3THAA

Tryptophan synthase subunit alpha from campylobacter jejuni.
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
AMVDFRKFYKENANVAYTVLGYPNLQTSEAFLQRLDQSPIDILELGVAYSDPIADGEIIADAAKIALDQGVDIHSVFELLARIKTKKALVFMVYYNLIFSYGLEKFVKKAKSLGICALIVPELSFEESDDLIKECERYNIALITLVSVTTPKERVKKLVKHAKGFIYLLASIGITGTKSVEEAILQDKVKEIRSFTNLPIFVGFGIQNNQDVKRMRKVADGVIVGTSIVKCFKQGNLDIIMKDIEEIF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Campylobacter jejuni
publication title Tryptophan synthase subunit alpha from Campylobacter jejuni.
rcsb
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
total genus 78
structure length 248
sequence length 248
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2011-08-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3thaA00
4X9SA 1XI3A 4OBTA 2QAFA 3ABQA 3G1VA 3SFKA 1PE1A 3R5EA 1LM1A 4UNLA 5K9XA 4S2BA 3ABOA 3KAOA 2CLIA 1ZY9A 1X1ZA 2JBMA 4KFOA 4H4IA 4DO6A 2B7OA 1SZEA 4EIVA 4WOZA 5BRBA 1OFBA 4E2BA 4PEKA 4LRTA 1YTDA 2VFHA 4UMCA 4CQ8A 4PA8A 1MEHA 4YCPA 1TQXA 2VC6A 5A8GA 3W2UA 2GQAA 3NQDA 3EX6A 4FO4A 4FNTA 3A24A 5I3FA 1PVNA 3B4UA 3DKJA 2A6NA 1TREA 4N4QA 4K36A 5G5IA 1QPOA 2Z1BA 4GUFA 4JIQA 5G4WA 3Q37A 3MP5A 3UY8A 3HGRA 4CQ9A 3DBPA 2CZDA 2H6RA 3O15A 3G3MA 4MY8A 1KW1A 1TPUA 3B05A 4MFEA 3NZRA 4R34A 3S1VA 1ICSA 1G4PA 3W73A 1OFQA 3SGZA 4Y8FA 3UNDA 5DCDA 4DPPA 1FDZA 5F1UA 5K9DA 1DQXA 3CWOX 1Z41A 1J5TA 3CEUA 3HG4A 1I2OA 4O19A 5LKYA 1Q6RA 2J9ZA 4HNNA 5TBOA 4O50A 4MLJA 1GOXA 1T0OA 1SZGA 1W3NA 4NJJA 3U2OA 4BWLA 3VI2A 1VC4A 1RZMA 3W84A 3LHWA 3QW4B 1TRIA 4GUJA 1I8JA 3GDTA 5CPLA 2J9YA 4Y9AA 4FNUA 2JK2A 3QF0A 2YGYA 3MHFA 1SW7A 4UTWA 5FF2A 3F03K 1H50A 4S2CA 3GVGA 2XN2A 3HPXA 1H63A 1P5BA 3EB2A 2PRMA 4GUGA 4K39A 4UXDA 1W5QA 5MHBA 3CU2A 1ZAIA 1OF6A 2ZRZA 3SY5A 1JCJA 4ONVA 3DAQA 3KRSA 1SFJA 3W9ZA 3S5YA 1G67A 3TV8A 5F2IA 4MUZA 4N4PA 3LRMA 5FF4A 2NV1A 2CLKA 1GWJA 3T4CA 1IXQA 2CLHA 4A2RA 4QM1A 1H61A 3RMJA 5D32A 1F76A 4IMEA 3TFCA 2Y89A 3QC3A 2JKPA 2ZZ6A 2CU0A 3O6DA 1IXPA 2A2IA 5D2WA 3STFA 4AB4A 3W88A 2BTMA 2FJKA 3NZ1A 3M5VA 3O6CA 3O8AA 2QR6A 4NNCA 4NNBA 1W5NA 3N14A 3M44A 3A23A 2A85A 4NJGA 2H8ZA 4XTDA 2VEKA 3KVJA 2GVLA 1W0MA 4XTIA 1GYLA 1M5WA 1GZGA 4R7JA 2HMCA 1QPQA 2CZFA 2TMDA 5AYXA 4HPXA 1SW3A 1F5ZA 1KFLA 3G24A 4XKYA 3SZ8A 2DZVA 3GNNA 3LCGA 5KTLA 1OFOA 1D3GA 3DHDA 4EF8A 1XUUA 4MYAA 1I2NA 3QW3A 2BXVA 3ANYA 4BI6A 4O4VA 3QM3A 1LRQA 2Z2UA 3CC1A 3OEXA 2V2CA 1MSSA 2E6YA 1R2RA 3DFPA 1GPWA 4Z1CA 4JX4A 4X22A 3P61A 2ZZ5A 2C14A 2FTPA 3TQ0A 3P7YA 2XN0A 2LLEA 1YYAA 2R14A 3H55A 4HSOA 2XN1A 2WSYA 4RXGA 3MI2A 1GVQA 3BO9A 3E9AA 4ZMGA 3UXAA 3W75A 2ATMA 4U4MA 5KMYA 1VHCA 3W2KA 2Y7DA 5G2IA 1HG3A 1QMLA 4FNQA 1CW2A 4OHQA 4OGZA 3TQVA 1A5BA 2QCMA 1BEUA 1RPXA 5K2ZA 4ADUA 3GB6A 1JCMP 1QPRA 4GUHA 4O1DA 5EY5A 3W2NA 3NQAA 3KFTA 2QCDB 1DOSA 4DBDA 2ABBA 2YFNA 5A5WA 4L4LA 1J2WA 5EA9A 4NJKA 1XL9A 4ZQNA 2W6RA 1X1OA 5KZEA 2VOMA 1PCKA 1AW2A 1VCVA 2ZZ1A 3FYPA 3HG3A 2WV8A 2YCEA 5GVJA 4LVDA 1WQ5A 4GNJA 5DXYA 5U4NA 3W7EA 4AAJA 1I45A 2VFIA 3G0XA 5AYYA 2ATSA 4CCEA 3BG5A 1B4KA 3EXRA 1S3HA 1J4EA 2R91A 3W76A 1TPH1 2ZTKA 2OMAA 3N73A 3O63A 4JTKA 5TQLA 5EBUA 4TMBA 4OE7A 3N34A 3NQCA 4JX5A 3TAKA 5HINA 3IIXA 3LHVA 2VEMA 3GAYA 1FDJA 3S5NA 5CPOA 5DELA 1LCOA 2DORA 2X1RA 1TB3A 1W5OA 4GXMA 4LY8A 3HGSA 4LTSA 4BWLC 4KWWA 3FJLA 3STGA 5AHLA 2Q8ZA 4P2VA 3GK0A 5D33A 4OQVA 2ZYFA 3LOTA 4QIUA 4O1CA 4UTWC 4HHPA 1OFPA 3M0ZA 2RH9A 1SSGA 1NF7A 1TCDA 3PVFA 2RFGA 1TPB1 3WJXA 5CPMA 4JDYA 3PSVA 2DZSA 4H6KA 3TMQA 2DJLA 4KFPA 3TCEA 2GOUA 1RVGA 3LCLA 1OX4B 3G1AA 3NEVA 4UUIA 1IXNA 4IMDA 2D73A 3HPSA 3W7DA 3FKRA 2H3BA 2QCNA 4JYFA 4RK8A 1P4CA 3TSDA 3LTPA 1OFAA 4JYEA 3TC7A 3A22A 2E6FA 1A53A 3L66A 2DU2A 1N55A 2TPSA 3TK7A 7TIMA 2A7RA 1N8FA 3L5LA 4LC6A 5FEWA 3LXAA 4OWGA 4A21A 4MJZA 2GVGA 3IIOA 4WZHA 3Q58A 1LP6A 4JS3A 4MOZA 3TJLA 2GJLA 4NUWA 3SJ3A 2W79A 1W54A 4ZQMA 3BV4A 5CG7A 3CIWA 1UUMA 4OT7A 1DORA 5AHMA 5AFDA 3T7VA 2YW4A 5KINA 2P10A 1TPFA 3NQVA 2QCHA 4ML9A 4NU7A 1EWEA 1W1ZA 1IF2A 2QCGA 5FF7A 3E12A 3N19B 1L6SA 3W07A 1VZWA 2B4GA 4QNEA 3M1ZA 2E6AA 1H7XA 3TC6A 1GVOA 3LCFA 4WXYA 3S9YA 3TFXA 2CLEA 5CPNA 2AAMA 2HTMA 1Y0EA 3FOKA 2VKZG 3IVUA 3S42A 1JVNA 2RDWA 3S1XA 3STEA 1HTIA 4UFMA 4FNRA 4UMAA 2NUWA 5FI8A 2CLOA 4ORMA 4RV8A 3L0KA 1F6KA 4UNKA 1OK4A 1R47A 2BLEA 1KM3A 2YFOA 4IPJA 4XBKA 1VPXA 2Y7FA 4E0CA 1HUVA 1ZCOA 3TQKA 2VENA 2QDHA 1MEWA 2CLMA 4LRSA 5DBUA 1MXSA 1D9EA 2X1UA 3SW6A 1S5VA 1WOBA 4M5PA 3W7HA 3G8RA 4RZ6A 1AMKA 1JRBA 2QUTA 1T99A 2BZNA 2I1OA 3LBMA 1UASA 3G1YA 1T96A 4MLRA 1NEYA 2BX7A 5G4EA 4JIPA 1WBJA 2Y7GA 5CZJA 5BW6A 5K4ZA 2ZQ0A 3M5XA 1TSIA 2W0UA 2A1YA 1YPFA 2B7QA 4WXZA 1KM1A 1JQXA 3KXQA 3TX9A 1MZHA 1TJRA 5CKSA 1C29A 1QWGA 2OZ0A 3PAJA 4QITA 3LERA 1H62A 4FIQA 3MWAA 4JICA 2WPBA 3QQ0A 4AF0B 1TTJA 4DEFA 3W2LA 2FDSA 5K9CA 2A7NA 4Q4KA 3NYZA 3WK3A 3QPYA 3BPWA 1DKWA 1FWWA 5D37A 1WYIA 1SW0A 1GTHA 1IIHA 1KM2A 3QH2A 3P60A 4ZZ9A 3GLCA 4JTJA 2I14A 4UTKA 2FB2A 1LYXA 3W1MA 3UZ5A 4NQ1A 2ZFAA 1M7PA 1U83A 4LT9A 2C18A 5DBTA 1OX5A 2E6DA 2NLIA 4EF9A 3BGGA 4O52A 3THQA 5LSMA 4IQLA 4BI5A 1NVMA 2PE4A 4A3UA 3PWAA 1A5SA 3G22A 1FWNA 3B8DA 1PL9A 3UQNA 3MHGA 4LW7A 2V2HA 3W6YA 4O1AA 3IIVA 3TR2A 5G2HA 4EVZA 1WA3A 4LVGA 2QUVA 1KLZA 1JCNA 2C6QA 3SI9A 2CW6A 5F2GA 4HN4A 3LTYA 2AGKA 5HMSA 4Z1BA 3QYQA 3C2EA 3MJYA 5I3JA 3VE7A 3R13A 3GXTA 5AHEA 4CLMA 1RQEA 3VFLA 2ZRYA 4TO8A 1DJQA 1K8ZA 1GQNA 2V30A 4Y90A 5K3VA 3BVJA 2C3ZA 2NUXA 1EP1A 4DPQA 4AWTA 1QOQA 3C0JA 1FWSA 3LRLA 2FPYA 3NGJA 5DN1A 2QCCA 4NZJA 3R2GA 3LHTA 1NF0A 3YPIA 2YZRA 2VFFA 3QZEA 1FCQA 2PCQA 2Y7EA 2B7NA 3EX3A 1JUEA 3G0SA 3PY2A 4UTMA 4ZQPA 3ZR4A 4UFIA 3EXSA 2YYTA 3PG8A 3TSBA 1RQBA 5L9FA 1TPC1 1HO4A 4QQ3A 3K30A 3TAOA 5LNRA 5EL1A 3W7IA 1GVFA 2DZXA 3WJSA 4HT3A 2QCDA 1TIMA 1YDNA 4N6FA 3ZWTA 3L5AA 3KX6A 1B57A 3L67A 5CZ0A 1OYAA 3U6WA 2UV8G 5DLCA 5D30A 2WQPA 3C8FA 3TNOA 1F7BA 3W7OA 3W7NA 4AWSA 4N2YA 1H7OA 3EX4A 4KWVA 3C52A 4WY0B 2WOQA 2Y88A 1WAUA 2FQIA 1SR9A 3L65A 1W37A 3C4UA 3M41A 4ZQCA 2J27A 2ZRVA 2WNQA 2JKEA 4PFMA 3BARA 1K03A 2E5DA 3DKLA 1KTBA 3N9RA 4JTUA 3TIMA 3EWUA 1QCWA 4CNNA 5KITA 3E0IA 3W74A 2ABAA 3QPZA 4PTNA 3WFAA 4FHAA 3W86A 3GNDA 3W87A 2E09A 4IXHA 4FNSA 2GQ8A 3EWBX 4NVTA 5AC7A 1DBTA 5FEZA 4HIBA 2WKJA 3E02A 3C2FA 2E5BA 4R53A 3BLIA 3NL2A 4MFDA 1F6PA 2X30A 4QSHA 1ML1A 3C2RA 3FFSA 4XBSA 4O0KA 4PH6A 4IMGA 3NQ7A 2WNZA 3PG9A 4P61A 2OT1A 1FCVA 1XFBA 2FB3A 1EEPA 5I3GA 3NO5A 2NWRA 4RX0A 1YPIA 3NL5A 1OX4A 3L0GA 4NNAA 1QOPA 1P1XA 3FA5A 3DI0A 2Q8LA 3TSMA 4MIMA 1Q6LA 3GKFA 5G1YA 1LOLA 1XBZA 1GVSA 3CWNA 3NAVA 3OA3A 1K02A 1XCFA 5J5DA 1EA0A 3CIXA 3LDVA 2V81A 5LNVA 3JS3A 3CTLA 4JEQA 2TSYA 3DENA 2NXHA 3GAKA 1WBHA 4ADSA 2F7FA 2JKAA 3M47A 3SR7A 3IGSA 5I3IA 3MP3A 3G1DA 3HGJA 4NT0A 1TTIA 1TTQA 4JTSA 4EOUA 5FESA 3NQ6A 1P0KA 3W22A 3EWYA 1VYRA 1W5MA 4JXCA 3PC0A 4UMBA 4O53A 4XWUA 1VCGA 2WJZA 1QO5A 1VHNA 1O94A 3MP4A 5AB3A 1KM6A 3GDKA 1ZHAA 2E77A 1P0NA 3TXVA 2ZCGA 1LROA 4RZ4A 1ZFJA 1GVRA 3GX9A 4RR4A 1S5WA 3P62A 4AXKA 1FUYA 2QJIA 2IQTA 4WQ6A 3R89A 1YXDA 3USBA 1WV2A 4UFKA 1KFBA 5CSRA 3DXIA 4FF7A 3W70A 4UTJA 4A2SA 4RZ5A 3M43A 1TJPA 1JUBA 4N9EA 1ME8A 4FXRA 1RQHA 1G4SA 3W1UA 2HSAA 4O14A 3NQEA 4Z08A 5C6MA 1I2QA 4LV4A 5D09A 5T26A 1DV7A 1K7EA 3KVKA 1GTEA 1FCUA 1A5CA 1EP3A 1R2SA 5H2ZA 2EF9A 1ALDA 1F05A 1ZAJA 5DCEA 3TUUA 4M19A 4ALDA 2ZBTA 1F2JA 2Y85A 4FX8A 4N9BA 4A22A 1HO1A 5G2WA 2QUUA 1G69A 3LI1A 3N2MA 1I4NA 3KVMA 1VLIA 3VE9A 1EB3A 5DY3A 1A50A 1KTCA 2ZDRA 2R8WA 3STCA 3W7RA 1IXOA 4JY8A 2H90A 1CI1A 3LRKA 3BW4A 3NPWA 2G96A 3JRKA 3UPBA 1LBFA 1B9BA 4NXSA 1VS1A 3UY7A 3QMRA 5F2LA 4NX5A 4DO4A 4LU0A 5HNRA 4Q32A 2VFEA 1JQVA 3CM4A 2E5CA 4YL2A 4JYDA 2VEPA 1OG0A 4IMFA 4AF0A 3O07A 3UWQA 3M6YA 4TMCA 2ZRWA 4JR5A 4MZ8A 5C5YA 2GUUA 3P67A 3FEMA 8TIMA 3P80A 4JDBA 3B06A 3C3NA 3O6YX 1KV8A 3WJWA 2A4AA 3GKAA 5AHIA 4Q33A 1W56A 3A9IA 2Y62A 4O8RA 4Z1AA 1H7PA 3EKLA 5LNSA 4GFSA 2ZA1A 3Q2DA 4U28A 5LNUA 1OYBA 2EHHA 5D04C 3TKFA 1BWKA 2G95A 3LV5A 4K38A 5LGXA 3LB0A 3W7PA 3MBDA 3TH6A 4K8HA 1XBVA 3S5OA 5H91A 1EWDA 1H7NA 1K7XA 4IX2A 4JTIA 3W7KA 1G7VA 2QJHA 3QEZA 1OK6A 1SZNA 3IVSA 3L5MA 2YSWA 3B0PA 1LBLA 2NXGA 3HG5A 5HQEA 3LCWA 4UFLA 4ZQOA 1UCWA 4O13A 3M16A 1JULA 1TYGA 1QDSA 3SSJA 3ZWSA 3GXPA 1ONRA 2WO5A 3LTSA 3PBYA 3NPXA 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 4JTG A;  3ZS4 A;  1H5Y A;  2Y6Z A;  3ATZ A;  1X7F A;  3C2O A;  4AVF A;  3UPW A;  3NVT A;  3M7W A;  1DHP A;  3M5Y A;  4OV4 A;  4UC5 A;  1H60 A;  4O12 A;  1OF8 A;  2G97 A;  1RR2 A;  3L2I A;  3UYC A;  4E2D A;  3W7L A;  1WXJ A;  4O28 A;  3ABS A;  3PM6 A;  1AG1 O;  1JCL A;  4GBU A;  1VH7 A;  1LLW A;  3LV6 A;  3BGJ A;  2BSL A;  1AL8 A;  4Z0J A;  3B0V C;  4O4W A;  4O15 A;  1SPQ A;  4N6E A;  3W72 A;  1R30 A;  4HSN A;  1GYN A;  4J9J A;  4DF2 A;  5L6U A;  4JTT A;  3S1W A;  4CCD A;  1AW5 A;  3UWY A;  4JTH A;  5DXX A;  3W71 A;  2A6L A;  3LBC A;  2ZA3 A;  1TQJ A;  1UUO A;  2EAW A;  3ATY A;  5CZS A;  3DFS A;  4RLI A;  3DFO A;  3PB0 A;  3H53 A;  4UTH A;  3W1P A;  4LVF A;  3RND A;  3H54 A;  3W7C A;  1TPW A;  3NXF A;  4RJE A;  1I2R A;  1FDY A;  3SEC A;  4AMA A;  4NJI A;  3W23 A;  3W1N A;  4JGD A;  3EEG A;  3GR7 A;  3PSW A;  4K8E A;  5F4S A;  1SO5 A;  3NPV A;  3M5Z A;  4LUI A;  3IVT A;  2QJG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4L6D A;  4Q8U A;  2ZOX A;  4QLL A;  3W81 A;  3G1V A;  4UBP C;  2CXE A;  5K9X A;  4UNL A;  3ARW A;  1AH0 A;  4S2B A;  3OOD A;  5E0C A;  3KAO A;  1L6F A;  1A4M A;  4WKH A;  1B1Y A;  3KS5 A;  5A6B D;  3GTH A;  4ZE5 A;  2SFP A;  5BRB A;  3LU2 A;  2FVL A;  1WE5 A;  2DIE A;  4I8D A;  4CQ8 A;  4UMC A;  4PA8 A;  1H3G A;  3WNM A;  4YCP A;  1ZJA A;  4E3T A;  5CAH A;  3PJW A;  3KBS A;  2YL5 A;  2VC5 A;  3A24 A;  1F3X A;  5F7U A;  3UVI A;  2A6N A;  1TRE A;  3TTS A;  4R9X A;  4US5 A;  1XSI A;  4N4Q A;  4GUF A;  1JEZ A;  1H41 A;  1LWH A;  5DMN A;  3V0T A;  1T7L A;  4RZB A;  3MP5 A;  1HF6 A;  3UY8 A;  4JFT A;  5JBE A;  3BC9 A;  3A4W A;  2CZD A;  2H6R A;  2VGB A;  1M65 A;  4I9T A;  4MY8 A;  3VUS A;  1KW1 A;  1LQ2 A;  1AFS A;  3M0I A;  4Q8P A;  3NZR A;  3S1V A;  4KPL A;  1OFQ A;  3SGZ A;  4Y8F A;  3EA2 A;  5DCD A;  4AFY A;  1JYV A;  1J5T A;  1YRR A;  1I2O A;  1Q6R A;  1E73 M;  5FSD C;  4WDW A;  4O50 A;  1GOX A;  3JZE A;  1T0O A;  4S3A A;  4NJJ A;  3FY1 A;  1IT7 A;  1GK8 A;  3BLD A;  5A6T C;  4GUJ A;  3DFH A; 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