The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
50
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sequence length |
184
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structure length |
184
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Chain Sequence |
ACTKNAIAQTGFNKDKYFNGDVWYVTDYLDLEPDDVPKRYCAALAAGTASGKLKEALYHYDPKTQDTFYDVSELQVESLGKYTANFKKVDKNGNVKVAVTAGNYYTFTVMYADDSSALIHTCLHKGNKDRGDLYAVLNRNKDAAAGDKVKSAVSAATLEFSKFISTKENNCAYDNDSLKSLLTK
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Insertion of an H-Bonding Residue into the Distal Pocket of the Ferriheme Protein Nitrophorin 4: Effect on Nitrite[BOND]Iron Coordination and Nitrite Disproportionation
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Nitrophorin-4
|
| molecule tags |
Metal binding protein
|
| source organism |
Rhodnius prolixus
|
| total genus |
50
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| structure length |
184
|
| sequence length |
184
|
| ec nomenclature |
ec
1.7.6.1: Nitrite dismutase. |
| pdb deposition date | 2011-08-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02087 | Nitrophorin | Nitrophorin |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Beta Barrel | Lipocalin | Lipocalin |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4TKH A; 1L6M A; 1DF3 A; 1OPB A; 5F6B A; 1ERX A; 3HK1 A; 4QZT A; 4ES7 A; 3FEP A; 2WEW A; 5EZ2 A; 4TLJ A; 3C76 X; 5D48 A; 3BDR A; 1PEE A; 5CE4 A; 5K06 A; 1BM5 A; 1GX9 A; 1OPA A; 3B2J A; 4UU2 A; 4ZHC A; 3EBK A; 3HWG A; 3L4R A; 3VG7 A; 1T8V A; 5EPQ A; 3UEV A; 1BEB A; 4YFP A; 1I04 A; 1RBP A; 2FLJ A; 3D96 A; 4OS3 A; 3PEC A; 3FW4 A; 3BY0 A; 4IMO A; 3O22 A; 5HWZ A; 3D95 A; 2G78 A; 1E06 A; 1LIB A; 3FLL A; 4GNW A; 1B0O A; 4O9S A; 4GNY A; 4YCE A; 5H8T A; 5H9L A; 4R0B A; 1JBH A; 3ELX A; 4I3B A; 3B2L A; 3FA6 A; 5HTD A; 2GTF X; 1ACD A; 4ZCB A; 4DQ4 A; 3OJY C; 5BVQ A; 4ODD A; 3FIQ A; 3PH6 A; 3MBT A; 1AQB A; 2KT4 B; 3KFH A; 3PPT A; 5KID A; 3I0A A; 4IB8 A; 3K3L A; 1E00 A; 2G79 A; 3FA7 A; 3EBW A; 2X46 A; 4OMW A; 1QAB E; 4NNT A; 2RA6 A; 3NR3 A; 1YIV A; 4ARH A; 2NP1 A; 1LIF A; 3CQR A; 4ORW A; 1GKA B; 3BU9 A; 4N7D A; 3STK A; 4BVM A; 1ML7 A; 1YP6 A; 2AMM X; 2GJ5 A; 2QO4 A; 3B2K A; 2WQA E; 5FAZ A; 1YUP A; 1GKA A; 4EFG A; 3P6C A; 1LIE A; 2JOZ A; 5HCC C; 1CBQ A; 3CBC A; 1MDC A; 1VYG A; 4AYH A; 1BWY A; 3FEL A; 1I05 A; 1B8E A; 3JSQ A; 4IB9 A; 4ZHF A; 1G5W A; 2POA A; 4LKT A; 4Y0S A; 4ORY A; 2L9C A; 4NP1 A; 4A1Y A; 1ZNK A; 1E5P A; 5HZ8 A; 1QG5 A; 3B2I A; 1BLR A; 5LJE A; 4QYN A; 1AEL A; 1EIO A; 5L8N A; 3UEW A; 1AVG I; 3F9D A; 1FEL A; 5FFH A; 1ICN A; 3Q6L A; 5F58 A; 1JJJ A; 1PBO A; 4GH7 A; 4TKJ A; 4YH0 A; 1X71 A; 4I3D A; 4AZR A; 1O1V A; 5L8I A; 3EM0 A; 2O62 A; 1GGL A; 4YDB A; 2WQ9 A; 2LB6 A; 4YKM A; 1H91 A; 3G7X A; 4YBP A; 4I9R A; 4QGV A; 2JU7 A; 1GT1 A; 4MVK A; 1QY2 A; 2NNE A; 4TJZ A; 1LFO A; 1ERB A; 1KXO A; 3NX2 A; 1XKI A; 1NP4 A; 2CM4 A; 2OVD A; 1SY1 A; 5F1E A; 3SAO A; 2FRS A; 4WBK A; 1FE3 A; 4OS8 A; 1NGL A; 1T68 X; 2A3F X; 3BS2 A; 2QOS C; 4MVI A; 5LKE A; 5DPQ A; 2RD7 C; 1EII A; 1SY2 A; 3I17 A; 2Q2M A; 1HBQ A; 4IB7 A; 1ZNH A; 3NPO A; 4HPA A; 1FDQ A; 5H9N A; 4A8Z A; 2AKQ A; 4YCH A; 3D97 A; 3AKM A; 2CBR A; 4IAW A; 1FEN A; 3WJB A; 2F73 A; 3WJG A; 2LBV A; 5HZ9 A; 1ZRY A; 4AZQ A; 4ZH6 A; 3NX1 A; 1QFV A; 4WFU A; 3WJE A; 5F6Z A; 5L8O A; 3CBS A; 4EEJ A; 1IFB A; 1KGL A; 1BJ7 A; 1SXX A; 4A1H A; 1QFT A; 4AZP A; 2W2A A; 5F7G A; 1KZX A; 2GC9 A; 1JV4 A; 5HZ6 A; 1GX8 A; 1OEK A; 1BSQ A; 1OBU A; 2QO5 A; 2LKK A; 2Q4N A; 3FEN A; 1PM1 X; 4ZR2 A; 3T1D A; 2XST A; 3UEX A; 3U0D A; 4LZU A; 2MJI A; 3WJC A; 2DM5 A; 3NQ3 A; 1ZNG A; 3P6F A; 3BLG A; 1GXA A; 2NNQ A; 1P6P A; 2Q9S A; 1TW4 A; 2QO6 A; 3PP6 A; 3VG5 A; 4GE1 A; 3IFB A; 3FW5 A; 1D3S A; 2FS7 A; 1KOI A; 1MUP A; 2FWV A; 3WXQ A; 4Y0P A; 1SXU A; 5LJB A; 4HPB A; 1QY0 A; 2FR2 A; 5LJK A; 5AQ6 A; 1TVQ A; 5LJG A; 1BRQ A; 2OVA A; 4TQ2 A; 4ORS A; 5DG4 A; 3HWF A; 4XME A; 3KFI A; 3P6G A; 3CWK A; 1ALB A; 3WJF A; 1QWD A; 1SXY A; 2AT6 X; 3O19 A; 4GET A; 5EDB A; 1A18 A; 3RZY A; 1LNM A; 3FR2 A; 3PH5 A; 1SY0 A; 1TXL A; 1DZJ A; 4D6A A; 1LKE A; 3STN A; 3CMP A; 4I3C A; 1EXS A; 3FA9 A; 4BQU A; 2OZQ A; 2WEX A; 4TKB A; 1G85 A; 4XMD A; 3ZUO A; 4ORX A; 1HMS A; 1URE A; 1AB0 A; 1HQP A; 1CBS A; 4IB6 A; 1LPJ A; 1S44 A; 1QQS A; 3HWD A; 2WR6 A; 2P8G A; 1OBP A; 3VG6 A; 1IIU A; 1S7D A; 2Q39 A; 2QM9 A; 2OVE A; 1YWA A; 4KII A; 4YGG A; 4YBU A; 5KHP A; 3EYC A; 3WBG A; 4EDE A; 3CR6 A; 4ZFX A; 3AKN A; 3MVF A; 1KQW A; 4Y0Q A; 4YKO A; 4ZHH A; 1ADL A; 2AL0 X; 2HNX A; 3C78 X; 4NLI A; 3S26 A; 3STM X; 2R74 A; 1BSO A; 1XCA A; 4NYR A; 2PY1 A; 3BX7 A; 3KZA A; 3IA8 A; 2AT3 X; 1KT3 A; 4GKC A; 3TZS A; 4RUU A; 1FTP A; 2KTD A; 2FR3 A; 3QKG A; 1GT3 A; 2MO5 A; 5HA1 A; 1A57 A; 1FEM A; 3FA8 A; 1G74 A; 3NQ9 A; 3O2Y A; 4ZGU A; 1CBI A; 2BLG A; 1CBR A; 2ACP X; 1CRB A; 3APW A; 5IO5 A; 5D4A A; 1DC9 A; 1DZP A; 4BOE A; 1MX8 A; 1YWD A; 1E02 A; 1Z24 A; 3WJD A; 1A2D A; 3DTQ A; 1EPB A; 5D45 A; 5HA0 A; 2L67 A; 4QGX A; 1B56 A; 2AT8 X; 4ZH9 A; 3DSZ A; 1DFV A; 2ANS A; 4OMX A; 4A60 A; 5HCE C; 2JU3 A; 1KT5 A; 1TOW A; 2RCQ A; 1EPA A; 1ICM A; 3KFG A; 3ZUI A; 5FEN A; 3VG4 A; 1HBP A; 2HLV A; 5EDC A; 1X8O A; 1IKJ A; 4ZHD A; 1BRP A; 2K23 A; 2OFM X; 4YDA A; 3WVM A; 2Q2P A; 5IO7 A; 4LZV A; 1JJX A; 2E4J A; 2NND A; 3U03 A; 3BX8 A; 1KZW A; 2HZR A; 1RLB E; 1ZNL A; 1U0X A; 1YWC A; 1EW3 A; 4M7M A; 3FR4 A; 1HN2 A; 1LID A; 2W2F A; 3JS1 A; 2AH7 X; 1DV9 A; 5B29 A; 1OEJ A; 3EMM A; 1OEE A; 1X8P A; 1KT4 A; 1UZ2 X; 2X45 A; 3APX A; 3ELZ A; 4HPD A; 5HZ5 A; 2ASN X; 5LJC A; 4YGH A; 5D47 A; 5D8J A; 2W2B A; 1I06 A; 5HTE A; 1YWB A; 4YFQ A; 1X89 A; 4AZM A; 2LBA A; 4OS0 A; 2RQ0 A; 2OFR X; 2HYS A; 1X8Q A; 4YGZ A; 4YFR A; 3F8A A; 1G7N A; 2ALL X; 4QAE A; 3FEK A; 3TF6 A; 2MM3 A; 4Y0R A; 3BU1 A; 1NP1 A; 1O1U A; 1T0V A; 1KT7 A; 3KQ0 A; 3PED A; 4XMC A; 5IO6 A; 4IAX A; 2YG2 A; 2LFO A; 3FR5 A; 4XMG A; 2XKL A; 3HWE A; 4MVL A; 4AZO A; 5BVT A; 1JZU A; 2N93 A; 3BRN A; 3TGA A; 1HMR A; 5LJH A; 2CZT A; 1U18 A; 2WUT A; 4HPC A; 1SA8 A; 4NNS A; 2JU8 A; 4N7C A; 3BSZ E; 3P6H A; 3B2H A; 4PSQ A; 1IKE A; 5HZQ A; 3VG3 A; 4NYQ A; 2G7B A; 2AT0 X; 2FT9 A; 1GT5 A; 1YP7 A; 1HMT A; 2IFB A; 4M6S A; 3VG2 A; 2AT5 X; 5H9A A; 4ZHG A; 1R0U A; 2A2G A; 5H9K A; 4AW8 A; 1MX7 A; 1VYF A; 1D2U A; 3NP1 A; 1OBQ A; 2CM9 A; 2CZU A; 5JR8 A; 2A2U A; 4K19 A; 2CBS A; 5HCD C; 3FMZ A; 4CK4 A; 4QYP A; 3TGC A; 3U9P C; 3ZQ3 A; 1PMP A; 1SXW A; 2A0A A; 1EQD A; 4ALO A; 1A3Y A; 1ZND A; 5LJD A; 5KIC A; 1B4M A; 2L68 A; 1LF7 A; 4QZU A; 1TOU A; 4I9S A; 1DZM A; 1X8U A; 4NLJ A; 4XMH A; 2R73 A; 5C0N A; 1LIC A; 3UEU A; 1X8N A; 1IFC A; 1MVG A; 1CJ5 A; 3APU A; 3APV A; 5HBS A; 1GT4 A; 1GM6 A; 2JN3 A; 1U17 A; 4QGW A; 2R56 A; 4TNN A; 4RUN A; 5EEE A; 5LKF A; 2FS6 A; 2EU7 X; 2HMB A; 1BSY A; 1O8V A; 4HFO A; 2HZQ A; 2K62 A; 1KT6 A; 1VPR A; 3P6D A; 4YMY A; 4LKP A; 2WSJ A; 1EAL A; 1BBP A; 3TGB A; 1JYD A; 4UU3 A; 4ORR A; 5EED A; 2ACO A; 4AZN A; 4XMF A; 1KQX A; 1JYJ A; 2FTB A; 3KFF A; 3P6E A; 1SY3 A; 1ZNE A; 2WWP A; 4ORU A; 1DZK A; 4WFV A; 1N0S A; 5HAE A; 3C77 X; 4ZJ0 A; 1EUO A; 1IW2 A; 1QY1 A; 3NAD A; 1I4U A; 4D6B A; 4DQ3 A; 3CQN A; 2A13 A; 4GRJ A; 4EXZ A; 1S2P A; 2L5P A; 3GAQ A; 4IMN A; 4IBA A; 5B27 A; 5BVS A; 2RCT A; 4ALB A; 3RSW A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4GD9 A; 4TKH A; 1L6M A; 1DF3 A; 1OPB A; 4O3W A; 4PJ2 A; 5F6B A; 3RDU A; 1ERX A; 3RKG A; 3HK1 A; 4QZT A; 3X00 A; 2M4L A; 3WZN A; 1SWP A; 3FEP A; 2WEW A; 3SLJ A; 3KVN A; 3T2X A; 5EZ2 A; 4ES7 A; 4TLJ A; 3C76 X; 5D48 A; 3BDR A; 1PEE A; 5CE4 A; 1MOY A; 2BC3 A; 5K06 A; 1BM5 A; 1GX9 A; 1OPA A; 3LV4 A; 2KW1 A; 4DCB A; 3B2J A; 4UU2 A; 4I60 A; 1STS B; 2RTM A; 4ZHC A; 3EBK A; 3HWG A; 3L4R A; 3VG7 A; 1T8V A; 2I5V O; 1KL5 A; 5EPQ A; 1BEB A; 4YFP A; 3UEV A; 2OVS A; 1I04 A; 1RBP A; 2FLJ A; 3D96 A; 4OS3 A; 4C5P A; 4GDA A; 4KT5 A; 5K67 A; 2Y3E A; 3PEC A; 3WZO A; 3FW4 A; 3BY0 A; 4IMO A; 3O22 A; 1SLG B; 5HWZ A; 2IZC B; 1FJ1 E; 2FKG A; 3D95 A; 2G78 A; 1VWJ B; 1E06 A; 1LIB A; 3FLL A; 4GNW A; 2ZAG A; 3VPJ E; 1SWH A; 1B0O A; 4BJ8 A; 3PQU A; 4O9S A; 4GNY A; 1W4T A; 1HXL A; 3MX7 A; 4YCE A; 2RTK A; 1VYO A; 5H8T A; 5H9L A; 4R0B A; 1SWD A; 2OL8 O; 1NDJ A; 1JBH A; 2OL6 O; 3ELX A; 1VWF B; 1VWK B; 4I3B A; 2RTL A; 4O49 A; 3B2L A; 3FA6 A; 5HTD A; 2GTF X; 3ZW0 B; 1ACD A; 1LCV A; 1VWN B; 4ZCB A; 4DQ4 A; 5BYP A; 3OJY C; 4OEL A; 4ODD A; 5BVQ A; 2YMS A; 3ZW2 A; 4BX5 B; 3FIQ A; 1SWL A; 4Z2P A; 3HOE A; 3PH6 A; 3MBT A; 1AQB A; 2OY7 A; 2KT4 B; 3KFH A; 3PPT A; 5KID A; 3I0A A; 4IB8 A; 5B10 O; 3N91 A; 3K3L A; 4CPI A; 3ZW0 A; 1E00 A; 2G79 A; 2BS6 A; 3FA7 A; 1Y55 X; 3EBW A; 2X46 A; 1SWC A; 4OMW A; 1QAB E; 4NNT A; 1VWR B; 2UZ2 A; 2GH7 A; 2RA6 A; 3NR3 A; 1YIV A; 1RXH A; 2IZK A; 4ARH A; 2NP1 A; 1LIF A; 3CQR A; 4ORW A; 3HPE A; 5IRA A; 1GKA B; 2RN4 A; 3BU9 A; 4CDF A; 3ZW1 B; 4N7D A; 3STK A; 4BVM A; 1ML7 A; 1YP6 A; 1SWA A; 1KL3 A; 2AMM X; 2ZSC A; 4L3R A; 3RE5 A; 2GJ5 A; 2QO4 A; 1RAV A; 3B2K A; 1JJU A; 2WQA E; 1KL4 A; 5FAZ A; 1YUP A; 3RWX A; 3P02 A; 3VGW A; 2IZF B; 1GKA A; 4EFG A; 4CDE A; 1KFF A; 3P6C A; 3ZW1 A; 5IRW A; 1LIE A; 2JOZ A; 5HCC C; 1JQP A; 1SWT A; 1CBQ A; 1RXJ A; 1SWN A; 3CBC A; 1K3B A; 1MDC A; 1VWB B; 2OL7 A; 1VYG A; 4U3Q A; 3SOT A; 4AYH A; 1BWY A; 3FEL A; 1RSU B; 1I05 A; 1B8E A; 3JSQ A; 4IB9 A; 4ZHF A; 1G5W A; 2POA A; 1MEP A; 4LKT A; 3T6F A; 3ZZV A; 4Y0S A; 1JJX A; 4ORY A; 2L9C A; 4NP1 A; 4A1Y A; 1ZNK A; 2RTP B; 1E5P A; 5HZ8 A; 1QG5 A; 4B55 A; 3F6Z B; 3B2I A; 1BLR A; 1N9M A; 2OFA A; 5LJE A; 4QYN A; 1N4J A; 3RDO A; 1AEL A; 1HXZ A; 1EIO A; 5L8N A; 3OBL A; 4CDD A; 3UEW A; 2X4M A; 3E3C A; 1AVG I; 3F9D A; 1FEL A; 4QRL A; 5FQ8 E; 4FBR A; 5FFH A; 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