The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
48
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sequence length |
322
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structure length |
322
|
Chain Sequence |
ASGVRIDPTQTQNLGVKTATVTRGPLTFAQSFPANVSYNEYQYAIVQARAAGFIDKVYPLTVGDKVQKGTPLLDLTIPDWVEAQSEYLLLRETGGTATQTEGILERLRLAGMPEADIRRLIATQKIQTRFTLKAPIDGVITAFDLRAGMNIAKDNVVAKIQGMDPVWVTAAIPESIAWLVKDASQFTLTVPARPDKTLTIRKWTLLPGVDAATRTLQLRLEVDNADEALKPGMNAWLQLNTASEPMLLIPSQALIDTGSEQRVITVDADGRFVPKRVAVFQASQGVTALRSGLAEGEKVVSSGLFLIDSEANISGALERMRS
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Charged Amino Acids (R83, E567, D617, E625, R669, and K678) of CusA Are Required for Metal Ion Transport in the Cus Efflux System.
pubmed doi rcsb |
molecule tags |
Transport protein
|
source organism |
Escherichia coli
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molecule keywords |
Cation efflux system protein CusB
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total genus |
48
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structure length |
322
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sequence length |
322
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chains with identical sequence |
C
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2011-07-26 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
B | PF16572 | HlyD_D4 | Long alpha hairpin domain of cation efflux system protein, CusB |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Beta | Beta Barrel | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) | ||
Mainly Beta | Beta Barrel | conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold | conserved putative lor/sdh protein from methanococcus maripaludis s2 fold |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1T5E A; 2A6H C; 2NN6 I; 1OXU A; 4HR7 B; 4KKT A; 4KN4 C; 1OXV A; 2QF7 A; 3A7L A; 3VR5 A; 1VDZ A; 3L7Z C; 3BDO A; 3PV0 A; 3D4R A; 2BA1 A; 1IW7 C; 2AWO A; 3DXJ C; 1Y8N B; 2PCF B; 3P20 A; 2DNC A; 1Q1E A; 2BE5 D; 2L5T A; 2BA0 A; 2K7V A; 1B9M A; 3AB9 A; 5KNC A; 3PUX A; 3QIA A; 2AUJ D; 3SE0 A; 3FPP A; 3PUY A; 5JEA G; 3NE5 B; 3A8J E; 4L8J A; 2K32 A; 2D2C C; 1OXT A; 1LAC A; 1IYU A; 5KNB A; 4IQZ A; 1G29 1; 2A6E C; 1H9R A; 3IFT A; 4OGQ C; 3CRL C; 1Z7T A; 2EDG A; 5C0X G; 5C0X H; 2PPB C; 5K36 H; 2E76 C; 3GQB A; 3ND8 A; 1GHK A; 3I73 A; 1BDO A; 3QG1 A; 3LNN A; 1Q1B A; 4IFD G; 4IFD H; 3OW7 A; 1O78 A; 3IKJ A; 3PUW A; 5BN3 A; 2B8G A; 1VCI A; 1O7L A; 1Q12 A; 3N6R A; 2Q8I B; 2R6G A; 2O5J C; 2EJF C; 4LJZ C; 1YNN C; 4DK0 A; 4KI0 A; 4KKU A; 3EQL C; 1GJX A; 2DN8 A; 1VF7 A; 4H44 C; 3A8K E; 2JEA I; 2AUK A; 3CRK C; 3WDN A; 1GHJ A; 1HTP A; 1TU2 B; 4KHZ A; 3VR3 A; 5JEA H; 2EJM A; 4PV1 C; 2PNR C; 2E74 C; 3W3A A; 1GUN A; 2KCC A; 3H94 A; 3D31 A; 2CW0 C; 3RLF A; 2A69 D; 5A35 A; 4JBW A; 3LWU A; 2NN6 G; 2K33 A; 4XTC S; 1B9N A; 1DCZ A; 3KLR A; 2JXM B; 4RCN A; 1LAB A; 2BE5 C; 3VA7 A; 1ZYR C; 1CFM A; 1Q90 A; 1HPC A; 1Y8P B; 2BDO A; 4BA2 I; 3PUV A; 2JE6 I; 3M4Y A; 1ONL A; 2YYZ A; 1GUS A; 2F1M A; 1DXM A; 1GUO A; 1I6V C; 3VR6 A; 2LMC B; 3T53 B; 2A69 C; 3OOC A; 4G7H C; 4KMU C; 1EWH A; 3PUZ A; 1HQM C; 2KA7 A; 3M7N A; 4DNR B; 1GUT A; 3GD7 A; 1OXX K; 4H0L C; 2EVB A; 3TZU A; 4DNT B; 1Y69 U; 2IT1 A; 1IW7 D; 3ND9 A; 3M85 A; 5KND A; 3BG3 A; 3FMC A; 3I72 A; 4KN7 C; 2B8F A; 2NN6 H; 1DD2 A; 3A7A B; 3QJY A; 1E2W A; 2A68 D; 3VR2 A; 1FYC A; 3VR4 A; 1OXS C; 4I7Z C; 2O5I C; 3T56 B; 2V4D A; 1HCZ A; 1IYV A; 2A6E D; 2DNE A; 2JEB I; 3MFY A; 3SDZ A; 4OO1 G; 4OO1 H; 1YNJ C; 4DK1 A; 1H9S A; 4GZY C; 4TKO B; 1QJO A; 1FR3 A; 1Y8O B; 3I4L A; 4TQU S; 1ZKO A; 5BN5 A; 4G7O C; 4XIG S; 1H9K A; 4G7Z C; 1SMY C; 1TKW B; 1VF5 C; 2EJG C; 1H9J A; 2A6H D; 1V43 A; 3HGB A; 5BN4 A; 4LK1 C; 1CI3 M; 3T51 B; 1E2Z A; 2A68 C; 1K8M A; 4BA1 I; 2D5D A; 3U9S A; 1A6X A; 1V8Q A; 4H13 C; 1GUG A; 2E75 C; 5K36 G; 4KKS A; 3A8I E; 3MXU A; 3OPO A; 1K8O A; 4JK1 C; 1H9S B; 1CTM A; 1E2V A; 1H9M A; 2ZT9 C; 1Z6H A; 1PMR A; 2D62 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1PTO C; 1HHV A; 1A2T A; 1KDC A; 1AE2 A; 5C44 H; 1EY6 A; 3O13 A; 4LF6 L; 4IO9 A; 1ELO A; 2R92 G; 3B82 A; 3BH4 A; 4KHP L; 3GO5 A; 4DV5 L; 1RF2 D; 1WI5 A; 3D4R A; 3R3O A; 1ASZ A; 5IY0 A; 2BA0 A; 1I7P A; 4KLK A; 3E9H A; 5EPJ A; 4CDF C; 2KJX A; 1E0B A; 1VQK B; 1I94 Q; 4RMF A; 2D74 A; 1LUZ A; 1UE6 A; 3CMM A; 3OP1 A; 2RSO A; 3ERQ A; 5T1I A; 3TEH B; 4JBK A; 2JA5 B; 1CZG A; 1VQA A; 2OQ0 A; 1NMF A; 1PH6 A; 1W0J A; 3LNN A; 1DM0 B; 2DJF C; 3TRE A; 1MGS A; 2ZJP A; 2PNH A; 3GP7 A; 3PUW A; 2F0T A; 2JA5 H; 5F4M A; 4Y7N B; 4DGZ A; 2R6G A; 4OEL B; 1TTT A; 1W0K A; 4B43 A; 3QR8 A; 5DM7 3; 1I3Q B; 1K0R A; 4DR3 Q; 1JB9 A; 4UDU C; 1BMF A; 3STB C; 1Q8I A; 2Z9H A; 3F2U A; 3F8T A; 4ZUJ A; 4Y7N H; 2Z6B D; 1R5O A; 1HJP A; 1GHJ A; 1J9O A; 5JJI A; 2ZM6 Q; 3G6E B; 1I3Q H; 4TMW A; 3G4S A; 1HNX L; 4CJ1 B; 4LF7 Q; 4GKJ L; 3VNU A; 4RD3 A; 1Y0Y A; 3EN2 A; 1JJC B; 5HY6 A; 5A35 A; 4RD1 A; 3H15 A; 4OOV A; 3KLR A; 5M3M G; 3AU7 A; 4NPS A; 1BLI A; 4QVA A; 3I8Z A; 3VYT A; 1TT2 A; 4J0Q A; 1HXY D; 1MBY A; 2RHQ B; 2E2J H; 2WFW A; 1Q7Y C; 1SYC A; 4HTH A; 4DQL A; 2F3W A; 2JA6 B; 1PH1 A; 4P2N A; 2R7D A; 3KF8 A; 4MHE A; 3CTA A; 5CC4 A; 2K75 A; 3X3M A; 3T13 A; 2VQE L; 2XOK A; 1XFO A; 2EOT A; 4NKL A; 3AMU A; 4H0L C; 2JA6 H; 3DM3 A; 1HUM A; 4XKV A; 1IL8 A; 1B50 A; 3WOF A; 1CK1 A; 4JI4 L; 4DXG A; 1RDP D; 4NCN A; 3W2D A; 3WNB A; 4YY3 L; 2C2W A; 1YJW A; 1KTV A; 4I7Z C; 4ZKC B; 3T56 B; 2HD3 A; 4TMZ A; 5C4J B; 2LXK A; 1YEZ A; 4R4I A; 3BDL A; 1TXY A; 3S15 B; 1YVC A; 2DJG C; 4Z4S A; 3BZK A; 1TKW B; 1EFT A; 5C4J H; 1ENF A; 2A6H D; 2GN5 A; 1AZQ A; 4BBS B; 1VQ4 B; 1E3Z A; 2PMD A; 5FNZ A; 3CD6 B; 3OZV A; 2AMC B; 3RZD B; 2L15 A; 3S15 H; 2EZV A; 4J8Q A; 2OTJ B; 4LFA Q; 1LLR D; 4JCV E; 4QIW B; 2J0T D; 3A8I E; 4GLA C; 1FVI A; 1EWY A; 4BBS H; 4TVA B; 3GTQ B; 1G2T A; 3S14 B; 3RZD H; 1HFG A; 5EPL A; 1E2V A; 1G91 A; 2F0W A; 3W1G A; 1Q8K A; 2XRQ D; 3HOZ B; 5LMN W; 1W35 A; 2C35 B; 2NZO A; 3GTQ H; 3S14 H; 3W2F A; 1KLU D; 1DOM A; 3GV6 A; 1I5F A; 3HOZ H; 4HE6 A; 1WTV A; 1TWH B; 1EZ6 A; 3MMP A; 2IJ0 A; 3WY9 A; 4C3J G; 1SNQ A; 1EYA A; 5H59 A; 2A1A A; 1M4V A; 3FPP A; 3PSI A; 5JEA G; 3PIO A; 2B63 G; 4G1B A; 2K32 A; 5JVH 3; 3HOW G; 1SNO A; 1N32 L; 5I2Y A; 5KNB A; 1TWH H; 2B2W A; 4X64 L; 3CB4 A; 2A6E C; 2K03 A; 1H9R A; 4DUY Q; 5M3F G; 4GOP C; 4CJ2 C; 4FF4 A; 5K36 H; 3CKI B; 1UD5 A; 2YWH A; 4KJO A; 2F4V L; 2EY2 A; 2NWG A; 2RDH A; 4B3M L; 4DNI A; 3CMA A; 1XNR Q; 2PI2 A; 4LF8 L; 5IOC A; 1VQH A; 3M4O B; 1UE5 A; 4KKU A; 2Q8T A; 4RD4 A; 2V7Q A; 3Q3A A; 1ASY A; 2LXJ A; 3J81 E; 1EEI D; 2AUK A; 3V7A A; 2VBT A; 3CRK C; 1U4R A; 2HHH Q; 3M4O H; 4DR6 L; 1S3O A; 3TBI B; 4J6H A; 3J80 c; 1DON A; 5F4J A; 4XXE A; 1C9O A; 1BCP B; 1IZ6 A; 1ICW A; 4G1V A; 2BSA A; 1NE3 A; 2F0F A; 1CSP A; 1DAR A; 1I94 L; 3PIO 3; 1BBW A; 3CCS A; 1HZC A; 1YJN B; 4PGO A; 1B9N A; 2GQF A; 4OOX A; 3ULJ A; 1SNM A; 5GAE C; 5GV8 A; 1U0L A; 5CBE E; 2YU9 B; 4Y9R A; 2ALY B; 2VXW A; 1DXM A; 1STE A; 3PA1 A; 5EKL A; 5D65 A; 4V19 0; 3JQQ A; 1B2T A; 1EL0 A; 4DV4 Q; 3K5M A; 2YU9 H; 4M8A A; 4XLH A; 4NP5 A; 5CBA E; 3ZZ0 A; 3E6Z X; 5C3E G; 2MGS A; 3U4V A; 4OEM B; 4BBR G; 2CND A; 2ZM6 L; 4YEJ A; 2R61 A; 2FVG A; 1KNA A; 4LF7 L; 3K5L A; 1EWC A; 1PYS B; 4UZF A; 4GNX C; 1PVO A; 3L0O A; 5F2D A; 4PG3 A; 4F87 A; 1YNJ C; 1RL2 A; 2F43 A; 4G7Z C; 4FXK C; 1SKQ A; 2ZTE A; 2NUC A; 1VF5 C; 3A54 A; 4HE5 A; 5IYC H; 4JI1 L; 3W2E A; 4PZ8 A; 1K0S A; 4AIM A; 3VO2 A; 3FKS A; 1XYI A; 4BXX G; 4RCY A; 2KQ3 A; 3MCA A; 1V8Q A; 3BDC A; 2EPB A; 3U2Q A; 1WOR A; 2R6H A; 5COY A; 1H9M A; 1GKH A; 1O80 A; 1Z6H A; 1SR3 A; 2MQH A; 3U6B A; 1O7Y A; 3HOX G; 4OHJ A; 4LNQ A; 4O1N A; 3A7L A; 1YI2 B; 3OWE B; 1RQR A; 5IIF A; 4J1M A; 3D26 A; 1NY4 A; 1W6K A; 2PCF B; 2L4N A; 4WFN 3; 1QGZ A; 2L5T A; 4A3E G; 4L5R C; 2IX0 A; 4UY8 C; 5IWA Q; 4RGT A; 2RHS B; 1BR9 A; 4LF9 Q; 1W87 A; 4B9X A; 2NB0 A; 3MWY W; 1IHZ A; 2QCP X; 3PGZ A; 2D9U A; 1ZM9 A; 4CKE A; 3OW2 A; 3UDG A; 3LQ6 A; 1GAW A; 1LO5 D; 2O4X A; 4LFA L; 3I1F A; 4IFD H; 5GV7 A; 1VQ7 B; 3IKJ A; 2W6I A; 1PLF A; 1JWM D; 4R4T A; 2KVM A; 2RBM A; 5A2Q L; 3I4M B; 4C3J B; 2B63 B; 5AFW A; 3K7A B; 4FXD A; 4NNJ A; 3GVK A; 4DR5 Q; 3HOW B; 4LBV A; 4GLV B; 3I4M H; 1HR0 W; 3CU7 A; 3NBI A; 3ASP A; 4OPV A; 4C3J H; 5M3F B; 2B63 H; 3K7A H; 3NPP A; 3HOV G; 5JEA H; 3J80 i; 2JJ2 A; 2WSS A; 3A3B A; 1OB2 A; 2PNR C; 4RDK A; 2L11 A; 4UAI A; 3F2C A; 4HED A; 3PIP A; 3HOW H; 3ICE A; 2Y0S E; 3N52 A; 5DEH A; 2K52 A; 4DR7 Q; 5M3F H; 2ASB A; 4RD2 A; 2K33 A; 3A74 A; 4XTC S; 1W9X A; 4C1N K; 4ALP A; 1K8A D; 3KJP A; 4I65 A; 1LAB A; 4DUY L; 3VDY A; 1CZW A; 1SEB D; 1WSV A; 1QVG B; 1ONL A; 3DHQ A; 1GUS A; 3K57 A; 4B3S Q; 3D6W A; 4K5X A; 2LMC B; 3ZC3 A; 5L37 A; 3CCV B; 1XNR L; 2Y0S G; 1XPO A; 2JA7 G; 3QFR A; 4YHB A; 1CHP D; 2E1R A; 2PIA A; 1EWH A; 1UMK A; 4IJH A; 3V2T A; 5K5P A; 2X8K A; 1RTO A; 5JOB A; 1V9P A; 2N3S A; 2VB3 X; 3BCF A; 3PCO B; 4ULL A; 3AVW A; 1M8A A; 4JBM A; 2HHH L; 1SMY D; 1J5E Q; 5KND A; 1PRT F; 3EVQ A; 4RKB A; 2WR8 A; 4IPC A; 4A3D G; 1UD2 A; 1QUE A; 4MYT A; 1E2W A; 2B3G A; 3PIP 3; 1PH4 A; 4AYB G; 4XLE A; 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2WPD A; 4A3K G; 1B70 B; 2BH8 A; 3PQI A; 4P75 A; 5IWA L; 1JNY A; 4Z4R A; 2KCC A; 4LF9 L; 2EYF A; 4IUP A; 4ACA A; 4JI2 Q; 1JJ2 B; 1KL9 A; 2CWA A; 1LV9 A; 1Z9F A; 4IOA A; 5IOD A; 3VA7 A; 4DFA A; 1I4H A; 4A3I B; 3U9O A; 5FKA C; 5DM6 3; 3A8K A; 1TY0 A; 3SR1 A; 4CHT B; 2PZT A; 3ES9 A; 4NMZ A; 3HOV B; 3JQR A; 4JV5 Q; 3IRB A; 2QE7 A; 4A3I H; 3LGJ A; 2E2D C; 2K5W A; 4HID A; 1BX1 A; 4DV0 Q; 2KHJ A; 3HOV H; 2Z0S A; 4DR5 L; 3D6C A; 3QOJ A; 5G3L F; 2JK8 A; 2K1B A; 3JC6 6; 1SYF A; 3SK8 A; 1EIG A; 3M85 A; 2XNJ A; 1UE7 A; 3WNC A; 1VQ4 A; 2H1E A; 4P26 A; 5H1S E; 2ZBV A; 3Q6S A; 2OWO A; 4HSP A; 4N9P A; 4YCW A; 4DR7 L; 2XSC A; 3VR4 A; 2OTJ A; 4R8I A; 2DNE A; 2Y0S B; 3L3O C; 4IUR A; 1WDT A; 1FNW A; 1VQC A; 4IUV A; 1QGA A; 3ISX A; 1FR3 A; 1QX4 A; 1AEX A; 4O42 A; 1VQ8 B; 2XN9 C; 3HKZ E; 1OB0 A; 4QMG A; 4HJ7 A; 4HJ5 A; 3IAY A; 3Q6R A; 4ZV4 A; 4DK6 C; 4X3K A; 1R5B A; 4B3S L; 3MHP A; 3I7F A; 1E2Z A; 5HGT A; 1K8M A; 5A2Q E; 1A6X A; 1PZI D; 3J7A F; 2CCZ A; 3T16 A; 4A3D B; 3MXU A; 1GVH A; 4RD6 A; 3IFD A; 4OX9 Q; 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