3TKDA

Crystal structure of the glua2 ligand-binding domain (s1s2j-l483y-n754s) in complex with glutamate and cyclothiazide at 1.45 a resolution
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
262
structure length
262
Chain Sequence
GANKTVVVTTILESPYVMMKKNHEMLEGNERYEGYCVDLAAEIAKHCGFKYKLTIVGDGKYGARDADTKIWNGMVGELVYGKADIAIAPLTITYVREEVIDFSKPFMSLGISIMIKKGTPIESAEDLSKQTEIAYGTLDSGSTKEFFRRSKIAVFDKMWTYMRSAEPSVFVRTTAEGVARVRKSKGKYAYLLESTMNEYIEQRKPCDTMKVGGNLDSKGYGIATPKGSSLGNAVNLAVLKLSEQGLLDKLKNKWWYDKGECG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Thermodynamics and structural analysis of positive allosteric modulation of the ionotropic glutamate receptor GluA2.
pubmed doi rcsb
molecule tags Membrane protein
source organism Rattus norvegicus
molecule keywords GLUTAMATE RECEPTOR 2
total genus 82
structure length 262
sequence length 262
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-08-26
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tkdA01
3.40.190.10 Alpha Beta 3-Layer(aba) Sandwich D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 Periplasmic binding protein-like II 3tkdA02
2ZNSA 2NUVA 3CR9A 4EQBA 1MS7A 3DP8A 4OETA 3JV9A 2VP1A 1JW5A 4WEDA 3G3JA 4QFLA 4G8MA 4N07A 3CFXA 1R9LA 1VR5A 3IORA 3R6UA 1ZJLA 3H03A 3T9UA 1FCKA 5I56B 3FJGA 3O9PA 2X26A 1OLAA 2IA4A 2GH9A 5CMMA 5L9MA 1D3KA 3TDJA 4G4PA 1ZIUA 4FORA 3H6WA 5TP9A 4GXAA 1GGGA 1MG1A 2A5TA 2Q8JA 3V5AA 3OSRA 5DTBA 5BUUA 4IGRA 3U1OA 2XXRA 2V25A 1J1NA 4ELOA 3A09A 3PUYE 3PD8A 4IY6A 4IY5A 2PYYA 1FQFA 1IITA 4RY1A 3A3CA 2ONRA 3T9HB 3K6XA 4X9TA 4H65A 3T96B 4U4SA 2V3QA 4ZE8A 1NNFA 3OSQA 1HSEA 3MJNA 5H8NA 5M2VA 3SEXA 4WXJA 4GD5A 1Y1MA 4U1ZA 2Z22A 4MH5A 2F7CA 2D5WA 4U2RA 1FW0A 2Z8DA 3HHFA 4ESWA 2YLNA 2Y7WA 4JBZA 4BLAA 2B3FA 1VFEA 4ND9A 1OVBA 4Q30B 4QSDA 4H5FA 1H45A 3K1NA 3RT8A 1SW2A 1OLCA 1S7YA 2RC8A 2IEEA 4DIGA 2OK2A 3T22A 4FIMA 1B1XA 1NH8A 3RNNA 2I58A 2NOOA 1IXGA 4ONYA 2ZYNA 4OFLA 1RYXA 1II5A 1USYE 5A5XB 1BTJA 1MM7A 1LFHA 2I49A 4LQ5A 4HCYA 2PX1A 5JEIA 2P2AA 1CB6A 4R2BA 1ANFA 2H4IA 1Y9UA 3OOAA 4OZ9A 2QS2A 2QJEA 4QSEA 4OQOA 3SDFA 1MXWA 3N5LA 1XHYA 2QS3A 1XVXA 5ICTA 1TFDA 3ECRA 5I57A 3EHTA 4Z0IA 3IK6B 4C0RA 3HV1A 4KCCA 4OEUA 4KPTA 5H8SA 4P0GA 2ABHA 4EUOA 2XXTA 4NWDA 5FTIA 1SW4A 4Q0CA 2RKMA 4GQOA 1TT1A 1TFAA 3C31A 2P1SA 2GRVA 4XKPA 1WODA 2QPQA 3IX1A 4M4GA 1YAEA 4R72A 1AL3A 5DVJA 4NTLA 3IOTA 2F5XA 2H98A 4DLDA 4QFOA 1QUJA 4OMBA 4XXUA 2QMXA 3KN3A 1DTZA 5TU0A 5TPAA 3S9LC 1SVXB 4ZE9A 4BDMA 1VFDA 1OQHA 2NVUB 1PC3A 1IXHA 4NE4A 4X48A 2OCUA 4L17A 2Z8EA 4LZ5A 1P1OA 2ONKE 3RT6B 4OTEA 1NKXA 4XKRA 3VLUA 3KN7A 4N6PA 4F1YA 1B1HA 2REJA 1N0TA 5CI5A 3VV5A 4WKMA 2UVGA 5I59B 4FAJA 3K0VA 1QULA 1ZTYA 1LAHE 3IOVA 2VD2A 4ELPA 3K6VA 2ZNTA 1IIWA 3G3GA 4KR5A 5EYFA 3GLBA 3PUWE 3LSFB 5DYHA 4O3BA 3C35A 3CG3A 3KOSA 4OHNA 3Q26A 4C1UA 4JSOA 1MQGA 3USDA 2I48A 2XD3A 3R26A 4F1VA 4IO6A 3IOUA 3FUZA 1B4ZA 4OFOA 2XXWA 3OD7A 3MPKA 4BDNA 2UXAA 1MY4A 3TFLA 1SI1A 3MUQA 3PD9A 4C1TA 2R71A 2DOJA 4WEPA 5ITPA 1B51A 1L5TA 3M3KA 3E4RA 3TCHA 3B7DA 4IO5A 4YKIA 1ZBMA 1XS5A 4G8HA 1IEJA 4GL8A 3SEYA 4PFWA 1JQFA 1LB8A 5BWJA 2F8DA 3PPOA 1B3HA 3O2AA 2OWTA 3GBBA 5I58A 2PBWA 1PBPA 5EHMA 4YKKA 2Y7PA 5I58B 2FA7A 2RCAA 3T9VA 4E0WA 4F2OA 1SI0A 1I69A 4GRKA 2ESNA 3OO7A 2DXRA 4TOZA 4UA8A 2QS4A 4F18A 3UORA 3E9XA 5AA4B 2Q88A 1MRPA 2P0SA 2E1SA 1LCTA 3CG1A 4F3BA 1NNKA 1D4NA 1MQDA 3G3KA 1B0HA 4KCDA 1XC1A 3UA8A 2B65A 1UTHB 3KZGA 3MZBA 3P7IA 1MM6A 3FZVA 5KCJA 1B7HA 4PQJA 5KCJB 3SESA 4NF6A 1AOVA 4IO2A 4QFPA 4XIGQ 3E3KA 2QL3A 3EF7A 2KLFA 4I62A 2ZYKA 3IAZA 2DE2A 5CBRA 2REGA 3VXBA 3BBRA 4G68C 2CZLA 1N3XA 5I2KB 4ELRA 3KBRA 4OEVA 4QFKA 5IAIA 2E0SA 2Q9TA 3QUJA 5CMBA 1JEVA 1DPEA 4Z7EA 2HEUA 3S9EA 3FV2A 4F31B 2I3WA 2O84X 3DLNA 2WKYA 1N3WA 4R9GA 2O1MA 3CIJA 3KN8A 3FD3A 3W9VA 4IGTA 1LGBC 3PMXA 4PFYA 1I6BA 3C34A 1EZOA 3ILTB 3VFJA 5IKBA 1URSA 2OWSA 3KSJA 5I56A 4PFUA 4OXVA 2DP8A 3MWBA 2XD2A 3H06B 3F11A 3H4ZA 5FHNA 3TQLA 4YZZA 2XXQA 2VHAA 3TQWA 4DE8A 2Y7IA 1XT8A 3H6VA 3PU5A 2DVCA 3U94A 1MPBA 5B7DA 4MBPA 3O66A 5HPQA 4ISUA 1PB8A 1O64A 3SETA 1QKAA 1QUKA 3N26A 3K02A 1B52A 2I0BA 4LA9A 1VE4A 5CC2A 3IO4A 3OENA 1N7WA 3MQ9A 4ZEIA 2GHBA 4PP0A 5CM6A 1LBCA 4JSDA 3KG2A 5EHSA 3ZSFA 3SEUA 2HZLA 4PE5B 3QYTA 4U22A 3IB1A 3MC2A 5JTYB 3DM0A 5ITOA 1SDXA 4GXSB 4NF4B 3VVDA 4YB6A 3PMVA 2HFBA 3FASA 4NF8B 1B3LA 3Q27A 1MXVA 4G77A 1A55A 5L9OA 4ZECA 3D4CA 1JVYA 4LZ7A 1SD3A 3ZKLA 2XXUA 3UN6A 1QVSA 1I6QA 1US4A 3CRBA 2ZMBA 1EZPA 1N76A 1USYH 2DWIA 5CRYA 3DELB 4I9DA 4H8IA 3JYRA 1YPNA 4GOTA 4ZZEA 1M5CA 1B05A 3TTMA 1DTGA 4DCYA 4LZ8A 1MXUA 3S9NC 1ATGA 1IQ7A 3O6IA 4H6DA 2F6GA 1DMBA 5A5XA 3OELA 1BIYA 3M3LA 1LLSA 1M5EA 3U93A 4F22A 4M1VA 4RYAA 4XTCQ 2XXVA 4EF2A 2DWAA 1OIBA 1MXZA 1BLFA 5F1QA 3KSXA 1MXYA 3VLVA 4HCWA 2V93A 1MY0A 4EDPA 2DSFA 3M8UA 3Q29A 4F39A 2F34A 1H76A 3FXRA 5L9SA 4QF9A 4IO7A 5KDTA 2R9JA 4G68A 4YB5A 4OERA 1UIVA 3BFTA 5KDTB 1SYHA 4G68B 1GV8A 1MH4A 1A40A 1DOTA 2XXXA 1B3GA 4DXCA 4RPOA 2I3VA 4I1DA 2R6GE 2HXWA 3CSBA 5H8FA 1Y3NA 2UYFA 3RY3A 2HAVA 1B2HA 4EQ9A 4P11A 2NXOA 3K00A 3VDFA 4UACA 3RGYA 5H8FB 4R6HA 3FIRA 1NNPA 4NMYA 3T93B 3KFMA 4JWOA 2UVIA 1URGA 5I2NB 4PETA 3M3FA 1H43A 3PUXE 1HSLA 2HQ0A 4HTGA 1MDQA 4ZS9A 2XX7A 4AQ4A 2F7BA 4O3CA 1NH7A 1XOCA 4GFRA 3PPRA 3CSGA 3DP6A 3UK4A 1MQIA 4F3GA 3VLWA 2ZYMA 4E0XA 5I59A 1MPDA 4EQ7A 3RLFE 2DYXA 3TTRA 2H5YA 3V83A 4NEDA 4RJZA 4YMAA 1MXXA 5F7VA 3E13X 3FV1A 1Y1ZA 1D9YA 3FGSA 1LFGA 5B70A 1R6ZA 3OO6A 1IZ1A 1Z7NE 2PT2A 1PB9A 1PDAA 3TPAA 2D3IA 1IXCA 1FQAA 3GXAA 2HCAA 3ONMA 3PPPA 3LSLA 1LAFE 2V3UA 3O6HA 5CBSA 4H1XA 2NWJA 4JB7A 3O6GA 1Z7ME 2A5SA 3MVXA 3IO6A 3KEIA 3QUFA 4JDFA 5H8HB 5DT6A 1MY1A 3Q28A 2O69A 2UVHA 4FECA 4LP2B 3QSLA 4RNSA 4OWDA 4R73A 3PPQA 2BJJX 1MY2A 1PEBA 3EPEA 4KQPA 1JW1A 3CFZA 2UYEA 1D9VA 4MF3A 2ZYOA 3SERA 1ZU0A 4IB2A 1DSNA 4OVJA 5AA4A 2ONSA 4HS7A 1YTVA 4GLIA 5FHMA 2PMSA 2PT1A 4G2ZA 1FTMA 1I6AA 4RK2A 2VGQA 3U8QA 1FQCA 3HCQA 5H8QA 1Q1KA 1UQWA 5L8DA 1B5HA 4LVQA 4Q5TA 2DWHA 4AB6A 3KGCA 5H8QB 1UTHA 3PPNA 2XXPA 1FTOA 4XKNA 3O29A 2AYSA 3CI8A 3MP6A 1JW4A 1R1NA 1A7LA 2RF1A 5FTHA 3T66A 4QSCA 3B6QA 3C4MA 3VE1B 1FTLA 4DXBA 2RC7A 4F3SA 3EHUA 2YJPA 3TTNA 3IOWA 1Y20A 4U21A 4OESA 3TMGA 1Y3PA 4KFQA 3BFUA 4IO4A 5DEXB 3S9MC 2HAUA 2XX8A 2DWJA 4FJPA 2F97A 3QK6A 1B9JA 2Y84A 1FQDA 4THIA 2HZKA 2F78A 5I2KA 3EN3A 2Y7KA 3G3FA 4ZZAA 1EZ9A 1AH5A 3FATA 3TKDA 3PMWA 3PUVE 1QW0A 1N7XA 2H99A 1A54A 1Y3QA 4F19A 1B58A 4IO3A 4ELQA 3B6TA 1UTBB 1FQBA 1R9QA 4YICA 1MH3A 4H8JA 2UVJA 3HO7A 3MW0A 2RCBA 2M8CA 3QIMA 1O63A 3IB0A 4Q8RA 1CE2A 4DCXA 1B40A 5JK4A 3K6WA 4F1UA 2I4BA 2XXYA 2O1LA 3FVKA 4U4XA 4MFIA 1B5JA 2D21A 3I3VA 3TTLA 5AA2A 4AB5A 4K3FA 3PUZE 4X1BA 3WAFA 3QXMA 5AA2B 1B3FA 2B3BA 1B32A 2O6AA 1FTKA 1PB7A 4OFJA 1SW5A 2DE3A 2VOZA 4ESXA 1ZKBA 3MPLA 1EU8A 1JNFA 4ZEBA 2Q89A 4QFNA 4JWXA 4N13A 4KYDA 3FVNA 1P1NA 4KI0E 1NMUA 5TP9B 2A5TB 3V89B 5I84A 3LSXA 5JTYA 4NF4A 3OO9A 2I4CA 4KD5A 4RXLA 5CMCA 1B3EA 3FVOA 1HSJA 2XXIA 3OXNA 4NF8A 2F35A 2O7IA 1N84A 4YB7A 1B46A 2ZXTA 2DXYA 3H6TA 3C32A 2I0CA 3JZJA 5ISUA 4KHZE 5AA3A 3TYHA 3ILUB 3EHSA 3QAXA 3G7WA 3KJ7A 3PV0E 1S50A 4H0WA 3A3UA 4R2FA 3CFLA 3SEWA 2GFEA 2H25A 4PFTA 1N04A 1NNTA 3V8XB 4I8CA 2X7QA 5H8NB 2LAOA 2FYIA 1AIVA 1SBPA 1IUDA 3MP8A 4MLQA 3G3IA 2THIA 3ODBA 5LOMA 2QRYA 4KYEA 3N6TA 5AA2D 5KZTA 1UIUA 2OLBA 3RN8A 4YKPA 4DXUA 3FJMA 3TEPA 1F9BA 3MAMA 4ZEFA 4FE8A 3B6WA 1B7UA 1TWYA 3RQTA 1S9TA 1M5BA 4RA1A 1Y4CA 3H7MA 2VD3A 2F36A 2ALUA 3C9HA 3C36A 3MZ9A 2DQVA 5K2YA 1LAXA 1LSTA 2AL5A 1OMPA 1LBBA 2ANJA 3N94A 2AIXA 4JWYA 3LSWA 3LC8A 3H6UA 1JVXA 3K6UA 1XVYA 5I57B 3SKPA 4F29A 3FXQA 1JETA 2RINA 1QKBA 3OO8A 4DDDA 4YMBA 4JXIA 5I2NA 3L6HA 5DVFA 4F2QA 4LQ2A 3EQ1A 4FEDA 1B0LA 4YU0A 3OMBA 3MBPA 3TZAA 3S2VA 3GZGA 2CMOA 3VXCA 5CMKA 3TUSA 1ELJA 2QMWA 3WAEA 4LONB 4EF1A 3IB2A 2PVUA 2Q2AA 2O7UA 4GIZA 5ELVA 2F6PA 4TLLB 2F7AA 4LUBA 1NL5A 2W7YA 1KWHA 1A99A 4QRZA 4ZEDA 4H5GA 3HSTA 3S4UA 2XHDA 3H3GA 1BKAA 2Y7RA 3TAJA 1DPPA 1LCFA 2OJTA 3VVEA 3DP4A 1MQHA 3K2DA 1P1UA 3RTWB 3W9WA 4DZ1A 4EXLA 5TPAB 3MVZA 1LAGE 1URDA 3I5OA 3THIA 1VSOA 3HHGA 5HBCA 1EH3A 3OEMA 4BDQA 4YKJA 3TELA 2QSXA 3UIFA 4GVOA 2I6EA 4OYVA 2V3TA 4R6KA 4TLMB 5DVIA 4LATA 4GF8A 4GL0A 2X7PA 1WVJA 1GVCA 3FJ7A 1ZMGA 1OVTA 3GBAA 3SEVA 1GR2A 3LR1A 5ICQA 3FVGA 1MY3A 2XXHA 1SW1A 3CVGA 1B5IA 5H8HA 1Y4TA 1B6HA 1P1QA 2O68A 1TXFA 4FEBA 3MVWA 3ZKKA 3AXFA 4POXA 2OBGA 3D4GA 1Q35A 1QJMA 2ZNUA 3PGFA 2Q2CA 2H9BA 1MQJA 1MDP1 3MZ1A 4RK9A 4BDOA 4F3PA 2O51A 3ZS6A 1RYOA 1B7ZA 3UP9A 2G93A 1FTJA 4R6YA 2Z23A 2Z8FA 4ZDMA 3G3HA 1B4HA 1QUIA 2XX9A 3OEKA 2AL4A 5HM4B 1AMFA 1FQEA 3R7XA 4BDLA 1MPCA 3T9XB 1POY1 2G29A 4BDRA 3RTFB 3FXUA 3TCFA 2FNCA 1IXIA 3VVFA 3MVYA 3N6UA 3IR1A 4R75A 4ECFA 4NF5A 3TTKA 5K2XA 4QHQA 3RPWA 1ZLQA 4P0IA 1SQYA 1RKMA 1H3DA 1WDNA 4NF5B 4ZEKA 1P99A 3IJOB 1SYIA 3I6VA 4H67A 1A8FA 2DE4A 2QS1A 1M5DA 3KJTA 4FATA 3UGWA 2OZZA 3RUMA 1BP5A 1A8EA 1NFTA 2DS9A 3K4UA 1LB9A 4NWCA 5DEXA 2DVZA 1YCJA 5FHOA 1P1WA 3KOTA 3HN0A 1M5FA 3MP1A 3TODA 3K1PA 4X1DA 5AE4A 4KYSA 4RPNA 4XKQA 3U92A 4NF6B 3BKIB 2V84A 1US5A 2YPNA 1O7TA 4EXKA 3C33A 3K1MA 4OENA 1T0KA 3O28A 3HPIA 2GHAA 3Q25A 1PBQA 3IL1B 4U1OA 4TQUQ 5AA1A 4POWA 1LFIA 3U72A 1UTBA 3L6GA 1GTKA 4O3AA 3IJXB 4R74A 5J1DA 3LBSA 4G8NA 4YAHX 4HW8A 1OQGA 3TCGA 4R9FA 3O97A 4MLVA 3W15C 4GWOA 1POTA 3LUYA 4U23A 1JEUA 3K01A 1H44A 2RC9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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