The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
27
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sequence length |
119
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structure length |
119
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Chain Sequence |
KRQVASGRAYIHASYNNTIVTITDPDGNPITWSSGGVIGYKGSRKGTPYAAQLAALDAAKKAMAYGMQSVDVIVRGTGAGREQAIRALQASGLQVKSIVDDTPVPHNGCRPKKKFRKAS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Human tRNA(Lys3)(UUU) Is Pre-Structured by Natural Modifications for Cognate and Wobble Codon Binding through Keto-Enol Tautomerism.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Ribosome/antibiotic
|
| molecule keywords |
16s rRNA
|
| total genus |
27
|
| structure length |
119
|
| sequence length |
119
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-07-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| K | PF00411 | Ribosomal_S11 | Ribosomal protein S11 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Ribosomal protein S11 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4LF5 K; 1I94 K; 4JI0 K; 2F4V K; 1XNQ K; 1HNZ K; 5LL6 Z; 4KHP K; 2ZM6 K; 4DV2 K; 5AJ3 K; 4DV6 K; 5BR8 K; 2UU9 K; 1HNX K; 4B3M K; 1N36 K; 4JI1 K; 2HHH K; 4GKK K; 5FLX O; 1XMQ K; 4B3S K; 4DR6 K; 2UUC K; 1HR0 K; 1IBL K; 5IT9 O; 3OTO K; 4DR5 K; 4JI8 K; 4DR3 K; 4YHH K; 4JI2 K; 3J7A P; 1J5E K; 4JI6 K; 2UXB K; 1XMO K; 4AQY K; 4CW7 B; 1N33 K; 3JAM O; 4LFB K; 1HNW K; 4OX9 K; 4LF4 K; 2UUB K; 4JYA K; 4CVN E; 5LMN K; 4LF8 K; 4JV5 K; 1N32 K; 4LF6 K; 4YY3 K; 3J80 O; 3T1Y K; 5A2Q O; 4DR1 K; 4V19 S; 4DR2 K; 4DUZ K; 4DV7 K; 4JI7 K; 4LFA K; 4JI4 K; 4DUY K; 4LF9 K; 4K0K K; 4DV1 K; 4X62 K; 4DR4 K; 4X64 K; 5IWA K; 2UXD K; 4NXM K; 1XNR K; 2VQF K; 4JI5 K; 2UUA K; 4GKJ K; 4DV3 K; 5LMU K; 4DV5 K; 4DV0 K; 4X65 K; 4B3T K; 4LF7 K; 1FJG K; 4JI3 K; 4DR7 K; 2UXC K; 1N34 K; 3T1H K; 4NXN K; 4LFC K; 1IBM K; 2E5L K; 1IBK K; 2VQE K; 4X66 K; 3J7Y P; 3J81 O; 4DV4 K; 4B3R K; #chains in the Genus database with same CATH topology 4ILG B; 1YUW A; 4JK7 A; 3DXK B; 4PKG A; 4CFA A; 3VPZ A; 1KRP A; 3LPT A; 4I6M A; 3ZT4 A; 4FWN A; 4B9L A; 3UKR A; 1NNE A; 3L2Q A; 4KHS A; 1REV A; 3NVK A; 1WSE A; 3QIP A; 3MXJ A; 4ILJ A; 2HHU A; 1D9F A; 2BAN A; 2OYQ A; 4E1N A; 1FK9 A; 1NJI O; 4IBN A; 4FWM A; 5AQP A; 4Z4F A; 4DR6 K; 1WOQ A; 1HPM A; 3WNG A; 1T8E A; 3C6T A; 3C6H A; 4OPA A; 4H5W A; 1KAY A; 3OBW A; 4CD3 A; 4FPA A; 2DFE A; 2E1Z A; 3ZEU A; 1EX4 A; 2WBN A; 1YJW N; 3HBT A; 4H0X B; 4CFD A; 1GOA A; 1WNS A; 2FSK A; 3FFK B; 1VRU A; 5GIN A; 3G0Z A; 3ALY A; 4DF8 A; 4JYA K; 3THV A; 4LF6 K; 1RTJ A; 4YY3 K; 4BE2 A; 4H0T B; 5DK5 A; 4M3Y A; 1LWC A; 1BCO A; 4CGH A; 1FXX A; 1Z6R A; 4CJL A; 3CFO A; 3LDN A; 4CD1 A; 4MDB A; 3RR8 A; 3OYH A; 3O5B A; 3ZT3 A; 2IDO A; 2GV9 A; 3SAH A; 4CZE A; 3VEV A; 4LSL A; 2HMI A; 4DB3 A; 4DR4 K; 3QEV A; 3KZB A; 4BDZ A; 3D2F B; 1XNR K; 1RFQ A; 4ID1 A; 3PUF A; 4DS5 A; 2KKZ A; 1SKR A; 4B1W B; 4M3Z A; 2UUA K; 1OVY A; 5GIO A; 1U6Z A; 3SJJ A; 4BG9 A; 2NRZ A; 3CER A; 4AIL C; 5GAG P; 3LDP A; 3BUZ B; 2HNY A; 4GMJ B; 5AQJ A; 4O8U A; 1IH7 A; 1NJY A; 2FF6 A; 1KAZ A; 5ADX A; 2E5L K; 1NGH A; 1GLA G; 4IJA A; 4ZTF A; 4F2S A; 4B3O A; 2QW9 A; 3D7E O; 1NMN A; 3T1A A; 3SV4 A; 2O8D B; 3BZC A; 4E1M A; 3O9Q A; 3BF3 A; 4Z4I A; 2G8H A; 1JXB A; 4IWV A; 4FVM A; 2XHB A; 4CCH A; 3RMB A; 3HPG A; 4PL8 A; 3VA3 A; 2YNI A; 3AVM A; 1CZA N; 3P38 A; 1IKX A; 1UA1 A; 2A5X A; 3KHY A; 3LP0 A; 1YHQ N; 2CGK A; 4IDH A; 4CJ7 A; 1NJW A; 4FJM A; 1NGB A; 4B3M K; 2WC9 A; 3SI6 A; 2HVH A; 3T7Z A; 1RT1 A; 2NRW A; 2NNW A; 4AHC A; 1SKS A; 5AQH A; 1HR0 K; 4PQU A; 3F5T A; 5JS2 A; 3L3V A; 3LAL A; 2OPR A; 1U47 A; 2QWM A; 2HOE A; 2P9U A; 1KXP A; 4YNQ A; 3L0Q A; 4LH4 A; 2ETJ A; 3KLE A; 1IV0 A; 3VER A; 4LFB K; 1K9M O; 3CC2 N; 3R3L A; 2W41 A; 3MAQ A; 1QSL A; 2YHA A; 4FLZ A; 1HJO A; 1HKB A; 4CVN E; 2RKI A; 4JV5 K; 3P83 D; 2D5R A; 5MLC Q; 4KPY A; 1VQ4 N; 1JL2 A; 1RBS A; 1C6V A; 2HMP A; 4KHN A; 2O8C A; 4BVO A; 5HRS A; 4E7J A; 3FFI A; 1TL3 A; 3IS9 A; 4BRQ A; 2YCH A; 1NGA A; 4RW9 A; 5FPD A; 4O55 A; 3TAN A; 4CFC A; 4DV1 K; 4W5T A; 4FYD A; 4CJ4 A; 4CEC A; 4KHU A; 3HXM A; 5LMU K; 4BY9 C; 1OH6 A; 1EWR A; 4QS9 A; 4MO5 A; 1ZBL A; 2ZGY A; 2G8I A; 3S41 A; 2E1Y A; 4C8K A; 4LF7 K; 1BI4 A; 4AHS A; 2P9N A; 3WNH A; 4DR7 K; 1DTT A; 4ICL A; 1A5W A; 4RTF D; 4CZJ A; 3W0L A; 1VQ8 N; 3KLI A; 3LDQ A; 4IEE A; 5HRR A; 3IRX A; 2RF2 A; 3J81 O; 4FJ8 A; 3TAM A; 2GUI A; 4CZI A; 1L3T A; 1RT5 A; 4W5N A; 3HL8 A; 4LD0 A; 4WE1 A; 3T19 A; 2VG5 A; 1O13 A; 3HVT A; 2DFF A; 5KGW A; 3HK2 A; 2Q0R A; 3P31 A; 4CJF A; 3VQP A; 3F73 A; 1J53 A; 3O6W A; 5AJ3 K; 3NBP A; 1LWF A; 4JAX A; 1JJ2 M; 2AJQ A; 1M90 O; 4BWM A; 4KBO A; 3C6A A; 4KTZ A; 1FW6 A; 2BUP A; 1D4X A; 4JKA A; 2P9S A; 5LJV A; 3LWM A; 1IBL K; 4ID5 A; 4BRI A; 3HZ6 A; 2CGL A; 3DOK A; 3IUC A; 4DTO A; 5T7B A; 1NK6 A; 2QXF A; 4JD2 A; 2PY5 A; 1W0H A; 1RTD A; 4CJP A; 1J5E K; 4JI6 K; 1ZYQ A; 1CLQ A; 3VF6 A; 1DTQ A; 3KIO A; 3OYE A; 3NF6 A; 1D8Y A; 5AQG A; 3O4Q A; 1HNW K; 2P9P B; 4IKF A; 3U6F A; 1RT7 A; 3CCU N; 3NAE A; 3HYF A; 4FW1 A; 4IOX A; 4KH6 A; 3T1Y K; 3AVC A; 3R6M A; 4UY8 O; 5E41 A; 1L3S A; 1TKZ A; 4DUY K; 3H1Q A; 3C95 A; 4E0D A; 3IKM A; 3VQD A; 4F8R A; 4Z4C A; 5AQX A; 4HCC A; 2OPQ A; 5J2N A; 2B6A A; 3ZSY A; 1TUY A; 3DJC A; 4BRE A; 2QKB A; 3MCA B; 4BQZ A; 2A41 A; 3TSQ A; 4ELU A; 2AA4 A; 3ULE B; 3I8D A; 4IDK A; 2VQF K; 4JNE A; 3VET A; 3DXM B; 4CJT A; 1VQP N; 1GLF O; 4BC5 A; 3TAR A; 3O4W A; 3ZX2 A; 1VQ7 N; 3O80 A; 5I3U A; 2O8E B; 2A6A A; 5SZT A; 4IXC A; 5CR4 A; 4L3Q A; 3CHW A; 3L2V A; 4CK3 A; 3THY A; 2G8K A; 4C8M A; 4CGF A; 2E8A A; 1S72 N; 3FZL A; 4CJ5 A; 5M1F A; 4BR9 A; 1YT3 A; 4CF2 A; 2YNH A; 2ZE2 A; 1HKC A; 3ATV A; 1NG9 A; 2F4V K; 1BCM A; 4YDU C; 5AQR A; 5AQS A; 4CHO A; 4OO1 J; 3KLF A; 4FM0 A; 3VQ9 A; 3WQT A; 4FLX A; 2P9L B; 4FZZ A; 1JLE A; 5FPN A; 3HO1 A; 4NYF A; 3QES A; 1U45 A; 3VMF B; 4QAG A; 2G8W A; 3DOL A; 4ISG A; 4B3S K; 1QVF M; 3JXU A; 2OCE A; 3VOV A; 1C0M A; 1T44 A; 3KK1 A; 3MEE A; 3V6D A; 3OYJ A; 2VWB A; 1KLN A; 3MCP A; 4AF1 A; 4KI4 A; 4C1N K; 4WCE L; 2WFB A; 1B9F A; 4HVJ A; 4AQY K; 1R59 O; 3I55 N; 4HHT A; 5E26 A; 3L2W A; 3V9W A; 1NKE A; 3PLA A; 1VQO N; 4DTP A; 5AZJ B; 5FRM A; 1ESV A; 5LMN K; 1QSS A; 2P9K A; 1SS6 A; 4DQ8 A; 3OJS A; 1EWQ A; 1JXE A; 1NU0 A; 3AO2 A; 4Z4H A; 1S1T A; 4DTR A; 1NK7 A; 1WSG A; 1S1U A; 1IKW A; 1LAV A; 4JS5 A; 3AA5 X; 3IFR A; 4G1Q A; 5HOO A; 5KPT A; 2XY6 A; 3QB0 A; 3QNO A; 3C94 A; 4OVL A; 4FJN A; 1RDW X; 4GNI A; 4X64 K; 1W7A A; 3IMX A; 1VRT A; 3M8R A; 1VSH A; 3VGK A; 2D1K A; 3ATU A; 3VES A; 4JI5 K; 1XC3 A; 2F8S A; 3FE1 A; 5J2P A; 4DV5 K; 3PO4 A; 5C0Y A; 4C8L A; 1MWM A; 1W97 L; 4JKD A; 4AHT A; 5KRS A; 1NGE A; 4WF9 L; 4JKG A; 4XH5 A; 4JI3 K; 3J7Z O; 3GL1 A; 1N34 K; 4BR4 A; 3ZSW A; 1RNH A; 2V7Y A; 2KHO A; 2FBT A; 3CM6 A; 1SAZ A; 3A2F A; 4IG0 A; 4CER A; 1NJZ A; 1WSJ A; 3HTV A; 5M1Q A; 4JRP A; 2BGG A; 4DV4 K; 4M41 A; 4BRL A; 1XHX A; 3QER A; 5I9E B; 2OTL N; 3K5O A; 4BGB A; 4I6M B; 3ITH A; 3UKR B; 4CJK A; 4J8F A; 4RG8 A; 3RRG A; 3V1R A; 4E7K A; 3K9K A; 3KD1 E; 3WXL A; 3I56 N; 2GTD A; 1U2V A; 1GLB G; 1RT4 A; 1HYS A; 5KPZ A; 4B9U A; 3SMP A; 4FZY A; 4Z4G A; 4KRE A; 2VWK A; 4OGE A; 3PX6 A; 3KKS A; 3KKR A; 4PHT X; 2F8T A; 1ASW A; 1NGD A; 3V1Q A; 4DR5 K; 2Q0U A; 3ZX0 A; 4FWK A; 4E1J A; 5I42 A; 2IIR A; 2CH5 A; 5AFU H; 2HHT A; 5AZI A; 4ILH A; 1WLJ A; 2W6K A; 3D2E A; 4MDA A; 3ZEU B; 4BRF A; 3ISN C; 4E89 A; 3JYT A; 3HPH A; 2ASP A; 2E2O A; 3HP6 A; 4CE9 A; 1HPZ A; 4R5P A; 3TWH A; 3CJ7 A; 4IFV A; 2OPS A; 3V9S A; 1N5Y A; 4BR5 A; 3NH0 A; 4O44 A; 4CHN A; 4JI4 K; 1GOB A; 1K8K A; 3AVH A; 3A5M C; 4FLV A; 4HUF A; 3MXI A; 3FZK A; 3F9K A; 3OY9 A; 2E6L A; 3AVI A; 2HF4 A; 4KKO A; 4NXM K; 3CYM A; 4C23 A; 1ITG A; 4FW2 A; 4BRH A; 2QK9 A; 4GW6 A; 3VEW A; 5BRF A; 4XEI A; 1X3M A; 3ZSX A; 4DU1 A; 1YVN A; 1WN7 A; 3OBY A; 4C8N A; 4YOV A; 5AQK A; 1JLF A; 2QWO A; 2VYP A; 3QBX A; 3O9U A; 4EP5 A; 4DFP A; 4CZF A; 4JKH A; 4CBW A; 4B3T K; 3DAW A; 1V4S A; 5EY4 A; 4B1Z A; 1QHA A; 4DQI A; 3NVM A; 4BRG A; 4NXN K; 4K8Z A; 2PYL A; 3S9H A; 3MXM A; 1VSM A; 3MEC A; 4KHY A; 1M1K O; 5HRO A; 2X78 A; 3KWG A; 2A3Z A; 3H3O B; 4KFB A; 4E19 A; 3NH1 A; 4FL9 A; 4XIU A; 3RVC A; 4B3R K; 2D0B A; 1UWB A; 5BN8 A; 1YAG A; 1S6P A; 3WNF A; 2Z1G A; 5KI6 A; 4OPJ A; 4AH9 A; 2HNZ A; 3AA4 A; 4CJR A; 5LL6 Z; 3WUH A; 1C0G A; 2FF3 B; 5C24 A; 3EO3 A; 3AVG A; 4W5Q A; 1HQE A; 5BR8 K; 1T03 A; 4CED A; 4BC4 A; 4DQS A; 1C1A A; 4CHQ A; 1N36 K; 4KHW A; 2QWQ A; 3UKU A; 4GKK K; 1NLV A; 4DTX A; 4CF0 A; 5BRE A; 1S9E A; 3L4I A; 5KQD A; 4FOE A; 1LOT B; 2BE2 A; 1NKC A; 3DLB A; 4JLH A; 4F4K A; 1LCU A; 3LDO A; 3PV8 A; 3CFP A; 2P9U B; 3NGI A; 1IJJ A; 4DU3 A; 4BC3 A; 1BA0 A; 3O1W A; 2YHY A; 2YHX A; 3OYN A; 3H08 A; 2WTU A; 2HHQ A; 4Q0B A; 4JHD A; 4KHQ A; 3OYG A; 4YOT A; 4FZX C; 2PFU A; 4MQ3 A; 4DQQ A; 1N8R O; 3FR0 A; 2W6L A; 5JVH L; 2P5O A; 1V4T A; 4E7H A; 3FZM A; 3CQX A; 4DR1 K; 3BP8 A; 3RSE A; 4LC9 B; 2O8C B; 1LW2 A; 2NRV A; 1NK5 A; 4CGI A; 4OJR A; 1QQN A; 1RBR A; 2PBD A; 4AM6 A; 1SL1 A; 3KK3 A; 4M3X A; 1QQM A; 3ASM A; 4IFE A; 4CHP A; 4AM7 A; 3AA3 A; 3QET A; 2VWJ A; 3VQ6 A; 4B9T A; 4DF4 A; 3ZCM A; 1HQU A; 4DV3 K; 4FLT A; 3ZET A; 3ZSR A; 4A61 A; 1FKP A; 1RGI A; 1E4G T; 3FZH A; 1NKB A; 4DTS A; 4R79 A; 3OYM A; 3L3U A; 1BI4 B; 4ZTJ A; 1FJG K; 3CJ1 A; 1R0A A; 1D5A A; 2P9N B; 4CIG A; 3T1H K; 3LDL A; 5AQM A; 4B9N A; 2FBY A; 4EP4 A; 1ATS A; 2E2P A; 4W5O A; 3KK7 A; 2FLO A; 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1IKV A; 3SQ1 A; 3EEQ A; 3LPU A; 3LZJ A; 4B1Y B; 3A0I X; 3VEO A; 3M8Q A; 2QA4 N; 3THY B; 3M1F A; 3NGZ A; 2PAV A; 4J2B A; 2OPP A; 4O5B A; 3DM2 A; 1GLE G; 1ZBH A; 2ASM A; 3LL3 A; 3I8B A; 4GY2 B; 3GBT A; 3IAY A; 5JLF A; 1YTA A; 1Q9X A; 5HLF A; 4CF9 A; 3HOS A; 1SL0 A; 3LP1 A; 4XH4 A; 1GLL O; 3THX A; 4H8K A; 4DV6 K; 1WSF A; 2D0C A; 1DGK N; 2XO7 A; 5GAD P; 3HOT A; 4JI1 K; 5EOY A; 5BPL A; 4DHY A; 3JS6 A; 2CH6 A; 2UUC K; 5EX5 A; 2Q36 A; 4I9L A; 1VQL N; 2GBZ A; 4DQR A; 4I9Q A; 3CCJ N; 5KRT A; 4H0V B; 4HUE A; 5AQW A; 4WQ5 A; 5CYM A; 4CW7 B; 3MN9 A; 3HJF A; 3TSP A; 1T05 A; 5EXW A; 2IVP A; 4MLH A; 4KAZ A; 2HB5 A; 3G6E N; 1HRH A; 3CJB A; 1K8A O; 4LF8 K; 4U7B A; 1GLJ O; 2P9K B; 1OH8 A; 3VQ5 A; 4NCA A; 5A2Q O; 5FRO A; 3OYB A; 5M1N A; 3QEI A; 2HND A; 3U4L A; 1KLM A; 4JN4 A; 1B92 A; 2QWP A; 3DRP A; 1NOZ A; 2RN2 A; 2XY7 A; 2Z1H A; 3AV9 A; 3E66 A; 5AQV A; 4CF1 A; 2GUP A; 3MEG A; 1QZ6 A; 1VSJ A; 2HF3 A; 3EL2 A; 4FWL A; 1BQN A; 4FXD A; 3VQQ A; 3DLE A; 4JS4 A; 1VQN N; 4IG3 A; 3CMA N; 3SYZ A; 4GVM A; 1DT9 A; 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