The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
92
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sequence length |
301
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structure length |
301
|
Chain Sequence |
YYAAVDWGTSSFRLWIIGEDGAVLAERRSAEGMTTAAKTGFHTILDGHLAAVSAPAHLPIIICGMAGARQGWKEAGYIETPAALAEIAGRATAIPDVDRDIRILPGLAQRDRRHPDVMRGEETQLLGAAAHLGAGSHLVCMPGTHSKWVRLADDRVEGFSTFMTGELFDTIARHTILSHAVAEADTFAAGSAAFTDAVSRTRENPALATNLLFSVRAGQLLHGTAAADARAQLSGTLIGLEIAGALAGSGSVDGVCLVGSGGLGTLYRTALESQGLNVRAVDADEAVRAGLSAAARAIWPL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a putative 2-dehydro-3-deoxygalactonokinase protein from Sinorhizobium meliloti
rcsb |
| source organism |
Sinorhizobium meliloti
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| molecule tags |
Transferase
|
| molecule keywords |
Putative 2-dehydro-3-deoxygalactonokinase
|
| total genus |
92
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| structure length |
301
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| sequence length |
301
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| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.1.58: 2-dehydro-3-deoxygalactonokinase. |
| pdb deposition date | 2011-07-28 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05035 | DGOK | 2-keto-3-deoxy-galactonokinase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Nucleotidyltransferase; domain 5 | Nucleotidyltransferase; domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3R1X A; 3T69 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2W41 A; 1NOZ A; 2ZF5 O; 3VES A; 4A59 A; 4FVU A; 1LW0 A; 2ASP A; 2V52 B; 4HUE A; 3P38 A; 3WNF A; 1RBS A; 3KVG A; 1XNR K; 2V7Z A; 5AQN A; 2VGN A; 1YJ9 N; 5CY4 A; 3M5R A; 2HHU A; 1EXQ A; 2IOC A; 3QBW A; 4JLH A; 1Z25 A; 3AVG A; 4LF4 K; 4B9T A; 1TK5 A; 4AHR A; 4U67 L; 4PY5 A; 1A5W A; 1JLC A; 3V6D A; 3LDN A; 4K25 A; 2X6N A; 3O4N A; 3PIP L; 3FGU A; 3FZK A; 3A5N C; 4GNI A; 3IFR A; 3OYE A; 1ASV A; 3R3L A; 2O8E B; 2P9P B; 4JKB A; 1RBT A; 2E6M A; 4JAX A; 3CCV N; 4J2E A; 3DMJ A; 3HZ6 A; 2FBT A; 4PKG A; 3K59 A; 2BUP A; 1NKB A; 2FBX A; 3T69 A; 1BUP A; 1U2V B; 2E20 A; 3ENO A; 3G6E N; 1NK7 A; 5FDL A; 5K14 A; 3AO2 A; 4CF9 A; 3ZX3 A; 3KHY A; 1JL2 A; 4H0O A; 2NZT A; 4GV6 A; 3MN7 A; 1VQO N; 1DTQ A; 1RDB A; 3DAW A; 2QXF A; 5ELZ A; 1HYZ A; 4CJS A; 1BCO A; 1T05 A; 4KBO A; 1O13 A; 3EL2 A; 3HRG A; 4KV8 A; 4FYD A; 3THW A; 1VQ8 N; 1IV0 A; 4FWO A; 4YOU A; 2P9S B; 4JKC A; 5AZJ B; 5FRO A; 4H4M A; 4O5F A; 3AA2 A; 4CZH A; 4KH6 A; 1SAZ A; 1FK9 A; 1HRH A; 2AJQ A; 4BRO A; 2YHW A; 4CIE A; 4JI2 K; 1SS6 A; 1Q86 O; 3IKM A; 2AA4 A; 4BR4 A; 1HJR A; 4OKE A; 1JCF A; 2QK9 A; 4KHN A; 2KHO A; 1TYQ B; 1U2V A; 4JKD A; 1YI2 N; 5KTQ A; 4YOY A; 1OH6 A; 2XHB A; 1RFQ A; 4DTR A; 1RIL A; 2FF6 A; 4E19 A; 1U48 A; 3GOI A; 3OS1 A; 3LPT A; 3VQ8 A; 1YAG A; 4ID1 A; 5C10 A; 4CHZ A; 2E6L A; 1EO1 A; 2QW9 A; 3EKU A; 1QZ6 A; 1ASU A; 1S1V A; 4CK3 A; 3N4Q A; 4RW9 A; 1TVR A; 1T6C A; 4YOV A; 4ELU A; 5I9E B; 4DTN A; 3RR8 A; 4BQL A; 4KHY A; 3B8A X; 4IOA L; 2A40 A; 1K8K A; 2RF2 A; 3OW2 M; 3MED A; 3RMA A; 2PAV A; 1KFD A; 1K8K B; 3F73 A; 4DFJ A; 4FJ9 A; 3FFK B; 3WXI A; 5CHI A; 3CC7 N; 2DFE A; 3O8M A; 4JKF A; 4M3Y A; 3O08 A; 1C1B A; 4ZTJ A; 2GTD A; 4FM1 A; 4GKK K; 2FXU A; 3JYT A; 1I94 K; 4F2S A; 5AR0 A; 3C6A A; 3EYZ A; 3TWH A; 3P5J A; 4M3Z A; 4KHQ A; 4EZ9 A; 1RNH A; 3D6R A; 3EEQ A; 1OH8 A; 1C0T A; 2QXL A; 4E1N A; 1NBW A; 1KD1 O; 3J8A A; 4CES A; 4JKG A; 4G9Z A; 1RT5 A; 2W40 A; 3WXJ A; 3C6T A; 3VTH A; 5I42 A; 1D4X A; 4H4O A; 4H0V B; 2WBN A; 4MDB A; 2BGG A; 4C23 A; 2OPR A; 5M1O A; 1DEJ A; 1GLL O; 5FRN A; 3MN9 A; 3VPZ A; 4F3O A; 4CEQ A; 2E88 A; 1TKX A; 4F9O A; 3VN5 A; 3T19 A; 1Z26 A; 4OVL A; 4NCG A; 4CEE A; 1WSH A; 4H0Y B; 2VWJ A; 1YVN A; 4DV3 K; 4KPY A; 1WB9 A; 1WSI A; 4IZ9 A; 2PYL A; 5AQL A; 4LF6 K; 4O55 A; 4CBU A; 4X66 K; 1VRU A; 3AY9 A; 3KWG A; 4FJL A; 5BPN A; 4FOI A; 3VQ9 A; 3G10 A; 1D9F A; 4B1Z A; 4BR2 A; 3M8R A; 1VQ4 N; 1NGJ A; 1NK4 A; 4IFE A; 1RT1 A; 2YI1 A; 1VQ7 N; 4N41 A; 2KLA A; 3VQ5 A; 2A5X A; 3V9Z A; 4CGD A; 4DUZ K; 1DKG D; 4JI0 K; 4BE2 A; 3E9O A; 5C2F A; 3PX4 A; 5M1N A; 3VQQ A; 3HST B; 4DF8 A; 1BDG A; 2NLX A; 4DS5 A; 2OTJ N; 5BR8 K; 3S3M A; 3DM2 A; 4EP4 A; 4KTQ A; 1HLU A; 3VQ7 A; 4MDA A; 4NXN K; 1J6Z A; 4CJW A; 1JLG A; 3KD1 E; 2DY4 A; 1C0G A; 4BRG A; 3LAL A; 4NO7 A; 4CI6 A; 1HNX K; 3L2W A; 4CZK A; 3CHW A; 1RDD A; 1CLQ A; 1VK0 A; 4XH4 A; 3ZSV A; 2FSN A; 3CJA A; 1TKZ A; 4IDH A; 3NE6 A; 5GAD P; 1NLV A; 1HPM A; 3BP8 A; 4JEP A; 2KFZ A; 2AP1 A; 1P90 A; 4JK8 A; 3KK1 A; 1QS4 A; 4OGE A; 3LDQ A; 3NAE A; 3ZT0 A; 3CME N; 2O8B A; 3TAQ A; 3PSI A; 3FZF A; 3MXJ A; 5GAG P; 4Q5V A; 3I55 N; 4CK1 A; 4K8Z A; 1RBR A; 3QIO A; 2CGK A; 2DTU A; 3BZK A; 1C0F A; 1S72 N; 4Y0W A; 1TKT A; 3NMU A; 3TTF A; 1EP4 A; 3DRS A; 1QHA A; 3K58 A; 4DQQ A; 2JWK A; 1CZB A; 2ZJR L; 4E7J A; 3VQ6 A; 4J2D A; 4MLH A; 4B1X B; 2HF3 A; 4M41 A; 5KQD A; 2XY6 A; 4CBW A; 4KO0 A; 2O8B B; 3K9J A; 3DOK A; 1S9G A; 3AAP A; 3RR7 A; 1BI4 A; 1YHQ N; 2HHS A; 3F9K A; 2IAJ A; 3CF5 L; 4BR0 A; 1LV5 A; 1JLA A; 4F3T A; 4DSL A; 3LL3 A; 2YCH A; 1EET A; 2R7Y A; 1RTH A; 1N6Q A; 1TUU A; 4DTJ A; 4CD1 A; 1HQU A; 4B3O A; 3VF2 A; 2D0C A; 4DR3 K; 4FJX A; 1NGE A; 1IH7 A; 2RE2 A; 3HPH A; 3LWM A; 4DTS A; 3SUN A; 2QWN A; 1XC9 A; 3JAM O; 3THX B; 3V9X A; 5IT9 O; 1VSK A; 4H03 B; 3THV A; 3SNN A; 4FJH A; 5M1K A; 3JSM A; 3CET A; 4DV5 K; 1S1X A; 3K9K A; 2NUB A; 3HP6 A; 3OYB A; 4IFV A; 4CEF A; 5HL7 L; 3S3O A; 2A41 A; 4M7Y A; 3MEE A; 3KLE A; 4OPA A; 3RSE A; 4E7I A; 3S9H A; 3SBT A; 4FPB A; 2P9S A; 1X9S A; 1RT3 A; 2VCP A; 2ETJ A; 3TAM A; 3VEZ A; 3AVI A; 1G15 A; 4IJN A; 4AIL C; 3T1Y K; 2NRR A; 3FLC O; 2ZD1 A; 3M8S A; 3AAQ A; 4IKF A; 2HVI A; 3LZJ A; 1E4G T; 1NGH A; 3O3G A; 3BY5 A; 2XY8 A; 1BIU A; 4AHS A; 3PLA A; 3SK3 A; 5CR4 A; 3L3V A; 3K0S A; 3CQY A; 3J7Y P; 4OLB A; 3P83 D; 4M3X A; 3D2F B; 2Y1I A; 4RWT A; 4WQ5 A; 2G8V A; 1HX1 A; 1SQK A; 3SJH A; 3DLH A; 4LFB K; 4K43 A; 4OPK A; 1M90 O; 4J2A A; 2YNI A; 3BUZ B; 4IOX A; 4FJJ A; 1BA1 A; 1VSI A; 3E9L A; 3NF8 A; 2QM1 A; 1H1V A; 3WQT A; 1KTQ A; 2I7N A; 3B6P A; 3V1O A; 3WQU A; 1HPZ A; 2E2N A; 3QDK A; 4O4G A; 3QFP A; 1J54 A; 2Q36 A; 5C12 A; 3QIP A; 4RW6 A; 4FWK A; 4I9Q A; 3C95 A; 1QSY A; 3A5L C; 3EE8 A; 2A1R A; 1HUX A; 5BRD A; 4DR4 K; 3G71 N; 3C65 A; 1LWE A; 4M7X A; 2HMP A; 3G4S N; 2D0O A; 4B9U A; 3VEY A; 1IBL K; 3PO5 A; 2OZM A; 2YV0 X; 1W2B M; 3MK6 A; 3ZSZ A; 4UY8 O; 4GKJ K; 1BGX T; 2XY5 A; 5GIO A; 4KH5 A; 3O80 A; 3TSP A; 3TAE A; 4E1M A; 3AA3 A; 2DPN A; 5F1X A; 1JLQ A; 1YIT N; 2UUC K; 4HVJ A; 1BHL A; 1JCG A; 1LWC A; 1QTM A; 3HOT A; 3UIQ A; 3IS9 A; 5JLH A; 4DU1 A; 4WCE L; 2A6A A; 4DQI A; 1SKW A; 5EX5 A; 3D0P A; 3VQB A; 1RT7 A; 2Q1N A; 1N36 K; 3VTI A; 3HI0 A; 1ZYQ A; 4F2R A; 4B1Y B; 4EHU A; 5ADX A; 4DSK A; 1KCF A; 3M8Q A; 3ZCM A; 5E26 A; 2DFF A; 1L5U A; 1ATS A; 2UXB K; 3SCX A; 3OY9 A; 2WFB A; 2BAN A; 5IWA K; 2F9W A; 4YHH K; 4CZE A; 4HCB A; 1WUA A; 3MDQ A; 3NF9 A; 3V9U A; 1RGI A; 3SQ0 A; 1R59 O; 3CJ9 A; 3HL8 A; 1VQK N; 4JKG B; 1WAJ A; 5GAE P; 4FLU A; 4ISG A; 4HWI A; 3TAR A; 3OVN A; 3D2E A; 4BR5 A; 2Q31 A; 3RRG A; 4CIG A; 4DV2 K; 1RTD A; 3DRP A; 4AM7 A; 2IC3 A; 5BPL A; 4NLC A; 2QEX N; 4DQR A; 5AQW A; 1DGK N; 4A2A A; 4AQY K; 3O9Q A; 1RTI A; 3CIP A; 2YHY A; 2NNW A; 1NK5 A; 1S5J A; 3DRR A; 1S1T A; 1B9D A; 4CJ4 A; 4FJ7 A; 4YY3 K; 3HT3 A; 1OH7 A; 3MWT A; 2HBK A; 3A2F A; 3NH1 A; 4ELT A; 5LMN K; 4CEZ A; 4CJF A; 2F8T A; 3R6M A; 3WNE A; 4B3T K; 3QML A; 3KK2 A; 4BWJ A; 3CCM N; 2D0A A; 4YDU A; 4BDZ A; 3AGK A; 4BWM A; 4W5Q A; 3OYH A; 1N32 K; 2QWP A; 1BU6 O; 2UXD K; 5FPM A; 4H5T A; 4FZX C; 1D8Y A; 2YHA A; 3KWI A; 1OVY A; 5FPN A; 4EHT A; 2KW4 A; 4FWP A; 3ZSW A; 5BRH A; 4A5A A; 3IDH A; 3CD6 N; 4C8M A; 4BR9 A; 4ISF A; 5AQT A; 1NGI A; 3D45 A; 1TYQ A; 3AGR A; 3ZSX A; 4FZY A; 3H46 O; 3KZB A; 1IKY A; 1NJI O; 2IVP A; 3SJJ A; 5C42 A; 1VQ6 N; 2FSJ A; 4WYB A; 3RSE B; 1NGG A; 3QIC A; 1G99 A; 2Q0R A; 1HKG A; 5LY3 A; 3IG1 A; 3SAF A; 4B8C A; 4CF0 A; 1VHX A; 5AQO A; 3CPE A; 3DLE A; 3LAK A; 1BQN A; 3O9S A; 2YX6 A; 3ID6 A; 4EAH D; 3UE5 A; 3IAY A; 1QQC A; 3UKU B; 3LDP A; 3FR0 A; 4H0P A; 1EQY A; 4CGI A; 3OJS A; 1KQS M; 1SL2 A; 3WXL A; 3ZT4 A; 4CGJ A; 4LH4 A; 1GLJ O; 4JNE A; 4B9V A; 3OA9 A; 5AQV A; 3HXM A; 5I3U A; 1LWF A; 4BDP A; 2QWM A; 4EZ6 A; 2IS3 A; 3MXI A; 5KGX A; 5AQX A; 1ILY A; 4LY7 A; 4AM6 A; 1N33 K; 2X78 A; 4CFD A; 4CJP A; 2B4J A; 2NRT A; 4CF1 A; 3SMP A; 2XY7 A; 3CCU N; 1NWK A; 1Y64 A; 3QB0 A; 4I6M B; 4KHW A; 2P9L B; 1KAZ A; 4I6M A; 2YNF A; 4DLG A; 3M8P A; 4KB0 A; 3SUQ A; 3DI6 A; 5TKY A; 4JN4 A; 1QHT A; 1K9M O; 2VWB A; 4MO5 A; 3UKU A; 1MDU B; 3KIO A; 3P1G A; 3C7N B; 4U7B A; 1TL1 A; 3LP2 A; 4BRD A; 3AO5 A; 3CC2 N; 4JI4 K; 3TTD A; 3HPG A; 4EIA A; 1EKE A; 1HKC A; 1MWM A; 4OKJ A; 2OCE A; 1V4S A; 1ZBI A; 3HJF A; 2BH1 A; 4PL8 A; 1BO5 O; 4BRP A; 5J1E A; 1QQO A; 1OKJ A; 4DV7 K; 4BRH A; 4FJN A; 1HMV A; 1VQM N; 1Q7Y O; 4M3T A; 1IJJ A; 1KXP A; 3C6U A; 3C94 A; 1BG3 A; 5CZ1 A; 4AH9 A; 2PBD A; 1GLC G; 2YHB A; 3O6W A; 4BE1 A; 3A0I X; 4JD2 A; 4NCA A; 5FPE A; 5AQM A; 5FLX O; 4X64 K; 1BOT O; 4B3M K; 3ALY A; 4IJA A; 4CHP A; 1CZ9 A; 4DR6 K; 1E4F T; 2P9N B; 4DCH A; 1NJX A; 3WUH A; 4DU3 A; 5MLC Q; 3CM6 A; 3QIN A; 5AQY A; 4YOR A; 1VSF A; 3FFI A; 4BC3 A; 3TAN A; 3HVT A; 4BE0 A; 2GV9 A; 3NF7 A; 3U6F A; 4FK0 A; 3OBW A; 4BC4 A; 3PX6 A; 2P9K B; 4C8N A; 1ZBH A; 1LAW A; 2E8A A; 3AA5 X; 1GOB A; 3DXK A; 1X9W A; 1MA9 B; 1JXE A; 2UYT A; 1TUY A; 1BWF O; 4V19 S; 4CGH A; 4XH1 A; 3D2F A; 1SKR A; 2HBM A; 1YTU A; 3U3Y A; 5JIC A; 3V1R A; 2WTU A; 2CH5 A; 2HHT A; 3OYJ A; 1P8Z A; 4JHD B; 3EN9 A; 3SV4 A; 4JI8 K; 1TGO A; 3K5M A; 3G25 A; 3MX5 A; 5SZT A; 3L8B A; 1J5O A; 2HNY A; 1T8E A; 1N8R O; 4WFA L; 3QEW A; 1BIZ A; 1T44 A; 3SI6 A; 2OZS A; 2O8F A; 5KPR A; 1IKX A; 4C8L A; 1W9H A; 4K0K K; 4R5P A; 2GEM A; 5KGW A; 3O3F A; 1GLE G; 1TAQ A; 4E7L A; 3WNG A; 3CER A; 4DSE A; 1CXQ A; 1X3N A; 4ZTF A; 2GUI A; 4BQZ A; 3AVF A; 3ZSO A; 4CK2 A; 3THX A; 2CGJ A; 1VQP N; 1S9E A; 3JS6 A; 3VER A; 4CFA A; 1D5A A; 3G0Z A; 1ASW A; 2P51 A; 2KKZ A; 3CMA N; 4FVM A; 1RDW X; 4WF9 L; 5J2P A; 3K5O A; 2ASO A; 5KRT A; 4NCB A; 4IEE A; 1Q8I A; 3HPO A; 2VG7 A; 1IG9 A; 1S6P A; 2QTD A; 4DUY K; 3K2P A; 3MCP A; 4FW2 A; 2F8S A; 5AQI A; 1ITG A; 3H45 C; 4IEI A; 2P9U B; 4Z4F A; 3V9S A; 1ZXO A; 4CJR A; 3N4P A; 5HP1 A; 3ZYY X; 4YDU C; 3AVC A; 4BRK A; 4LD0 A; 2HMI A; 1S22 A; 2EWS A; 1Z05 A; 4KRF A; 5J2N A; 3QER A; 3WEE B; 4A61 A; 2F7T A; 3FZL A; 3ZEU B; 3ID8 A; 4Z0U A; 3CXC M; 2EHG A; 2QI2 A; 2O8D A; 3ZEU A; 3PIO L; 1TK8 A; 4CER A; 3KLF A; 3ULD A; 3PO4 A; 4FM0 A; 2IDO A; 5HRO A; 1HR0 K; 1NMN A; 1BL3 A; 3A5O C; 2WUS A; 4ELV A; 1RBV A; 4YFU A; 2Q3S A; 5EU7 A; 4W5R A; 3C6H A; 1YVU A; 2VWK A; 2FF3 B; 4EP5 A; 2ATQ A; 5H1S Q; 5AQP A; 4B3R K; 3T3F A; 4FLW A; 1RT6 A; 1YF5 L; 1UAX A; 2A3Z A; 4KFB A; 4CVN E; 4OLA A; 5JVG L; 1QVF M; 5C25 A; 4N5S A; 3NCI A; 4DR5 K; 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