 A; 1SLI A; 5FNS A; 5FNT A; 4XIO A; 1V0E A; 1INF A; 1NPE A; 4XJU A; 1V0F A; 4O5T A; 2W5O A; 4A0P A; 3HRP A; 1IVE A; 3VNH A; 1MR5 A; 3V64 C; 5FZN A; 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4XJA A; 1A4Q A; 1L7G A; 4FPK A; 1MS3 A; 2FHR A; 4QN6 A; 3A72 A; 1NNC A; 2VWD A; 1DIL A; 4J9T A; 2QWC A; 4I00 A; 4B7N A; 4FPJ A; 4FPE A; 3O9K A; 1NN2 A; 4FOW A; 2HT7 A; 2VW1 A; 1EUR A; 2HTV A; 4HIZ A; 4HZZ A; 1V3D A; 4MZA A; 1W21 A; 2F13 A; 2QWH A; 1NCA N; 1NNA A; 4FP3 A; 3TIA A; 4Q6K A; 2W5N A; 4FVK A; 4FPG A; 2X9M A; 3H6J A; 1MS1 A; 4GB1 A; 1W0P A; 1ING A; 4MX0 A; 4FPF A; 2F12 A; 2SIM A; 1V0Z A; 2F28 A; 4XIK A; 5M1Z A; 1NCB N; 2YA4 A; 1WCS A; 3A71 A; 1MS8 A; 4XHB A; 4FPO B; 1SO7 A; 2BAT A; 1MS4 A; 1INW A; 5B2C A; 4JF7 A; 4NCS A; 1IVB A; 2VW2 A; 4NC5 A; 1Z4Y A; 4FOY A; 5HX0 A; 4MWU A; 5HUN A; 4MWR A; 4FPY A; 2SIL A; 4K1K A; 4MWY A; 4YW1 A; 4WA5 A; 5HUM A; 1B9S A; 4MZE A; 3K37 A; 3D12 A; 2SLI A; 3K38 A; 4MC7 A; 1E8U A; 1INX A; 4XJZ A; 1KIT A; 2AGS A; 4MWV A; 4WA4 A; 4B7J A; 2QWD A; 3B69 A; 3CL0 A; 4H53 A; 4XJ9 A; 4X49 A; 2HU0 A; 2C4L A; 2YA5 A; 3GVJ A; 1Z4X A; 1S0J A; 1L7F A; 2F29 A; 2YA6 A; 1NMC A; 2HT8 A; 2VK6 A; 4HZY A; 4QN5 A; 3SAN A; 3NSS A; 3TI4 A; 4QN3 A; 1E8V A; 1B9T A; 4GEZ A; 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