3TKDA

Crystal structure of the glua2 ligand-binding domain (s1s2j-l483y-n754s) in complex with glutamate and cyclothiazide at 1.45 a resolution
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
262
structure length
262
Chain Sequence
GANKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITYVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
publication title Thermodynamics and structural analysis of positive allosteric modulation of the ionotropic glutamate receptor GluA2.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR 2
total genus 82
structure length 262
sequence length 262
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-26
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tkdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tkdA02
4BDLA 3TZAA 3FJGA 2G93A 2NWJA 5BWJA 1M5EA 2HEUA 2ZNSA 3B6WA 5BUUA 4R2BA 1MQGA 1ZIUA 1B46A 5AE4A 1ATGA 4RPOA 2V25A 4TLLB 1NNKA 3CFZA 1XS5A 2M8CA 1US4A 2O68A 3KFMA 3MVZA 1LCFA 3O6HA 3FATA 1MQJA 4JWOA 4YB6A 3WAFA 3MZ1A 1NMUA 1AOVA 1B0HA 4E0WA 4RJZA 2Y84A 2OWSA 2XXTA 3RUMA 4EF1A 3C35A 4BLAA 2UYEA 2GRVA 3K6XA 4QFPA 1N76A 5CMKA 3OMBA 5AA4A 4Z0IA 4P0GA 5H8FB 4H65A 1MY1A 3A3CA 3CVGA 2CMOA 4EQBA 3VVFA 4JSDA 3FD3A 3V83A 4WKMA 1H76A 3EHUA 3ILUB 1WDNA 4OXVA 3PUWE 4F3SA 2PX1A 2REGA 5I2KA 3LR1A 1ZMGA 2Q2AA 3RPWA 1A55A 1B7ZA 3FVKA 3H6TA 3PPPA 4EF2A 2DWIA 2PT1A 4M4GA 3LSWA 5I58A 4ZEKA 3ONMA 1OQGA 1LLSA 1SQYA 5CBRA 4R73A 1MY3A 2GH9A 4F3PA 2V3TA 3U8QA 1IITA 4IO5A 3U92A 1AH5A 2X7QA 5H8HB 2Z8EA 5L9OA 5I2NA 2RC7A 1EU8A 2D5WA 3S2VA 1PC3A 2RF1A 4XKNA 1MRPA 5IAIA 1MQDA 5I57B 1OLCA 1PDAA 5DEXB 5B7DA 2F34A 2AL4A 3QUJA 4R72A 1DSNA 4RNSA 2F97A 3O28A 5FHNA 2ZNTA 2I0CA 4OMBA 2UVIA 3HHGA 4DIGA 2OWTA 1B5IA 2YLNA 4ZE8A 3C32A 3VE1B 2PBWA 3KEIA 3C36A 2X26A 2DQVA 3U94A 3BKIB 1FQDA 4GWOA 5FTHA 1IIWA 1N84A 4DDDA 3C34A 4MLQA 1SBPA 3PMXA 1FTMA 1SD3A 2Y7IA 1ZU0A 4XKPA 1FTLA 3MP1A 2XX7A 2B3BA 3DLNA 3K6UA 4GVOA 4AB5A 2XD2A 5I84A 1JQFA 4QF9A 3D4CA 4DZ1A 1B40A 1NH7A 3ECRA 1D4NA 4OERA 4U4XA 2FA7A 3IB2A 3N94A 1MDP1 2F5XA 5KZTA 3VLVA 3UGWA 1DPPA 1M5CA 3FXQA 2QS1A 2Z8DA 4R9FA 3UA8A 4LATA 4LQ2A 3PUVE 1B3EA 4IO6A 3FVGA 3Q29A 3K2DA 2XXPA 4ZEBA 1EH3A 3DP4A 1LBCA 1P1OA 4RYAA 3TTLA 4UA8A 1B5JA 5A5XB 3T9HB 3TTNA 1S9TA 4X1DA 2ALUA 1POTA 3E3KA 1MPBA 5KCJA 2PVUA 1OLAA 2DS9A 1NKXA 1SYHA 2XXRA 3L6GA 3OO8A 2THIA 4KD5A 4E0XA 2F7CA 3M8UA 1ZJLA 1WVJA 4IO2A 4ELRA 4KCCA 2RCBA 3LSLA 2QMXA 3RY3A 1B1XA 3TFLA 4R75A 1MXVA 3QIMA 1J1NA 4ISUA 2I0BA 3PPRA 1LBBA 4R2FA 2PYYA 3O6IA 4JXIA 4GRKA 3RGYA 1IXHA 2QS4A 1I69A 3C33A 2H4IA 3LBSA 4I8CA 4GFRA 4KI0E 3HO7A 3SEUA 1MY2A 4F22A 2QMWA 1IXIA 3MC2A 3R26A 1B7UA 5I56B 2R6GE 4YZZA 3OEMA 5I59A 4PFTA 4NTLA 2ZMBA 3U93A 3OXNA 4H8JA 4EXLA 2ABHA 4NF4B 2XX8A 4GD5A 3K01A 3FJ7A 5AA1A 4G8HA 3FVNA 3RQTA 4YKKA 3VDFA 2F6GA 5DVIA 4OZ9A 1N0TA 4FIMA 1GV8A 1CB6A 5CBSA 2DWHA 1JW5A 2LAOA 3H6WA 3TEPA 5DVFA 5ITPA 3OO7A 1N7XA 2XXVA 4JB7A 2GFEA 4U4SA 4ZZEA 4WXJA 1FW0A 1SI1A 1B4ZA 1MXUA 4H6DA 3GLBA 4IB2A 3S9EA 3IK6B 1XC1A 1A99A 2ANJA 5HBCA 1B7HA 4OETA 3VXCA 4OTEA 2BJJX 4U1ZA 2Q88A 4ZE9A 2ZYMA 2DP8A 3R6UA 3CSGA 2W7YA 2XXYA 5B70A 4R6YA 3KZGA 3VVEA 4NF8A 4BDMA 1JNFA 2RC9A 4NWDA 1ZBMA 1RYXA 2NVUB 4O3CA 1USYE 4U1OA 3PMWA 1B5HA 3HHFA 4DE8A 5JK4A 4QSCA 3MUQA 2XHDA 3C4MA 4BDRA 5DVJA 4KQPA 1P1QA 3TKDA 4LA9A 4ESWA 5L9MA 4C1UA 1QUIA 3VLUA 2XD3A 5EHMA 1ELJA 1WODA 1Y3QA 1LAXA 3MPLA 4O3BA 1UIVA 4JBZA 1JW4A 2Z23A 3SEXA 4NEDA 2I6EA 4YAHX 4GF8A 5HPQA 2PMSA 3DM0A 2NXOA 2ZNUA 4PQJA 4G2ZA 3EQ1A 4P11A 4XKQA 4F1YA 5H8QA 3T9XB 1B4HA 4HW8A 3IO6A 3S9NC 3TYHA 4FE8A 1XVXA 3MZ9A 1MXXA 4RPNA 1UTBA 1Z7ME 1URSA 2FNCA 3O9PA 4NF5A 2AYSA 5ICTA 3MVXA 5CMBA 5AA4B 1MPCA 3BBRA 3RT6B 1MDQA 3I3VA 1TFDA 4RK2A 1P1UA 4X48A 4H5FA 4Q8RA 1B3FA 4HCWA 1FQAA 2R9JA 3VVDA 4H1XA 1H3DA 5DYHA 4HCYA 3USDA 1LFGA 1OVBA 2DE2A 3FZVA 5I2KB 3VFJA 4ONYA 4U2RA 4LZ8A 1PB8A 2IA4A 1XT8A 3OSRA 1MQIA 1NNPA 4P0IA 2G29A 1B2HA 2E1SA 1B32A 5I58B 5L8DA 2I3WA 4I62A 3G3IA 4F19A 3MP6A 1ZKBA 1TFAA 2H25A 1IZ1A 3FV2A 1MS7A 4PETA 4NF6A 4OEUA 4IO7A 4FJPA 4IGRA 3ZS6A 3T66A 1R9LA 3OO6A 4G8NA 5I2NB 3TCFA 4F2OA 4N13A 3FJMA 4YB5A 3S9MC 2DSFA 2D3IA 2HZLA 3IJXB 3V5AA 3QSLA 3PMVA 3FGSA 4RK9A 4LP2B 5LOMA 2ZYNA 1JETA 2V3UA 4PFYA 4DCYA 4MF3A 3MQ9A 3PPQA 4MFIA 1R9QA 1FQBA 1O7TA 3IL1B 1OVTA 3T22A 3MPKA 4H8IA 1NL5A 4MH5A 1LSTA 5FTIA 5TPAA 5M2VA 2ONSA 2QRYA 2OCUA 4Q5TA 2XXIA 2KLFA 3TTRA 3T9UA 4KHZE 3QXMA 4KFQA 1URDA 2XXXA 1USYH 1EZ9A 3FUZA 4U22A 1PB9A 1Y20A 4PFUA 1PBPA 3G3KA 2AIXA 3OO9A 3FASA 2F36A 4HS7A 3PUZE 4FECA 3MAMA 4ND9A 1S50A 4FORA 2OJTA 5AA2A 2XXHA 2DE3A 5F7VA 2VD3A 3O6GA 2YJPA 4POWA 5JTYA 2QL3A 2QJEA 3JV9A 4OWDA 2DXYA 3W9VA 5ISUA 3FIRA 4OYVA 4Q0CA 2H99A 3F11A 1B9JA 2QPQA 1MM6A 3K1PA 3RNNA 3H4ZA 3Q28A 3H6VA 3OENA 2DOJA 3GBBA 3CSBA 4L17A 4F29A 3E13X 3FXUA 2DXRA 1QUJA 5KCJB 4IY6A 3K02A 3ILTB 1Y1ZA 3U72A 2IEEA 4K3FA 3N6TA 4KCDA 1DOTA 3KSXA 1IUDA 1N7WA 4DXBA 4N6PA 2O1LA 1T0KA 4BDOA 3IJOB 1SI0A 3N5LA 1AMFA 3FV1A 1YPNA 5DT6A 2O69A 3G3HA 4EQ9A 4GL0A 4GL8A 4RA1A 5TU0A 3KOSA 4F1VA 1VR5A 1HSEA 3VV5A 3EHTA 1URGA 4R9GA 2HQ0A 4O3AA 3VXBA 4I1DA 1QULA 3M3LA 3LSXA 1B0LA 1Y3NA 3V8XB 3WAEA 3H6UA 2A5TA 2I4CA 4THIA 4I9DA 2ONKE 4XIGQ 1IQ7A 2R71A 3SDFA 2UXAA 3DELB 5I59B 2FYIA 3KJTA 2E0SA 3HSTA 4QFNA 4EUOA 1XHYA 4F2QA 4EDPA 4EXKA 1Y4TA 4HTGA 4ZZAA 2OK2A 2CZLA 3P7IA 1A8FA 1UIUA 2A5SA 2QS3A 1Y4CA 4C0RA 5FHMA 2I3VA 1Y1MA 2O84X 5CMCA 3SEWA 4X1BA 4YU0A 3TUSA 1US5A 3N6UA 3SESA 2XX9A 1OIBA 5L9SA 2F8DA 5ICQA 3PD9A 1EZOA 3D4GA 2I48A 3TQLA 3OEKA 1MY4A 1B6HA 2AL5A 4OEVA 1BIYA 3TTMA 1ZLQA 4F18A 5HM4B 2HZKA 4LUBA 4JDFA 4AB6A 1ANFA 2XXWA 3S4UA 4TQUQ 3G3JA 2DE4A 1B05A 3K6VA 3O66A 1BTJA 1GVCA 1I6AA 4XTCQ 1QUKA 1I6QA 4NF8B 3TPAA 1B51A 5ELVA 1D3KA 1R1NA 4ELQA 3MJNA 2VD2A 3FVOA 3Q26A 2D21A 4FEDA 3S9LC 3U1OA 4X9TA 1LAGE 4OESA 3MP8A 3TELA 1UQWA 3PD8A 4KPTA 3CIJA 1A40A 4XXUA 2B65A 3T93B 3DP6A 4G8MA 3OOAA 3MVWA 4ZEIA 4U23A 1I6BA 3ZKLA 3R7XA 3K0VA 1P1NA 2Y7RA 4OVJA 2F78A 5TP9A 1GGGA 3CRBA 3O2AA 4F1UA 1UTHA 3C31A 4F31B 5H8QB 3IB0A 1XVYA 4YKPA 3TTKA 3K1MA 2ZYKA 1N3XA 4LZ7A 3PPOA 4F39A 1JEUA 1UTBB 2O7UA 3B6TA 1TWYA 2DWAA 2P2AA 4NF5B 4GXAA 2ZYOA 3IOWA 2HAVA 1O64A 4ELPA 4OENA 4G77A 3M3FA 3PU5A 5AA3A 1ZTYA 3MZBA 4DCXA 4FAJA 5H8NA 3KJ7A 3IO4A 1NH8A 3MVYA 1R6ZA 4R6KA 3SEVA 1VE4A 1B3LA 1QVSA 3K1NA 3TMGA 2B3FA 1N04A 3SEYA 2GHAA 1H43A 3LC8A 1P99A 3KG2A 3L6HA 4FEBA 3IX1A 5J1DA 4WEDA 4G68A 3I5OA 2UVJA 3G3GA 1LFIA 3KSJA 1LAFE 4QHQA 1MH4A 4NF6B 3O29A 4QFOA 4BDNA 3TCHA 2F7AA 4OFOA 1JW1A 3HPIA 1MPDA 3T96B 3TODA 2X7PA 5JEIA 1SDXA 5CMMA 2O51A 1LB8A 1HSLA 2YPNA 2DVZA 3EPEA 1TXFA 1QJMA 2VOZA 2P1SA 2I4BA 2GHBA 5DTBA 1IXCA 3CFXA 5TPAB 2VGQA 4KR5A 1DPEA 2Q9TA 2ZXTA 4OHNA 1S7YA 3RLFE 3SETA 4ZDMA 1PEBA 4QSEA 2V84A 1SYIA 1GTKA 5H8FA 3BFTA 1MXYA 3AXFA 3HV1A 1GR2A 4H0WA 2QSXA 3SKPA 2Z22A 3H3GA 1B58A 3MW0A 1NNTA 4YICA 3RTWB 3PUXE 3IB1A 4EQ7A 3DP8A 3UORA 4IO3A 3V89B 1AIVA 1PBQA 3LUYA 3O97A 3UIFA 4LONB 2DYXA 2F7BA 5AA2B 2OZZA 5F1QA 5ITOA 1BP5A 4IO4A 4ZEFA 1FQCA 3EN3A 3QYTA 4RXLA 4LQ5A 1MG1A 1CE2A 5JTYB 3G3FA 5CC2A 1RKMA 4OQOA 4NWCA 4QFLA 2WKYA 5H8HA 4TOZA 2HCAA 1M5BA 3B7DA 4YKJA 1N3WA 5FHOA 4GIZA 3UK4A 1MM7A 1O63A 1DTGA 5I57A 2Z8FA 1B1HA 5DEXA 1VFEA 1XOCA 1LCTA 5CM6A 2Q2CA 4GOTA 1L5TA 1A7LA 4NE4A 1Y3PA 3A3UA 1H44A 1SVXB 4QSDA 3JYRA 3KN3A 1FQEA 4YMAA 4C1TA 4GLIA 3KN8A 3SERA 3ZSFA 2QS2A 1VFDA 4M1VA 4PP0A 4ZECA 5EHSA 3T9VA 1LFHA 3TCGA 1JVYA 4QRZA 4G4PA 4IGTA 2V3QA 3IOVA 3M3KA 3E4RA 3KGCA 4Z7EA 1SW1A 1M5DA 4G68C 5EYFA 5CI5A 3IOUA 1A8EA 1FCKA 2VP1A 2A5TB 3TQWA 1PB7A 4WEPA 4FATA 1SW2A 3CG3A 3JZJA 2H5YA 3KBRA 1II5A 3W15C 4U21A 3Q27A 2F6PA 4Q30B 4ZS9A 3ODBA 2HFBA 1TT1A 2Y7PA 4GXSB 4H67A 2I49A 3KOTA 1BKAA 3W9WA 1DTZA 4TLMB 1AL3A 3QAXA 1SW4A 4QFKA 3HN0A 2XXUA 5A5XA 2UVHA 1KWHA 3HCQA 4XKRA 4GQOA 4JWYA 1YAEA 4ESXA 4YKIA 2NUVA 3CFLA 3G7WA 2RCAA 1LGBC 1NNFA 3TDJA 2H9BA 3GZGA 2ONRA 1BLFA 3UP9A 3EHSA 1F9BA 1LAHE 1QKBA 1Q1KA 4F3GA 4DXCA 3RT8A 3PPNA 3CR9A 2XXQA 1A54A 3VLWA 2F35A 3THIA 2HXWA 3MWBA 4PE5B 3QUFA 1M5FA 3PUYE 2PT2A 1B3HA 1VSOA 5IKBA 2I58A 4F3BA 2O7IA 2Q8JA 1JEVA 4IY5A 3C9HA 2Y7WA 3OELA 3ZKKA 1D9VA 2RINA 3K4UA 1MY0A 4R74A 5CRYA 1YTVA 4R6HA 4N07A 1FTOA 3H06B 3IAZA 4PFWA 1DMBA 3QK6A 1JVXA 2H98A 3N26A 4OFLA 1FTJA 4ELOA 5K2YA 3H03A 4KYSA 1IEJA 5I56A 1OMPA 2Q89A 1Y9UA 1Q35A 4ECFA 4POXA 2VHAA 3CI8A 4JSOA 4NF4A 4BDQA 4H5GA 1OQHA 3IORA 5TP9B 2ESNA 3I6VA 3K00A 1UTHB 4MBPA 3TAJA 2HAUA 1QW0A 3RTFB 1MXWA 1QKAA 1MQHA 2O1MA 4OFJA 3LSFB 1B52A 3UN6A 1B3GA 1H45A 3IR1A 1MXZA 4YB7A 3MBPA 1MH3A 1POY1 1FQFA 3PGFA 4DLDA 3B6QA 1Z7NE 4ZEDA 2O6AA 3KN7A 3A09A 3GBAA 1IXGA 3E9XA 5H8NB 3BFUA 4KYEA 3OSQA 2RKMA 2DWJA 4AQ4A 5AA2D 3FXRA 2P0SA 5K2XA 5KDTB 1SW5A 3K6WA 4KYDA 5H8SA 4YMBA 1D9YA 2OLBA 3CG1A 3GXAA 1LB9A 1NFTA 1RYOA 2RC8A 4LVQA 2V93A 3OD7A 4MLVA 4RY1A 4G68B 2Y7KA 1EZPA 4NMYA 1YCJA 3Q25A 3PV0E 1P1WA 4UACA 1HSJA 2UVGA 2UYFA 1FTKA 3H7MA 2REJA 2NOOA 3RN8A 5KDTA 3EF7A 4DXUA 4JWXA 2OBGA 3IOTA 4LZ5A 2DVCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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