3TH9A

Crystal structure of hiv-1 protease mutant q7k v32i l63i with a cyclic sulfonamide inhibitor
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Gag-Pol polyprotein
publication title Design, Synthesis, and X-ray Crystallographic Analysis of a Novel Class of HIV-1 Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 lw12.3 isolate
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3th9A00
2QI5A 5HTZA 5P25A 2BKSA 2WEBA 5P13A 1QBUA 5F00A 4RVJA 5P1QA 3NU3A 1B6JA 4A6CA 3Q3TA 2G69A 1W5WA 2O4SA 5P1ZA 5P0HA 3R2FA 4Y4UA 3GGAA 5P5RA 3UFNA 4HEGA 5OYTA 5P6MA 1GKTA 1FFFC 3GI5A 5P85A 3LIQA 4AUCA 2F3KA 3VFBA 5PEPA 4PHVA 5P64A 1KJ4A 1GNOA 4Y3HA 4ZPEA 4B00A 2V11C 2AVOA 5ENKA 4JOOA 1E80E 5P4SA 5P2EA 1PSNA 5P3DA 1NSOA 2VNMA 3D20A 5P11A 3UDHA 1SIPA 5P1AA 5P4AA 3FIVA 1GVUA 4Y47A 2AOIA 5P2VA 1BAIA 1LYWA 3OGPA 1YTIA 4LXMA 3VF5A 1SDTA 4R91A 3LITA 4Y3NA 5P0TA 4GJ8A 1OHRA 2IL2A 1Q9PA 5P1NA 5P1WA 2XYEA 3ST5A 1LEEA 5P3YA 5P3FA 5P54A 3UF3A 1PSAA 5P12A 5P8GA 3URLA 4Y3WA 5P01A 3R4BA 1AVFA 1FQXA 3TOGA 1FKNA 5P4GA 3EL4A 5P0MA 3TKWA 5C9FA 1VIJA 3OHHA 4GJ9A 4NKKA 5P51A 4DPIA 2O4LA 3ZPSA 4Y4XA 5P1LA 3I8WA 1SDVA 4LC7A 4DFGA 2UXZA 1E81E 4ZPGA 3OXXA 4Y5NA 4Y5EA 5P0JA 4HDBA 4BFDA 2PK5A 4K4RA 5DR4A 1FFIC 1IVPA 1RL8A 2PK6A 4NJSA 5P6XA 1UPJA 5P41A 2OF0A 4RYGA 2I4XA 2I4VA 4J1FA 5C9DA 3BGCA 2IENA 4J5JA 3JW2A 4FIVA 4FRSA 2P3CA 5P88A 1A9MA 4I0HA 5AH7A 5P38A 5P6EA 4Y3ZA 1FB7A 1KJHA 2P3DA 2QMDA 5P0FA 4DQFA 5P40A 3NWXA 1K2BA 3ZKXA 5HE5A 3PB5A 3O9DA 5HVPA 5P8JA 3OQKA 5P0VA 3NDTA 1BV9A 1Z8CA 2G1NA 1GNMA 5P3BA 2NMYA 2QI6A 1G0VA 5P0SA 5P73A 4Y3XA 3TNEA 4DJRA 4GIDA 3ECGA 2F8GA 4UPJA 1LS5A 5P03A 4ZE6A 3IXJA 4FS4A 1NPAA 2QI3A 2AZ8A 3VLBA 1ENTE 5P10A 4Y4TA 4ER1E 1OEWA 2CENA 3O9AA 4Y51A 5P0GA 3EL1A 2HB4A 3BUGA 4M8YA 1HTEA 3TPPA 5HDVA 3OUAA 3SA9A 4Y39A 5P5BA 4CPTA 3Q70A 5DQ5A 4HLAA 4Y3PA 1E82E 1HPOA 4FRKA 4EQJA 4L1AB 5P75A 3NXEA 3WZ7A 4HDPA 3KT5A 3NDUA 3OHFA 4ACXA 2ZJJA 5P4NA 2FGUA 2OHKA 3MXEA 4RVXA 2WF4A 4YBFA 5EZZA 5P4IA 3HZCA 2G26A 2B8VA 2Q5KA 1BXOA 4CPXA 4GJAA 4I0FA 5P5SA 1EC0A 1IBQA 3NDXA 2QNPA 1CZIE 3PBDA 5P3EA 2ER9E 1WKRA 3K5FA 1W50A 4L7HA 5P7FA 2ZGAA 5P8VA 3QVCA 3UDQA 5P2MA 2WEDA 5P1OA 5P28A 5P84A 4LBTA 3EL0A 5P2YA 1Z1HA 3HAUA 5OZBA 2UY0A 1NPVA 2HM1A 4Y37A 3RSVA 3NU4A 4EWOA 3ZKIA 2B8LA 2PSVA 2NXDA 2VNNA 1MIQA 2NTRA 3DCKA 5P7TA 3NLSA 5KOSA 1BVEA 5P3PA 1FG6C 3D1ZA 4DQGA 5I3VA 2VJ9A 2QZKA 1HTRB 2APRA 3ZKQA 2V16C 4DQCA 3PGIA 1TSUA 4J0YA 3KFPA 6APRE 3L5FA 4RCDA 2P3BA 4D89A 5P2GA 2QHYA 5OYZA 5DR0A 4GJBA 4YD7A 5I3YA 3O9CA 5P7XA 1HHPA 5HU1A 1E5OE 5P63A 4Y56A 3VV6A 2OHNA 3D1YA 4I0IA 2R38A 3OUCA 1AIDA 5OZ1A 1D4YA 3SA8A 3BRAA 4LP9A 2HS2A 1T7IA 4B1CA 3OU4B 4LAPA 1RPIA 4GJ6A 4OBZA 5UPJA 3LINA 4EJDA 3K5DA 1HRNA 2AOEA 3EKVA 5P5QA 1FQ8A 3VSXA 1MUIA 5P6YA 5P8RA 3S43B 1FMXA 1HXWA 4Y41A 3S7MA 2V0ZC 2R5PA 2CEMA 4ZSMA 4AZYA 2FMBA 5P18A 5KQFA 1D4LA 3PI5A 3OTSA 1FQ7A 3ZL7A 5P7VA 5COKA 3SPKA 4A6BA 3TPRA 5OZ8A 5P59A 1KJ7A 2BB9A 3UTLA 5P2OA 4Y6MA 2FGVA 2Z4OA 5P4JA 2ZHRA 2I0DA 5OZJA 1HPVA 4D88A 4RZ1A 2G27A 1D4SA 2ZJNA 1QBSA 1EPRE 3UDNA 2BPYA 4HE9A 4Y4ZA 5EZXA 2FNSA 2HS1A 4Y4BA 3VF7A 1ZPKA 3UDMA 4I10A 3R0YA 2FXDA 2JJJA 2ZHSA 5P3QA 4Y5KA 4J55A 5P1HA 4YD4A 3ZMGA 4TRYA 2FDEA 5P8AA 1F7AA 4QGIA 3BGBA 1FEJC 1DP5A 5P7GA 2QU2A 4ZPFA 3KYRA 1C6XA 5P4TA 3KN0A 5DR1A 1IZDA 5SXNA 2H6TA 3HVGA 4ER4E 5OZDA 1FMBA 2WJOA 4Y4WA 1PPKE 3PHVA 2P8HA 5P1JA 5P2LA 1HVCA 5ER1E 2R9BA 2HB2A 5P2WA 2AZCA 4I1CA 2G1SA 5P8OA 2JJIA 3IXOA 4Z4XA 4EJKA 3INFA 2VIJA 5P8HA 1GVWA 2WL0A 4CPWA 1HPSA 2V12C 3GW5A 5P7OA 1MESA 1PFZA 3A2OA 2ER6E 4CPQA 4OC6B 5P30A 1B11A 1MSMA 5P6TA 3BVBA 4QJ2A 3LNKA 3SABA 3EKXA 2NNPA 3SA5A 5P83A 5IE1A 2QI4A 4H3GA 5P70A 5P7DA 1N49A 4Z22A 4L1AA 5P0RA 4PPHA 3VLAA 4Y54A 4AA9A 5P2ZA 3ZOVA 2AVMA 1HIVA 1BBSA 3VV7A 3R1GB 3NU5A 5OYUA 3PWWA 2SAMA 3D3TA 2AODA 5P1GA 5P5LA 3IVHA 5IS4A 2ZE1A 5OZUA 2QMPA 4B72A 1C6YA 4YE3A 4RCFA 5P3MA 2AVQA 5P7SA 4Y3GA 3MXDA 1PPME 3IN4A 2PWRA 4K8SA 3I2LA 5JODA 3DV1A 4YOAA 4Y9WA 3DCRA 5P04A 5P5TA 4U7VA 3PSGA 5P4KA 3QRVA 4R93A 5P72A 1ME6A 4GJ5A 5P43A 4I0DA 2A1EA 4BEKA 1HVLA 2J9JB 2VA5A 4H1EA 5ER2E 4YBIA 3JVWA 3EL5A 5HDXA 2Q54A 1ZBGA 1QBRA 5P2HA 3O99A 5P5GA 5P2TA 5E5JA 1MERA 1LF3A 5I3XA 1HEGE 5P2UA 2WHHA 2HAHA 2OHTA 4J1EA 5P7RA 3S2OA 2Q3KA 2Q11A 2WF1A 5P6HA 1U8GA 4YCYA 4LXKA 5DQ2A 3EC0A 4Q1YA 3UQXA 1BILA 2PC0A 5P1XA 4ZEAA 3ER5E 4J0TA 2BBBA 3OU4A 3MSLA 3HDKA 5KQXA 3VYFA 3LZYA 4Y3LA 3G6ZA 5P3CA 5CLMA 3S43A 3RSXA 3O9IA 3TOFA 5P4WA 1QRPE 2PMAA 5BRYA 1YTGA 5AHCA 5P6FA 5P20A 1FGCC 5P71A 4BFBA 5P8PA 2V10C 3CKRA 2QMGA 2P3BB 3BVAA 4FLGA 2BPXA 4J0PA 4FRJA 2AZ9A 4DQEA 5P52A 1BXQA 4TVHA 4HA5A 3L5CA 5OZOA 3OU3A 4DJVA 3WZ6A 5P7KA 1QS8A 5P6BA 1HSHA 2Q15A 2F81A 3EL9A 2HIZA 3OAGB 2IEOA 4YOBA 3DK1A 4Y5CA 4DI2A 5P6OA 3K4VC 3HBOA 4J1IA 1GNNA 4OBZB 2FNTA 5P6RA 4K9HA 3KFNA 3DUYA 4I8ZA 4Y3TA 5P7LA 2AOHA 5P23A 1YT9A 2VJ6A 2F3FA 5P37A 5P5CA 4RVIA 2OHPA 2R3TA 3PSUA 4FCOA 3EMYA 3IAWA 4R92A 4B78A 2CEJA 4R5NA 5P57A 1KJFA 5KOQA 5KQYA 5F01A 5P86A 5P8NA 5P6CA 2I0AA 3AIDA 3ZLQA 1ZP8A 3QIHA 5P5WA 3I6OA 2BJUA 5OZZA 4OBFA 3K1WA 1B6MA 5P6VA 1T7KA 5P3AA 2BQVA 2QHCA 4JP9A 4L7JA 5P4MA 2QD7A 5P8DA 2RMPA 2HPEA 4Y45A 5P1YA 4RCEA 5P8FA 4I8WA 4TVGA 5P47A 2QNQA 3ZKNA 2WECA 1VIKA 1IIQA 1QDMA 4GYEA 5P0PA 3DV5A 1C70A 5P4YA 3TH9A 2OHLA 1HVRA 2P4JA 1ZJ7A 2ZHTA 3SFCA 3Q4BA 4OC6A 5P5IA 3FSMA 5ISJA 4Y3QA 3LHGA 2P83A 5P8IA 1DAZC 5P6DA 3VG1A 1UH8A 1K6VA 5P6QA 4NJVA 2FS4A 2ER0E 5OZMA 1K6CA 3FNTA 2PSUA 2MIPA 1RQ9A 5P5KA 5P0NA 5SZ9A 1B6PA 5AH9A 5P8QA 1ODYA 5DR3A 3QBFA 4YHQA 4Y4EA 4Y5GA 2IKUA 1OEXA 4WTUA 3SKFA 1EBYA 2QD6A 3GI0A 1D4JA 5P8EA 4DQBA 3SA4A 5P49A 4Y58A 5P7YA 4CPUA 3S8IA 1EC3A 3T7QA 5OYYA 4E43A 5OYSA 1MSNA 1BV7A 3S56A 5P7JA 3ER3E 2PH6A 4A4QA 4DJWA 5P2CA 5P34A 2NMZA 3TL9A 5OYXA 1B5FB 5P68A 1OD1A 1A94A 5IVRA 1HIHA 2J9JA 3IN3A 3S53A 5HCTA 3CMSA 3PWRA 4Y5MA 5OZ2A 3TTPA 3SA3A 5P4XA 1ZSFA 3O9FA 4OD9B 4MC6A 2G94A 5P3HA 2XFIA 4Y50A 3JVYA 2G20A 5P1KA 2IRZA 1ZAPA 2AOCA 3GGUA 1AM5A 2V13A 5AHBA 1XE5A 5P6SA 5P8KA 5P3XA 5P3TA 2QNNA 2XFJA 1IDBA 1APUE 4IVTA 5P1MA 2NXLA 3I25A 2QP8A 5I3WA 3PJ6A 2O4PA 3VFAA 4B77A 4J17A 4K4PA 2VS2A 1FF0C 3O9EA 1IZHA 2I4UA 3M9FA 1ZTZA 4Y3YA 4J0ZA 1SGUA 5P6GA 3INHA 1HVKA 1MPPA 5OZSA 5P45A 4Y3AA 3UDYA 4Z2ZA 5P61A 3O9BA 3FX5A 5P5YA 5P2RA 5KAOA 2R43A 5P7BA 1DW6C 1HIIA 1W5YA 3QAAA 5HCOA 1FQ4A 2HPFA 4EHCA 3VYDA 2QZXA 3UHLA 5P0LA 1NH0A 3S45A 3OQAA 5KR1A 3F9QA 1K6PA 3CKPA 5P8TA 5TOLA 3OAGA 3UDKA 4YA8A 3WSJA 2WKZA 5HE4A 4FAEA 3H5BA 3VYEA 1BDQA 5OYVA 1MVPA 4WY1A 3KMYA 3CKTA 4QLHA 2WEZA 5P6WA 5P89A 3UDRA 3BUFA 5AGZA 5OZ6A 5P3ZA 5P19A 1C6ZA 4D8CA 4YD3A 2WF3A 5OZ5A 3OK9A 1YX9A 4Y48A 5OYQA 5P82A 3QI1A 1HPXA 3MSKA 1XN2A 5DQCA 1EBZA 2I4QA 1EC1A 3PCZA 3TKGA 1EPPE 2FXEA 2QI1A 1LYAB 3HW1A 3SA6A 1W5XA 2JXRA 5P2KA 4RLDA 4GJCA 1ER8E 1EC2A 1MT8A 4Y3RA 4M8XA 5OZ3A 2O40A 1FMUA 1A30A 4RRNA 5P1FA 2PYNA 4DQHA 5P0CA 1RNEA 5SY2A 4B70A 5OZFA 3KFRA 5P2JA 3UQWA 2ZJIA 3CIDA 4PYVA 5P15A 1IDAA 3INEA 2G22A 5OZ9A 3SAAA 1KZKA 4FSEA 4FSLA 2VJ7A 3WB5A 3ZKSA 3HAWA 5OYRA 5P5MA 4OBKA 4RYCA 5P44A 1DIFA 4YD6A 5P5UA 1W5VA 5P1EA 3UDPA 5IVSA 5P0DA 4XXSA 1WBMA 4F74A 5COPA 1GVVA 3KDDA 2QZLA 2FLEA 3QPJA 2AVVA 1TCWA 5P26A 4KB9A 1IVQA 3AUPA 5OZHA 1W51A 4LXAA 1M0BA 6FIVA 5AH8A 5P46A 1FG8C 1MT7A 4Y4JA 3EXOA 3K4VA 3FNUA 2VA7A 4OBHA 3O9HA 2VA6A 5T4SA 5P4LA 5P50A 1FQ6A 1PROA 5P6KA 4R95A 5P65A 1K6TA 4F73A 3DJKA 5OZVA 1DMPA 2ZJHA 1HVJA 2FDDA 4NPUA 4CMSA 3WZ8A 5HE7A 3GGVA 5P1IA 2I4DA 5P5DA 4NJTA 1B5FA 3C9XA 3QROA 5P36A 2NXMA 3B7VA 3U7SA 5AH6A 4L6BA 1ODWA 3OXCA 3UCBA 5P14A 4OBDA 5P2IA 4H3FA 2A4FA 5P3OA 4DPFA 5KR8A 4FL8A 4Y5PA 5P4UA 5P3LA 3L5BA 4FM7A 4OD9A 4S1GA 1XE6A 5P16A 2JYSA 5I70A 3O9GA 2FDPA 2QZWA 3NU9A 1K2CA 4DH6A 4Y4DA 2Q64A 3N4LA 5P48A 5KR2A 1SBGA 2AVSA 2OHRA 3PM4A 3UFLA 1T7JA 4Y4AA 3S54A 4FRIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QI5 A;  5HTZ A;  5P25 A;  2BKS A;  2WEB A;  5P13 A;  1QBU A;  5F00 A;  4RVJ A;  5P1Q A;  3NU3 A;  1B6J A;  4A6C A;  3Q3T A;  2G69 A;  1W5W A;  2O4S A;  5P1Z A;  5P0H A;  3R2F A;  4Y4U A;  3GGA A;  5P5R A;  3UFN A;  4HEG A;  5OYT A;  5P6M A;  1GKT A;  1FFF C;  3GI5 A;  5P85 A;  3LIQ A;  4AUC A;  2F3K A;  3VFB A;  5PEP A;  4PHV A;  5P64 A;  1KJ4 A;  1GNO A;  4Y3H A;  4ZPE A;  4B00 A;  2V11 C;  2AVO A;  5ENK A;  4JOO A;  1E80 E;  5P4S A;  5P2E A;  1PSN A;  5P3D A;  1NSO A;  2VNM A;  3D20 A;  5P11 A;  3UDH A;  1SIP A;  5P1A A;  5P4A A;  3FIV A;  1GVU A;  4Y47 A;  2AOI A;  5P2V A;  1BAI A;  1LYW A;  3OGP A;  1YTI A;  4LXM A;  3VF5 A;  1SDT A;  4R91 A;  3LIT A;  4Y3N A;  5P0T A;  4GJ8 A;  1OHR A;  2IL2 A;  1Q9P A;  5P1N A;  5P1W A;  2XYE A;  3ST5 A;  1LEE A;  5P3Y A;  5P3F A;  5P54 A;  3UF3 A;  1PSA A;  5P12 A;  5P8G A;  3URL A;  4Y3W A;  5P01 A;  3R4B A;  1AVF A;  1FQX A;  3TOG A;  1FKN A;  5P4G A;  3EL4 A;  5P0M A;  3TKW A;  5C9F A;  1VIJ A;  3OHH A;  4GJ9 A;  4NKK A;  5P51 A;  4DPI A;  2O4L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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